4V1Ag

Structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome, part 2 of 2
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
148
structure length
148
Chain Sequence
TARGTASRFLTSVLHNGLGRYVQQLQRLSFSLSRDAPSSRGAREFVEREVTDFARRNPGVVIYVNPRPCCVPRVVAEYLNGAVREESIHCKSVEEIAALVQKLADQSGLDVIRIRKPFHTDSPSIQGQWHPFTNKPTTLGGLRPREVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Complete Structure of the Large Subunit of the Mammalian Mitochondrial Ribosome
pubmed doi rcsb
molecule keywords MITORIBOSOMAL PROTEIN ML37, MRPL37
molecule tags Ribosome
total genus 25
structure length 148
sequence length 148
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
g PF05047 L51_S25_CI-B8 Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v1ag00
3S9FA 1WE0A 2RUFA 3KCMA 3M8NA 3KH7A 5B6MA 5HFIA 22GSA 4QL7A 3UVHA 3ERWA 1GSFA 3TRXA 1QGVA 2J9HA 1ZYEA 2R6KA 3BCIA 3F3RA 1TK5B 5IMCA 4N0ZA 3HY2A 4HU7A 3FRCA 2F8AA 4BVXA 4O5RA 3Q74A 3F3QA 2JZRA 4WETA 4PUFC 4DSQA 4WR5A 1S3DA 1JLVA 4KSMA 2FWEA 4K0NA 4GCIA 2JSYA 1AC1A 4ML1A 2B5EA 4J56E 3WYWA 2MMZA 3U6VA 2B3SA 2OJLA 5ECKB 4ZILA 3N5OA 4V1Ap 1ML6A 2X99A 1O85A 5IMAA 4OCEA 2L59A 4G10A 4MJAA 4CW9A 2C0GA 1UA5A 2FGXA 3QMXA 2VLTA 1BQ7A 4E8EA 3LYPA 5D73A 3FZ5A 5DDLA 3TKRA 3EMPA 1MD4A 2L6CA 5G5FA 2YCDA 1F6MC 1XFLA 3I6AA 2MMAA 3DWVA 3ZFLA 1TRVA 1J9BA 4JR4A 2YWIA 4XHMA 2YPMA 4KDXA 4GSTA 2H72A 3LWAA 12GSA 2KOKA 3GV1A 1BEDA 1EV9A 4MPFA 1T00A 1QQ2A 5GZZB 2DC5A 3RHBA 1XWGA 1TRUA 4IQ1A 3ERFA 2GZYA 2V6KA 3LXTA 1M2DA 3QR6A 4GXZA 1WWJA 3QAWA 2JZTA 4TOPA 5DALB 1XWBA 4YQVA 8GSSA 1QFNA 4YQUA 4JRRA 4F2IA 1A0FA 4JE1A 4CDOA 3QDNA 1K0DA 5ECLB 5HFGA 2V32A 1PD21 2G0FA 5DQSA 2R5GA 1ZYQB 1GL8A 4G19A 1SKSB 2O7KA 2JADA 