The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
121
|
structure length |
93
|
Chain Sequence |
KAKAEKVECALKGGIFRGTLPIDTTVTFNADGTAQKVELSPLTYRGTWMVREDGIVELSLVEKELYELIDSNSVRYMGAPGAEMAPFYVLKKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insights into the potential function and membrane organization of the TP0435 (Tp17) lipoprotein from Treponema pallidum derived from structural and biophysical analyses.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lipid binding protein
|
| source organism |
Treponema pallidum
|
| molecule keywords |
17 kDa lipoprotein
|
| total genus |
22
|
| structure length |
93
|
| sequence length |
121
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04170 | NlpE | NlpE N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LHN A; 4U3Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RXH A; 1BRQ A; 4BQU A; 1DZJ A; 1NC9 A; 4LZV A; 1ZNH A; 2RTJ A; 2C4I A; 4IRW A; 4ZH6 A; 1BWY A; 4GGT A; 5HA1 A; 3PDF A; 1EW3 A; 3U9P C; 1GM6 A; 3VG4 A; 4BBO A; 4L1N A; 5H9A A; 5BYP A; 5KID A; 4Y59 A; 5FAZ A; 5B27 A; 1IFB A; 1MM9 A; 3S5X A; 1KQX A; 1WBI A; 3VG3 A; 3B2K A; 5C0N A; 1X8Q A; 4KII A; 4A60 A; 2OY7 A; 1MX7 A; 2WR6 A; 1PBO A; 3OD9 A; 3EM0 A; 5IRA A; 1DC9 A; 1W6F A; 3P6F A; 4QZT A; 2X34 A; 4Y0P A; 4GE1 A; 1LNM A; 3SZI A; 4GKC A; 1FE3 A; 1SRJ A; 1SRH A; 2IFB A; 1X8U A; 4K19 A; 5FFH A; 5LJB A; 4A8Z A; 5LKF A; 3KFF A; 4AZO A; 4CDD A; 1A3Y A; 2X45 A; 3FEP A; 4HPA A; 2RTC B; 2WQA E; 4MVE A; 3JSQ A; 2CM4 A; 1O1U A; 4ZHD A; 2F09 A; 1KL5 A; 4IMN A; 1VWC B; 4QQ1 A; 2AMM X; 3WJB A; 1R0U A; 4YFR A; 2I5V O; 5EDC A; 4KC7 A; 1LPJ A; 1EII A; 4Z28 A; 2KW1 A; 3ZUI A; 1Y0G A; 2W2B A; 3FW5 A; 1PMP A; 4Y0R A; 1MOY A; 2LA7 A; 1LUQ A; 3FDC A; 3P02 A; 4ORX A; 1EIO A; 3VHM A; 2BHV A; 1LCZ A; 1NQN A; 4FBR A; 2RD7 C; 4O3W A; 1SWC A; 3Q6L A; 2CZU A; 1IW2 A; 1VWM B; 2OFM X; 3MX7 A; 3P6E A; 1OBQ A; 5F7G A; 3EW1 A; 2X55 A; 3IA8 A; 3VPJ E; 2BS6 A; 1VYG A; 2FS6 A; 2GTL O; 3P6D A; 3RDS A; 1HBP A; 4U9C A; 3RDQ A; 3LTW A; 3MVF A; 1KZX A; 