4TQUQ

Crystal structure of a bacterial abc transporter involved in the import of the acidic polysaccharide alginate
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of a Bacterial ABC Transporter Involved in the Import of an Acidic Polysaccharide Alginate
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
total genus 152
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ02
4F3BA 1XOCA 3QYTA 1CB6A 1Y1ZA 2VD2A 5DVJA 5BUUA 2Y7KA 4TLLB 1UTBB 4R9FA 3AXFA 5KDTA 1FTOA 4R9GA 5I2KA 1OVBA 4NEDA 1IXGA 1D9VA 4Z0IA 3PUWE 5I2NB 1PB8A 3OEKA 2H98A 3RTWB 1XHYA 2V93A 3ODBA 3O29A 1MM6A 1ELJA 2AIXA 1SI0A 4YB7A 4PFWA 1L5TA 3ILTB 3PPQA 3KOSA 1B7HA 2OWTA 1ZBMA 1DPPA 3MC2A 3RTFB 3I3VA 2OLBA 4N07A 4GWOA 4YU0A 2NXOA 3Q27A 2DXRA 4IO3A 2G93A 4PP0A 1FTMA 4ZEIA 3N26A 2QS2A 3SETA 4H67A 4DLDA 3S9EA 1MPBA 2V3UA 3CFLA 3MZBA 4ZECA 5I57A 3PD9A 4P0GA 3U72A 2XXRA 1SW5A 3H6WA 2GRVA 4LATA 3GLBA 2F7CA 3U8QA 1I69A 1LBCA 3D4CA 3PV0E 4FAJA 1MXXA 2QJEA 1H76A 1URSA 1FCKA 1EU8A 4H6DA 3TUSA 5CRYA 4JBZA 5AA2A 5I84A 1NNPA 3OXNA 4DIGA 3P7IA 3E3KA 2XXUA 5TP9B 3VV5A 1OLAA 1PC3A 1Y9UA 2PT2A 4PFTA 3OENA 1UQWA 1QJMA 2DE2A 1HSLA 4YKKA 3U94A 2UYFA 3A3UA 2QS4A 4ONYA 5CMBA 3TEPA 5H8QA 3BFTA 3QK6A 1US4A 2G29A 2DWAA 3SEYA 1FTLA 3MWBA 4XTCQ 3ILUB 1B0LA 4KYEA 4PE5B 1VE4A 1FQCA 3V89B 1M5FA 5I57B 3G3KA 4IGRA 3H7MA 1B7UA 3FV1A 3TQLA 5H8NB 3IL1B 3W9VA 1VR5A 1TT1A 1NNFA 1WDNA 3UN6A 5JEIA 1GTKA 5M2VA 1USYH 2XXWA 2DXYA 4K3FA 3FVGA 4PFUA 3V83A 3VE1B 4WKMA 2F78A 2XXIA 2VOZA 3H3GA 1B40A 1UTHA 2V25A 3PUXE 1Y20A 4PETA 5EHMA 3TZAA 5CMCA 3KGCA 2UVGA 2ZYNA 3TDJA 3MP1A 1R1NA 3OOAA 5HBCA 3RY3A 1N7XA 4IO7A 3TMGA 1MG1A 1SVXB 3FV2A 3KZGA 1TXFA 1SDXA 3Q25A 1O63A 3MP8A 4WXJA 4C1UA 2A5TA 4OYVA 1II5A 5CM6A 4U2RA 2THIA 3PPRA 2AYSA 4F3PA 1MH3A 1MH4A 4G68A 2RCBA 4GL8A 1AIVA 1A99A 5KCJA 5DT6A 4KPTA 1JVYA 4QSDA 2B65A 4XIGQ 4G68B 4LZ8A 4OERA 3QUJA 4GF8A 4KD5A 3DP6A 3G3JA 2CZLA 1RYOA 2F7AA 2F8DA 