4TRWA

Structure of bace1 complex with a syn-hea-type inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Evaluation of transition-state mimics in a superior BACE1 cleavage sequence as peptide-mimetic BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4trwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4trwA02
1DPJA 5P69A 3TPPA 2AVMA 5J25A 1LF2A 4OD9B 5P38A 3SFCA 5OZ5A 5P2OA 3O9GA 4RCEA 2G24A 4GMIA 3VYDA 2G1OA 1K6CA 1LYWB 1FQ7A 2ANLA 4EHCA 5C9DA 4B1EA 5P6KA 1PPKE 4D83A 3KT2A 5P5YA 2BQVA 5APRE 5P0DA 1D4JA 5FIVA 5P6IA 2HPFA 5P3RA 5P4PA 2BPXA 2QZKA 1SP5A 2QMFA 1IZIA 1EBYA 4R5NA 2HIZA 4Q5MA 1D4KA 5P6OA 1EPME 5P2UA 2F3EA 1YTIA 4DJXA 3LPKA 2PWRA 5OZ2A 5P6YA 1BILA 1MT9A 5P59A 3I6OA 4GB2A 1FB7A 4Y4BA 4YOBA 5OZUA 2IEOA 5P0TA 3O99A 1MIQA 3EC0A 5P29A 7UPJA 3VYFA 5ISKA 1E80E 5JG1A 2BPVA 3RU1A 2NNKA 3CKRA 1AJXA 1M4HA 1QBUA 3DM6A 3NYGA 1LV1A 4U7QA 5I70A 4Y3PA 5P83A 2ZGAA 3O9LB 4L7HA 1HVKA 2Q15A 3SKFA 1QRPE 3UQRA 2BBBA 5KQFA 5P3VA 3GI5A 4Q1XA 2G1SA 4RVJA 5SZ9A 7HVPA 5P15A 4EJ8A 2WHHA 4HA5A 2V12C 3T7PA 3UQUA 5P0NA 4YA8A 4Y3NA 4DJPA 5P2BA 4CMSA 3APRE 4YD5A 5P8VA 3UQWA 1YTHA 3TTPA 2IKOA 5P6QA 3KN0A 2WJOA 5P0VA 5P2CA 5P2SA 1SDTA 5DPZA 1W6IA 5P1IA 1HEFE 4Y45A 1M43A 3MXEA 1AXAA 2O4SA 1AM5A 3CICA 5AH7A 4J54A 4NJSA 4OBHA 5P0EA 5P5NA 2Q63A 4DH6A 3BXRA 2VJ7A 5P20A 3ZKQA 1W6HA 3EM3A 3U6AA 3UTLA 5P14A 5P6UA 2AZ8A 2G27A 3RTMA 4KUPA 3ZKNA 1YTGA 5P27A 4FLGA 2I0DA 5P53A 5P85A 1QBRA 3FV3A 3LINA 5P3EA 2XFKA 5P41A 5P5QA 1AZ5A 2FLEA 5HE7A 5SXNA 5P5OA 3SA6A 2QI5A 4F76A 5P0JA 4CPWA 4QJAA 5P5CA 3EL4A 2F80A 5P18A 2O4KA 2WEZA 4B72A 1EBKC 1PSOE 4DQEA 5P2DA 3OXCA 4OC6B 3IN3A 5P6LA 5P0SA 4Q1NA 3BVAA 4TRWA 5OZHA 2CENA 3K5CA 4ACUA 4MC6A 1KZKA 4QJ8A 5PEPA 2JYSA 4QGIA 5P76A 1N49A 1MESA 5P7LA 2G1RA 