4UUIA

A case study for twinned data analysis: multiple crystal forms of the enzyme n-acetyl-neuraminic lyase
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
300
structure length
299
Chain Sequence
HHHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVFNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDNIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title A Case Study for Twinned Data Analysis: Multiple Crystal Forms of the Enzyme N-Acetyl-Neuraminic Lyase
rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus 119
structure length 299
sequence length 300
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2014-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4uuiA00
1OF8A 4QNWA 3P7YA 2JK2A 2Z0IA 1G69A 1JRCA 5EA9A 2OMAA 4OGZA 3W2KA 3G1YA 1GWJA 4TMBA 3L21A 1OYCA 2QCDA 3G18A 4WZHA 2WNQA 3VFLA 4OU1A 5F2GA 5KINA 1RQBA 3IVTA 3G0UA 4BFAA 1I8JA 3BV4A 2RHGA 2H3BA 1DVJA 3STEA 3NPUA 4WOZA 4JTTA 4WD0A 1GVOA 3NQDA 4YXGA 3S42A 4D2JA 5AN7A 3SI9A 3HF3A 1W31A 1YDNA 1PV8A 1TPWA 3Q94A 4DELA 2PE4A 2Y7GA 2W6RA 3TC7A 3LLFA 1PS9A 3P74A 5F1VA 1N8FA 4POCA 4A29A 3UPBA 4WXYA 1U83A 4AXKA 3W73A 2OZ0A 3TQ0A 1OX5A 2NXHA 1Y0EA 3OBKA 3BLEA 3ANYA 2C6QA 1NAL1 1JCMP 3MHUA 2ZA3A 2X1UA 1VS1A 3OVQA 2QCCA 3CEUA 3WJXA 1LOQA 2CWNA 1GG0A 4K7YA 2QUVA 1WQ5A 1S5TA 4FO4A 1UB3A 2X16A 1KM2A 3NPVA 4CCCA 3BG5A 1TQJA 3FFSA 4ONVA 1GTEA 4X22A 2CLHA 1B9BA 1XI3A 4HKPA 2E09A 4CLMA 5EKYA 1TPC1 2VEPA 2YR1A 4XTIA 1MXSA 1PE1A 1SU5A 2TPSA 3CQ0A 4JTSA 2DZWA 3QW3A 5BNKA 3I6RA 3FYOA 3QRHA 1H7NA 2FLIA 3HGSA 2C3ZA 1S3HA 1QNVA 3TW6A 2P10A 1F2JA 1R46A 1C29A 4Q4KA 3KVKA 5D05A 4HPXA 4OV9A 2Q8ZA 3B06A 5C55A 2HTMA 3NL5A 3GNDA 1YPIA 5HWNA 3LCGA 2FTPA 1JQVA 1LLZA 2ZRUA 3N9RA 2CLEA 3R5EA 4XUGA 4IPJA 1OF6A 5AYYA 2BXVA 3FKKA 5F2MA 2YPIA 1VR6A 1VYSX 4O10A 5FEWA 4OWGA 1QFEA 2ZZ5A 3W70A 3QPZA 1H60A 1LCOA 1KM1A 1YTDA 4QISA 1VHNA 3M5VA 4FNUA 3I7QA 4WY0B 3PULA 1JCJA 4HSOA 3HGOA 1OFOA 5EMUA 3PBWA 1AL7A 4LV9A 3W1NA 4O54A 4JTFA 2QCLA 1IXQA 1H1ZA 2NUYA 1JULA 1VH7A 1SSDA 