4TVHA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with tl-3 in active site and fragment ak-2097 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tvhA00
5P7BA 4B70A 5JODA 4HLAA 3T7XA 4ER2E 3BUHA 5P10A 5P1XA 3O9GA 5P42A 3OK9A 3EL5A 1Z1RA 4YD6A 1ER8E 5DGWA 5DR1A 4J5JA 5P8UA 3FX5A 3LITA 4CMSA 5P4JA 2PWCA 5P7MA 4BEKA 3LZYA 4DI2A 4OBJA 4U8WA 2VIJA 5IS4A 2O4KA 2OAHA 5AHCA 3TLHA 4RZ1A 3SA5A 5P4ZA 4QLHA 2IS0A 4EJDA 4RRNA 5OYTA 3OUDA 3OY4A 5P7JA 1FQ8A 5AHBA 1UPJA 5J25A 5P05A 5P4BA 4QJ6A 3WSJA 1MSNA 4A4QA 2NXLA 2A1EA 3NYGA 5KR8A 4I8ZA 5P6FA 4LAPA 1TZSA 4L1AA 3PI5A 3DCKA 4OD9B 5P5UA 5P6UA 4L7GA 3IVIA 5P6QA 1D4HA 3OU4B 3S85A 5P7EA 4GYEA 1C6YA 1E5OE 4Y3XA 2HB2A 1EC3A 3OQ7A 3A2OA 1MVPA 1K1UA 3QRSA 3R1GB 4OBZB 3VYDA 4FRKA 3L58A 5AH8A 3VLAA 5P6BA 5P5DA 1K6PA 1HHPA 2OHPA 5P5BA 2WF2A 2AOGA 3D1ZA 3SA6A 1GNOA 2QNPA 1IVPA 1XE5A 4EXGA 3TPRA 3UF3A 3O9EA 4Q1YA 5P0DA 5P2DA 3BGCA 4Y5NA 3EMYA 5P1OA 1BDLA 2XFKA 2P8HA 4HE9A 2OHMA 4FE6A 5P79A 5P7NA 4YDGA 3NUJA 4DJVA 2VKMA 2FNSA 2VNNA 5OZ4A 2PSUA 3BVAA 4GIDA 5P66A 5P00A 4Y5KA 2OHQA 5P2VA 3WZ7A 5P2XA 5P48A 3HDKA 3OUDB 2PK5A 3EKXA 3QN8A 5P69A 4OC6B 1YTJA 5I3YA 5P4CA 4RVJA 5P5FA 1HRNA 4YCKA 5P5ZA 4L1AB 4ER1E 4FRIA 3INDA 5KQXA 5OZ5A 1FFIC 2QK5A 4EP3A 1HVHA 3DV1A 5P4MA 4HVPA 5C9FA 4RCDA 5P0VA 1GNNA 5APRE 3C9XA 3G70A 4EJKA 4EWOA 5P4OA 4ZPGA 5P1FA 4FM7A 5P8TA 4H3GA 4YDFA 5P14A 1C70A 2G1OA 4ACUA 3QP0A 3ZLQA 2AOEA 3PWWA 3NU3A 3O9DA 2PQZA 3APPA 4YD3A 5P2OA 4Y3RA 4ER4E 4GJAA 4HZTA 5KR0A 1APUE 1AJXA 4GJ7A 3GW5A 1LF3A 1FQXA 5P13A 3KFNA 5P5MA 5P58A 2G20A 3U71A 3QPJA 4FCOA 2PH8A 1EPPE 4Y48A 4DUSA 4B0QA 5P11A 4YOBA 5P7SA 3SA9A 4LC7A 2P3DA 4Y3TA 5P2LA 1NSOA 5P74A 2QD7A 2QU2A 2G21A 1A30A 2H6SA 5P7RA 1GKTA 1K2BA 3R2FA 