4ZHF A; 1ICN A; 2IZD B; 1JZU A; 2ASN X; 1SWD A; 3D9W A; 4IAW A; 1SWH A; 2QMI A; 2HNX A; 4EDE A; 2A13 A; 3APW A; 2W2A A; 2CZT A; 4O4U A; 3CWK A; 1IFC A; 1LIB A; 4C5P A; 3FA9 A; 3QQ2 A; 1SLF B; 4GNY A; 4YDA A; 2Q4N A; 4FQB B; 1KGL A; 1A18 A; 5AQ6 A; 1MVG A; 2IZB A; 1GT4 A; 3BU1 A; 4ORU A; 4BVM A; 1KFF A; 3N91 A; 1HMR A; 4YH0 A; 5AJB A; 1VWD B; 3CKF A; 4PSQ A; 4YGG A; 3VE1 A; 1LF7 A; 1AB0 A; 1KT7 A; 1H91 A; 3JQO A; 3WYQ A; 4AW8 A; 5HAE A; 4L3R A; 1LDQ A; 3U03 A; 4GDZ A; 1ALB A; 4YGZ A; 5EED A; 5JD2 A; 2RTO B; 1HMT A; 1VPR A; 5H9K A; 4HFO A; 3RY1 A; 4CPI A; 4ZHC A; 1LEL A; 2RTB B; 2X46 A; 2RTI B; 2K62 A; 2RCT A; 2RTP B; 3PP6 A; 4KH8 A; 2JW1 A; 1VWN B; 4HWM A; 5IO7 A; 3I17 A; 4GD9 A; 3HPE A; 4M7M A; 3ZQ3 A; 1BSY A; 1ICM A; 1U17 A; 2AL0 X; 2IZI A; 2Y32 A; 2QCB A; 1QG5 A; 1BSO A; 4COT A; 2JU3 A; 3P6H A; 1DZP A; 3NP1 A; 3KFG A; 5LJK A; 3FEL A; 3ZZV A; 1NDJ A; 4ID2 A; 2VFB A; 5B10 O; 2ACP X; 3SLT A; 1BBP A; 3T6L A; 2G7B A; 1BRP A; 2N93 A; 1DF3 A; 3VG2 A; 2FWV A; 2JMB A; 3QKG A; 3EYC A; 3WJD A; 1FTP A; 4LQZ A; 4Z2O A; 2BLG A; 2ZAG A; 1E2T A; 1YIV A; 2ALL X; 4EFG A; 1IJ8 A; 1VWF B; 1VWO B; 4CDC A; 4GDA A; 1OEK A; 1ML7 A; 2Q39 A; 4IAX A; 4ORW A; 2L5P A; 4I60 A; 2RTK A; 4AZN A; 1I9H A; 4BX6 B; 1SWO A; 1E06 A; 1VWR B; 1W4T A; 2MF6 A; 4I3C A; 2O62 A; 5KIC A; 2NND A; 4M6S A; 4U8U O; 2QOM A; 4QZU A; 4WBK A; 5EPQ A; 1YUP A; 4HPD A; 4O3Y A; 5FQ8 E; 4ZGU A; 1TOW A; 1S2P A; 2OF9 A; 3PQS A; 1YWB A; 5D48 A; 3TGC A; 1DF8 A; 1X8O A; 3BY0 A; 1UYO X; 2A0A A; 2BT9 A; 5FEN A; 1X71 A; 1NBX A; 4OEM A; 4AZR A; 3CQN A; 4GGR A; 4LKP A; 1HBQ A; 2IZL B; 1EUO A; 3HWG A; 3MG5 A; 3NQ3 A; 4BCS A; 2E4J A; 3FR5 A; 1T68 X; 3JS1 A; 2R56 A; 2IZF B; 3BDR A; 1Y52 X; 1Y55 X; 3DTQ A; 2RA6 A; 3MBT A; 1KZW A; 1QAB E; 2AVI A; 3AUM O; 1I06 A; 1SWL A; 4I3B A; 4XMH A; 1SWT A; 2FHL A; 2BC3 A; 1Z24 A; 4CDF A; 1SXX A; 2Q9S A; 1SWS A; 1ADL A; 3D97 A; 3DSZ A; 1FEL A; 5D8J A; 5DG4 A; 3ZW2 A; 3NX1 A; 5IRU A; 3ZW0 A; 1JJX A; 2R73 A; 1A57 A; 1STR B; 3P24 A; 5FQ7 E; 3SAO A; 2RQ0 A; 1OSP O; 2Z4H