4W53A

T4 lysozyme l99a with toluene bound
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w53A00
1L91A 3HUKA 253LA 1L57A 1DYDA 1JQUA 145LA 144LA 1L94A 1L10A 172LA 2B75A 1KNIA 1L15A 3GUIA 3HT7A 3FA0A 1L44A 1L89A 201LA 3G3WA 178LA 1PQJA 1C6QA 113LA 1SSYA 195LA 1C66A 129LA 200LA 1PQKA 1LI3A 2RB0X 2RAZX 1L39A 1L19A 181LA 3D4SA 146LA 3OE8A 155LA 252LA 1QT8A 140LA 2OU8A 3L2XA 1CV0A 2B74A 1L43A 1P6YA 198LA 164LA 149LA 3L64A 3QAKA 1L45A 1LYGA 2Q9EA 2B6WA 3GULA 261LA 259LA 151LA 1LI6A 1OV5A 191LA 1OVHA 4ARQA 2HULA 1LPYA 1L61A 258LA 171LA 137LA 210LA 1L65A 169LA 3SB7A 3SB5A 3HUAA 4W57A 1JTNA 3HTBA 148LE 176LA 206LA 1DYCA 1L01A 1L17A 1L63A 1LGXA 249LA 3CDOA 1CV5A 260LA 1G0GA 1CU2A 1QT5A 4W54A 1L72A 1QTVA 226LA 1PQOA 223LA 2OE4X 3V2YA 1QTDA 1CU0A 197LA 4I7LA 1L27A 4DKLA 4I7MA 1L52A 213LA 1C6KA 119LA 166LA 1D9WA 165LA 239LA 233LA 2OE7X 110LA 4I7JA 254LA 1L59A 4W53A 1L99A 3GUJA 1C6TA 1L66A 3DMZA 189LA 228LA 1L03A 1P2RA 1ZWNA 2OEAX 2RH1A 3HH6A 1LGWA 2LCBA 232LA 1P46A 3HU9A 3NY9A 104LA 1L58A 1P7SA 262LA 1JTMA 1L83A 4I7PA 230LA 1C6NA 1WTHA 256LA 1QS5A 3DMXA 2NTHA 1OVJA 1LLHA 4GRVA 3DN6A 238LA 1CV1A 1EPYA 1L20A 4LDLA 1P5CA 1C6EA 2OU9A 3CDRA 1QTZA 1L02A 4I7NA 1LYHA 168LA 3C81A 3GUNA 1K28A 2NTGA 3GUMA 3RZEA 1L34A 1L62A 1DYAA 4W51A 2RBPA 3C83A 1KY1A 118LA 1L54A 1L67A 4W55A 4S0WA 1C6MA 1L21A 1L90A 3FADA 1L26A 1P64A 221LA 174LA 1PQIA 245LA 1QTBA 2ANXA 3DN8A 1LYJA 1OV7A 1DYBA 1L86A 1P3NA 108LA 1G0PA 1L70A 241LA 3GUOA 1L38A 4AQNA 1PQDA 1L75A 128LA 248LA 1L87A 1L96A 3HDEA 4W52A 2RB2X 1C6BA 3DN2A 3GUKA 1P56A 1L41A 4DAJA 123LA 3RUNA 159LA 1C67A 1L0KA 157LA 1LYFA 2B72A 1D3MA 1L24A 1XEPA 3SB9A 1CU5A 227LA 182LA 130LA 1LGUA 6LZMA 1LYDA 3JR6A 1L05A 1ZURA 1L64A 3EMLA 1G1VA 1L46A 3C7YA 112LA 2RBNA 3C8QA 4EKQA 2RB1X 102LA 1L00A 1P36A 215LA 2L78A 3DNAA 1L31A 147LA 2O4WA 240LA 142LA 1C69A 4ARPA 1CX6A 1D3FA 173LA 1SX2A 196LA 4LDEA 1DYFA 1CU3A 1C64A 1L08A 1SWZA 1L09A 1L79A 1G0LA 1C61A 4W56A 1KY0A 3HH3A 1LW9A 3F8VA 205LA 3NY8A 1D3JA 150LA 1KW5A 3HTFA 1L95A 5I14A 3HH4A 3LZMA 163LA 127LA 1C62A 4EKSA 