4J0ZA 5P1NA 3EL4A 4K8SA 4FGXA 2ZHVA 5SY2A 4FL8A 1D4SA 1EPME 4UPJA 3U7SA 2G22A 5COPA 5P6DA 4H3FA 3L3AA 5DPZA 3CICA 2V12C 3IXKA 3CYWA 1BDRA 1XDHA 5P71A 3Q70A 2QD6A 3FNSA 4K9HA 4D8CA 3I25A 1HXBA 5P4VA 5P2KA 2PYNA 3SA8A 3MSLA 5P5VA 2IKOA 1KJGA 4I0ZA 5P8DA 6FIVA 1QBRA 5P52A 5ISJA 4Y3DA 4M8YA 5OZUA 4OBKA 5P1SA 4DQEA 2PWRA 5P6SA 4YOAA 2IGYA 3O9HA 1EPRE 2AZ8A 5P60A 5P5NA 5P3UA 5P2BA 5P7XA 3PI0A 4Y36A 1B6KA 5ER2E 2I4WA 1BILA 1XE6A 4NJTA 3PM4A 5P2UA 2ER0E 2G69A 3KMYA 4D85A 5ER1E 1HIIA 3UDYA 5P28A 1YTHA 4FRSA 3SAAA 1M4HA 3Q3TA 2ANLA 4A6BA 5P3AA 3OHHA 4FSLA 5P3DA 1E80E 2HB3A 4PYVA 1K6CA 5P0NA 3RTNA 3HAWA 3OXWA 5P3FA 2FLEA 4DH6A 5P8VA 5OZ1A 2V11C 5P3XA 4PZWA 5KOSA 5P75A 2I4XA 1FG6C 1A9MA 1FEJC 5P0JA 4I10A 2ZJJA 2FXEA 2SAMA 3FNUA 5P5HA 5EZZA 2PSVA 3OXVA 1WBMA 3INEA 1FQ5A 4JPCA 2R38A 3OGPA 3S54A 1T6GA 1YX9A 5ISKA 5P1IA 1EAGA 1TQFA 1MIQA 3CIBA 2QMDA 2P3BA 5P7FA 1FKNA 4DJXA 3K4VA 4GJDA 5P46A 2V00A 1EBZA 4ZIPA 2WHHA 4Z4XA 3RSXA 3VFAA 5P86A 4DPIA 5P5TA 3UCBA 3KDCA 3FNTA 4QGIA 2F3EA 1EEDP 3ECGA 4Y56A 2QI4A 1G35A 5OYVA 2ZJLA 2BPYA 3D1XA 2I1AA 4HDFA 1ZJ7A 2BPZA 3QAAA 4RROA 2P4JA 5P8IA 2Q3KA 3GI6A 3O9AA 2B8LA 4Y54A 5COKA 3URIA 2AVSA 1BDQA 1D4LA 3HW1A 5P78A 5P57A 1W50A 4IVTA 1MPPA 4Y3ZA 3VFBA 1QBUA 3JVWA 3INHA 5P0PA 5OZFA 5P8BA 4BFDA 3IXJA 5ENKA 5P72A 1OD1A 4PEPA 2PSGA 4K4QA 1WBKA 5P0GA 3SLZA 5P2GA 5P4WA 3HAUA 5P1RA 1FGCC 5P56A 5P3NA 2AOIA 5P49A 1NPAA 5DQ2A 3S7MA 5P1ZA 3NWXA 5OYZA 1B6LA 3UDRA 3MXEA 3PGIA 5P37A 4YBFA 3L5DA 5OZ0A 1UH8A 3HLOA 2Q64A 3NWQA 1B6MA 1MEUA 1M43A 3QI1A 4OBGA 1HOSA 4J0PA 3CKPA 2IEOA 3UDKA 3SKGA 2P3BB 3VYEA 5P36A 3ZPTA 4FSEA 3UQXA 2CEMA 1LYWB 3LZVA 3VV7A 5P33A 4GZFA 3KDBA 4PHVA 5P6RA 3PCZA 3MXDA 3INFA 4JECA 5P0SA 1HIVA 1K6VA 4FRJA 5HTZA 