4W54A

T4 lysozyme l99a with ethylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w54A00
4LDOA 174LA 1L81A 1QT3A 7LZMA 214LA 1L92A 2OTYX 3C7WA 4ARQB 3GUPA 2LC9A 1ZWNA 1XEPA 2OU0X 190LA 159LA 1L07A 4YX7C 1L27A 1OYUA 3V2YA 2LZMA 1L25A 1L84A 138LA 102LA 4EKRA 103LA 1CU3A 3DN6A 183LA 3K2RA 112LA 2ANVA 1EPYA 2F32A 2OU8A 4ARMA 3C7YA 3PBLA 113LA 4I7MA 1L36A 2F2QA 1KY1A 1L37A 175LA 251LA 3DN1A 1C68A 231LA 1D3NA 3RUNA 1L89A 6LZMA 1LYJA 1T6HA 4I7JA 4E97A 259LA 1DYAA 1C69A 1LWKA 3V2WA 3SB8A 184LA 1CUPA 1LYIA 4S0WA 3GUKA 1L05A 1L0JA 225LA 1DYEA 254LA 3HDEA 236LA 1L39A 1CU2A 4LZMA 1L44A 1C6LA 1P7SA 3C7ZA 3HT6A 1L38A 1L24A 1T8FA 1CV4A 1L10A 4PK0A 1L93A 1PQIA 206LA 1L73A 123LA 3VW7A 1L35A 1L88A 3F8VA 4GBRB 161LA 2OE4X 2RBPA 1P6YA 1C6PA 1L12A 1DYFA 1C6NA 3C8SA 2RBSA 3HH4A 1P2LA 4YXCA 1L87A 250LA 2B6WA 1C67A 2RBOA 4EJ4A 129LA 245LA 192LA 1QT8A 3HUAA 3NYAA 1L49A 1L69A 1TLAA 1L57A 2OE9X 1D3FA 1G0PA 4I7PA 4ARJA 4W58A 1PQMA 1L54A 4W56A 2NTGA 3HTFA 1L60A 163LA 1L61A 170LA 4DKLA 213LA 4LDEA 3OE8A 172LA 260LA 1L67A 1KW5A 233LA 2ANXA 3HUQA 3LZMA 257LA 1L02A 1QS9A 3DMXA 1PQKA 187LA 3HTDA 4I7QA 1L85A 115LA 1P56A 200LA 4LDLA 2O79A 2B6XA 211LA 2F47A 1B6IA 3NY9A 1LGWA 1WTHA 1NHBA 1QSQA 1L00A 3HDFA 164LA 3CDVA 1C66A 1L86A 4DAJA 1OVHA 3CDOA 1L76A 4ARMB 242LA 166LA 2Q9DA 1L77A 1P46A 2L78A 1C6JA 218LA 145LA 3C8QA 3CDTA 1QUHA 1C6GA 1L21A 2RH1A 3G3XA 197LA 3DN8A 3HH6A 1C6AA 4I7KA 114LA 149LA 162LA 168LA 2QARC 1OWYA 3HT8A 3ODUA 127LA 1C6QA 1XJTA 4EXMA 1DYCA 2OU9A 3C81A 1CVKA 173LA 1C60A 131LA 146LA 234LA 4EKSA 1QTDA 118LA 2RB1X 1QT7A 1G0MA 1QUGA 3SB6A 4W55A 2RB0X 1QTHA 3GUMA 4PJZA 1CU0A 1P3NA 3CDQA 3GUIA 182LA 1G0JA 1L80A 3GULA 196LA 3C80A 1LI6A 1QUDA 4W57A 1CUQA 1CV5A 258LA 1KY0A 1KNIA 3JR6A 1C6KA 1C6IA 2OEAX 226LA 1C6MA 239LA 1L48A 3HU9A 1DYDA 4W51A 158LA 1L34A 235LA 2O4WA 3OE9A 1OV5A 228LA 3HU8A 2NTHA 1CV0A 1L06A 1C64A 1JTMA 1QUOA 137LA 2OE7X 2HULA 1L82A 1L01A 1L50A 1G0LA 3FADA 1G1VA 3EMLA 1P64A 4W52A 1L26A 1SX7A 232LA 1P36A 227LA 1SWYA 247LA 4K5YA 3SN6R 1OVKA 3DMVA 1G07A 1L29A 1L43A 1SSYA 