4TZ2A

Fragment-based screening of the bromodomain of atad2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
129
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRAALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Fragment-Based Screening of the Bromodomain of ATAD2.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
total genus 50
structure length 129
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2014-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4tz2A00
4QSTA 4BHWA 5EISA 4UIYA 3U5JA 4HXOA 5LVQA 4TYLA 5C4QA 5CQ6A 3G0JA 3HMFA 5CGPA 5CQ3A 5FFWA 3U5OA 4IR4A 5A5RA 4WIVA 5CRMA 5DW1A 5JWMA 4LR6A 2RNWA 4N3WA 2I7KA 5FFVA 3TLPA 4YYGA 5A5NA 4YADA 5ENEA 5FE4A 2DVQA 4QEWA 5I1QA 4UYEA 5ENBA 5L98A 4PCEA 5H1UA 4E96A 5C7NA 3FKMX 3LXJA 4HXMA 4XUAA 3Q2EA 4YBSA 5II1A 3AQAA 5KTWA 4WHWA 2R0VA 5HM0A 5E9YA 2F6NA 3JVMA 5F62A 4YYDA 4CURA 2GRCA 4NS5A 4NR8A 5ETBA 4QBMA 4QSVA 3G0LA 5FG5A 4BW2A 5CUGA 5FE5A 3HMHA 4YY4A 3MULA 4HXNA 4YBMA 5E3GA 5I7YA 3MB4A 4XY8A 4BW4A 4HBXA 2R0SA 2YQDA 3U5NA 5DKHA 4PS5A 2L84A 5IGLA 4NRAA 5HRWA 5D24A 4XYAA 5FE2A 5CTLA 4QUTA 5IG6A 5H85A 4TU4A 4YC9A 5I40A 4QSRA 4MEOA 5LKXA 3JVJA 5CRZA 3O33A 4QEUA 4O76A 4RVRA 3O34A 4UYGA 5JI8A 4MR3A 4UYHA 3U5KA 4PY6A 4A9KA 5LKUA 5E7DA 4Q0OA 3O36A 4YYMA 4LZRA 4MENA 4A9EA 5E9IA 4CL9A 5DY7A 5EM3A 4NXJA 4N4IA 5C87A 4O77A 5D3NA 5E9LA 1JSPB 3ONIA 4TTEA 5ENGA 5DYAA 1E6IA 4MEPA 5A5QA 4MEQA 4BJXA 5K29A 5AD2A 5DYCA 5LJ2A 5CP5A 5EQ1A 5L97A 4BW3A 5F61A 5KTUA 5AMFA 2DVSA 4CFKA 4IR3A 5CQTA 4DONA 2R0YA 4HXSA 5E9MA 5DFDA 4YYHA 3U5MA 5CUEA 5DX4A 5EGUA 5I88A 5D3LA 1F68A 3QZVA 2F6JA 5F1LA 4QC1A 5L99A 5CUDA 5EK9A 2RO1A 4ZC9A 3U5LA 2NXBA 5IGMA 4Z1SA 5D3PA 1WUMA 3K2JA 4MR4A 5FG4A 4CUSA 5I86A 4QSSA 5BT3A 1JM4B 3IU6A 5E9KA 4CUQA 4TQNA 4LC2A 4PKLA 4QEVA 2DVVA 