4W55A

T4 lysozyme l99a with n-propylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w55A00
1LYHA 1L00A 1CV1A 1L80A 1JTMA 254LA 2LCBA 1L68A 1T8FA 2B72A 1PQMA 1XEPA 1PQDA 150LA 3HH5A 3NY9A 2O79A 1LI6A 173LA 211LA 2B74A 1LYEA 188LA 3RZEA 1C6IA 199LA 1QT4A 3C8SA 1CVKA 1QT3A 1OWZA 149LA 2RH1A 206LA 259LA 145LA 1L65A 1QTZA 1G0LA 226LA 2B6TA 2HUKA 1L90A 1C6DA 1D3NA 1L40A 1L24A 2RBNA 3HT8A 1L55A 2LZMA 2RBOA 4ZPUA 2OTYX 1SSYA 3EMLA 3HH6A 1L95A 4LZMA 1G0GA 223LA 4OO9A 184LA 1L02A 1C6GA 1L48A 4EJ4A 3DNAA 1QUHA 139LA 3DN8A 1WTHA 3SN6R 4YXCA 1P7SA 2O4WA 1L04A 178LA 3ODUA 215LA 262LA 195LA 1L16A 1CV5A 138LA 3DN1A 161LA 4W54A 1L17A 4E97A 3C7YA 4I7KA 1CUPA 2OE7X 107LA 224LA 3HT6A 1L0JA 2O7AA 1P5CA 1QTBA 1L54A 1P36A 239LA 4EPFA 1DYFA 146LA 3DN4A 1DYBA 140LA 183LA 1C6TA 1CU0A 1SX7A 1L23A 1L67A 1DYEA 3DN0A 2RB1X 4LDEA 112LA 3L2XA 1L46A 130LA 3GUIA 4ARMA 1KW5A 156LA 1EPYA 1P37A 1QTCA 1LWKA 3DN2A 1G0PA 4ARQB 4EKSA 151LA 4I7OA 4W58A 1LWGA 1L59A 1L01A 1L36A 1DYAA 3GUOA 3DN3A 201LA 115LA 160LA 3FA0A 1L83A 4S0WA 127LA 1C62A 3F9LA 166LA 170LA 126LA 1L92A 2B7XA 1G0KA 1L11A 3HT9A 3SBBC 167LA 3DMZA 1OV5A 3SB7A 157LA 251LA 1SX2A 1LGUA 3HDEA 1L45A 2Q9EA 1L87A 2ANXA 3RUNA 3GUNA 1JTNA 1P2LA 1DYCA 3K2RA 243LA 4YXAC 3CDTA 1SWYA 3C7WA 4K5YA 1SSWA 249LA 113LA 257LA 1L22A 1CX7A 1G1VA 1L42A 175LA 1LYGA 1ZWNA 181LA 4I7JA 1L44A 3HTBA 148LE 1L35A 2IGCA 1PQOA 104LA 1L0KA 1SWZA 5I14A 3C8QA 1CTWA 128LA 109LA 1L86A 1L56A 237LA 2RAZX 242LA 1LLHA 247LA 1T8GA 4ARJA 233LA 3QAKA 119LA 3GULA 1L62A 1DYDA 1L77A 1QT8A 256LA 3C83A 182LA 1QSQA 1DYGA 1G07A 3HUQA 3LZMA 1PQIA 110LA 244LA 1D2YA 1L97A 1L38A 3C8RA 1LI3A 2F32A 3NYAA 4W55A 1C6MA 1L28A 1L52A 1NHBA 3HUKA 196LA 3HU9A 4GBRB 1L71A 111LA 1QTVA 3HH3A 1C65A 1C64A 1C66A 3HTGA 108LA 1G0QA 252LA 169LA 1L98A 255LA 218LA 162LA 1L60A 1QSBA 228LA 241LA 235LA 1CV6A 3F8VA 1L76A 164LA 1L20A 2NTHA 3FADA 191LA 141LA 1C6QA 1L84A 1T97A 2B6ZA 3L64A 1C67A 1QS9A 1L15A 2RB2X 1L43A 1B6IA 2RBQA 3NY8A 212LA 4PJZA 3D4SA 4PK0A 174LA 1LYDA 1P64A 3JR6A 1LGXA 3G3XA 118LA 3CDRA 217LA 1L88A 