4TQUQ

Crystal structure of a bacterial abc transporter involved in the import of the acidic polysaccharide alginate
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a Bacterial ABC Transporter Involved in the Import of an Acidic Polysaccharide Alginate
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgM1
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
total genus 152
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ02
2DS9A 2B65A 4NF8A 1EZPA 2IEEA 1DTZA 4AQ4A 5KCJA 4R2BA 1I6AA 2XXPA 3RLFE 5CM6A 1LBBA 2OCUA 3K02A 4F3BA 3TTKA 3MUQA 3ECRA 3TEPA 3W15C 5DEXB 4TQUQ 3CIJA 4PFWA 4DXBA 3R26A 4NTLA 3T9UA 4G68C 3H3GA 3KJ7A 4C0RA 1PB9A 3H7MA 1DOTA 3FJMA 2QS4A 3OO8A 3RN8A 1ZJLA 2ONKE 1FQBA 4QSEA 2HZLA 2UYEA 1IXCA 3M8UA 3R7XA 3IB0A 2R6GE 1ZIUA 4L17A 3K6XA 4F31B 3PPPA 1LAXA 3EHSA 1TT1A 3IOWA 3O9PA 2XXYA 5KDTA 3VLVA 4O3CA 3U94A 2O7IA 2X7PA 2Q2AA 1EZOA 3PD9A 2QMXA 4ELRA 5I59B 3K4UA 4IB2A 4OVJA 2Q9TA 5IAIA 3E13X 3C36A 5H8FB 3KGCA 3G3HA 1D4NA 1LAHE 1MG1A 4N07A 3PPNA 1N76A 5I56B 3FVNA 1GV8A 2ZNUA 5TU0A 4JWOA 1JEUA 3B6TA 3QIMA 3C4MA 3K6WA 3K1PA 1XS5A 3VFJA 3H6WA 2NXOA 4N13A 4HCYA 4ZEBA 2HAVA 4RJZA 1B3EA 3FXUA 4IGRA 5H8SA 2VGQA 4ZZEA 5ITOA 1US4A 4F2OA 2ZXTA 4PFYA 4OESA 1IITA 4U22A 1UIUA 1N04A 5KCJB 1A40A 4BDMA 3PUXE 4BLAA 5CRYA 2DE3A 2HAUA 2UVJA 2DVZA 4IO2A 4OTEA 2O6AA 2ZYOA 1B3HA 5TPAA 4P0GA 2F6PA 2O1MA 3QK6A 4ZE9A 3HV1A 2F34A 4U1ZA 3UORA 1SW2A 2XXRA 5DYHA 1II5A 2REJA 1D9VA 1B7UA 5M2VA 4E0WA 3A3CA 5J1DA 1VFEA 4KYDA 3BFUA 1F9BA 2G93A 2XX7A 1QULA 1HSLA 3S9MC 1URDA 2F78A 4DXCA 1MQJA 1QKAA 4F1YA 1LAGE 4OFLA 2Y7RA 3QUFA 4QSCA 2B3FA 3S9LC 1NKXA 1IIWA 1UIVA 3S9NC 2Y7WA 2I0CA 1DPPA 1P1OA 4RK2A 4JDFA 2O68A 4GVOA 1LCFA 1JW1A 1POTA 4YAHX 5HM4B 3FVOA 4DXUA 4KCDA 4NF4A 4IY6A 1NNFA 3TDJA 3FVGA 4X1BA 5CMCA 1H76A 2A5TA 3Q26A 1R6ZA 1Z7NE 2O51A 4G4PA 4OENA 4RK9A 1FQEA 3IK6B 3AXFA 1A7LA 3DM0A 2QRYA 1I6QA 2F97A 4C1TA 4GL8A 3MC2A 1SW4A 4YMBA 1D3KA 