5G2ZA 4ZL8A 2Z9SA 4K7OA 5J4UA 3WGDA 4BPYA 3CTGA 1EP7A 1VF2A 5DALA 1DUGA 2XPDA 5FHIA 1AQWA 3F6DA 2OE0A 3APOA 4LL4B 1PN9A 3W8SA 2PMTA 2XHFA 3DKSA 2FWGA 3TJFA 1M0UA 3IHQA 2FNOA 1F9MA 5G30A 4PNGA 1SL1B 2IMKA 3ZVJD 1XWCA 1KEBA 3KXOA 4H86A 2XC2A 5AN1A 5ECSA 2GGTA 4G9HA 5JCWA 2B1KA 2C3TA 2L5LA 2LKUA 2IFQB 4JZQA 2JACA 4RQRA 5J9BA 1U88A 3FHKA 2R4VA 3LQ7A 2AJQB 2H0IA 2CZ2A 4YQMA 1SD9A 6GSVA 1FOVA 2TRXA 3EINA 2VUPA 3NZNA 3M3MA 5JCGA 3APSA 3SBCA 1XVWA 2O8VB 1FO5A 2FA4A 1G6WA 4YAPA 5E4WA 3D4MA 1U87A 2NVLA 1Z7PA 2X8CA 1ZGNA 4I2UA 4TR4A 1OC8A 3CTFA 4MF6A 3LG6A 4KDUA 2H73A 3UJ1A 5CAXA 1B8XA 2E7PA 1R5PA 2B5YA 3EE2A 2CVBA 2C0DA 1YY7A 5IOWA 2M72A 4IKHA 2C4JA 1RQMA 4ECIA 4POLA 2PUKC 2QKEA 3WGEA 2C0FA 3GUSA 4ZB6A 2C3NA 1XCCA 4EC0A 3VWVA 2EIOA 3W8JA 4K7NA 1QXHA 5CRWA 1WPIA 4XRAA 5G1LA 4IVFA 5AISA 3GURA 2LSTA 2VAFA 3QFAC 4IHUA 2WRTA 4KDYA 1K0MA 3RAZA 2K9FA 1PKWA 5INYA 4MZWA 1ZL9A 4N30A 3UBLA 1TKDB 1GTUA 2KLXA 2OACA 4XS6A 5FWGA 1GSDA 3NOFA 4N11A 3UIWA 2DLXA 1YQ1A 4WF5A 1HQOA 1SJ6A 1FG4A 1GSQA 1XVQA 2GTUA 3VWWA 2ALBA 1UVZA 1Z9HA 1SK1A 3MSZA 17GSA 3FZAA 2O89A 5HR2A 5CRGA 2GT5A 4JU5A 2ES7A 3GN3A 3GMFA 1U3IA 4MZCA 3VURA 2DJKA 4FH8A 3M0FA 3PGTA 4FYBA 4KGIA 2CV4A 1FVKA 2R3XA 1XW6A 2K6VA 2IIYA 2KP1A 1DSBA 3DEXA 3KGKA 2V41A 4MJCA 3CXGA 3IC4A 1MEKA 5CRHA 2C8UA 14GSA 2OA7A 2V2GA 4RQXA 1ACVA 4KSOA 4MMMA 2BMXA 2G2QA 3D0ZA 3J7Yb 1GNEA 2MZCA 3H8QA 1OKTA 5F05A 3TRPA 1SKWB 4AGSA 3EU4A 5G5EA 4JBBA 4ECJA 3LYKA 2H01A 2DSAA 3CSJA 2O87A 5A4UA 1GRXA 1M7TA 4GLTA 1X5DA 4EUYA 4QL9A 3QOUA 6GSUA 2JZSA 2IWTA 1JHBA 1MTCA 2ZUPA 5IO2A 1BAYA 2LS5A 1GLQA 7GSSA 3GNJA 1GWCA 1R5AA 4I97A 1SENA 3QPMA 2V6OA 2YZUA 3PR8A 3F4SA 2FCHA 2LNSA 1AXDA 2R2JA 4IJ3A 2C0EA 4KA0A 