5FB0A 5EU1A 5I80A 2L5EA 3HMEA 3QZTA 4NQMA 5DBMA 4LZSA 4O71A 5I7XA 4PTBA 4OUFA 4IR6A 5EVAA 4O7BA 4NUDA 4LYIA 4UIWA 3RCWA 5DFBA 2RS9B 5D25A 2KTBB 5BT4A 5D0CA 4NYWA 4IOQA 5E3DA 5FE3A 3UVXA 5A7CA 2E7NA 4NRCA 4N4HA 3D7CA 3LQJA 4UYFB 4YH3A 5TB6A 5IBNA 5FE1A 2YDWA 5C85A 4O74A 4YYIA 4O7AA 2RNXA 3ZYUA 5E0RA 2MJVB 2DATA 5D3RA 4UITA 4QYDA 5E74A 5HENA 4HBWA 2WP2A 4QR4A 4ALGA 5FE8A 5A5PA 3P1FA 5FBXA 4YH4A 4O75A 3MQMA 4IOOA 4OGJA 4TT6A 4NR4A 5ENJA 5G4RA 4QZSA 5EA1A 5F5ZA 4LDFA 5I89A 5EICA 5EV9A 3SVFA 1EQFA 3UV5A 4LRGA 3U5PA 4QSPA 5CUAA 4UIXA 4FLPA 4N4FA 4TT4A 4Z1QA 5TCMA 3GG3A 5HQ6A 5ACYA 4GPJA 5IIDA 5D3TA 2E7OA 5LJ0A 4LYSA 1ZS5A 5KO4A 2FSAA 5FE9A 4HXPA 2RFJA 4LZ2A 5C89A 5LUUA 5G4SA 3IU5A 3Q2FA 5FE7A 2N9GA 5ENFA 5D26A 2I8NA 5EPSA 5DFCA 5FH7A 4A9JA 4ALHA 4NQNA 3UVWA 4HXKA 2E3KA 5F63A 5DYUA 3O37A 2RNYA 5HFRA 5CUCA 2D9EA 2WP1A 5A85A 4CFLA 5EWWA 5HFQA 5CZGA 2OO1A 4TZ8A 2DVRA 5DKDA 3SVHA 5HLSA 3SVGA 5HCLA 5BT5A 4QSXA 5ENHA 5DYXA 4QNSA 5A83A 5AD3A 5HRXA 4QY4A 5F1HA 4TT2A 4C67A 5CS8A 4MR5A 3P1EA 4UYFA 2D82A 4Y03A 4YABA 5J0DA 5CQ8A 4A9HA 3MXFA 5CQ7A 4TS8A 4CUPA 4ZQLA 4QSWA 4O78A 4QSUA 4O7EA 4ZW1A 5II2A 4Z6IA 3AADA 5KHMA 4QC3A 4XY9A 4UIZA 5FE6A 5E9VA 5KTXA 4NR9A 5EPBA 5ENIA 5H1TA 4O72A 2YEMA 2YYNA 4KCXA 5EI4A 5EP7A 4YAXA 5EWDA 4J0RA 5H1VA 4QSQA 4A9MA 2RI7A 3P1CA 4YY6A 4NR5A 4KV4A 5F36A 4QUUA 4CLBA 5DW2A 3S91A 4HXLA 4AKNA 5FG6A 3P1DA 5HQ7A 4A9FA 5FFYA 4YYNA 5DLXA 3DWYA 3MB3A 5AMEA 2OUOA 4NRBA 4YATA 2H60A 2OSSA 4J1PA 5D3HA 4PCIA 5CQ4A 5A81A 4BW1A 5F60A 4Z6HA 2DWWA 5I29A 5EWVA 5HQ5A 3UV4A 4NR7A 4NYVA 4HBVA 2YELA 4A9IA 5A82A 5C8GA 3QZSA 3UVYA 4A9OA 5FB1A 5HJCA 3LQHA 4O70A 2YW5A 4LYWA 4OGIA 3LJWA 4WHUA 5FH6A 5CU8A 5LKTA 4UIUA 4NUCA 5A5SA 4UYDA 4Q0NA 4QR3A 2DKWA 5D3JA 5LKZA 5ETDA 1X0JA 5A5OA 5HRVA 5DLZA 5L96A 5CPEA 5CQAA 