4WBJA

Crystal structure of bradyrhizobium japonicum scoi in the oxidized state
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AIGGPFQLTDQNGKAVTDKSLKGKPTLIFFGYTHCPDVCPTSLFEISEVLRAMGKDADKVNAIFISVDPERDTPATMKNYLSSFDPHLEGLSGDPAEIAKVITSYRVYAKKVPTKDGDYTMDHTALIYLMDRDGRFVSPFNLKRTPEEAAADLKRYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Bradyrhizobium japonicum ScoI in the oxidized state
rcsb
molecule keywords Blr1131 protein
molecule tags Chaperone
source organism Bradyrhizobium diazoefficiens
total genus 51
structure length 157
sequence length 157
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02630 SCO1-SenC SCO1/SenC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4wbjA00
1ZGNA 2LRNA 4GXZA 3KMOA 2MMNA 3ZRDA 1M2BA 2F51A 2GGTA 5COHA 1AC1A 2XBQA 3H4KA 3DD3A 2X64A 3G7YA 1PX7A 2H75A 4HI7A 4BPYA 2N5BA 3US3A 2KHPA 5HR0A 2MYGA 1YEPA 3DMLA 4AJ6A 3F6FA 4POMA 2WS2A 3NOFA 16GSA 4WF4A 2VL3A 4KDYA 2NPBA 3QOUA 3KM6A 4EDZA 1T00A 3TCOA 4EXJA 3R2QA 3KH9A 5DCGA 3EMPA 4TXOA 3VI5A 1A2MA 3MNGA 4LA1A 3M9KA 3TJKA 8GSSA 2GSSA 1K0AA 4KCEA 4J2FA 2RUEA 3ZFLA 1X9WB 1TOFA 4PQIA 4G9HA 22GSA 2A4VA 2LJAA 2PVOC 3ZMKA 1GLPA 3FZ9A 5ABRA 1V57A 2MMOA 4ZBBA 1GULA 4DSSB 1BQ7A 3I6AA 3HKRA 2DMLA 5ECRB 1TU8A 4MDCA 1XWAA 1KTEA 3JCML 1XW9A 3GKNA 1EOHA 14GSA 4N30A 2Z9SA 4HQZA 3DEXA 1X0RA 2L57A 4X1UA 3IOSA 2H1AA 2M46A 3H93A 3QAGA 3ZITA 4BWQA 3IAM2 3TGZA 2I3YA 4ZXGA 1ST9A 1KEBA 5GAND 1NW2A 2OKAA 3IV4A 1W4VA 3GNJA 1GSFA 1H4OA 3F9UA 2JSZA 1MEKA 1SL0B 4PNGA 4ISDA 3LWAA 1X5DA 2C4JA 5C00A 1OC9B 1J9BA 4ML6A 4OD7A 1Y6EA 5A4UA 4X0XA 3TKSA 4OFNA 1QUWA 2HRFA 2WB9A 4EC0A 3CYNA 2O85A 6GSYA 2YP6A 4CHSA 5LD0A 1GSDA 1RQMA 1OE8A 1Z7RA 2HNLA 5E4WA 3C71A 2R4VA 4O7HA 2O8VB 2WRTA 4JRRA 3NZNA 1XWKA 4FYUA 2HRNA 2C1YA 2BMXA 2KLXA 2VM2A 3CMIA 2L6CA 2PN8A 3ZL5A 1XOBA 3EYTA 1Z5YE 4WBJA 1B4PA 5HR1A 3VFIA 2VUPA 1FO5A 5D9XA 1TU7A 5JCGA 3I9V2 4KCAA 3J7Yb 4IJIA 4MZCA 4XS6A 1TJDA 4K7OA 1WWJA 5HFGA 3MAKA 3TJBA 3WT2A 