1USYE 3D4GA 3IX1A 2XD3A 3KFMA 3PV0E 3VDFA 1NNKA 1BKAA 4BDQA 2VP1A 1ELJA 4GRKA 4F29A 1YTVA 2OJTA 4KR5A 1J1NA 3CSGA 4U21A 4EQ7A 2O7UA 3OEMA 5CBSA 5TP9A 2XXUA 1B0LA 4GD5A 4GXAA 3MP8A 1POY1 3GBBA 1Y1ZA 4R6KA 3SESA 3RY3A 5H8HA 1R1NA 4OZ9A 2V25A 3MAMA 4QSDA 5L9MA 4Z7EA 5AA2D 5F1QA 2CZLA 1IXHA 1O63A 4P0IA 2LAOA 3MPKA 2UVGA 1CB6A 3KEIA 2HFBA 4KD5A 2UXAA 4RYAA 2Q89A 2Z8DA 3QUJA 1B4ZA 3EHUA 4PFUA 4KPTA 2VD3A 2ZYMA 4O3BA 4ZDMA 1MDP1 4YKPA 5BUUA 3B6QA 3ODBA 4LQ2A 2W7YA 2BJJX 1MH3A 5DEXA 3SKPA 3LR1A 1OMPA 3OMBA 1BTJA 3ILTB 5BWJA 1B05A 4LUBA 5DVFA 4QHQA 3ILUB 2I49A 1R9QA 3C35A 1P1WA 4NF4B 1SW1A 2Q2CA 1M5EA 4HS7A 4LZ7A 2QL3A 2QMWA 1FCKA 1B3GA 1GTKA 2A5TB 5AA2A 4FIMA 3TTMA 1B7ZA 4PETA 1B5JA 1HSEA 3S2VA 3LSLA 1B5HA 4XIGQ 4ZECA 3HN0A 3IJXB 1DTGA 3DP4A 4OEVA 1Y3QA 1P1QA 1A54A 1NH7A 4Z0IA 2F7BA 4OMBA 1PB8A 4NF5A 4XKPA 3T66A 2RC7A 3OO6A 4MLVA 4YZZA 1MM7A 3MVXA 4BDLA 1NH8A 3KSJA 1USYH 4HCWA 1B1XA 3TYHA 2PT1A 5L9SA 2DWHA 2DYXA 3HCQA 4NWDA 1ANFA 3BKIB 2AIXA 1I6BA 2V3QA 3TFLA 1PB7A 3R6UA 1SVXB 3TCGA 5TP9B 2RKMA 2H25A 3H4ZA 3O28A 1AOVA 2XXWA 4FECA 2F36A 2I58A 2DP8A 1N7WA 3V5AA 4TLLB 1SI0A 1XOCA 1XC1A 3RNNA 5H8HB 1SYHA 2F7CA 4KCCA 4MLQA 2B3BA 2OWSA 1B4HA 4AB6A 2XXVA 4LA9A 4JXIA 1N7XA 1LFGA 1FQAA 3T22A 2QS2A 5K2XA 3TQLA 2NUVA 1H43A 4IO4A 5IKBA 4MBPA 3EPEA 4F19A 1GR2A 4JSOA 5A5XB 2RCBA 3MZ9A 2PX1A 3PPOA 4JWYA 3ZKLA 4KFQA 4NE4A 2VHAA 1SQYA 4PE5B 3H6UA 3MP1A 4G8NA 2KLFA 1B32A 4KHZE 3O2AA 3N6TA 3CSBA 4LATA 3LC8A 3FJGA 3CFZA 5EYFA 2ZMBA 3CI8A 1MPDA 4EF1A 4BDNA 4OQOA 2D3IA 5AA2B 1ZBMA 2DWIA 3MBPA 4RY1A 2P0SA 1SBPA 1Y9UA 1B46A 3O6IA 4GIZA 3G3JA 2ZNSA 3OEKA 3OSRA 4EDPA 1JQFA 3VVDA 4OEUA 3O97A 2V3TA 4NF5B 2VD2A 4Q5TA 3KN8A 5ELVA 4HW8A 4PP0A 2HXWA 4R2FA 3I6VA 1XHYA 2DE2A 3QAXA 1IXGA 4H0WA 3KOTA 4RA1A 4EUOA 2I3VA 2QJEA 3T9HB 4QRZA 1MRPA 4ZS9A 2XHDA 3IO4A 1B7HA 1H44A 1Y3PA 1LB9A 1SD3A 1I69A 1JW5A 4IO7A 3I3VA 1EH3A 3E4RA 3PD8A 1MQIA 2FYIA 3GXAA 1WODA 1FQFA 3GZGA 