4W52A

T4 lysozyme l99a with benzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w52A00
1B6IA 1QTCA 258LA 1L14A 1T97A 3C7WA 226LA 1L45A 1L10A 1P46A 3OE6A 3DMVA 3DN3A 1L00A 1T8GA 1L40A 1L38A 1L03A 1L52A 3OE8A 120LA 129LA 223LA 251LA 2QARC 1L60A 1L58A 1SX2A 214LA 3HH3A 1G07A 231LA 4PK0A 4W55A 249LA 3GUPA 3SBBC 1QTVA 1LLHA 1JTNA 1LYFA 1L09A 151LA 148LE 1P6YA 3HH6A 1CX6A 1QT7A 144LA 1QT4A 1L49A 2B70A 3RUNA 1CU2A 1C6CA 1L65A 1C64A 1C68A 4ZPUA 1C6DA 1PQMA 3CDQA 1WTHA 4EKPA 1D2WA 198LA 3GUIA 162LA 2B75A 3QAKA 1C6TA 1L96A 1PQOA 1QT5A 168LA 1G0MA 4I7KA 2A4TA 1DYCA 1LYJA 3EMLA 177LA 2RBNA 3HTBA 1ZURA 4EPFA 2HULA 190LA 1D3JA 1ZYTA 1L80A 1L28A 212LA 1L54A 188LA 2QB0B 1L63A 1C6LA 1L70A 239LA 235LA 254LA 149LA 1L23A 1L02A 229LA 164LA 4EPIA 4YXCA 1L50A 145LA 1L43A 1OWYA 158LA 7LZMA 2LZMA 1L92A 1T8AA 171LA 248LA 3OE9A 4W54A 1L95A 2Q9EA 228LA 3G3XA 1C63A 2OE4X 2F32A 1L0KA 181LA 128LA 1D9WA 221LA 166LA 3HDFA 201LA 4ARLA 206LA 2B6YA 3DNAA 111LA 1L64A 1P64A 1LYEA 1L71A 2Q9DA 196LA 1SSYA 125LA 3HDEA 1L75A 1C6IA 1QT3A 1C6EA 4W59A 3ODUA 253LA 1L30A 252LA 174LA 4ARQA 3G3WA 1CV1A 1P5CA 2RBOA 3GUNA 1QTDA 4LDOA 1C62A 1QTBA 219LA 161LA 1L12A 1ZWNA 2OE9X 1G1WA 1JQUA 1G0LA 3G3VA 4PJZA 5LZMA 255LA 1L81A 1SWZA 3V2YA 2OEAX 4EJ4A 2B74A 1L82A 1L42A 172LA 217LA 2B72A 183LA 3C81A 139LA 3JR6A 3SBAA 122LA 4GBRB 1LW9A 1P36A 2F2QA 3V2WA 211LA 2HUKA 130LA 236LA 1QTHA 1C60A 113LA 4ARMA 3HUAA 218LA 1CUQA 1PQIA 1L37A 1LYDA 1L90A 1CV5A 1G0PA 4I7RA 127LA 1C6QA 2OU8A 102LA 3CDRA 103LA 3GUOA 2B6ZA 119LA 1PQDA 4S0WA 4DAJA 1D3NA 191LA 1CX7A 1OYUA 242LA 233LA 1C6FA 237LA 1C65A 234LA 4K5YA 1CU0A 4YXAC 1L59A 3C7ZA 4W53A 1LI3A 176LA 4LDLA 3DKEX 186LA 3HUKA 1OV7A 232LA 1L57A 1L48A 3HH4A 167LA 1L17A 245LA 2B73A 4EKSA 110LA 3HTGA 4W52A 1CVKA 220LA 4LDEA 3DN1A 195LA 4ARQB 1QUGA 1LWKA 3L64A 3C8SA 1CV3A 3OE0A 1L13A 115LA 1OV5A 1XJTA 209LA 4I7QA 152LA 150LA 1KNIA 3GUMA 224LA 142LA 155LA 1L86A 4I7SA 1PQJA 146LA 1L61A 1L69A 2RB1X 1L08A 199LA 112LA 1L89A 3F8VA 1L88A 213LA 173LA 1QUHA 3GULA 104LA 216LA 3GUKA 1KW7A 2O4WA 1L25A 