4TQUQ

Crystal structure of a bacterial abc transporter involved in the import of the acidic polysaccharide alginate
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
b'KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords AlgM1
publication title Structure of a Bacterial ABC Transporter Involved in the Import of an Acidic Polysaccharide Alginate
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
total genus 152
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ02
2Y7PA 2VGQA 5ELVA 1QUIA 2X26A 1H3DA 5DEXA 1QUKA 4AB6A 1B3LA 4GF8A 4U4XA 2HAVA 2UXAA 3K1NA 1MH3A 3EN3A 3T22A 2ZYKA 3M3FA 1MY3A 4EDPA 3ILTB 3THIA 1ATGA 4EQ7A 5AA2D 2NWJA 4Q30B 3JV9A 5BUUA 1J1NA 1QKBA 1SD3A 2REGA 2PYYA 2Q2CA 1MY2A 2XD2A 4OVJA 3GBBA 1N7XA 4FORA 5F1QA 4DZ1A 3C33A 4BDMA 4EUOA 1FTLA 3VDFA 5DEXB 4GOTA 5FTIA 3TPAA 1EZOA 1B3GA 1O63A 5A5XA 3O66A 3KFMA 3TYHA 3ILUB 4YICA 3PUZE 1A40A 3KEIA 1XHYA 2QJEA 1HSLA 1H44A 4WKMA 2AYSA 1P1NA 2Z8EA 4Q5TA 1P1UA 4QFOA 2HZLA 3FXUA 4KCCA 4KD5A 2QL3A 2P2AA 2THIA 1N0TA 4N07A 1T0KA 3A3CA 1MPDA 2Q89A 2CMOA 4R6YA 4JWOA 4OMBA 3M3LA 3SEWA 1OQHA 1NNPA 3RGYA 4NF5A 2M8CA 3G3IA 1SW1A 2VOZA 4EF1A 1UTHA 2F8DA 2G29A 3C36A 4F29A 5H8HA 4I8CA 4JDFA 3USDA 2D5WA 4R6KA 3WAFA 2DWIA 4F3GA 1B2HA 3MWBA 4DE8A 2D21A 1EU8A 4OQOA 4JSOA 2I49A 2ONSA 4F2QA 3T93B 3N94A 3T9HB 1Y4TA 1MY1A 2VD3A 3LSWA 4G8HA 4BDLA 4I9DA 4YKPA 4QFPA 4YB7A 3H6TA 2YPNA 1B4ZA 2OWSA 3CG1A 1B0LA 3I5OA 4O3BA 2B65A 3K6WA 2FNCA 1B0HA 4KFQA 4NF5B 3CFLA 3OELA 1UQWA 2OBGA 2H9BA 1UTHB 4IO5A 3PD8A 4GLIA 1NNTA 3VE1B 1ZBMA 5H8HB 1P1WA 3FATA 1PDAA 2AL4A 4YB6A 3R26A 2RC7A 2Q8JA 1Y3NA 1GV8A 3K1PA 2WKYA 4F2OA 4YZZA 1R1NA 3FV1A 1UTBB 4GL0A 3TMGA 5EHSA 1USYH 2XX9A 1A54A 3K6XA 1MPBA 4F19A 3RT8A 1Y3QA 3PU5A 3U8QA 4IB2A 1FQAA 1NH8A 1FQBA 3M3KA 1B3HA 1JEVA 3EF7A 2O51A 5CMMA 1XOCA 4NMYA 2UVIA 3CSBA 4IO3A 1XS5A 4RXLA 2YJPA 3N6UA 3TZAA 5I57A 1HSJA 3MJNA 3G3KA 3O6GA 5CM6A 4HS7A 3FJMA 4IO4A 4RA1A 1AH5A 