4V27A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-isofagomine
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens
publication title Structural and Kinetic Dissection of the Endo-Alpha-1,2-Mannanase Activity of Bacterial Gh99 Glycoside Hydrolases from Bacteroides Spp.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
total genus 127
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2014-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4v27A00
4CVUA 3VX1A 4QFUA 4WKHA 2WCGA 5CPTA 1OD0A 2VZSA 3AXIA 3WH9A 2XG9A 3CUJA 3PTKA 1I1XA 3CHDA 3AIQA 5GNZA 1GOQA 1XD1A 3FHAA 2A3EA 1G01A 5DT7A 4C7GA 4Q7NA 4H04A 1CXEA 1C7TA 1E4LA 1WDSA 4D6JA 3HU7A 2CCRA 1J0ZA 1PBGA 2J25A 3VIKA 3DC0A 2VRQA 1HKMA 5A8QA 1UQZA 1AMYA 3A4AA 4MNKA 1HF6A 4X0NA 2VNCA 4PTVA 1CXFA 1M7XA 3FN9A 1BQCA 1J0KA 3GZAA 2ZXBA 1VBRA 4JZ5A 4JL1A 2YL8A 3OA5A 1HJSA 1RD6A 3PZUA 3L4ZA 2DSVA 3UCQA 5JIWA 4BA0A 4BF7A 4PCTA 1EXPA 1DP0A 4EE9A 3N11A 3AISA 8A3HA 1B2YA 3MUIA 3MUY1 1GOKA 4UQAA 4XUYA 1K9DA 4CN4A 4OBSA 3TA9A 1B3YA 1IZJA 2YKKA 4PCSA 2VZTA 5EFDA 1GOIA 3PTQA 4HU8A 1FFRA 4GO8A 4TX6A 1DTUA 4M29A 4AZ7A 4WF7A 2BV9A 4Z2JA 3QHNA 3SCVA 3D3AA 4NRRA 1KQZA 2VQUA 5M17A 4DWSB 1H4PA 2YL9A 4HMEA 3AXXA 1VEMA 2ZICA 2XIBA 2WVSA 1QI3A 3N12A 3N15A 4P8XA 5A8OA 3VDBA 3WFLA 1EDGA 2WANA 3AICA 1WKYA 1FA2A 2WVVA 3OGRA 4PMYA 1QBBA 1GOWA 2DPEA 4PMVA 1UH4A 3SUSA 2BY1A 2G3JA 5AC5A 4AZGA 4PUEA 4AMCA 2DT1A 1C90A 1TG7A 1HJUA 5BROA 4LYPA 3UG5A 3VIOA 1EQPA 1NOUA 1H11A 3IJ9A 3ZO9A 3PZTA 2Y24A 1KR0A 4ZE4A 3AJ7A 3WY1A 1XRVA 1MVYA 4M1RA 3W28A 1GONA 1R87A 4ZXOA 2ZUVA 4IPNB 5CJ5A 3AIWA 4U3AA 5A69A 1MW0A 2GDVA 4PMOA 4S3KA 2WMJA 4PMDA 1QI0A 3BSGA 4IM4A 4W8AA 3BAIA 2DQXA 3MSDA 1E0WA 2NW0A 4FF5A 5KEZA 4QLLA 2Q8XA 3AHVA 1K9TA 4UOQA 2CBIA 5KZ6A 1V02E 3WQ5A 3OLGA 1W1PA 