4Q1WA 5P0WA 5P5UA 2NNPA 4CPRA 2VKMA 3EKTA 4YD6A 1ZSRA 3K4VA 2WEDA 3PSUA 5P5EA 3SKGA 1BVEA 5IVTA 2Q5KA 3K1WA 4GIDA 5P1ZA 3N3IA 3OUDB 3TPRA 1LEEA 5P8MA 3I25A 1HVCA 4B05A 2VNNA 3UDJA 4Y4JA 4B70A 1XN3A 4AA8A 5P7GA 5P06A 5CONA 4L1AA 2XYFA 1T3RA 3MSLA 5P31A 3Q5HA 1SH9A 1W5WA 1FF0C 5P3KA 5P71A 1FGCC 3NU3A 5P5AA 4GYEA 2IQGA 4DPIA 5HTZA 5P54A 2Z54A 5OYXA 5P00A 2ER7E 5I3WA 5P7YA 2RKFA 5P5TA 3EKQA 3INFA 4Y48A 4RRSA 3TNEA 4KE0A 4ZSQA 4OBDA 5P4MA 1BWAA 3NLSA 3NU6A 4LP9A 4R95A 3UDHA 2B8LA 2I4QA 3SABA 4D88A 2PSVA 2NR6A 4OBZB 3IVIA 4QLHA 2OHUA 3HZCA 5P5RA 5P7SA 1HPSA 2Q64A 4BELA 3BC4A 3VF5A 4XX4A 4HDBA 4Y5GA 2WL0A 1YTJA 1META 3NDWA 5P68A 1RL8A 5P6RA 4I0DA 1EPPE 1Z8CA 3BUHA 3JW2A 3H0BA 3SA4A 1ODYA 3S85A 2PSUA 4Y9WA 4FM6A 5P37A 3IGBA 2QMPA 3TOFA 2Q54A 5P56A 5KOQA 3NU9A 4FM8A 5KR8A 5F00A 2VJ9A 4Y53A 2PMAA 4I10A 3RTNA 4YDFA 1XDHA 4DQFA 5P0KA 5P1LA 1WBMA 5OZQA 1IVQA 5P4KA 1SMEA 1B6MA 1ZPKA 3LNKA 2RENA 5AH9A 1EEDP 2OHQA 3TKGA 1BDQA 2AOIA 3WZ8A 1A8KA 5P0ZA 5P33A 1MTBA 2AOHA 4FRJA 3GI6A 2QI1A 3EM4A 1GNMA 2WECA 2F81A 5OYTA 5P4TA 5P0FA 5F01A 2QMGA 4EJDA 1F34A 3CYWA 3OADA 2HS1A 3G70A 5COKA 5P6VA 5HDZA 5P62A 3KDDA 5OYVA 4Y37A 1HHPA 5HDUA 4Y5EA 5P6WA 3NDTA 4RROA 5P57A 5P2TA 4Y4EA 3OUAA 4B0QA 5P6GA 2AOEA 1SDUA 3VF3A 5OZZA 1HXWA 2G20A 3NDXA 3EKXA 5P45A 2XFIA 1ZAPA 2QU2A 4LXKA 3OTSA 5P3DA 5I3YA 5OZEA 4PYVA 3IA9A 4NJUA 3D1ZA 5P4DA 1K2BA 4KE1A 3RSVA 5P5BA 3R0WA 3A2OA 5OZCA 4NKKA 5OZVA 1ZJ7A 3KMYA 5P4NA 5P3UA 3D1XA 3PI0A 5P8KA 3VV8A 1BV7A 3TKWA 4AA9A 2UXZA 4EJKA 3S8IA 5P1SA 1APTE 4Y3DA 5DR4A 3OQDA 3D3TA 3S56A 3NSHA 4X2LA 2ZJLA 3ER3E 3SAAA 3L5BA 5AHCA 5OZAA 5P65A 5P67A 5KR2A 2QI6A 3INDA 3PBDA 5DQ5A 3UF3A 4Y4UA 2OHPA 4NPTA 2FDPA 2EWYA 2Z4OA 5DQ1A 2ZJKA 1B6JA 3B7VA 2FDDA 2BPYA 5P7EA 1ZLFA 3PCZA 4J1HA 