103LA 2RB0X 1L32A 1QT5A 1P3NA 1C61A 2OU8A 1D9WA 1G06A 1L49A 1L82A 1QT6A 172LA 1L47A 234LA 1CUQA 1TLAA 3C81A 4EKPA 2Z6BA 3C82A 143LA 3V2WA 3G3VA 1LPYA 4DKLA 1LI2A 2RBPA 1C60A 1PQJA 4IAPA 4I7PA 4YX7C 1L29A 1CV4A 1OVHA 1L31A 1K28A 1OVKA 3VW7A 3GUKA 210LA 1QTHA 1L96A 1QS5A 2F2QA 1OYUA 1KNIA 1L14A 1L74A 1L73A 1L94A 1OV7A 2B70A 3HTDA 3HDFA 2F47A 1L37A 2Q9DA 2LC9A 1C6NA 2OE4X 131LA 1OWYA 1G0MA 3DKEX 1L25A 147LA 1L63A 1QUDA 1C68A 4W57A 1L89A 225LA 1L19A 4I7LA 2RBRA 219LA 3SB9A 2RAYX 4W56A 190LA 3FI5A 4GRVA 1PQKA 4I7RA 189LA 1ZYTA 4ARMB 3CDVA 1P6YA 4W53A 1L30A 1L99A 1QUGA 1L93A 231LA 1L05A 180LA 3CDQA 187LA 1L69A 120LA 3SBAA 4DAJA 125LA 3GUJA 1C6FA 3OE6A 1C6CA 1L34A 1KY0A 4W51A 1C69A 7LZMA 1QTDA 2OU9A 1L21A 1L53A 1L50A 1L08A 1T6HA 1CU5A 3SB6A 1L09A 176LA 3UONA 3OE0A 4EKRA 1CV0A 3SB8A 1CX6A 1LYFA 3SB5A 1XJUA 1L10A 1CV3A 3PDSA 198LA 3HTFA 158LA 4EPIA 122LA 1LYJA 4I7SA 2RBSA 246LA 152LA 1T8AA 3HH4A 3C7ZA 3PBLA 142LA 1D2WA 3C80A 4ARPA 4LDOA 4EKQA 1L58A 1C6BA 185LA 1CU6A 220LA 222LA 4I7NA 1L06A 192LA 1L27A 4W52A 1L41A 1L81A 2B6XA 2OE9X 2NTGA 1D3MA 261LA 4ARQA 1L64A 245LA 1C63A 1L72A 227LA 3G3WA 186LA 214LA 236LA 4W59A 2QB0B 250LA 1D3FA 1L12A 102LA 1L03A 155LA 3DN6A 1L79A 3HT7A 1I6SA 1XJTA 2OTZX 209LA 2L78A 4I7QA 3OE8A 4EXMA 5LZMA 197LA 1L39A 213LA 2A4TA 1C6KA 3CDOA 2OU0X 1ZURA 3V2YA 1G1WA 1L66A 137LA 200LA 1L75A 1L33A 1JQUA 3HWLA 205LA 2HUMA 4DJHA 3HU8A 4AQNA 2B6WA 4I7MA 4I7TA 1C6PA 6LZMA 2ANVA 2B6YA 114LA 1L85A 1OVJA 232LA 129LA 1P46A 1P56A 258LA 3OE9A 253LA 238LA 159LA 1KW7A 1KY1A 2CUUA 2HULA 1C6EA 2QARC 1C6LA 4LDLA 1KS3A 1C6AA 1L61A 3GUPA 2B75A 1L91A 3DMVA 3GUMA 1QUOA 1QT7A 1LGWA 1C6JA 163LA 3HUAA 1L26A 1LW9A 221LA 1L57A 1CU2A 1L13A 171LA 4ARLA 2OEAX 177LA 1L18A 165LA 2B73A 240LA 144LA 123LA 1CU3A 1G0JA 1L51A 1L70A 248LA 216LA 1L07A 3DMXA 260LA 1D3JA 1C6HA 168LA 1P2RA 1LYIA 230LA 229LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJIA 5K7OA 2I25L 4WLTA 1CV1A 5LVGA 5C6IA 1L68A 4LZTA 1PQMA 1FLYA 2D4JA 1F10A 2F4AA 1JTTL 3RZEA 1C6IA 199LA 1QT4A 1CVKA 153LA 1FDLY 1L90A 1WVUA 