1A0RP 4TR3A 4BWSA 1GNEA 1VF2A 2VCTA 3G9BA 1R26A 2DIYA 2YCDA 17GSA 2VCWA 1OE7A 2NDOA 5B8BA 6GSTA 5HR2A 1JZRA 2H0IA 5DJMA 5B7CA 4JBBA 1GP1A 2VOCA 4IGJA 4V2LA 5G5FA 1VF3A 4ECCA 4IN0A 4O92A 1TP9A 3GSTA 2HT9A 2H6ZA 3E0UA 3F63A 3BJ5A 4G2EA 4ZILA 2XPDA 5DAKB 1FHEA 5DBQA 1WIKA 4YQVA 1U3IA 2E2GA 1TDIA 2A2SA 1SK0A 3FR3A 4MJCA 4XIHA 4F82A 4MZWA 4PURA 1SU9A 1X9SB 3LYPA 3HJOA 4MLYA 1ZYEA 3QAVA 1HNCA 2I4AA 2YWMA 3UEMA 1SJIA 2YZUA 1VGLA 3H79A 3V1WA 4TR0A 3KTLA 5DALB 3KIJA 4K9ZA 1XPVA 3UAPA 2H1BA 1GH2A 3FR9A 5ECQB 3LGCA 2QC7A 5ELGA 3TOUA 2HXKA 2V1MA 3ZVJA 2OE3A 2LUSA 3DWVA 4HOJA 1SJZA 1TRUA 2VCZA 2LTKA 3GHAA 3C73A 1TRSA 2WZ9A 9GSSA 3ZMLA 3ERGA 2DJ3A 3FZ4A 2K8SA 4TKYA 1V9WA 1R4WA 4BA7A 3PGTA 3P8WA 4FYCA 2REMA 2NVLA 1LU4A 1AUCA 2CX4A 3PH9A 5DAKA 2H72A 1K3OA 3P90A 4OMVA 1A8YA 5H5RA 2RM5A 10GSA 1FAAA 3L9UA 1F3BA 3GL3A 3G7IA 4BVXA 3LORA 3F3QA 4TR1A 3UVHA 4MJBA 3C1RA 5IPGA 2FD3A 2LQQA 1OC3A 5DJLA 5JWOB 19GSA 5CO3A 4FH8A 1PGTA 1R5PA 5DALA 3GYKA 5F0GA 2BTOT 1IYHA 3SBCA 1Z3EA 4HDEA 5ID2A 3UVTA 3FRCA 3H8QA 4RQXA 2LJKA 1SL2B 1SYXA 2H74A 3ERFA 1BG5A 4MPFA 4WETA 2JL4A 1SKSB 1XVQA 5ECIB 3TDGA 4NHWA 2LJRA 3L78A 3GIXA 3W6GA 2AUVA 3LSZA 3KMNA 2K6VA 3BCIA 3FK8A 2WULA 4HJMA 3UARA 4I97A 1BYEA 5EVOA 4HU9A 2H8LA 2DJKA 4K0GA 4OCFA 2FLSA 4BL7A 1SK2A 4Q5RA 3FZAA 5D96A 1GSSA 4N10A 3DVXA 4DEJA 2X8HA 3LFLA 2DIZA 3TRPA 4OO5A 1V40A 5IO0A 1EOGA 4ECIA 2GTUA 3VWVA 3WGEA 4J56E 5L71A 2DBCA 2EIOA 2ZCTA 1LJRA 5G5EA 4TR4A 3UBKA 1JLWA 2AYTA 4ULXA 2VL2C 2GSQA 1ERWA 1JZDA 3A5WA 3GTUA 1AW9A 4XTSA 5LNKe 1A2LA 1IYIA 4ZB8A 3TKSC 1EV4A 4HQSA 2H01A 5D9TA 1GSEA 2R37A 3MDKA 1YDKA 2WDUA 6GSSA 4I5QA 3TJJA 2JU5A 3WT1A 3ZLPA 2VLTA 4K7IA 5HQPA 4OFMA 2C80A 3BCKA 3Q74A 1JZOA 2P5QA 5AIVA 4HUAA 1BJXA 4ZL8A 3BOAA 5CAXA 2A2RA 2HZFA 2XHFA 5KN3A 2L5LA 4OCEA 2R6KA 1S3CA 2NTOA 5CRGA 4V2NA 2CZ3A 2J23A 5LCZA 2B5EA 4J57E 2YNXA 2PPTA 3IC4A 2B1LA 4PGTA 3HVXA 4NHZA 4N0VA 2QGVA 2MBSA 1SD9A 2CX3A 1UA5A 2P31A 2YOIA 1WP0A 5G31A 2R2JA 2AB6A 