4W53A

T4 lysozyme l99a with toluene bound
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w53A00
1L10A 214LA 103LA 3CDRA 2QB0B 1L49A 1DYEA 1G07A 255LA 2RBSA 1L71A 1OYUA 4AQNA 1CUQA 1QTHA 1LWKA 1LYDA 4ZPUA 3GUPA 1P64A 1P37A 3GUJA 1JQUA 3GUIA 1L50A 1LLHA 177LA 1QTCA 2NTGA 254LA 4W53A 211LA 3C7YA 1P56A 4W51A 1KS3A 3HH6A 1L23A 160LA 4ARMA 3FADA 1L45A 1C6EA 224LA 4DKLA 1L03A 1L24A 1CUPA 1C6NA 144LA 1L02A 1NHBA 1ZYTA 126LA 1SX2A 1L93A 1G06A 246LA 2B6XA 1L16A 3OE6A 1D2YA 1C61A 3F9LA 1L54A 5I14A 4YX7C 3HT8A 3QAKA 1L77A 1CU3A 4GRVA 3V2WA 217LA 145LA 1LPYA 3LZMA 1D2WA 1L87A 1L30A 4EKRA 222LA 176LA 212LA 248LA 1L94A 1P46A 1L11A 1QT5A 1LYJA 4W54A 1G1WA 1L91A 146LA 1K28A 1L61A 1L57A 1L09A 1QTDA 1OVHA 239LA 1SX7A 1L56A 1C6BA 1L62A 109LA 253LA 1L63A 1LYEA 2OEAX 213LA 1DYFA 1CU0A 3OE8A 4ARMB 1L17A 141LA 3HT7A 1C62A 257LA 1KW7A 251LA 3HWLA 3DN2A 250LA 4W58A 1L21A 1L83A 1EPYA 1P3NA 2RAYX 170LA 1L32A 225LA 256LA 243LA 220LA 123LA 2HUKA 4EJ4A 131LA 1L40A 4W55A 3NY9A 1L86A 180LA 1L42A 1KY1A 1L35A 164LA 2CUUA 1C63A 235LA 1LI3A 125LA 1C6GA 1L60A 2RB1X 1D3NA 2B73A 181LA 1L89A 1SSYA 245LA 3HT9A 2OE7X 262LA 3CDTA 4EXMA 3G3XA 2B7XA 2LZMA 6LZMA 3DMVA 1L80A 110LA 2L78A 3HUQA 199LA 3SB7A 140LA 1L28A 1LYGA 104LA 1G1VA 1C6IA 3K2RA 1C64A 102LA 1L52A 3HH4A 1L59A 1T97A 1XEPA 1L20A 120LA 1QSBA 4DAJA 4GBRB 2B70A 1C6MA 4I7OA 3GULA 4EKSA 2OU9A 1L05A 1LYHA 1LGWA 1ZURA 1TLAA 1CTWA 1L39A 1C67A 206LA 3FA0A 3HDEA 1D3JA 3FI5A 1SSWA 1L84A 1CV0A 1QTZA 258LA 3DMXA 1OWYA 229LA 128LA 1D9WA 1D3FA 4I7QA 198LA 1I6SA 169LA 2B6TA 2Q9EA 1C69A 2O7AA 1PQDA 1P5CA 4W57A 4LZMA 1C66A 3C8SA 113LA 1L74A 2RBRA 1L85A 168LA 1LYFA 2F47A 1L01A 2B72A 2Z6BA 147LA 1L0KA 2LC9A 3HU8A 1P6YA 3HH3A 137LA 1L47A 2OTYX 3C7ZA 1D3MA 3SBBC 4ARPA 195LA 216LA 3HT6A 139LA 3HTFA 189LA 4W56A 1L43A 3HTGA 1L15A 1L75A 3HTDA 1L31A 1L88A 1L67A 2B6ZA 148LE 143LA 1DYGA 1L95A 1QT3A 122LA 4I7MA 4LDOA 1LYIA 4EKPA 4ARJA 2QARC 1L18A 183LA 2OE9X 1G0MA 3GUNA 1LW9A 205LA 1L97A 3F8VA 1B6IA 3G3VA 3V2YA 3RZEA 1C68A 2O79A 1L27A 119LA 3CDOA 1SWYA 4I7RA 1L66A 1L98A 