2WEAA 1SGUA 3IXOA 1ODXA 3I8WA 3I7EA 5P8QA 4CPSA 2QNNA 2PK6A 3NWXA 5ER1E 4Z50A 2NXDA 1MSMA 3UDMA 2G1NA 3PBZA 1HVJA 5P8DA 4ZPFA 5P5WA 4RRNA 5P1NA 4K4RA 3ZKMA 3ECGA 4Q1YA 3KM4A 3INEA 3RSXA 3VG1A 5P7DA 5EZXA 3FIVA 3AIDA 3S43B 2HB2A 3GGAA 3ZKSA 1HVSA 4Y3EA 3RVIA 4J1KA 1IBQA 5P5DA 4Y4XA 5DQ4A 4Y3JA 1AJVA 5P02A 4DJOA 2AVVA 3S54A 1HSHA 4YCYA 2QNPA 3LZVA 4YDGA 3N4LA 1HIHA 2HB3A 3S53A 2CEJA 4A4QA 2FGUA 3DCKA 4Y36A 5P26A 3LIXA 5P3PA 1GVXA 5P5GA 1EC3A 4FIVA 1KJHA 2UPJA 5P7CA 5P09A 4ZIPA 1HTFA 4Y3YA 5P4SA 3NDUA 1BDLA 3VF7A 2ZHRA 2ZJJA 4H3GA 1FIVA 5OZ6A 2O4PA 5P4ZA 2P3AA 5E5KA 5P8PA 1A9MA 5P4IA 1MSNA 3FNUA 2WF3A 5P23A 1YM2A 1BBSA 1BWBA 2VA7A 4RVXA 9HVPA 4FSLA 2G21A 1EAGA 2QMDA 3SA8A 5P7HA 5P1UA 5KQXA 2QZXA 4EXHA 2NMZA 4Y3AA 5HCOA 1HIVA 3S45A 4L1AB 3QN8A 1GVWA 1HPOA 3OOZA 1LYBA 2R8NA 4Y5AA 3VEUA 4AMTA 5P6DA 4QJ9A 5P87A 1QDMA 5P1DA 3T7QA 5P0HA 1E82E 3BGCA 2FS4A 4HEGA 4GJ7A 2G69A 3KF0A 3BGBA 4EPJA 2P83A 5KOSA 5P49A 2UY0A 4YBIA 2QK5A 5P0RA 1CMSA 1VIJA 4Y5LA 5HVPA 3LIVA 2IRZA 5P10A 2MIPA 3O9BA 3LPIA 4FL8A 2QCIA 1MT7A 3WB5A 4J0YA 3UHLA 5KQZA 4YCTA 4FRKA 2OHMA 2QP8A 4YD4A 3T6IA 4J1FA 4FCOA 5P2GA 4I8ZA 5OZDA 4M8YA 3H5BA 2AVOA 3KFRA 4J1IA 5OYYA 4I0GA 4B78A 4EQ0A 3O9IA 5P72A 1HBVA 3GGVA 3UDQA 3UDNA 3OU1A 3KA2A 3BRAA 5P74A 4RCDA 3SQFA 5KR1A 4WTUA 1NH0A 5P2NA 5P0MA 5P1BA 3SA9A 4GJ6A 2ZHUA 1AAQA 1WBKA 6FIVA 2AZ9A 4GJ8A 5P2IA 1MUIA 4Y51A 1W5XA 4MC2A 6APRE 5P6XA 4GJ5A 4FRSA 1KJ4A 5OZNA 4Y3RA 3NUJA 2G22A 3RTHA 1PFZA 5P17A 5OZTA 5P3NA 3U71A 4JECA 4DFGA 4X7IA 3PEPA 1HVHA 3HLOA 5SY3A 5P36A 2QHCA 4FE6A 5P7FA 5P88A 1IZDA 4YHQA 5P5VA 5P5XA 1A8GA 3OQAA 5P34A 5P0UA 3QVCA 2B42A 4Y4WA 2V16C 5P55A 5EZZA 4B00A 4JOOA 5P0QA 3SPKA 5P13A 4YE3A 3VCMA 3OADB 5CLMA 2VS2A 4I0JA 4F75A 2QI7A 3UDKA 3ST5A 1HPVA 5P07A 