1JYWA 1BG9A 2WVTA 3WNLA 3LPOA 1PPIA 3DHUA 3ECQA 4JFTA 2YA2A 5D9OA 1EOMA 2QMJA 4ATLA 4EK7A 1HL8A 2QV4A 2WKGA 1ODZA 1EGZA 1GVYA 1M53A 1UKOA 4E4PA 1UWUA 2ZWYA 3WNNA 2G3NA 1TFVA 1I1WA 2O9RA 4GZJA 3N13A 4KRUA 2VL4A 4Z2LA 3MV11 4CD7A 2XWEA 3MU7A 1XD0A 5I0DA 3SCUA 1X1NA 4FMVA 2XIIA 2VX4A 1BYCA 2OWCA 1E3XA 3VGBA 5M5DA 4D6GA 8CGTA 3THCA 2JF7A 1CTNA 2ZUUA 4B3KA 1BG4A 1HKJA 1V6XA 4TUFA 2GK1B 3L2LA 1BYBA 5CQ1A 4HZ8A 3DHPA 5LA0A 1DWHM 3T2PA 4JKLA 3T2QA 1CGWA 4UR9A 3LPPA 3MUZ1 1CXKA 4OJYA 3GNOA 2DH2A 2AAAA 1TCMA 2W61A 1JI1A 1TVNA 2WWCA 2YLLA 2EPMX 2X0HA 4Z2IA 1E0XA 1JZ7A 2JEPA 3RO8A 2HVMA 3VOCA 3BSHA 1ECEA 5BWFA 2XFFA 1BYAA 5ECUA 4D6HA 1J10A 4XZBA 3AHXA 1WCGA 3AFBA 2FDMA 3SUWA 1SFSA 1NWUA 3DYOA 4AYSA 4N42A 1G0CA 2V3FA 4MPKA 3WUGA 3T0BA 3EDEA 4RE2A 2Y4SA 5DO8A 3AS3A 2WMFA 2CYGA 3OBAA 1QI2A 1UD3A 2GK1A 3ZSTA 2BY0A 4CCDA 4F66A 3B9AA 2DSWA 5CGTA 3S6TA 4UZSA 1E9LA 4AY1A 3WH8A 4ACZA 4AEEA 5CXPA 2VRJA 3WF2A 1BPLB 3MMDA 4DUWA 5HPOA 4RE4A 3DECA 4YHEA 2YIHA 4GZIA 1B3XA 2V3GA 1BTCA 2ZXDA 3EBVA 4WKAA 1XH1A 2CHNA 2FHBA 3TONA 4HTYA 3PN8A 3WUBA 3T0AA 3CUIA 3SCRA 2VVNA 2BXYA 2PWEA 1NH6A 1UR9A 4GKLA 1CEOA 2A3AA 4AD5A 3AYRA 3GH4A 3VIFA 5A2CA 1H2JA 3ARYA 2EJ1A 3IAPA 5AYIA 1F4HA 2OYLA 2FH6A 7A3HA 1US2A 1ITXA 1BSIA 1LLOA 4GI9A 4HU0A 1UWRA 4GIAA 4D1IA 1OINA 2CETA 1NQ6A 3W4RA 1UD5A 2IUZA 4L4OA 4AZCA 1ISYA 2WZEA 3ZSSA 3N1AA 2WMIB 3CZLA 1W9VA 2WBGA 2WHMA 3L4TA 5HPCA 3NYDA 4AIEA 1KB3A 4MNLA 4PMNA 1U33A 3AIBA 5C70A 3CLWA 1UYQA 3KL3A 3VVGA 1E56A 3TTQA 5HBFA 3SEPA 3WELA 2ESCA 2J7FA 3M7SA 5HDRA 3W6LA 1Z32X 1LWJA 1U30A 4W93A 2ZX5A 2WWDA 4BQ4A 3VX0A 2O92A 1C8QA 2G3MA 3NDZA 3VU2A 1UD6A 1D3CA 1PEZA 2BVTA 4HZ7A 1EIBA 2GJXB 4AISA 2BVYA 1MFUA 3PZ9A 3AMKA 3KEHA 3RILA 4CD4A 1D2KA 1UA7A 4KRTA 2OYMA 1KXQA 2WMIA 3L4UA 3WKZA 1J0HA 5FKYA 3WEZA 3ZT7A 