3IR1A 1TXFA 3QAXA 1F9BA 1WDNA 2UVHA 4FE8A 3FZVA 1FQEA 4POWA 4WXJA 2IEEA 3CIJA 4QFLA 1B9JA 4PFWA 5AA4A 1B1HA 3L6HA 2DP8A 3H3GA 4G77A 4G4PA 1SYHA 1JEUA 1XVXA 3R7XA 2NUVA 1N76A 1N3XA 2RF1A 3W9WA 1EZ9A 3CFZA 5L9OA 5DTBA 5I57B 3TCHA 5CRYA 1B7HA 3OOAA 4YKJA 5I58A 3HPIA 3UN6A 2XXUA 1LCTA 4OENA 4RNSA 3CRBA 4C1TA 3MZ1A 3MZBA 1JW1A 2FYIA 3IB1A 4F1VA 1BTJA 4C0RA 1B5IA 4KCDA 4G68C 1FCKA 2XXXA 3DP4A 1URGA 3ODBA 3IO4A 4L17A 2UYFA 5AA4B 3KN7A 3B6WA 3R6UA 3RY3A 2DS9A 3S9EA 4QSCA 2QS4A 3B6QA 2RCBA 3OO7A 4EQBA 1ANFA 3C4MA 4QFKA 3LBSA 3TTLA 5I58B 2QS3A 2I4CA 2O6AA 4P11A 3DLNA 4OWDA 5H8NA 1BP5A 4ESWA 2H98A 1MY0A 3CG3A 1PBPA 4LQ5A 4IY5A 1H43A 1N3WA 4F3BA 2OWTA 5IAIA 4RK2A 4FIMA 3MVYA 2H4IA 3FVOA 4PP0A 1B52A 3MPKA 3OO6A 1Y1MA 1OQGA 1SW5A 4MLQA 1B5JA 1Q35A 1IXHA 4JXIA 1JETA 1NMUA 1A7LA 3V89B 2F36A 3PGFA 3TODA 4ND9A 4TQUQ 4PFTA 1US5A 4IO2A 4ZEIA 2ONRA 1JVYA 1XVYA 2DE4A 5H8NB 2I3VA 2AIXA 5JEIA 1B58A 1JNFA 2RINA 2FA7A 3CSGA 4GVOA 2VD2A 4E0XA 1Y20A 3EHTA 4QFNA 3S9MC 1FQDA 1BKAA 1Z7NE 3I6VA 3TAJA 3SEYA 4ZEKA 3TKDA 3RTWB 3T9UA 3LUYA 5L9SA 3ONMA 4ZEFA 4G2ZA 1I6QA 5FHOA 2NOOA 3IORA 4F18A 3U72A 2CZLA 1B7UA 4R9GA 1VR5A 2XXIA 4LONB 3U92A 3G3GA 4GXSB 3PPOA 4TLMB 3Q29A 1WODA 4G8MA 3TTMA 4IGTA 4ZECA 2I6EA 4H67A 1PEBA 2GHAA 5DYHA 1IZ1A 3TCGA 3ZSFA 4LUBA 3SEXA 3FVGA 4LZ5A 2I0CA 2ABHA 2PBWA 4IY6A 1M5FA 3LSLA 3TDJA 1S9TA 3T9XB 1ZTYA 4G68A 5JK4A 3SEVA 1PB7A 4XKRA 1URDA 1I6BA 1LBCA 3FASA 4R6HA 2X7QA 1QW0A 3TTKA 2RKMA 3HV1A 2F7BA 1OVBA 5TPAA 2ALUA 4K3FA 4H8JA 1YPNA 1RYOA 4PE5B 4OYVA 2QS1A 3TTNA 2GRVA 3E9XA 4MLVA 2V93A 3LSXA 1B7ZA 2QPQA 4U22A 3FXRA 4I1DA 2XXWA 3DP6A 1NNFA 5CC2A 4DCXA 2XX7A 3ZKKA 1PC3A 4BDOA 3PPRA 3IAZA 1R6ZA 5H8FA 2REJA 1EZPA 3W15C 4FEDA 4MBPA 3PPPA 4G68B 2E0SA 1HSEA 3H6VA 2O7IA 5I84A 1IQ7A 2NVUB 1Y9UA 2V3QA 1MRPA 3QK6A 4KI0E 4P0IA 3MQ9A 4NEDA 1OLAA 4POXA 3CR9A 4YMBA 3OSRA 1ELJA 4HTGA 3IK6B 1B3FA 5A5XB 5TPAB 4N6PA 4TOZA 1S50A 3SEUA 4RJZA 2IA4A 1MQDA 1POTA 5AA3A 