4YQUA 1PX6A 3E3EA 2VCQA 3FW2A 2IMIA 4GSNA 1NHYA 2CAQA 2C3NA 1YKAA 2VCXA 4KGIA 4HZ2A 3TJGA 12GSA 5B8AA 1K0NA 1TTZA 4KNDA 2PUKC 4EL1A 4XRAA 4D73A 1TW9A 2LS5A 2PWJA 4XRDA 2L4QA 5IO2A 4K7NA 1N8JA 3RPNA 1VF4A 2PVQA 4ZB9A 3MSZA 1J08A 1MDJA 3Q18A 1ON4A 1WJKA 4KW6A 1AQVA 1M99A 2YV9A 1GWCA 5ECHB 4EDYA 3QD9A 2JADA 1UC7A 3LQ7A 1DE2A 5IOWA 4ECJA 4ECBA 3SWLA 5J9CA 4N11A 3IAS2 3ZTLA 5FHIA 2WFCA 3VWXA 3GX8A 2V2GA 2VLUA 5AN1A 3F6DA 5H5QA 5FWGA 1F9MA 3CTGA 1O6JA 5D73A 5IMDA 2DC5A 3O6TA 4OO4A 5CREA 4HEA2 1V98A 2E2MA 18GSA 2LKUA 3IK7A 5KN1A 2ZNMA 5J3RA 2PGTA 5GAPD 4GQCA 1QFNA 5AGYA 1WOUA 3M9JA 2RIIA 2VL2A 4NWYA 1TI1A 3GMFA 2C8UA 2TIRA 3IRAA 5CP1A 2GQMA 1MDIA 4MP4A 3IXRA 4WR5A 2MBTA 1T4YA 3TKRA 1ERTA 4POLA 2OA7A 2ON7A 4IP6A 4CDOA 5DDLA 1SENA 3UOMA 5HR3A 1MD4A 3LEFA 3TB2A 1GLQA 6GSWA 3HVVA 4IKHA 2CVBA 5IM9A 3HD5A 1B4QA 1PD21 4BVYA 3RHBA 1AXDA 4IHUA 1LBKA 3FEUA 4EE0A 3E9JB 1U3AA 5A5KA 3KTBA 1OVNA 3L9SA 1TK0B 4PXOA 4EO3A 4K8MA 2VCVA 1X5EA 2XPEA 3KCMA 2OJLA 1H75A 1USBA 1Q98A 2FWHA 2H71A 3HJMA 2CV4A 1K0DA 3W8SA 2EIRA 2XC2A 5ECOB 2YJHA 2D2ZA 5JCWA 4DSQA 2TRXA 4KH7A 4AGSA 5FT3A 3M0FA 2M72A 1PN9A 4MF5A 3WD6A 2C0EA 3N5OA 1GUKA 1GTAA 1GTUA 1G6YA 1Q4JA 1K0BA 2PU9C 3CRUA 4KSMA 1ML6A 1SKWB 1N2AA 1CQHA 4POBA 7GSSA 2QKEA 1PL1A 2YV7A 1FOVA 3TOTA 2X99A 3F4RA 4IQ1A 2AV4A 4KX4A 3O3TA 3TJFA 4XCSA 2ON5A 1B48A 2FGXA 2V32A 3VI7A 2L59A 3L9VA 1M9AA 4Q5FA 3GFKA 1FG4A 5B6MA 1Y25A 4N0ZA 3TRQA 2I81A 4WEYA 5JWQB 1TK5B 1SJ6A 3VLNA 5F05A 2CZ2A 4TR1B 3FY7A 2OBKA 1Z6NA 3CXGA 4JR4A 1OC8A 3MWHA 3ZIJA 1CQGA 4ZB6A 2I1UA 4XS4A 2LQOA 3RHCA 3DYRA 1EEJA 3QFBC 13GSA 2C3TA 3TRXA 2BJXA 20GSA 3KGKA 4PQHA 2F3MA 4KA0A 5ID2B 2HSHA 4LLRA 1GSUA 2DJ1A 3QDNA 4RUVA 3UMAA 3GV1A 5IIZA 5ELAA 3GSSA 3FZ5A 4EUYA 5KEJA 1Z6MA 2FA8A 2PERA 3GX0A 4KAEA 3CSHA 2H70A 1JZWA 1K3LA 1E2YA 5G2ZA 1HD2A 4WKWA 1K0OA 5CNWA 5G1LA 5G30A 3HA9A 4JU5A 1YZXA 4ZBDA 1NM3A 2CVDA 5D9VA 3ISOA 2F9SA 1FB0A 3CRTA 4Q5QA 2I9HA 1QK8A 1QGVA 2L5OA 4PUAA 3J7Yk 3ZREA 3PR8A 