4TSBA

Structure of a lysozyme antibody complex
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Structure of a lysozyme antibody complex
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4tsbA00
1GE1A 1JSFA 2EPEA 3OJPA 4H92A 1LZ9A 2BAAA 3CT1A 4UWUA 5A3ZA 1FLWA 2AUBA 4N1CC 3TXHA 1YAPA 4NY5A 3CT0A 4N5RA 1LJ4A 1XGPC 1D0MA 4GCCA 4ZEEA 1YIKA 3AZ7A 4ETBA 1UIBA 1QTKA 4LYBA 5L3HA 1BQLY 1D6PA 1JKDA 1ZVHL 5B1FA 154LA 1IP2A 1LHMA 4YF2A 1IORA 1AT6A 4LYZA 4C5FA 3AZ4A 4XJDA 3TMUA 1HEOA 4OWCA 5FEKA 5IHGA 3W6BA 4GCDA 1XEKA 4LYTA 2DKVA 2H9JA 1GE2A 1LZDA 1INUA 1LSNA 4GN5C 5LVIA 4DT3A 5II3A 4B4JA 1G7HC 3N9CA 1G7MC 4GCFA 4NG1A 3BKVA 1C46A 4OOOA 1IWWA 5D5FA 1B5WA 1HEPA 3B0IA 5APEA 4ETEA 1T3PA 5DN5A 3WU9A 3EXDA 4XN6A 2YDGA 4HTNA 2HTXA 3AYQA 4B4EA 1GBSA 5LYTA 1UCOA 4M4OA 1HNLA 4I0CA 1HF4A 1LYOA 2YBJA 1OUBA 1QTEA 2BQJA 1LJFA 3ATNA 2MECA 4WMGA 2DQDY 3A96A 4XJIA 3RU5A 1DZBX 3A90A 5ILCA 4NGOA 1UACY 2BQOA 1WQOA 4DD7A 1LMQA 4H9EA 1IC5Y 2G4NA 4DD3A 3A94A 2MEIA 4XYYA 3QNGA 1ZVYB 1DXJA 1DPXA 1HMKA 3LYMA 1LHJA 4LT2A 1HENA 135LA 4NWHA 3A93A 1RCMA 4KPMA 3WXTA 4NHPA 1LYZA 1B7MA 3RT5X 4ANRA 2WARA 1GE3A 1EQ4A 2BQCA 5APCA 1GB0A 4GCBA 5LYMA 2BQGA 1B7QA 5HMVA 1LTMA 4CFPA 3N9AA 4RDSA 1CNSA 1GFHA 4WM2A 5HMJA 1BGIA 4TSBA 2Z19A 3M18B 5KXKA 1JTOL 5KXOA 4HJVA 2Z38A 1B9OA 1NDMC 1LJHA 2MEAA 1GFGA 1QIOA 5KXPA 3EMSA 3FI7A 4KL7A 4NGKA 5APFA 2DQIY 4H90A 1D0LA 5F81A 1HFXA 5FCPA 2BQDA 4CFOA 2CDSA 4WOAA 1GBXA 1YAMA 4A7DA 1GEZA 4N0JA 4HP0A 2Y8PA 5LA5A 1B7RA 1JJ3A 4LYOA 1HC0A 1GB9A 1YQVY 3GXRA 1NF5A 4GCEA 5JENB 1G7JC 1GF5A 8LYZA 1ZV5L 5LAGA 4HJYA 3HFMY 4XENA 1OUIA 1JUGA 3QE8A 1LHIA 4H94A 1NBYC 2H5ZA 4B4IA 1Z55A 2VB1A 3W6EA 3CSQA 1LSEA 1WTNA 1BB7A 3J6KA 1BB5A 1LZEA 4GN4A 3A3QA 1NQIA 1I1ZA 1OUFA 1D9UA 2D4JA 4WM3A 1YAQA 3AZ6A 3WPJA 4WM6A 1CKCA 4H9IA 5ILFA 3RW8A 2MEHA 1IX0A 1KXXA 3HBEX 5L9JA 3B0OA 5FELA 4PPOA 5KXZA 4RW1A 1REYA 4LT3A 3A95A 2N5ZA 1TBYA 4P2EA 1VAUA 2BQLA 1LSZA 1B5XA 1JPOA 4N8ZA 1QQYA 1LZSA 1XGRC 1LMCA 2YBLA 4WG1A 1JIYA 3WMKA 2YSSC 3P65A 4BADA 1XGUC 1GPQC 