The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
332
|
sequence length |
907
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structure length |
906
|
Chain Sequence |
MIQKVITVNGIEQNLFVDAEALLSDVLRQQLGLTGVKVGCEQGQCGACSVILDGKVVRACVTKMKRVADGAQITTIEGVGQPENLHPLQKAWVLHGGAQCGFCSPGFIVSAKGLLDTNADPSREDVRDWFQKHRNACRCTGYKPLVDAVMDAAAVINGKKPETDLEFKMPADGRIWGSKYPRPTAVAKVTGTLDYGADLGLKMPAGTLHLAMVQAKVSHANIKGIDTSEALTMPGVHSVITHKDVKGKNRITGLITFPTNKGDGWDRPILDEKVFQYGDCIALVCADSEANARAAAEKVKVDLEELPAYMSGPAAAAEDAIEIHPGTPNVYFEQPIVKGEDTGPIFASADVTVEGDFYVGRQPHMPIEPDVAFAYMGDDGKCYIHSKSIGVHLHLYMIAPGVGLEPDQLVLVANPMGGTFGYKFSPTSEALVAVAAMATGRPVHLRYNYQQQQQYTGKRSPWEMNVKFAAKKDGTLLAMESDWLVDHGPYSEFGDLLTLRGAQFIGAGYNIPNIRGLGRTVATNHVWGSAFRGYGAPQSMFASECLMDMLAEKLGMDPLELRYKNAYRPGDTNPTGQEPEVFSLPDMIDQLRPKYQAALEKAQKESTATHKKGVGISIGVYGSGLDGPDASEAWAELNADGTITVHTAWEDHGQGADIGCVGTAHEALRPMGVAPEKIKFTWPNTATTPNSGPSGGSRQQVMTGNAIRVACENLLKACEKPGGGYYTYDELKAADKPTKITGNWTASGATHCDAVTGLGKPFVVYMYGVFMAEVTVDVATGQTTVDGMTLMADLGSLCNQLATDGQIYGGLAQGIGLALSEDFEDIKKHATLVGAGFPFIKQIPDKLDIVYVNHPRPDGPFGASGVGELPLTSPHAAIINAIKSATGVRIYRLPAYPEKVLEALKA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Aromatic Aldehydes at the Active Site of Aldehyde Oxidoreductase from Desulfovibrio Gigas: Reactivity and Molecular Details of the Enzyme-Substrate and Enzyme-Product Interaction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ALDEHYDE OXIDOREDUCTASE
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| total genus |
332
|
| structure length |
906
|
| sequence length |
907
|
| ec nomenclature |
ec
1.2.99.7: Aldehyde dehydrogenase (FAD-independent). |
| pdb deposition date | 2014-07-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
| A | PF01315 | Ald_Xan_dh_C | Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain |
| A | PF01799 | Fer2_2 | [2Fe-2S] binding domain |
| A | PF02738 | Ald_Xan_dh_C2 | Molybdopterin-binding domain of aldehyde dehydrogenase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | [2Fe-2S]-binding domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NS1 A; 3NS1 C; 3NVY C; 4JX1 C; 4YTM B; 3AMZ A; 3HRD B; 1GAQ B; 4US8 A; 1TKE A; 3P4P B; 1CZP A; 2W3R A; 3AEA B; 1J7A A; 3WCQ A; 5EE3 A; 2MH7 A; 2PVG C; 2W55 B; 1RWS A; 3CIR B; 2DWQ A; 3AE1 B; 5H92 C; 1YJI A; 3KWL A; 1E10 