4TTDA

Structure of a lysozyme antibody complex
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system
molecule keywords Lysozyme C
publication title Structure of a lysozyme antibody complex
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ttdA00
4WG7A 4QDNA 4TUNA 1BWHA 1F6RA 2HU1A 4BS7A 4NGLA 5I54A 3IJUA 2MEIA 1LSYA 5KXZA 3LN2A 3A34A 5FEKA 1RJCB 1IOQA 1JKBA 3A6CY 2CGIA 3EMSA 1DKJA 4MR1A 3A91A 3W6FA 1IOCA 4NSIA 5HMVA 4OWEA 1C45A 1GEVA 1IC5Y 2YBMA 1LSNA 5DN4A 3TMWA 2XBSA 4A7DA 2BQBA 4GLVA 1VDPA 5B05A 5T3FA 2AUBA 1H6MA 1QDTA 1GE4A 4LYMA 4H90A 1D9UA 1IWTA 5B1FA 3AB6A 4H9BA 4NHPA 2DQGY 4N1EI 5F9UA 1GBWA 3OK0A 2XJWA 1LYOA 4LT3A 1JSFA 4YF2A 3A95A 1DI3A 2HEAA 4ML7A 3ZEKA 4WOAA 1WQRA 1AT5A 1YKXX 1JISA 1UBZA 1GFRA 4GN4A 4HV1A 2FBBA 1BB4A 1LHLA 3RW8A 3WUMA 1HMKA 1JKAA 1HEPA 4P2EA 2ZNWY 4C5FA 3G3BB 5F9XA 1IWWA 1GD6A 4XENA 5FDJA 1JTOL 4G49A 2DQAA 4XJBA 4LYZA 3WL2A 5I4YA 2ZIJA 4AGAA 5DM9A 4XADA 4PGJB 4HJYA 4LT2A 1NDGC 1LZYA 2YSSC 1NF5A 2W1MA 2HUBA 2CJLA 4NGZA 4LYOA 1TAYA 3LYTA 2Z18A 1LZGA 4Z46A 5APCA 1IIZA 1CJ8A 2DQEY 4ETBA 1GFTA 4PRQA 4R6CA 1CKGA 4NEBA 4U3XB 4DDCA 5LAFA 1LMPA 1YKYX 2VB1A 5KXTA 1GWDA 5I5QA 2DQJY 5KJ9A 1P2CC 1FN5A 2F2NA 2IHLA 2BAAA 3AW7A 1HNLA 5KXOA 1WQPA 1JEFA 1LHIA 4M4OA 3WYHA 4CHXA 1LZDA 1OUGA 1LHMA 2N5ZA 4DD1A 1LZNA 1NBYC 4RW2A 3B72A 3MGWA 1B5UA 1QUTA 3EBAB 1OP9B 2FYCA 2EKSC 1VATA 3EO5A 4N1CC 3A94A 4WLTA 1LSMA 2IFFY 4XJFA 4PHIA 5FHWA 2DQCY 5LVHA 1D0MA 1LSPA 1N4FA 1XGUC 4GCFA 4CJ2A 3W6AA 4W96A 1IR9A 3TMXA 1LJNA 2D4IA 1J1XY 3P68A 4O34A 2HEDA 1YKZX 3WXUA 2MEHA 1UACY 5ILFA 3E3DA 1T3PA 5KXKA 3P4ZA 1QSWA 4XJDA 5LA5A 208LA 3GXRA 1GF4A 1LMTA 3BKVA 1GPQC 1LZ8A 4M6DA 1OUIA 5E4PA 4LFPA 3AW6A 5IELA 1WQQA 4WL6A 4LYBA 3M18B 4XJIA 4TTDA 1B7MA 2BQDA 5M1YA 2Z2FA 1A4VA 3A6BY 1IWVA 194LA 1D0KA 4H8YA 4WM5A 2DKVA 5B07A 1LSAA 2MEAA 1IWXA 4HJVA 1CNSA 6LYTA 9LYZA 1JSEA 1NQIA 1NKHA 5IDDA 3ULRA 3RT5X 1D6PA 3LHMA 2LZ2A 3WVYA 1JTTL 2EPEA 3A8ZA 1IY4A 1NWGA 3CB7A 3T36A 2I26L 4QGZA 5HMJA 4CFPA 4WM2A 1RI8B 193LA 2BQAA 1XEKA 1LZ4A 4Z3MA 