2Q0MX 1GBYA 1LYYA 4R0FA 1CJ6A 4WM1A 2BQFA 1NDGC 3ATOA 4M6DA 1MELL 3QY4A 1LZTA 4I8SA 4NSHA 1JTPL 1C7PA 1HERA 1AZFA 1QDRA 2DQHY 2EIZC 2YVBA 2Z18A 1NWGA 5EBHA 3W6CA 207LA 1HEWA 4PRUA 1GFVA 4PJ2C 2ZYCA 4TX7A 1LAAA 1G7IC 1VDQA 2H9KA 2HUBA 2DBTA 4IJ4A 3LN2A 4BAFA 1GF6A 1QUTA 1AKIA 1TDYA 4NSJA 1OUCA 4C3WA 4Z46A 5B05A 5I54A 1F6RA 1QSAA 5M1YA 1LZ4A 2RSCA 1W6ZA 3A92A 4WM5A 4WO6A 5KJ9A 194LA 3SP3A 1CJ8A 1GFEA 1GAYA 1DPWA 1IWVA 4CJ2A 2Z37A 1C43A 5LAFA 2I26L 2XJWA 1DKJA 1GF3A 4G4HA 3ZVQB 1LMAA 1LSDA 1LZAA 4NWEA 4XJGA 4WLYA 3KAMA 1NBZC 1T6VL 3TXFA 1VFBC 4OWEA 1VEDA 2F4AA 4HTKA 1LSCA 2BQAA 4LT1A 3WUMA 1GF9A 1F6SA 2BQNA 3EBAB 1IOTA 1VDSA 1RI8B 2LZTA 2DQAA 1FLYA 4UWNA 1FDLY 5LIOA 1FKQA 5DLAA 1LZ5A 4ETCA 1H87A 4OWHA 1LMOA 1WVVA 1UBZA 193LA 1CKDA 1LKRA 2IFFY 2W1XA 3IJVA 4NHSA 3TXEA 5FDJA 3WXUA 5I4WA 2HEEA 4WLTA 5DM9A 5FHWA 4EMNA 4MCKA 1O23A 1B7SA 5HNCA 2NWDX 1J1XY 2CWIA 4H8XA 3AZ5A 1LOZA 1TCYA 4NGJA 2D4KA 3AGIA 3CSRA 4W96A 1KXWA 1IC7Y 5KKIA 153LA 3LYOA 1LZ8A 1HSWA 1QUSA 4J7VA 1D0KA 1REMA 2D91A 4KT3A 4YEMA 1YAOA 2BQKA 3P64A 4J1BA 2ZIKA 3WU8A 5KXWA 1GDXA 3AW7A 2A7DA 1LZNA 2F2NA 2XBRA 3A6CY 5E4PA 3WH1A 3AGHA 2FYCA 1GBOA 1A2YC 1LJ3A 2HECA 1IVMA 1B2KA 1LKSA 3LYTA 1LJJA 4WLDA 1DI3A 2DQEY 4NG8A 3G3AB 1ZMYL 4O34A 1IWUA 5T3FA 1FBIX 1JJ1A 1LJKA 1A4VA 3TXKA 5LINA 4H1PA 1JITA 3IWRA 4L41A 1YL0X 1I56A 4LT0A 2PC2A 5B59A 2Z2FA 5KY1A 2MEEA 5J7CA 4NGIA 4LZTA 4NHQA 1AM7A 1IO5A 4LYMA 1UICA 3ULRA 1IP1A 1IWYA 4DD1A 4ETDA 1CKHA 1LSMA 4TUNA 4TTDA 4DD9A 1GFTA 1REXA 3AW6A 4N1EI 1BB4A 4NGWA 4GLVA 4J1AA 4XADA 4RLNA 4ZFPA 5C6LA 3W6AA 2ZQ4A 1D6QA 1JKAA 1GWDA 1SQ2L 1BB6A 5E9RA 2FBDA 4ZIXA 1B5VA 5KKJA 4QGZA 3A8ZA 2ZQ3A 1UIGA 3E3DA 3AGGG 5F9XA 3WVXA 3WPLA 4J0LA 1JSEA 1GB2A 2HEDA 2D6BA 2MEFA 3AJNA 2F30A 4MR1A 3TMXA 1GDWA 1LJNA 1UIEA 4FJRA 4GLAA 4H8ZA 1B5UA 1BHZA 1KIPC 1B0DA 3A91A 4H9HA 4OW1A 4HPEA 1LSAA 1PS5A 2F4GA 4G4BA 5D5CA 5LVGA 2MEBA 2DQGY 3T36A 4YM8A 5I4YA 1V7TA 1YKZX 1LSPA 1UA6Y 4BS7A 4DD0A 2EQLA 3B72A 3ZVQA 4QEQA 1LSFA 4DYGA 4Z3MA 1H6MA 5FSTA 1IP7A 4DDBA 