A; 4IDI A; 1PUT A; 3B2F A; 5G5G A; 1T3Q A; 1E7P B; 2QJL A; 2MJD A; 3W9C B; 3EUB 4; 1DGJ A; 2PIA A; 3P4Q B; 3P63 A; 3AE4 B; 3LXF A; 3AN1 A; 1IUE A; 1NI3 A; 2H88 B; 5C2T B; 1FIQ A; 1FIQ C; 2LEK A; 1KRH A; 2HTM E; 3W5V B; 1KF6 B; 1JAL A; 1KFY B; 3P4R B; 1B9R A; 4LTU A; 1N5X A; 5EE1 A; 5C3J B; 2BT6 A; 4KX6 B; 1QOA A; 1PFD A; 2CU3 A; 1XLQ A; 3AED B; 3HUI A; 2MJ3 A; 1RFK A; 3P1M A; 4US9 A; 4ZHP A; 1JQ4 A; 2BS4 B; 1FO4 A; 3FAH A; 1XLP A; 3DWM A; 1FFV B; 3W5U B; 2BS3 B; 2WU2 B; 2EKI A; 1NVI D; 1DOX A; 3L4P A; 1I7H A; 1TJE A; 3VRB B; 1QLB B; 2PVO D; 2JQR B; 2W3S B; 3VRA B; 2QIE B; 1NYR A; 4A9A A; 3NVY A; 4WWM A; 1SB3 A; 1SB3 C; 3ABV B; 1L5P A; 2WDQ B; 2KAJ A; 1L6V A; 2WLB A; 2Y5C A; 3VR9 B; 1DOI A; 1N61 A; 1ZXI A; 1OFF A; 1VLB A; 2KMM A; 4P6V F; 1JWA D; 3AM9 A; 1JWB D; 2WDR B; 3HVZ A; 1TYG B; 2N0S B; 5MPO A; 1FXA A; 4C7Z A; 1ZOY B; 2M19 A; 4ITK A; 1V97 A; 1FRR A; 5AUK A; 1NEN B; 1SF0 A; 2H89 B; 4FXC A; 1NYQ A; 3B2G A; 2MJE A; 3BII D; 3RPF C; 4N59 A; 1N62 A; 1FFU A; 2DBY A; 1OQR A; 4HRS A; 3CWI A; 3ETR A; 3ETR C; 1NEK B; 4JWU C; 3B9J A; 3B9J C; 1PDX A; 1N5W A; 1OQQ A; 4YTP B; 1ZXI B; 2B76 B; 5GXG B; 2W3R B; 3NVV C; 4C7Y A; 3VR8 B; 2CJN A; 1JRP A; 4N58 A; 3AEC B; 2WS3 B; 2ACZ B; 3EUB 2; 1WWT A; 1QT9 A; 2G1E A; 3AE2 B; 1N63 A; 4YXD B; 3NVZ A; 3NVZ C; 3NRZ A; 3NRZ C; 4ZOH A; 4ZOH C; 1WRI A; 2WP9 B; 2FBW B; 3AB5 A; 2W55 A; 3SFD B; 1ROE A; 3NVW A; 3NVW C; 1FM0 D; 1JRO A; 1WXQ A; 1QOF A; 1SIJ A; 1ZP0 B; 2W54 A; 1JW9 D; 1WGK A; 2WDV B; 4N6E B; 3SFE B; 2WQY B; 1WYG A; 5AUI A; 4HRO A; 3AV8 A; 3SR6 A; 1CJE A; 3SR6 C; 1V8C A; 1GPX A; 1JRP B; 2BS2 B; 3AEB B; 3ZYY X; 4YSZ B; 1FMA D; 1TKY A; 1XLN A; 1UWM A; 1TKG A; 1DOY A; 1L0V B; 3AEG B; 3AE7 B; 3AEF B; 1N63 B; 2WU5 B; 4YSX B; 1QOG A; 1YQ4 B; 2PKO A; 1JRO B; 2JX5 A; 1N60 A; 4YSY B; 2M56 B; 1VDV A; 2W54 B; 1FFV A; 2E3T A; 1YQ3 B; 1VJK A; 5EE9 A; 1RM6 A; 3P4S B; 1RM6 C; 1N61 B; 1E0Z A; 2OHF A; 3FC4 A; 3NVV A; 2W3S A; 3AEE B; 1RYJ A; 1FXI A; 3AE5 B; 2K5P A; 4USA A; 2CJO A; 4C80 A; 3HRD D; 3HRD A; 1AWD A; 1J7C A; 4WQM A; 1A70 A; 1J7B A; 1E9M A; 4JWS C; 3DWG C; 4YTN B; 1QF6 A; 3AE6 B; 1QOB A; 1N62 B; 1YJJ A; 1FFU B; 3AE8 B; 3AE3 B; 2L83 A; 5EE0 A; 1L6U A; 1E6E B; 1EWY C; 1N60 B; 1ZUD 2; 5G5H A; 2AX5 A; 3AH7 A; 1XO3 A; 2L52 A; 5H8Y E; 3LB8 C; 2K9X A; 3AE9 B; 1FRD A; 1AYF A; 1R7S A; 4YT0 B; 1N5W B; 