1D3NA 1L40A 1GHLA 1T6VL 1LYZA 3WU8A 1J1OY 2IFFY 4AXTA 4H9IA 223LA 1C6GA 1L48A 4B4EA 4EJ4A 3CB7A 1QUHA 1GF5A 2W1MA 2MECA 178LA 1I56A 1D9UA 3AW7A 5HMVA 161LA 4E97A 3C7YA 2OE7X 3HT6A 3AJNA 1DXJA 5FCPA 5C6JA 1GD6A 2YBJA 1P5CA 1P36A 1LMNA 1RI8B 1DYBA 4WO9A 1OUCA 4NHSA 1DZBX 1CU0A 1JSFA 1GB6A 1H87A 1IWTA 1KW5A 156LA 1EPYA 4XJIA 4EKSA 1IEEA 2DQFC 1HFZA 4J0LA 1L01A 1B5VA 4HV1A 1INUA 4XADA 2MEIA 1BWIA 1WQNA 3TXEA 4NHIA 4S0WA 5KXMA 1LJKA 3W3EA 3B72A 4MCKA 4DD0A 4G4CA 4GLAA 2B7XA 2HEEA 2BAAA 1HEOA 2G4QA 2ZIJA 5LA8A 3SBBC 1HEMA 3SB7A 1SX2A 3A6CY 3HDEA 1L45A 1L87A 2ANXA 1AT6A 1YAPA 1B5XA 1DYCA 3K2RA 4WG7A 4NWHA 1GEZA 3CDTA 1JUGA 1SSWA 4G4HA 1JKBA 3P65A 1DPXA 3HTBA 2IGCA 4DYGA 1UIEA 1TEWA 4ZEEA 1BB6A 1L56A 4TTDA 4ARJA 1DI4A 3N9CA 233LA 5ILFA 1NHEA 1DYDA 1L77A 1QT8A 1ZMYL 5L3IA 2MEDA 1LZYA 1GF0A 1GF4A 110LA 3NYAA 2LZ2A 1C6MA 196LA 1LZ5A 1L71A 3HTGA 1DQJC 4KXIA 218LA 4B49A 162LA 235LA 1CV6A 1CKCA 4ML7A 1WTMA 164LA 1GAYA 1L20A 3FADA 1UIDA 1KIRC 5L9JA 2DQJY 1LHHA 1WQRA 2B6ZA 1ZVYB 3CQLA 4NIJA 1QS9A 1L15A 2RBQA 3NY8A 1CJ8A 3A34A 3TXIA 3D4SA 4PK0A 1LYDA 3G3XA 4E3UA 1OUEA 1TAYA 4GN3A 1P3NA 1G06A 1L82A 1SQ2L 1L47A 1CUQA 3C81A 5APFA 3A96A 5IELA 1UIFA 3G3VA 2RBPA 2Z19A 4MR1A 1GAZA 4H91A 2XJWA 3VW7A 1QS5A 1B7RA 1OYUA 1OV7A 1L94A 1LHLA 1G7LC 1GFTA 1L37A 131LA 5I5QA 1REMA 1LSPA 2ZYPA 147LA 1L63A 2YBIA 1C68A 1YAMA 4TSBA 2CWIA 1L89A 1LJGA 3A3QA 1XEKA 1JJ1A 2RAYX 2XQOA 4H90A 3ULRA 4FDYA 3WH1A 5FELA 3B0IA 4ETEA 1IWWA 1C45A 1ZYTA 1P6YA 2N5ZA 5B1FA 1HEQA 4H94A 2BQLA 4QEQA 3CDQA 120LA 3RU5A 2HUBA 3AZ7A 1FN5A 1C6FA 5FHWA 1L34A 1LYSA 1L50A 2XBSA 4G49A 176LA 3UONA 1HFYA 1F6RA 4EKRA 1QDTA 1KXWA 3G3AB 2DQEY 3F6ZA 1GFKA 1CV3A 2LYZA 4HJYA 4YM8A 5KXNA 122LA 1LSAA 3W6EA 3CSQA 5HNCA 1HC0A 4UWNA 3WL2A 246LA 3AGGG 1T8AA 4GCFA 142LA 3WPLA 1C6BA 1IC7Y 220LA 154LA 4PGJB 1L06A 1GBYA 192LA 1L27A 1B2KA 1D3MA 261LA 1HELA 2AUBA 1L72A 1LMCA 1BWJA 186LA 214LA 2X0AA 4HPEA 1IOTA 5LAGA 1HERA 102LA 4DT3A 1L79A 1VDTA 1JKDA 3AZ5A 1XJTA 2YDGA 5A3ZA 2L78A 3OE8A 1CKHA 2BQCA 1BVKC 1IWVA 3CDOA 1XGPC 1ZURA 1JJ3A 2Z39A 3B0KA 137LA 1L75A 