4W58A

T4 lysozyme l99a with n-pentylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endolysin
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w58A00
181LA 1CX7A 3OE0A 4W53A 226LA 1QUDA 171LA 1JTNA 1L31A 2B73A 2NTGA 2RBSA 3C8QA 1C64A 3VW7A 3C82A 1D9WA 107LA 1L51A 4PJZA 234LA 1LW9A 1PQIA 1L61A 2ANVA 166LA 3K2RA 1SWYA 1C6QA 122LA 249LA 109LA 1L38A 260LA 232LA 3RZEA 215LA 1C67A 1L24A 2RBQA 1L43A 4EPIA 1PQKA 2OE9X 230LA 235LA 1L15A 4I7MA 240LA 3C80A 4EPFA 1L80A 2Q9EA 1L01A 4W54A 222LA 1L11A 4EXMA 1LYDA 1CU3A 1L48A 1L68A 3HDFA 1L04A 239LA 1L35A 3HUQA 167LA 4EJ4A 255LA 241LA 1L32A 1LI2A 1OWZA 4OO9A 253LA 1L36A 4I7JA 3NY9A 1OV7A 1OVJA 1L72A 4LZMA 3CDRA 3FA0A 158LA 1LGXA 3GUKA 248LA 1PQJA 2B6TA 4I7QA 2CUUA 2B75A 1CU6A 1D3NA 1L46A 1QSBA 2HULA 1D2YA 3GUJA 2L78A 3OE9A 1L03A 258LA 2ANXA 3GUNA 1L63A 1C69A 2NTHA 1C65A 2RB1X 1KY1A 2OEAX 4EKQA 4EKPA 2OTZX 1T8FA 1P2LA 1C6IA 4LDOA 1QT5A 259LA 223LA 111LA 3DMVA 1C6JA 1L73A 1G07A 186LA 236LA 1L54A 3PBLA 1QSQA 146LA 1C6HA 1L08A 1C66A 4I7NA 1QS5A 176LA 1C62A 251LA 163LA 1QTVA 1C60A 1CTWA 233LA 1C6GA 148LE 155LA 1K28A 1LLHA 164LA 1QTBA 1L10A 2F32A 1B6IA 3C7WA 3F9LA 1XJTA 1L66A 4AQNA 1P3NA 2B70A 2RBPA 1L20A 2HUMA 4I7LA 192LA 4I7PA 201LA 218LA 4YXAC 1P37A 1CV6A 6LZMA 131LA 1CUQA 1L39A 1C6AA 199LA 1QTHA 1L69A 1SX2A 2OU8A 189LA 2B6YA 3ODUA 2RBOA 4EKSA 1G1WA 2OU0X 3HH6A 228LA 3F8VA 160LA 2OU9A 2LC9A 216LA 1L0KA 4W57A 205LA 252LA 175LA 103LA 1LYGA 1L96A 3SB5A 244LA 1PQDA 1LI3A 1P2RA 3HDEA 1L26A 1L76A 3G3VA 1LYEA 1SSWA 198LA 4EKRA 1P6YA 173LA 1C6TA 4W58A 1L62A 3SB7A 4GBRB 4I7RA 227LA 129LA 214LA 3LZMA 1KY0A 1P46A 1CX6A 1L40A 1L34A 4W52A 1C6BA 1G0MA 127LA 2F2QA 1L55A 2B6WA 1L12A 1L57A 1NHBA 1G0JA 1QT4A 1XJUA 3CDVA 2RBRA 1CUPA 1L0JA 2IGCA 3HTFA 4I7OA 3HUAA 1PQOA 4ARQB 3HT7A 2QB0B 3FADA 3V2YA 3DNAA 1CU0A 3DN2A 150LA 1P5CA 2RB2X 1DYFA 1L00A 1C6DA 1JTMA 3HU9A 1LWGA 