3PO0 A; 1F0Z A; 1XLO A; 2Q5W D; 2K22 A; 4ZHO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CHW A; 5ALI A; 4BBN F; 3NS1 C; 5ALE A; 3NVY C; 1QSL A; 2NTT A; 2HOF A; 5DPR A; 2ZJQ J; 1EUV B; 3HWT A; 1TV9 A; 1YIW A; 4B6W A; 4C4S A; 1P7F A; 1UH6 A; 2Z59 B; 2MA1 A; 3V6K A; 2C2E A; 4WUR A; 2LZ6 A; 2PFO A; 3EEC A; 9ICW A; 4NAW B; 1CUK A; 3T3O A; 4LJX A; 3PZ7 A; 1YTD A; 4DL4 A; 2AGQ A; 2ZW0 A; 2R8K A; 3PLV A; 4B0M A; 8ICB A; 1V5T A; 3CPW H; 5BYS A; 1K53 A; 2W3R A; 2PXI A; 3R9K A; 3TAR A; 2ZUB A; 9ICU A; 3IAM 1; 5KG3 A; 2RSU A; 1ZQA A; 3WAL A; 3GFK B; 2Y3A A; 5DDY A; 4Z6E A; 3C2F A; 5KFO A; 3BVG A; 2ZJR J; 2W55 B; 3RJK A; 1WH3 A; 4Y2U A; 2IBI B; 4QZI A; 3EWA A; 2ZTD A; 5ALU A; 1KH0 A; 1P1A A; 4RNM A; 3ETL A; 3LDZ E; 3BS5 B; 5H92 C; 1Y88 A; 2NRX A; 4MFA A; 4EZK A; 2LMR A; 1UGM A; 3CC2 H; 2LYH A; 8ICW A; 3H5Q A; 1BPX A; 5KFF A; 1XSN A; 3HIZ A; 3VAW A; 4EZ6 A; 2OMD A; 1S72 H; 4IDI A; 3TMP B; 2WXL A; 1IPG A; 2EZX A; 2KJ6 A; 3TAD A; 5LNK 1; 2KQS A; 4Y2X A; 4ELU A; 1XO1 A; 4DSF A; 1WM3 A; 1YI2 H; 4PS8 A; 2W43 A; 1D9D A; 1OUQ A; 2DEN B; 1FMA E; 1UZX B; 4A3O A; 4NPN A; 2MAX A; 3SAF A; 3PRP B; 5BO4 B; 2TPT A; 4FS1 A; 1M90 J; 3GIL A; 1ZQB A; 3OGU A; 7ICO A; 3P63 A; 3KWV A; 2E1E A; 3J9C A; 5BOL A; 3NTU A; 3CCM H; 3LXF A; 3AN1 A; 2FMQ A; 1IUE A; 1YX6 B; 1HE8 A; 2FUH B; 4M6W A; 5BMI A; 2VH2 A; 1X42 A; 4DLG A; 1V80 A; 1QH9 A; 1E8Y A; 1KDH A; 2FI1 A; 7ICR A; 4KGR A; 3NRW A; 1DRG A; 2LEK A; 1TS4 A; 3CST A; 5KFY A; 1FNV A; 2HTM E; 2ISO A; 1N48 A; 1GNU A; 2BZF A; 3P4R B; 3VTV A; 3W5V B; 3H4B A; 2BF8 B; 1IG6 A; 2BW2 A; 4LTU A; 1N5X A; 5EE1 A; 5IP4 D; 3APD A; 1B9R A; 5JVH J; 1YIT H; 3QU9 A; 1RAX A; 1NBF C; 1MI0 A; 4MF8 A; 2JR5 A; 5L1L A; 4F5N A; 1QOA A; 1VZ6 A; 2JMG A; 3TCA A; 3ZJT A; 2XIC A; 3SEI A; 4OJP A; 9ICQ A; 2A5U A; 4KKI A; 2JZ3 B; 2CU3 A; 2B7Q A; 4I28 A; 2JPH A; 3H7P A; 2W11 A; 2KC2 A; 4YP3 A; 3TFR A; 1Z00 A; 4J9N A; 3HUI A; 2BYT A; 5DGB A; 2IDY A; 2KO3 A; 5EWE A; 3TQ1 A; 3P1M A; 2R8J A; 5KFE A; 4RGN A; 1ZYQ A; 1CRX A; 3RB3 A; 1BT0 A; 4UAR A; 2BS4 B; 2TSS A; 4MJS A; 3PR4 A; 8ICM A; 3VCB A; 1BUI C; 1LGR A; 3ZGZ A; 4KN4 A; 4RQ2 A; 1I42 A; 2KQ4 X; 3WAO A; 3DWM A; 3DDH A; 4JK1 A; 4QZ8 A; 3AL0 B; 4N9F 4; 1P7E A; 2F44 A; 3QUB A; 4IOI E; 1L4Z B; 2KTF A; 5B66 U; 4YR0 A; 2WU2 B; 1ZRN A; 3Q14 C; 2EKI A; 1DOX A; 2FCS A; 2WXH A; 1XO0 A; 4HAI A; 