4TQUQ

Crystal structure of a bacterial abc transporter involved in the import of the acidic polysaccharide alginate
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of a Bacterial ABC Transporter Involved in the Import of an Acidic Polysaccharide Alginate
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgM1
total genus 152
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tquQ02
2VD2A 2PX1A 1N76A 3MVYA 3O28A 4RXLA 3N94A 4JBZA 4I8CA 4YKKA 1PBQA 1N7WA 4YICA 2R6GE 1R9QA 3C33A 1ZLQA 1B2HA 2F6GA 3W9VA 3TELA 2BJJX 4FE8A 4LP2B 3KJTA 2AL4A 4IO7A 3PPRA 2DQVA 3VVDA 1URDA 1MXUA 4GL0A 4X1DA 2FA7A 1OMPA 3PMVA 4RYAA 2F8DA 1FTMA 2DP8A 2Q9TA 3CFXA 2I4BA 1S50A 1PB9A 2O1LA 5KCJA 1MS7A 5B70A 1A40A 1B1XA 2Z23A 1F9BA 4WEPA 4F2QA 2ZMBA 3UGWA 3MQ9A 4AB6A 3S9MC 3MC2A 3CG1A 3H3GA 4KFQA 5H8FA 3RLFE 4FECA 3KOSA 1NL5A 1LCTA 1UTBB 3PPQA 5EYFA 3PMWA 1P1QA 4HS7A 5FTHA 1FQFA 3H7MA 3EHTA 1UIVA 5F1QA 3IB0A 3K1NA 2O68A 2ONKE 3RT6B 3GBAA 1MQIA 1B0HA 5CI5A 1B3EA 3G3JA 4IY5A 4ZEFA 2HFBA 1A7LA 3FATA 4G8NA 3C35A 4L17A 4GXAA 5HPQA 3LSFB 4U4XA 4H0WA 2VGQA 2H5YA 3M3LA 3FD3A 1R9LA 2XX8A 3T66A 3SERA 4DCXA 2A5SA 2AIXA 4UA8A 4NWDA 4KYEA 4K3FA 1M5EA 4FEDA 3V89B 3QSLA 4KD5A 2G29A 1OQGA 1UTBA 5I59A 3C31A 3MZ1A 3G3KA 4NF6A 4XKPA 3S2VA 4U21A 1B6HA 3C36A 3PU5A 4IGTA 5DYHA 2O1MA 3KSJA 1Y3PA 4IO4A 5HM4B 1JEVA 2XXQA 4PE5B 5A5XB 3D4CA 3FUZA 2REGA 2DXYA 1MQHA 1EZPA 3IOWA 3MWBA 2ONSA 1SI1A 4GXSB 2V3QA 3K1PA 4XKNA 2UVIA 3OOAA 1FTKA 4ZDMA 1MM7A 3IJOB 4UACA 3C34A 1WODA 2DYXA 3R7XA 2NWJA 3Q29A 5K2XA 3K6UA 4MH5A 2XXVA 1LFGA 1I69A 3E9XA 3IB2A 3G7WA 2F6PA 2ZNTA 1B0LA 3QUFA 3T22A 3KN7A 3O97A 4MBPA 5JTYB 1FTJA 2ZYMA 3MPLA 3FXUA 1FQBA 5AA4B 1H45A 1OIBA 3MVWA 3KJ7A 1FTOA 1NMUA 5I58B 4C1UA 5A5XA 4OFJA 3RGYA 3BKIB 3WAEA 4LONB 3CFLA 3JYRA 4QSCA 5DVFA 4G8MA 1LLSA 4U22A 5FHOA 5H8NB 4OERA 3CSGA 1JW4A 1MQJA 1Y3NA 1B4HA 5AA2B 4YB7A 2IEEA 2ESNA 4BLAA 4BDRA 3Q25A 5ITOA 4LA9A 4QSEA 