3HO7A 1M5BA 1LSTA 2HEUA 2I4BA 1DMBA 4YMAA 3FJ7A 4DCXA 3PPRA 3CG3A 3LSWA 3PU5A 4U1OA 4H6DA 2OWTA 2Y84A 1MXUA 1N0TA 1QUKA 5H8QA 2AYSA 2F5XA 4XTCQ 1N3XA 4PFTA 4H5GA 3K0VA 4R75A 2THIA 3S4UA 5JK4A 2HQ0A 4BDRA 2Z8EA 2UVIA 3MZ1A 1Y20A 1LFHA 1FW0A 3FXRA 4GF8A 3TUSA 3N5LA 3HHGA 5H8NB 3M3FA 1OLCA 1MDQA 5CMKA 4OETA 2DXRA 4YB7A 1P1UA 3Q25A 3SDFA 4OFOA 1LCTA 1XT8A 1VE4A 2REGA 4RPOA 3WAFA 2ONRA 4FORA 1IZ1A 3ONMA 1JW4A 1AMFA 4JB7A 4ND9A 3THIA 3FV2A 4MF3A 3RPWA 3O66A 4G8HA 3PUZE 2QSXA 1D9YA 3C34A 2GHBA 4NWCA 1A99A 4LONB 4NF6A 4R72A 4QFLA 1FTOA 4IGTA 3T9VA 2AL5A 5ITPA 1RYXA 1B1HA 3RT8A 1AIVA 1B6HA 4EXLA 3Q27A 4QFKA 3M3KA 3GLBA 2F6GA 1FTKA 4OWDA 1OQHA 3SEYA 4G2ZA 3K6UA 2GH9A 5I58B 4R74A 3QXMA 3I5OA 3HPIA 2UYFA 3B6WA 1MM6A 5HBCA 3IO6A 3SEXA 3MVYA 2F8DA 3H06B 3JV9A 3C9HA 1JVYA 3MPLA 3SEWA 5KZTA 2DWJA 5ISUA 1MPCA 4LQ5A 4ZZAA 1Q35A 5CC2A 4RNSA 1Y3NA 2I6EA 2XX9A 2I3WA 1LAFE 4GXSB 1OQGA 1LLSA 3DP8A 4ONYA 4FJPA 2RF1A 2NWJA 1MY1A 5H8QB 3TQWA 1B51A 4WXJA 3RTWB 1MXYA 3OO9A 3G3GA 4GL0A 1ZKBA 2ZYKA 4FE8A 2Y7KA 4OFJA 2R71A 3L6GA 2HCAA 3IORA 1BIYA 2V84A 3PMVA 4ZEDA 1TFAA 3FIRA 4U2RA 3H6TA 4BDOA 3KG2A 2O84X 1ZLQA 5ICQA 3N94A 2I4CA 3GBAA 3PGFA 2DXYA 1WDNA 5LOMA 2IA4A 4ESXA 2E1SA 4ELPA 1DSNA 3KJTA 1KWHA 4AB5A 5A5XA 1XVYA 4KYSA 4ZEKA 1ZTYA 3KN3A 3FGSA 3LBSA 2H5YA 3K01A 2XXIA 3LSFB 4EXKA 4ESWA 4ECFA 3N6UA 4R73A 4LZ5A 3MZBA 4LZ8A 2RC9A 2XD2A 1MQGA 4PQJA 4NF6B 2Z22A 4RPNA 3SEVA 1HSJA 3BBRA 3QSLA 1H3DA 2GFEA 3VVFA 4FATA 2RC8A 3CR9A 1SYIA 4POXA 4QFOA 3CVGA 3IJOB 3PMWA 3S9EA 1SW5A 1UTBB 3G7WA 1VFDA 2XXTA 2XXQA 3EHTA 4G77A 3IAZA 4LP2B 5F7VA 3RGYA 1ATGA 1RKMA 2D5WA 3RTFB 4RXLA 3PUWE 3UK4A 3T9XB 3JYRA 2F7AA 2O69A 3U8QA 3OXNA 1OVTA 3IOVA 2OK2A 3OD7A 3O29A 4H8IA 3EF7A 1O64A 5AA4A 1MY3A 4X9TA 4R6HA 4NEDA 3OSQA 2DVCA 3V8XB 2RINA 2XXXA 1Y1MA 1MXVA 5AE4A 3O6HA 5ICTA 1UTHA 1DPEA 1B5IA 3H6VA 1URSA 4THIA 4C1UA 4R6YA 3UP9A 5JTYB 2I48A 2E0SA 4WEPA 1Y4TA 5AA3A 1Y4CA 2OBGA 3U72A 3K1NA 