The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
|
structure length |
62
|
Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Native structure of photosystem II at 1.95 angstrom resolution viewed by femtosecond X-ray pulses.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Electron transport, photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| total genus |
24
|
| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KZI Z; 4UB8 Z; 5B66 Z; 5KAI Z; 5TIS Z; 4UB6 Z; 3A0H Z; 4IL6 Z; 3JCU Z; 1S5L Z; 5KAF Z; 5B5E Z; 3WU2 Z; 3A0B Z; 4PJ0 Z; 5E79 Z; 5H2F Z; 2AXT Z; 5GTH Z; 5GTI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PDL A; 2FTK A; 1XNQ B; 1VQP V; 1OCO B; 1XIL A; 4TUY B; 3U0Z A; 5DEC A; 5DED A; 2UXD B; 4PA6 A; 5LGU A; 3ZN1 A; 3HR0 A; 1DF4 A; 1AP5 A; 1HNW B; 2PUS A; 1S0V A; 3JD3 A; 3RT3 C; 2VWJ A; 5B1A B; 3TCU A; 3RVZ A; 3JSL A; 3HPL C; 2IW5 A; 4DUY B; 5EZY B; 1R3K C; 2P4K A; 3I55 V; 3E86 A; 4WBN B; 5EC1 C; 1Q43 A; 3OT7 A; 3WB0 A; 3K0G A; 3OR6 C; 3CCV V; 5IJ0 A; 1Y74 A; 3ASN C; 3ABU A; 4WFE A; 3SYQ A; 2P67 A; 4I55 B; 3FAV B; 2L6L A; 5LOV A; 1TA8 A; 3GWO A; 1VP7 A; 1M9N A; 4EEQ A; 4DYL A; 4FVM A; 5JVD A; 1S77 D; 4D7S A; 2LP7 A; 3A8T A; 4GCZ A; 1O9H A; 4X1K A; 2QR4 A; 1NH2 B; 2JEX A; 3C90 A; 5H2F Z; 2UU9 O; 2W6I G; 2YEV A; 3G67 A; 2P6J A; 4LNU B; 2YIB A; 3ZMT A; 4DR7 O; 3N2K B; 2HJF C; 3K5M A; 1O9G A; 5IJ9 A; 4X66 B; 1LUW A; 2F95 B; 4F6E A; 1RM1 B; 3F7V C; 4J7Z A; 4BW5 A; 3NXS A; 3D8C A; 3SPI A; 4FMT A; 1R3J C; 2VQE B; 3TXS A; 1SQB H; 1E79 G; 1RSO B; 1YCI A; 4LF5 B; 3SYP A; 1H2S B; 4MT8 A; 1HP8 A; 4K0K B; 4J80 A; 2EJR A; 5GTH Z; 1QLE C; 3ZHT A; 4X20 A; 4HYO A; 3LDD A; 3RYI A; 1TGO A; 4TUY A; 2A06 H; 2RNB A; 1IUR A; 1L0L H; 4KUM A; 1G8M A; 1Y6X A; 3HKC B; 2VQF O; 4DV4 B; 3CRA A; 5KAF Z; 3HKD