A; 2A5C A; 5HZ5 A; 1SWJ A; 2OL7 A; 3HOE A; 3WOV A; 1EPB A; 4DNE A; 5IXG A; 1VWK B; 2RTR B; 3O2Y A; 4JO6 A; 1G74 A; 2WSJ A; 5IO6 A; 2Y3F A; 4NW4 A; 3RZY A; 4FGI B; 1SWB A; 1UZ2 X; 2IZA A; 2JN3 A; 3OE3 A; 1VWL B; 3NAD A; 4KT5 A; 3BS2 A; 2C1Q A; 5DPQ A; 2A8G A; 4GH7 A; 1DV9 A; 3ZW1 A; 2UYW A; 1HXZ A; 3FA8 A; 4CK4 A; 1ZNE A; 1OEE A; 4OMW A; 1HMS A; 2RTG B; 1OBU A; 5AEO A; 3O22 A; 3S5V A; 1QFV A; 2NNE A; 2LBV A; 1EPA A; 2G5L A; 1LID A; 2YMS A; 4ODD A; 3ZI8 A; 3FID A; 2VFC A; 3L4R A; 5BVQ A; 1YWD A; 3RDX A; 1SXY A; 4YCE A; 2OFR X; 2OVD A; 4BX5 A; 2WEX A; 1FEN A; 3EBW A; 1YP7 A; 3PH5 A; 3T2X A; 4GET A; 1N0S A; 1KL4 A; 3TF6 A; 3D96 A; 5HTD A; 1MK5 A; 4Z2V A; 3B2H A; 3FIQ A; 2RTE B; 2ZAI A; 3X00 A; 3CMP A; 2NNQ A; 1UYN X; 1SRE A; 1SY1 A; 4JGL A; 5B29 A; 3KFI A; 4YMY A; 3C76 X; 2WUT A; 4ZHG A; 1SY2 A; 5KHP A; 1JMZ A; 2RTA A; 2WWP A; 1ZND A; 2FR3 A; 2HZQ A; 1PEE A; 4BX7 A; 4YBP A; 1BJ7 A; 2MWH A; 1WUB A; 1BEB A; 2IZG B; 4ORR A; 4TQ2 A; 4JHQ A; 2FRS A; 5EEE A; 1CBR A; 1STS B; 5LJE A; 4AZQ A; 4BGF A; 2G8C O; 2L67 A; 3EC5 A; 3K3L A; 1NQM A; 4LKT A; 4NYQ A; 4OMX A; 3STN A; 1HY2 A; 5CE4 A; 4GU8 A; 3U0D A; 5F6Z A; 4ZH9 A; 4O3X B; 2NP1 A; 2FS7 A; 3PEC A; 3WBG A; 1D2U A; 1YP6 A; 5D45 A; 2FGS A; 2X8S A; 5LJD A; 1JV4 A; 5HA0 A; 1LDO A; 2BSZ A; 3LV4 A; 1SWK A; 2XST A; 4GZV A; 1AVG I; 5HZ6 A; 1GT3 A; 3AEH A; 1PTS A; 2GTL N; 3NBX X; 4DQ3 A; 5HWZ A; 1SWG A; 1A2D A; 1X8N A; 3APV A; 1BLR A; 2FR2 A; 4GUZ A; 2OFA A; 1OPA A; 2A5B A; 4YFQ A; 3P6C A; 4QGW A; 1FEM A; 4HPB A; 4NLJ A; 4AZP A; 1I05 A; 3RWX A; 1G85 A; 4OS0 A; 1NGL A; 1SWQ A; 1VWG B; 3ELZ A; 4BJ8 A; 4FBO A; 2RTM A; 5LJG A; 4ZCB A; 3STK A; 2M4L A; 5CYB A; 3RKG A; 2HYS A; 3VG7 A; 1BSQ A; 1GKA A; 1KT6 A; 2L68 A; 1CBS A; 1EXS A; 1SLG B; 2OF8 A; 1DZK A; 1LIF A; 5CSE A; 3VHH A; 4B55 A; 3D4R A; 1AQB A; 2K23 A; 4IB7 A; 3WJE A; 4CDE A; 2CBR A; 1SRF A; 4CPH A; 4GGZ A; 4O4O A; 4EXZ A; 3WZQ A; 1STP A; 5HZQ A; 2GJ5 A; 4EEJ A; 1VWP B; 3FMZ A; 3KVN A; 4I6S A; 4ZFX A; 3F6Z B; 3BU9 A; 2P8G A; 1N9M A; 4Z2P A; 2L9C A; 