3DN3A 1C61A 1L60A 1G06A 4ZPUA 1G0KA 206LA 123LA 1L95A 3C81A 1L07A 3HWLA 3NYAA 3SN6R 197LA 141LA 217LA 1ZYTA 2B6ZA 262LA 1JQUA 1LYHA 1PQMA 1D3JA 1L52A 2LZMA 1QUGA 1L65A 237LA 4W55A 120LA 2OE7X 3CDOA 1DYGA 104LA 3DKEX 137LA 3DN0A 183LA 1L44A 1OYUA 3DN6A 1I6SA 1L99A 1L83A 143LA 3SB6A 220LA 245LA 225LA 108LA 2RAZX 5I14A 1L81A 1LYIA 3SB9A 3HTGA 1L59A 3FI5A 3C7ZA 1LYFA 221LA 256LA 3NY8A 180LA 1L90A 1P7SA 4I7KA 165LA 4LDLA 1SSYA 1L71A 145LA 4ARLA 1L85A 102LA 1L77A 3L2XA 144LA 3HT6A 247LA 2OE4X 229LA 3GUPA 112LA 1QT8A 1L91A 1DYAA 1ZWNA 1OVKA 1QUOA 110LA 1CV1A 3RUNA 119LA 200LA 151LA 159LA 1CV4A 3HT8A 1L30A 3D4SA 3GUIA 1CU5A 3HTDA 1G0GA 3DN8A 3EMLA 1SX7A 1EPYA 1L27A 1L93A 1T97A 209LA 3HU8A 174LA 178LA 257LA 212LA 1L74A 1WTHA 1C6MA 1LGWA 4W51A 1L94A 4ARMA 4GRVA 1L70A 139LA 1L18A 3HH5A 170LA 149LA 1L98A 243LA 2RAYX 2B6XA 191LA 1LWKA 3GUMA 1L13A 3JR6A 1D3MA 246LA 4ARJA 2F47A 125LA 1DYDA 1TLAA 2O7AA 2OTYX 231LA 219LA 261LA 213LA 3QAKA 4LDEA 1OWYA 1L14A 1QTZA 1L41A 4IAPA 1QT7A 3HT9A 3C83A 1P56A 152LA 138LA 4S0WA 3UONA 172LA 1LGUA 1CV3A 2B7XA 1G0QA 3CDTA 242LA 1L16A 250LA 3HUKA 1L23A 1L19A 1QUHA 1KW5A 224LA 2O4WA 1DYEA 1C68A 3SB8A 2QARC 4ARQA 115LA 1OV5A 4K5YA 126LA 187LA 184LA 1L75A 1L97A 169LA 1DYBA 1L92A 1G1VA 4I7SA 182LA 195LA 1P36A 168LA 1KW7A 1L58A 238LA 5LZMA 210LA 4W56A 142LA 2RH1A 2RBNA 3C8SA 4ARPA 4DJHA 114LA 3G3WA 185LA 3C7YA 3OE8A 3GULA 1C6EA 3SBAA 1L87A 1CV0A 130LA 1L37A 3C8RA 1L67A 3OE6A 1L89A 3PDSA 1C6PA 7LZMA 157LA 1KS3A 1ZURA 1SWZA 147LA 1L84A 3L64A 4DAJA 1T8AA 1L49A 1C6KA 2HUKA 1LYJA 4PK0A 1L86A 1QTDA 1L45A 113LA 3DMZA 1L56A 3GUOA 3DN4A 2O79A 196LA 1L33A 3G3XA 1L42A 1L79A 4I7TA 1DYCA 2Q9DA 1L29A 1CV5A 1KNIA 161LA 118LA 1L17A 1T6HA 1G0PA 1QS9A 1QT6A 2A4TA 3HTBA 188LA 1G0LA 1L22A 1CVKA 4W59A 2LCBA 1QTCA 1LPYA 3HH3A 1P64A 3SBBC 2B72A 4YXCA 3DN1A 1XEPA 1C6LA 190LA 1L05A 1L53A 4E97A 128LA 1L47A 