A; 1AI6 A; 5F2V O; 4DR6 B; 2Y69 C; 4MVU A; 4YJ3 A; 3CCJ V; 3K57 A; 3FKS G; 3LDE A; 2UUC B; 1OCO C; 4DR3 O; 4JI7 O; 3E8B A; 3SPG A; 2NNU A; 2NLJ C; 2N05 A; 5LGN A; 1BSM A; 1ZL8 B; 4MVR A; 3OM3 B; 3OGI B; 3SPH A; 4LF7 B; 5B1A C; 1NS1 A; 2IJJ A; 1IBL B; 5JQG B; 2GTA A; 4IGG A; 2RCV A; 4XDL A; 1F4N A; 2GDS A; 3HKE A; 1XUQ A; 4LFC O; 5CB4 A; 4I55 A; 4GKK O; 3FAV A; 3J80 N; 1YI2 V; 1BT8 A; 1TVK B; 4B3T B; 4G27 B; 2ZNJ A; 1SC5 B; 3I5D A; 4X62 B; 4DV5 B; 1IXB A; 3EVK A; 3WU2 Z; 4O4I B; 2R70 A; 1VQ9 V; 1E1Q G; 4JI3 O; 1VQ4 V; 2DYS B; 4H44 B; 4CS4 A; 3B2E E; 2CK3 G; 5IYZ B; 4DUZ O; 1NU1 H; 2FYU H; 4YY3 B; 2WLI B; 4DR2 B; 1LUV A; 3G6B A; 4NXN O; 1VF6 C; 1WJZ A; 1NTM H; 4I4T A; 1SQF A; 1S5L Z; 3J7A U; 4JI5 O; 2E76 B; 2ZDI A; 1R1B A; 3GWK C; 4X88 A; 1NH2 D; 3CS5 A; 2Q0A A; 3VQV A; 4PA7 A; 2Q5Z A; 4K35 A; 3MHS C; 3O9O A; 3ABT A; 4FM0 A; 1GN2 A; 3AG7 A; 1EN6 A; 1MZF A; 3UT5 B; 1IZ3 A; 4LF8 B; 1RM1 C; 2HEP A; 2V4D A; 5A2Q N; 4ZI7 B; 3HKC A; 1I7F A; 2ZE6 A; 3LSQ A; 3G4S V; 4MTG A; 1EZJ A; 4JV5 B; 3K5L A; 3A0R A; 2X7R B; 4GLX A; 2A79 B; 3T1C A; 2PYJ A; 2QWO B; 2WSS G; 3DSQ A; 3IC7 A; 3B77 A; 4I5S A; 1URF A; 1FKA O; 3IJ4 A; 1PNM A; 1RPR A; 4KHP O; 4RWU A; 1FFX A; 2IBZ H; 2ODM A; 3U10 A; 2LGQ A; 4F4L A; 2KG7 A; 3B40 A; 3QNE A; 1L8D A; 1FYJ A; 4DO2 A; 3CCQ V; 4LH6 A; 2JEU A; 4JI0 O; 4H37 A; 5LBQ A; 1GRJ A; 2JRI A; 1YTF D; 2DE0 X; 1AI4 A; 1JVM A; 1TVK A; 4X64 B; 4R7C A; 2Y0P A; 4LR3 A; 5FLX N; 1K73 W; 3FB7 C; 1FS0 G; 1Z2G A; 4O4I A; 1KQS U; 2WLK A; 4LF4 B; 4LP8 A; 1W0J G; 3JAL A; 3F7Y C; 1I08 A; 5FL7 G; 2OT5 A; 1WB7 A; 3ZHV A; 2HLD G; 3ZN0 A; 2HP8 A; 3JD0 A; 4UCO A; 4FLY A; 4FM1 A; 5CA3 A; 3OW2 U; 2EJ7 A; 3K79 A; 2LJ2 A; 4LF6 B; 2ZNI A; 1QVG U; 2CE4 A; 3G80 A; 2DYS C; 5LMN B; 3O65 A; 5EC2 C; 3K3W A; 1XNQ O; 4RAI A; 3SR2 C; 4DV1 B; 