3GZGA 2F7CA 3O6IA 4HCYA 1MXUA 3S4UA 4QF9A 4IO6A 3RT6B 3V5AA 1VFEA 4H0WA 4LP2B 3VLVA 4NE4A 2Z8FA 4NF4A 3IB0A 5F7VA 5H8FB 2AL5A 1MS7A 3TUSA 4ESXA 4PFYA 3TELA 3MW0A 3OD7A 3HN0A 4H5GA 2F35A 2DVZA 3E13X 1URSA 1LB9A 1Y3PA 2P0SA 5TU0A 4ECFA 3KSJA 2P1SA 4ELOA 4WEPA 1PB8A 4DXBA 4JSDA 4WEDA 2F6PA 1AMFA 1TFAA 2V3UA 5CI5A 1MXWA 3H6UA 1LFHA 3UP9A 3GXAA 3HHFA 3KJ7A 3UIFA 3KBRA 5HM4B 3MAMA 5L8DA 3HO7A 5B7DA 4GQOA 4H1XA 4Z7EA 4NF4B 1D9YA 1TWYA 3MP6A 2GH9A 1NH7A 2ZYMA 1MQIA 4EF2A 5EHMA 3D4GA 1M5CA 1POY1 3KN8A 3QUFA 1P1OA 4QRZA 5DVFA 2D3IA 2GFEA 4DDDA 4O3CA 2H5YA 4ZEBA 2QMXA 2R9JA 3MP1A 1GVCA 4NF6A 1ZIUA 4GIZA 2O1MA 2UVGA 3M8UA 5FTHA 1YTVA 3K01A 2PT2A 1FW0A 2RC8A 4GFRA 4NF8A 3MVWA 2DE3A 4DIGA 4H65A 1CB6A 4DXUA 1AOVA 3H6WA 1IEJA 1SW4A 4NTLA 3FGSA 3EHUA 1NNKA 4AB5A 4R73A 2Q88A 3OENA 1MPCA 3IB2A 3KZGA 3FVNA 3P7IA 3IOVA 1CE2A 2ANJA 4ONYA 3IL1B 1B3EA 3IX1A 3Q25A 4ELQA 2A5TA 3S2VA 4NF6B 1H45A 4C1UA 3S9NC 1LBBA 2VHAA 3C32A 4EXKA 3RUMA 3I3VA 2OZZA 4E0WA 3E4RA 5TP9A 2DXRA 4H6DA 4NF8B 2HAUA 5AE4A 1ZU0A 1II5A 1LAFE 4KR5A 2E1SA 1USYE 3JYRA 5DT6A 4OFLA 1MQJA 4UACA 4ZE9A 2DYXA 3IOTA 2OJTA 1NFTA 2UYEA 2DOJA 1XC1A 2B3FA 2XX8A 1Y1ZA 2XXHA 3IJOB 2V84A 4R75A 1QJMA 2A5TB 1MXZA 5H8QA 1PBQA 3PPQA 4F3SA 1A55A 4RY1A 3ZS6A 1MH4A 4YMAA 2A5SA 4ISUA 1B46A 2XXPA 5TP9B 4DLDA 1O64A 3VLUA 2DSFA 2LAOA 3C9HA 2I0BA 2QMWA 4RPOA 3K6UA 2PX1A 3TTRA 5B70A 5H8SA 4THIA 4F22A 3U1OA 5CMKA 2UVJA 3O28A 3PPNA 1DSNA 4OEUA 3KSXA 4ELPA 4ELRA 4GD5A 5HBCA 3LSFB 4KYDA 1FTKA 1B6HA 5KCJA 4OZ9A 1R9LA 3KOTA 5L9MA 4JBZA 1LAGE 1IIWA 3PMVA 4BLAA 5M2VA 2G93A 3SKPA 1LGBC 5H8QB 3HSTA 1D9VA 1LAXA 4OESA 3MBPA 3RLFE 2XXTA 5LOMA 4U23A 2B3BA 2ZNUA 2PT1A 4GL8A 1JW5A 3MVXA 2NXOA 1UIVA 1B32A 1IXCA 3G7WA 3H4ZA 1N7WA 3O9PA 5I2KA 2O1LA 4ZZAA 4XXUA 2DVCA 4NWDA 4FAJA 2XXYA 1JW4A 1M5EA 1IITA 1QUJA 2OK2A 2R71A 2ZYOA 3FIRA 4HCWA 3A09A 2XXVA 1DPEA 2O84X 1MQHA 1US4A 3FV2A 2RC9A 3QSLA 4Q8RA 1R9QA 1NL5A 1SW2A 1N84A 4GXAA 5CBRA 4YAHX 