4W58A

T4 lysozyme l99a with n-pentylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w58A00
123LA 3RUNA 4YXCA 230LA 1L89A 1L25A 3HDEA 1L10A 3C82A 1L87A 212LA 1QTCA 1L76A 1LWKA 4EJ4A 1SWYA 2RAZX 3HT7A 2HUMA 3DN8A 2IGCA 1CTWA 2Q9DA 1L56A 1DYAA 1P6YA 103LA 1G0JA 4W59A 220LA 3SB5A 2Z6BA 1L46A 219LA 3C8RA 4EXMA 1T97A 118LA 2F32A 1C6PA 1L83A 232LA 3FI5A 2F47A 4LDLA 1L0KA 3C8QA 1L31A 1D2WA 1OVKA 1LGWA 1L50A 168LA 1LWGA 1LYJA 1LYEA 1L97A 158LA 3OE8A 1L94A 1L39A 3C83A 3JR6A 1B6IA 178LA 1P56A 3V2WA 1XJTA 1SX2A 2QARC 1L84A 1LYHA 2OU8A 1CU2A 218LA 1CX6A 1PQOA 1L55A 4DJHA 196LA 3EMLA 1L52A 1QT7A 3GULA 122LA 1C64A 1CV4A 2RBPA 4W57A 1SSWA 2QB0B 4W53A 1C6HA 1L96A 2B73A 1PQKA 1C6KA 1L62A 1CV5A 1L53A 1L35A 1G0KA 182LA 254LA 4I7QA 1L03A 1L24A 1QS9A 1L04A 151LA 248LA 2B70A 1L05A 1C6JA 1L37A 187LA 1L47A 1T8GA 3G3WA 4PK0A 127LA 3HT6A 2L78A 3HU8A 174LA 1OWYA 1LPYA 147LA 177LA 111LA 1L91A 4I7LA 2O4WA 1L93A 2B75A 107LA 1LYIA 4K5YA 3HTGA 1C6GA 4IAPA 201LA 1L40A 184LA 1XJUA 150LA 235LA 1K28A 130LA 3SB6A 1L34A 1L42A 4LDOA 223LA 131LA 114LA 1LGUA 112LA 1L38A 2Q9EA 1L32A 165LA 4I7RA 1QTZA 3GUNA 3HT8A 1D2YA 2F2QA 4EPFA 4I7TA 4I7KA 216LA 170LA 1LI6A 1QUDA 1T6HA 1L23A 2B7XA 234LA 3HWLA 205LA 175LA 1KNIA 3CDVA 4ARMA 195LA 1PQJA 1C6AA 1L08A 3HH6A 1CUPA 1OYUA 1L33A 1C6BA 256LA 1L66A 226LA 1QTHA 4PJZA 1OVHA 1L99A 172LA 4W58A 1ZWNA 3V2YA 1L19A 3PDSA 1P7SA 1L61A 3VW7A 224LA 1G0MA 1L68A 1G0GA 3ODUA 141LA 1L45A 2O7AA 1CV1A 4I7SA 1QTVA 109LA 1L36A 2RH1A 1L15A 253LA 2OE9X 1L09A 1DYEA 214LA 1QS5A 1LI2A 210LA 3DN3A 3OE0A 2B72A 255LA 242LA 2B6XA 209LA 260LA 2LCBA 1DYBA 4GBRB 259LA 1L82A 2B6TA 1KW5A 1L44A 1C6QA 1DYFA 227LA 4EKQA 3FA0A 2RB0X 1C6EA 261LA 3QAKA 126LA 4W52A 3DMZA 142LA 4ARPA 2RAYX 3DMVA 243LA 4E97A 1L06A 176LA 3CDQA 262LA 3NYAA 1P37A 1G1VA 4EKSA 252LA 1C62A 2OU9A 4W56A 2LC9A 104LA 1L69A 1L57A 1C6FA 211LA 1L30A 120LA 1CU5A 156LA 1L63A 1CX7A 1L13A 1L18A 1CV6A 206LA 1CVKA 1L22A 1T8AA 3HH3A 102LA 1C66A 2B74A 1ZURA 1L74A 1KW7A 4I7MA 1LI3A 1C61A 7LZMA 1G07A 3DNAA 1SX7A 1L59A 1L02A 2NTGA 1DYDA 1PQDA 