3TJJA 4CHSA 3E9JB 2HNLA 2L6DA 1R7HA 2IL3A 4FO5A 2H74A 1WIKA 4XCSA 1YZXA 1K0OA 3C73A 2I9HA 3ED3A 1ZOFA 1CQGA 4KX4A 3KJYA 2PERA 2QSIA 2YJHA 4JR6A 2GDRA 2YNXA 4NXIA 4MLYA 2VL2A 2B1LA 3A3TA 4X0XA 1BJXA 1NHOA 1OC9A 3IOSA 2DIZA 4ECCA 2D2ZA 3GA4A 1XWAA 2GZPA 1PRXA 2L4CA 4V2MA 2HZEB 2HLSA 4GRFA 1FB6A 1K0AA 2PN8A 2YP6A 4HJ2A 3VLNA 5JCUA 3I9V2 1O7UA 3F0IA 2IMFA 4XRDA 4POMA 3FKFA 2H6XA 3GKMA 1Z7RA 4ECBA 4LLRA 1IYHA 5J41A 1FW1A 3GFKA 2HZEA 1BYEA 1O6JA 2L4QA 1AIUA 5D9VA 4HDEA 4IQAA 2YWMA 2KUCA 2LEGA 1DBYA 3TKQA 2CQ9A 1Z6MA 3EVIA 1UN2A 1ZZYA 1M2AA 5IPHA 2CVDA 2P0GA 1UC7A 2PVOC 2MYGA 3A2WA 1X9SB 4IS0A 5B7CA 5F0GA 1GTAA 2GSSA 1EP8A 5D9XA 1TK0B 1YJ6A 3D6IA 4ZB9A 1T4ZA 2HXKA 1K0NA 2LNTA 2CT6A 3IAM2 4I8BA 2WGRA 1B4PA 3BJ5A 1JZOA 5KN1A 3ZIJA 4EF0A 1R4WA 1VF4A 4KNDA 10GSA 2VOCA 4PX1A 4KAEA 2NPBA 4KUNA 3US3A 3FR9A 5HR0A 3KTLA 3TKSA 2VD0A 1G6YA 4Q5QA 5GSSA 3GL3A 3J7Yk 3VWUA 4LL1B 4F0CA 3GX8A 2H19A 1EEMA 3KP9A 2N5AA 3ISOA 3IK9A 4K9ZA 3IR4A 5H5SA 3AY8A 2PPTA 2VD1A 2X64A 4OFTA 1E6BA 1U3AA 4BWSA 1X9WB 4Q5NA 4PNFA 2PGTA 1TU8A 3GH6A 3RBTA 1XWKA 2GZZA 4AJ6A 5D96A 4XS1A 5ENUA 13GSA 2YWOA 1VF3A 3TKPA 3H4KA 1EGOA 2H8LA 3IDVA 2BTOT 3UEMA 5C04A 4HQZA 2VM1A 5F07A 3HJPA 1OAZA 4K8MA 2PVQA 1KTEA 1FHEA 3EU3A 3CMIA 1V2AA 4LMVA 4ZB8A 1J08A 5IIZA 3GKNA 4KH7A 3LEFA 2CX4A 2HSYA 1GH2A 3C1SA 1Z5YE 3HCZA 1AUCA 5AIVA 3UMAA 4TXVA 1YKCA 1B9XC 2EIRA 4HZ2A 5AGYA 5IPGA 3TB2A 2MMNA 1XIYA 1TI1A 3BCKA 1JZRA 2WULA 4MF7A 4LMWA 5JWOB 5EPFA 1K0CA 3H93A 3P90A 3CYNA 3TKSE 4WKWA 4DSRA 3OR5A 1F37A 2LV3A 1T4YA 4HS1A 1T7PB 1SYXA 4V2LA 1THXA 2VL2C 3GKKA 5H5QA 4OD7A 5F06A 1X0RA 1PL2A 5CNWA 1GTIA 4KW6A 4EXJA 1C72A 2GQLA 4WXTA 5E59A 3IK7A 1TXXA 4PQ1A 4OMVA 3JCML 4OFMA 5HR1A 2B6MA 