3CFXA 4G8NA 3SERA 3RN8A 3OEMA 4XKPA 3IJXB 4R72A 1VE4A 2HEUA 4F31B 1EH3A 3UGWA 5ICQA 4M4GA 3CVGA 4X1BA 3LC8A 2XXQA 4F3PA 5I2KB 3PD9A 3OMBA 3O29A 4RK9A 1NKXA 4LATA 2BJJX 5JTYA 5ITOA 5CMCA 3PUWE 2HCAA 4I62A 4OFOA 2OCUA 1ZMGA 2Y7RA 4GRKA 3TQWA 3UORA 1SBPA 1QULA 3VVEA 4KQPA 2GHBA 2X7PA 2ESNA 3QXMA 1DPPA 3FJ7A 1GGGA 2Z8DA 1SI1A 2Y7WA 3LR1A 3FUZA 5I56A 4LVQA 1N04A 3MVZA 1GR2A 3QIMA 1MM6A 4Q0CA 1MDP1 4OERA 3PMXA 1LAHE 4PETA 3G3JA 4JWYA 1LFGA 2HFBA 4GWOA 2DXYA 3PMWA 4YB5A 3N6TA 5JTYB 4F1UA 2XD3A 3DELB 5K2XA 5EYFA 3T66A 3K2DA 2PVUA 4XKQA 4EQ9A 3C35A 4H8IA 3N26A 1MDQA 4FATA 2F78A 3TQLA 3W9VA 4OXVA 3OO8A 1LLSA 5I56B 3BKIB 2HQ0A 4XKNA 1H76A 1VSOA 4ZS9A 3FVKA 4U1ZA 4XTCQ 5KDTA 1YCJA 2I3WA 2Q2AA 1WVJA 5ISUA 1B5HA 1B1XA 1SI0A 4O3AA 3Q27A 1M5BA 4IGRA 3F11A 4BDRA 1UTBA 3VXBA 2Y7KA 1GTKA 3C34A 1L5TA 4U21A 1BIYA 1SYIA 1S7YA 4U1OA 1LCFA 2F6GA 3GLBA 4R2FA 5ITPA 3H03A 2R6GE 3DP8A 3OEKA 5AA2A 2I48A 1A99A 1OIBA 4KYEA 3O6HA 3FD3A 3TCFA 5DVJA 1MXXA 4IO7A 2Y7IA 3G3HA 4R9FA 4XIGQ 2YLNA 3KG2A 1IXIA 2QS2A 4PFUA 5KDTB 4JB7A 2Z22A 5I2NA 4OHNA 2H25A 1O7TA 3K02A 4MFIA 2ZXTA 2V3TA 2DWJA 1SDXA 1LB8A 3G3FA 4KPTA 1AIVA 1ZKBA 4KHZE 3GBAA 1OVTA 1XT8A 3H06B 3SESA 3PUYE 3Q28A 4Z0IA 2Z23A 3MUQA 4FJPA 4KYSA 4QSDA 2DWHA 3RPWA 4F39A 5AA2B 4LZ7A 3UA8A 3IO6A 3VXCA 2QSXA 4HW8A 2F34A 3KOSA 3TEPA 2Y84A 1DTZA 3JZJA 2KLFA 4MH5A 2OLBA 3V83A 2VP1A 5CBSA 1IXGA 3PV0E 3KN3A 4DXCA 3MP8A 2XXRA 1YAEA 3DM0A 1LSTA 3BFTA 4TLLB 4H5FA 5KZTA 3B7DA 1Q1KA 3MPLA 5FHNA 1UIUA 3QYTA 5I2NB 1Y4CA 3S9LC 1ZLQA 1FQFA 3HHGA 3PUXE 1RYXA 1P1QA 3H7MA 3IOUA 3ECRA 4YU0A 1LFIA 3EHSA 1JQFA 1MM7A 2DWAA 3N5LA 2HZKA 5ICTA 3AXFA 4ZEDA 1MXVA 1QKAA 4OFJA 4FEBA 1MXYA 4R74A 4DCYA 1IUDA 4OETA 4ZZEA 3V8XB 3UK4A 3KJTA 3O2AA 1KWHA 3K00A 3VLWA 2RCAA 5J1DA 1SVXB 1OMPA 4OTEA 3K0VA 3MC2A 3QUJA 5BWJA 2ZNSA 2ZMBA 2HXWA 1JVXA 3C31A 3TFLA 3D4CA 4LZ8A 5K2YA 1OLCA 5IKBA 1DMBA 4YKKA 2DQVA 2XHDA 1B05A 3CI8A 4NWCA 1VFDA 5AA1A 1FTOA 1D4NA 3MZ9A 