4WBJA

Crystal structure of bradyrhizobium japonicum scoi in the oxidized state
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AIGGPFQLTDQNGKAVTDKSLKGKPTLIFFGYTHCPDVCPTSLFEISEVLRAMGKDADKVNAIFISVDPERDTPATMKNYLSSFDPHLEGLSGDPAEIAKVITSYRVYAKKVPTKDGDYTMDHTALIYLMDRDGRFVSPFNLKRTPEEAAADLKRYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Bradyrhizobium japonicum ScoI in the oxidized state
rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Bradyrhizobium diazoefficiens
molecule keywords Blr1131 protein
total genus 51
structure length 157
sequence length 157
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02630 SCO1-SenC SCO1/SenC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4wbjA00
4AF2A 4F82A 2ON7A 4MLYA 1XZOA 2X8GA 1VRSD 3QAWA 4HEA2 2OA7A 5HFIA 2JACA 2WFCA 4FH8A 4GSTA 16GSA 1DBYA 1BAYA 1B9YC 2DJ1A 2MMNA 4IVFA 9GSSA 4WR4A 5GSSA 2VCWA 2CVDA 3GH6A 2ON5A 2R2JA 1XPVA 1B48A 1GUKA 3M9KA 2C0GA 1HD2A 1KEBA 2G0FA 2CX4A 5J4UA 1BJXA 1YKAA 1TI1A 4FYUA 4G9HA 1SK2A 4PUAA 4V2NA 2H72A 2HSYA 1FW1A 3EMXA 2DMMA 3HDCA 2GQKA 3FZ9A 3FZ5A 3KIJA 1AQWA 1OVNA 2NDOA 3IBHA 4QL9A 4HZ4A 2FWHA 3BBYA 4G19A 2IMEA 1J0FA 3DVXA 1EV9A 1USBA 3VK9A 2B1KA 6GSXA 1GTIA 3M3MA 5IM9A 2YWOA 4JZQA 2GZYA 2MMZA 2LNTA 3A5WA 2AYTA 2GSRA 4KNDA 4MH2A 3L9SA 1Z7PA 2GTUA 3DRNA 2GSSA 2P0GA 3VPTA 4V1Ag 2YCDA 4EC0A 3RPNA 2ZNMA 2OBIA 4PNGA 1EGOA 2B5XA 4KX4A 2EIOA 2AV4A 3GKNA 5IO0A 2REMA 4KGIA 3D4TA 1HYUA 2H70A 4K7NA 3HZ8A 2L5LA 1J9BA 5DALA 1GTUA 3DVWA 1T00A 3ZVJA 1PX6A 3D5JA 3P90A 2IMIA 3GKXA 1ZGNA 1O81A 2TRXA 3G7IA 6GSSA 3HJPA 1TW9A 5F0GA 1GSDA 1A0RP 4HU7A 2GDRA 1DE1A 2DLXA 1XWKA 5CP1A 5F07A 3TJJA 5KN0A 2WGRA 1X0RA 4ISDA 2H1BA 1R4WA 4JBBA 4TR4A 1PGTA 1J08A 2VLTA 2FD3A 2G2QA 3CYNA 3KJYA 4NHWA 1M9AA 1SKSB 2M80A 6GSWA 2H0IA 1MTCA 2L5OA 5G1LA 3D0ZA 4HS1A 2VUPA 2OADA 2KOKA 22GSA 2F51A 7GSSA 3QDNA 2K6VA 4GSSA 2Z9SA 4AJ6A 2BMXA 4EO3A 3G9BA 2AUVA 3EU4A 2HRFA 3LJRA 4BWSA 1UA5A 5DALB 6GSVA 1BG5A 1Z9HA 2JZSA 4IJIA 2DSAA 2B6MA 4E8HA 1M2AA 2IPAA 1V9WA 1SYRA 3FRCA 2VCTA 4CDOA 