3LZMA 1QT3A 1L98A 1L60A 2CUUA 3C8SA 200LA 257LA 2OTZX 1P36A 1L81A 163LA 1ZYTA 1LYGA 3F8VA 1L0JA 192LA 1L90A 1TLAA 6LZMA 152LA 222LA 1KY0A 1DYCA 2NTHA 183LA 1QTDA 3DN6A 1P3NA 1C63A 1L54A 1L48A 4DAJA 4LZMA 4ARQA 2OU0X 3C81A 4W51A 4EPIA 228LA 3DN0A 3SN6R 3HTFA 1L65A 1D3MA 3UONA 1XEPA 2ANVA 2HUKA 3SB9A 1C6TA 1NHBA 1QT5A 139LA 1OV7A 188LA 1P2RA 160LA 3L64A 249LA 1L92A 236LA 1DYGA 3RZEA 225LA 108LA 1L28A 258LA 1SSYA 1EPYA 233LA 128LA 237LA 3DN4A 4GRVA 146LA 231LA 217LA 1L51A 155LA 1QTBA 2RBRA 4S0WA 181LA 1D3NA 244LA 3GUJA 186LA 2LZMA 3HTBA 1L79A 3GUOA 3DKEX 162LA 197LA 143LA 1CUQA 138LA 1QUHA 1L72A 1CU0A 1C6NA 1G0PA 167LA 241LA 1C65A 1L85A 3CDOA 1CV0A 1C69A 1L88A 4LDEA 3PBLA 3K2RA 1QT4A 1P64A 221LA 1PQIA 4ARLA 5LZMA 2O79A 4ZPUA 2A4TA 3HH5A 240LA 1L67A 1LW9A 3C7ZA 2OE4X 3HH4A 4ARJA 4EKRA 1PQMA 246LA 1P2LA 213LA 3DN1A 1CV3A 191LA 1CU6A 115LA 1C6IA 1D3JA 199LA 113LA 2RBQA 140LA 1C68A 1JTNA 1QUOA 2HULA 3GUPA 159LA 189LA 1LGXA 1WTHA 1CU3A 3DMXA 1C6LA 1G0LA 1L71A 4YX7C 247LA 250LA 1D9WA 2RBNA 1L17A 1L11A 1JTMA 198LA 173LA 1KS3A 1L75A 1C6DA 1LYFA 1G06A 1L21A 3D4SA 1L27A 190LA 3HUQA 4I7OA 3GUKA 1LYDA 1L14A 185LA 2B6YA 4I7JA 3DN2A 3HUAA 4AQNA 5I14A 2RB1X 239LA 1C60A 3CDRA 1LLHA 145LA 169LA 3OE6A 1C67A 3HT9A 1L01A 1OVJA 2OTYX 4W55A 1L73A 1QUGA 148LE 3SBBC 3OE9A 1L26A 1L16A 4ARQB 1KY1A 3SBAA 2ANXA 3G3XA 110LA 1G1WA 1L77A 1L80A 1P5CA 1L70A 1L49A 164LA 1QT8A 1T8FA 3GUMA 3CDTA 238LA 4YXAC 1L58A 1L00A 1QT6A 1L86A 3HDFA 1QSBA 1C6MA 1L41A 3C80A 4ARMB 3L2XA 3HU9A 4W54A 1OWZA 1P46A 251LA 2OE7X 149LA 3GUIA 3C7YA 1L95A 245LA 2B6WA 3F9LA 3NY9A 215LA 166LA 1OV5A 1D3FA 3G3VA 2RB2X 1L20A 2OEAX 3C7WA 3FADA 3SB8A 1C6CA 125LA 4OO9A 144LA 161LA 1L64A 1JQUA 1L29A 2RBSA 1L43A 157LA 180LA 1SWZA 137LA 2B6ZA 129LA 3NY8A 4I7NA 4I7PA 1L07A 3HUKA 3HTDA 1QSQA 2RBOA 119LA 229LA 171LA 4DKLA 3SB7A 4EKPA 1I6SA 1G0QA 1L12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LT0A 4YXCA 230LA 1WTNA 1XFPL 1XGRC 1L10A 3WW6A 1ZVHL 212LA 1LZEA 1LWKA 4EJ4A 1B5VA 1LYYA 2HUMA 3DN8A 1LHKA 5L3HA 5APEA 3W6BA 1LSPA 1KXWA 8LYZA 