4NLI A; 1SMP I; 2IZJ A; 4I9R A; 3HWF A; 3VG6 A; 4ZR2 A; 1Y9T A; 5L8I A; 4NNT A; 4MEE A; 3T6F A; 2AT6 X; 2WPU A; 5F6B A; 1IKE A; 1JMX A; 3UEU A; 3BLG A; 2ANS A; 4AYH A; 3WZP A; 1OBP A; 1SWR A; 3CBS A; 4ALO A; 1SA8 A; 5D47 A; 3RDO A; 4YVB A; 5BVT A; 4NP1 A; 4QGV A; 1IKJ A; 2OZQ A; 5B5G A; 1FJ1 E; 1OEJ A; 1SWE A; 4ARH A; 2FKJ A; 3F8A A; 5EDB A; 1B8E A; 5HCD C; 1PBY A; 3WYP A; 1I4U A; 2HZR A; 3FR2 A; 4KCA A; 3T1D A; 1MEP A; 4O4X A; 3VHI A; 1JBH A; 4CPF A; 3WZO A; 2ZSC A; 3C78 X; 2OY8 A; 1VWA B; 3FW4 A; 3G7X A; 3O19 A; 2Q2M A; 3OBL A; 5K67 A; 4QRL A; 4AZM A; 3ZWE A; 4NV7 A; 1SXU A; 1N9Y A; 1KXO A; 1YWA A; 1HN2 A; 2AKQ A; 2BS5 A; 2JOZ A; 2Q2P A; 4U8U N; 1SLD B; 3BSZ E; 4TJZ A; 1XCA A; 1RXJ A; 2AT8 X; 2JGS A; 3BX8 A; 4U46 A; 1VWB B; 1EI5 A; 1KL3 A; 1ZRY A; 2MM3 A; 4QYP A; 4Y0Q A; 5EZ2 A; 3PK2 A; 1PM1 X; 2LBA A; 4ALB A; 1N4J A; 3UAQ A; 1LKE A; 1G5W A; 4ORY A; 2CM9 A; 2IZH B; 1LIE A; 1HQP A; 4ZHH A; 3CBC A; 1D3S A; 1MX8 A; 4NNS A; 1RLB E; 3PPT A; 3AKM A; 3Q34 A; 1VWE B; 3RSW A; 4Z27 A; 1RAV A; 2AT5 X; 2RTN B; 2A2G A; 4ON1 A; 2A2U A; 4XMC A; 5H9N A; 5BVS A; 1E00 A; 3C77 X; 4WHI A; 4RUN A; 1LCV A; 2JU7 A; 3VE2 A; 3LHN A; 3KQ0 A; 5HTE A; 1JYD A; 3GAQ A; 4R0B A; 1VYF A; 1DZM A; 2EU7 X; 2OVE A; 4N7C A; 3KZA A; 1EQD A; 2G79 A; 1AEL A; 3NQK A; 5B3M O; 3S60 A; 2MHD A; 4RUU A; 3B2J A; 5LKE A; 2X4M A; 1QQS A; 3ZW0 B; 1VWJ B; 1SWP A; 4O9S A; 1ZNG A; 4YBU A; 4XMD A; 1RXK A; 2DM5 A; 1LFO A; 1LCW A; 1KT3 A; 4XMG A; 5B5F A; 1G7N A; 3EMM A; 2X8T A; 1QY0 A; 2JU8 A; 4GRJ A; 4WFV A; 3AKN A; 3FA7 A; 5HCE C; 3RY2 A; 1MDC A; 1SWF A; 2RCQ A; 3SZJ A; 4BOE A; 1VYO A; 4Z6J A; 2RTL A; 1SRG A; 2PY1 A; 2OVA A; 2QO6 A; 5F1E A; 4HPC A; 3KFH A; 5IO5 A; 3CR6 A; 3ZW1 B; 1B56 A; 2KD2 A; 1P6P A; 1QWD A; 1SWN A; 3RDU A; 2FKG A; 5IRW A; 2OY1 O; 2F01 A; 2HKD A; 2HMB A; 5H8T A; 1DFV A; 1GGL A; 4ORS A; 2OY5 O; 2YG2 A; 3SLO A; 2WEW A; 4MVK A; 1RSU B; 1CJ5 A; 5L8N A; 1TVQ A; 1VWQ B; 2MJI A; 2QO4 A; 4ML7 B; 4BX5 B; 3V8U A; 1YWC A; 5HCC C; 4TKH A; 2Y3E A; 1U18 A; 2WQ9 A; 4IMO A; 2CAM A; 