4BL7A 2H1DA 5DAKB 5KN0A 1F2EA 3IE3A 3EMXA 1PQNA 4X1UA 1HYUA 2B7JA 1SU9A 1A8YA 3D4TA 2VCXA 2HSHA 2RLIA 2AB6A 5ECQB 4TN8A 5G31A 2WS2A 1PX7A 3RHCA 5LNKe 2EC4A 4K0GA 1J0FA 2YWNA 3VI5A 4HU9A 4MDCA 5DAKA 2L5OA 2IFQA 1AQVA 2CAIA 1Z3EA 1WRYA 4L5LA 3DMLA 1WJKA 3MAKA 3IXRA 2GQKA 2DJ2A 1OYJA 2HRFA 3GSSA 3UBKA 1TRWA 3KD0A 3KH9A 4K2DA 4F0BA 4NWYA 2O85A 2HZFA 1EZKA 3BD2A 2VLVA 1A0RP 2DJ0A 4O32A 1S3AA 3VPQA 2WZ9A 4L0UA 3TGZA 3DVWA 3TRQA 1ERUA 2YV7A 3CBUA 3VWXA 3C7MA 5D9WA 1PKZA 4HI7A 3UARA 2A2RA 5CRDA 2M80A 6GSWA 3TKSC 4KE3A 2PU9C 5ECPB 2IMDA 3HVVA 3VFIA 4FYCA 4TKYA 1JZDA 4HUAA 1I9DA 3DD3A 1PA3A 2IMIA 5B6NA 1URMA 2MBTA 3GHAA 5ELGA 11GSA 1FAAA 2P5QA 3ZMLA 2I1UA 2GVPA 2L57A 3MWHA 1QK8A 2I4AA 2F8FA 5IMZA 4F03A 3E3EA 2OE1A 2HT9A 4F9ZA 2PWJA 4RI6A 5J5NA 5B8BA 3ZVJA 3HA9A 4XS4B 3IRAA 3APQA 1GNWA 1X5CA 4FYUA 3D21A 1F3AA 1TU7A 1PMTA 1V40A 1K3YA 3ZMKA 3IA1A 5HQPA 4WR4A 4G2EA 3K8NA 2GSQA 2K8SA 1NW2A 2FA8A 5ECOB 1SD8A 3WGXA 4IP1A 2LRTA 1M9AA 4XS4A 4HJMA 3GIXA 3GKXA 3ERGA 2VM2A 3ZL5A 2FUG2 4ZBAA 2RM6A 2LJKA 3HKRA 1GSEA 4I5QA 1GULA 2YOIA 2VO4A 2ZNMA 4MH2A 3ZYWA 1NM3A 1O81A 6GSTA 2F3MA 2F9SA 4MH3A 3PINA 1NSWA 1XXUA 3UAPA 4RI7A 2NDOA 1PX6A 2RUEA 4OO5A 2GT6A 2HI7A 1OKDA 1PGTA 4J2FA 2HYXA 2PBJA 2TIRA 3ZLPA 3DXBA 5AIXA 1XBSA 2H30A 2H6YA 5DVBA 4ID0A 5ECNB 1B4QA 1ERWA 4XIHA 2H1BA 4GF0A 2VIMA 2BJXA 2H6ZA 1VRSD 1THOA 3DVXA 3UVTA 4HOJA 1GSSA 5LD0A 1HNBA 4MP4A 5J3RA 1CQHA 1TI3A 3A2XA 3LFLA 1XW5A 2GQMA 1I5GA 2AV4A 3M1GA 1Y25A 2H70A 3ZITA 2OADA 2VCWA 4WBRD 3TOUA 5DJMA 3FK8A 2DMLA 4DVCA 4TW5A 2P5RA 3CRTA 4IBPA 3HJOA 4OO4A 4IJIA 1FB0A 2KHPA 4IP6A 4J57E 4PURA 3L9SA 1ILOA 2FD3A 5IMVA 5KN2A 3HZ4A 3FYGA 4ZL7A 1VGLA 1K0BA 5G1KA 5ABRA 4GSNA 4P3YB 1GLPA 