4OO9A 2B6ZA 1L52A 3SB5A 1PQOA 4W54A 4I7OA 3GUOA 215LA 130LA 3DMZA 1CV3A 1D2WA 1L19A 1LYGA 212LA 3G3WA 1G0GA 1L09A 2Q9EA 185LA 4YXAC 1LWGA 128LA 3SB9A 3OE6A 1L97A 1OWZA 108LA 1P5CA 1KS3A 1DYGA 4EKPA 1L18A 1G0QA 1QS5A 1C6BA 3CDRA 1L20A 1L83A 248LA 1LLHA 1L65A 1L11A 1L17A 1DYBA 3F9LA 4ZPUA 2HUKA 1LW9A 104LA 195LA 4I7SA 1LYEA 2RAZX 1LYFA 1L03A 3SBAA 1L90A 209LA 119LA 176LA 1L64A 2B72A 1L79A 1L59A 1L08A 244LA 3DN2A 5LZMA 1XJUA 1ZYTA 1D2YA 155LA 181LA 1C6DA 1L15A 255LA 3HT9A 1QT4A 1T8GA 1P37A 1LI3A 109LA 261LA 229LA 252LA 147LA 4ARLA 1PQJA 2RBRA 189LA 160LA 2B6TA 243LA 177LA 1C6EA 256LA 3DKEX 1L70A 1PQDA 156LA 3HTGA 1C62A 3UONA 150LA 180LA 4I7TA 221LA 199LA 1L13A 217LA 3DN3A 1L95A 1D3JA 3HTBA 1L94A 139LA 1T97A 165LA 3DNAA 3HH3A 1C61A 1L98A 1L63A 224LA 3NY8A 1CV6A 4EKQA 1D3MA 1ZURA 2O7AA 1QTCA 3DN0A 1L04A 169LA 4EPIA 2LCBA 1L22A 1OV7A 186LA 1L31A 4ARQA 126LA 1L56A 1P2RA 3C8RA 1D9WA 4I7LA 2B74A 1LPYA 1L30A 1L68A 2Z6BA 191LA 216LA 1C65A 1CV1A 201LA 110LA 1LYHA 230LA 1LGUA 3L2XA 4I7RA 3FI5A 1QTZA 1L71A 3HH5A 1L46A 1C63A 152LA 210LA 1L72A 1QTVA 1L0KA 3QAKA 253LA 1CU5A 219LA 1LI2A 2RAYX 246LA 4DJHA 2RBQA 3D4SA 2RB2X 120LA 122LA 144LA 1K28A 1L55A 3L64A 1QT6A 1SSWA 1LGXA 1L62A 1QSBA 1L40A 1QT5A 125LA 1L45A 1L32A 3HT7A 220LA 1C6FA 1C6HA 1G06A 1SX2A 205LA 1CTWA 1JTNA 143LA 140LA 4I7NA 1L16A 1G1WA 4ARPA 5I14A 1L58A 3RZEA 148LE 3FA0A 1L28A 2HUMA 2CUUA 198LA 111LA 2B73A 2IGCA 1L91A 2B70A 3PDSA 241LA 171LA 3HUKA 141LA 1L96A 151LA 3OE0A 2RBNA 3C83A 262LA 1L66A 2B6YA 1QTBA 1I6SA 3SBBC 2A4TA 1L75A 1L33A 222LA 4IAPA 1KW7A 1C6CA 1CX7A 1L23A 1L99A 157LA 240LA 223LA 3HWLA 167LA 4W53A 3GUNA 3SB7A 1L51A 238LA 1CU6A 249LA 2B7XA 237LA 1SWZA 1T8AA 1LYDA 1OVJA 4AQNA 178LA 1L14A 1L42A 3C82A 3DN4A 1CX6A 1C6TA 142LA 107LA 4W59A 1JQUA 2OTZX 3G3VA 4GRVA 1L47A 2QB0B 1G0KA 188LA 3GUJA 4EPFA 1L74A 2B75A 1L41A 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LDOA 174LA 4H9IA 1QT3A 4G49A 1GAYA 1L92A 4OWBA 4H9HA 4KXIA 159LA 5M1YA 3AYQA 3WPLA 5LVJA 4NHQA 102LA 1GF9A 103LA 1CU3A 1A4VA 2D4IA 1KY1A 1L37A 1LKSA 