4V2NA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei: radiation damage effect at 85 mgy, focused in disulfide bonds
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIAMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 37
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2014-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v2nA00
2L5OA 3CSIA 1QXHA 5DJMA 3KP8A 4FYBA 4HEA2 3LEFA 1TJDA 1JZRA 3UMAA 4EL1A 1N2AA 2GVPA 2G2QA 3IA1A 1GLPA 1DE1A 1SENA 3HVXA 1SK2A 4MF6A 3QCPA 2FA4A 4JZQA 3FK8A 2CZ2A 3EINA 2VD1A 2WFCA 1RQMA 3ZFLA 4V1Ag 3H79A 2X8HA 5B6NA 4KB3A 2CT6A 3VPQA 3BBYA 5FWGA 4FYCA 3GRXA 10GSA 1JFUA 2O85A 4GRFA 4CHSA 4KDYA 1ZZYA 4TR1A 5J9CA 4TVEA 2H30A 1C72A 4FH8A 1O85A 2LSTA 2LQOA 1T00A 4X43A 4F82A 3UBKA 4I8BA 4K7NA 2HNLA 4Z7XA 4NXIA 5EPFA 3ZVJA 2HT9A 3GNJA 2HZEA 2X8GA 2XBQA 2HZEB 5J3RA 3A2VA 3TRPA 4KE3A 4MPFA 4NPBA 3GKNA 1K0BA 3DVXA 4GF0A 3C7MA 3RPNA 1PX6A 1SL1B 3LSZA 4OCFA 2HXKA 1THXA 2JSYA 2X64A 2QKEA 2XBIA 5J5NA 2KP2A 2DLXA 3GSTA 4LL4B 2QGVA 2H1GA 4NWYA 1EOHA 3W8SA 4MABA 5E4WA 4F03A 3M0FA 2GZPA 1PRXA 1PKWA 1MDIA 3GFKA 5KN0A 3IPZA 1HNAA 4FIWA 4OO4A 2CVDA 1BJXA 4EKZA 4BPYA 4IW9A 1TKDB 3F3QA 2FHEA 2IMDA 3TCOA 5ECIB 3GKXA 5GSSA 2ES7A 1M2BA 2WCIA 3F0IA 2RUFA 4X1UA 5ELAA 2R4VA 4OFMA 1FOVA 3EYTA 2GSQA 2H0GA 8GSSA 5B8BA 2KOKA 3WGEA 4TKYA 2MBTA 3DRNA 2RIIA 3DD3A 4O32A 3TRXA 4MF7A 2C1YA 2EIQA 1LU4A 19GSA 3BCKA 3TOTA 4MA9A 4ECCA 1NW2A 1T4ZA 14GSA 1Q98A 3VWUA 2H6XA 1NHYA 1J08A 4ZB9A 3KMOA 2GT6A 1NHOA 5KN1A 3BOAA 1XBSA 2OE3A 1X5CA 3CRTA 1TXXA 1GSQA 1QK8A 2YP6A 2JZSA 4EDYA 3TOUA 2VCTA 1N8JA 1SJZA 1CQHA 1GULA 2A2SA 2D2ZA 5AIXA 4BA7A 3H8QA 2F9SA 4CDOA 4NV2A 3IOSA 2OBIA 3E3EA 4MMMA 2XPDA 1Z7RA 1GSEA 3GL3A 3GMFA 5G1LA 2GZZA 3AY8A 5ECRB 5HR1A 2OBKA 3P2AA 1PMTA 5B8AA 3MWHA 3G9BA 1SYRA 3VI5A 5IPHA 2VLTA 4MJBA 3L9UA 3U5RE 1EV9A 3VWXA 3CTFA 1SYXA 3IR4A 3O3TA 2OKAA 3M3MA 3P7XA 4J2FA 1JHBA 1EZKA 1MDKA 2HRNA 4IVFA 4MH2A 5GAPD 1EP8A 1JLWA 4D73A 1K3LA 2Z9SA 