5P3RA 4YD5A 3UQUA 4Y5LA 2IL2A 2NPHA 3UTLA 2QAKA 3L38A 4TRZA 4CPQA 1XS7D 2BKTA 3LPJA 4RRSA 5P3WA 4J54A 1UH7A 3EXOA 4R91A 5CONA 1WKRA 5P5XA 1NH0A 3WZ6A 2IRZA 5KR2A 1PSNA 2HB4A 1M0BA 4DJWA 1APWE 1FB7A 5HU0A 4B78A 2FXDA 5P5PA 5P01A 3UPJA 1ZBGA 4Y4BA 3OU1B 2ZHSA 5P0XA 3TTPA 3UHLA 1HVLA 1G6LA 5P2YA 3EL0A 1HVJA 5OZVA 1IBQA 2NMZA 3PB5A 1C6XA 2HC0A 3EKQA 4B1CA 4Q1WA 4YD7A 3NDXA 3LHGA 1SDTA 1LYBA 5HCOA 5OZYA 5P3YA 1KJ4A 4Y43A 4DJUA 3ZKXA 3ZOVA 1BIMA 5P3IA 5P8OA 1W51A 2R5PA 1FQ4A 3SABA 1T7IA 3CYXA 4OD9A 1TSQA 2ER6E 2F3FA 2FIVA 2Q11A 4EPJA 2R9BA 5P5RA 5P85A 4PZXA 2AZBA 5DQ1A 5OYRA 2QI5A 3G6ZA 4FM6A 2F3KA 4YCTA 5P6KA 4J0YA 3GGVA 1IDAA 1JLDA 3SACA 5P4DA 5P5YA 2B8VA 3OTSA 5BRYA 5P6TA 1E81E 1SIPA 4ZEAA 5P1VA 2RSPA 4Y3PA 2WEBA 5P5QA 5P59A 3WB5A 4Y4ZA 2AOFA 4YA8A 3L5CA 5OZ8A 2XFJA 5P40A 2PH6A 3VSXA 4D88A 1TW7A 5P12A 5P1UA 6APRE 3FSMA 5P4FA 1HTGA 3FV3A 3PJ6A 5P7UA 3VF3A 4FAEA 4GB2A 5P4LA 3OWNA 1W5WA 5T4SA 2CEJA 3DJKA 1HVCA 5P4HA 3VSWA 3URLA 5UPJA 1OHRA 5P7YA 2G1YA 5P0BA 2IQGA 1PPLE 2JYSA 1HTFA 5P31A 1YT9A 5OZJA 1AJVA 4RCEA 1DP5A 5P54A 1LYBB 4OC6A 2ER9E 3I2LA 1IZEA 5P1JA 2AZCA 3R0WA 2NNPA 5P18A 5DR8A 1MT8A 4B77A 2NMYA 5P6VA 5P8AA 1RQ9A 1CZIE 2RKFA 3QIHA 1PPME 4FIVA 3WB4A 5P4KA 4KE0A 5P1LA 4DPFA 3R0YA 1MRWA 3PSGA 1SMEA 2AVQA 3T6IA 2ZDZA 4NJSA 4NKKA 1XL5A 5JG1A 3VEUA 4HA5A 3DM6A 2G24A 4Y9WA 2FGVA 2J9KA 5OZEA 1IZHA 3S45A 4Y5BA 5AHAA 4Y4UA 3SFCA 5P5WA 3OUAA 4Y51A 5OZ3A 2AVMA 3OXXA 4MC6A 1BVEA 5P22A 5KAOA 2A4FA 1MT7A 3KMXA 5HE4A 3TOGA 5P0QA 4WTUA 1FG8C 1YTIA 5KOQA 1HTEA 2RENA 1Z8CA 4FLGA 5AH6A 1FLHA 2BQVA 1ZSRA 2ZJNA 3K4VC 5KQZA 3D20A 1HSHA 2IDWA 2OHLA 5HVPA 4I0DA 2QD8A 3NDUA 5P7LA 5P6WA 3TH9A 4QJ7A 3S8IA 5SXNA 5OZBA 3D3TA 3NDTA 3BHEA 2O4PA 3ZKGA 3O9FA 