1EQEA 2BLYA 1LYJA 1LSEA 2Z2EA 4NHIA 4HTNA 135LA 4S0WA 4Z3MA 1JITA 1OUIA 1HSXA 1LZRA 4H8XA 193LA 1CU2A 4LZMA 3LZTA 1P7SA 3HT6A 1Z55A 2BQDA 1L38A 1UIHA 1L24A 1INUA 6LYZA 4UWVA 1WQNA 1B7MA 206LA 1L73A 1LJEA 5I53A 1UICA 1L88A 1DYFA 1XGQC 5IHGA 2H9KA 5KXKA 2Q0MX 250LA 1QSWA 5LYMA 129LA 3TMXA 1F0WA 2BQLA 5APEA 4I7PA 4AGAA 1JJ0A 5KJ9A 1PQMA 1FLQA 1HEPA 163LA 5I54A 1UC0A 1LMOA 172LA 2ZNWY 2ANXA 3LZMA 4H93A 1EL1A 1PQKA 1GEVA 4Z46A 2HTXA 1P56A 3ZEKA 2HEDA 2ZWBA 1LKRA 1HERA 4HPEA 3W6CA 1L00A 4WOAA 1GFKA 164LA 4OWEA 2Q9DA 3TXDA 1P46A 4H91A 2VB1A 1TCYA 3C8QA 3CDTA 3A3QA 1E8LA 1L21A 1REMA 2RH1A 4D9ZA 3G3XA 1RCMA 4DQ5A 1C6AA 2AUBA 1FN5A 2ZILA 2D4KA 1XJTA 1HFZA 2EQLA 5E4PA 1JPOA 4TTDA 118LA 1GF7A 1QUGA 4W55A 2XJWA 4LYOA 1XEKA 1CU0A 3QNGA 1L80A 3GULA 196LA 3C80A 1LSMA 2HEFA 1JKDA 5F9XA 1WQMA 4IJ4A 1V7TA 3JR6A 2ZYCA 5KXRA 5A3EA 4Z98A 1QTKA 4LZTA 1GFJA 3HU9A 4GCBA 4P2EA 3IJUA 4DD0A 1IC4Y 5FEKA 1L06A 2DBTA 1GFAA 4CJ2A 4HSFA 137LA 4H92A 1YAMA 2OE7X 1LZSA 4WG7A 1UACY 1IP6A 2HU3A 1IOSA 3EMLA 4W52A 3EMSA 1SX7A 1DZBX 4XADA 2MEFA 1P36A 2MEAA 227LA 1YQVY 3WUAA 4NG1A 3DMVA 4OO9A 2B6ZA 4DDCA 2Z38A 1L52A 1CKCA 1LYZA 1PQOA 4W54A 4I7OA 1LZNA 2I25L 1DI5A 1LJNA 3BKVA 215LA 130LA 1L19A 5KKJA 1G0GA 4TWSA 1NKHA 2YDGA 1L09A 3D9AC 1LHKA 1HFXA 4YXAC 5L3IA 1F6SA 3P65A 1L97A 1SQ2L 1KS3A 1F6RA 1WVVA 4EKPA 1GBXA 1L20A 2BQGA 1C43A 1YAQA 4B4JA 3SBAA 1LYSA 209LA 1JKCA 176LA 2B72A 1GFRA 4H9AA 1HF4A 3P68A 1L79A 1NMMA 3WW6A 4ETBA 1BB5A 181LA 5J7CA 1C6DA 5C6JA 1QT4A 1P37A 4BAFA 4PGJB 3N9CA 1JEFA 229LA 4B1AA 1LZ4A 2RBRA 4BAPA 2X0AA 2W1XA 3RZ4A 1QUSA 1IP1A 2D6BA 4WM3A 4I7TA 4BADA 3HTBA 1VDPA 165LA 1CJ8A 4E3UA 1L98A 5LAGA 224LA 3NY8A 4LYZA 1D3MA 1ZURA 153LA 1XEIA 2O7AA 3CQLA 2LCBA 207LA 1OV7A 4ARQA 126LA 1P2RA 2B74A 2Y8PA 4DDAA 2G4NA 2Z6BA 1O23A 201LA 110LA 1LMTA 1LMQA 1QTZA 3RT5X 152LA 1IP3A 4G9SA 2XBRA 2EIZC 253LA 1I20A 2RBQA 3WXUA 122LA 2BAAA 1B5ZA 1DKKA 1XFPL 3L64A 1LSNA 4H9CA 1J1XY 1UUZC 1L62A 3WUNA 125LA 2D91A 1CKGA 1L32A 3B6LA 2BQNA 1LSDA 5IDDA 1SX2A 205LA 5JENB 1IWWA 3AGHA 1JSEA 143LA 2C8OA 4I7NA 4GN4A 1L16A 