4W94A

Crystal structure of cross-linked tetragonal hen egg white lysozyme soaked with 5mm [ru(co)3cl2]2
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Preparation of a Cross-Linked Porous Protein Crystal Containing Ru Carbonyl Complexes as a CO-Releasing Extracellular Scaffold
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w94A00
1VDSA 3A90A 1IY3A 3CB7A 4RW2A 3ULRA 4OWEA 2DBTA 4DD0A 3SP3A 1LZ4A 2BAAA 3K3TA 5LAFA 1LAAA 4DD9A 3BKVA 5J7CA 2NWDX 2Z39A 1LMOA 1WQMA 1GF4A 1GXXA 2RSCA 135LA 4WM2A 1LYOA 3RT5X 4Z46A 1E8LA 1BB6A 1VDPA 5LVKA 3WW5A 3GXKA 2F4AA 1WQPA 1WQQA 2BQEA 4XJBA 4CJ2A 1DPXA 3A3RX 1IEEA 2DQCY 4WO9A 4TUNA 4YEMA 5I5QA 1LJHA 3M3UA 3AB6A 4NGVA 2LZTA 1LZAA 1LKRA 2BQGA 2ZYCA 3AZ6A 5I53A 4N1EI 1GPQC 1CNSA 1BWJA 2H5ZA 4NGOA 2DQGY 1LSFA 3IJVA 1CJ8A 4I8SA 3WU7A 4WO6A 1QTEA 2MEGA 4DD1A 1RJCB 1J1PY 3WU8A 5KY1A 1WVUA 4WM5A 4J0LA 1GDXA 1LZRA 2N5ZA 1TBYA 1N4FA 2MEEA 3M18B 1IORA 4TWSA 4WM6A 1LZNA 1UA6Y 4G4HA 1LZDA 1LZCA 1JEFA 1GFTA 1WTNA 1XEKA 2ZIJA 3W6AA 3LYZA 4H9EA 3TXBA 3A95A 1GWDA 1IP7A 4EOFA 5KJ9A 1GB8A 3A67Y 3P65A 3TXIA 5KXTA 1OQMA 4RLNA 4NHSA 2Z2FA 1JTPL 1BHZA 1LPIA 1YL1X 1IWWA 1LHKA 2I6ZA 1DI3A 5A3EA 4PJ2C 1JKAA 1GE1A 1GFHA 3W6FA 4LT1A 4ET9A 4NWEA 4H92A 1GHLA 1YL0X 2HEAA 3J6KA 1FKVA 1UIDA 1GFKA 4NFVA 4WG7A 1B7SA 1JTTL 1YAMA 2MEHA 1QUTA 2FBDA 3RNXA 5KXZA 3A91A 2YBHA 4DD3A 1JUGA 2D6BA 5KXPA 2DKVA 3EMSA 5FELA 153LA 2G4QA 2HECA 5F81A 2YBIA 1DQJC 1IWXA 1QIOA 4OWCA 4ETCA 1LJKA 1DKKA 2PC2A 2HEBA 1HEPA 2W1YA 4BAPA 3TMVA 2MEDA 4HTKA 1NDMC 1LJEA 1UBZA 4H9CA 3TMWA 3TXHA 1CKCA 4XJHA 1IR7A 4RDSA 4WLYA 1RCMA 1ZVHL 1JHLA 1WVVA 1OUDA 5LVJA 4H93A 1UC0A 1OUGA 2DQHY 2EQLA 5ILCA 4BADA 2YBLA 3MGWA 4G9SA 5I4YA 2F30A 3AYQA 4QGZA 2Z18A 4GLAA 4DYGA 1GBYA 3QY4A 1T6VL 2XJWA 1D0LA 3WULA 5APEA 2LHMA 1H87A 1IO5A 4DD2A 1GFVA 1LSNA 2G4NA 4ETAA 1B7LA 1JTOL 4HJZA 1WQRA 1LYYA 4NGIA 4PRUA 1OUAA 2ZIKA 5APCA 3TMUA 3WVYA 4QY9A 1QUSA 1LHJA 1OUJA 1B5WA 4ETDA 1LJNA 1XFPL 1NF5A 4FDYA 2CDSA 2XBRA 1XSFA 1IIZA 1JSFA 3WPKA 1HELA 1REMA 2EIZC 3ZEKA 4B0DA 5LVGA 3W6CA 4MR1A 1JJ1A 