1LI6A 1T8GA 2B74A 3V2WA 1OVHA 254LA 3DMXA 1QT3A 156LA 1L28A 1C6NA 1D2WA 1L82A 1L64A 3CDQA 1L06A 1L50A 1L09A 1L02A 4DKLA 1L88A 1C63A 140LA 1CU2A 2Z6BA 1C6FA 211LA 2RB0X 1D3FA 3HH4A 162LA 1C6CA 1L21A 4ARMB 177LA 1L25A 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G49A 1LSMA 1GBXA 3A3QA 1B7PA 1HF4A 3WUMA 4M4OA 4DT3A 1D9WA 4PJZA 234LA 1PQIA 3EMSA 1GF0A 3K2RA 2I6ZA 109LA 1FKQA 4WM3A 5HMJA 1B7NA 4KT3A 2RBQA 2OE9X 230LA 4CFOA 1LZCA 4I7MA 1WQPA 1RI8B 1IWZA 222LA 4NY5A 1MLCE 3CQLA 4EXMA 1LYDA 5KXYA 3HDFA 1L48A 2ZQ4A 2LYZA 1JKCA 1L35A 1LSNA 1LZGA 2DQCY 1YL1X 2ZWBA 1IOCA 4OO9A 3T36A 4Z46A 3NY9A 3ULRA 1CKHA 3CDRA 1LGXA 1PQJA 2C8PA 2B75A 4I8SA 4H9CA 1A4VA 3B0KA 5KXOA 2HULA 1GFRA 4ML7A 2L78A 2LZ2A 1IP2A 258LA 5C6LA 3N9CA 4TTDA 3OK0A 1GDXA 4GN5C 259LA 223LA 111LA 1CNSA 4WLDA 1GBSA 236LA 1L54A 2X0AA 5B06A 2BQDA 146LA 1C6HA 1O23A 154LA 3SP3A 1C60A 3AZ5A 4BS7A 148LE 155LA 3KAMA 1C46A 3TXGA 1RJCB 4NGZA 1B6IA 2BQOA 4I7LA 1L20A 2HUMA 1CJ7A 5LAFA 1LZTA 4P2EA 4NGKA 1L39A 2BQEA 3EBAB 1C6AA 2D4JA 1L69A 1SX2A 2OU8A 2XJWA 1HC0A 1LSPA 2DQAA 2RBOA 1KXYA 228LA 5KXRA 3W6CA 160LA 5L3IA 3B72A 1FN5A 1XEKA 1LTMA 1L0KA 252LA 4OWEA 175LA 5E4PA 103LA 1LYGA 1L96A 1E8LA 2B5ZA 2DBTA 1UC0A 1L62A 3SB7A 4GBRB 129LA 3LZMA 1YAQA 1REMA 1CX6A 1C6BA 127LA 1L55A 1NHBA 2BQBA 1G0JA 1QT4A 4HPEA 4PRQA 2RBRA 4ARQB 1F10A 3RT5X 1LOZA 2QB0B 3FADA 3DN2A 4J7VA 3AZ4A 1B7SA 1GB3A 2RB2X 1DYFA 1QUTA 5B1FA 4XENA 1F6RA 1LZYA 1WTMA 1G0KA 4RLMA 1L95A 4WG7A 217LA 1XEJA 1QIOA 5HNCA 1CJ8A 1SLYA 1D0MA 2HTXA 4OOOA 1QUGA 1L65A 4H8ZA 3CDOA 3DKEX 1HSXA 1L44A 1I6SA 2W1LA 4N1CC 1LZ6A 5I14A 1DZBX 1VEDA 5HNLA 4GLAA 1L59A 3C7ZA 5LA8A 4ET9A 1P7SA 4H92A 5E9RA 1GF6A 1L77A 1C43A 1XFPL 1VDTA 3RW8A 1QT8A 4WLXA 1QSAA 1DKKA 2HEEA 1NKHA 110LA 1CV1A 1GB5A 4Z41A 5EBHA 4B4IA 1L30A 3D4SA 1VDPA 1G0GA 1WVVA 4Z3MA 1EPYA 1QSWA 1T97A 3HU8A 4H9EA 212LA 3TMUA 4ARMA 5DLAA 1GAZA 1L18A 