3IOWA 5DVIA 1MQGA 3FJGA 2O7UA 1FTJA 4EXLA 1TFDA 1P99A 3O97A 1QVSA 4BDQA 3Q26A 1MG1A 1BLFA 3OO9A 4F1YA 1A8FA 2I58A 2O69A 2O68A 3K6VA 4YKIA 4U2RA 3L6GA 2ZYNA 1A8EA 4U4SA 3B6TA 4LA9A 1PB9A 1I69A 4R2BA 3RTFB 4P0GA 2H99A 1M5DA 4LQ2A 3BFUA 4QHQA 1DOTA 1MY4A 3BBRA 3VFJA 1FQCA 2PMSA 5I59A 3E3KA 4RYAA 3K1MA 2I4BA 3OSQA 1ZJLA 3A3UA 3T96B 3OXNA 1Z7ME 1RKMA 4N13A 4UA8A 2W7YA 3U94A 4RPNA 1B40A 4ZE8A 4PQJA 1B4HA 4BDNA 3SETA 4FECA 1AL3A 3HCQA 3PUVE 3WAEA 4X9TA 1FTMA 5FHMA 3VVDA 5HPQA 4MF3A 2V25A 4X48A 3K4UA 4OEVA 1TT1A 1I6AA 2ONKE 3U93A 4X1DA 2QRYA 1D3KA 3FXQA 5I59B 5CMBA 2F97A 3T9VA 2ZNTA 5KCJB 4ZDMA 1B51A 3EQ1A 3VV5A 3KGCA 4QSEA 3EPEA 3VVFA 4JWXA 3ZKLA 3RNNA 2Q9TA 4AQ4A 4M1VA 3SDFA 1DTGA 2F7AA 2F5XA 2DE2A 1SQYA 3RQTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y7PA 2VGQA 5ELVA 1QUIA 2X26A 1H3DA 1RDYA 5DEXA 1QUKA 4AB6A 1B3LA 4GF8A 3CHGA 3IFAA 5EQAA 4U4XA 2HAVA 2UXAA 3K1NA 1MH3A 3EN3A 3T22A 2ZYKA 3M3FA 4PAFA 1MY3A 5ET8A 4EDPA 3ILTB 3THIA 1ATGA 4EQ7A 5AA2D 2NWJA 4Q30B 3JV9A 5BUUA 1J1NA 1QKBA 1SD3A 2ZZVA 2REGA 2PYYA 3B8BA 2XWOA 4PC9A 2Q2CA 1MY2A 2XD2A 4OVJA 3GBBA 1N7XA 4FORA 5F1QA 2Q8MA 4DZ1A 3C33A 4BDMA 4JVDA 4OVQA 4EUOA 1FTLA 4MJOA 4I40A 5LDZA 3VDFA 5DEXB 4GOTA 5FTIA 3TPAA 1EZOA 1B3GA 4PAIA 1O63A 5A5XA 3O66A 3KFMA 3TYHA 3ILUB 4YICA 3PUZE 1A40A 3KEIA 1XHYA 2QJEA 1HSLA 1H44A 4WKMA 2AYSA 2P3VA 1P1NA 2Z8EA 4Q5TA 1P1UA 4QFOA 4MNCA 2HZLA 3FXUA 5FBPA 4KCCA 4KD5A 2QL3A 2F3BA 2P2AA 2THIA 1N0TA 4N07A 1T0KA 3A3CA 1MPDA 2Q89A 2CMOA 4PTKA 4R6YA 4JWOA 4OMBA 3M3LA 3SEWA 1OQHA 5EYHA 1NNPA 4XEQA 3RGYA 4NF5A 3RPLA 2M8CA 3G3IA 4N91A 1SW1A 2VOZA 4EF1A 1UTHA 2F8DA 2G29A 3C36A 4NGUA 4F29A 5H8HA 4I8CA 4JDFA 3USDA 2D5WA 4R6KA 4GWXA 3WAFA 2DWIA 4F3GA 1B2HA 3MWBA 4DE8A 2D21A 1EU8A 4PAKA 4OQOA 1IMEA 4JSOA 1D9QA 2I49A 1EYIA 2ONSA 4F2QA 3T93B 3N94A 3T9HB 1Y4TA 1MY1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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