1UC0A 2W1YA 3WYHA 1C45A 5I53A 3W6FA 3HBHA 2ZNXY 4YEOA 4H9AA 1W08A 1TAYA 1WVUA 2MEDA 1GD6A 1LHKA 3N9EA 1BVXA 1KIQC 1RJCB 4G4CA 1IEEA 3CQLA 3CB7A 1IIZA 4UWVA 3TXBA 1LZ6A 1YL1X 4IATA 4NSIA 4WL7A 4Z41A 4WL6A 1LSBA 4WLXA 4WG7A 1IP4A 1CKFA 1GFKA 1GXV2 2ZILA 2G4QA 1YILA 1IP5A 1WQQA 2FYDA 1GFAA 4HV1A 3IJUA 3HBDA 3WPKA 1BB3A 1LMPA 1LJGA 2C8PA 3AB6A 1GF0A 3J4GA 4FDYA 1UIFA 1RE2A 5IDDA 1HEMA 1LHHA 1LZCA 3P68A 1DI4A 1GF8A 4X3BA 4DD2A 1LHLA 5A3EA 1JISA 1XEJA 1UIDA 4N9RA 1B7OA 4PHIA 1J1PY 132LA 1F10A 1IWTA 4LGKA 1OP9B 5LA8A 5IELA 2I6ZA 2W1LA 3B6LA 1FKVA 1LYSA 1VDTA 2HU3A 1TEWA 4NIJA 4D9ZA 1JHLA 4XJFA 1XFPL 1IOCA 1GB6A 208LA 1WQPA 2HEAA 1GBWA 1VATA 6LYTA 1LZGA 4AGAA 4DC4A 2GV0A 2LYMA 5B06A 3WL2A 3LZTA 4NGLA 1LZRA 4ETAA 1LZYA 3P66A 2ZNWY 5KXNA 3K3TA 1OQMA 1EQ5A 3WULA 1GFUA 1NHEA 4H9FA 3WU7A 5LXWA 4B0DA 1OUEA 5HQ1A 134LA 1OUHA 1YANA 5LVHA 5LVJA 4ET8A 1JWRA 5KXMA 1QSWA 4NHIA 5F14A 1BWHA 1MLCE 3G3BB 1F0WA 3GXKA 2ZIJA 4MSTA 4H8YA 4NGZA 4B49A 1GFJA 2G4PA 2HEFA 1EL1A 3A34A 3W6DA 1LSGA 1IC4Y 2BQHA 2BLYA 1AT5A 4NFVA 1HEQA 4G49A 2LYZA 5L3IA 3D3DA 3BKHA 5F9UA 1KIRC 5C6JA 1IR8A 3TMVA 2BQBA 1IY4A 2LYOA 4ML7A 4PGJB 1YKXX 4U3XB 1EQEA 5KXYA 3WW6A 4R6CA 3A6BY 4PRQA 1N4FA 1GB7A 1GFRA 4ET9A 5K7OA 1E8LA 3FE0A 1B7NA 3CSZA 1ALCA 2FBBA 1OUAA 1XGTC 5C6IA 1LZBA 3TXGA 5F16A 1GF4A 4NSGA 5LYZA 2MEGA 5I4XA 1IP6A 1B5YA 1FLQA 2DQFC 1BVKC 3EO5A 3CT5A 1KXYA 3A3RX 4WM4A 4YOPA 2D4IA 2B5ZA 4LYCA 3RZ4A 3LZ2A 2BPUA 2LHMA 3D9AC 1DI5A 1UIHA 1XEIA 4B1AA 1WQMA 2DQCY 4AXTA 1UIAA 1LMTA 2BLXA 7LYZA 4GN3A 2C8OA 1CJ7A 5DN4A 4G9SA 5KXXA 1I20A 5APDA 4QDNA 3MGWA 1P2CC 4LFXA 2BQEA 5LVKA 1YROA 1FN5A 3TXJA 4LFPA 5DL9A 4OWAA 4IASA 2YBHA 1B7PA 1GE0A 1LJEA 4DWXA 1WTMA 3ZEKA 4II8A 1DKKA 4KXIA 3TXIA 4HTQA 9LYZA 4HV2A 1GE4A 1HELA 1HMLA 3RNXA 133LA 2CJLA 3F6ZA 4BAPA 4TWSA 4E3UA 5KXRA 1LCNA 2XTHA 1LSYA 1OUJA 3TXDA 1WQNA 1BWIA 1HFYA 1PZYA 1LMNA 4NGVA 1HFZA 1GB3A 1WQRA 4DDAA 3LYZA 5KXLA 3WUNA 1DQJC 1GBZA 1J1OY 2HEBA 1JJ0A 2IHLA 1REZA 1LZ1A 5HLLA 2YBNA 3OK0A 2CGIA 4DDCA 5AMYA 1JEFA 1NMMA 3LHMA 