2FQIA 4A21A 5EY5A 3HQ1A 3DGRA 3EEGA 3QMRA 2J9XA 5DN1A 2Y7FA 3QZEA 2BTMA 1MZHA 2V81A 3UY8A 3N2XA 4GRSA 4JTKA 4GUGA 3KOFA 4QAIA 5CSRA 2RDUA 1KTCA 2JKAA 1GVQA 3GR8A 3PY2A 2RKXA 1KM6A 2QAPA 3N19B 2NXGA 2A21A 3CWNA 1QR7A 3GDKA 1RZMA 3W83A 1DJNA 2CLMA 1WXJA 3R12A 1Q6RA 1EWEA 1OX4B 1KFKA 3DENA 4JY9A 1H62A 1TIMA 1R2RA 4UTWA 4O1DA 1JUKA 3LTSA 4RXFA 5G1YA 1FUYA 3C6CA 2DZXA 3T55A 3OG3A 2E6AA 4EWND 3P81A 4NJJA 1XKYA 2BSLA 4RV8A 3TAOA 1HUVA 2NX1A 3QH2A 2NWRA 4AH7A 3W1MA 1PIIA 3W72A 4N6EA 1X1OA 3M16A 2QF7A 3NDOA 3W22A 3W2MA 4UXDA 1NSJA 5K4ZA 7TIMA 1GVRA 3UNDA 1KTBA 4HT3A 4MKNA 1FDYA 1M7PA 2YW4A 1K7EA 3GKFA 3W2JA 2W0UA 3C2EA 2Y7EA 3SZ8A 5KZMA 4Y8FA 2P0OA 3HJZA 5CPOA 2YX0A 5AHNA 3CT7A 3M47A 4O0KA 4K36A 4Q33A 3DAQA 4AB4A 3PWAA 1GT8A 5ABTA 4WX2A 1LORA 1QO2A 1TQXA 3GAYA 3QMSA 3N73A 4H3DA 4JX5A 2X1TA 3L67A 1F76A 2VFIA 1OFAA 2B7QA 4GNJA 4UMBA 4FXRA 3INPA 4CCEA 1KM3A 4J9JA 3NL2A 2ZQ0A 4PTNA 1KLZA 2GQAA 1XCFA 1Q45A 1OYBA 4FNTA 5D32A 3H54A 4UTKA 1A5SA 1GQNA 2CLFA 5LGXA 4XKYA 1H7OA 2NZLA 4Q32A 1VGAA 1NF7A 1TJPA 3TMLA 8TIMA 3ZS4A 3NEVA 1NF0A 4O1AA 4XZ9A 5G2HA 5AFDA 1M7OA 2ZA1A 2JGYA 4AEOA 4DEFA 2R8WA 4TIMA 5U4NA 1SR9A 2X30A 3DI0A 3DFNA 3KVMA 3O63A 3O8AA 1QCWA 3M7WA 1SQ7A 4W9TA 1GEQA 1Q6QA 3CIXA 1V7YA 1TV5A 4JX6A 1DOSA 3EXSA 5KITA 5FEZA 3TV8A 2JKPA 3N9SA 2YZRA 3IVUA 3PM6A 3G1HA 4QM1A 3M5ZA 4WUIA 2B7NA 3VE7A 1N7KA 3GKAA 4QITA 3C56A 3LRKA 1AW2A 1XUZA 1TMHA 3H55A 3STCA 2QJIA 3LV5A 4LUIA 4LV4A 4FNRA 3BW4A 1IIHA 3LCLA 1DHPA 1KA9F 4M7SA 4IQLA 2VOMA 2A5HA 1TTJA 1FXPA 3QM3A 4YCOA 1ZNNA 3E12A 1YPFA 4UUIA 3G3MA 4O12A 3SSJA 5EBUA 1L6WA 3NPWA 1FWSA 1EUNA 2QJHA 4UTTC 2ZA2A 3ATYA 3PF3A 4RX0A 1KFCA 5TQLA 3W2NA 1XFBA 1L6YA 4KFPA 5DY2A 3A9IA 2GJLA 1KTNA 4DQWA 2ZTKA 3S5OA 1AMKA 4N6FA 1XBXA 3S6DA 4I7WA 3L5MA 3BLFA 3PUDA 2V30A 1W8SA 3L9CA 5AHFA 4UFMA 2H6RA 4ZQPA 3N14A 4O57A 1OFEA 4MY1A 1G6CA 4O18A 3G0SA 5G2IA 2Q3RA 2PRHA 2YFNA 2AQWA 5E93A 4MYAA 1SUXA 5D38A 1O5KA 5CPMA 3W84A 4DO6A 5D2XA 3MYOA 3HOJA 4JTHA 1I2NA 3CHVA 3TSBA 1R2TA 3WJSA 4QNEA 1T0OA 3RFAA 1G4SA 