4J28A 4J3XA 1WZLA 2J8GA 1TA3B 2IXUA 1SYTA 1GUVA 3WMSA 1J0JA 4UNIA 5A94A 4W86A 1V0LA 5EBAA 1KGWA 1KXVA 1QVBA 1LG2A 2BHYA 3ZJ6A 3KWXA 3CZ8A 1XSJA 1QI4A 1GQIA 5A6AA 3JUGA 2OSYA 2XJ7A 2W67A 1J0IA 2F8QA 5CZKA 4FLQA 4UCFA 2GJXA 1TE1A 2WC4A 4FK9A 1E6SM 3ARRA 3GYCA 3T08A 1GHSA 1SMDA 1WE5A 5D9PA 1GNXA 1XGZA 2GSJA 1V6WA 2GJRA 3WQ6A 2AMGA 4FLSA 2D2OA 1W2VA 1EQCA 1V3LA 4JHOA 4OOZA 5JIPA 4A4AA 1W1VA 2XVNA 1E3ZA 3AHYA 2WHKA 1ISVA 4U5IA 1CLVA 3VD7A 5A95A 1ZJBA 5C8BB 4PTXA 3PZVA 3B9DA 4UTFA 1JGIA 2FGLA 2VCBA 5JUVA 1G1YA 1V3MA 5ABFA 2EEXA 2FHCA 3I3DA 3UEQA 2WPGA 4AEFA 1ZU8A 1E6PA 2J75A 3N17A 3SCWA 1V3IA 3AOFA 4WIWA 2QMKA 2GJPA 2UWFA 2YJQA 5HXMA 4P7QA 2E3ZA 1GOOA 4AD3A 5CSYA 2WLZA 4TX8A 5JBEA 6A3HA 2D22A 3NUKA 4MNJA 4PTWA 5I3DA 4TXEA 3MANA 2CKSA 1WPCA 3UG4A 2XFYA 1CPUA 3T0DA 4CCCA 5LA2A 1E5NA 3PBGA 3OG2A 3BLKA 1OT2A 5AC4A 2V5DA 3RM9A 3MS8A 2RGMA 2VX6A 3WEMA 5HNNA 4A3YA 2ZUTA 1VBUA 4ML4A 3WDHA 5IHRA 2WNWA 3WBEA 3CUFA 4ZEPA 4J3WA 4CUCA 4UOZA 2EPKX 3NCOA 5D4YA 3W38A 2A3HA 2J62A 4MB1A 7TAAA 3UR8A 1V3KA 3BAXA 2WYSA 1KQYA 1C91A 3WF0A 3B8SA 4OBRA 4JCLA 1VJSA 2QLYA 4TTUA 1KR1A 1UR1A 1JDCA 1FH7A 1LL7A 3PHAA 5BXRA 1CGTA 3K4DA 2WK2A 2VI0A 2D0HA 5E9AA 1OD8A 3WSUA 3WNOA 4D6FA 1JF6A 1E70M 1KXTA 1WDPA 1E40A 1F4AA 1B30A 3VD5A 3RM8A 1M03A 1EHNA 3NSXA 3MV01 4W8BA 4B3LA 2GVYA 3THDA 1E4NA 1NWRA 5DEZA 1CXLA 3S2CA 1G94A 2VQTA 2X2YA 1K9EA 1VEOA 1W1YA 5A6JA 1SR0A 1E1EA 1US3A 4NZCA 4UQCA 4D1JA 1O6IA 4GQQA 2X1IA 4U33A 1W9UA 3B9EA 1C8YA 1R86A 2WCSA 1C93A 2NT1A 4X0VA 1L8NA 2A3BA 1JL8A 1JNEA 4XV0A 4ZXLA 3W24A 4U5KA 1UD2A 1B1YA 1OCQA 2YL5A 2WC3A 2F61A 4QDMA 2DT0A 1JZ2A 1OGGA 1WDQA 1UD4A 3T2OA 4W7WA 1OGBA 1VIWA 4AZ5A 3SUTA 2CERA 5I78A 1PJ9A 1Y7VA 1PZ2A 1EH9A 5A6KA 5A3HA 1R8LA 9CGTA 3CHCA 1FOBA 4YHGA 5BXPA 2PWDA 4B15A 1CNVA 3A6OA 3K4AA 4B9ZA 