1LAGE 1TFAA 2YLNA 1BLFA 1N7WA 4G8HA 1URDA 3CFXA 4KCCA 4XKRA 4QSCA 3OD7A 4RY1A 2Q9TA 3TTLA 4NE4A 2RC8A 1MXVA 2Q8JA 4KYSA 5AA4A 2DWHA 2VP1A 4OESA 4F29A 1B58A 4HCYA 5I56A 3OEMA 1PB9A 1LBBA 3M3KA 4H1XA 4R72A 4RK9A 3T93B 3USDA 1LB9A 3G3FA 4M1VA 3PUVE 3EHSA 3IK6B 1NNTA 3H03A 3LC8A 4IO5A 4Q30B 3T9HB 1N04A 2OZZA 4EF1A 3FXQA 3IO6A 1IXIA 1FQBA 2Y7IA 1ZKBA 1ZU0A 2R6GE 3FVOA 1LAHE 2ONKE 4PFYA 2XXQA 4EF2A 4E0WA 2CMOA 1RYXA 1ZLQA 1MXYA 1BIYA 1LGBC 2XXPA 4O3AA 3FD3A 2ZNSA 4ZE8A 3V8XB 1N76A 2ZYMA 3MVZA 4E0XA 4WEPA 4XKQA 2O1MA 4FORA 1AH5A 5AA2B 3A3CA 3IAZA 2VGQA 3B6WA 4LONB 3H06B 4TQUQ 4H5GA 4X9TA 2F97A 1OQGA 3CR9A 1OIBA 4GVOA 2GHAA 4OVJA 3FJGA 3OO9A 5H8QB 4OEUA 1ANFA 2O51A 3OO7A 4ECFA 4FATA 1B7ZA 2DSFA 3VVFA 3C4MA 3IR1A 2B3FA 1S7YA 1MY4A 1YTVA 1B9JA 3CSBA 3LSXA 4POWA 3T22A 4BDOA 4F3SA 3O2AA 4ESXA 3IOUA 2LAOA 4XKNA 2I0CA 2XX7A 3H6TA 4OETA 4QFLA 5HPQA 1WODA 3OO8A 4H8JA 4I62A 1B2HA 1NKXA 4OXVA 4Q0CA 2D5WA 3UK4A 4F18A 3C31A 1FQFA 1MY1A 3KOTA 3G3GA 1XT8A 1O7TA 2VD3A 3T9XB 1BP5A 3HHGA 3MPKA 3L6HA 3MZ9A 4G68C 2W7YA 1IUDA 1OVTA 3UORA 5A5XA 4LZ5A 2V84A 4IO4A 1ZMGA 2OWSA 1MXZA 2VHAA 1P1NA 2O7IA 4G77A 1Y4CA 2ONSA 4R6KA 2E1SA 5K2YA 3TTRA 3KN8A 4GIZA 3TAJA 4F1VA 3JYRA 1FQEA 2H9BA 2QSXA 1A54A 3THIA 1MY0A 1TWYA 3CVGA 1XC1A 3IOTA 1JW4A 1A40A 3PGFA 3H6UA 3PU5A 4H65A 3K01A 4BDNA 1B5HA 1FW0A 4QHQA 3RGYA 5AA4B 1LLSA 1N0TA 2AL5A 3KBRA 3FZVA 1B3FA 5CI5A 3FXRA 3LSWA 3PD8A 1SYIA 4BLAA 3OMBA 4QFPA 4FECA 2DYXA 3SEXA 5I2NA 1NNKA 4N6PA 5LOMA 1QUIA 3D4GA 3G7WA 1JEVA 4IY6A 1EZOA 4DZ1A 3DLNA 5AE4A 4C1TA 3T96B 4HTGA 3RQTA 3SKPA 5B7DA 1OMPA 2DOJA 2Q89A 4MBPA 3KN3A 3SERA 5DTBA 3GBAA 4ZEFA 1B1XA 3TCFA 4BDLA 3SDFA 1BTJA 3ZKLA 1EH3A 4GXSB 2DWIA 4QRZA 1MRPA 1MQHA 3IX1A 3KN7A 5ELVA 3CI8A 1POTA 3TKDA 3QUFA 2UYEA 5DEXA 3FASA 4G8NA 1T0KA 3L6GA 2HZLA 2RINA 1BKAA 2I49A 1UTHB 2IEEA 1Y3NA 1QULA 2I4CA 4RJZA 3ZS6A 3S9NC 3IB2A 1LFIA 1Y1MA 1LB8A 2X7QA 1LSTA 4EQ9A 3EHUA 3IB0A 3Q28A 