1WVJA 4U4SA 2V93A 3C33A 1VR5A 3UGWA 4IO5A 3K00A 1MY4A 1NL5A 5DT6A 1PEBA 4I1DA 3N26A 3VLUA 3FASA 1IUDA 1URGA 2M8CA 5HPQA 5CMBA 1MQDA 3VVEA 4ELOA 1MH4A 2I0BA 4F18A 3KBRA 4H65A 1A55A 2PT2A 3KZGA 2PVUA 3SETA 1TWYA 3FATA 2RCAA 2H99A 4GLIA 5H8NA 5I2KA 3Q28A 3Q29A 1OLAA 1TXFA 3TMGA 1H45A 4EF2A 5JEIA 2YLNA 2FA7A 3TTRA 1LFIA 2DSFA 4GFRA 4F22A 2H98A 3RUMA 5DTBA 1B2HA 2V3UA 1PBPA 1QJMA 4R9FA 2WKYA 1Q1KA 1MS7A 1AL3A 3T96B 4ELQA 4M1VA 2A5SA 4DCYA 1BP5A 3K1MA 5FHMA 5B7DA 1SI1A 3FXQA 5EHMA 3FVKA 1IXIA 1IQ7A 1QVSA 3UA8A 5AA4B 1YPNA 2QS3A 1IEJA 5I58A 1YCJA 1NMUA 2DWAA 1FTLA 4KYEA 4GWOA 1BLFA 3OENA 3IB2A 4QF9A 1XVXA 4NMYA 1UTHB 1S9TA 4WEDA 3MW0A 2PYYA 2PBWA 1NFTA 1OVBA 4O3AA 1B3FA 4H8JA 1US5A 4I8CA 3OELA 4X1DA 5L9OA 4NF8B 3FD3A 2D21A 1FQCA 4IO6A 3VV5A 2QPQA 3CFLA 4F3SA 4UA8A 1B40A 3LSXA 2Q8JA 4XXUA 3KOSA 3ZSFA 3ZKKA 2DQVA 1PC3A 4G68A 3U1OA 3MVZA 4QFNA 3VE1B 3TCFA 1P99A 1NNTA 2ALUA 3U93A 1T0KA 2NVUB 4F3GA 3TCHA 3E3KA 4LVQA 2DOJA 3A09A 3P7IA 4XKQA 2Q88A 1QUIA 2ZNTA 5I2KB 4XKRA 5CBRA 1EZ9A 4EQ9A 4U23A 1FQDA 5FTHA 4ZEIA 4MFIA 4M4GA 1FTMA 2R9JA 4H1XA 1VSOA 2FNCA 2X26A 3QYTA 2ZYNA 3CG1A 3IB1A 3TTLA 5I57A 3IOUA 5DVJA 1QUJA 4KQPA 5FTIA 5KDTB 4FEDA 3K2DA 5AA1A 4FAJA 1GGGA 3V83A 4H67A 1CE2A 5EHSA 2YJPA 3VLWA 4OHNA 2Z23A 4POWA 1R9LA 2H4IA 4Q8RA 2Y7IA 2GRVA 1UTBA 5I2NA 4IO3A 1MY2A 1M5DA 1P1NA 4X48A 4YB5A 3DELB 4U4XA 4OERA 2DE4A 2OLBA 3OOAA 3G3FA 4YKIA 3A3UA 1EU8A 3FZVA 4TOZA 1PDAA 4YU0A 4XKNA 1YAEA 4OYVA 3DLNA 3IR1A 4R9GA 2QS1A 3LUYA 3W9VA 3FUZA 1M5CA 4DLDA 4YB6A 1AH5A 4KI0E 1JETA 4EQBA 4IY5A 2ESNA 4I9DA 3V89B 3EN3A 5CI5A 1B52A 3TELA 2X7QA 3JZJA 2XXHA 3KSXA 3G3KA 4Q0CA 4G68B 5TPAB 3KN7A 4JWXA 3C31A 2PMSA 1B9JA 4MH5A 1SDXA 3L6HA 3DP6A 5JTYA 4DZ1A 5B70A 3O6GA 3CFXA 4H5FA 1QW0A 2F35A 2G29A 2HZKA 1RYOA 3H03A 1MY0A 3OO7A 1LBCA 4UACA 3TKDA 3PPQA 1M5FA 3G3IA 4F1VA 3ZS6A 1UQWA 1B0HA 1B58A 4YKJA 4YKKA 3TPAA 4JSDA 4JBZA 3USDA 2OZZA 3VXBA 1JVXA 2VOZA 3HHFA 3W9WA 