2EZO A; 1Q8I A; 2Z5U A; 1LNQ A; 4PI2 A; 4MS2 A; 4FFK A; 4R8C A; 2JGD A; 1HNW O; 3UM7 A; 2FML A; 3UT5 A; 1X59 A; 4I50 A; 3CCU V; 4DW0 A; 3DC5 A; 5BR8 O; 4PJ0 Z; 1WP7 A; 1ZUQ A; 4BIU A; 4DUY O; 3CYO A; 2XOK G; 1VF7 A; 4GUN A; 2BTQ B; 1PL4 A; 2UXC O; 3FB8 C; 4TV9 B; 1NVP B; 3CHX A; 4K8X A; 2HKO A; 1QBZ A; 4O4J B; 3JD1 A; 4IHJ B; 1F23 A; 5FNV A; 3CC2 V; 2ITC C; 4RUE A; 4I9Q A; 3CC4 V; 4TV8 B; 1HNX B; 1KD1 W; 3W7W A; 5CA1 B; 4MVQ A; 4DRX A; 1XQ8 A; 2A0L A; 2EIM B; 2YID A; 4U3F H; 3H9V A; 3MHH C; 1J95 A; 5FPO A; 4QNH B; 4L8J A; 2ZIM A; 3BFR A; 4JF3 A; 3TXQ A; 1HR0 O; 1N33 B; 2RMK B; 5IDJ A; 2BSK B; 1IDS A; 3JYC A; 1K5S A; 4X66 O; 1KKD A; 2CH7 B; 3JAW B; 1HDJ A; 3R65 A; 4JAV A; 4JI4 B; 3QTC A; 1HNZ O; 1P7G A; 4FLT A; 1OZ0 A; 4JZ2 A; 2VQE O; 1W59 A; 3OR7 C; 5EYP B; 4MSW C; 3CC7 V; 1H2G A; 4K0K O; 3OMN B; 2QE7 G; 1OJH A; 3D36 C; 1BE3 H; 1UJW B; 2ZCE A; 3OUF A; 5J2T B; 1CEZ A; 4DV4 O; 4U7N A; 3JAT B; 1YJN V; 4DR6 O; 3B8N A; 4DV0 B; 3E89 A; 4W4L A; 2FKX A; 2UUC O; 4DR5 B; 2R9A A; 1JJ2 U; 1PP9 H; 4WFB V; 1YSC A; 2MW2 B; 3APO A; 1UFI A; 4B3M B; 3L73 H; 1OHH G; 2IU0 A; 3MD0 A; 2OTL V; 2RQ6 A; 1B04 A; 1M56 B; 4LF7 O; 5JWP A; 2PF4 E; 3KCX A; 3H1J H; 2JGU A; 5KHJ A; 4JYA O; 3PN1 A; 4IHJ A; 1OV9 A; 1ARO P; 1D5A A; 2WA4 A; 1MG1 A; 5GON B; 4B3T O; 4F6R A; 3K03 A; 3SPJ A; 3M8A A; 4CH3 A; 4E4E A; 5LXT B; 1M1K W; 4X62 O; 4DV5 O; 1JA8 A; 3I56 V; 5CA1 A; 4B3R B; 1J5E B; 4OX9 B; 4X1I A; 3JAS A; 1Y4M A; 3L70 H; 4ZHQ A; 3QO7 A; 4J41 A; 2CTR A; 1NVP D; 1YXB A; 3FB5 C; 2RJZ A; 4YY3 O; 4DR2 O; 5LL6 Y; 1Q3E A; 1S3J A; 5BMV B; 3QG5 A; 2QSA A; 2F4V O; 1S5H C; 4WFF A; 2ITD C; 2YXY A; 4FZ0 A; 1BHA A; 2EIM C; 4GX2 A; 3ETG A; 1SS3 A; 1OCZ B; 4U3J B; 5LA6 B; 4YXW G; 3JCZ A; 3JAR A; 4K3A A; 3E22 A; 4JZG A; 5BY1 A; 3ICX A; 5HFL A; 1GM8 A; 2AZ0 A; 3Q4H