1MY2A 1IQ7A 3KSXA 2H4IA 3ECRA 2O84X 1SYHA 3LBSA 4G8MA 5H8NA 3VVEA 4DXCA 1R9LA 2PT1A 1AMFA 2QPQA 2UVIA 3B6QA 5F1QA 2PYYA 1R9QA 3TQWA 4F3GA 3HCQA 4Q5TA 2NVUB 3N5LA 3CG3A 2R9JA 3K6UA 5A5XB 4P0IA 2DS9A 3PMWA 4LQ2A 3HSTA 2KLFA 2FA7A 3A09A 1IXCA 3HO7A 3LSLA 3DM0A 4OHNA 4ELQA 1P1OA 1Q35A 3KJ7A 1B4HA 3UP9A 1R6ZA 4GLIA 2ZNUA 3O97A 3PPPA 3I6VA 3TTKA 1B32A 4AB6A 3M8UA 4KYDA 4U1OA 1A7LA 5ITPA 4OFLA 5TP9A 4QSEA 4YB5A 4DE8A 4QFOA 1D9YA 2E0SA 1D3KA 1JW5A 2ABHA 1IEJA 2UVHA 2XXYA 1N84A 4NTLA 4OQOA 2D21A 3FVNA 3PUZE 1YPNA 1US5A 2DQVA 2I4BA 1GGGA 3KFMA 3MVYA 4IY5A 2I0BA 2I6EA 4KR5A 2F34A 2UXAA 3MZ1A 2REGA 4PQJA 3GZGA 4RXLA 5DVIA 2IA4A 5F7VA 3H6VA 1XVXA 5ICQA 2ZYKA 5CC2A 1DMBA 3PMXA 3QIMA 4FIMA 2H25A 4YKIA 3Q29A 1VSOA 2P0SA 3HHFA 1GR2A 4YKJA 1O64A 2DVZA 4IO2A 5TPAA 3PMVA 1B3GA 3GXAA 4EUOA 3TELA 4R2BA 3R6UA 3Q26A 3K6XA 4OFOA 3K1NA 4R73A 2XXXA 5FHNA 1MQDA 4NF8A 1I6AA 1MQJA 1H43A 1NL5A 3EQ1A 3W9WA 3OSRA 3B6TA 1B3HA 1NH7A 4NF5B 3K1MA 1B3EA 3LR1A 2ANJA 4HCWA 1JW1A 2REJA 4NF4B 4F1UA 2D3IA 3FIRA 4JDFA 3MVXA 3FXUA 4GFRA 3VVDA 4DXUA 3KJTA 2QMWA 1H3DA 1KWHA 1SI1A 2ZMBA 4H0WA 4O3BA 3ZKKA 5JK4A 3PUYE 3QAXA 2XD2A 1AL3A 1UTBA 3RPWA 4QFNA 2DP8A 2F35A 2OK2A 2YJPA 4R6HA 3V5AA 3U93A 5L9MA 1MY3A 3TCHA 1MXWA 4XKPA 4HS7A 3DP8A 2XX8A 4NF6A 5CBSA 3G3HA 1ZTYA 5H8FB 4GD5A 1XS5A 2F6GA 4RYAA 4FEDA 2OCUA 3FJ7A 3N94A 4GOTA 4KFQA 1P1QA 5CMMA 1FQDA 1MS7A 1SW2A 2O1LA 3BKIB 3MJNA 4H8IA 3DELB 4JWXA 3HV1A 4NMYA 1MXUA 3MW0A 3E4RA 3RT8A 3VLVA 4HW8A 5L8DA 1SW1A 1JNFA 4LP2B 5ITOA 5DVFA 1MQGA 1LFHA 2ZYOA 1MM7A 4XXUA 1J1NA 1Y3PA 1GV8A 4ELPA 3MP6A 2NWJA 2O68A 2ALUA 3CFZA 5AA3A 1JVXA 5I58B 2NUVA 1B1HA 1SW4A 1B52A 4MH5A 4YAHX 4GRKA 4MFIA 1B4ZA 1MDQA 3OELA 3TYHA 4R75A 3TTNA 1IZ1A 1MPCA 3JZJA 2DVCA 3O66A 3QSLA 3R26A 4NF4A 4U4SA 3VLUA 4ELRA 1Q1KA 1Z7NE 1PBPA 4NF5A 2H99A 4I9DA 4IO6A 4I8CA 5JTYB 3C9HA 3SESA 4X48A 4F2QA 4ND9A 1LFGA 1N3XA 1I6QA 3U1OA 1FTJA 1P1WA 4EXKA 1A55A 5CBRA 