3MDKA 3LJRA 1Y25A 4IP6A 1K0DA 3KTBA 1SD9A 3D0ZA 4DSRA 1K0CA 5CRDA 4WF4A 1GTIA 1PQNA 5F07A 5ECSA 2FY6A 2EIRA 1F37A 4O92A 3FHKA 2IMIA 2B7JA 4GWRA 1F3AA 1ERWA 1WJKA 11GSA 4MJAA 1V9WA 5A4UA 1VF1A 4G10A 5LD0A 3HZ4A 1WE0A 2IIYA 2WJUA 3EU4A 5DBQA 7GSSA 3ZZXA 3FR9A 4CW9A 3FZ5A 3HJMA 2OADA 3QR6A 4RQXA 2FA8A 3GIXA 4EC0A 1OVNA 1YEPA 4JU5A 4OO5A 3G7JA 5ELGA 4QL9A 1M7TA 1Z5YE 3FEUA 4POBA 3HJOA 2CZ3A 3C73A 1T8EB 1DE2A 3CRUA 3SBCA 1TRSA 3ZTLA 3HVVA 2V6OA 2E2GA 3KM6A 3QPMA 2M80A 4L0WA 2DJ2A 3ERFA 2A2RA 2JL4A 1O8WA 3A5WA 1VF4A 3EURA 4HS1A 3QDNA 1V40A 1OE7A 2C80A 6GSVA 1PKZA 2FWHA 2VAFA 3SWLA 5CO3A 4MLYA 2TRCP 5IPGA 2IMKA 2C3TA 2CAIA 2LS5A 4XS1A 5D9TA 2GTUA 20GSA 3GKKA 1HNBA 4YH2A 4KH7A 3PR8A 3KGKA 4PQHA 1GL8A 3WD6A 4OFNA 4ML6A 5IMAA 2VL2A 1K0OA 5ECLB 4GSSA 2B6MA 1O8XA 2EIOA 4WETA 2GLRA 5ECOB 1T7PB 3GYKA 3D6IA 3F8UA 3W8JA 5F8BA 3TJBA 6GSSA 2CQ9A 1K0AA 4ZILA 1U6TA 2YN1A 4MZBA 1Z6NA 1ZYEA 1EOGA 1QFNA 4DSQA 1JLVA 2H66A 4HU7A 1QGVA 3MNGA 4NMUA 3VK9A 4XRAA 2DJ1A 3HY2A 3TB2A 4K9ZA 1YKCA 2YV9A 1GUMA 2L5LA 4N11A 2H1DA 3N5OA 2MMOA 4OMVA 1H4OA 5ECMB 3ME8A 1EEJA 2LJKA 4IS0A 2YCDA 2ON5A 1VF2A 2IJYA 4IKHA 4F0BA 3IDVA 4FYUA 3FR3A 4X0XA 2XPEA 4N0ZA 4HDEA 4K6XA 4MPGA 2FWFA 1U3IA 1MD4A 1SD8A 4ZL9A 4MDCA 2JSZA 2X99A 4IJIA 2DJKA 1DBYA 4MF5A 2CX3A 2WULA 1XFLA 2REMA 1G7EA 2LNSA 1K3OA 1QQ2A 1UA5A 2P0GA 22GSA 4POLA 2I1UA 2V6KA 3E0UA 3HD5A 4GXZA 1X9WB 1G0TA 1GSDA 4HUAA 4ZBBA 2H76A 3NZNA 4LMVA 5L71A 2P5RA 1CQGA 4V2MA 1FB0A 4XTSA 2B7KA 2NBSA 2B3SA 4G2EA 4MH3A 3TDGA 1J0FA 2CA8A 2VL3A 4EE0A 1YDKA 3LFLA 5D73A 2AB6A 3RHCA 4K2DA 2R3XA 3F9UA 1XWBA 4XHMA 1PSQA 1EP7A 2E7PA 2B5YA 3C71A 4MZWA 5B6MA 2R5GA 3TKSC 1ZL9A 1M99A 3H93A 1YKAA 2YZHA 4GLTA 6GSTA 3UBLA 2L59A 2H6YA 5IOXA 1KNGA 4JEDA 4TR1B 3RAZA 3APOA 4JR6A 1W89A 2AYTA 1AC1A 1MDJA 2E2MA 2ZUPA 3BJ5A 4ZBDA 1ERVA 3GV1A 5JCUA 3QAVA 5DQSA 5DALA 3FY7A 4I97A 3O76A 3TRQA 1AAZA 3ISOA 2L4CA 3FW2A 1MD3A 2VCQA 3FYGA 1GSSA 3DYRA 3M9KA 5DALB 4ID0A 2LRNA 1GNWA 2C3QA 