3IAS2 1OE8A 1T8EB 1V58A 1T3BA 1LU4A 4O7HA 2AHEA 3BBYA 5F8BA 2I81A 3LSZA 1N2AA 2OBIA 3D22A 1AAZA 2LJRA 4AJ8A 4NMUA 3H1NA 2VCQA 2F51A 4WF4A 4POBA 1K3LA 2FLSA 1O8XA 1HNAA 2FWHA 4MPGA 1A8LA 2A2SA 3F8UA 4D73B 2AYTA 2HE3A 3LORA 4MJEA 1SL0B 3U5RE 1OVNA 1SKRB 1G7OA 1YF0A 4GWRA 1ON4A 1SK2A 1X5EA 3V1WA 4NHZA 2WCIA 4MF5A 4AF2A 1KBNA 2RM5A 4NAXA 3IV4A 3EURA 5B8AA 4EVMA 4D73A 3LJRA 4PUAA 4ML6A 1JLWA 5HFKA 2FY6A 4ZBDA 3TJBA 4QQ7A 4KCEA 2H66A 6GSXA 1EOHA 1A24A 2YJ7A 1V98A 3RPNA 2H0GA 4V2NA 5GAND 5CYYA 1GP1A 2CVKA 3O6TA 4L0WA 4EKZA 3I69A 4Z7XA 3KM6A 2AAWA 2B5XA 5KN3A 3R2QA 4ZBBA 3D5JA 1K3OA 3UL3A 2K18A 1QMVA 2P31A 3TDGA 5D93A 2VCTA 3C71A 3G9BA 1MDJA 3M9KA 4L8EA 1TDIA 1OE7A 2DBCA 5ECMB 5CREA 4WBJA 4EDZA 3F4RA 2OBKA 4OWYA 2NTOA 1TRSA 4MK3A 4TR3A 3TUEA 4GTUA 4TVEA 2VLUA 5IMDA 3ME7A 1GUMA 2IMEA 5ELAA 4K1FA 2XBQA 1TJDA 1B48A 4FIWA 1S3CA 3KMOA 2GS3A 5ECIB 1EV4A 1GUHA 2CZ3A 2CX3A 1YKAA 3HJMA 6GSYA 3Q19A 3KEBA 1ERVA 2C3QA 2LTKA 1SJZA 3UOMA 4GSSA 3HZ8A 5CP1A 4MCUA 19GSA 2VCZA 5HR3A 4V1Ag 3O76A 1XW9A 2OKAA 5GSTA 5GAPD 1GUKA 3HD5A 3QD9A 4MABA 1M9BA 3RPPA 2ON5A 4E8HA 2LRCA 4GQCA 1NHYA 5IQYA 2B7KA 3ZFBA 4DSSB 1SYRA 4I2TA 4ILFA 4ZIJA 4MJBA 3BOAA 4HZ4A 1ERTA 5FT3A 1HNCA 2JU5A 3L9UA 1XOBA 2JL4A 4BWQA 3QFBC 3MDKA 3FZ4A 2QGVA 2LQQA 1SJIA 2VCVA 1V9WA 2IJYA 4OCFA 4DSSA 1GSUA 3NIVA 1DE1A 3HHVA 5D9TA 5JWRB 1A2LA 5EVOA 4IW9A 16GSA 1N8JA 4K6XA 4NHWA 1GSYA 3TCOA 1TOFA 4ISDA 1BX9A 4NPBA 4L5OA 1PL1A 1Z6NA 3PH9A 3VPTA 4ZXGA 2VL3A 3DGQA 5CO3A 4MZBA 3ME8A 1JFUA 2HFDA 2A4VA 1ST9A 1YEPA 1M2BA 2FHEA 2WDUA 2WFCA 3VI7A 4YH2A 3ZREA 3M9JA 3WD6A 3HVXA 4ZL9A 4O92A 2CA8A 4ACSA 1U6TA 1VF1A 2CAQA 2X8HA 2MBSA 3P2AA 4IGJA 3FR3A 5LCZA 3KP8A 1RK4A 1G0TA 3EWLA 4TR0A 1MDKA 