3ZVQA 4WG1A 4AXTA 1UUZC 1LZ5A 2HUBA 2LZ2A 3TXKA 5KXKA 4HV1A 1LZ1A 1LKSA 1IP6A 1LYSA 3A92A 3CQLA 1HEQA 4ML7A 4I0CA 1C45A 1GE4A 1T3PA 4H1PA 4XENA 1GF3A 1HSXA 2BQBA 5F9UA 2ZYPA 5FEKA 5HMJA 1LSCA 5T3FA 1B0DA 8LYZA 5I4XA 3OJPA 1YQVY 4ANRA 1KXYA 4ETEA 1EL1A 1HFZA 3KAMA 5APFA 5F16A 1GF7A 1GB9A 5IHGA 2LYZA 3WPJA 5B05A 208LA 1AM7A 2F2NA 1I20A 4WLTA 1OP9B 2BQIA 4XJFA 1OUCA 3WUNA 3LHMA 1IVMA 2EPEA 1VATA 1BB4A 4LGKA 1GFUA 1HHLA 4DC4A 2I25L 4LT2A 1QQYA 1NBYC 3N9CA 1QDTA 1LSEA 4WL7A 1FKQA 4GN4A 1LJGA 1FN5A 1ZMYL 1V7TA 1SLYA 1JISA 2BQHA 4LZTA 3W6DA 2Z2EA 194LA 3WUMA 3TXFA 4X3BA 4QDNA 4H90A 4N9RA 4NWHA 1VFBC 4NGWA 1DKJA 4NGLA 4ET8A 1GXV2 4NGYA 1RI8B 2A7DA 2ZNWY 207LA 2XTHA 1OUEA 4QEQA 3A34A 1LSMA 1FLUA 134LA 1G7JC 4OWHA 1YIKA 1GB6A 4L41A 4H9FA 5ILFA 5FCPA 1LYZA 1LJ3A 4PPOA 2ZQ3A 3AZ5A 1J1OY 1VAUA 1WQNA 1Z55A 2EKSC 2BQAA 4N0JA 1LJ4A 1YAPA 2D4JA 5F9XA 2MEIA 2F4GA 4XJDA 5LAGA 1IOTA 2DQFC 4IJ4A 5HNLA 1B2KA 1O23A 1GFAA 1ZV5L 3ATOA 1YROA 4B49A 1A4VA 4E3UA 5LYMA 3LN2A 1GE3A 3N9EA 4HJVA 1SQ2L 3WXUA 6LYZA 4G4CA 3P66A 2BPUA 5B06A 4WM4A 3VWOA 3TXGA 5A3ZA 4NHTA 1XGTC 2BQJA 4H8ZA 1LZEA 2BQFA 4ZIXA 1IP4A 3QE8A 4LYCA 2H9KA 1REYA 4GCEA 5AMYA 1D0MA 1C10A 1B5ZA 1UIGA 1INUA 1IR9A 1UICA 4B4JA 4HV2A 4XJIA 1F0WA 1HEMA 3AW7A 2ZWBA 3FI7A 5KKIA 1GEVA 2DQAA 1G7IC 1A2YC 1RE2A 2FYCA 4WOAA 4YF2A 5E9RA 4DDCA 3B6LA 5KXNA 4NGZA 1GFGA 4WMGA 4ZFPA 3B0KA 5KXLA 1GE2A 5DLAA 1TAYA 1C7PA 1VEDA 2BQKA 2Z19A 4LFPA 4NHIA 1D9UA 4PRQA 1BB5A 1DZBX 1V7SA 4GCDA 1IP2A 3TMXA 3AZ4A 1LZSA 4U3XB 5DL9A 4PGJB 3HBDA 1NMMA 1DI4A 4C3WA 5K7OA 4Z98A 2YSSC 3G3AB 2HU3A 3OK0A 1HNLA 1UIAA 4LFXA 4DT3A 1REXA 1GAZA 4HP0A 1B7PA 3WUAA 4UWVA 2ZILA 4M6DA 5HQ1A 5IDDA 3AZ7A 1G7MC 2Z38A 1NKHA 5APDA 5EBHA 4WM3A 1EQ5A 1HFYA 2D4KA 2B5ZA 1JITA 1NDGC 2BQLA 2CJLA 3A3QA 4PHIA 1BVXA 1HMLA 2BQCA 3B0IA 4LT0A 4N5RA 4OOOA 4NGKA 4TX7A 1JPOA 1RFPA 1VDQA 5C6IA 3WVXA 4MSTA 1KXXA 5C6JA 1XEJA 3WW6A 1KIRC 1MLCE 3B0OA 4HPEA 4KT3A 1OUFA 1XGRC 4NG1A 3RU5A 4B4IA 1CJ6A 3D9AC 4W96A 3ZVQB 1W6ZA 3A93A 4KXIA 1ZVYB 5E4PA 2YBMA 4G4BA 1G7LC 1F6SA 1FDLY 1W08A 