3HXSA 4AJ7A 4XS4A 1X9SB 2VCXA 4ECBA 2H71A 2E0QA 1M0UA 1X0RA 1K0NA 1TRUA 4G9HA 1BG5A 1F3BA 1A23A 4HJ2A 2WRTA 3IE3A 1F9MA 2CVKA 3KMNA 2QSIA 2JADA 2VIMA 3ZMLA 1XXUA 3ZL5A 4TN8A 1EGOA 2YWMA 1TK8B 2PERA 5CRGA 5F06A 5AN1A 1A2JA 3U6VA 2J23A 3DVWA 2R2JA 3KZQA 4J56E 4IELA 2WDUA 2C0EA 3F4RA 3OR5A 2YV7A 1ST9A 1PL2A 3I43A 1TU8A 4FO5A 4WEYA 4PQIA 5IIZA 1B4QA 4HZ4A 3HHVA 2O87A 5CP1A 3IAM2 4O7HA 1FB6A 4H86A 3HDCA 4NAXA 2L6CA 1VF3A 5AIVA 3TJKA 5GSTA 4HI7A 5ABRA 3GSSA 3QFBC 2B5XA 5CNWA 3F3RA 4PXOA 4OD7A 2FCHA 2GSRA 2V1MA 4HJMA 1RK4A 5DJLA 1BQ7A 4GQCA 2TIRA 4K7IA 1XPVA 2FGXA 1ZMAA 3L9SA 2B1LA 4BVXA 3A3TA 3NIVA 1Z7PA 4KDUA 1XZOA 3M1GA 3DKSA 4K1FA 1O81A 4MK3A 2IWTA 4L5OA 2DJ0A 2DJ3A 4KNDA 3UOMA 4AJ8A 3P90A 3CTGA 4ACSA 3LGCA 2HI7A 3P8WA 1BEDA 2F8AA 1FVKA 1USBA 2ALBA 4F0CA 2DMMA 6GSXA 2XHFA 4EO3A 2MZCA 3TGZA 4J57E 4POKA 2RLIA 5COHA 6GSUA 2PVQA 1NM3A 2WB9A 3CMIA 1XOBA 2H1AA 1T4YA 1B4PA 4HZ2A 2A4VA 2O8VB 2P5QA 2LQQA 3Q6OA 4ECIA 2H01A 1B9XC 1K3YA 2LV3A 1WPIA 3WT1A 5JWQB 4ZBAA 1A0FA 1TI3A 1KTEA 2NDOA 3ZIVA 2VOCA 1Y6EA 3KP9A 3US3A 3HZ8A 2BTOT 5A4WA 5IO2A 2JZRA 4D73B 1VRSD 1XW5A 5HR3A 2LEGA 4DEJA 2DBCA 3ZVJD 3D21A 3J7Yk 2FLSA 1A8LA 1ON4A 4GSTA 1FW1A 2ZNMA 1YY7A 2H73A 4AF2A 2F3MA 1EV4A 1G6WA 1SJIA 1SKRB 3DIEA 4V2NA 4RUVA 2VUPA 1GSUA 1XVWA 2O89A 2GS3A 3J7Yb 4ZL8A 5D96A 2GZYA 2VO4A 4GTUA 1R5PA 3RDWA 2H0HA 3QD9A 4PUFC 2GQLA 1HQOA 5IM9A 4EF0A 1OC8A 4TRXA 1A0RP 4TXOA 1ZOFA 1TP9A 2MBSA 2AHEA 2V41A 5KEJA 3EMXA 1GLQA 3I69A 2WS2A 4JR4A 5IO0A 3UIWA 4TXOB 4POMA 3UVHA 1ERUA 1UVZA 1OAZA 5G1KA 1HNCA 17GSA 2ZCTA 3Q18A 3LQ7A 1GWCA 1ERTA 3D4TA 3LG6A 2HFDA 4V1Ap 3PINA 2J9HA 4ZIJA 5C00A 2WGRA 5IQYA 1YZXA 1AIUA 2I9HA 3ME7A 2DIZA 3D22A 3WYWA 1OYJA 4KA0A 3GX8A 3IHQA 1MEKA 1S3CA 5KN2A 3KIJA 4IHUA 5H5SA 2F8FA 2B1KA 3ZRDA 1TRVA 4G19A 1T1VA 3TJFA 1DSBA 4TR3A 2K6VA 4I2TA 3DWVA 3LYKA 3N9JA 3IV4A 3DXBA 3C1SA 3APQA 1E2YA 1OE8A 2CV4A 3EVIA 4EUYA 4XCSA 4F2IA 1R5AA 5IMDA 5G30A 5HFGA 4IP1A 4K0GA 4F9ZA 3HJPA 4LLRA 