1JZOA 1SU9A 2B5EA 4BA7A 4MZWA 4F0CA 1K0DA 1AC1A 1QFNA 1T8EB 4MJEA 1ZOFA 1O85A 5IMFA 5J3RA 2F8FA 2CZ2A 1YJ6A 1VF2A 2RM6A 5CYYA 4ZB9A 3IK7A 4N10A 2EIRA 4TR1B 1YQ1A 5DCGA 1JZRA 3PGTA 4WBJA 4RI7A 2ZCTA 3HJMA 4WEYA 2H0GA 1F3AA 2RUFA 5EY6A 5KN1A 3TJBA 3M8NA 4TR0A 1TRVA 1ERWA 1AUCA 2TIRA 2VCVA 3P8WA 4NWYA 4EE0A 1VF4A 4MF5A 4L0UA 2DJJA 3DKSA 2LRTA 2C0FA 4J56E 4IQ1A 3WGEA 2H73A 4WR5A 1XW9A 4YQVA 2F8AA 3H79A 4O32A 5A4VA 1EOHA 1TRSA 1ZCPA 5HR0A 1M2DA 3UOMA 3FR6A 3SWLA 2OE3A 1H4OA 3EMPA 4PQHA 1OE7A 3ZMKA 2WULA 1F3BA 1EZKA 4ACSA 5FT3A 1O8WA 2FA4A 1LJRA 3VI5A 2CX3A 3Q19A 2WJUA 4GCIA 5F8BA 2VOCA 1TRWA 3HZ4A 4K0NA 3GKMA 3KGKA 4PGTA 3G7JA 2H1GA 3J7Yb 3KD0A 4AJ7A 4PQ1A 4KCAA 2XBQA 3C71A 3GIXA 4PUFC 4TN8A 1V40A 2L6DA 2R5GA 3IHQA 4V2LA 2GT6A 3F4SA 3CSHA 1K0AA 3LWAA 4OFMA 3KTBA 8GSSA 3HVVA 4MA9A 3C1SA 3Q18A 3KP9A 2GS3A 1E6BA 4WF5A 4K8MA 1A2LA 1ZMAA 2LJKA 2MBTA 2HSHA 3F6DA 1JZDA 1OKTA 2PWJA 1T3BA 1TP9A 5A4UA 4RQRA 2O87A 4POBA 2IN3A 4X1UA 2WDUA 3FEUA 2OE0A 5JCGA 2HRNA 2YPMA 3GN3A 5F05A 3L78A 2PU9C 4IHUA 5DJMA 2FLSA 4WXTA 1K0NA 1GSQA 4BL7A 1NHOA 12GSA 1GSUA 5CRDA 3BCKA 4J57E 3M0FA 1WWJA 1DUGA 1OE8A 1AQVA 3GSSA 5EVOA 2YZUA 2CVKA 3VWXA 2P5RA 4ZBAA 4ZBBA 1C72A 1V2AA 4MH3A 1TK8B 2PN8A 4IELA 2DJ2A 1MDKA 1YKCA 3GUSA 4KDUA 4ECCA 2RM5A 1OC9B 1PN9A 4I6XA 1OC3A 3F4TA 4NXIA 4IN0A 1M0UA 3IDVA 3RBTA 4FYBA 5CRGA 1W89A 1EP8A 1THOA 1F6MC 3KZQA 3D6IA 3KCMA 1U3AA 2VD1A 1JLVA 2X99A 3KMOA 4LMWA 3TKQA 1IYIA 1U6TA 3KM6A 5ECPB 2YZHA 2FUG2 2FWGA 1HNCA 1LU4A 2MMOA 4TKYA 3WYWA 3KXOA 5DBQA 2GVPA 3TJKA 5COHA 2GSQA 5ELAA 1TU8A 2C80A 3QPMA 5HFKA 4OO5A 1V98A 3GA4A 3N5OA 5C00A 3TKRA 1XOBA 5IMAA 2KUCA 4GF0A 4MZBA 4JEDA 1CQHA 2LJAA 3AY8A 4BVXA 1A2JA 2YJHA 1YF1A 1WE0A 2B7KA 2YV9A 2YJ7A 4ECBA 3CSIA 4IGJA 5IQYA 2LSTA 5D8IA 2M46A 1GRXA 2BTOT 3A3TA 2MMAA 1EP7A 5JWRB 4XS6A 5E4WA 1N8JA 6GSYA 2FY6A 1T4YA 2H6ZA 1X9SB 1WP0A 3I6AA 3KEBA 1B4PA 4CW9A 5C04A 4I8BA 5ECRB 3TDGA 5ECQB 1OAZA 2K9FA 4TXOB 2X8CA 2LNSA 3L0HA 4ML6A 4TRXA 1TK0B 4XCSA 4JR6A 4O5RA 2A4VA 1O7UA 1K3LA 5DAKA 5AGYA 2NPBA 1SYXA 