1G0JA 109LA 1L27A 205LA 1C6PA 1NHBA 2NTGA 180LA 3NY8A 1CTWA 244LA 2LCBA 1CU5A 170LA 1EPYA 1OWZA 1D3FA 1P7SA 3LZMA 1C6JA 4I7JA 3SN6R 1L85A 4E97A 6LZMA 1TLAA 2RB2X 1KW5A 114LA 1LYGA 1P56A 3SB8A 1C69A 1CU3A 4I7PA 1K28A 1L73A 2O79A 2RBSA 3NYAA 222LA 1L18A 1L26A 3K2RA 126LA 4ARJA 1QSBA 4AQNA 1CU6A 1L36A 3HUQA 1L16A 2ANXA 3HT8A 1G0GA 1L55A 2HUMA 1L99A 1L91A 2RBPA 3F9LA 1L04A 1C61A 1CV0A 3DMXA 197LA 118LA 1QS9A 1QT8A 1L44A 1QS5A 1SSWA 1QUDA 1LGXA 1D3MA 2O7AA 1C66A 1L24A 3DN0A 108LA 1G0QA 3HU8A 257LA 2RH1A 1LWGA 189LA 1L83A 4I7MA 3CDTA 123LA 1LI2A 4I7NA 2RAZX 3HT9A 2Z6BA 3C80A 3D4SA 230LA 1L34A 250LA 1L20A 1I6SA 5I14A 1L97A 1L66A 165LA 1L53A 1L76A 4I7TA 1PQKA 4GRVA 256LA 143LA 1L46A 1LGWA 4I7LA 3C8QA 3CDVA 1C6NA 3GUJA 1L32A 260LA 3C83A 1C6MA 3DN4A 4W56A 3HH5A 1L67A 1L93A 4I7OA 182LA 210LA 262LA 1OVJA 3DMZA 1L0JA 2OTZX 1L51A 261LA 2L78A 2B6WA 1L29A 1QTZA 3DN6A 147LA 1DYFA 1L77A 160LA 1DYDA 1L98A 184LA 1L07A 1G1VA 4EKRA 4W57A 2ANVA 4LZMA 1C6BA 1L35A 1CUPA 1L21A 3PDSA 1P3NA 1L15A 1G06A 1L87A 187LA 156LA 3HWLA 241LA 1L74A 1XEPA 1P37A 131LA 1LYHA 225LA 2RBQA 1L47A 3DN2A 107LA 1DYAA 1SWYA 2B6TA 1L41A 1P2LA 4ARMB 3SB5A 159LA 1LYIA 4W51A 4DKLA 2OU9A 163LA 1L94A 3FA0A 3HU9A 1L39A 1OVKA 1D2YA 140LA 3VW7A 4EKQA 1L05A 3C7YA 4W58A 1CV6A 1QSQA 3FI5A 1DYEA 1C6AA 4EXMA 1L56A 1QT6A 1L79A 4OO9A 1L22A 138LA 1L68A 1XJUA 1L31A 2RB0X 3HT7A 215LA 1KY1A 1C67A 3SB7A 1L19A 200LA 1LGUA 240LA 1SX7A 3DN8A 4DJHA 243LA 2OE7X 1DYGA 185LA 1L62A 178LA 1L01A 1L84A 227LA 1OVHA 3C82A 1CV4A 2LC9A 2F47A 1KY0A 1C6HA 3HTFA 2CUUA 169LA 3HT6A 3HTDA 2RAYX 192LA 4YX7C 175LA 238LA 1KS3A 137LA 1L11A 3UONA 2IGCA 3RZEA 1P2RA 3SB6A 1L06A 2RBRA 2OU0X 2B7XA 1L72A 2OTYX 3NY9A 3FADA 1L33A 1C6KA 1LI6A 259LA 1T6HA 4ARPA 1JTMA 3PBLA 2B6XA 1DYBA 2NTHA 1LPYA 247LA 3L2XA 3C8RA 1T8FA 3CDOA 157LA 141LA 1G0KA 246LA 4IAPA 1C6GA 1QUOA 3SB9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EMNA 258LA 1L14A 2G4PA 2F4GA 1JITA 3C7WA 2HEEA 4FJRA 1LZ5A 3WMKA 1G7MC 3DN3A 1LZ6A 2NWDX 4LZTA 1YROA 129LA 223LA 251LA 1L60A 1LZ1A 231LA 4HSFA 4DD3A 