2DQIY 1B5VA 1DKKA 1GXV2 4H8XA 1IC4Y 4WLXA 4WG1A 3WU8A 1B7RA 1GBZA 1JUGA 1TBYA 4BADA 2ZYPA 4G4HA 1GE1A 5FCPA 1GB2A 4IJ4A 1AZFA 3ATOA 1VDTA 1CKDA 3W6DA 1REYA 1LMOA 4XJGA 1B5YA 2BQLA 1W6ZA 4G9SA 3EXDA 1B2KA 1HSXA 1YQVY 3WXTA 2FBDA 1UUZC 1B5ZA 3RNXA 1GFJA 2LHMA 1LSDA 4OOTA 1FKVA 4BAPA 1JHLA 3TMUA 3B0OA 1UIDA 1FLYA 3FE0A 1QTKA 1ALCA 1GB8A 5LYZA 4I0CA 1BQLY 1DPXA 3W3EA 1IWUA 1FLWA 5K7OA 3WU7A 1C7PA 1GF7A 4GN5C 4YOPA 1BVKC 1LJIA 4RLMA 1Z55A 5JENB 1INUA 3F6ZA 1GFAA 2BQIA 4IATA 1REMA 1HENA 4Z41A 5A3ZA 5F14A 3A3RX 4AXTA 1UIHA 4NWHA 4PJ2C 1LZ9A 5LYMA 2RSCA 1OUBA 1HMLA 135LA 4GCCA 1GHLA 1ZMYL 2YDGA 1IP4A 1C46A 1HFXA 1GFKA 1CKFA 1GB6A 1H87A 1LZEA 3WUNA 1UIEA 1BB7A 1IC7Y 4DD0A 1GF0A 1CKCA 3M3UA 4H9IA 4N0JA 1NBZC 2ZNXY 1GB3A 4KXIA 2DQHY 5B06A 1T6VL 1OUCA 1UA6Y 2HEEA 5D5CA 4EOFA 4ETEA 3LYMA 3T6UA 1LYZA 2LYZA 1XEJA 1KIPC 2H5ZA 1VFBC 1V7SA 4II8A 5II3A 1MLCE 1GBOA 2Z38A 1SQ2L 4HTQA 1F6SA 207LA 1BWJA 3RU5A 4XN6A 1UCOA 2A7FA 1UICA 4B49A 1YAOA 4H9EA 4J7VA 1JPOA 3WPJA 3QY4A 1LZCA 3P65A 1KXWA 5HNLA 1DPWA 2D4KA 4WLYA 4ZIXA 1LJ3A 2LZTA 5DLAA 2MEEA 1LSZA 1FLUA 1FKQA 3CT5A 4KT3A 1WQNA 4RDSA 3ZVQB 1LZ5A 4L41A 154LA 4FJRA 4NIJA 5FSTA 4H8ZA 4J0LA 1REZA 1LZBA 1HEOA 4WO9A 1B7LA 1UIBA 3N9CA 3CSRA 2NWDX 3TXBA 3G3AB 4G4BA 4HPEA 4BAFA 1O23A 4LZTA 3WMKA 3ZVQA 4HJZA 4H93A 4WLDA 5L9JA 2LYOA 1VAUA 1LSEA 2W1XA 4YEMA 134LA 1GFEA 5DL9A 4YM8A 4ZEEA 1BB3A 3LZTA 1IP7A 1XGPC 2MEDA 4Z98A 4OWCA 1RFPA 4OWBA 1DZBX 5HQ1A 3CT1A 5FELA 1GB7A 5B59A 2ZILA 5KXLA 4N5RA 3BKHA 4DC4A 4ZFPA 1YANA 4LFXA 1G7LC 3A93A 5APDA 5F16A 1LAAA 1B9OA 4HV2A 1JIYA 3LYZA 3AZ5A 4RLNA 5F81A 4PRUA 5HLLA 2YBNA 4DWXA 4DYGA 3P64A 1C10A 3W6CA 3HFMY 4NG1A 5LXWA 1HEQA 1OUHA 1V7TA 2C8OA 4DD7A 3B6LA 5LIOA 1DI5A 1IP2A 1YILA 4GN3A 4J1AA 1ZVYB 1NHEA 1LJ4A 5LVJA 1UC0A 4NGYA 2MEFA 1FDLY 1LZSA 2C8PA 2XTHA 5KXRA 4WM1A 1LSFA 4W94A 3QE8A 1GFHA 1HEWA 2DBTA 4QY9A 5ILCA 1LKRA 3SP3A 1LTMA 3AJNA 2F4AA 4H9HA 1IO5A 1ZV5L 2BQHA 2HEBA 1D0LA 4LYTA 4NHQA 3WW5A 5KKIA 1IVMA 1BHZA 2ZIKA 2D6BA 4OWAA 1HEMA 1VDQA 2YBHA 8LYZA 3AGGG 1GF9A 1NDMC 