5CMCA 2DVZA 3EHUA 3K4UA 1VR5A 5JTYA 2HAVA 3T9VA 1OVBA 5AA4A 3KN8A 1QW0A 2Q8JA 4FAJA 5L9OA 1P99A 4MLVA 2DOJA 3PD8A 2ZYNA 4KHZE 2XXHA 3KZGA 1GV8A 2IA4A 3G3GA 1B1HA 4IO2A 5K2YA 4YKJA 5TP9A 3E3KA 5ELVA 3HO7A 4ELQA 5H8NA 1LFIA 3CG3A 3U94A 3SESA 1IXIA 2NUVA 3M3KA 4PFUA 1IXHA 1XHYA 5CMBA 3MAMA 3MW0A 2V93A 4PQJA 4R6HA 3K01A 1MXZA 1B40A 4H8JA 4OFLA 4JWYA 2AYSA 4FIMA 1PBPA 1O63A 4YMBA 3IO4A 3L6GA 4O3CA 1SDXA 3QYTA 2A5TB 5H8QA 2Q2AA 4LUBA 3S9EA 4ELPA 4YMAA 3ZKLA 2Y7KA 3FXRA 4LZ5A 3MVZA 3FASA 1EU8A 4ZEBA 2X7PA 5CBRA 4TOZA 1CB6A 4ZEKA 4F29A 3H4ZA 1P1NA 3G3FA 5DEXA 3FV1A 1MY4A 2OZZA 3FJGA 1HSEA 3TCFA 3T9XB 2XX7A 1D9YA 3P7IA 4F3PA 1PC3A 2I48A 1B4ZA 2PT2A 3VLWA 2XX9A 3RY3A 3MZ9A 4QFKA 4JDFA 1B5IA 1OLCA 4ONYA 1A55A 2F97A 4Q5TA 4R6YA 1DSNA 2E0SA 2WKYA 2FYIA 3SKPA 1EZOA 2I49A 2ABHA 3IK6B 4EXLA 3MP8A 4RY1A 3VVFA 4I62A 4Z7EA 4F1YA 2F36A 3C32A 4ZEIA 3UN6A 1FTLA 2CZLA 1MDP1 4BDNA 1IEJA 1VE4A 4KQPA 4LZ7A 4WXJA 3T96B 3TMGA 1YCJA 1GGGA 2ZXTA 3R26A 3QUJA 1SW5A 3QXMA 1US4A 1Y9UA 4HCYA 3V8XB 3C9HA 4NF5B 4OWDA 4ESXA 1TFDA 3FIRA 5ITPA 2QJEA 5I57B 2REJA 1LBCA 3OXNA 3RNNA 3QIMA 1D9VA 1A54A 1URGA 3IO6A 1DOTA 2P0SA 4LATA 2HAUA 2GHAA 4N6PA 4GF8A 2UXAA 1RYOA 2V84A 1LFHA 1O64A 5M2VA 3B7DA 4R6KA 4FEBA 3KG2A 4R72A 1B32A 1I6QA 3T93B 1ZTYA 4OEUA 1FQAA 1Y4TA 5DVJA 4RK2A 3LSLA 1VFDA 4F39A 5I56B 2H25A 1MDQA 3K00A 4NE4A 1A99A 3DELB 1IIWA 3C4MA 1Z7NE 4ZE9A 3MZBA 3UA8A 2G93A 3VLVA 2QRYA 4KR5A 3S9LC 3KOTA 4KCDA 3O6IA 4DXBA 5IKBA 4ZZAA 5EHMA 2QL3A 2VOZA 2GFEA 1B3LA 4GVOA 4Q0CA 1FQDA 3IOVA 3K02A 1YAEA 2PVUA 4Q8RA 3VV5A 3OO8A 4R74A 4G68C 4OQOA 1Y20A 4FATA 4OETA 4XKQA 2DXRA 2XD2A 2X7QA 4GL8A 3CFZA 4ND9A 4YU0A 5BWJA 1ZBMA 4LQ2A 2O7IA 1QKAA 3TZAA 1IITA 4G68B 3E13X 2B3FA 3TTMA 5LOMA 2F5XA 1MY3A 3TUSA 4IGRA 4P0GA 1Y4CA 3IR1A 2QSXA 1NNFA 4KI0E 1MY1A 2DE3A 4F19A 4N13A 3TCGA 4MF3A 1OLAA 2XXUA 3EF7A 3EPEA 2Q88A 3H06B 3HCQA 3LR1A 3PPNA 1SBPA 2Z22A 4E0XA 5AA2D 3IL1B 1POY1 2ZYKA 