1I1ZA 3SBBC 2MEGA 1LKSA 2IFFY 1JEFA 1BWIA 4PJ2C 1LYFA 1L09A 1D9UA 1LHKA 4P2EA 1P6YA 1GF7A 1GBWA 3RUNA 1C6CA 4WLXA 1JTOL 1NBZC 1GAZA 1JUGA 4WLYA 1LZBA 1H87A 1QT5A 1GE3A 1LSYA 1LZ8A 1G0MA 1DYCA 4GCEA 3LN2A 2RBNA 4DD0A 3G3AB 2ZNXY 2HULA 3A8ZA 2HEBA 1C46A 5E4PA 1C08C 1WQPA 1HSWA 1LZAA 1W08A 3WUMA 1NHEA 2ZQ3A 1GD6A 1OWYA 3TXFA 1H6MA 1JKAA 3OE9A 1L95A 1LSEA 3CT1A 3G3XA 1V7TA 2OE4X 2YBNA 1GE1A 4H9CA 1IY4A 3QNGA 5ILFA 2D4IA 2Z18A 206LA 2B6YA 4J1AA 111LA 1P64A 4DDCA 5LA5A 1LYEA 1LMCA 2BAAA 5L3HA 2FYDA 3IJVA 5DM9A 2ZIKA 1C6IA 5HMJA 1BB3A 1LJ4A 2RBOA 5I5QA 3D9AC 3EO5A 1BWHA 1LYYA 1SWZA 3V2YA 217LA 1NMMA 3AZ7A 2B72A 122LA 1DI4A 4YF2A 1ZVHL 2C8PA 211LA 5LYTA 3OJPA 5B1FA 113LA 4ARMA 3HFMY 4FDYA 1JTPL 5L9JA 4WG7A 4LYMA 1L90A 1CV5A 1B5XA 2BQKA 1LSZA 1BB6A 4NGYA 1B7SA 3B0OA 5KXRA 1CX7A 1OYUA 242LA 1NF5A 1C65A 3AGIA 4YXAC 1L59A 3C7ZA 4LYOA 1GFRA 4LDLA 1FBIX 3DKEX 5LINA 5E9RA 4EKSA 3CT5A 1OUJA 220LA 3CSRA 1KXYA 1LWKA 3C8SA 4ET9A 1GB8A 1L13A 115LA 1KIRC 4I7QA 1F6SA 3QY4A 224LA 1L86A 4KL7A 1L89A 1HHLA 3AZ5A 3F8VA 4HTNA 1L88A 104LA 1J1OY 1CKCA 1KW7A 1L25A 1L27A 1C6PA 3EMSA 180LA 3QE8A 4WM1A 2LCBA 4XJDA 1LSGA 1UBZA 1P7SA 1D3FA 1SQ2L 4M4OA 1DI3A 4NFVA 4E97A 1KW5A 1LZ4A 4LYCA 5KKIA 1K28A 2RBSA 3FI7A 2BQIA 1LMQA 1BB5A 1GDXA 1HMKA 3SP3A 1ZV5L 2CDSA 1G0GA 3W6BA 1L91A 1OUEA 1J1XY 1L04A 5LVIA 1C61A 5LIOA 3WU9A 1LZDA 4RW1A 3TXIA 197LA 3TXKA 4DT3A 118LA 1YIKA 1QS5A 1REMA 4NGOA 3DN0A 4TTDA 4WLTA 1DPWA 2MEAA 2DQFC 4DD9A 3CSQA 1LWGA 1QUTA 1REZA 4I7MA 123LA 2HEFA 4I7NA 2RAZX 4GLAA 3P68A 5D5FA 2LZTA 250LA 1CKHA 1L76A 3LYMA 1PQKA 4GRVA 256LA 1UIBA 143LA 3AGHA 3ZEKA 1JJ0A 1C6MA 3DN4A 1JWRA 262LA 1MELL 4J1BA 3DMZA 2EQLA 5HNCA 1L51A 2HU1A 1L29A 1BHZA 3DN6A 3FE0A 1QUSA 4IATA 5DN5A 4CFOA 1DYFA 5KXKA 4WM4A 4LYBA 184LA 1L07A 4W57A 2F2NA 1QTKA 2H9JA 5A3ZA 1L35A 1CUPA 1HELA 4DD1A 5KXTA 241LA 5F16A 2ZIJA 1P37A 131LA 225LA 1UIDA 4H9FA 1B5UA 1L41A 1LYIA 4W51A 3RW8A 2BQJA 1L39A 1OVKA 4NY5A 1D2YA 4WO9A 140LA 3VW7A 3ATNA 1CV6A 1QSQA 1DYEA 4GN5C 1IP5A 1L68A 1LSNA 4OWBA 200LA 1YKZX 185LA 178LA 1IC5Y 2LC9A 1C6HA 2CUUA 