2YBMA 4NEBA 3A67Y 2XBSA 1HHLA 1GHLA 1OUDA 4OWBA 4Z98A 1IWXA 1FLUA 1GB8A 1LPIA 4W94A 1XGQC 4RW2A 4XJHA 4XJBA 3T6UA 3M3UA 3VWOA 1OUGA 2X0AA 2ZYPA 4CHXA 1CJ9A 1IY3A 1IR9A 1BWJA 2BQMA 4H9CA 2LZ2A 4NGYA 1NKHA 1XSFA 1GB5A 1B5ZA 3WUAA 4HSFA 3WW5A 2A7FA 4H93A 2Z2EA 4RLMA 1IP3A 4NHTA 1G7LC 4OOTA 5HNLA 5KXSA 1LJIA 4H9BA 2ZWBA 1JKBA 1JTTL 1QDTA 1SLYA 2EKSC 1UUZC 1GF7A 4HPIA 1B7LA 3TMWA 4QY9A 1IOSA 1C08C 2Z12A 5B07A 3W3EA 3B0KA 3WVYA 4EOFA 5I5QA 2DQJY 2Z39A 1GAZA 4WO9A 5KXTA 4TSCA 2W1MA 1CKGA 1YKYX 1HSXA 3P4ZA 1IOQA 4HJZA 1C10A 1RFPA 2BQIA 1IWZA 2HU1A 2YBIA 4H91A 1GEVA 2I25L 1V7SA 1IR7A 5B1GA 1GXXA 4YENA 4CGEA 6LYZA 1JKCA 1VDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EPEA 3OJPA 181LA 4UWUA 243LA 4N1CC 1YAPA 4NY5A 1L80A 238LA 1L04A 1L33A 4EKQA 4LYBA 139LA 1LHMA 1IORA 1AT6A 3AZ4A 3TMUA 1HEOA 4OWCA 4GCDA 241LA 2DKVA 3CDQA 1GE2A 1INUA 1LSNA 5LVIA 4DT3A 5II3A 1G7HC 3N9CA 1G7MC 1C65A 2RBRA 3BKVA 182LA 1B5WA 3B0IA 4ETEA 3EXDA 1PQIA 3DN0A 4XN6A 2YDGA 3AYQA 4B4EA 1C67A 230LA 1GBSA 1C6CA 5LYTA 167LA 4LDOA 1OVHA 3RU5A 2OE7X 5ILCA 4NGOA 1LMQA 4DD3A 1C6QA 1L46A 2RB0X 1QSBA 1DXJA 1HMKA 3LYMA 4NWHA 3DN3A 1L93A 2RBNA 248LA 1GB0A 5HMVA 4CFPA 4RDSA 1CNSA 3M18B 1JTOL 1B9OA 4W53A 3FI7A 4H90A 5F81A 4CFOA 3DN1A 1GEZA 233LA 5LA5A 1YQVY 5JENB 1T8FA 1ZV5L 4XENA 3QE8A 4H94A 1NBYC 2H5ZA 4W51A 3CSQA 1LSEA 1WTNA 3C8QA 1I1ZA 2NTHA 1D9UA 3AZ6A 1L00A 4EPIA 1CKCA 3C7YA 1C60A 1PQKA 4RW1A 3A95A 3FADA 1QSQA 199LA 1JPOA 166LA 3P65A 1GBYA 4WM1A 1L95A 1MELL 4I8SA 1HERA 1NWGA 3W6CA 4PRUA 1GFVA 1L71A 4PJ2C 1LAAA 189LA 2RBSA 1QUTA 160LA 1AKIA 196LA 4WO6A 1L45A 1GAYA 3RZEA 4CJ2A 1QUDA 1DKJA 223LA 1L76A 1P56A 1T6VL 1VFBC 1LSCA 1GF9A 1RI8B 2LZTA 1LZ5A 1UBZA 1L41A 1LKRA 2IFFY 4ARMA 1L40A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GE1 A;  1JSF A;  2EPE A;  3OJP A;  4H92 A;  1LZ9 A;  2BAA A;  3CT1 A;  4UWU A;  5A3Z A;  1FLW A;  2AUB A;  4N1C C;  3TXH A;  1YAP A;  4NY5 A;  3CT0 A;  4N5R A;  1LJ4 A;  1XGP C;  1D0M A;  4GCC A;  4ZEE A;  1YIK A;  3AZ7 A;  