3HWLA 3LHMA 3WXUA 1IWXA 2B6WA 4AQNA 1B9OA 1C6PA 2D4KA 6LZMA 4ETCA 3A8ZA 114LA 1L85A 1OVJA 1RE2A 232LA 1LSBA 1KW7A 2C8PA 4RLNA 2MEHA 3WYHA 1QT7A 5T3FA 3HUAA 4KL7A 1L57A 1L13A 1QSAA 4OWBA 177LA 5LAFA 3W6DA 4W94A 2B73A 3B6LA 240LA 144LA 1G0JA 1L70A 248LA 4B4JA 3P4ZA 3WVXA 3WPKA 1D0MA 2CJLA 3ATOA 1D3JA 1C6HA 168LA 1YQVY 1LYIA 3RW8A 4G9SA 4NSGA 1FLQA 4NSJA 1XEPA 1LJFA 2DQGY 2BQOA 1WQOA 1QIOA 1IOSA 5LVJA 4NGWA 4H9CA 1QT3A 5D5FA 4EOFA 4D9ZA 149LA 2RH1A 4M4OA 2ZIKA 2BQMA 1QTZA 5LYMA 2B6TA 2HUKA 1LZNA 1L24A 2RBNA 3HT8A 1L55A 2RBOA 1IP3A 3HH6A 4N5RA 1LJ3A 5LYTA 1WQPA 184LA 1OUJA 1B7LA 4H9BA 4RW1A 4NGOA 1UACY 3DNAA 3IJVA 3DN8A 2H5ZA 4NEBA 1XGUC 3WULA 4O34A 1LZ1A 1B7SA 4WM1A 1L16A 1CV5A 138LA 4DDBA 4H8YA 1L17A 1IP2A 2YBLA 224LA 2CGIA 3K3TA 1L0JA 5J7CA 3IJUA 1QSWA 1L54A 2LYMA 239LA 4ETBA 146LA 3P64A 140LA 1AZFA 5F14A 1IO5A 5HNLA 4Z3MA 1TDYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJI A;  5K7O A;  2I25 L;  4WLT A;  1CV1 A;  5LVG A;  5C6I A;  1L68 A;  4LZT A;  1PQM A;  1FLY A;  2D4J A;  1F10 A;  2F4A A;  1JTT L;  3RZE A;  1C6I A;  199L A;  1QT4 A;  1CVK A;  153L A;  1FDL Y;  1L90 A;  1WVU A;  1D3N A;  1L40 A;  1GHL A;  1T6V L;  1LYZ A;  3WU8 A;  1J1O Y;  2IFF Y;  4AXT A;  4H9I A;  223L A;  1C6G A;  1L48 A;  4B4E A;  4EJ4 A;  3CB7 A;  1QUH A;  1GF5 A;  2W1M A;  2MEC A;  178L A;  1I56 A;  1D9U A;  3AW7 A;  5HMV A;  161L A;  4E97 A;  3C7Y A;  2OE7 X;  3HT6 A;  3AJN A;  1DXJ A;  5FCP A;  5C6J A;  1GD6 A;  2YBJ A;  1P5C A;  1P36 A;  1LMN A;  1RI8 B;  1DYB A;  4WO9 A;  1OUC A;  4NHS A;  1DZB X;  1CU0 A;  1JSF A;  1GB6 A;  1H87 A;  1IWT A;  1KW5 A;  156L A;  1EPY A;  4XJI A;  4EKS A;  1IEE A;  2DQF C;  1HFZ A;  4J0L A;  1L01 A;  1B5V A;  4HV1 A;  1INU A;  4XAD A;  2MEI A;  1BWI A;  1WQN A;  3TXE A;  4NHI A;  4S0W A;  5KXM A;  1LJK A;  3W3E A;  3B72 A;  4MCK A;  4DD0 A;  4G4C A;  4GLA A;  2B7X A;  2HEE A;  2BAA A;  1HEO A;  2G4Q A;  2ZIJ A;  5LA8 A;  3SBB C;  1HEM A;  3SB7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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