3EA6 A; 4CO7 A; 4CYE A; 3CCV H; 4RQ0 A; 2LXC A; 2MLB A; 2ZNV C; 4Z6D A; 1TJE A; 1QLB B; 3H7I A; 5J2B A; 2PVO D; 3PZD A; 2W82 A; 4RGM A; 3UIO B; 4I2J A; 3GOE A; 1O4U A; 2DAF A; 2DLB A; 3QC8 B; 4RT2 A; 4OO1 J; 3C5F A; 1D6E C; 2PFN A; 3NVY A; 2KDM A; 2EAP A; 2M0X A; 3UXP A; 2C22 A; 1SB3 C; 1VQN H; 2HW3 A; 5HG2 A; 1W2B H; 4GXI A; 1L7O A; 2ZUD A; 1UA0 A; 4IM3 A; 4DSL A; 3C2K A; 5L1I A; 5I4D A; 4W9F A; 2WLB A; 1S1Q B; 3TIX A; 3VR9 B; 5AK5 A; 4TUU A; 1DOI A; 3PZ8 A; 1GB1 A; 5ALY A; 8ICE A; 2BKF A; 1Y69 K; 1ZXI A; 4JLC A; 3ZKJ C; 2WTF A; 4FAD A; 2Q0Z X; 4Q8F A; 7ICG A; 1I4Q A; 2CPR A; 5K4L A; 3MDA A; 3CNH A; 2JRH A; 4KLJ A; 4EAD A; 3W2D A; 4BKS A; 3F2C A; 2YEP F; 4HK2 A; 3BZK A; 1ZQS A; 2OED A; 3IFW B; 1P7D A; 1BRW A; 5KFA A; 2HHQ A; 1B43 A; 2QLT A; 3M9N B; 4RCO A; 4O1N A; 1S5L U; 3GE8 C; 1ZD5 A; 1ZQW A; 2HSZ A; 4HDO A; 4AS1 A; 5MPO C; 2VA8 A; 3D2S A; 1HTO A; 3PSP A; 4OJ6 A; 1ZOY B; 4ITK A; 3M63 B; 2CHZ A; 1TTN A; 3VDZ A; 3KLS X; 5AZG A; 1L4D B; 3FIL A; 1ACC A; 2N9X A; 2PE6 B; 1WUD A; 1ZDX A; 2D3C A; 2KWV B; 5AUK A; 4J03 A; 4FBT A; 5F3X B; 4B9M A; 5KT4 A; 2JGA A; 2KSO B; 3EPG A; 4XE0 A; 2IGH A; 3PS6 A; 1N8R J; 5ALW A; 3DHG C; 1V9P A; 4FZM A; 5JXV A; 4UB2 A; 1WXS A; 5BYQ A; 3B0X A; 4NLC A; 3Q8K A; 2ZNV B; 3QUQ A; 4LJO B; 2ICI A; 4B9U A; 1NJZ A; 2LMC A; 4LK0 M; 2MX2 A; 4KLD A; 3DHH C; 3SMV A; 2MUT B; 1QSY A; 3G4S H; 3M95 A; 5GAH N; 4NLK A; 2D10 A; 2J0K A; 3UMB A; 5D49 A; 3AU2 A; 3RH5 A; 2L32 A; 2QMT A; 1O08 A; 3ETR A; 4EYH B; 3GB1 A; 4TSS A; 2YMM A; 4F4Z A; 2ZXH A; 3DBR I; 4WWO A; 5J0P A; 3ZVV A; 1L7P A; 3N7P D; 3DBH I; 4PJ0 U; 4NL9 C; 4II3 B; 4DLE A; 1A77 A; 2UVU A; 4JWU C; 8ICI A; 2LPE A; 3HW8 A; 1TAM A; 2K8A A; 4B9L A; 3L08 A; 1XNS A; 3B9J C; 4GA4 A; 1N5W A; 4ECW A; 5IIL A; 2IBK A; 4KLH A; 1WE7 A; 3ECI A; 3JYU A; 3GZN I; 3C2R A; 2XC9 A; 1OQQ A; 2ZVN A; 4YTP B; 3H0R B; 1TS3 A; 1UBQ A; 3C8Y A; 3JVZ X; 2W9M A; 4Y2Y A; 3GDX A; 1Z19 A; 2CJN A; 1JRP A; 4LDT B; 3WK8 A; 4QW8 A; 4DCC A; 2HVI A; 3PW4 A; 3BY4 B; 3KZI U; 4BVU C; 3JPQ A; 2J6S A; 1KJT A; 2KJ5 A; 2WDT B; 2WS3 B; 2J6U A; 1ZQQ A; 2PE9 A; 4QWA A; 2V4R A; 4W9G A; 5CHG A; 3LVV A; 1ET6 A; 2E8N A; 2DZI A; 2KLG A; 4NLZ A; 4PZN A; 3G71 H; 3HM3 A; 1CMX B; 4BJQ A; 2JT4 B; 3AE2 B; 5AI0 A; 3ZI4 A; 1SWV A; 4QW9 A; 2XGQ A; 3THV A; 1I4H A; 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