13GSA 3F4TA 5G31A 3M9JA 1TRWA 2GT5A 3JCML 3GKMA 1TU7A 5DCGA 4YAPA 5GAND 16GSA 1V58A 1AXDA 3GH6A 1SKWB 1A24A 4XIHA 1VGLA 3GL5A 5F05A 1PA3A 1I9DA 3L4NA 2PBJA 3GH9A 1JZOA 2PMTA 3TKSE 4PNGA 1A8YA 1FHEA 2YWIA 2H19A 1XWGA 5IOWA 3EC3A 3W6GA 2HYXA 4Q5FA 4TR0A 4NV5A 4GQFA 1GP1A 5ENUA 4KW6A 4HU9A 3NOFA 1UN2A 2LUSA 3CSHA 2NVLA 2VD0A 3ZMKA 1WP0A 3QAGA 5DVBA 1O6JA 2OJLA 1O7UA 3R2QA 3RPPA 1SU9A 3MAKA 1XCCA 1TK0B 4KSOA 2AJQB 2K18A 4JRRA 5HR0A 1AW9A 2YJ7A 2GSTA 4EDZA 4WF5A 2H0IA 5JWOB 5LCZA 4L5LA 4KGIA 3TUEA 1J9BA 5JWRB 3L78A 3DEXA 1OC9A 5ECNB 1QMVA 2KUCA 4HQZA 4KCEA 1IYIA 4WBRD 3HVSA 4XS6A 4MJEA 1Q4JA 5IMCA 5F0GA 1OC9B 2BMXA 5C04A 1B8XA 2R37A 4TR4A 4E8HA 3TKPA 5A5KA 5J4UA 3MSZA 5J9BA 1YJ6A 1JZDA 2AV4A 1V57A 4ECJA 2OA7A 1A2MA 1Z3EA 4BVYA 2CVBA 5EVOA 2PWJA 1U3AA 3QFAC 1WOUA 3LXZA 2DC5A 2F51A 1G7OA 1Z9HA 2N5FA 5CAXA 1JZWA 1OKTA 3CYNA 3IC4A 3QMXA 3ERWA 2EC4A 2YANA 3VLNA 2DJJA 2FD3A 4IJ3A 2CX4A 4WR4A 2RM6A 3I9V2 2X8CA 4I2UA 1TW9A 4NHZA 3KCMA 1BAYA 1DUGA 1M2AA 3BCIA 4PGTA 2M46A 3K8NA 3ERGA 4EVMA 1EGRA 5DAKA 1BX9A 1M9BA 1M9AA 4ISDA 2AUVA 1ZYQB 5DAKB 2H8LA 2K9FA 2O7KA 3GTUA 1XOAA 2C8UA 3VWWA 2B5EA 4DSSA 3RBTA 2HZFA 3RHBA 2V32A 3GTUB 2HE3A 1B9YC 4DSSB 3G7YA 5G5FA 1XWKA 4WKWA 3VFIA 2FUG2 4KAEA 4N30A 5DDLA 1YEXA 3EMPA 1GUKA 3G7IA 1AUCA 4XS4B 2H72A 1GTAA 2OE1A 5IMVA 2IMEA 1WIKA 3GN3A 4XRDA 3H4KA 4YQUA 2H75A 2YZUA 4ML1A 2NPBA 1ML6A 3GUSA 3LORA 2LKUA 5A4VA 4LL1B 2VM2A 1SJ6A 1TK5B 3Q74A 2LJAA 3M8NA 3VURA 3EWLA 4K0NA 3GA4A 3FZ4A 4K7OA 2LJRA 3QOUA 1SKSB 5HFKA 3A2WA 3F6DA 2WZ9A 4ZB6A 3A2XA 2VCVA 2QC7A 1B48A 4EXJA 1PL1A 4ZXGA 1GTBA 4TOPA 3Q19A 1XWCA 5ID2A 4PNFA 4LA1A 2P31A 3KD0A 2VCWA 5JCGA 3H1NA 1NSWA 1GTUA 4AJ6A 2VL2C 1X9MB 5G2ZA 3TKRA 1LJRA 5ID2B 3KTLA 3C8EA 4O5RA 4JE1A 1HYUA 1GSYA 3TKQA 3IK7A 2N5AA 5IMZA 1F6MC 2VM1A 5AGYA 2GQKA 3ZLPA 3L0HA 1XW9A 2YPMA 3F63A 2L57A 4PUAA 2K8SA 1UC7A 5CRHA 4L0UA 2LRCA 1PD21 2PU9C 5H5QA 2PPTA 2JU5A 1PX7A 4Q5QA 4ILFA 3APSA 4WR5A 2TRXA 1I5GA 2YOIA 2GDRA 