5A6BA 2FHFA 4DM2A 4BQ3A 1EDQA 3AS2A 1ZBKA 2XSAA 2UY2A 4HPHA 2OYKA 1BGGA 2J79A 2ZXAA 4JFSA 5FCZA 2D0GA 5DFAA 3OB8A 1DEDA 2ZUWA 2QHAA 2VJXA 3POCA 1WDRA 3CHFA 4UFLA 3GBEA 1UWQA 3OIHA 3AIEA 3WH5A 1UG6A 1ZJAA 4M56A 2J8FA 3ARXA 1QW8A 3VIGA 2VR4A 1R7OA 5E0CA 3CTTA 3ZMRA 4NF7A 4AZBA 1ZL1A 2JIEA 2Y8KA 5CPQA 3EYPA 3CZKA 3UR7A 3AQUA 1KWGA 1JZ6A 4ZENA 1VAHA 2QPUA 1LG1A 1TZ7A 3VNZA 3VIMA 4DWSA 3RCNA 3WD0A 3RJYA 4W84A 3M46A 1LWHA 3VM7A 4BZYA 2V5CA 3KZSA 1OSEA 2NT0A 1L0PA 5IFPA 2D1ZA 5BCAA 4PN2A 3QR3A 1WZKA 2GDUA 1UZ1A 1AQHA 2DSZA 1VB9A 2XYLA 1GVIA 5FIPA 4CKQA 4R27A 1W9XA 2W92A 3HN3A 4JKMA 4LXFA 3W82A 4F9DA 3OGVA 4ACYA 1PAMA 2IXVA 1LL6A 3CZJA 1UHVA 2VTFA 4BQ2A 2ZWZA 1FP9A 2J47A 7CGTA 1E4MM 3WIJA 2V38A 2E40A 3FW6A 4P8UA 3QOKA 1EA9C 1C8XA 2YBTA 1J0YA 3IAQA 2WVUA 3CUHA 3BMWA 2D24A 2YLAA 4URIA 5M03A 1JZ3A 5JBFA 2RGLA 2J74A 4DM1A 4CU8A 3WF3A 3M07A 3U5UA 1B90A 1JZ5A 3U7VA 5CPSA 1CBGA 4F79A 1W32A 4KGJA 4AWEA 2ZX9A 1Q6EA 2J7DA 3AMGA 4J27A 1H09A 3KL0A 5A2BA 3WL0A 1ZS2A 4NSBA 1HX0A 1UH3A 3F5JA 2QPSA 4UQDA 3AMCA 3WD4A 5FL1A 1UOKA 3VIIA 3WF4A 1W9DM 1CYGA 3QGVA 5HOSA 4AD1A 5DMYA 3F4VA 1XSKA 4U3CA 4CD5A 4OKDA 1V0NA 1E0VA 1CXHA 2O9PA 2VUYA 1U2YA 3ARZA 4V2XA 4WSKA 3PZGA 4QLKA 1QBAA 2JFEX 4H7VA 4DUVA 4CD6A 3VMOA 5A8NA 4YN5A 3EMQA 1IZKA 1DWJM 4MNMA 1IT0A 4CN1A 5EB8A 3FXYA 4AZIA 3K8KA 3NSNA 5GQBA 4AW7A 1OIMA 3WNKA 4V28A 1MQQA 2X0YA 1N82A 3CO4A 2EPLX 4DUXA 5A6LA 3MSGA 1NWTA 2PB1A 1XYZA 3GXIA 2CXGA 3WDPP 1GQLA 1Q6GA 1FFQA 1K6AA 2JEQA 1JYXA 1MQPA 5E70A 2B31A 3WENA 1QHPA 1XSIA 4HA4A 4DWSD 4D72A 1BFNA 2CIPA 3FHQA 5GNYA 1V0MA 3RDKA 4J3SA 2JALA 4ATWA 4H2CA 3POHA 3AI0A 4MAZA 4CD8A 3BCFA 3CZGA 5A2AA 4S3JA 5CLTA 1JDAA 3APGA 1VEPA 3WDIA 1QI5A 1W3LA 2YDQA 2C7FA 3ARVA 4PRWA 2CKRA 3L4YA 3RM4A 2J77A 1CWYA 2VC9A 2VMFA 2WC7A 3SUVA 3VIHA 