1IO5A 4RW1A 170LA 1HENA 1L98A 243LA 1D6PA 1L13A 2DQDY 1CJ6A 2XBRA 3WH1A 125LA 1BB6A 1DYDA 219LA 4LDEA 1YKZX 2LZTA 1L41A 4EOFA 1QT7A 4GN3A 1LMTA 1WTNA 3HT9A 4NWEA 4TSCA 1D0KA 1GDWA 3CDTA 250LA 3BKVA 1L23A 3G3BB 4QDNA 4GCEA 1QUHA 224LA 1CKFA 2QARC 2LYMA 4G4HA 4H9BA 3A92A 4DD7A 1NQIA 187LA 3A93A 1L97A 1J1PY 1H6MA 1KW7A 1LZDA 238LA 210LA 4W56A 1UBZA 3CB7A 2EPEA 4DJHA 114LA 4X3BA 5A3ZA 1B9OA 2Z39A 5DN5A 1CV0A 2Z12A 3CSZA 1L67A 3LYMA 5LVHA 1LJKA 1GB2A 1IOTA 1IWWA 1LZEA 1L84A 3L64A 4PK0A 1B5XA 1L86A 1C7PA 1AM7A 1JUGA 3DMZA 2H9KA 1XGTC 4H8YA 4GCBA 1IWVA 1I1ZA 1OUDA 3EXDA 4II8A 2XBSA 1L42A 1GFKA 1HSWA 4AGAA 2CWIA 118LA 1L17A 1T6HA 2YBIA 1AT5A 1QT6A 2A4TA 3WPJA 188LA 1G0LA 4NGLA 3G3AB 2LCBA 1NDMC 1P64A 3DN1A 1YAOA 1L47A 1LPIA 1LI6A 3FI7A 1LYYA 1T8GA 3V2WA 2BQHA 3LZTA 4HV1A 1OVHA 1XSFA 1V7TA 3WXUA 1GB7A 1NWGA 1L28A 1C6NA 1NHEA 4NSJA 4H1PA 1L64A 1AZFA 1JISA 1BQLY 1N4FA 5LVIA 1C63A 2YDGA 3LZ2A 1D3FA 5I53A 162LA 1F0WA 1C6CA 3WPKA 1LZRA 4GN4A 4H94A 1LHKA 3W3EA 1IR7A 177LA 3HBHA 8LYZA 3OE0A 2HEDA 4YEOA 171LA 1JTNA 4MCKA 5B1GA 2B73A 2NTGA 2RBSA 3C8QA 2CGIA 3W6DA 1L51A 1LJEA 2W1MA 166LA 1REXA 249LA 3AW7A 2NWDX 1L38A 260LA 5LINA 1IP6A 2EQLA 5LVJA 1L15A 4PGJB 2AUBA 5APFA 4UWNA 1NMMA 4LYBA 1L11A 1GFEA 2BQKA 5HMVA 241LA 4KPMA 3BKHA 1L32A 1LI2A 253LA 1L36A 3WXTA 1WQOA 1OVJA 1C10A 4RLNA 4TX7A 1OUGA 4B1AA 1CKGA 158LA 3GUKA 2HUBA 4I7QA 1KIRC 1CU6A 3TMVA 5KXSA 3LYOA 1D2YA 1ALCA 3AW6A 1JSEA 5K7OA 1L63A 1LMQA 5KXMA 1ZV5L 2OEAX 4EKQA 4EKPA 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1GF4A 1L90A 2EKSC 4XJIA 1UICA 1L71A 4ARLA 102LA 1OP9B 4WMGA 2W1YA 4LYCA 4NHQA 3RU5A 3HBDA 247LA 4WM1A 1CKCA 3B6LA 3GUPA 112LA 1UIHA 1L91A 3CT1A 1OVKA 5KXZA 119LA 1GF5A 200LA 151LA 1WVUA 3HT8A 1VATA 4Z98A 1DI4A 2YBNA 3HTDA 4ZEEA 2BQCA 1W6ZA 1SX7A 4CHXA 1LMPA 209LA 3TXDA 2BLXA 1LSBA 4HTKA 3WU8A 1A2YC 1L94A 1XGPC 4QEQA 3HH5A 1GB8A 