190LA 2ANXA 1JTNA 2A4TA 1G0JA 184LA 2OTZX 3SN6R 2RAZX 1G0PA 3CDVA 3HU9A 3EMLA 1QS5A 2B6WA 1CU2A 3DN6A 1KW5A 260LA 186LA 4I7JA 1L25A 2RBNA 1QSQA 1G0QA 4YXCA 236LA 1CU6A 1L53A 4I7SA 3SB6A 2IGCA 247LA 3JR6A 1L70A 111LA 1C6KA 2F2QA 2B74A 1L0JA 1C6FA 3C8QA 150LA 1QUHA 231LA 1T8GA 2Q9DA 2OU8A 196LA 1PQKA 7LZMA 1L41A 1L08A 4YXAC 165LA 130LA 2OE4X 4I7KA 1C6DA 201LA 1L73A 115LA 2RBPA 1G0GA 4I7NA 1PQJA 3RUNA 1P2RA 232LA 4ARQB 1L79A 149LA 2LCBA 1C65A 3DN3A 1L33A 3HUKA 1L99A 138LA 182LA 1CVKA 3C80A 3HUAA 3SB5A 1L55A 261LA 174LA 3PDSA 1CX6A 228LA 4IAPA 3CDQA 1L37A 187LA 172LA 1L81A 3VW7A 259LA 2ANVA 161LA 151LA 1ZWNA 2NTHA 1L65A 1JTMA 223LA 3DN4A 4I7PA 1L44A 3C83A 1P7SA 210LA 1KY0A 4EKQA 1C60A 1PQOA 1DYAA 1L12A 4PJZA 1OWZA 241LA 3NY8A 156LA 1L90A 3G3WA 1P2LA 1C6TA 163LA 244LA 3C81A 2RB0X 1C6JA 142LA 1XJTA 166LA 2RB2X 1WTHA 2RH1A 3L64A 3OE0A 1L46A 1PQMA 4I7LA 197LA 1DYBA 2RBOA 1L92A 3GUMA 1C6PA 3C7WA 1CV3A 1LWGA 240LA 112LA 1KNIA 3HDFA 3DMZA 1QT8A 221LA 4E97A 1QT7A 3DKEX 188LA 215LA 1QS9A 1SWZA 157LA 3DNAA 4I7TA 1G0LA 3SB8A 1C6HA 178LA 2B75A 114LA 4ARQA 3C8RA 1T8AA 200LA 230LA 1L13A 1P36A 3GUOA 3PBLA 1LI6A 1QT4A 3L2XA 4EPFA 3ODUA 1C6AA 1CV6A 4ARLA 1L00A 1PQIA 1L29A 2HUMA 3HH5A 1L14A 1L58A 1OV7A 1L07A 1L48A 1L06A 1C6LA 2O4WA 1T8FA 1LGXA 1QT6A 1DYDA 3SB9A 129LA 1CV5A 171LA 162LA 3OE9A 1L38A 1QUGA 167LA 2OU0X 4LDEA 4EPIA 1C6CA 1G0KA 152LA 127LA 3NYAA 3HTBA 1QUDA 233LA 252LA 155LA 2F32A 108LA 118LA 1C6QA 4OO9A 1L51A 173LA 1DYCA 159LA 158LA 1L22A 4PK0A 1CV1A 4LDLA 4S0WA 175LA 242LA 3DN8A 2HULA 249LA 5LZMA 1L76A 1L26A 1L04A 2B6YA 2RBQA 227LA 3SBAA 1L69A 1L68A 3GUKA 1LGUA 1L82A 218LA 3UONA 238LA 3C82A 234LA 4W52A 219LA 1T6HA 1OV5A 1QUOA 3D4SA 1L96A 107LA 1CV4A 1OVKA 4W59A 1L72A 3DN0A 1LI2A 1L36A 192LA 1XJUA 1L34A 1L19A 4K5YA 191LA 1OVJA 1QTBA 209LA 1CU5A 1QTVA 1CX7A 237LA 3DN1A 4DJHA 1L64A 185LA 226LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GCDA 4TUNA 4NGYA 3BKHA 4NHTA 3CT5A 1DYEA 5D5CA 1G07A 1HEMA 1LKRA 3ATNA 1LWKA 3CB7A 5KXWA 4B0DA 1LMCA 3WUNA 1JQUA 2HEFA 4HP0A 3E3DA 1B7NA 1BWHA 