2NV2A 3P80A 2OT1A 1IXNA 3GDRA 4FX6M 4X2RA 4PH6A 5DCBA 4MZYA 1YADA 2E6DA 3W7DA 4MYXA 5L9FA 3W3OA 1D9EA 3NA8A 4AWSA 1TB3A 3KRZA 4JYDA 3GR7A 3W74A 3K30A 5IBXA 5LHFA 2G5WA 2JBMA 5C2XA 3A24A 5BOOA 3LCHA 5AHIA 3HGJA 2VELA 4Z1AA 3NL6A 3NM3A 2TYSA 2Y70A 5K9XA 4O28A 3OIXA 3Q58A 1YXCA 4JICA 3IGXA 4YMZA 3NO5A 3NQ7A 3WK0A 3W7GA 2X1SA 2Y7DA 5SWUA 3FJ6A 4AWUA 4JIQA 5F4XA 2IQTA 3THQA 1H63A 2WOQA 1X1ZA 1A5AA 3LI0A 4UMAA 4UMCA 4OT7A 1TYGA 1LRTA 3GDMA 1GVSA 1XC4A 2QCGA 1TV8A 4JD4A 4L4LA 2GJNA 1ICPA 4M6VA 1A50A 1IF2A 2ALDA 4M19A 1G4TA 3ZR4A 1WBJA 4LW7A 5FF3A 1W5QA 5GVJA 5I3HA 5F4WA 1O95A 3S0CA 1RR2A 1LOLA 4LS2A 3A5FA 3BVJA 3R2GA 4O17A 4DBDA 2QUUA 2DJLA 1EA0A 1YYAA 2V5LA 3CC1A 5AHMA 3P5YA 4K38A 3JS3A 1FCUA 4I7VA 1TCDA 4C1KA 5LNVA 3M5YA 4LS0A 1BWKA 1SO5A 1X6UA 2B0MA 1TPH1 2J6XA 1FQ0A 1F5ZA 4M6PA 5TBOA 1ZENA 1I2OA 3C52A 3NQFA 2Y85A 1K7FA 3MI3A 3RNDA 1PHQA 4LVAA 3IVSA 1V5XA 3DFQA 4A2SA 3MP4A 5LSMA 4ZQMA 3O1NA 5CZ0A 4MFEA 2BLEA 3MI2A 5HUOA 4YCPA 2QUTA 4JTGA 4KWVA 4HNUA 5C54A 1FBAA 4JR5A 4ZVJA 3EX1A 1JUEA 1KM5A 3NNTA 2YW3A 3HB9A 2C15A 1TO3A 3W7EA 3L66A 3BARA 3HG3A 4MOZA 2DORA 2GVLA 3DBPA 3STGA 2ZBTA 2I1OA 2Y88A 3AO0A 4IMDA 3BW2A 5C5YA 4ADTA 3L5LA 1U5JA 4AWTA 4MIMA 4MJMA 3C2VA 4IMEA 5D03A 3EX6A 1IXPA 1LYXA 5AC6A 2O7QA 3L0KA 4UTHA 3W9ZA 2E5DA 3WFAA 2QEZA 1H7PA 3MYPA 1EP3A 2V8ZA 2RDWA 3C3NA 3RMJA 4N2YA 3E49A 4FNPA 4M5PA 3UXAA 4UTIA 1EUAA 1LRQA 3YPIA 4HPJA 3ZWTA 4O15A 1XDMA 5DXXA 4TU1A 2H8XA 2ZDRA 3SW6A 1QWGA 3G8RA 1TTPA 2NLIA 4IMGA 2ABAA 1EB3A 2FJKA 4NZFA 3VNDA 2XN0A 2G96A 2V2CA 1JQXA 3H53A 3GIYA 3EKZA 4FIRA 1ZAJA 4N4QA 1LTDA 3TCEA 2GPTA 2I9EA 1O60A 1H7XA 4BK9A 2YYTA 4UFKA 3PG9A 2FFCA 4MFDA 1WYIA 4O1BA 3LXCA 1RQHA 1ICQA 4NNBA 2QKFA 5K7JA 1K7XA 2OT0A 4E0CA 3FEMA 1P5BA 3CB8A 1LRNA 3SJ3A 4EIVA 3VKJA 4CNNA 3FOKA 3G1FA 4EF9A 1KM0A 3NQGA 3LHWA 1KLYA 4PC8A 3NR0A 1L6SA 1G7VA 2RFGA 3LRLA 1W5MA 3GK0A 3KRSA 4NJKA 4CNPA 2UV8G 4TR9A 4NXKA 2J24A 1RQEA 2PC4A 4K37A 3ABSA 3QMTA 2A6LA 4NNCA 4XWUA 2QCFA 1ONRA 3GZ3A 5CKSA 1MEHA 4A3UA 4ADSA 2XFWA 4KKXA 5KSWA 