2VL2C 4XS4A 5IO2A 5CRHA 2H0HA 3M1GA 1W4VA 3KP8A 4ID0A 1GNWA 4K0GA 2VL9A 2VCQA 3TKSE 4JE1A 2WRTA 5G5EA 1TJDA 3TRPA 4E8EA 3MNGA 4HOJA 4MJAA 1JHBA 2O8VB 4ZB6A 4ZB8A 1GLQA 1I9DA 1PSQA 3US3A 4ULXA 1A0FA 4MCUA 2B5YA 1NHYA 2L4QA 2DIZA 1UVZA 2YP6A 3CSJA 3ZFLA 4F2IA 1EWXA 1OKDA 1AXDA 5G5FA 4YH2A 1T1VA 3NIVA 5FHIA 5LD0A 3TKSA 2JZTA 2LV3A 3CTGA 2H01A 1SL2B 3RHBA 1K0CA 4Z7XA 1ZYQB 4G10A 3UBLA 3LEFA 2J9HA 4NHZA 1A24A 2QGVA 1XXUA 1K0MA 3CBUA 3QFBC 3E3EA 4HU9A 3GMFA 1ABAA 1QXHA 3QAGA 3CMIA 2HXKA 2E2GA 4Q5RA 3Q74A 1U3IA 5DAKB 5ECIB 4ZILA 2VL3A 4XS4B 5DCHA 3GL3A 4N0ZA 1SJIA 2V41A 1MDJA 1XWAA 1GUMA 1U88A 1SD8A 1FG4A 5FWGA 1DE2A 1S3DA 4LLRA 3WT1A 4YAVA 1F9MA 1XW5A 1EOGA 1S3AA 2RUEA 2AAWA 4JR4A 5D73A 1GSFA 2LRNA 3ZVJD 3F3QA 3HKRA 4N11A 19GSA 1RQMA 1NSWA 4D73B 2F3MA 2JL4A 5CREA 5ECKB 1O6JA 5CNWA 1PRXA 3VI7A 2DMLA 4KH7A 2HT9A 3OR5A 4IKHA 1NW2A 4TR1A 4JRRA 1GNEA 1SJ6A 1B9XC 3HJOA 5L71A 2A2RA 1XW6A 4IP1A 5HR2A 4TOPA 4OCFA 3ZL5A 3ZRDA 3TCOA 5B6MA 3PINA 4XIHA 1BYEA 4PNFA 2GLRA 1TK5B 4ZBDA 4P3YB 1K0BA 1DSBA 2DJ0A 1FVJA 5IPGA 5B8AA 2N5AA 3F63A 3FYGA 5IMDA 20GSA 3DIEA 3H8QA 2V1MA 2GQMA 4POKA 1VF3A 3RPPA 3QMXA 2N5FA 1KTEA 3ERWA 1Z3EA 3ERFA 3UAPA 4ZL8A 5HFGA 2PMTA 3H4KA 1HNAA 3ZIVA 4NAXA 4GLTA 4KCEA 1ST9A 2JZRA 4OD7A 2H19A 4DSRA 4RQXA 4IW9A 2PGTA 2JADA 1LBKA 4PURA 3EINA 4FIWA 3V1WA 2H74A 4HJ2A 4OMVA 3F9UA 2KP1A 3GTUB 4YQUA 2L4CA 3UEMA 4MF7A 1GH2A 1TTZA 4BWQA 2IWTA 2LUSA 4HI7A 1AQXA 1JLWA 2B1LA 1WRYA 4L5OA 2C0DA 2YWNA 4IBPA 1AAZA 2RIIA 4DVCA 2YWMA 1M2BA 3L9VA 2IMFA 3F4RA 4HQZA 5ELGA 1AIUA 2LTKA 3N9JA 5E59A 4OFNA 3E0UA 3FZAA 4ILFA 1SJZA 5LNKe 1FHEA 1PMTA 3CXGA 2GT5A 3I69A 3GNJA 4MDCA 4XRDA 3D21A 3IA1A 2VCXA 1ERTA 1ERUA 3LXZA 5AN1A 3EU3A 5B8BA 2JU5A 2H1DA 1R7HA 3GX0A 2V32A 5J9BA 1HQOA 2CAIA 1YZXA 3DXBA 2O85A 1G7EA 5G30A 1F2EA 1EEJA 1M9BA 3GSTA 2LS5A 3FW2A 1PL2A 2CQ9A 2LKUA 3C8EA 2MZCA 2FA8A 4QL7A 3NZNA 3TRQA 1ILOA 3L9UA 4NV5A 3PR8A 3UIWA 1GUHA 1ZYEA 1Z6MA 4GWRA 2ZUPA 3RHCA 4WKWA 2DC5A 1GL8A 5J5NA 1WOUA 3O76A 3A2VA 5A4WA 1SL1B 1FVKA 1CQGA 3ZLPA 2HZEB 2LQOA 