3UEMA 1GSFA 2PUKC 5FHIA 2AAWA 4KUNA 5INYA 4MJCA 4MP4A 4TXVA 1AQWA 2GSSA 3DGQA 3F4SA 5CRWA 5ECHB 1W4VA 1F2EA 4E8EA 4MZCA 1V98A 5JCWA 2H74A 3L9VA 5LNKe 5CREA 3D5JA 3CXGA 3KH7A 2MMNA 3ZYWA 4KSMA 3TKSA 1X5EA 5ECKB 5KN3A 4K8MA 4BWSA 1TI1A 2KP1A 2HLSA 4PQ1A 1ACVA 1GNEA 4IQ1A 4KDXA 2NTOA 2H70A 1KEBA 4BL7A 2FWEA 3S9FA 4YQMA 2H1BA 4GSNA 1RW1A 5HR2A 5FT3A 3LYPA 1FG4A 4TW5A 3DMLA 5D93A 3UARA 3UL3A 1XW6A 1AQXA 1O73A 4N0VA 1T3BA 4AGSA 1SL0B 1A2LA 4Q5NA 2FWGA 2DMLA 2VCZA 5IMFA 4QQ7A 3KH9A 5GZZB 3EE2A 4QL7A 3FZAA 5E59A 5ECQB 5G5EA 1THOA 1BYEA 3I6AA 5ECPB 3IBHA 2FNOA 1H75A 1U87A 3VPTA 3GURA 1PGTA 1YQ1A 1R7HA 3WGXA 1S3AA 4JBBA 2PVOC 1YF1A 2I3YA 12GSA 3HKRA 2CAQA 1U88A 1ABAA 3FR6A 5EY6A 2YWNA 2ON7A 4NHWA 1R4WA 1XIYA 2LNTA 4I5QA 2HSYA 2MMZA 4PURA 1TOFA 3QAWA 2IMFA 4PX1A 2YWOA 4OFTA 3ZITA 3KEBA 2K8VA 3PH9A 3E9JB 3KXOA 1OKDA 4KCAA 3UJ1A 3ZREA 9GSSA 3VWVA 4RI6A 2DSAA 4YQVA 2JACA 1EWXA 1MTCA 2C0DA 2VL9A 2L4QA 1V2AA 2BJXA 1AQVA 3WGDA 4RQRA 4OCEA 2C4JA 2G0FA 3UVTA 3GHAA 4IN0A 1TTZA 4OWYA 2GGTA 2C0FA 2PN8A 4IQAA 4I6XA 2M72A 1ILOA 4BWQA 4WBJA 3ZIJA 4ZB8A 2OACA 3C1RA 1HD2A 3CSJA 3IAS2 1R26A 1WWJA 2LRTA 1WRYA 1SK1A 1FAAA 2HRFA 3IXRA 3HYPA 4GCIA 5D8IA 3LXTA 5HFIA 1FO5A 4N10A 2RUEA 4YAVA 5D9WA 2R6KA 3FZ9A 2OE0A 2JZTA 2IN3A 2DIYA 3FKFA 2PGTA 1E6BA 2I4AA 4Q5RA 3ZFBA 2N5BA 3V1WA 1GUHA 1ZCPA 1ZGNA 5EL8A 4WXTA 1QUWA 2C0GA 2VLVA 2V2GA 1TDIA 4ZL7A 4IGJA 3GX0A 3CBUA 1X5DA 2KLXA 1SL2B 5J41A 4V2LA 3UAPA 5DQYA 1WMJA 3TJGA 2YNXA 5H5RA 3O6TA 5DCHA 1XWAA 1FVJA 1Z6MA 1K0MA 1LBKA 2IPAA 3KJYA 2GQMA 2IFQA 3VI7A 2IL3A 1YF0A 2HSHA 2VLUA 3BD2A 3WT2A 6GSYA 2KHPA 18GSA 2YJHA 3FRCA 2I81A 5CYYA 3PGTA 4HQSA 4MCUA 2IFQB 5AISA 5D9VA 1GRXA 4ULXA 4RI7A 1S3DA 1XVQA 2MMAA 3HCZA 1SK0A 4P3YB 3IRAA 1KBNA 4IBPA 3EU3A 2XC2A 4HOJA 6GSWA 1G6YA 3D4MA 1IYHA 1GH2A 3F6FA 4LMWA 3HA9A 3TJJA 3IK9A 2H6ZA 2LTKA 5HQPA 1EEMA 1OC3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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