4OO9A 2RAYX 114LA 1L74A 237LA 2ANVA 1SWYA 3HU8A 4EPIA 3OE0A 1B6IA 1L29A 1QT4A 1G07A 138LA 3CDTA 3DN0A 1L32A 1L82A 7LZMA 1L97A 3OE6A 3SBAA 4EXMA 3C7ZA 2B7XA 1P2LA 246LA 184LA 2RBSA 3HT9A 1CX7A 1C6IA 1L13A 1L04A 1L33A 220LA 3G3XA 1C6DA 234LA 4DJHA 1P37A 3SB6A 1C6LA 222LA 257LA 2RBQA 3GUPA 1XJTA 1OYUA 235LA 1L0JA 4EKPA 3G3VA 1SSWA 1NHBA 1L16A 186LA 161LA 4ZPUA 3V2WA 2OTYX 1L49A 1CTWA 1ZYTA 1G0QA 170LA 4I7OA 1LYIA 217LA 244LA 2B6XA 4I7QA 1QUDA 1L71A 1L77A 162LA 1C6HA 3DMVA 3CDQA 1L84A 2Q9DA 4YXCA 1KS3A 1L37A 1L51A 1T97A 3UONA 1C6GA 2RBOA 4ARLA 3HWLA 3C8RA 3PDSA 1LYEA 1QT6A 1G0KA 4K5YA 1L98A 175LA 1L18A 1G0MA 2Z6BA 4I7RA 115LA 1C6FA 183LA 1L06A 2B70A 109LA 1L12A 1C6AA 1LI2A 199LA 2LZMA 1QT3A 1QTCA 219LA 224LA 216LA 180LA 1L40A 1L30A 2RBRA 1I6SA 125LA 160LA 1T6HA 3HTGA 3SB8A 1QSQA 3HT6A 4YXAC 4EJ4A 3HDFA 1L53A 1L28A 218LA 1L68A 2O7AA 1CV6A 120LA 4PK0A 126LA 1T8GA 1QTHA 143LA 2B6TA 3PBLA 4IAPA 3HH5A 4W59A 1D3NA 1QT7A 1QSBA 1CUQA 1QUHA 3C8SA 1SX7A 1L22A 3DN3A 2B6ZA 2F2QA 1C6CA 111LA 4YX7C 177LA 243LA 158LA 4ARJA 4I7TA 3C7WA 2HUMA 103LA 1DYGA 167LA 209LA 2O79A 250LA 1OWYA 3C82A 3SN6R 1L56A 3HT8A 1L85A 1L93A 2B73A 2HUKA 1C6PA 1L47A 4LDOA 1LWKA 1D2YA 1CV3A 211LA 1L48A 1L69A 1L11A 1QUOA 3C80A 4ARMA 152LA 1QUGA 4I7KA 131LA 4GBRB 2CUUA 141LA 4W58A 4LZMA 1L92A 1QS9A 242LA 2QB0B 3NYAA 225LA 2F47A 1CU6A 1T8FA 3HTDA 3DN1A 1L07A 1XJUA 1CVKA 3FI5A 1C63A 2F32A 1L60A 3K2RA 212LA 1L76A 2B6YA 1L50A 1L80A 255LA 5LZMA 214LA 3F9LA 1L73A 1L42A 122LA 236LA 2OTZX 1LWGA 3DN4A 1TLAA 1D2WA 4E97A 4EKRA 251LA 1L25A 4PJZA 1G06A 1OWZA 1G0JA 1C68A 2IGCA 1C6JA 192LA 1L88A 1L81A 3ODUA 4ARQB 1C65A 1CV4A 139LA 3HUQA 231LA 187LA 3SBBC 247LA 107LA 1KW7A 4I7SA 3OE9A 3CDVA 188LA 1G1WA 4EPFA 185LA 1C60A 2OU0X 1L35A 1L14A 2A4TA 1CUPA 1DYEA 2QARC 4ARMB 229LA 2OE9X 190LA 2LC9A 1L23A 1L55A 1T8AA 156LA 3DKEX 1L36A 1OVKA 1PQMA 3VW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DL9A 4AGAA 1DYDA 172LA 1YANA 1D9UA 1LYYA 1L89A 201LA 1LSPA 113LA 195LA 4H9BA 1XEKA 1RE2A 2I26L 1LI3A 1SQ2L 3A8ZA 5LIOA 3OE8A 1QT8A 1G7LC 1CV0A 