1HFXA 1IC4Y 4XJGA 1IY4A 1B7MA 4UWNA 5B07A 1IWUA 3N9AA 1IOQA 1GF5A 1KXWA 3W6EA 2D91A 2BLYA 4WLDA 1VDTA 3WMKA 1IC5Y 3A8ZA 4H94A 4C5FA 1LMTA 1F6RA 1CKHA 4HJYA 1XGUC 4HTNA 3WL2A 4OW1A 4A7DA 1GF8A 1D6QA 4YENA 3J4GA 2BQDA 4NY5A 4H91A 4J1BA 2IFFY 1GB2A 4GCBA 5B1GA 2HU1A 1LMPA 1UIBA 3RW8A 4CGEA 1LMNA 2DQDY 5KXWA 1JJ3A 3A6CY 4H8YA 4NGJA 4EMNA 4LYBA 1LZTA 4YOPA 1OUHA 2BQMA 1YKXX 4HSFA 1ALCA 3AJNA 4NIJA 1TCYA 1REZA 5LIOA 1OUIA 3CSRA 4CFPA 1KIPC 1C08C 2MEAA 4GCFA 1B7RA 2W1LA 1GD6A 1IWYA 3HBHA 1QSWA 4N1CC 5B59A 4IATA 5KXXA 1NBZC 2FBBA 1GBZA 2HTXA 2C8PA 3HBEX 3WU9A 1GBSA 5L3HA 4BS7A 3W3EA 3A6BY 3D3DA 5KXMA 1OUBA 4N8ZA 1HEWA 1CKDA 4YM8A 5KXRA 1B7QA 1LSGA 1LOZA 3P4ZA 3T6UA 4OWBA 1B5UA 2HEEA 4NHPA 1J1XY 1XGQC 3CT5A 3WXTA 1GAYA 1LJFA 1BWIA 1HENA 5FHWA 1UIFA 1XGPC 2VB1A 4YEOA 4ZEEA 1YANA 1EQ4A 1FLQA 1QDRA 1PZYA 3LZTA 5DM9A 5L3IA 1CJ9A 1JSEA 1CKFA 2YDGA 4H9AA 5HNCA 1LHLA 1GF0A 4O34A 4WL6A 4WM1A 1IOCA 1BWHA 1FLWA 1GFJA 1BGIA 2HEDA 1UACY 1UIEA 2CGIA 3F6ZA 3E3DA 4NHQA 1D0KA 1GB0A 1GBOA 2DQEY 4WLXA 1B9OA 3TXEA 1LSZA 2BQOA 3WH1A 1IP5A 3EO5A 1P2CC 1LSYA 1GDWA 3AGHA 5LINA 2I26L 2LYMA 1LZ6A 4LYMA 4DDBA 7LYZA 1IWTA 1HF4A 4XYYA 5FSTA 5HMVA 2ZQ4A 2HEFA 4LYZA 4Z3MA 1JWRA 1FBIX 4LT3A 3ATNA 4H8XA 1NQIA 1JJ0A 1MELL 5F14A 2ZNXY 4M4OA 1LCNA 1LHMA 1G7HC 1F10A 1GE0A 1IC7Y 3QNGA 2WARA 3WPLA 5II3A 3IJUA 4LYOA 1QSAA 4OOTA 5IELA 3GXRA 1YKYX 1IOSA 2Z37A 5D5FA 4NSGA 2C8OA 4IASA 1UCOA 1LZ8A 1WTMA 4DDAA 4NSIA 4FJRA 5LYTA 2BQNA 4UWUA 4B1AA 1LMAA 3LYTA 4KL7A 1QTKA 3B72A 1NWGA 1GEZA 4DD7A 4NSHA 4TSCA 1LHIA 2FYDA 1LHHA 2Q0MX 3P68A 4RW1A 3RZ4A 3HFMY 1DXJA 1H6MA 1YAOA 2BLXA 4AGAA 1DPWA 5LVHA 1LJJA 1CKGA 1BQLY 1IP3A 4OWAA 1PS5A 1JKCA 4CHXA 2AUBA 1B5VA 1LSBA 1IWVA 3FE0A 133LA 5I4WA 1HC0A 1UIHA 3EXDA 6LYTA 5M1YA 4H9BA 4RLMA 1IX0A 4B4EA 1LJIA 4GN3A 4MCKA 1I56A 4HPIA 5L9JA 1LZYA 4TSBA 2H9JA 4NG8A 5KXSA 193LA 1YILA 1LMQA 4KPMA 154LA 4Z41A 4DWXA 1LZ9A 5KXYA 1LSDA 2MECA 5LYZA 5HLLA 4BAFA 5DN5A 9LYZA 5LA5A 2MEFA 3AW6A 3G3BB 2DQJY 1LSPA 1AZFA 1BB7A 2IHLA 1GB5A 1FLYA 4G49A 2XBSA 4HTQA 5I54A 1KIQC 1HEOA 