1LCFA 1MDP1 3O6HA 4YKPA 1P1UA 3MQ9A 4U22A 4MLQA 2I3WA 4U21A 5I59A 4JXIA 3C35A 1OQHA 4X1BA 4THIA 1QUJA 4ZEDA 2XXTA 1DSNA 2ONRA 3IOVA 4ZEBA 3RN8A 4MLVA 1F9BA 3EN3A 3K6VA 3O28A 1B0HA 4RPNA 3EPEA 3FVKA 3IO4A 2R71A 4M4GA 1QKAA 5FTHA 3UA8A 4ESWA 2Q2AA 1S9TA 1B5IA 2M8CA 5BWJA 4QF9A 1Y3QA 1B46A 1UIUA 4NWDA 4NWCA 1DTZA 3O6GA 4U4XA 2HCAA 3MUQA 3C32A 4IGTA 1JQFA 4TLMB 4AQ4A 2ESNA 4OMBA 2QMXA 3K2DA 3IJOB 4LA9A 4YMBA 1OLCA 3C34A 4O3CA 1DTGA 4FJPA 5FTIA 4YMAA 2HAUA 4RNSA 3MVWA 4U1ZA 2NOOA 3TPAA 5L9OA 5L9SA 5HM4B 1YAEA 2Y7RA 2DWJA 2B3BA 2F36A 3CIJA 3F11A 3K02A 3FGSA 4GXAA 4POXA 3DP4A 3BFUA 1LAXA 3BBRA 3K1PA 1M5EA 1NFTA 3M3LA 4OTEA 4AB5A 5I56B 2DE4A 2HFBA 3RUMA 5JTYA 3E9XA 1GVCA 2HEUA 1URGA 3OO6A 2GHBA 4I1DA 3CRBA 4ZS9A 5AA1A 5KZTA 2PX1A 3SEWA 2XXVA 3EF7A 2Z8EA 1QUKA 3LSFB 4RK2A 1D4NA 3JV9A 3VLWA 5FHMA 4C0RA 1QVSA 3SEVA 3MAMA 5EHSA 3QXMA 2Q88A 5H8FA 1UIVA 5H8HA 4U23A 2F6PA 4NF6B 1M5DA 1HSJA 1AOVA 3VDFA 3EHTA 3FJMA 2H5YA 1N3WA 1PB7A 2HXWA 3TODA 2FYIA 3S2VA 1ZIUA 2Q2CA 3TCGA 1B05A 3VFJA 2I58A 2QS3A 2Y84A 5B70A 3IOWA 3S9LC 4LZ7A 3T9UA 3TTMA 3R7XA 3O9PA 1TFDA 1LCTA 1H44A 3PPNA 4DCXA 3G3IA 4N13A 4YB6A 5H8HB 1MQIA 3FUZA 3RLFE 3T66A 4DDDA 2RC7A 3H4ZA 2V3QA 2XXHA 4GQOA 2Z23A 4R2FA 5IAIA 1Y4TA 4NF8B 3T9VA 2A5TB 3SEUA 4F39A 2GH9A 2GFEA 2V3TA 2O7UA 1B5JA 3IORA 1ZJLA 4OWDA 1DOTA 2OBGA 2Z8DA 4ZEKA 5TPAB 4GL0A 2X7PA 3K6WA 2WKYA 4F31B 4JWYA 4ZDMA 2PVUA 5TU0A 1FQAA 1NH8A 1MPDA 3S4UA 1SQYA 3C33A 2ZNTA 4OFJA 3ZSFA 1CE2A 5AA2D 1P99A 1QW0A 4FEBA 4Q8RA 5K2XA 3KG2A 3M3FA 3KSJA 1B3LA 3O6IA 1ATGA 3OSQA 4TOZA 1RKMA 1USYE 4F22A 2OJTA 4LUBA 2QS1A 2AL4A 1PBQA 3IJXB 3B7DA 3I5OA 4EQ7A 3CSGA 4BDQA 1JEUA 4QFKA 5J1DA 4G4PA 1QKBA 1FTKA 1H45A 2YPNA 3WAFA 5CMKA 2BJJX 1I6BA 3KEIA 3N6UA 5ISUA 2X26A 1A8FA 2RKMA 4UACA 3CG1A 4OENA 5ICTA 3RT6B 1M5BA 3K0VA 4RPOA 4KQPA 2PMSA 4ZZAA 3FATA 3E13X 4KI0E 2P1SA 3ONMA 4IB2A 1IIWA 4G2ZA 4X1DA 1HSEA 2XHDA 1PDAA 3HN0A 4JWOA 2Z8FA 4EQBA 