1AXAA 5DGUA 2VA5A 1D4IA 2V0ZC 5P4UA 3O9CA 3VF5A 5P7DA 5P8JA 1EPNE 5P1KA 5KQYA 5P3OA 3IN3A 5P4NA 5P38A 1CPIA 5DR0A 2QCIA 3PHVA 2HPEA 1QDMA 5P7AA 5P2WA 4YBIA 5OZSA 3EKWA 3ER3E 4H1EA 3EKYA 3NXEA 5CLMA 3VYFA 5P7KA 4Y4TA 4KB9A 5OZIA 5AGZA 4RGHA 2QMGA 5P2MA 3HBOA 4H3IA 4U7QA 5P0CA 3TPJA 5P4RA 7UPJA 5P2EA 4GJCA 2ZHRA 2OHRA 5P6OA 3M9FA 1YM4A 4S1GA 2VNMA 4CPUA 2H6TA 4QJ8A 5P7GA 3URJA 4COEA 5P73A 3WZ8A 4Z2ZA 3NU9A 1T6EX 1HPSA 5E5JA 1KJFA 5P03A 2I4QA 5P3SA 1NPWA 5IVSA 1IDBA 4Y3FA 4KE1A 5E5KA 1K1TA 4EJLA 4I11A 5P4TA 4Y45A 1HSIA 2V13A 7HVPA 3KDDA 4I12A 3UDJA 3OOZA 1K2CA 3SKFA 5P6MA 6UPJA 3CMSA 2WF3A 2J9JB 1C6ZA 4GMIA 1GVVA 5P0WA 2QZXA 2NXDA 5OZNA 5P7IA 1AVFA 3K5DA 2HS1A 5P30A 1QS8A 3DV5A 1W6HA 1J71A 3CKTA 1FF0C 5HD0A 5P2TA 1B5FA 1YG9A 2I4DA 3Q6YA 5JFUA 5P3KA 1AZ5A 5P0FA 3B80A 2ZJIA 2BJUA 3O9BA 2VJ6A 3S53A 4Y3EA 3DK1A 3S56A 1T3RA 1HVSA 1QBSA 2B7ZA 3MWSA 4X7IA 3NU5A 3CKRA 1SDUA 1BWBA 2BB9A 3UFNA 2Q63A 5P7OA 4R92A 4B1EA 2QP8A 2G1SA 5P4SA 5P0RA 4DJRA 5P2HA 3OXCA 5P3ZA 2B42A 1HVKA 3ZMGA 3LPKA 3OGQA 3BRAA 5DQ4A 5P2ZA 4CPXA 5P67A 3HVGA 3ER5E 4Y5MA 1FIVA 3OQDA 4ZSQA 4D83A 2QNNA 2V16C 5P6ZA 1HPXA 4Y4GA 5C9BA 3BXSA 5P5EA 3SA4A 5P3HA 5P35A 5P7ZA 3LIXA 3PWRA 3UDPA 5P1AA 4DFGA 4DJQA 5IE1A 1EBYA 2WF0A 5P1CA 4Y3AA 4EP2A 1D4YA 1XN2A 2O4SA 3EM3A 1LYWA 2R43A 3O9LA 3T11A 4EQJA 2PMAA 5KR1A 3EKPA 1B5FB 5P6CA 4F73A 1TCXA 3S2OA 4Y4XA 5IVQA 3T3CA 3PLDA 1U8GA 2ZJKA 5P27A 2VS2A 5P06A 4LHHA 3PWMA 1PSOE 2NNKA 3OHFA 5P1QA 4R8YA 4DJOA 3TOFA 5P70A 1F7AA 5ENMA 3UFLA 1DPJA 2WF4A 3FIVA 4Y53A 5P07A 1PROA 1FMBA 2R5QA 2AZ9A 4KUPA 1YTGA 4I0EA 3BVBA 3OU1A 3LIYA 4Y6MA 2ZE1A 2ZYEA 5P23A 3PVKA 1A8GA 4Q1NA 2JE4A 4QJAA 5P0IA 5P0LA 4Y47A 5P0MA 5FIVA 2NXMA 1GVUA 1BAIA 3HVPA 2IENA 5P5IA 