A; 4LF8 O; 2AHZ A; 4UV9 A; 1XMO B; 5J2T A; 3OAA G; 1VQ6 V; 2ZE8 A; 2ZD9 A; 1Q6H A; 3CRC A; 4YIO A; 3T4Z A; 1XL6 A; 4XDK A; 4PI0 A; 1SKV A; 1SF9 A; 5BZB A; 3JAK A; 1Y76 A; 3H1I H; 4WFA V; 3ZHS A; 1K9M W; 2YI9 A; 4UXN A; 3CME V; 4R6Z A; 3FFQ A; 4MVS A; 2PGG A; 1N34 B; 4OPH A; 3M99 B; 5L3B A; 3CD6 V; 3OMI B; 2ADP A; 4NVP A; 1K34 A; 1K4C C; 2F1M A; 3RWR D; 4ICG A; 1VMG A; 1XEQ A; 1FXV A; 1IBM O; 2QDO A; 4QPK A; 3B09 A; 1OCR B; 5GON A; 4FLW A; 4DXW A; 4C7U A; 5LXT A; 2YSU B; 1M56 C; 3GVM A; 4HBN A; 2E74 B; 3K59 A; 4DV3 B; 5C8Y B; 1PNL A; 2Y0I A; 2UXN A; 4LF4 O; 2UUA B; 1Q6U A; 1THZ A; 2UXB B; 5IYD O; 1SA0 B; 2ZQM A; 3T1H B; 2JK5 C; 5BMV A; 4LF6 O; 1Q90 D; 4FM2 A; 4O2B B; 1KBH A; 5LMN O; 3GB7 C; 1Z5V A; 1EN4 A; 2LFS A; 3HKB A; 4IIJ A; 5LA6 A; 4DV1 O; 4DV7 B; 4HNA B; 4KXR A; 4NTX A; 4XBF A; 2BE3 A; 2B1I A; 3CP1 A; 3K5O A; 3CXH F; 1XDC A; 4PV1 B; 5KMG B; 5A9G A; 2GV9 A; 2Q8V A; 2GHY A; 5H6Q A; 4PDM A; 1OCZ C; 5B1N A; 1BCC H; 4ZKI A; 1VEW A; 3QF7 A; 2XAJ A; 3OFN G; 2HVK C; 2FL4 A; 2HJD A; 2KKW A; 1K8A W; 3BVO A; 1QVF U; 1H8E G; 3ABK B; 1GH6 A; 4BAY A; 2VWK A; 3OMA B; 3AG1 B; 2Q69 A; 2EIK B; 2RDC A; 1H2K A; 4A5U B; 2JS5 A; 1HNX O; 2ETN A; 1GN4 A; 1U96 A; 3FYI B; 2QGN A; 3TK1 A; 3UO2 A; 1WB8 A; 5KA5 A; 2ZT9 B; 4WCE V; 2BOB C; 4MVO A; 4J9Y B; 3T1Y O; 4YHH B; 3CJH B; 1XNR B; 1N33 O; 4ZIB A; 5LMU B; 5EZY A; 1N32 B; 4JI1 B; 3E8G A; 1MSD A; 4WBN A; 4JI6 B; 2DW4 A; 5K1X A; 4PA4 A; 4JI4 O; 4FZ1 A; 1OCR C; 4WFG A; 2D2C B; 1V55 B; 4X1Y B; 2B1G A; 1V9P A; 2GTS A; 4P9O A; 4JTD B; 3ETD A; 4NTW A; 4O2B A; 4BIZ A; 3TET A; 1KB9 F; 2R9R B; 3A0H Z; 3NR7 A; 1DK1 A; 2LW7 A; 4IYI A; 4HNA A; 4JTC B; 1VF6 A; 4ASU G; 3RYH B; 4YJ2 B; 4MW3 A; 5KMG A; 1XHX A; 2IH3 C; 4MTO A; 4DV0 O; 4LNU A; 1ORQ C; 3DTU B; 2Q67 A; 3THO A; 3FX7 A; 1BS3 A; 3OEH G; 