220LA 4ZEEA 2Z6BA 3C8RA 4N1CC 6LYTA 2F32A 1C6PA 1GE3A 3AGHA 3RU5A 2CDSA 3W3EA 1LJIA 3C8QA 3TXEA 168LA 1GBZA 1LYJA 3W6AA 1IWVA 3LYTA 5DLAA 3C83A 2G4QA 9LYZA 2ZQ3A 1JJ3A 1XJTA 1SX2A 4W94A 1LHHA 196LA 3LYOA 4G4BA 3EMLA 122LA 1BQLY 4W57A 1SSWA 2HU3A 1B7OA 2QB0B 1L96A 1C45A 2B73A 1PQKA 1LZ6A 2ZILA 1L35A 4GLAA 182LA 2HEFA 4PRQA 1B5YA 1G7MC 2X0AA 3A67Y 5I53A 1L05A 1C6JA 1LZAA 1L47A 3G3WA 4YEOA 5KXSA 3WVYA 3HT6A 2L78A 3A6CY 1LZCA 174LA 5HLLA 3EBAB 1LPYA 1WVVA 4WLDA 2B75A 4K5YA 3BKHA 5L9JA 1AM7A 3HTGA 1LZ9A 3TXKA 4N0JA 1UIAA 4FJRA 4WO6A 4XN6A 1XJUA 1REZA 150LA 3RZ4A 1LMQA 3SB6A 4LDOA 4QY9A 131LA 1HF4A 1HEMA 112LA 1GF5A 1L38A 1IWWA 4RLNA 3GUNA 2F2QA 4EPFA 2YBIA 3A93A 216LA 4NIJA 170LA 1LI6A 1L23A 2B7XA 1E8LA 4N8ZA 4TSBA 4W96A 2FBBA 1PZYA 3A6BY 1LTMA 1EQEA 1JSFA 1L66A 4PJZA 1OVHA 4NG1A 1GF4A 4HPEA 2LYOA 1HSXA 1IY3A 3HBHA 3KAMA 3VW7A 1B0DA 4J7VA 1L45A 2O7AA 1CV1A 4I7SA 4OWEA 109LA 2BQEA 1WVUA 1BB3A 4NFVA 4GN4A 1IP7A 4TSCA 4YENA 5F9UA 214LA 1QS5A 1XGUC 194LA 4HSFA 209LA 2BQIA 1JPOA 2HUBA 4LYTA 1PS5A 1O23A 1L44A 1WQOA 227LA 1CJ7A 2RB0X 3FA0A 1YL1X 2HEEA 4ARPA 2RAYX 1I20A 4E97A 5C6IA 262LA 1OUDA 4Z41A 4EKSA 1UCOA 1MLCE 252LA 4YOPA 4I8SA 2MEHA 104LA 1LZBA 1L69A 1UICA 211LA 1L30A 120LA 1GB9A 2DQGY 1L22A 2Z18A 1T8AA 3AYQA 2LZTA 4XENA 4B4JA 1VATA 1A4VA 1G07A 1F0WA 1SX7A 2Z37A 2NTGA 1YIKA 3N9EA 1DYDA 3LZMA 4NHTA 200LA 4OOTA 1L0JA 2MECA 2B5ZA 1TLAA 3EO5A 3SP3A 5HMVA 1DYCA 2NTHA 3D9AC 1ZV5L 4PRUA 5II3A 4W51A 3DN0A 3SN6R 3HTFA 1KIPC 1XEPA 2C8OA 1LOZA 2HUKA 3T36A 3SB9A 1C6TA 1GF7A 1QT5A 3AGGG 4ETAA 1P2RA 3RW8A 1YILA 1J1XY 1L92A 5I5QA 3RZEA 1L28A 2HEDA 3B6LA 1GFRA 4GRVA 1VDTA 2RBRA 2PC2A 244LA 2CGIA 1LHLA 3HTBA 2LZ2A 3GUOA 1L72A 4YM8A 1LSFA 2I6ZA 1UC0A 1L88A 221LA 1PQIA 4ARLA 4ZPUA 2N5ZA 3A92A 4WM3A 1LJHA 1LW9A 1JIYA 1GB6A 1PQMA 1GFUA 1LSDA 4KXIA 1LSMA 4LZTA 246LA 1GAYA 4ML7A 213LA 4II8A 4G4HA 3DN1A 2DQEY 4NG8A 2RBQA 2BQDA 2MEEA 3GUPA 1CU3A 3DMXA 1GFVA 1LHMA 1BB4A 3TMWA 4YX7C 1OUHA 1L11A 1IORA 1G7JC 1G06A 4RW2A 1LJFA 5LA5A 4I7OA 3GUKA 1H6MA 1GBXA 4I7JA 3DN2A 3HUAA 4NSJA 4AQNA 5I14A 1C60A 3CDRA 