2YEKA 5IGKA 4C66A 4NYXA 4QR5A 5CY9A 4HXRA 4NUEA 5EWHA 4F3IA 4TU6A 5HEMA 5ENCA 4YYJA 2LSPB 3P5OA 2L85A 4IORA 5EPRA 4X2IA 3UV2A 4QB3A 2R10A 3JVKA 4IR5A 5IGNA 5L8UA 3LQIA 4CUTA 4J0SA 4UIVA 4HBYA 2G4AA 4NR6A 3NXBA 5FE0A 4MR6A 5CQ5A 4YYKA 1N72A 3JVLA 4O7CA 5COIA 4A9NA 5I83A 5FH8A 4CUUA 3MUKA 5F25A 5HELA 3UVDA 4Z93A 4YBTA 3O35A 5F2PA 4YK0A 5D7XA 5F3AA 4XUBA 4J3IA 5DKCA 5CFWA 4A9LA 5FDZA 3UW9A 5E73A 4TZ2A 5L8TA 5LVRA 4O7FA 5KU3A 3I3JA 1WUGA 4QYLA 3DAIA 5LJ1A 4N4GA 5EWCA 5CUBA 4KV1A 3S92A 5D3SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSTA 4BHWA 5EISA 4UIYA 3U5JA 4HXOA 5LVQA 4TYLA 5C4QA 5CQ6A 3G0JA 3HMFA 5CGPA 5CQ3A 5FFWA 3U5OA 4IR4A 5A5RA 4WIVA 5CRMA 5DW1A 5JWMA 4LR6A 2RNWA 4N3WA 2I7KA 5FFVA 3TLPA 4YYGA 5A5NA 4YADA 5ENEA 5FE4A 2DVQA 4QEWA 5I1QA 4UYEA 5ENBA 5L98A 4PCEA 5H1UA 4E96A 5C7NA 3FKMX 3LXJA 4HXMA 4XUAA 3Q2EA 4YBSA 5II1A 3AQAA 5KTWA 4WHWA 2R0VA 5HM0A 5E9YA 2F6NA 3JVMA 5F62A 4YYDA 4CURA 2GRCA 4NS5A 4NR8A 5ETBA 4QBMA 4QSVA 3G0LA 5FG5A 4BW2A 5CUGA 5FE5A 3HMHA 4YY4A 3MULA 4HXNA 4YBMA 5E3GA 5I7YA 3MB4A 4XY8A 4BW4A 4HBXA 2R0SA 2YQDA 3U5NA 5DKHA 4PS5A 2L84A 5IGLA 4NRAA 5HRWA 5D24A 4XYAA 5FE2A 5CTLA 4QUTA 5IG6A 5H85A 4TU4A 4YC9A 1PUOA 5I40A 4QSRA 4MEOA 5LKXA 3JVJA 5CRZA 3O33A 4QEUA 4O76A 4RVRA 3O34A 4UYGA 5JI8A 4MR3A 4UYHA 3U5KA 4PY6A 4A9KA 5LKUA 5E7DA 4Q0OA 3O36A 4YYMA 4LZRA 4MENA 4A9EA 5E9IA 4CL9A 5DY7A 5EM3A 4NXJA 4N4IA 5C87A 4O77A 5D3NA 5E9LA 1JSPB 3ONIA 4TTEA 5ENGA 5DYAA 1E6IA 4MEPA 5A5QA 4MEQA 4BJXA 5K29A 5AD2A 5DYCA 5LJ2A 5CP5A 5EQ1A 5L97A 4BW3A 5F61A 5KTUA 5AMFA 2DVSA 4CFKA 4IR3A 5CQTA 4DONA 2R0YA 4AKGA 4HXSA 5E9MA 5DFDA 1ZKRA 4YYHA 3U5MA 5CUEA 5DX4A 5EGUA 5I88A 5D3LA 1F68A 3QZVA 2F6JA 5F1LA 4QC1A 5L99A 5CUDA 5EK9A 2RO1A 4ZC9A 3U5LA 2NXBA 5IGMA 4Z1SA 5D3PA 1WUMA 4AKIA 3K2JA 3VKHA 4MR4A 