1HSWA 1TEWA 1C43A 5DN4A 1CJ7A 1GB3A 1I1ZA 4XN6A 2DQIY 5C6LA 1LTMA 1YAQA 4GCCA 5LA8A 5B1FA 3BKHA 2YVBA 1GFEA 3LZ2A 1B7OA 1WQOA 2G4PA 1B5YA 1GBWA 2D4IA 4GLVA 5JENB 2YBJA 1IP1A 4GN5C 2Z12A 1XEIA 2A7FA 1EQEA 3EBAB 3LYMA 1YKZX 1C46A 4D9ZA 1AT6A 1HERA 3CT0A 1D6PA 4LYTA 1HMKA 4H9HA 1IWZA 5FDJA 2MEBA 1AT5A 1NHEA 1TDYA 1JKDA 3AGGG 2YBNA 1LZBA 4H9IA 4R0FA 5KKJA 1IR8A 4ETBA 3CSQA 4CFOA 1B5XA 3P64A 5D5CA 1BB3A 4J7VA 3TXDA 2LYOA 2Y8PA 3A94A 1LMCA 3CT1A 132LA 3A96A 4XADA 3WYHA 5KXOA 3AGIA 1GBXA 4J1AA 3TXJA 1GF6A 1B7NA 2W1MA 3CSZA 3LYOA 2GV0A 5LXWA 2W1XA 3W6BA 4W94A 1GF9A 1BVKC 1JIYA 1GB7A 1LZGA 2CWIA 4NSJA 4II8A 4TTDA 1AKIA 4P2EA 1GFRA 2X0AA 3T36A 4NEBA 1LSAA 4R6CA 1JKBA 1DI5A 3IWRA 5LVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VDSA 3CB7A 2DBTA 1L50A 2NWDX 188LA 1LMOA 225LA 1WQMA 1GF4A 1GXXA 3C83A 4E97A 4WM2A 4Z46A 1E8LA 5LVKA 1L88A 1C6GA 1WQPA 1WQQA 3A3RX 1SX7A 4WO9A 4YEMA 3AZ6A 1DYAA 1BWJA 2H5ZA 4NGOA 2DQGY 1L81A 1L28A 4DD1A 3L2XA 1QTCA 3CDQA 255LA 2N5ZA 1JEFA 1JQUA 1WTNA 3TXBA 218LA 141LA 4YXAC 1IP7A 4EOFA 5KJ9A 109LA 4NHSA 2Z2FA 1JTPL 2XQOA 4ET9A 1FKVA 1UIDA 1L60A 1QUTA 3RNXA 5KXZA 1L98A 2D6BA 153LA 1QUDA 2G4QA 2LZMA 1QIOA 4OWCA 1TLAA 146LA 3TMVA 1NDMC 4XJHA 4RDSA 1ZVHL 1UC0A 2B6XA 3MGWA 3EMLA 4DYGA 2XJWA 1D0LA 1IO5A 1GFVA 1LSNA 1L37A 5LZMA 1QUGA 4PRUA 1L35A 254LA 142LA 1LHJA 1OUJA 1B5WA 1L13A 1XFPL 4FDYA 2XBRA 1REMA 2OU8A 3G3XA 4MR1A 2LZ2A 1LZ5A 197LA 4HV1A 1L30A 3A92A 1SSWA 1C45A 1G0GA 1HSXA 2BQBA 3OJPA 1L21A 3KAMA 5F16A 3CDOA 107LA 173LA 5B05A 2F2NA 1I20A 2BQIA 3WUNA 2OE9X 1WTHA 1JTNA 1HHLA 2I25L 1LSEA 4WL7A 1FN5A 1JISA 1L33A 2OE4X 2ANXA 3NYAA 4X3BA 3K2RA 4H90A 1VFBC 2B6ZA 1DKJA 3HH6A 1C66A 1QSBA 1L02A 1FLUA 4L41A 4PPOA 3AZ5A 1Z55A 1LJ4A 1B2KA 1O23A 4YX7C 2RH1A 1ZV5L 1YROA 4E3UA 3GUMA 1PQJA 3N9EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VDS A;  3A90 A;  1IY3 A;  3CB7 A;  4RW2 A;  3ULR A;  4OWE A;  2DBT A;  4DD0 A;  3SP3 A;  1LZ4 A;  2BAA A;  3K3T A;  5LAF A;  1LAA A;  4DD9 A;  3BKV A;  5J7C A;  2NWD X;  2Z39 A;  1LMO A;  1WQM