4Z7EA 4L17A 4R74A 1SBPA 4YICA 5I59B 2RF1A 2UVJA 2O69A 2ZXTA 3MBPA 1WVJA 1JETA 3PPOA 4ZZEA 3S9MC 4ELOA 1NMUA 4H5FA 3VXBA 1POY1 2QRYA 3UIFA 4KHZE 4EDPA 4MF3A 1LAFE 1B6HA 3W15C 3GBBA 4EXLA 2A5SA 5IKBA 4WEDA 4F2OA 1EZPA 1IITA 5DEXB 2DE3A 3U92A 1IXHA 1M5CA 2HZKA 4R6YA 2QL3A 1VFDA 1VFEA 2F5XA 2F7BA 2P2AA 1YCJA 2I3VA 5I2KB 5I58A 3K00A 4UA8A 4FE8A 4JB7A 1A8EA 1SD3A 2HQ0A 4DXBA 2HAVA 2FNCA 1S50A 2O6AA 1DPEA 4DCYA 3TFLA 4BDMA 5FHOA 3C36A 4BDRA 2Y7WA 5KCJB 2RC9A 4LQ5A 4F1YA 1Z7ME 3UGWA 4F19A 4OZ9A 4LVQA 2XD3A 1PEBA 1EZ9A 3WAEA 2XX9A 2Z22A 3HPIA 3IB1A 4JSDA 2I48A 5H8SA 3N6TA 4KCDA 4RA1A 3RNNA 2RCAA 4JSOA 5KDTB 2Y7PA 3LUYA 3MPLA 5EYFA 4P11A 1B51A 2PBWA 4YZZA 3VXCA 3K4UA 4ISUA 4OEVA 4ZE9A 1XVYA 5DYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y1ZA 2VD2A 4TLLB 1FBHA 4R9FA 3AXFA 4GWYA 4Z0IA 3PUWE 5I2NB 3RTWB 2V93A 3ODBA 1MM6A 2AIXA 3ILTB 4ZEIA 2QS2A 1SW5A 2GRVA 1IMDA 1NV0A 4JBZA 5AA2A 4DIGA 3P7IA 2XXUA 5TP9B 3VV5A 3U94A 2OX3A 1US4A 3SEYA 3ILUB 4KYEA 4PE5B 4GX6A 3TQLA 5H8NB 3W9VA 3V83A 3FVGA 3VE1B 3H3GA 4PETA 3PUXE 2V25A 5FBPA 1Y20A 2ZYNA 3TDJA 3MP1A 4NF0A 2OWZA 1MG1A 3Q25A 3MP8A 4C1UA 4U2RA 2THIA 1AIVA 4G68A 4GL8A 2CZIA 2CEXA 2HPGA 4QSDA 4XIGQ 3G3JA 1FPJA 1N7WA 4XKRA 4RY1A 2Q9TA 3ISPA 2RC8A 1MXVA 4F29A 4HCYA 1PB9A 4H1XA 3G3FA 4M1VA 3PUVE 4IO5A 1NNTA 3H03A 2OZZA 1ZU0A 4PFYA 1MXYA 1LGBC 1SPIA 3FD3A 1FBEA 4WEPA 3E78A 2O1MA 3KC1A 4LONB 4FATA 3OO7A 3C4MA 3IR1A 2B3FA 1S7YA 2V4CA 3CSBA 4JVDA 4BDOA 4XKNA 3H6TA 4OETA 1WODA 3NOHA 4H8JA 1NKXA 2D5WA 3KOTA 3G3GA 3MPKA 3L6HA 3UORA 5A5XA 4G77A 1Y4CA 2E1SA 3KN8A 3JYRA 1FQEA 2H9BA 1TWYA 3PU5A 4N4UA 4P9KA 1N0TA 3FZVA 1B3FA 3FXRA 3LSWA 3PD8A 1SYIA 3OMBA 1NNKA 4DZ1A 5AE4A 3SKPA 4MBPA 5DTBA 1B1XA 4BDLA 4QRZA 1MRPA 1POTA 1NV5A 3L6GA 1BKAA 1QULA 1LB8A 1FPIA 3KSXA 1FBGA 1KZ8A 1SYHA 4N8YA 2PT1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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