5I4YA 145LA 3WUNA 1RE2A 4HV2A 4OWCA 3HT9A 5FEKA 1NBZC 1L73A 1QUGA 148LE 3SBBC 2EKSC 1KY1A 1IWZA 1LSGA 2ANXA 1G1WA 1L80A 2ZNXY 1C08C 164LA 3TXBA 1QT8A 3W6DA 4C5FA 1LHIA 4LYCA 5A3ZA 4OWBA 1T8FA 2MEDA 1L41A 3C80A 5LVIA 1IVMA 1LMTA 5KXLA 4W54A 1IP1A 1LKSA 1OWZA 3GUIA 3NY9A 1D3FA 5KXTA 4OWAA 1GFAA 1XEJA 153LA 4H94A 3C7WA 4OO9A 125LA 161LA 1L64A 2MEGA 180LA 2B6ZA 137LA 4LT1A 1IC5Y 4EOFA 4EMNA 1GFTA 4ET8A 3AZ4A 3HUKA 3HTDA 2YDGA 119LA 4R0FA 3LHMA 4H8ZA 5KXWA 3SB7A 1DI5A 5I4WA 1DYGA 1IWXA 3RUNA 1UIHA 3TXGA 1L25A 1V7SA 1W08A 1CKHA 1GAZA 2I25L 1L87A 1YROA 1L76A 2RAZX 1LJNA 1REYA 2IGCA 3A95A 4DD0A 1BB5A 2VB1A 1GE0A 118LA 3TMUA 1IP2A 1FLQA 4LDLA 3ZVQA 1GEVA 1IP6A 1LGWA 3G3BB 158LA 1EQ4A 3JR6A 178LA 4DDCA 2H9JA 1P56A 1AT5A 4WG1A 5L3IA 5KXMA 4LYOA 1L84A 1GB2A 4B0DA 1CU2A 2YVBA 1CX6A 2Z2FA 1GF6A 1CJ6A 1QT7A 4B4IA 3FE0A 2F2NA 4E3UA 1C6HA 1GF8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LT0 A;  4YXC A;  230L A;  1WTN A;  1XFP L;  1XGR C;  1L10 A;  3WW6 A;  1ZVH L;  212L A;  1LZE A;  1LWK A;  4EJ4 A;  1B5V A;  1LYY A;  2HUM A;  3DN8 A;  1LHK A;  5L3H A;  5APE A;  3W6B A;  1LSP A;  1KXW A;  8LYZ A;  220L A;  4ZEE A;  2Z6B A;  3C8R A;  4N1C C;  6LYT A;  2F32 A;  1C6P A;  1GE3 A;  3AGH A;  3RU5 A;  2CDS A;  3W3E A;  1LJI A;  3C8Q A;  3TXE A;  168L A;  1GBZ A;  1LYJ A;  3W6A A;  1IWV A;  3LYT A;  5DLA A;  3C83 A;  2G4Q A;  9LYZ A;  2ZQ3 A;  1JJ3 A;  1XJT A;  1SX2 A;  4W94 A;  1LHH A;  196L A;  3LYO A;  4G4B A;  3EML A;  122L A;  1BQL Y;  4W57 A;  1SSW A;  2HU3 A;  1B7O A;  2QB0 B;  1L96 A;  1C45 A;  2B73 A;  1PQK A;  1LZ6 A;  2ZIL A;  1L35 A;  4GLA A;  182L A;  2HEF A;  4PRQ A;  1B5Y A;  1G7M C;  2X0A A;  3A67 Y;  5I53 A;  1L05 A;  1C6J A;  1LZA A;  1L47 A;  3G3W A;  4YEO A;  5KXS A;  3WVY A;  3HT6 A;  2L78 A;  3A6C Y;  1LZC A;  174L A;  5HLL A;  3EBA B;  1LPY A;  1WVV A;  4WLD A;  2B75 A;  4K5Y A;  3BKH A;  5L9J A;  1AM7 A;  3HTG A;  1LZ9 A;  3TXK A;  4N0J A;  1UIA A;  4FJR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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