2B74A 3RU5A 4WM1A 3WPLA 198LA 164LA 1L45A 1INUA 3J4GA 2B6WA 261LA 3TXJA 151LA 1I1ZA 1B5XA 1LJEA 2ZILA 5B06A 1GFTA 1JHLA 3A6BY 258LA 2BQMA 1E8LA 5F9XA 4C3WA 3WVXA 3B0OA 3SB5A 3HUAA 4XJIA 1KIPC 1LGXA 1L17A 249LA 4HTNA 1B7PA 3HFMY 4LYOA 3A95A 1L72A 5A3ZA 1BWHA 2YBIA 5KXNA 4PPOA 3V2YA 1CKGA 4I7LA 1L27A 4I7MA 2FBDA 1C6KA 2HECA 119LA 3M18B 165LA 2OE7X 4I7JA 1XGQC 4PRQA 4W53A 1IP5A 1L99A 1RCMA 7LYZA 1HEPA 1ZVYB 3DMZA 5LAGA 228LA 3VWOA 2OEAX 1QSWA 1P46A 3HU9A 4WLTA 262LA 1JTMA 230LA 3P66A 1GBYA 1LLHA 5B59A 1D0LA 1EPYA 1WQOA 1P5CA 2Z18A 4I7NA 1QTEA 168LA 1GB8A 4RW2A 2AUBA 1DYAA 1F0WA 4W51A 1WQQA 118LA 4BADA 1L90A 4NY5A 3FADA 4DD9A 174LA 3DN8A 108LA 1HMLA 1T3PA 3GUOA 1OUGA 1KIQC 1HNLA 1LZAA 4XJHA 248LA 4WLDA 1JKAA 1LSCA 4PHIA 2XBSA 1C67A 1L0KA 1LSNA 4HV2A 1D3MA 1XEPA 2YBJA 1UIAA 5JENB 182LA 2XBRA 2CGIA 1C46A 1BGIA 1ZURA 1HEOA 4ML7A 1L46A 3IJUA 4GLVA 5DN5A 4C5FA 4XADA 4EKQA 2RB1X 1CKFA 102LA 1W08A 1DZBX 2L78A 2W1MA 208LA 4KPMA 4H8XA 4ARPA 1C69A 173LA 1HFYA 1QQYA 1WQPA 3WXTA 2H9JA 4LDEA 2DQJY 4N0JA 4LYTA 2LZTA 1LW9A 1PZYA 2F2NA 3NY8A 3AZ7A 3T6UA 1HERA 150LA 4GCCA 1WVVA 3QNGA 4IASA 127LA 2LYOA 1LHLA 2ANVA 1SWYA 3AGIA 3OE0A 1CKHA 4Z41A 4ET8A 3D3DA 1L32A 1IO5A 3OE6A 5LAFA 2D4JA 3WW5A 1QDRA 4XJFA 3AZ6A 1NBYC 2EIZC 4HSFA 1YILA 1EQ4A 2BQOA 2ZQ3A 2MEHA 4DJHA 1C6DA 1P37A 5ILFA 1DI4A 4L41A 1C6LA 1LZ1A 2RBQA 4WL6A 4NG8A 1XJTA 1LMTA 2ZNXY 4DD2A 1OYUA 3LYOA 1OUHA 1C43A 1SSWA 4ZPUA 1CTWA 2YBLA 217LA 3RZ4A 4I7QA 4LYZA 3DMVA 3EXDA 1C6GA 4NWEA 1BVXA 4P2EA 3C8RA 1QT6A 1VDPA 4NGIA 4K5YA 5I5QA 3WH1A 1L18A 1GXV2 2BQKA 2Z6BA 3CB7A 5I54A 1DI5A 1NDGC 2H5ZA 1L06A 109LA 3A6CY 4HP0A 5B1GA 4XENA 1NKHA 1GFHA 5HLLA 1IWTA 3CQLA 3HTGA 4DT3A 4YXAC 4ZFPA 4DQ5A 4II8A 1L53A 1JTPL 2DQGY 126LA 1QTHA 5KXPA 4N5RA 4IAPA 1QT7A 2DQDY 1QSBA 1SX7A 1L22A 4WG1A 1UIHA 4LFPA 4YX7C 243LA 1F6RA 177LA 4I7TA 1LMPA 1ZVHL 4BAPA 4MSTA 1D0MA 209LA 1DPWA 4NWHA 1OP9B 1L85A 1L93A 3AW7A 3TXGA 4WL7A 4DC4A 4LDOA 1LZEA 2DQCY 1L48A 1LZYA 4I7KA 131LA 1IY3A 3IWRA 1REZA 2QB0B 242LA 3NYAA 5DN4A 3FI7A 4H92A 1XJUA 3FI5A 3K2RA 3HBHA 1L76A 5LZMA 1JKDA 