2DWIA 1DTZA 3L6HA 4RJZA 1LAHE 1T0KA 3M3FA 5EHSA 5L9SA 1QULA 5ISUA 4X1BA 3WAFA 3MJNA 3AXFA 2UVGA 1SW4A 5ICTA 4H5GA 2D5WA 4OHNA 1BTJA 1PB8A 2RC8A 4F1UA 1J1NA 2Q2CA 2XD3A 2FNCA 3OELA 4OEVA 4U2RA 3H6WA 1MQGA 3BFTA 4ISUA 3FVKA 3K6WA 1EH3A 4QF9A 3UK4A 1NNKA 2DSFA 3FVOA 1Q35A 1D4NA 4H5FA 5TPAB 3DP4A 1FW0A 3B6TA 4ELOA 1OVTA 2AL5A 1JW1A 2UYFA 3BFUA 3JZJA 1ELJA 1QJMA 3PUXE 5CMKA 3ILUB 3FJMA 5CMMA 1QVSA 2F35A 3OO9A 4IO5A 2Z8DA 2H4IA 4U4SA 1JETA 4X9TA 3SEXA 4G2ZA 4G4PA 1N7XA 2OBGA 4GLIA 1UQWA 4JSDA 3OEKA 2V3UA 2O6AA 3PUWE 4F3BA 1Y1MA 4POWA 1FQEA 3FV2A 4IY6A 4GFRA 4NEDA 5I2KB 3OSQA 5TPAA 3S9NC 3PPPA 3UIFA 2R71A 3G3IA 5L9MA 3RTFB 5I58A 3TQLA 1XT8A 4JB7A 1TFAA 3O2AA 1RYXA 4YZZA 1NNTA 3TDJA 2OCUA 2Y7IA 4BDLA 3Q28A 1NFTA 4DXCA 3GXAA 1SD3A 3U93A 2QS2A 2V3TA 3PUVE 2HCAA 4DIGA 1MG1A 3TTNA 2W7YA 4NMYA 4WEDA 4R9GA 4GRKA 2OK2A 3A09A 3W9WA 2HXWA 1MXVA 4QFPA 1TT1A 4JSOA 4PFYA 3ODBA 5AA2A 1LAFE 3OO7A 1MQDA 5AA3A 4PP0A 4I9DA 2NOOA 5I2KA 1Y3QA 1MXXA 2XXWA 3TFLA 2R9JA 1SYIA 5CC2A 2DWJA 3KN3A 1P1OA 1LAXA 1KWHA 1ZU0A 4YKPA 4EXKA 2Y7WA 4N07A 2E1SA 2RINA 2Z8FA 5DTBA 3CR9A 1N3XA 3H03A 1B5JA 2QS1A 3G3HA 2OLBA 2P1SA 2P2AA 3O66A 1B58A 4M1VA 4OYVA 3SEYA 4O3BA 3IAZA 3N6UA 1ATGA 3TTRA 5FHMA 3I3VA 4EQBA 4TLMB 1I6AA 3HPIA 1JVXA 1M5FA 4F2OA 3MP1A 3O6GA 1ZMGA 4NF4B 1Z7ME 1P1WA 4F18A 1LB9A 2OWSA 1GTKA 1SQYA 3OENA 4JWXA 4R73A 1QUJA 3IORA 4R75A 3ONMA 5H8HB 3DLNA 4DLDA 2GH9A 4R2FA 5AE4A 4X48A 3IX1A 3RN8A 1B7ZA 3GBBA 2A5TA 3A3CA 4RA1A 5AA1A 4G8HA 1UTHB 3RPWA 1NNPA 4BDQA 4ZZEA 2ZNSA 1B7UA 3K6VA 4RPOA 2B3BA 2I0BA 4OVJA 1B5HA 4ECFA 1QUKA 2ALUA 4FORA 3FXQA 3KFMA 4IB2A 2THIA 3TTLA 4ZS9A 3U8QA 1H3DA 4XXUA 3MVXA 2HZLA 3B6WA 4PFTA 3K0VA 4EF2A 1TXFA 2VD3A 3A3UA 4DZ1A 5ICQA 2YPNA 3FGSA 4HW8A 2XXIA 3T9HB 5H8HA 3RT8A 2HZKA 3OO6A 1Q1KA 1USYE 3IJXB 4EQ9A 4KYDA 4RK9A 4GOTA 2F7AA 4OESA 3TTKA 3LC8A 4XKRA 5FHNA 3CIJA 3DM0A 2ZYOA 5H8FB 1XS5A 3TQWA 5KZTA 4QRZA 4U23A 4QFNA 4M4GA 2I3WA 