A;  1GF4 A;  1GXX A;  2RSC A;  135L A;  4WM2 A;  1LYO A;  3RT5 X;  4Z46 A;  1E8L A;  1BB6 A;  1VDP A;  5LVK A;  3WW5 A;  3GXK A;  2F4A A;  1WQP A;  1WQQ A;  2BQE A;  4XJB A;  4CJ2 A;  1DPX A;  3A3R X;  1IEE A;  2DQC Y;  4WO9 A;  4TUN A;  4YEM A;  5I5Q A;  1LJH A;  3M3U A;  3AB6 A;  4NGV A;  2LZT A;  1LZA A;  1LKR A;  2BQG A;  2ZYC A;  3AZ6 A;  5I53 A;  4N1E I;  1GPQ C;  1CNS A;  1BWJ A;  2H5Z A;  4NGO A;  2DQG Y;  1LSF A;  3IJV A;  1CJ8 A;  4I8S A;  3WU7 A;  4WO6 A;  1QTE A;  2MEG A;  4DD1 A;  1RJC B;  1J1P Y;  3WU8 A;  5KY1 A;  1WVU A;  4WM5 A;  4J0L A;  1GDX A;  1LZR A;  2N5Z A;  1TBY A;  1N4F A;  2MEE A;  3M18 B;  1IOR A;  4TWS A;  4WM6 A;  1LZN A;  1UA6 Y;  4G4H A;  1LZD A;  1LZC A;  1JEF A;  1GFT A;  1WTN A;  1XEK A;  2ZIJ A;  3W6A A;  3LYZ A;  4H9E A;  3TXB A;  3A95 A;  1GWD A;  1IP7 A;  4EOF A; 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 1IWT A;  1HF4 A;  4XYY A;  5FST A;  5HMV A;  2ZQ4 A;  2HEF A;  4LYZ A;  4Z3M A;  1JWR A;  1FBI X;  4LT3 A;  3ATN A;  4H8X A;  1NQI A;  1JJ0 A;  1MEL L;  5F14 A;  2ZNX Y;  4M4O A;  1LCN A;  1LHM A;  1G7H C;  1F10 A;  1GE0 A;  1IC7 Y;  3QNG A;  2WAR A;  3WPL A;  5II3 A;  3IJU A;  4LYO A;  1QSA A;  4OOT A;  5IEL A;  3GXR A;  1YKY X;  1IOS A;  2Z37 A;  5D5F A;  4NSG A;  2C8O A;  4IAS A;  1UCO A;  1LZ8 A;  1WTM A;  4DDA A;  4NSI A;  4FJR A;  5LYT A;  2BQN A;  4UWU A;  4B1A A;  1LMA A;  3LYT A;  4KL7 A;  1QTK A;  3B72 A;  1NWG A;  1GEZ A;  4DD7 A;  4NSH A;  4TSC A;  1LHI A;  2FYD A;  1LHH A;  2Q0M X;  3P68 A;  4RW1 A;  3RZ4 A;  3HFM Y;  1DXJ A;  1H6M A;  1YAO A;  2BLX A;  4AGA A;  1DPW A;  5LVH A;  1LJJ A;  1CKG A;  1BQL Y;  1IP3 A;  4OWA A;  1PS5 A;  1JKC A;  4CHX A;  2AUB A;  1B5V A;  1LSB A;  1IWV A;  3FE0 A;  133L A;  5I4W A;  1HC0 A;  1UIH A;  3EXD A;  6LYT A;  5M1Y A;  4H9B A;  4RLM A;  1IX0 A;  4B4E A;  1LJI A;  4GN3 A;  4MCK A;  1I56 A;  4HPI A;  5L9J A;  1LZY A;  4TSB A;  2H9J A;  4NG8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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