4JAA A; 3N2K A; 4DR5 O; 3A2F A; 3RGB A; 1H8H G; 3ZRW B; 3WG7 B; 1SQP H; 4B3M O; 1PV0 A; 2OCH A; 3B4S A; 3C3T A; 5ITZ B; 5J2U B; 2OCC B; 1N4C A; 2X6B A; 3CRR A; 4CBC A; 3R66 A; 5CA0 B; 1P84 F; 1RSO A; 5D5P A; 4LFB B; 1NJI W; 1ZTE A; 1AJQ A; 1KU9 A; 3DXR B; 1KC8 W; 3W7T A; 1WPX A; 4DR4 O; 1EBO A; 4UVA A; 3ZHR A; 1W0K G; 4B3R O; 3WB1 A; 3VQY A; 4OX9 O; 3ABK C; 1TUB B; 2CGO A; 4Z2W A; 4PA3 A; 3ZBH A; 1AI5 A; 1WNS A; 4B08 A; 2EIK C; 3CJH A; 1SZT A; 1US6 A; 3CSX A; 2UXX A; 4AQY B; 1FXK B; 1ZL8 A; 4PA9 A; 3BA9 A; 4KFM A; 1JJO A; 2ATK C; 3LNM B; 4UUJ C; 2UUB B; 3K04 A; 4PDR A; 2EZP A; 3STL C; 4JI8 O; 5JQG A; 4KL1 A; 3MAQ A; 1QLN A; 2C2A A; 1N0J A; 2MK3 A; 1N8R W; 2R9I A; 2XND G; 4O4L B; 3SJB C; 5IY5 B; 1BQ0 A; 1XMO O; 2QM4 A; 5KA6 A; 4H33 A; 1V55 C; 2R72 A; 3RYH A; 5CBF A; 4YJ2 A; 4GX0 A; 4OPA A; 1COW G; 2RN9 A; 3JSN A; 5IYZ A; 3FYE B; 2P22 C; 5JCO A; 1GM7 A; 2VRZ A; 1I94 B; 5L3G A; 2WLI A; 2YUA A; 3KCY A; 4NXM B; 3RYC B; 3BAA A; 3N2G B; 1MAB G; 1H2N A; 3ZRW A; 1VAR A; 3CB2 A; 3BCC H; 4PEL A; 3EHB B; 2YI8 A; 2A3Q A; 5J2U A; 2WLL B; 2YIA A; 5JCO C; 1N34 O; 2UXD O; 5CA0 A; 4I7Z B; 4O2A B; 1NT2 B; 1GAX A; 1I0H A; 3SYO A; 2HVJ C; 2PI4 A; 3WG7 C; 3SJQ C; 3DXR A; 4NTY A; 4B7E A; 2OCC C; 4ZI7 A; 5EIB C; 3TGU H; 4ZOL B; 4DK1 A; 2DN9 A; 3B8M A; 2WLJ A; 4O4H B; 2CTP A; 1B06 A; 2KB1 A; 3ETQ A; 4PD4 F; 5EIB D; 2UUA O; 1ROP A; 2CGN A; 2P90 A; 5B66 Z; 3D3I A; 5JJE B; 4BR6 A; 2UXB O; 1M57 B; 3AG3 B; 4TT3 G; 1V54 B; 3AG2 B; 1SES A; 2JS3 A; 2QM8 A; 3OTF A; 1GMG A; 2L35 A; 2GUZ B; 3CRQ A; 1XL4 A; 1KP3 A; 3F5W C; 4N21 A; 1B3Q A; 1JFF B; 2H94 A; 2QTO A; 4DR1 B; 4DV7 O; 2PZS A; 2QWP B; 3APQ A; 2BCC H; 4WF9 V; 4TQF A; 3RFR A; 4I0X B; 3P3N A; 5LYJ B; 1Q81 W; 2YC0 A; 2WAM A; 1K4D C; 3BAB A; 4TSF G; 2DYR B; 4O4L A; 1FXH A; 1ZWI C; 3ABL B; 