4NGIA 4LYCA 4GCEA 1E8LA 1IX0A 4H9FA 1CKHA 2YBIA 1KIQC 3B0KA 3LYOA 4G4CA 2HTXA 1B7NA 1LMCA 4ETAA 4KL7A 1HF4A 1IWZA 1GE3A 1BWIA 4DD3A 1LJJA 4NGWA 4OW1A 1LMNA 1C08C 1GE0A 4GLAA 4N9RA 3CQLA 3K3TA 5HNCA 1IR8A 3W6BA 3A96A 4H1PA 1BB5A 4LT1A 1F0WA 1DXJA 2ZYCA 1XEIA 2H9JA 2BQNA 2EQLA 3CT0A 4FDYA 5E9RA 1LSCA 4NWEA 2YBJA 1IWYA 1HERA 3A3QA 4NGJA 1DQJC 4X3BA 1JJ3A 5L3HA 3WPKA 3KAMA 3IJVA 1JTPL 1LZ1A 4WM3A 3HBEX 2GV0A 3N9AA 1J1PY 2BQCA 2BQFA 4H94A 1IEEA 3AGHA 4XYYA 1GBYA 1LJEA 1REXA 4B4IA 2YBLA 4B1AA 1RCMA 1AKIA 4MCKA 2BQKA 2HECA 5KXMA 2ZQ4A 1GXXA 2BQOA 3CSQA 1GDWA 5IHGA 1IP5A 1B7QA 4D9ZA 2B5ZA 2BQJA 3D9AC 1EQEA 4WO6A 1QIOA 5DN5A 3WVXA 5C6JA 2D91A 1C43A 1LYSA 1WTNA 2XBRA 3D3DA 1QQYA 4YENA 4J1BA 1IOSA 2BPUA 5A3EA 3WULA 1YROA 4C3WA 1OUFA 1LMQA 1NMMA 1RE2A 1LZTA 1B7SA 1OUAA 4LGKA 1HSWA 2Z12A 1LSBA 6LYZA 1TDYA 3AZ6A 4DT3A 1EQ4A 153LA 3A90A 1D6QA 4DDAA 1LCNA 3HBDA 3WPLA 2MEGA 3VWOA 1UIFA 4TSCA 4HSFA 1HC0A 1B5XA 1LSGA 3AGIA 1I20A 4I8SA 4XJHA 1WVUA 1QSAA 4B4EA 4DDBA 1OUEA 1MELL 1FLQA 2ZQ3A 1YAMA 2X0AA 5L3IA 1GFGA 3FI7A 2G4PA 1OUJA 1LZAA 3A92A 4GCDA 4ETDA 5AMYA 2I25L 4CGEA 5LVGA 4R0FA 4ETCA 3LZ2A 1OQMA 4NHTA 5APFA 2MEBA 1GBSA 1FBIX 3AZ7A 2EIZC 3CSZA 1GF8A 1LHKA 1YIKA 1GB0A 1A2YC 1LZ6A 2BLYA 1WTMA 1G7HC 1LJHA 1B5WA 4WM4A 1YL0X 1IR7A 1GAZA 1QTEA 1LOZA 1CJ6A 1VEDA 1LMAA 2HEFA 4TWSA 1EQ5A 1IORA 1XGRC 5C6IA 1B7OA 2DQDY 4QEQA 4B4JA 1WQMA 2G4QA 1GAYA 3TMVA 1QUSA 2A7DA 3TXEA 1W08A 1LHHA 1G7JC 2BQEA 3N9EA 1EL1A 4TSBA 2ZWBA 4DD2A 4ET8A 1I56A 4E3UA 4CFOA 1UIAA 3TXIA 4NFVA 5LVKA 3J4GA 4NSHA 1KXXA 1LJGA 5I53A 1GFUA 3WW6A 2BQMA 1YL1X 3QNGA 1G7MC 1JKCA 4MSTA 1LJKA 2F4GA 1GDXA 1XGTC 3HBHA 1LYYA 3AZ4A 1HFZA 1I1ZA 1YAPA 3ATNA 4IASA 4OWHA 1G7IC 1HHLA 4NSGA 1GF6A 4HP0A 1GB5A 1LPIA 3WU9A 3TXDA 1IY3A 3TXHA 5C6LA 5KXXA 3W6EA 1SLYA 3P66A 2Z39A 5LA8A 3WH1A 5LVIA 3J6KA 1KIRC 2WARA 1GE2A 2Z19A 1CJ7A 4HTNA 4UWVA 5B1GA 3TXFA 3TXGA 1GFVA 1LHJA 4RW1A 2F30A 5KXWA 4KPMA 1F10A 1JWRA 4LT0A 4NY5A 1JKDA 4UWUA 4WM6A 4PPOA 1HELA 133LA 1LKSA 2Z2EA 4NGVA 2CDSA 2BQGA 3AYQA 1PS5A 1LZRA 