3QQ1A 5FF7A 3NZ1A 1G4PA 3KX6A 1K8ZA 1Q3NA 3TJXA 1XBZA 4R53A 5D37A 3TROA 1LOSA 2YDAA 4GWEA 3M6YA 2ZRVA 2DZPA 4MPQA 2A7PA 1P0KA 1OG0A 1PL9A 2QCEA 1HFBA 5CZTA 3NQCA 2PCQA 4XBKA 1WOBA 1ZJIA 3RF9A 4ZQCA 3RK8A 3CLMA 5DELA 5I3KA 3JRKA 4S2CA 5D30A 5EPDA 3TH6A 2ATSA 3LLDA 3TW7A 1OFRA 3DFSA 3M44A 3TNOA 2Y62A 4DO5A 2FPYA 4XTDA 3TSDA 4NQ1A 2C1HA 1VYRA 3MP5A 5I3GA 2CZFA 1UUOA 1MSSA 2VFHA 1ZAIA 2TMDA 1EX5A 3BK0A 3KVLA 3L68A 2Q3OA 4DPQA 1WA3A 3NQVA 1FCBA 3QF0A 3ABRA 5G4EA 4JDYA 3TDFA 2A2IA 3A5VA 3IIVA 1A5CA 2C19A 2VFGA 2CU0A 3TX9A 3WJWA 3O6DA 1H50A 3IIXA 4X3ZA 1EPXA 4MLJA 1HTIA 4UTMA 5HMSA 2ZZ4A 2ZRWA 1W3NA 3QC3A 4AF0B 4K8HA 4LT9A 1K8YA 5F1UA 1OABA 2YSWA 1SZGA 3EWZA 4Z08A 2CLLA 2PURA 2A4AA 4UTWC 3UWZA 2J27A 4RLIA 4AVFA 1TREA 4H4IA 3QQ0A 4NVTA 3KVJA 3MJYA 3EKLA 1WAUA 1SO6A 3S1WA 3W1UA 3LERA 1D3HA 4FXSA 1HL2A 3WJZA 1QDSA 3L0GA 4AHPA 2F84A 4S2BA 4LOCA 1QO5A 2ZZ1A 1BTMA 4DF2A 1OFQA 2NUWA 5LZLA 5E1QA 3PSVA 1LBLA 3DKLA 2EHHA 3LV6A 1DORA 5HINA 4DO4A 3MI6A 3TUUA 3E96A 2W79A 1FWWA 3NQEA 3W7QA 3LCXA 4BI7A 1VC4A 4JXCA 3LI1A 5LNUA 3M9YA 3CU2A 3MO7A 4HHPA 1NFBA 3CPRA 3SGZA 2AGKA 2O7SA 1OHLA 5I3FA 3TU9A 3G0XA 4M7TA 2E6YA 5FESA 2G95A 4HNNA 2QJGA 2V82A 1X8FA 1VCFA 2BWGA 3WK2A 3U6WA 5AOUA 3S1UA 2BX7A 1F05A 1S5WA 3OHIA 2GOUA 5FEPA 1IXOA 3P82A 3VI2A 5F4SA 2J9ZA 2RDTA 3LXAA 3HG2A 4E38A 5U7SA 1OK6A 1YDVA 3B8DA 3DFPA 1KBJA 1L2UA 3DFOA 3MHGA 4K8EA 1KFLA 1T96A 1RPXA 2X2GA 5LNSA 3TK7A 1ADOA 3B05A 2V9DA 3PBYA 2QDGA 1QPQA 3PS7A 3TIMA 5KMYA 1OYAA 4K7VA 3W7PA 4R7JA 2E77A 3LXBA 3O06A 2JKEA 3SIZA 3SR7A 4LU0A 4AAJA 3GDLA 3OEXA 4Y90A 3O16A 1TTIA 2VKZG 4RK8A 3OVRA 3HPXA 4NZJA 1MEWA 4FEZA 4MLRA 4N9CA 5EYWA 4JTJA 3TMQA 4O8RA 3BGGA 4RCXA 1R47A 4LY8A 4O52A 3NXFA 4WY0A 3P5ZA 3EX3A 5BMWA 2H8ZA 5HUPA 4FX8A 3FA5A 1ML1A 1GG1A 3A21A 3B0VC 3LDVA 3UWUA 1I4NA 1E51A 2NXIA 3TQKA 1UASA 1MO0A 2A0NA 4IJBA 2HMCA 5D2VA 5CPNA 3QSRA 3WJYA 1H7WA 4P61A 3LRMA 4JYEA 3G22A 2H3DA 5J5RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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