149LA 2RAYX 2B6XA 132LA 3JR6A 4ARJA 3AGHA 4LZTA 1LJ4A 3TXHA 1HELA 2O7AA 1ZVHL 3QAKA 1OWYA 4NGOA 1GBWA 5LA5A 3C83A 138LA 3ZVQB 1GF8A 1LGUA 133LA 1J1OY 4M6DA 1L19A 2O4WA 4J1AA 4NSIA 1C68A 4ARQA 1NBZC 1LJGA 4K5YA 1LJJA 4XJGA 126LA 2H9JA 184LA 1GB6A 2YBLA 3A6BY 134LA 1DYBA 4NIJA 1JTTL 1G1VA 1P36A 4NHSA 5JENB 1L58A 142LA 3C8SA 3C7YA 1EQ5A 4WLYA 1JJ3A 130LA 1IP5A 4N0JA 3OE6A 3PDSA 1LSGA 1G7IC 157LA 3MGWA 2BQIA 147LA 1HNLA 5LYZA 1LSAA 4NFVA 3TXIA 1OUIA 1L45A 1UA6Y 1IY4A 1LZNA 2YVBA 1FKVA 1QQYA 196LA 3G3XA 1CV5A 4FJRA 5HLLA 161LA 1HEOA 1OUAA 1C45A 1G0PA 2HU3A 5HQ1A 4DYGA 2LHMA 2ZIJA 1HHLA 1GAYA 1QTCA 1LPYA 3HH3A 1HEPA 1DI3A 4E97A 5I54A 128LA 5KXLA 1JITA 4YOPA 5IHGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4G49 A;  1LSM A;  1GBX A;  3A3Q A;  1B7P A;  1HF4 A;  3WUM A;  4M4O A;  4DT3 A;  1D9W A;  4PJZ A;  234L A;  1PQI A;  3EMS A;  1GF0 A;  3K2R A;  2I6Z A;  109L A;  1FKQ A;  4WM3 A;  5HMJ A;  1B7N A;  4KT3 A;  2RBQ A;  2OE9 X;  230L A;  4CFO A;  1LZC A;  4I7M A;  1WQP A;  1RI8 B;  1IWZ A;  222L A;  4NY5 A;  1MLC E;  3CQL A;  4EXM A;  1LYD A;  5KXY A;  3HDF A;  1L48 A;  2ZQ4 A;  2LYZ A;  1JKC A;  1L35 A;  1LSN A;  1LZG A;  2DQC Y;  1YL1 X;  2ZWB A;  1IOC A;  4OO9 A;  3T36 A;  4Z46 A;  3NY9 A;  3ULR A;  1CKH A;  3CDR A;  1LGX A;  1PQJ A;  2C8P A;  2B75 A;  4I8S A;  4H9C A;  1A4V A;  3B0K A;  5KXO A;  2HUL A;  1GFR A;  4ML7 A;  2L78 A;  2LZ2 A;  1IP2 A;  258L A;  5C6L A;  3N9C A;  4TTD A;  3OK0 A;  1GDX A;  4GN5 C;  259L A;  223L A;  111L A;  1CNS A;  4WLD A;  1GBS A;  236L A;  1L54 A;  2X0A A;  5B06 A;  2BQD A;  146L A;  1C6H A;  1O23 A;  154L A;  3SP3 A;  1C60 A;  3AZ5 A;  4BS7 A;  148L E;  155L A;  3KAM A;  1C46 A;  3TXG A;  1RJC B;  4NGZ A;  1B6I A;  2BQO A;  4I7L A;  1L20 A;  2HUM A;  1CJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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