4IQAA 4F9ZA 5ECKB 1GRXA 1TKDB 2HLSA 3KP9A 2B5XA 1RK4A 4MCUA 1GTIA 3D0ZA 1XVWA 3CSJA 4POKA 4JR6A 2O87A 2O7KA 2OBIA 3GTUB 2IFQA 4IJ3A 4IELA 2YN1A 5KN0A 6GSVA 4MA9A 1HNAA 3ZZXA 4EF0A 2GQKA 3APQA 1ZYQB 2IN3A 3G7JA 3EC3A 4KUNA 1ILOA 3GL5A 1BAYA 2GSTA 3EWLA 2F8FA 2H19A 3U5RE 4YQMA 1T8EB 2VL9A 2H73A 2DJ2A 3KZQA 4AF2A 4V2MA 3D4MA 4QL9A 2E7PA 2IIYA 2L6DA 2YWOA 2H6YA 2IMKA 2JZTA 2IL3A 5F07A 2JZSA 3Q6OA 2HSYA 4ACSA 3M3MA 4F2IA 3LXTA 2JZRA 1RW1A 1OYJA 4FYBA 2GVPA 4L0WA 1PL2A 4GSSA 4XS1A 2C0FA 3EMXA 5D8IA 1V58A 2H76A 3TKPA 1EP7A 2EC4A 2KOKA 4H86A 1B8XA 2LRTA 4IS0A 5EY6A 2IMDA 4K6XA 2AJQB 2GS3A 3ZIVA 1JHBA 1EEMA 2IJYA 4V1Ap 3RAZA 4F0BA 4WF5A 5IMFA 1WRYA 1WMJA 2C0DA 1YJ6A 1O8WA 2WCIA 1O85A 1EGOA 4D73B 3HCZA 1KBNA 1AIUA 3UBLA 4K0NA 5AIXA 4Q5NA 5IMCA 3GN3A 4GWRA 1ZL9A 2LNSA 1KNGA 2YPMA 3DIEA 1S3AA 3QCPA 4TW5A 3D5JA 4LL4B 5AISA 1TRWA 1K3YA 2K9FA 1GUMA 1XIYA 3VWWA 1XW5A 1ACVA 2FUG2 3APSA 3WGDA 5F8BA 4QL7A 3TKSE 3P7XA 2OADA 2CQ9A 4I8BA 2EIQA 1GNWA 1OAZA 4ILFA 2GDRA 2H0HA 4X43A 2RLIA 2V41A 4NAXA 2RM6A 4WR4A 2B7KA 1SK1A 2WJUA 1TI3A 1U88A 4PX1A 1EZKA 3QR6A 3HDCA 1Z9HA 1X5CA 5J4UA 5ENUA 2HFDA 1DUGA 1YY7A 4MF7A 2P0GA 4G10A 3QPMA 4LL1B 4F03A 1T4ZA 2X8GA 3D21A 1JFUA 3LYKA 5DVBA 4YAPA 2HYXA 2H0GA 2KP2A 3HHVA 11GSA 3K8NA 1YQ1A 4NV2A 1XFLA 4YH2A 1U87A 4NV5A 2VO4A 4RQRA 3PINA 1OKDA 1XZOA 3VPTA 1YF1A 4MF6A 1T1VA 2IWTA 4MPGA 5IOXA 5EL8A 2YZHA 1O8XA 5IMAA 1ERUA 2CVKA 1EP8A 3IA1A 2YWIA 1I5GA 2VAFA 4ML1A 3F3RA 3C7MA 2GSRA 5G1KA 3VWUA 2N5AA 1O81A 2VLVA 3QMXA 3A3TA 4G19A 5IMZA 1DE1A 1PKZA 1UVZA 1MTCA 1BEDA 1S3DA 2M80A 3GUSA 4KB3A 1EV9A 2HZEA 4EKZA 3F4TA 3HZ4A 5IQYA 4EVMA 4MABA 5B6NA 3L0HA 4I6XA 2C3QA 2MMAA 4RI6A 2NBSA 3ME7A 2C0GA 2DSAA 2CAIA 4MK3A 4V1Ag 3VURA 3IR4A 4L8EA 3IHQA 4YAVA 1E6BA 5EPFA 3DGQA 1URMA 3U6VA 2V6KA 2IMEA 3HVSA 4L5OA 1B9XC 5IPHA 4I2TA 5A4WA 2FY6A 2F8AA 4ZIJA 5INYA 1W89A 4I2UA 4XHMA 5ECSA 1OKTA 2LNTA 1BX9A 2P5RA 6GSUA 4GSTA 1GSQA 3ZFBA 2FA4A 4QQ7A 5DCHA 3I43A 1A23A 4NPBA 