3RZEA 1GAZA 1LJHA 3GXRA 4WM6A 2CUUA 4KL7A 1PZYA 1L91A 2B70A 4N5RA 1LSZA 141LA 1RE2A 2BQIA 2B6YA 1QTBA 1LZBA 5LVKA 1IWXA 4ZIXA 1NBYC 1D0MA 3KAMA 1C46A 1CU6A 249LA 5D5FA 1SWZA 1T8AA 5B06A 2N5ZA 1OVJA 3GXKA 1YL0X 5F81A 1L42A 1CJ6A 4N8ZA 142LA 4MCKA 4W59A 2Z12A 2OTZX 1IR9A 1L47A 5C6LA 1LJFA 188LA 5HNCA 1L41A 2EKSC 1L53A 1G7JC 3WU8A 5LYZA 1EQ5A 3C7WA 1REXA 1HNLA 1LSCA 4QEQA 4WL6A 1ZWNA 2OU0X 1D6QA 4UWUA 1YROA 3RW8A 3N9AA 5APDA 4YX7C 1L27A 3V2YA 1TBYA 1W6ZA 3G3BB 1L25A 4PRQA 2CDSA 4R6CA 4EKRA 5FDJA 183LA 3K2RA 112LA 3WH1A 2F32A 1D6PA 4ARMA 1GE2A 3PBLA 1LMCA 5APCA 1L36A 2F2QA 1GXXA 4YM8A 208LA 2BQEA 5B1GA 1TAYA 1GF0A 1W08A 259LA 1DYAA 1C69A 1LWKA 5FSTA 1CUPA 1LYIA 1J1OY 4NGOA 1LSPA 3FE0A 2YVBA 225LA 4L41A 3HDEA 236LA 1UIDA 4LT3A 4DT3A 1GE1A 4X3BA 1ZVYB 3C7ZA 3D3DA 1CV4A 1L10A 2DQCY 1PQIA 2YBIA 4EOFA 3AW6A 2D4JA 3VW7A 5KKIA 3F8VA 1D9UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LDO A;  174L A;  4H9I A;  1QT3 A;  4G49 A;  1GAY A;  1L92 A;  4OWB A;  4H9H A;  4KXI A;  159L A;  5M1Y A;  3AYQ A;  3WPL A;  5LVJ A;  4NHQ A;  102L A;  1GF9 A;  103L A;  1CU3 A;  1A4V A;  2D4I A;  1KY1 A;  1L37 A;  1LKS A;  1EQE A;  2BLY A;  1LYJ A;  1LSE A;  2Z2E A;  4NHI A;  4HTN A;  135L A;  4S0W A;  4Z3M A;  1JIT A;  1OUI A;  1HSX A;  1LZR A;  4H8X A;  193L A;  1CU2 A;  4LZM A;  3LZT A;  1P7S A;  3HT6 A;  1Z55 A;  2BQD A;  1L38 A;  1UIH A;  1L24 A;  1INU A;  6LYZ A;  4UWV A;  1WQN A;  1B7M A;  206L A;  1L73 A;  1LJE A;  5I53 A;  1UIC A;  1L88 A;  1DYF A;  1XGQ C;  5IHG A;  2H9K A;  5KXK A;  2Q0M X;  250L A;  1QSW A;  5LYM A;  129L A;  3TMX A;  1F0W A;  2BQL A;  5APE A;  4I7P A;  4AGA A;  1JJ0 A;  5KJ9 A;  1PQM A;  1FLQ A;  1HEP A;  163L A;  5I54 A;  1UC0 A;  1LMO A;  172L A;  2ZNW Y;  2ANX A;  3LZM A;  4H93 A;  1EL1 A;  1PQK A;  1GEV A;  4Z46 A;  2HTX A;  1P56 A;  3ZEK A;  2HED A;  2ZWB A;  1LKR A;  1HER A;  4HPE A;  3W6C A;  1L00 A;  4WOA A;  1GFK A;  164L A;  4OWE A;  2Q9D A;  3TXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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