1NBM G; 2ZIN A; 2V1D A; 2IJI A; 2ARH A; 5GTI Z; 3D36 A; 4DV2 B; 5E1A C; 1K3E A; 3ZRS A; 5GW7 A; 1QR8 A; 4NYK A; 1N36 B; 4DR3 B; 1AI7 A; 2IU3 A; 3N2G A; 5KHG A; 4LF5 O; 2BTO A; 2Q6A A; 4TQD A; 5IY5 C; 3W7S A; 3IC9 A; 1Q5O A; 2JIZ G; 1XI1 A; 3ZMU A; 4PHZ A; 1PPJ H; 4GKJ B; 3AK2 A; 4WFH A; 3CWB H; 1AJN A; 4BWA A; 4RQF A; 2XAH A; 2EIN B; 4GX1 A; 4NB5 A; 1BMF G; 4Q6G A; 3HB3 B; 4O2A A; 4LFC B; 3ABM B; 4CC5 A; 3CEI A; 1AR5 A; 4U7O A; 4GKK B; 3SYC A; 3BPZ A; 5JJJ B; 5EBM C; 1WN7 A; 4EFB A; 1NTK H; 3RYF B; 2YDE A; 4YHH O; 3L74 H; 1XNR O; 4FJC C; 1WPB A; 5LMU O; 1Y66 A; 2ADQ B; 2N74 A; 3E35 A; 1R6N A; 2K9P A; 2V7Q G; 1N32 O; 4JI1 O; 2BTQ A; 4X8A A; 5B1O A; 4JI6 O; 1IX9 A; 4TV9 A; 2LO1 A; 4B3S B; 1Y67 A; 1IBL O; 1WA8 B; 3SDL A; 4NR1 A; 1VQO V; 4O4J A; 3SYA A; 4HAM A; 5KLV H; 1YVW A; 5AG2 A; 2IH1 C; 3ZCC A; 2GUZ A; 3W7U A; 4GX5 A; 5B1B B; 4TV8 A; 1A32 A; 1JFF A; 3AK3 A; 4QE7 A; 4MW8 A; 4UB8 Z; 2JJ1 G; 1MNG A; 1M57 C; 3AG3 C; 4FLU A; 1KEC A; 1WP8 A; 1W2B U; 1GKF A; 4I0X A; 5LYJ A; 3C3S A; 1KKC A; 1NR7 A; 3SPC A; 1JQ0 A; 2QKC A; 4FPP A; 3H1K H; 1P4R A; 5B3S B; 2BSK A; 1AB3 A; 4JYY A; 2CH7 A; 2Q0O C; 2W0F C; 3JAW A; 2E75 B; 1Q86 W; 1FAF A; 5KUK A; 1RP3 B; 2Q7G A; 1ZSP A; 1L1F A; 2DYR C; 1YDX A; 5EYP A; 3ABL C; 1H38 A; 4LBE C; 4DW1 A; 2AZ2 A; 3OUS A; 2QKS A; 3S3W A; 1FJG B; 1TAE A; 4JYC A; 4LFB O; 4X65 B; 1IBK B; 2XUM A; 3ML0 A; 3TJT A; 3ZMZ A; 3CCM V; 4X1K B; 3JAT A; 3T2M A; 1KP2 A; 4JV5 O; 2PY5 A; 2B9Z A; 4FK5 C; 2X0L A; 2HFE C; 3OEE G; 1SQQ H; 3FB6 C; 1R6T A; 2XHB A; 4JI2 B; 2EIN C; 1FFT B; 2XAF A; 4AQY O; 3WB2 A; 2O57 A; 3ABM C; 5IJ9 B; 1DF5 A; 4YIP A; 2E3C A; 1QHT A; 1MOF A; 4J7J A; 2ZR3 A; 2AHY A; 4GT1 A; 1NTZ H; 4DV6 B; 3WFV A; 2P5O A; 4MTF A; 1VQM V; 1YJW V; 4X64 O; 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