2DJF A; 4I95 A; 1SY3 A; 4XMF A; 1TOU A; 1L6M A; 4Y5D A; 3PH6 A; 1GT5 A; 3I0A A; 2KTS A; 2IZE B; 3VGW A; 4LZU A; 5JR8 A; 1AVD A; 3HOL A; 3ELX A; 1O1V A; 1N7Y A; 2LB6 A; 4XME A; 4GK9 A; 4YDB A; 1SXW A; 4BX7 B; 2X8F A; 3FEK A; 2Z4I A; 1EAL A; 3F9D A; 3FA6 A; 4IB6 A; 3UEV A; 4MVL A; 1CBQ A; 3NQ9 A; 1TW4 A; 4IB8 A; 4OS3 A; 3SZH A; 4EKV A; 5HZ8 A; 2FLJ A; 3HTY A; 3UEX A; 4UU3 A; 3HWE A; 2DJG A; 3OJY C; 2GTL M; 1GX3 A; 4QYN A; 4TKB A; 1N43 A; 3APX A; 4FBV A; 2LKK A; 1TXL A; 1VWH B; 2G78 A; 1K3B A; 4MVI A; 5K68 A; 3WZN A; 2PI3 O; 1SRI A; 2X32 A; 4YKO A; 4EQA C; 4KC8 A; 5F2B A; 1NP4 A; 1HQQ A; 2W2F A; 2X56 A; 3S26 A; 1IIU A; 2OL8 O; 1X89 A; 1RBP A; 3CQR A; 3RE6 A; 4CSB A; 2R74 A; 3UEW A; 5H9L A; 4QAE A; 1E5P A; 1URE A; 1ZNK A; 1GX9 A; 3WJG A; 1CRB A; 1JJU A; 2AT3 X; 2POA A; 1X8P A; 4YFP A; 4YCH A; 4OKA A; 1GT1 A; 3WJC A; 3VU1 A; 4MIS A; 3SLJ A; 1JQP A; 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5HBS A; 3B2L A; 1W5R A; 1JIW I; 1VWI B; 1RST B; 4GNW A; 1GXA A; 2RTD B; 5LJC A; 1ERX A; 3ZUO A; 2GC9 A; 4CV7 A; 4I9S A; 4IAB A; 4TLJ A; 5L3Y A; 4NYR A; 3EBK A; 4TNN A; 5AJC A; 4OS8 A; 2UZ2 A; 3SOT A; 4QNI A; 4NV8 A; 1ERB A; 4QGX A; 3STM X; 3B2I A; 5D4A A; 1GX8 A; 1KT4 A; 2RTQ B; 4GJS A; 4JNJ A; 4CPE A; 4N7D A; 3CKG A; 1B4M A; 1MUP A; 2ACO A; 2MO5 A; 4DCB A; 1SWU A; 1ACD A; 1Y9L A; 1KOI A; 1QY1 A; 2CBS A; 1QFT A; 4O4S A; 1XKI A; 3MM0 A; 5F58 A; 1S7D A; 4I3D A; 3PED A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1BRQ A; 4BQU A; 1DZJ A; 4LZV A; 1ZNH A; 4ZH6 A; 1BWY A; 5HA1 A; 1EW3 A; 3U9P C; 1GM6 A; 3VG4 A; 4L1N A; 5H9A A; 5KID A; 5FAZ A; 5B27 A; 1IFB A; 3S5X A; 1KQX A; 3VG3 A; 3B2K A; 5C0N A; 1X8Q A; 4KII A; 4A60 A; 1MX7 A; 2WR6 A; 1PBO A; 3OD9 A; 3EM0 A; 1DC9 A; 3P6F A; 4QZT A; 4Y0P A; 4GE1 A; 1LNM A; 4GKC A; 1FE3 A; 5LJB A; 2IFB A; 4K19 A; 1X8U A; 5FFH A; 4A8Z A; 5LKF A; 3KFF A; 4AZO A; 1A3Y A; 2X45 A; 3FEP A; 4HPA A; 4MVE A; 2WQA E; 4ZHD A; 3JSQ A; 2CM4 A; 1O1U A; 2F09 A; 4IMN A; 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