4ZEFA 3UN6A 5FHOA 1MXZA 3EQ1A 4TLMB 3IL1B 2XX8A 1MQHA 2Y7PA 5I84A 2ABHA 5I57B 3C32A 1OIBA 3M3LA 5DVIA 3IOTA 3RQTA 1FTJA 1B3LA 1PBQA 3UIFA 4YICA 3HSTA 1TFDA 1Z7ME 5CMMA 4GQOA 4G8MA 4HTGA 4P11A 1LGBC 3TTNA 5I2NB 3B7DA 1QKBA 2GHAA 3E9XA 1JNFA 1N3WA 4F2QA 3BFTA 3F11A 4Q30B 3PUYE 2ANJA 4DE8A 2UVHA 3CRBA 2H9BA 1NNPA 3FV1A 3MQ9A 2NOOA 3TZAA 1A8FA 2CMOA 3WAEA 1ZMGA 4DIGA 4K3FA 3SERA 1N84A 3TAJA 4ZE8A 5FHNA 3MP6A 1MXXA 2P1SA 2YPNA 2Z8FA 4GOTA 3MVWA 2P2AA 1S50A 3PMXA 4F39A 1MXWA 4I62A 5I59A 4QFPA 2O1LA 3U92A 1JEVA 4WKMA 5H8FA 3T93B 3TODA 1ZU0A 4OXVA 4E0XA 3VXCA 1LB8A 4F3PA 4FEBA 1L5TA 5I56A 3K6VA 1A8EA 3SEUA 1O7TA 1S7YA 5L8DA 3D4CA 2ONSA 2AL4A 3PUVE 4F1UA 3MJNA 3RT6B 1GVCA 4N6PA 4ISUA 5K2YA 1MPBA 3MWBA 4DDDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DS9A 2B65A 2KQZA 1SPIA 4MMPA 4NF8A 3T0JA 1EZPA 2IEEA 1DTZA 4AQ4A 5KCJA 2XXKA 2DDKA 4R2BA 1I6AA 2XXPA 3RLFE 5CM6A 1LBBA 1FPGA 2OCUA 3K02A 3ROJA 4F3BA 3TTKA 3MUQA 3ECRA 3TEPA 1XI6A 3W15C 5DEXB 4NN3A 3LUZA 4TQUQ 3CIJA 4PFWA 4DXBA 4NGUA 3IFCA 3R26A 1DK4A 4NTLA 2XA5A 3T9UA 4G68C 3H3GA 3KJ7A 4C0RA 1PB9A 3H7MA 1DOTA 4GBVA 3FJMA 2QS4A 3OO8A 3RN8A 1BK4A 1ZJLA 2ONKE 1FQBA 4QSEA 2HZLA 4MJOA 1G0HA 2UYEA 1IXCA 3M8UA 3R7XA 3IB0A 2R6GE 1ZIUA 2FHYA 4L17A 3K6XA 4F31B 1FBPA 2CZIA 3PPPA 1LAXA 3EHSA 1TT1A 3IOWA 4I3YA 3O9PA 1FBEA 2XXYA 5KDTA 3VLVA 4GWYA 4H46A 4O3CA 3U94A 2O7IA 2X7PA 2Q2AA 1EZOA 3PD9A 5EQ8A 2QMXA 4ELRA 5I59B 3K4UA 4IB2A 4OVJA 1NV1A 2Q9TA 1FPLA 5IAIA 3E13X 3C36A 3MYUA 5H8FB 3KGCA 3G3HA 1D4NA 1LAHE 1MG1A 4N07A 3PPNA 1N76A 5I56B 3FVNA 2Y5KA 1GV8A 2FIXA 2ZNUA 5TU0A 4JWOA 1JEUA 4KXPA 3B6TA 3QIMA 3C4MA 3K6WA 3K1PA 1XS5A 2WYPA 3A29A 3VFJA 2XWOA 3H6WA 2NXOA 2OWZA 4N13A 4HCYA 4ZEBA 2HAVA 4RJZA 1B3EA 3KC1A 3FXUA 4PGPA 4IGRA 5H8SA 2VGQA 4ZZEA 4LN5A 5ITOA 1US4A 4F2OA 2ZXTA 4PFYA 4OESA 1IITA 4U22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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