4BDOA 1CE2A 3H6UA 2XXTA 4AB5A 3PPOA 2D21A 4NF5A 3HSTA 4KYSA 1B05A 5I57A 1IQ7A 3IOTA 3O9PA 1PB7A 5J1DA 4C0RA 2Y7PA 5TU0A 4PETA 2UYEA 1B3GA 3B6QA 3FZVA 3RQTA 3H6TA 2H99A 4ZE8A 4R9FA 1N84A 4DXUA 3HV1A 1SW2A 4F31B 1M5DA 2XXRA 1URSA 4IO6A 4IO3A 2I4CA 4YAHX 1IUDA 5I59B 1AMFA 1AL3A 3ZS6A 4NF6B 1GVCA 4LQ5A 5CRYA 1YTVA 1BKAA 4YKIA 1BLFA 1DMBA 1JNFA 4GIZA 1B52A 2QS4A 3TAJA 2F34A 3HN0A 5I56A 3KSXA 1VSOA 1TWYA 3K2DA 4DCYA 1AOVA 1WVJA 5DVIA 2UVJA 2OWTA 2PMSA 1MXWA 3Q26A 3TEPA 2PYYA 1ZKBA 1PDAA 4OENA 1IZ1A 4GWOA 4QSDA 3KBRA 3PMXA 1S7YA 1IXGA 1NH8A 4P0IA 3TKDA 3T9UA 3FJ7A 4YB5A 3DP6A 1DPEA 2M8CA 4MFIA 4H65A 3VLUA 1A8FA 1O7TA 3KGCA 3Q27A 4XTCQ 1ANFA 4NF8B 1NH7A 3ZKKA 4XIGQ 2KLFA 4Z0IA 2O69A 1B9JA 1D3KA 2CMOA 1JW5A 1US5A 4G68A 1QUIA 3SEUA 2H98A 1FQCA 4EQ7A 1LAGE 1JQFA 4MLQA 3M8UA 3LSXA 1MY2A 3FVNA 1B46A 3SEWA 3GLBA 5I2NB 4AQ4A 1LCFA 2H9BA 3K1MA 4OZ9A 3PD9A 4U1OA 3TCHA 1AH5A 1B3HA 1MPDA 1GR2A 2XXPA 2RC7A 4WKMA 2I3VA 5IAIA 3E4RA 1NKXA 1IXCA 3OEMA 2DE2A 3LUYA 1RKMA 1OQHA 4RPNA 2NVUB 1S9TA 1SI0A 1R1NA 4NF8A 4OXVA 3U92A 2DS9A 4HCWA 3THIA 5KDTB 2RC9A 3OD7A 1JVYA 2RCAA 4C1TA 3CI8A 2YLNA 4BDMA 4JWOA 2V25A 2VP1A 3PUYE 4F3SA 3N5LA 1MPCA 5I2NA 5JEIA 1MPBA 4Q30B 2ONRA 2RKMA 1POTA 2DWAA 1A8EA 5TP9B 4O3AA 3TODA 4R2BA 3UP9A 4DDDA 2O7UA 3IOUA 3HHGA 4ZEDA 3BBRA 2I0CA 4JXIA 4F22A 3PV0E 2GHBA 1XVXA 3N6TA 5I84A 3LSWA 5CM6A 3VVEA 3OSRA 2Y84A 2O51A 1II5A 1XOCA 2F7CA 5KDTA 1FCKA 4POXA 4ESWA 1M5BA 2VHAA 3DP8A 3MBPA 4OMBA 3W15C 1SW1A 5H8QB 4LZ8A 4PFWA 3PUZE 4H67A 2F7BA 2O84X 2QMXA 1Y1ZA 3LBSA 1LBBA 1YPNA 4EDPA 1B51A 2X26A 3EQ1A 3VE1B 1MXYA 2RCBA 3ILTB 1XVYA 4QFLA 2Y7RA 5DEXB 3IB1A 3OMBA 4OTEA 3V5AA 3CVGA 2QPQA 3V83A 4H8IA 1HSLA 2DWHA 3SETA 3EN3A 5L8DA 3TPAA 4P11A 4QHQA 3KEIA 3VXBA 1AIVA 5HBCA 4RNSA 3U1OA 2I6EA 3I5OA 4DE8A 4TQUQ 1JEUA 2ANJA 4LVQA 4GD5A 1SYHA 3SEVA 3QAXA 1ZIUA 2ZNUA 3O29A 1B3FA 2PBWA 1HSJA 4TLLB 4KCCA 3F11A 2Z8EA 1R6ZA 2QS3A 4NTLA 4HTGA 4F1VA 