1OC9A 3APSA 3TJGA 2I9HA 2YANA 3TJFA 2JSZA 2XPEA 1SL0B 1IYHA 4MMMA 3BJ5A 3HY2A 1GTBA 4WETA 3CTFA 1WJKA 3DMLA 1XVWA 2YV7A 4K6XA 2WB9A 4OWYA 3HHVA 3U5RE 3IR4A 3M9JA 3MAKA 3APOA 4KAEA 1GSYA 2YWIA 6GSTA 2PUKC 3WGDA 3ZMLA 1X5DA 3H1NA 1Z5YE 4L0WA 3LYPA 3L4NA 3K8NA 3TRXA 3GRXA 5ECNB 5INYA 1V58A 3C7MA 1T7PB 1TI3A 3F8UA 1ERVA 5J9CA 4L5LA 4MPGA 1EGRA 3IOSA 3ZZXA 4GQFA 1PKWA 1H75A 3EURA 4L8EA 2VLUA 5ID2A 4F03A 10GSA 3TOTA 5JCUA 4NPBA 2XBIA 1A8LA 1U87A 2L57A 2O89A 1V57A 5DDLA 1K3OA 3PH9A 3D22A 3LGCA 4BPYA 5A5KA 5CO3A 1M99A 3DGQA 6GSUA 3ZFBA 4DSSB 2FGXA 5EPFA 4TXOA 5GZZB 2IFQA 2FWFA 3HXSA 5B7CA 5G2ZA 5DVBA 5GAND 4KDYA 1PL1A 3EWLA 1WPIA 4ZXGA 3R2QA 1ACVA 2H71A 2I1UA 2C1YA 3ED3A 4NV2A 4I97A 2XHFA 3KTLA 1SK0A 5G31A 2GSTA 2H76A 2IL3A 3C73A 3IK9A 2YNXA 2IJYA 3W8JA 2IMDA 5ID2B 2E0QA 3BD2A 2H1AA 4X43A 2C4JA 4GTUA 5D9WA 2H6YA 5DJLA 1Q4JA 1SD9A 3ERGA 3WGXA 4I2TA 3TB2A 2F9SA 2R37A 5JWQB 2KLXA 4Q5FA 4Q5QA 5ECSA 5ECHB 3D4MA 4POLA 1O8XA 1UC7A 3UVHA 1ON4A 2VIMA 5CAXA 3GV1A 4EDZA 1FO5A 1PX7A 2IFQB 2YOIA 2HE3A 4GQCA 3RDWA 3A2XA 5D9TA 4OCEA 4EKZA 5IMCA 1PKZA 2V2GA 3ZITA 1MD3A 5G1KA 1TXXA 2NBSA 4HZ2A 3DD3A 4X0XA 3FHKA 2VD0A 3GURA 1TU7A 2NVLA 4ZL9A 4XTSA 2P5QA 2N5BA 3UARA 4IS0A 2VM1A 2HZFA 3W6GA 3BOAA 1SENA 1I5GA 3UMAA 1X5CA 4RUVA 3MWHA 5IMZA 4IJ3A 2WZ9A 2ES7A 2HNLA 3G7YA 4FO5A 4D73A 5DQSA 1XCCA 1RK4A 4ZL7A 1MD4A 1G6YA 4MF6A 3ISOA 2GZZA 3HA9A 2D2ZA 2LEGA 3FR3A 4HDEA 3IV4A 2J23A 3QAVA 4F0BA 4EDYA 4HJMA 14GSA 4JU5A 1FAAA 5CRWA 1R26A 2H75A 2C8UA 1BX9A 2H8LA 4MABA 3NOFA 5ECMB 4I2UA 5H5QA 1RW1A 1URMA 4I5QA 1UN2A 1SK1A 1EV4A 4KSMA 5IOXA 2WS2A 1Y6EA 1SKWB 2E2MA 1FB6A 1VGLA 2A2SA 4F9ZA 2I4AA 18GSA 1TKDB 3F0IA 3VLNA 3KH7A 4RI6A 4J2FA 2PVQA 4K7OA 2LQQA 2XPDA 3IE3A 1XWBA 4EL1A 3TKPA 2E7PA 3HYPA 2FWEA 2B3SA 1AW9A 3QOUA 1GULA 3UL3A 1XFLA 2I3YA 2XC2A 4QQ7A 2QSIA 2L59A 2K18A 4XRAA 3F6FA 3BCIA 3TUEA 5IMVA 3FKFA 1QMVA 3EVIA 3LXTA 3C1RA 3SBCA 3GTUA 3WT2A 2H6XA 4AGSA 1OYJA 1XWCA 2DIYA 2VO4A 2I81A 5EL8A 5ECLB 1XIYA 4HQSA 1MDIA 5B6NA 3IRAA 2NTOA 3Q6OA 3LQ7A 3VURA 2OE1A 