1L42A 2BAAA 1RI8B 1UCOA 4EKRA 4ANRA 1OWZA 1G0JA 1LHMA 1TEWA 1GFJA 1C7PA 1L88A 3ODUA 1AT6A 3HUQA 1KW7A 3OE9A 4TSCA 4EPFA 1CJ7A 2OU0X 4NGZA 1L35A 1L14A 5J7CA 2A4TA 2OE9X 4NHPA 156LA 1OVKA 3AW6A 3VW7A 1L91A 3HUKA 253LA 4HPIA 3BKHA 1JQUA 1LSEA 1LZBA 2ZNWY 1L94A 4NHSA 3FA0A 1L44A 4E3UA 4YM8A 3G3WA 1PQJA 5AMYA 1C6QA 5KXKA 4LYBA 1GF7A 9LYZA 1WTMA 1C66A 129LA 200LA 2MECA 1WQNA 4WM5A 1L39A 2ZQ4A 1GF3A 4CJ2A 4J1BA 3ZVQB 2Z39A 2GV0A 5FHWA 146LA 1LYZA 4U3XB 3L2XA 3HBDA 2BLYA 1LOZA 1LJNA 4M6DA 3L64A 1LYGA 2Q9EA 3A34A 1DKKA 3E3DA 1GFUA 3G3BB 1LSBA 4H90A 191LA 4YOPA 3WU7A 4DYGA 2HULA 5L3HA 2EKSC 1LPYA 1L61A 4HPEA 1B7MA 4PRUA 4H94A 1L65A 3N9EA 1XEJA 1XFPL 1LZ6A 1JTNA 3KAMA 1XGUC 2LZ2A 3N9CA 1CV5A 260LA 2HEEA 4W54A 4H91A 3IJVA 5EBHA 3G3AB 1VEDA 4WO6A 5KXTA 223LA 1QTDA 1CU0A 4DKLA 2FBBA 4NGVA 1LYOA 110LA 4ET9A 254LA 1GB2A 4NHIA 3GUJA 1GWDA 154LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5DL9 A;  4AGA A;  1DYD A;  172L A;  1YAN A;  1D9U A;  1LYY A;  1L89 A;  201L A;  1LSP A;  113L A;  195L A;  4H9B A;  1XEK A;  1RE2 A;  2I26 L;  1LI3 A;  1SQ2 L;  3A8Z A;  5LIO A;  3OE8 A;  1QT8 A;  1G7L C;  1CV0 A;  2B74 A;  3RU5 A;  4WM1 A;  3WPL A;  198L A;  164L A;  1L45 A;  1INU A;  3J4G A;  2B6W A;  261L A;  3TXJ A;  151L A;  1I1Z A;  1B5X A;  1LJE A;  2ZIL A;  5B06 A;  1GFT A;  1JHL A;  3A6B Y;  258L A;  2BQM A;  1E8L A;  5F9X A;  4C3W A;  3WVX A;  3B0O A;  3SB5 A;  3HUA A;  4XJI A;  1KIP C;  1LGX A;  1L17 A;  249L A;  4HTN A;  1B7P A;  3HFM Y;  4LYO A;  3A95 A;  1L72 A;  5A3Z A;  1BWH A;  2YBI A;  5KXN A;  4PPO A;  3V2Y A;  1CKG A;  4I7L A;  1L27 A;  4I7M A;  2FBD A;  1C6K A;  2HEC A;  119L A;  3M18 B;  165L A;  2OE7 X;  4I7J A;  1XGQ C;  4PRQ A;  4W53 A;  1IP5 A;  1L99 A;  1RCM A;  7LYZ A;  1HEP A;  1ZVY B;  3DMZ A;  5LAG A;  228L A;  3VWO A;  2OEA X;  1QSW A;  1P46 A;  3HU9 A;  4WLT A;  262L A;  1JTM A;  230L A;  3P66 A;  1GBY A;  1LLH A;  5B59 A;  1D0L A;  1EPY A;  1WQO A;  1P5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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