254LA 4W53A 1P56A 1DI3A 1FBIX 1KS3A 3HH6A 1GFEA 4ARMA 1C46A 1CUPA 1HFXA 1C6NA 5KKIA 4LGKA 1L93A 3OE6A 1UA6Y 1L54A 3QAKA 1GDWA 1D2WA 1L87A 4DQ5A 2F2NA 1CKCA 1L30A 4N9RA 2H5ZA 1DZBX 176LA 212LA 248LA 3WU7A 1I1ZA 1P46A 1L11A 1LYJA 1L91A 4NIJA 5B06A 1YILA 4RLNA 1QTDA 239LA 1SX7A 4H8XA 2B5ZA 4LFXA 3HBEX 1C6BA 3G3AB 3GXRA 4C3WA 1GWDA 4WG1A 1L63A 4H9FA 1DYFA 3OE8A 4UWNA 4N5RA 4GN4A 1BVKC 4B4EA 1GBWA 1OUCA 4KL7A 251LA 250LA 4W58A 3W6FA 1BHZA 3AGIA 5IHGA 1UACY 220LA 1I20A 1C7PA 4EJ4A 1L40A 1LJEA 4W55A 2BQDA 180LA 1XEIA 1KY1A 4WG7A 164LA 5DL9A 5A3ZA 2BQEA 1IWUA 3B6LA 3EMSA 3A94A 2BQFA 1L60A 1QDTA 1D3NA 1UIDA 1L89A 3HT9A 2HU1A 4CGEA 1GE0A 3CDTA 4BADA 2LZMA 1AKIA 1LZCA 1IWZA 1LPIA 2L78A 4LT1A 5LAFA 1C6IA 3K2RA 1C64A 2W1XA 3HH4A 3W6EA 3CSQA 4GN5C 2HEDA 1C6MA 2W1MA 5LIOA 2DQCY 2OU9A 3AW6A 2YBMA 1TLAA 1CTWA 4HJYA 3FA0A 1HNLA 4WOAA 1J1OY 4XYYA 5FSTA 229LA 5LYTA 1GBOA 1GBZA 169LA 2Q9EA 4H93A 2BAAA 4LZMA 1IIZA 1LZ4A 2RBRA 1B7OA 1FKQA 147LA 5A3EA 1HF4A 3HU8A 3HH3A 1IC7Y 1OUFA 1LMAA 1L47A 3SBBC 3C7ZA 4ARPA 4RDSA 1XEKA 216LA 3TXIA 4CHXA 1B2KA 4NSJA 1ZVHL 1GXV2 2YBIA 1O23A 3HTDA 1L88A 1B9OA 2C8PA 2GV0A 4ETBA 122LA 4LDOA 3TXJA 1XFPL 2BQIA 5J7CA 2OE9X 1G0MA 1LSEA 3G3VA 3V2YA 5LINA 3LYOA 1C68A 2O79A 119LA 3TMXA 3B0OA 4ET9A 2A4TA 2BQNA 4WL7A 2RAZX 1RJCB 1KW5A 2DQAA 4GN3A 2YSSC 1DQJC 1LSPA 3G3BB 2B74A 1QUHA 1QIOA 1GBSA 5HMVA 7LZMA 5C6IA 3CQLA 4PPOA 1OP9B 2RBPA 1PQJA 3LZTA 2H9KA 1P2RA 4XJIA 4DWXA 4NHIA 2BQOA 4ARQB 4AXTA 149LA 2ZILA 1B7SA 1XEJA 138LA 4G4CA 1CVKA 3HUAA 4DQJA 1VDSA 5HQ1A 2Z19A 1CX6A 1LZ9A 3CDQA 4YENA 5FDJA 3RZ4A 4YEOA 1E8LA 259LA 161LA 1D6QA 1LHHA 5F9XA 4RW2A 1D0LA 4ET8A 2NTHA 223LA 1DI5A 1LYOA 2D4KA 1JKBA 4I7PA 3C83A 4HJZA 4WO9A 5KXRA 210LA 1LHIA 2AUBA 1L12A 4PJZA 2MEFA 3NY8A 3AW7A 163LA 1MLCE 4NWEA 142LA 1XJTA 3L64A 4PRQA 1FLUA 5KXZA 1UIFA 5I5QA 1LZYA 7LYZA 1OUDA 3C7WA 2HU3A 1LWGA 3A6BY 3D3DA 3DMZA 6LYTA 1QT8A 1DKKA 5KXMA 1AM7A 4YF2A 1GD6A 4GCBA 4B4IA 4I7TA 1SWZA 157LA 3SB8A 4I8SA 2LYZA 1C6HA 4ARQA 3C8RA 230LA 1J1PY 3WXUA 1L13A 5KXYA 1P36A 3PBLA 3L2XA 3ODUA 4NGLA 4QEQA 3HH5A 