2FDDA 1LV1A 1LZQA 5P7CA 4EJ8A 5OZKA 1LF4A 3OUCA 1KZKA 3K5CA 3LPIA 3UQPA 2IGXA 1MERA 5HDZA 3O99A 1IIQA 3ZKMA 3GI5A 3NU4A 4R95A 4YE3A 4Y39A 5P5AA 4J1KA 2JJJA 4LL3A 3H5BA 5P68A 4AA9A 4L7JA 2RMPA 5P51A 3O9LB 3K5FA 3SM1A 4YD4A 1E82E 5P50A 1HVIA 5I3XA 2NR6A 1SIVA 3GI4A 4I1CA 5P2FA 1ZLFA 2G94A 4Y5PA 3LIQA 3TNEA 3PMUA 4I0FA 4Y50A 2XYFA 5OZXA 2Z4OA 1LYAB 1FQ7A 2O4LA 5P63A 1HXWA 5P8QA 3PCWA 1G0VA 3EM6A 5P0ZA 5P8HA 2ZHTA 4RCFA 5HE7A 2O40A 3QRMA 5P1YA 4QJ2A 1ODXA 4PPHA 1Q9PA 4JPEA 4I8WA 2ZHUA 2AIDA 3PSYA 2BKSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7B A;  4B70 A;  5JOD A;  4HLA A;  3T7X A;  4ER2 E;  3BUH A;  5P10 A;  5P1X A;  3O9G A;  5P42 A;  3OK9 A;  3EL5 A;  1Z1R A;  4YD6 A;  1ER8 E;  5DGW A;  5DR1 A;  4J5J A;  5P8U A;  3FX5 A;  3LIT A;  4CMS A;  5P4J A;  2PWC A;  5P7M A;  4BEK A;  3LZY A;  4DI2 A;  4OBJ A;  4U8W A;  2VIJ A;  5IS4 A;  2O4K A;  2OAH A;  5AHC A;  3TLH A;  4RZ1 A;  3SA5 A;  5P4Z A;  4QLH A;  2IS0 A;  4EJD A;  4RRN A;  5OYT A;  3OUD A;  3OY4 A;  5P7J A;  1FQ8 A;  5AHB A;  1UPJ A;  5J25 A;  5P05 A;  5P4B A;  4QJ6 A;  3WSJ A;  1MSN A;  4A4Q A;  2NXL A;  2A1E A;  3NYG A;  5KR8 A;  4I8Z A;  5P6F A;  4LAP A;  1TZS A;  4L1A A;  3PI5 A;  3DCK A;  4OD9 B;  5P5U A;  5P6U A;  4L7G A;  3IVI A;  5P6Q A;  1D4H A;  3OU4 B;  3S85 A;  5P7E A;  4GYE A;  1C6Y A;  1E5O E;  4Y3X A;  2HB2 A;  1EC3 A;  3OQ7 A;  3A2O A;  1MVP A;  1K1U A;  3QRS A;  3R1G B;  4OBZ B;  3VYD A;  4FRK A;  3L58 A;  5AH8 A;  3VLA A;  5P6B A;  5P5D A;  1K6P A;  1HHP A;  2OHP A;  5P5B A;  2WF2 A;  2AOG A;  3D1Z A;  3SA6 A;  1GNO A;  2QNP A;  1IVP A;  1XE5 A;  4EXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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