3P8WA 1O8WA 3L0HA 3DYRA 3HYPA 3L9VA 1JZWA 3SWLA 2YANA 2YV9A 3LGCA 4KB3A 2RIIA 1GTBA 2N5BA 2ZCTA 4EO3A 4I6XA 4Q5RA 3KMNA 4PXOA 3WT1A 5H5RA 1V57A 4KCAA 4IN0A 3P7XA 2XPEA 1A2JA 4BA7A 4PQIA 1WMJA 4NV5A 2C80A 3W6GA 4MA9A 2H76A 2LRNA 3GYKA 3CSIA 3N9JA 2FWFA 3TJGA 2LJAA 5JWQB 2DJ3A 3C1RA 2H75A 1EGRA 5ECRB 5A5KA 2REMA 3TJKA 3I43A 2LUSA 1HD2A 1R26A 4F82A 1TP9A 5C00A 4PQHA 4EE0A 2H71A 4ULXA 1A2MA 3EC3A 5A4WA 4TR1B 5IOXA 1O73A 2GSTA 5KEJA 1ABAA 1F3BA 3GL5A 4IELA 1TK8B 4K7IA 4JEDA 1EEJA 4BVYA 5ECHB 1QUWA 1MDIA 4RUVA 4PGTA 1H4OA 5DCHA 2YN1A 1DE2A 1FVJA 1TTZA 2J23A 5DJLA 2K8VA 5EY6A 3DRNA 3GTUB 2H1AA 4TR1A 1PSQA 1Y6EA 1YEXA 3HDCA 2GSRA 3G7YA 1WOUA 2WB9A 4GQFA 3H79A 3HXSA 3FY7A 3F63A 3KIJA 3FEUA 3ZRDA 3ZTLA 2H1GA 2WJUA 1LBKA 5IM9A 3QAGA 1LJRA 3F4TA 2N5FA 3Q6OA 2E2GA 2MMOA 1EOGA 3GTUA 3QAVA 2DJ1A 1B9YC 2AUVA 4N0VA 1EWXA 3GX0A 2I3YA 3WT2A 2KP2A 1E2YA 1KNGA 3FW2A 4HEA2 3FZ9A 4TXOB 5IMFA 4POKA 2OE3A 3A5WA 1YF1A 3TOTA 1OC3A 2X8GA 3F9UA 4LA1A 4YAVA 3A2VA 2DMMA 1Q98A 1WP0A 1IYIA 3GRXA 5L71A 3CSHA 3FR6A 4N10A 1X9MB 4EDYA 4WEYA 3RDWA 1W89A 2M46A 5A4VA 4TXOA 3KZQA 2EIQA 3Q18A 5ID2B 1XZOA 3IBHA 2H0HA 1OC9B 5D8IA 1A23A 1ZMAA 1Q4JA 2E2MA 3LXZA 3G7IA 1USBA 4XTSA 3C8EA 2C1YA 9GSSA 5IO0A 3L78A 3E0UA 3EYTA 1T1VA 3KTBA 3ZIVA 1H75A 1G7EA 3QCPA 2JSZA 5ID2A 3MNGA 2ON7A 4X43A 3CRUA 4EL1A 3IPZA 1M99A 1BG5A 3O3TA 1AW9A 3GH9A 6GSSA 2IN3A 4DEJA 2XBIA 2HRNA 5J9CA 5DBQA 3DIEA 1AQXA 2DIYA 2GLRA 1MD3A 1XPVA 3ZZXA 4HQSA 5COHA 2YZHA 1ZCPA 3L4NA 4Q5FA 5EL8A 1TW9A 1YDKA 5DQYA 2QC7A 3G7JA 1W4VA 2VL9A 3HVSA 4AJ7A 18GSA 3VK9A 4NV2A 2R37A 2DJJA 2IPAA 2LQOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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