4ETB A;  1UIB A;  1QTK A;  4LYB A;  5L3H A;  1BQL Y;  1D6P A;  1JKD A;  1ZVH L;  5B1F A;  154L A;  1IP2 A;  1LHM A;  4YF2 A;  1IOR A;  1AT6 A;  4LYZ A;  4C5F A;  3AZ4 A;  4XJD A;  3TMU A;  1HEO A;  4OWC A;  5FEK A;  5IHG A;  3W6B A;  4GCD A;  1XEK A;  4LYT A;  2DKV A;  2H9J A;  1GE2 A;  1LZD A;  1INU A;  1LSN A;  4GN5 C;  5LVI A;  4DT3 A;  5II3 A;  4B4J A;  1G7H C;  3N9C A;  1G7M C;  4GCF A;  4NG1 A;  3BKV A;  1C46 A;  4OOO A;  1IWW A;  5D5F A;  1B5W A;  1HEP A;  3B0I A;  5APE A;  4ETE A;  1T3P A;  5DN5 A;  3WU9 A;  3EXD A;  4XN6 A;  2YDG A;  4HTN A;  2HTX A;  3AYQ A;  4B4E A;  1GBS A;  5LYT A;  1UCO A;  4M4O A;  1HNL A;  4I0C A;  1HF4 A;  1LYO A;  2YBJ A;  1OUB A;  1QTE A;  2BQJ A;  1LJF A;  3ATN A;  2MEC A;  4WMG A;  2DQD Y;  3A96 A;  4XJI A;  3RU5 A;  1DZB X;  3A90 A; 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 1HML A;  3RNX A;  133L A;  2CJL A;  3F6Z A;  4BAP A;  4TWS A;  4E3U A;  5KXR A;  1LCN A;  2XTH A;  1LSY A;  1OUJ A;  3TXD A;  1WQN A;  1BWI A;  1HFY A;  1PZY A;  1LMN A;  4NGV A;  1HFZ A;  1GB3 A;  1WQR A;  4DDA A;  3LYZ A;  5KXL A;  3WUN A;  1DQJ C;  1GBZ A;  1J1O Y;  2HEB A;  1JJ0 A;  2IHL A;  1REZ A;  1LZ1 A;  5HLL A;  2YBN A;  3OK0 A;  2CGI A;  4DDC A;  5AMY A;  1JEF A;  1NMM A;  3LHM A;  2YBM A;  4NEB A;  3A67 Y;  2XBS A;  1HHL A;  1GHL A;  1OUD A;  4OWB A;  4Z98 A;  1IWX A;  1FLU A;  1GB8 A;  1LPI A;  4W94 A;  1XGQ C;  4RW2 A;  4XJH A;  4XJB A;  3T6U A;  3M3U A;  3VWO A;  1OUG A;  2X0A A;  2ZYP A;  4CHX A;  1CJ9 A;  1IY3 A;  1IR9 A;  1BWJ A;  2BQM A;  4H9C A;  2LZ2 A;  4NGY A;  1NKH A;  1XSF A;  1GB5 A;  1B5Z A;  3WUA A;  4HSF A;  3WW5 A;  2A7F A;  4H93 A;  2Z2E A;  4RLM A;  1IP3 A;  4NHT A;  1G7L C;  4OOT A;  5HNL A;  5KXS A;  1LJI A;  4H9B A;  2ZWB A;  1JKB A;  1JTT L;  1QDT A;  1SLY A;  2EKS C;  1UUZ C;  1GF7 A;  4HPI A;  1B7L A;  3TMW A;  4QY9 A;  1IOS A;  1C08 C;  2Z12 A;  5B07 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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