4EF1A 1N04A 4ZECA 3RTWB 3PGFA 5CBSA 2HQ0A 1P1UA 3JV9A 1N3WA 1SVXB 2OJTA 3MPKA 3UORA 3VFJA 2XHDA 4I1DA 1PEBA 3MP6A 4E0WA 1BP5A 4KPTA 3N26A 5B7DA 3VXCA 2Q89A 1WDNA 3USDA 1H44A 1M5CA 3S4UA 2YJPA 1MM6A 1QKBA 3VDFA 1MY0A 3R6UA 3U72A 1LSTA 2RF1A 3CRBA 3H6VA 3RUMA 3ZSFA 4YB6A 3CSBA 4EUOA 1UIUA 2QMWA 1L5TA 2I58A 2LAOA 4F3GA 1LGBC 3SDFA 5BUUA 3EHSA 2D3IA 2B65A 4H6DA 2DE4A 3I6VA 3TYHA 4H1XA 3O6HA 2UVHA 4ELRA 1H43A 4GQOA 3ECRA 4NF4A 1ZJLA 1BIYA 1DTGA 2HEUA 2PT1A 4FJPA 3GZGA 2XXXA 4NWCA 1LB8A 1MRPA 5DT6A 2F78A 2DVCA 1I6BA 5KCJB 3FVGA 4U1ZA 4THIA 1MH4A 1VFEA 5FTIA 3MUQA 5F7VA 1N0TA 1DPPA 1H76A 3K6XA 1UTHA 3D4GA 1EZ9A 5H8SA 3QK6A 2NXOA 4QFOA 1XC1A 1MH3A 1USYH 2GRVA 1B7HA 4G77A 5JK4A 3HHFA 2XXYA 4OFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VD2A 4N6DA 1K9ZA 2PX1A 4PAKA 2WEFA 1N76A 3MVYA 3O28A 2JJKA 4RXLA 5I5PA 3N94A 4JBZA 4I8CA 4YKKA 1JP4A 1PBQA 2Q8MA 1N7WA 4YICA 2R6GE 1R9QA 3C33A 1ZLQA 1B2HA 2F6GA 4HXVA 3W9VA 3TELA 2V4CA 2BJJX 4FE8A 2BJIA 4NN3A 4LP2B 3KJTA 2AL4A 4IO7A 3PPRA 2DQVA 3VVDA 1URDA 1MXUA 4IR8A 4GL0A 4X1DA 2FA7A 1OMPA 3PMVA 4RYAA 2F8DA 1FTMA 2DP8A 2Q9TA 2XWVA 3CFXA 2I4BA 1S50A 1PB9A 3FXBA 1KA1A 2O1LA 1KZ8A 5KCJA 1MS7A 5B70A 1A40A 1B1XA 2Z23A 1F9BA 3EKIA 4WEPA 4F2QA 2ZMBA 3UGWA 3MQ9A 4AB6A 3S9MC 4N17A 2GQ1A 1INPA 5IM2A 3MC2A 3CG1A 3H3GA 4KFQA 5H8FA 3RLFE 4FECA 3GYYA 3KOSA 3RYDA 1NL5A 1LCTA 3MYUA 1UTBB 3PPQA 5EYFA 3PMWA 1P1QA 4HS7A 5FTHA 1FQFA 3H7MA 3EHTA 1UIVA 5F1QA 3IB0A 3K1NA 2O68A 2ONKE 3RT6B 3GBAA 1MQIA 1B0HA 5CI5A 1B3EA 3G3JA 4IY5A 4ZEFA 2HFBA 1A7LA 3FATA 4G8NA 3C35A 4L17A 4GXAA 4H46A 5HPQA 3LSFB 4U4XA 1YXIA 4H0WA 2VGQA 2H5YA 3M3LA 4OVPA 2PFYA 3FD3A 1R9LA 2XX8A 2FIXA 3T66A 1KA0A 1G0HA 3SERA 4DCXA 4MEVA 2A5SA 2AIXA 1FRPA 4UA8A 4NWDA 3RPLA 4KYEA 4K3FA 1M5EA 4FEDA 3V89B 3QSLA 4KD5A 2G29A 1OQGA 1UTBA 5I59A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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