4V2NA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei: radiation damage effect at 85 mgy, focused in disulfide bonds
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
b'MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIAMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
source organism Litopenaeus vannamei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 37
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2014-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v2nA00
5CRGA 2QGVA 5J4UA 2LJAA 4WF4A 8GSSA 2VCTA 4TN8A 1GTIA 1GLQA 1B8XA 1Y6EA 3GRXA 2H01A 2MBTA 5J9BA 2KP1A 2DIZA 3FR3A 1R26A 1AIUA 1S3CA 2LRCA 4X0XA 1SK2A 5CAXA 2GZPA 3KP9A 1FB0A 3PGTA 1A2MA 1FO5A 1O81A 3GMFA 1Z7RA 2LRTA 2L57A 2GSQA 1B4QA 1OYJA 2X8GA 1V9WA 1PL1A 3HKRA 1TI1A 4KE3A 2HZEB 2MMAA 4GXZA 3DVWA 4E8EA 4NMUA 4IN0A 3W8JA 2NTOA 1QFNA 3F0IA 3CSHA 3GURA 2N5BA 3UAPA 1GTUA 4OO5A 4JE1A 5IPGA 4DEJA 1UVZA 2DJ3A 2HE3A 3J7Yb 1QUWA 2RM6A 4G9HA 4PNGA 1ABAA 4POMA 2YPMA 11GSA 4CHSA 4KSOA 4DSSB 2JZTA 4GWRA 3US3A 2JZSA 3N9JA 1XFLA 2D2ZA 4V1Ap 2VCWA 3F4RA 6GSSA 3D4TA 2PERA 4K7OA 1YY7A 3F9UA 3F4SA 4MABA 3I9V2 1TRVA 2JACA 1Z9HA 5DJMA 1FOVA 5CRHA 1XPVA 2KOKA 1O85A 4ZB9A 4AGSA 2JL4A 19GSA 4TXVA 1GNEA 1SL1B 2HNLA 5GSSA 2RLIA 2I1UA 4J57E 4D73B 1YF0A 3LEFA 4ZIJA 1OE8A 2A4VA 1WPIA 2L4CA 2GDRA 2OE1A 5DCHA 1G7EA 3A2VA 1GH2A 3KD0A 3APQA 1B9XC 5KEJA 1KTEA 4WKWA 1Q98A 3LFLA 5DAKA 2GQKA 2PMTA 1TI3A 1G0TA 2VCZA 2IMEA 3QFAC 2L5OA 3HA9A 2AUVA 5HFIA 1EEMA 3RAZA 4PX1A 2PUKC 5ELGA 3FZ9A 2GTUA 2WGRA 4HUAA 3EURA 3UVTA 4JRRA 3GNJA 4HOJA 4O32A 2FHEA 4ZL8A 4J56E 2GSRA 4ECJA 4DSRA 2A2SA 2GQLA 3H1NA 5F06A 1K0AA 1EP7A 3KZQA 5IMFA 3M9KA 1M2AA 2IMFA 4F0BA 2ON5A 1OC9B 4WXTA 5H5SA 1BYEA 5AIXA 4KCAA 4JZQA 1X5CA 3O3TA 2VL2C 3TOTA 2Z9SA 2H30A 4MJEA 1SU9A 1EP8A 1YJ6A 4XRDA 1ACVA 1J9BA 5D93A 1A2LA 3TCOA 1GSEA 1TTZA 1C72A 3KMOA 4JBBA 3H8QA 5IMAA 3TKRA 3AY8A 2YJ7A 4FYCA 2H0IA 5EPFA 2LNTA 1VF1A 4NPBA 3LXZA 2C3NA 3C71A 2K6VA 1UN2A 4PNFA 1HQOA 