5FG4A 4CUSA 5I86A 4QSSA 5BT3A 1JM4B 3IU6A 5E9KA 4CUQA 4TQNA 4LC2A 4PKLA 4QEVA 2DVVA 5FB0A 5EU1A 5I80A 2L5EA 3HMEA 3QZTA 4NQMA 4LZSA 4O71A 5DBMA 5I7XA 4PTBA 4OUFA 4IR6A 5EVAA 4AI6A 4O7BA 4NUDA 4LYIA 4UIWA 3RCWA 5DFBA 2RS9B 5D25A 2KTBB 5BT4A 5D0CA 4NYWA 4IOQA 5E3DA 5FE3A 3UVXA 5A7CA 2E7NA 4NRCA 4N4HA 3D7CA 3LQJA 4UYFB 4YH3A 5TB6A 5IBNA 5FE1A 2YDWA 5C85A 4O74A 4YYIA 4O7AA 2RNXA 3ZYUA 3ERRA 5E0RA 2MJVB 2DATA 5D3RA 4UITA 4QYDA 5E74A 2EJNA 5HENA 4HBWA 2WP2A 4QR4A 4ALGA 5FE8A 5A5PA 3P1FA 5FBXA 4YH4A 4O75A 3MQMA 4IOOA 4OGJA 4TT6A 4NR4A 5ENJA 5G4RA 4QZSA 5EA1A 5F5ZA 4LDFA 5I89A 5EICA 5EV9A 3SVFA 1EQFA 3UV5A 4LRGA 3U5PA 4QSPA 5CUAA 4UIXA 4FLPA 4N4FA 3VKGA 4TT4A 4Z1QA 5TCMA 3GG3A 5HQ6A 5ACYA 4GPJA 5IIDA 5D3TA 2E7OA 5LJ0A 4LYSA 1ZS5A 5KO4A 2FSAA 5FE9A 4HXPA 2RFJA 4LZ2A 5C89A 5LUUA 5G4SA 3IU5A 3Q2FA 5FE7A 2N9GA 5ENFA 5D26A 2I8NA 5EPSA 5DFCA 5FH7A 4A9JA 4ALHA 4NQNA 3UVWA 4HXKA 2E3KA 5F63A 5DYUA 3O37A 2RNYA 5HFRA 5CUCA 2D9EA 2WP1A 5A85A 4CFLA 5EWWA 5HFQA 5CZGA 2OO1A 4TZ8A 2DVRA 5DKDA 3SVHA 5HLSA 3SVGA 5HCLA 5BT5A 4QSXA 5ENHA 5DYXA 4QNSA 5A83A 5AD3A 5HRXA 4QY4A 5F1HA 4TT2A 4C67A 5CS8A 4MR5A 3P1EA 4UYFA 2D82A 4Y03A 4YABA 5J0DA 5CQ8A 4A9HA 3MXFA 5CQ7A 4TS8A 4CUPA 4ZQLA 4QSWA 4O78A 4QSUA 4O7EA 4ZW1A 5II2A 4Z6IA 3AADA 5KHMA 4QC3A 4XY9A 4UIZA 5FE6A 5E9VA 5KTXA 4NR9A 5EPBA 5ENIA 5H1TA 4O72A 2YEMA 2YYNA 4KCXA 5EI4A 5EP7A 4YAXA 5EWDA 4J0RA 5H1VA 4QSQA 4A9MA 2RI7A 3P1CA 4YY6A 4NR5A 4KV4A 5F36A 4QUUA 4CLBA 5DW2A 3S91A 4HXLA 4AKNA 5FG6A 3P1DA 5HQ7A 4A9FA 5FFYA 4YYNA 5DLXA 3DWYA 3MB3A 5AMEA 2OUOA 4NRBA 4YATA 2H60A 2OSSA 4J1PA 5D3HA 4PCIA 5CQ4A 5A81A 4BW1A 5F60A 4Z6HA 2DWWA 5I29A 5EWVA 5HQ5A 3UV4A 4NR7A 4NYVA 4HBVA 2YELA 4A9IA 5A82A 5C8GA 3QZSA 3UVYA 4A9OA 5FB1A 5HJCA 3LQHA 4O70A 2YW5A 4LYWA 4OGIA 3LJWA 4WHUA 5FH6A 5CU8A 5LKTA 