3L5DA 1W51A 5P6JA 5P7WA 4Y3ZA 3IXKA 2IGYA 1GNNA 1T6GA 1DW6C 5P42A 2NXMA 5P1OA 2QD8A 3IXJA 4MC9A 2R5PA 3VV7A 5DQ2A 1HSIA 5P6AA 4PPHA 1ODWA 4NJVA 1EPRE 2QZWA 1OEWA 1KJFA 2NTRA 4RGHA 1JLDA 5P82A 3U7SA 3L5CA 2ZJIA 4DJQA 3PWWA 3CMSA 3QRMA 4FS4A 3TLHA 3UDRA 1UH8A 1APUE 5HE5A 1B6KA 3SO9A 1M0BA 5OZPA 3TOHA 1LYAA 2V10C 1SGZA 3LZUA 3LIQA 4J55A 3L5EA 3PGIA 3HAUA 4OBKA 1EPNE 1K6TA 1GVTA 4M8XA 5P40A 1MTRA 4QJ6A 5P7KA 2P3BB 2OF0A 1IDAA 4Y5PA 2ZHSA 2P4JA 1TSUA 4AUCA 5ENMA 5P8AA 3T3CA 3UQPA 5AH8A 4N00A 4A6BA 2V13A 5P7TA 2J9KA 4EP2A 2QZLA 1BIMA 5P8NA 5P3LA 5P6SA 5P4YA 3PMYA 5P61A 2VIZA 3GGUA 1HWRA 1NSOA 3L58A 3OQ7A 2R43A 5IVRA 3K5DA 1EPOE 1HVRA 4OBFA 1EC2A 5DGWA 3QRSA 2HS2A 2AZBA 4NJTA 3Q4BA 5P0CA 2FNTA 4AZYA 4Y41A 4I1CA 4Y3TA 4DJYA 1PPLE 1B6PA 1ZP8A 4Y4TA 2HC0A 5OYUA 4Y44A 3PWRA 5P44A 5OYZA 5P2QA 2VIYA 5P7UA 4DQGA 3C9XA 2P3DA 4J0TA 1C6ZA 1LZQA 5OZIA 4COEA 2Q3KA 5P7XA 5P2ZA 4Y3QA 1ENTE 3F9QA 5P60A 5IE1A 3SA5A 1C70A 2AVSA 4J0VA 1LYWA 4DJVA 1XL5A 2WF2A 5HD0A 5P81A 5P4LA 5HCTA 3QI1A 2VIJA 5P1FA 5P58A 3L59A 1D4LA 4ZSPA 5HU1A 2I4XA 1GVUA 5P78A 4S1GA 3T11A 3NR6A 5P1PA 5KQYA 3R0YA 2QNQA 2RKGA 5P8GA 5P4VA 3EKVA 3IVHA 5P3MA 1YG9A 2I4DA 5OZLA 5P01A 2IL2A 4HDFA 5P3BA 4CP7A 1TSQA 5P8FA 4LC7A 5C9FA 4LAPA 2O40A 3D91A 3QBHA 5OZBA 1C6XA 1LYBB 3FNSA 1SMRA 3URLA 4Y54A 3EKYA 3CYXA 1FMBA 4Y47A 5P43A 1HOSA 3DCRA 3NXEA 5P3ZA 5P0OA 1SIPA 1YM4A 5P8JA 5P5KA 5P8TA 2VJ6A 2NPHA 3EL1A 2V00A 3QIHA 5P3IA 5B18A 3UCBA 2P3CA 2Q11A 4YBFA 5DR7A 5TOLA 4LXMA 5P7RA 5P5LA 5ER2E 3VUCA 3KFNA 2IGXA 3SA7A 4DQHA 4K8SA 4R92A 1C6YA 3VYEA 5T4SA 5P89A 3WSJA 1ZSFA 2BPWA 1MPPA 5DR1A 4DUSA 2AODA 3UFNA 3BUFA 5P3AA 4ER4E 1FEJC 3TPJA 3QBFA 1UPJA 3LPJA 3EL5A 3LITA 1TW7A 5P22A 4TVHA 3ZKGA 4QJ7A 2WF1A 5ENKA 1Z1HA 2JE4A 3K5FA 4Y43A 