2H0GA 5ELAA 1A8YA 2N5AA 2LTKA 5B8BA 3GL3A 1V57A 5F8BA 5G2ZA 5ECRB 4WEYA 2GSSA 20GSA 2ZNMA 5F07A 4K1FA 1WWJA 4MZWA 4O7HA 5HR3A 4WR4A 1WJKA 2DJ0A 5ID2A 2NPBA 1QMVA 5G1LA 4G10A 4F03A 2LKUA 1VGLA 6GSTA 1K0NA 3CTGA 3D6IA 1BEDA 2YP6A 3BOAA 3IR4A 4KDYA 4TXOA 3TRXA 1Y25A 3UVHA 1N2AA 4ZBDA 4ZBBA 4EUYA 5CO3A 1JZDA 2ON7A 1T8EB 3IDVA 1JZOA 1XW9A 1JZRA 4ECCA 1KNGA 2P5RA 5ECQB 2YN1A 4WBRD 2WZ9A 1PGTA 1XIYA 2M80A 2YV7A 16GSA 1SD9A 3S9FA 1VF3A 2E0QA 3DRNA 3ZTLA 1WRYA 3U5RE 1HD2A 4LMVA 2H1BA 2QKEA 3CRTA 1RK4A 1T00A 4I6XA 4KX4A 4PQ1A 2R2JA 2H74A 3EYTA 5J9CA 3TKSA 5HFGA 2WFCA 1SKSB 3FZ5A 1IYHA 3HZ4A 2OE0A 3FW2A 3ZRDA 3FKFA 3BD2A 1OC3A 4OMVA 2G2QA 3L9VA 1A0FA 1HNBA 1XWGA 2GGTA 1MD3A 1XWBA 5G5EA 2DJ2A 5A5KA 1KBNA 4MH2A 2VLUA 4KAEA 1TK0B 5IOWA 3KEBA 5IMCA 4YH2A 4POKA 2MBSA 3DKSA 2DC5A 3MSZA 4MF6A 3F8UA 5DDLA 1UA5A 3KMNA 3D0ZA 3ED3A 4DSQA 5JWRB 4EE0A 2X99A 1K0MA 1JLWA 1GSYA 4MZCA 3LXTA 4GQCA 1DE2A 1G6WA 5J3RA 3BBYA 3DVXA 2IJYA 3N5OA 3G9BA 5COHA 3KJYA 4F0CA 3UIWA 1O6JA 4MP4A 9GSSA 4XRAA 1ZL9A 2M46A 3P2AA 4IP6A 3RPNA 1GSQA 4RQXA 3V1WA 1JLVA 2C1YA 1F6MC 5KN1A 3Q19A 3QPMA 1FAAA 1EEJA 3DMLA 4AJ6A 2H1DA 3ZVJA 4MPFA 3IC4A 17GSA 2A2RA 5KN3A 4HJ2A 2B6MA 5ECSA 3HDCA 4AJ8A 1FHEA 1SL2B 3KM6A 5E4WA 2K9FA 3G7IA 2DMMA 2FNOA 1EV9A 3C73A 3ZFLA 4MPGA 1PRXA 2P31A 3M1GA 4OO4A 3TRPA 1FB6A 1O73A 2GT6A 2C0DA 2X8HA 2IWTA 1TW9A 2H70A 4HU9A 1ZMAA 3QAGA 1PX6A 2HYXA 1GUKA 4HEA2 2VL9A 2CVDA 2DJ1A 2HLSA 5FHIA 2FUG2 2V41A 4H86A 1GLPA 1PKWA 2GZYA 3HY2A 4YAVA 4ILFA 4ZL9A 5ECNB 1MTCA 3LJRA 2I3YA 1EOGA 4GLTA 3TGZA 1B48A 3IV4A 4TR0A 4JR4A 2B1LA 3FZAA 1M99A 4BVYA 1Q4JA 2RM5A 4HS1A 2LRNA 3ISOA 3IBHA 2GSTA 3KTBA 1YKAA 2OADA 2DLXA 2KP2A 3GN3A 1Z7PA 4KCEA 5ECIB 3QCPA 1DE1A 3HVSA 4LL4B 1URMA 3QFBC 3ZL5A 1ML6A 2KLXA 4FO5A 2K18A 4MMMA 1NM3A 5D9WA 2JSZA 5H5RA 1M2BA 5HR1A 4GSNA 3HJPA 4YAPA 5A4UA 14GSA 3BCIA 5DCGA 2I4AA 4IGJA 4V2MA 2H8LA 1K0DA 1FG4A 2WRTA 2PWJA 3TJGA 2B7JA 2C3TA 3TKSE 4E8HA 3TDGA 1XCCA 2VM2A 4K2DA 4ZBAA 3WT2A 1NSWA 4PXOA 5DAKB 2C0EA 