4UIUA 4NUCA 4AKHA 5A5SA 4UYDA 4Q0NA 4QR3A 2DKWA 5D3JA 5LKZA 5ETDA 1X0JA 5A5OA 5HRVA 5DLZA 5L96A 5CPEA 5CQAA 2YEKA 5IGKA 4C66A 4NYXA 4QR5A 5CY9A 4HXRA 4NUEA 5EWHA 4F3IA 4TU6A 5HEMA 5ENCA 4YYJA 2LSPB 3P5OA 2L85A 4IORA 5EPRA 4X2IA 3D1BA 3UV2A 4QB3A 2R10A 3JVKA 4IR5A 5IGNA 5L8UA 3LQIA 4CUTA 4J0SA 4UIVA 4HBYA 2G4AA 4NR6A 3NXBA 5FE0A 4MR6A 5CQ5A 4YYKA 1N72A 3JVLA 4O7CA 5COIA 4A9NA 5I83A 5FH8A 4CUUA 3MUKA 5F25A 5HELA 3UVDA 4Z93A 4YBTA 3O35A 5F2PA 4YK0A 5D7XA 5F3AA 4XUBA 4J3IA 5DKCA 5CFWA 4A9LA 5FDZA 3UW9A 5E73A 4TZ2A 5L8TA 5LVRA 3D1DA 4O7FA 5KU3A 3I3JA 1WUGA 4QYLA 3DAIA 5LJ1A 4N4GA 5EWCA 5CUBA 4KV1A 3S92A 5D3SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QST A;  4BHW A;  5EIS A;  4UIY A;  3U5J A;  4HXO A;  5LVQ A;  4TYL A;  5C4Q A;  5CQ6 A;  3G0J A;  3HMF A;  5CGP A;  5CQ3 A;  5FFW A;  3U5O A;  4IR4 A;  5A5R A;  4WIV A;  5CRM A;  5DW1 A;  5JWM A;  4LR6 A;  2RNW A;  4N3W A;  2I7K A;  5FFV A;  3TLP A;  4YYG A;  5A5N A;  4YAD A;  5ENE A;  5FE4 A;  2DVQ A;  4QEW A;  5I1Q A;  4UYE A;  5ENB A;  5L98 A;  4PCE A;  5H1U A;  4E96 A;  5C7N A;  3FKM X;  3LXJ A;  4HXM A;  4XUA A;  3Q2E A;  4YBS A;  5II1 A;  3AQA A;  5KTW A;  4WHW A;  2R0V A;  5HM0 A;  5E9Y A;  2F6N A;  3JVM A;  5F62 A;  4YYD A;  4CUR A;  2GRC A;  4NS5 A;  4NR8 A;  5ETB A;  4QBM A;  4QSV A;  3G0L A;  5FG5 A;  4BW2 A;  5CUG A;  5FE5 A;  3HMH A;  4YY4 A;  3MUL A;  4HXN A;  4YBM A;  5E3G A;  5I7Y A;  3MB4 A;  4XY8 A;  4BW4 A;  4HBX A;  2R0S A;  2YQD A;  3U5N A;  5DKH A;  4PS5 A;  2L84 A;  5IGL A;  4NRA A;  5HRW A;  5D24 A;  4XYA A;  5FE2 A;  5CTL A;  4QUT A;  5IG6 A;  5H85 A;  4TU4 A;  4YC9 A;  5I40 A;  4QSR A;  4MEO A;  5LKX A;  3JVJ A;  5CRZ A;  3O33 A;  4QEU A;  4O76 A;  4RVR A;  3O34 A; 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