5P52A 1NPWA 2PH6A 3OU1B 4B1CA 1D4HA 4NPUA 3OHFA 4I11A 2QI0A 5P0GA 5P3WA 1QBSA 5C9BA 4K9HA 3I2LA 3ZLQA 1Q9PA 3PWMA 3DV5A 5OZ1A 2F3FA 3MXDA 5P6BA 3HVGA 1BXQA 4E43A 4WY1A 1BXOA 5BRYA 3OGQA 3PM4A 5OZ8A 5P3OA 5P7IA 4I12A 4R91A 4PEPA 3O9EA 4Y3GA 3QPJA 4ZSRA 4DVFA 3DJKA 3EKWA 5I3VA 2ZE1A 3VSXA 2P8HA 4I0ZA 3VFAA 1IZEA 5JODA 4UPJA 5P4EA 1G6LA 2HPEA 5ISJA 5P7ZA 4Y50A 4Y5BA 3PRSA 2ER0E 3PHVA 5KAOA 2NMYA 1MRXA 3KFSA 3DV1A 2QI3A 4DI2A 5P0YA 4Y57A 5OZJA 3Q3TA 3BVBA 5P1MA 1F7AA 4LBTA 3UDYA 5P51A 1YX9A 4H3IA 1OHRA 3EMYA 1BAIA 1T7JA 1XE6A 3LHGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DPJ A;  5P69 A;  3TPP A;  2AVM A;  5J25 A;  1LF2 A;  4OD9 B;  5P38 A;  3SFC A;  5OZ5 A;  5P2O A;  3O9G A;  4RCE A;  2G24 A;  4GMI A;  3VYD A;  2G1O A;  1K6C A;  1LYW B;  1FQ7 A;  2ANL A;  4EHC A;  5C9D A;  4B1E A;  5P6K A;  1PPK E;  4D83 A;  3KT2 A;  5P5Y A;  2BQV A;  5APR E;  5P0D A;  1D4J A;  5FIV A;  5P6I A;  2HPF A;  5P3R A;  5P4P A;  2BPX A;  2QZK A;  1SP5 A;  2QMF A;  1IZI A;  1EBY A;  4R5N A;  2HIZ A;  4Q5M A;  1D4K A;  5P6O A;  1EPM E;  5P2U A;  2F3E A;  1YTI A;  4DJX A;  3LPK A;  2PWR A;  5OZ2 A;  5P6Y A;  1BIL A;  1MT9 A;  5P59 A;  3I6O A;  4GB2 A;  1FB7 A;  4Y4B A;  4YOB A;  5OZU A;  2IEO A;  5P0T A;  3O99 A;  1MIQ A;  3EC0 A;  5P29 A;  7UPJ A;  3VYF A;  5ISK A;  1E80 E;  5JG1 A;  2BPV A;  3RU1 A;  2NNK A;  3CKR A;  1AJX A;  1M4H A;  1QBU A;  3DM6 A;  3NYG A;  1LV1 A;  4U7Q A;  5I70 A;  4Y3P A;  5P83 A;  2ZGA A;  3O9L B;  4L7H A;  1HVK A;  2Q15 A;  3SKF A;  1QRP E;  3UQR A;  2BBB A;  5KQF A;  5P3V A;  3GI5 A;  4Q1X A;  2G1S A;  4RVJ A;  5SZ9 A;  7HVP A;  5P15 A;  4EJ8 A;  2WHH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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