1M2DA 3KTLA 2XBQA 1GSFA 1BJXA 2IPAA 3CXGA 1RQMA 3HD5A 4IQAA 4HI7A 5G31A 1SK0A 1AAZA 1NHYA 2C4JA 2GZZA 4O5RA 4NWYA 1K0CA 3HYPA 4MF7A 3IOSA 2FWGA 2L4QA 2CZ3A 5AN1A 2J9HA 4WF5A 4V2NA 3EWLA 4YQMA 1LU4A 1Z5YE 2YWOA 2O8VB 1JFUA 2OACA 4XS1A 1PSQA 3DYRA 3HCZA 1SJZA 4EDYA 1BAYA 3QD9A 4QL9A 5LNKe 1HNCA 4ZL7A 1U88A 3TJJA 1T3BA 4I97A 4ACSA 3QAWA 2TRXA 3ZFBA 4POBA 2PBJA 3WGDA 5JCWA 4TR1B 2JADA 2WCIA 3G7JA 3KH7A 3D5JA 2H6XA 1X9MB 5IMZA 2LSTA 3A3TA 3GUSA 4ML1A 3CBUA 1K3OA 4MF5A 4WETA 1TDIA 3F6DA 1Z6NA 1J0FA 1HNAA 1ERUA 2H1GA 1SKWB 4XCSA 2VCXA 2M72A 1E2YA 2L5LA 4ID0A 5GAND 2CZ2A 2LEGA 4MZBA 2VD1A 1AC1A 2GT5A 2EC4A 5ECPB 5ID2B 4L0UA 2R3XA 2B3SA 2BJXA 2H71A 2V6OA 1MDKA 2AB6A 6GSYA 2RUEA 5G1KA 2MMZA 1YDKA 4TXOB 1XWAA 2YCDA 5IQYA 3UJ1A 1AQXA 1TK8B 4TOPA 2PU9C 3DD3A 3TKQA 1BG5A 2LS5A 1WOUA 2B5YA 4TVEA 5DALA 2I9HA 1AW9A 1MD4A 4HZ2A 2F9SA 3EU4A 3F3QA 3Q6OA 3PINA 1M7TA 1S3DA 1RW1A 2HFDA 3KIJA 4GQFA 4L5OA 3MWHA 4TR1A 4RI7A 4IJIA 3IA1A 4DVCA 3FRCA 3C8EA 4IKHA 3ME8A 4IELA 2RIIA 2F51A 3C1SA 6GSUA 3KH9A 3TKSC 2FA4A 1GUMA 4XHMA 1K3LA 2WS2A 4LMWA 5HQPA 5AISA 4TR3A 4HQZA 5JCGA 2E7PA 4K8MA 3CSJA 5EVOA 2H76A 2AYTA 2LUSA 4HQSA 2LQQA 5LCZA 3IHQA 2TRCP 1PL2A 1WP0A 2G0FA 2J23A 4AJ7A 4OD7A 3KXOA 2MMNA 3Q74A 3VPQA 1AQWA 3GL5A 2C8UA 4HDEA 5DBQA 2N5FA 2FD3A 1MEKA 3ZYWA 4MJCA 1JHBA 2IMKA 1QGVA 4G2EA 2R37A 5CREA 1SKRB 4HZ4A 1YEXA 18GSA 1R5AA 4BVXA 1TP9A 1A23A 3L78A 1H4OA 1TOFA 1ILOA 3DXBA 1B4PA 5GAPD 2R6KA 4OCEA 1F9MA 2WB9A 3HZ8A 2DJKA 1SJ6A 3GSTA 1F2EA 1NW2A 1ON4A 3MNGA 3IE3A 2YOIA 3J7Yk 4Q5QA 3UBKA 4MH3A 2FWEA 1AXDA 3VWVA 4V1Ag 4BWQA 3GSSA 2HZFA 3NOFA 1GP1A 2JZRA 2O89A 4OFTA 2K8VA 3VK9A 1O8XA 3GX8A 1THOA 1H75A 3VI7A 1TU7A 1PMTA 2OBKA 2F8AA 1X5EA 1AUCA 1XWKA 1GL8A 2CV4A 4ZILA 3HVVA 3A2WA 1QK8A 5ABRA 2X64A 1ZYQB 2CX4A 5DVBA 5F0GA 5ECOB 1GWCA 3LYPA 3GX0A 2CVBA 3UOMA 3H79A 3ZREA 3UARA 3VPTA 2CX3A 3E3EA 5JWOB 3ERFA 3UMAA 1G7OA 1SYXA 3TRQA 3F6FA 2V1MA 2VM1A 2IN3A 3ME7A 1PN9A 2FY6A 3GHAA 2XPEA 3M8NA 1PQNA 2HI7A 2E2GA 4Q5RA 1T4ZA 