1YEXA 3QR6A 3IAM2 4DEJA 1YEPA 1Z6NA 4EUYA 2L6CA 2VCZA 2VL2A 3U6VA 3LG6A 2FHEA 1M7TA 3CRTA 2HI7A 3S9FA 1MEKA 4GSNA 2DBCA 1YY7A 4CHSA 5KEJA 1G6WA 4K7IA 3TGZA 4N30A 1TRUA 3MDKA 4G2EA 2M72A 3HD5A 1PQNA 2KP2A 3FZ4A 4LA1A 1K3YA 1Z7RA 3FY7A 3RAZA 2K8VA 3ZREA 4IP6A 3LYKA 4AJ8A 1YF0A 2GQLA 1TOFA 4PX1A 4LMVA 2AHEA 1X9MB 1OC8A 1Y25A 3VFIA 1PA3A 4V1Ap 4KDXA 5ECOB 3QD9A 4KB3A 3IC4A 4GXZA 2AJQB 2OBKA 1FOVA 2ALBA 2C3NA 4EXJA 2FNOA 4ECIA 1FB0A 1A2MA 3WD6A 2V6OA 1A8YA 2JSYA 4PQIA 1JFUA 2P31A 4EF0A 2RLIA 4KSOA 1Q98A 1YDKA 1X9WB 4BVYA 2R4VA 4XS1A 1GSSA 5HR1A 1JZWA 2AB6A 2HZEA 1XWGA 3I43A 3EE2A 3UJ1A 3IXRA 4K9ZA 5IPHA 3EC3A 3VPQA 4N0VA 1BQ7A 3ME7A 4HUAA 3LORA 4LL1B 2PVOC 1THXA 3HCZA 2EIQA 3HVSA 4MP4A 1QQ2A 2GGTA 3CRUA 4FYCA 5H5SA 3LSZA 1KNGA 4K1FA 1S3CA 3DYRA 3H93A 13GSA 4NMUA 1B8XA 4GRFA 1F37A 2OACA 5D93A 3E9JB 3ZIJA 3GFKA 1XVQA 3DEXA 3GH9A 3ME8A 4XHMA 17GSA 1TDIA 4MK3A 4O92A 2PERA 4O7HA 3LFLA 3KMNA 4OFTA 2HYXA 4V2MA 1WIKA 2X64A 4ECJA 2DJ3A 2CAQA 3APQA 1ZL9A 5DQYA 4KW6A 5GSTA 3HVXA 1QK8A 1GWCA 5J41A 5HR3A 5F06A 3J7Yk 3FR9A 1XOAA 2CVBA 2CA8A 3QFAC 1EEMA 3EYTA 2MBSA 2H30A 2EC4A 2HFDA 4TXVA 4WF4A 2B7JA 2CV4A 5JCWA 2R3XA 1NM3A 1PD21 2WCIA 4KA0A 1ZZYA 2YN1A 3ZYWA 1R5AA 2H66A 3A2WA 1HNBA 1A23A 2DJKA 1K0OA 4DSSA 3F3RA 4PXOA 3MSZA 4IQAA 1GSEA 3VWVA 1G0TA 2BJXA 3O3TA 5LCZA 1GP1A 4WBRD 1O73A 5KN3A 1XBSA 1X5EA 1N2AA 2PPTA 2GZPA 4ZIJA 5D9VA 5AIVA 5D96A 5IIZA 3GKKA 2IMKA 5H5RA 5GAPD 2K8SA 1QUWA 2X8HA 2PBJA 2O7KA 4OO4A 2OJLA 2IIYA 1SKRB 5JWOB 3IPZA 4TVEA 4Q5NA 2HLSA 3UVTA 3VWWA 4DSQA 4YAPA 2C3QA 4KE3A 3IAS2 2V6KA 11GSA 4POMA 2MYGA 2VM2A 4K2DA 1GTAA 1KBNA 2QKEA 2QC7A 2FCHA 4KUNA 2VAFA 4TR3A 5ABRA 1B4QA 2VLVA 4MPFA 4ML1A 3P7XA 2TRCP 3GHAA 4MJBA 3UBKA 3TKSC 3KH9A 4MZCA 5HQPA 4MJCA 2C3TA 4YQMA 2OKAA 1BEDA 2CT6A 3W8SA 2KHPA 3GL5A 4LL4B 3FK8A 5KN2A 3GX8A 1VF1A 3QCPA 1T4ZA 3O6TA 2LRCA 5IOWA 3GYKA 1GLPA 3VWUA 1R5PA 4TW5A 2C0EA 4EVMA 2LJRA 2R6KA 3ZTLA 5AISA 2CZ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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