3WQVA 4AIUA 1H1NA 1EOKA 1HNYA 5DT5A 5EMYA 1H0IA 3ARUA 3WMCA 2BFGA 1BVZA 1QNOA 4B9YA 2WM0A 3QHOA 4IUGA 4W8LA 3K46A 1R7AA 4E8CA 1X6NA 1LL4A 3VGFA 1C7SA 1UKSA 2VR5A 2VZUA 4MB5A 3WNPA 4PBGA 3PZNA 4KWUA 3EDDA 3NJ3A 4EKJA 2XGBA 3ARSA 2UY3A 3AXHA 1KBKA 1D7FA 2CNCA 4P7LA 3RPMA 4PMZA 3GNRA 4Z2GA 3I3EA 4E2OA 1CXIA 5BRQA 2E8YA 3L2MA 1E6RA 2VRKA 2WB5A 3VMPA 2J78A 4JFVA 2UY4A 3GXMA 3BLPX 1WP6A 2OSWA 2DT2A 4W89A 4F8XA 3WD1A 2EO7A 3AHTA 3VUPA 3VD9A 1J11A 4D6IA 3W0KA 4TTGA 4KH2A 3WH6A 4D6DA 4M24A 1UKPA 5F7UA 3WD2A 3TTYA 3ZIZA 3MO4A 4UQBA 4W7VA 4B16A 4UZUA 4CN6A 1YHTA 1FH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CVU A;  3VX1 A;  4QFU A;  4WKH A;  2WCG A;  5CPT A;  1OD0 A;  2VZS A;  3AXI A;  3WH9 A;  2XG9 A;  3CUJ A;  3PTK A;  1I1X A;  3CHD A;  3AIQ A;  5GNZ A;  1GOQ A;  1XD1 A;  3FHA A;  2A3E A;  1G01 A;  5DT7 A;  4C7G A;  4Q7N A;  4H04 A;  1CXE A;  1C7T A;  1E4L A;  1WDS A;  4D6J A;  3HU7 A;  2CCR A;  1J0Z A;  1PBG A;  2J25 A;  3VIK A;  3DC0 A;  2VRQ A;  1HKM A;  5A8Q A;  1UQZ A;  1AMY A;  3A4A A;  4MNK A;  1HF6 A;  4X0N A;  2VNC A;  4PTV A;  1CXF A;  1M7X A;  3FN9 A;  1BQC A;  1J0K A;  3GZA A;  2ZXB A;  1VBR A;  4JZ5 A;  4JL1 A;  2YL8 A;  3OA5 A;  1HJS A;  1RD6 A;  3PZU A;  3L4Z A;  2DSV A;  3UCQ A;  5JIW A;  4BA0 A;  4BF7 A;  4PCT A;  1EXP A;  1DP0 A;  4EE9 A;  3N11 A;  3AIS A;  8A3H A;  1B2Y A;  3MUI A;  3MUY 1;  1GOK A;  4UQA A;  4XUY A;  1K9D A;  4CN4 A;  4OBS A;  3TA9 A;  1B3Y A;  1IZJ A;  2YKK A;  4PCS A;  2VZT A;  5EFD A;  1GOI A;  3PTQ A;  4HU8 A;  1FFR A;  4GO8 A;  4TX6 A;  1DTU A;  4M29 A;  4AZ7 A;  4WF7 A;  2BV9 A;  4Z2J A;  3QHN A;  3SCV A;  3D3A A;  4NRR A;  1KQZ A;  2VQU A;  5M17 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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