3FK8A 3GTUB 5DQYA 2XHFA 5IMDA 1FVKA 3QR6A 2DIYA 1SD8A 1T1VA 5ECLB 3U6VA 3GA4A 2GVPA 1Z3EA 2X8CA 4LLRA 4QQ7A 4P3YB 2YWMA 4WR5A 2C3QA 1GSSA 1HYUA 4F82A 4IHUA 5D9XA 2VCVA 4OFMA 1B9YC 10GSA 2C0GA 1OC8A 2CAQA 3OR5A 4GSSA 2ALBA 1UC7A 4BL7A 1W4VA 3C7MA 4NHWA 3HHVA 1XWCA 3GH6A 3GV1A 3D4MA 2O85A 1WIKA 3WGEA 1SL0B 3ZMKA 1DUGA 3CYNA 1SYRA 3CMIA 5B6MA 3UBLA 4IP1A 2IFQA 4TR4A 3IAS2 3LG6A 3BJ5A 4PGTA 2CA8A 3FHKA 3TUEA 1XOAA 4GTUA 2H0HA 4PUAA 3W8SA 1GRXA 1QXHA 4EXJA 4ZB6A 2IL3A 1TU8A 1ZCPA 5D9VA 1THXA 2VCQA 5LD0A 4ML6A 1JZWA 5IPHA 2OE3A 3HJMA 3IAM2 3NIVA 5HR0A 2VIMA 1PA3A 2FLSA 3PR8A 4EC0A 1TRUA 1LBKA 4ECBA 3GTUA 1GTAA 3ZZXA 4POLA 5ENUA 2LJKA 4I8BA 4KNDA 2XC2A 4EO3A 4EF0A 4MCUA 4L0WA 2LNSA 4CDOA 3SBCA 1KEBA 2L6CA 4F9ZA 4K9ZA 1FVJA 5CYYA 3K8NA 3G7YA 1CQHA 2ES7A 5E59A 3EVIA 1GUHA 3GFKA 1BX9A 4IW9A 1TXXA 4CW9A 2ZCTA 3DEXA 4MJAA 1EGRA 4WBJA 1OKDA 4MLYA 4Z7XA 4KB3A 3QMXA 3KGKA 3WD6A 3DWVA 3FZ4A 4GF0A 2VD0A 3HJOA 3R2QA 3I6AA 3I43A 5IMVA 2OKAA 2XBIA 3APSA 1X9SB 4V2LA 4IS0A 1GTBA 2C80A 5A4WA 1YZXA 3IRAA 3P7XA 5CRDA 2HSYA 3UL3A 4Q5FA 4IJ3A 3CTFA 4OCFA 3ERGA 4YQUA 3L9SA 3F3RA 4FH8A 2DJJA 12GSA 5G30A 1OE7A 5G5FA 2HT9A 5KN2A 1XZOA 2B5EA 7GSSA 2VLTA 1CQGA 2PVOC 3RBTA 4MDCA 1VF2A 4FYUA 3E0UA 3CSIA 3C1RA 3ERWA 5HR2A 2YZHA 5IO0A 1V58A 2VAFA 2P0GA 2K8SA 4XS4A 3E9JB 1V98A 2EIRA 4IBPA 4MK3A 2PPTA 4EKZA 3FYGA 4FYBA 4XIHA 1ZOFA 4BPYA 3QAVA 5FT3A 4EL1A 2KHPA 2R5GA 5INYA 4KDUA 4NV2A 1M9BA 5DALB 3KP8A 4NV5A 4TW5A 1OAZA 2FWFA 4ULXA 4ZB8A 1M0UA 2DSAA 1N8JA 3RHCA 1XW5A 3LYKA 5L71A 3F63A 3VWXA 4HU7A 4LL1B 2P5QA 3QDNA 6GSVA 3ZIJA 2HSHA 3CRUA 5IIZA 2IIYA 5FWGA 3WYWA 1ST9A 3NZNA 1EOHA 4NHZA 4K7NA 1F37A 2VOCA 5C04A 3EU3A 2HZEA 3HVXA 2HRNA 3GKKA 5B7CA 1EGOA 5IOXA 2L6DA 3O76A 2WJUA 1V40A 4PQHA 3DIEA 3FY7A 5H5QA 4N0VA 3IPZA 4N30A 3D22A 1ZGNA 4PQIA 4G19A 2AV4A 1ERTA 2CQ9A 3HXSA 1O8WA 1K0BA 5CP1A 4EVMA 4L8EA 4JEDA 3GH9A 3TKPA 3GKXA 1GSDA 3ZMLA 3M0FA 2IMIA 5CNWA 2YNXA 22GSA 2CAIA 2H73A 2H72A 1OVNA 2IMDA 3WGXA 4DSSA 2B1KA 4MA9A 5AIVA 