1GF5A 1B0DA 4OOOA 1AM7A 1QDRA 5KXPA 5LAGA 1GF3A 1ZVHL 1IP1A 1JITA 5LINA 1DI4A 2I6ZA 1YAQA 2FYDA 2HU3A 5APEA 3RZ4A 132LA 1CJ9A 2DQFC 4H92A 1BVXA 1UIGA 5EBHA 3OJPA 1LJFA 2Y8PA 1OUDA 4H9CA 4HPIA 1WQOA 1PZYA 2CWIA 1AT6A 5I4XA 4GCBA 1JJ0A 1GEZA 1IP3A 1IP6A 2H9KA 4HTKA 1HFYA 5I4WA 1TEWA 1JJ1A 4NG8A 5J7CA 5KKJA 3TXKA 1VDSA 2D4JA 2Q0MX 1WVVA 4TX7A 1KXYA 5KXYA 1XFPL 1BGIA 1J1OY 2G4NA 2W1LA 3A67Y 4NHIA 1XGQC 5KY1A 4H91A 4WL7A 3IWRA 7LYZA 2BLXA 4YEOA 4NHSA 4N8ZA 5KXSA 2MECA 4NGOA 4NGKA 4WMGA 4DD9A 2W1YA 5KXNA 4EMNA 2Z37A 3TXJA 4UWNA 4ANRA 1GB9A 2YVBA 1BB6A 2PC2A 1GBXA 5D5FA 4B0DA 1TCYA 1XSFA 5LYTA 3GXKA 1B7PA 2LYMA 3B0IA 4H9AA 1IOTA 3WUAA 4ET9A 4NSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EKRA 4TUNA 1BWHA 2Q9EA 1T6HA 1LSYA 1L94A 3LN2A 5FEKA 1IOQA 1JKBA 1JTNA 3A91A 3W6FA 1IOCA 4OWEA 1LYDA 1L28A 1H6MA 1GE4A 4LYMA 4H90A 1D9UA 5B1FA 4NHPA 4N1EI 1D2YA 3OK0A 2XJWA 4YF2A 1JSFA 1LYJA 3A95A 1L23A 1L67A 1YKXX 1JISA 4GN4A 1GFRA 1LHLA 3WUMA 1JKAA 4P2EA 1L48A 3G3BB 1GD6A 4XENA 1C6LA 5I4YA 4AGAA 3OE8A 4ARQB 2YSSC 1NF5A 4LYOA 103LA 1LZGA 5APCA 173LA 3DN3A 4NEBA 4DDCA 4PJZA 1CV1A 1JTMA 2DQJY 5I5QA 1L73A 5KXOA 1OUGA 1LZNA 1PQIA 1CVKA 1C68A 2IFFY 4XJFA 4PHIA 3HH3A 5FHWA 196LA 1LSPA 1N4FA 126LA 3TMXA 3C83A 3FI5A 1T3PA 1GPQC 5E4PA 4LFPA 240LA 164LA 1WQQA 1CTWA 4I7RA 4W58A 1CU0A 4XJIA 4TTDA 2BQDA 2Z2FA 3DNAA 194LA 115LA 4HJVA 1CNSA 1P46A 3WVYA 1ZWNA 2LZ2A 2EPEA 3CB7A 1IY4A 3T36A 4WM2A 1C62A 1DKKA 2RBPA 1LWGA 180LA 4WG1A 1CV0A 161LA 4G4HA 1C6TA 1VDTA 1CV5A 1B5YA 1W6ZA 1PQJA 2FBDA 3TMUA 1LW9A 1UIDA 1FLYA 4I0CA 1FLWA 200LA 4YOPA 1BVKC 138LA 1L64A 1G1WA 4W56A 1LYHA 4NWHA 2RBQA 3GUIA 4GCCA 4K5YA 1GB6A 1LZEA 1BB7A 1L13A 3C8RA 3M3UA 4LDLA 1C69A 4ETEA 3T6UA 1VFBC 3RU5A 1UICA 1L56A 1YAOA 3OE9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WG7 A;  4QDN A;  4TUN A;  1BWH A;  1F6R A;  2HU1 A;  4BS7 A;  4NGL A;  5I54 A;  3IJU A;  2MEI A;  1LSY A;  5KXZ A;  3LN2 A;  3A34 A;  5FEK A;  1RJC B;  1IOQ A;  1JKB A;  3A6C Y;  2CGI A;  3EMS A;  1DKJ A;  4MR1 