3TXHA 4R0FA 1PS5A 3N9EA 1T8FA 1JKAA 1CV5A 2IFFY 5F81A 4MR1A 4LDEA 1C6CA 152LA 4XJBA 3QE8A 1JKCA 3WU8A 4LZTA 1JUGA 1L51A 3W6BA 4BAFA 2BQJA 4XN6A 1CV1A 1IOSA 2XQOA 1AT6A 1L26A 5LVGA 4GLVA 4J1AA 1L68A 1VDQA 1L82A 218LA 2EQLA 3UONA 2FYDA 2HUBA 4QDNA 3AB6A 1LZNA 4RW1A 1GB5A 5KXXA 1LMNA 4W59A 1CV4A 1LYSA 1L72A 3DN0A 3F6ZA 1L36A 192LA 1L34A 1L19A 1TAYA 1IP7A 3EO5A 191LA 209LA 4ML7A 1HMKA 3LYZA 3DN1A 3WPJA 226LA 3W6AA 4NSGA 1L49A 1GDXA 255LA 1L71A 3N9CA 2EKSC 1QTHA 1LYDA 3GUPA 1YKZX 1LHJA 4DQ7A 5IELA 1WQOA 1LZGA 1IWYA 3GUIA 2NTGA 1T6VL 5KY1A 1EQ4A 3C7YA 5KXKA 1TDYA 1GE4A 4L41A 1JKDA 2ZQ4A 1C6EA 224LA 2CWIA 1L03A 4DKLA 3WUMA 5C6LA 144LA 1L02A 126LA 1SX2A 1VATA 3LHMA 2B6XA 3IJVA 4ZFPA 2HECA 3F9LA 4YX7C 4LYBA 1L77A 1CU3A 5AMYA 217LA 3TXEA 1LPYA 3LZMA 1WQPA 1DPXA 1BWJA 1GXXA 1FLYA 222LA 1LZBA 1UICA 4W54A 2F4AA 1DXJA 1HHLA 1OVHA 1JPOA 1GFGA 1IP4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GCD A;  4TUN A;  4NGY A;  3BKH A;  4NHT A;  3CT5 A;  1DYE A;  5D5C A;  1G07 A;  1HEM A;  1LKR A;  3ATN A;  1LWK A;  3CB7 A;  5KXW A;  4B0D A;  1LMC A;  3WUN A;  1JQU A;  2HEF A;  4HP0 A;  3E3D A;  1B7N A;  1BWH A;  254L A;  4W53 A;  1P56 A;  1DI3 A;  1FBI X;  1KS3 A;  3HH6 A;  1GFE A;  4ARM A;  1C46 A;  1CUP A;  1HFX A;  1C6N A;  5KKI A;  4LGK A;  1L93 A;  3OE6 A;  1UA6 Y;  1L54 A;  3QAK A;  1GDW A;  1D2W A;  1L87 A;  4DQ5 A;  2F2N A;  1CKC A;  1L30 A;  4N9R A;  2H5Z A;  1DZB X;  176L A;  212L A;  248L A;  3WU7 A;  1I1Z A;  1P46 A;  1L11 A;  1LYJ A;  1L91 A;  4NIJ A;  5B06 A;  1YIL A;  4RLN A;  1QTD A;  239L A;  1SX7 A;  4H8X A;  2B5Z A;  4LFX A;  3HBE X;  1C6B A;  3G3A B;  3GXR A;  4C3W A;  1GWD A;  4WG1 A;  1L63 A;  4H9F A;  1DYF A;  3OE8 A;  4UWN A;  4N5R A;  4GN4 A;  1BVK C;  4B4E A;  1GBW A;  1OUC A;  4KL7 A;  251L A;  250L A;  4W58 A;  3W6F A;  1BHZ A;  3AGI A;  5IHG A;  1UAC Y;  220L A;  1I20 A;  1C7P A;  4EJ4 A;  1L40 A;  1LJE A;  4W55 A;  2BQD A;  180L A;  1XEI A;  1KY1 A;  4WG7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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