3HT6A 2ZILA 4YX7C 2N5ZA 3LZ2A 4G9SA 1GFGA 3RZEA 1P2RA 3SB6A 1IWYA 2RBRA 3BKHA 1YKXX 5I4XA 1L72A 4NGLA 259LA 3PBLA 1LAAA 5KXLA 1LPYA 3L2XA 1YAPA 3A92A 4R0FA 1LKRA 1DXJA 4NSGA 1WVUA 1IX0A 1A2YC 1L10A 4XENA 1P46A 1L40A 4NGJA 120LA 2QARC 5LVGA 1L58A 1KIQC 1GFEA 4H92A 4W55A 2I25L 3GUPA 1JKDA 1JTNA 1C10A 1LMPA 1FN5A 2BQLA 2HU3A 3HH6A 1QT7A 2YBHA 4HTQA 1IOTA 1BVXA 1L49A 2B70A 1CU2A 3AW7A 1C68A 4ZPUA 1PQMA 1WTHA 1NDMC 1DKKA 198LA 2XBSA 162LA 2B75A 1KXXA 3BKVA 4OOOA 4HV1A 3TXHA 1LYJA 2Z38A 1NWGA 2DQDY 3WXUA 4EPFA 1L28A 4YENA 212LA 1L54A 1L63A 3WYHA 1L70A 4H8ZA 254LA 149LA 1L23A 1L02A 229LA 4CGEA 4H94A 1VFBC 1OUBA 1GF0A 4YXCA 1L50A 1G7IC 7LZMA 4WLDA 1L92A 4PRQA 1NKHA 248LA 1HFYA 4W54A 2D6BA 2Q9EA 1GBSA 228LA 3B0IA 4B4JA 181LA 1B7NA 5LAFA 166LA 3HDFA 4ARLA 1LMOA 3AB6A 2MEFA 1L71A 1QQYA 2Q9DA 2W1XA 196LA 1SSYA 2F4AA 1C6EA 1IR8A 1UCOA 5FSTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EMN A;  258L A;  1L14 A;  2G4P A;  2F4G A;  1JIT A;  3C7W A;  2HEE A;  4FJR A;  1LZ5 A;  3WMK A;  1G7M C;  3DN3 A;  1LZ6 A;  2NWD X;  4LZT A;  1YRO A;  129L A;  223L A;  251L A;  1L60 A;  1LZ1 A;  231L A;  4HSF A;  4DD3 A;  1I1Z A;  3SBB C;  2MEG A;  1LKS A;  2IFF Y;  1JEF A;  1BWI A;  4PJ2 C;  1LYF A;  1L09 A;  1D9U A;  1LHK A;  4P2E A;  1P6Y A;  1GF7 A;  1GBW A;  3RUN A;  1C6C A;  4WLX A;  1JTO L;  1NBZ C;  1GAZ A;  1JUG A;  4WLY A;  1LZB A;  1H87 A;  1QT5 A;  1GE3 A;  1LSY A;  1LZ8 A;  1G0M A;  1DYC A;  4GCE A;  3LN2 A;  2RBN A;  4DD0 A;  3G3A B;  2ZNX Y;  2HUL A;  3A8Z A;  2HEB A;  1C46 A;  5E4P A;  1C08 C;  1WQP A;  1HSW A;  1LZA A;  1W08 A;  3WUM A;  1NHE A;  2ZQ3 A;  1GD6 A;  1OWY A;  3TXF A;  1H6M A;  1JKA A;  3OE9 A;  1L95 A;  1LSE A;  3CT1 A;  3G3X A;  1V7T A;  2OE4 X;  2YBN A;  1GE1 A;  4H9C A;  1IY4 A;  3QNG A;  5ILF A;  2D4I A;  2Z18 A;  206L A;  2B6Y A;  4J1A A;  111L A;  1P64 A;  4DDC A;  5LA5 A;  1LYE A;  1LMC A;  2BAA A;  5L3H A;  2FYD A;  3IJV A;  5DM9 A;  2ZIK A;  1C6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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