1USBA 2VO4A 2WULA 3A2XA 5JCUA 3L9UA 1XBSA 2L59A 1YF1A 2YANA 3VI5A 5KN0A 1M9AA 1X9WB 2KUCA 3QOUA 1NHOA 4ECIA 4N10A 1X5DA 3VWUA 2JU5A 1WE0A 1YKCA 1TKDB 4KW6A 5IO2A 2LV3A 2LQOA 1OKTA 2V32A 4X1UA 4BA7A 1O7UA 3O6TA 4EDZA 3EC3A 2HRFA 2MZCA 4D73A 4MJBA 1A2JA 2I81A 2GS3A 1PX7A 1MDIA 1SJIA 2YZUA 2R4VA 3ZITA 2YJHA 5D8IA 1TRSA 3VLNA 1QQ2A 1PD21 2BTOT 4IQ1A 5D96A 3IK7A 4ISDA 3UEMA 2E2MA 4YQVA 2H6YA 4RUVA 5GZZB 4ZXGA 1Z6MA 4PUFC 1I9DA 2OJLA 2CVKA 2F8FA 4X43A 2NVLA 1SK1A 3FR9A 1V2AA 4KDXA 3ZLPA 1R7HA 1XVWA 3IXRA 2YWNA 2ZUPA 3ZIVA 2YV9A 1F3BA 1DBYA 1G6YA 2O7KA 1IYIA 4K6XA 3EMXA 6GSWA 2JSYA 5GSTA 2QC7A 1XXUA 2CT6A 4LA1A 2GLRA 2TIRA 5J5NA 1K3YA 1OC9A 4BWSA 4I5QA 1WMJA 3DGQA 1S3AA 4K0GA 2OA7A 2PN8A 3MAKA 1J08A 1FW1A 3FEUA 2VL2A 1F3AA 3H93A 3Q18A 3H4KA 2V6KA 5EY6A 4F2IA 4IVFA 1EWXA 5C00A 2FWHA 3EE2A 2EIQA 2BMXA 1BQ7A 3APOA 3TJKA 2RUFA 2H6ZA 3W6GA 5A4VA 3F4TA 2MYGA 3EMPA 3PH9A 4KA0A 2XPDA 1X0RA 1ZZYA 2LJRA 2YWIA 4GCIA 2FA8A 2AJQB 2VUPA 1XVQA 3M9JA 2IFQB 1SENA 2NDOA 1GULA 1AQVA 2FGXA 3GYKA 4XTSA 1R4WA 3LWAA 2REMA 4I2TA 4Q5NA 4KH7A 1T7PB 1R5PA 4OFNA 1DSBA 2HXKA 3MDKA 5D9TA 2AAWA 4O92A 1TK5B 3VWWA 5ECMB 3L0HA 3D21A 3A5WA 5ECHB 4RQRA 4KGIA 3RDWA 4FIWA 4L5LA 5DQSA 2FCHA 3VURA 3IK9A 13GSA 5B6NA 4HJMA 2EIOA 1VRSD 4GSTA 1A24A 4N11A 3I69A 5AGYA 1MDJA 4NXIA 4K0NA 4JR6A 5CRWA 4N0ZA 1U6TA 2MMOA 4GRFA 2PVQA 3RPPA 4KUNA 1ERVA 3GKMA 1TJDA 4TRXA 1GNWA 4KSMA 2VLVA 3TOUA 2DMLA 2H19A 2QSIA 5HFKA 4TKYA 5JWQB 2AHEA 1YEPA 4AF2A 1ERWA 2VL3A 3RHBA 4QL7A 1EZKA 2DBCA 1A8LA 1E6BA 1VF4A 2B5XA 1EV4A 1XW6A 1PKZA 2H1AA 2V2GA 6GSXA 2O87A 1W89A 3GIXA 4K7IA 2GQMA 3LGCA 2NBSA 2C0FA 5ECKB 4PURA 4JU5A 3LSZA 2OBIA 2B7KA 5D73A 1XOBA 4XS6A 3TB2A 3L4NA 3LQ7A 1TRWA 5EL8A 1A0RP 2WDUA 3BCKA 3FR6A 3SWLA 4OWYA 1LJRA 4RI6A 1U3AA 3P90A 5F05A 3EINA 4XS4B 2F3MA 1K0OA 5DJLA 2PGTA 1I5GA 2H75A 3TJFA 4NAXA 3WT1A 2H66A 3KCMA 3ZVJD 1T4YA 1ZYEA 4I2UA 3GKNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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