A;  3A91 A;  3W6F A;  1IOC A;  4NSI A;  5HMV A;  4OWE A;  1C45 A;  1GEV A;  1IC5 Y;  2YBM A;  1LSN A;  5DN4 A;  3TMW A;  2XBS A;  4A7D A;  2BQB A;  4GLV A;  1VDP A;  5B05 A;  5T3F A;  2AUB A;  1H6M A;  1QDT A;  1GE4 A;  4LYM A;  4H90 A;  1D9U A;  1IWT A;  5B1F A;  3AB6 A;  4H9B A;  4NHP A;  2DQG Y;  4N1E I;  5F9U A;  1GBW A;  3OK0 A;  2XJW A;  1LYO A;  4LT3 A;  1JSF A;  4YF2 A;  3A95 A;  1DI3 A;  2HEA A;  4ML7 A;  3ZEK A;  4WOA A;  1WQR A;  1AT5 A;  1YKX X;  1JIS A;  1UBZ A;  1GFR A;  4GN4 A;  4HV1 A;  2FBB A;  1BB4 A;  1LHL A;  3RW8 A;  3WUM A;  1HMK A;  1JKA A;  1HEP A;  4P2E A;  2ZNW Y;  4C5F A;  3G3B B;  5F9X A;  1IWW A;  1GD6 A;  4XEN A;  5FDJ A;  1JTO L;  4G49 A;  2DQA A;  4XJB A;  4LYZ A;  3WL2 A;  5I4Y A;  2ZIJ A;  4AGA A;  5DM9 A;  4XAD A;  4PGJ B;  4HJY A;  4LT2 A;  1NDG C; 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 3P66 A;  2Z39 A;  5LA8 A;  3WH1 A;  5LVI A;  3J6K A;  1KIR C;  2WAR A;  1GE2 A;  2Z19 A;  1CJ7 A;  4HTN A;  4UWV A;  5B1G A;  3TXF A;  3TXG A;  1GFV A;  1LHJ A;  4RW1 A;  2F30 A;  5KXW A;  4KPM A;  1F10 A;  1JWR A;  4LT0 A;  4NY5 A;  1JKD A;  4UWU A;  4WM6 A;  4PPO A;  1HEL A;  133L A;  1LKS A;  2Z2E A;  4NGV A;  2CDS A;  2BQG A;  3AYQ A;  1PS5 A;  1LZR A;  1GF5 A;  1B0D A;  4OOO A;  1AM7 A;  1QDR A;  5KXP A;  5LAG A;  1GF3 A;  1ZVH L;  1IP1 A;  1JIT A;  5LIN A;  1DI4 A;  2I6Z A;  1YAQ A;  2FYD A;  2HU3 A;  5APE A;  3RZ4 A;  132L A;  1CJ9 A;  2DQF C;  4H92 A;  1BVX A;  1UIG A;  5EBH A;  3OJP A;  1LJF A;  2Y8P A;  1OUD A;  4H9C A;  4HPI A;  1WQO A;  1PZY A;  2CWI A;  1AT6 A;  5I4X A;  4GCB A;  1JJ0 A;  1GEZ A;  1IP3 A;  1IP6 A;  2H9K A;  4HTK A;  1HFY A;  5I4W A;  1TEW A;  1JJ1 A;  4NG8 A;  5J7C A;  5KKJ A;  3TXK A;  1VDS A;  2D4J A;  2Q0M X;  1WVV A;  4TX7 A;  1KXY A;  5KXY A;  1XFP L;  1BGI A;  1J1O Y;  2G4N A;  2W1L A;  3A67 Y;  4NHI A;  1XGQ C;  5KY1 A;  4H91 A;  4WL7 A;  3IWR A;  7LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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