3BD2A 2HI7A 1PKWA 2B3SA 1O73A 1GSYA 5H5SA 5F06A 2X8CA 1YKCA 5C04A 3VPQA 3EU3A 1SL1B 3Q19A 3ERWA 2GZYA 4HS1A 1A8LA 3F4SA 3HY2A 4GQFA 4XS4B 3A2XA 5A4VA 2B5YA 1DBYA 2QSIA 2YJ7A 4DSSA 2DJJA 3KP8A 5GSTA 1VF1A 4Z7XA 4ZBAA 3D6IA 2FNOA 2CA8A 4KSOA 4GRFA 3FKFA 5D9WA 2GT6A 4PQ1A 3D22A 4K2DA 1V2AA 1ZZYA 4IBPA 2H1DA 5DQYA 1GUHA 1O7UA 1TRVA 3I69A 4P3YB 2IMFA 2FWEA 3KD0A 1EWXA 1GTBA 4K1FA 1G7EA 1MDKA 4L0UA 4CW9A 2ES7A 3ZYWA 1PRXA 2YANA 4IP1A 1XCCA 2VM1A 3M1GA 3DXBA 5J9BA 4TOPA 2FCHA 2H6XA 3CSIA 4NXIA 1R7HA 5CRDA 3S9FA 1XWGA 3CBUA 2ZUPA 3GKKA 3CTFA 2GZZA 2FWFA 3GKMA 4E8EA 2RUFA 2GQLA 1AQXA 1GL8A 2G2QA 3H1NA 4GLTA 1OC9A 1UN2A 2PBJA 2XBIA 4E8HA 4JE1A 1G7OA 1QXHA 4IW9A 1NHOA 1XBSA 3AY8A 2HE3A 1XXUA 3GURA 1A2JA 5CRWA 2OE1A 1PSQA 5ECPB 3A2WA 1ERVA 2VD1A 3WYWA 2AAWA 3TKQA 2IFQB 3ED3A 3EURA 2B1KA 1X9MB 1HQOA 1K0MA 1JLVA 3HJPA 2GLRA 3GKXA 3A2VA 1FVKA 3KXOA 4WXTA 2O89A 4MJEA 2V6OA 1ZCPA 2DJ0A 3KJYA 4ID0A 1ABAA 5JWRB 3GH9A 5J41A 1U6TA 1VRSD 3QFAC 3IDVA 3W8JA 5CYYA 4HU7A 2JACA 3FYGA 2KUCA 2MMZA 3LJRA 3DKSA 3EU4A 1AQWA 5HFKA 2K18A 1TXXA 2H30A 1T3BA 3APOA 3D4TA 4PUFC 1FVJA 2FWGA 1M0UA 5ECMB 4AJ8A 4L5LA 4GCIA 4O5RA 4TXVA 3IPZA 3UJ1A 1PA3A 5GZZB 4ZL7A 1B9YC 5CRHA 5GSSA 4TN8A 3HZ8A 1TK8B 5KN2A 4ZL9A 4FO5A 2J9HA 3P2AA 3GRXA 1HNBA 5ECNB 1C72A 5E59A 4LMWA 2PMTA 2R5GA 2OE0A 5HFIA 3UL3A 1FW1A 4DSRA 3EE2A 4WBRD 1F3AA 1SKRB 3L4NA 4MH3A 2ALBA 1K0CA 2WGRA 1M9BA 3C8EA 3N9JA 5JCUA 3UIWA 4MH2A 1WE0A 2VIMA 4JZQA 2N5FA 3F8UA 3NIVA 3QAWA 3KH7A 4HJ2A 1PQNA 1J0FA 1YEXA 3GH6A 2LV3A 2H1GA 3C1SA 2L4CA 5J5NA 1QMVA 5IMVA 1F2EA 4MMMA 3IBHA 4GTUA 2R3XA 1Z7PA 3HYPA 3KEBA 3WGXA 4HZ4A 4KDUA 1M2DA 2K8VA 1QQ2A 2LEGA 4F0CA 3DVWA 3RDWA 4KE3A 4RI7A 2IPAA 3GA4A 1M7TA 3HXSA 2KP1A 1NSWA 1ZOFA 3RPPA 3DRNA 4OFTA 1EGRA 3LG6A 1M2AA 4NMUA 2B7JA 1AAZA 6GSXA 1PMTA 2LSTA 5DQSA 4MJAA 2LRCA 1ZMAA 2DMMA 1T7PB 4PNFA 2E0QA 3EVIA 2AHEA 3FR6A 2FHEA 4AJ7A 2MZCA 3ME8A 3TUEA 2OACA 2G0FA 3OR5A 4KDXA 1MD3A 1F6MC 1FB6A 3O76A 5D93A 3IK9A 1G6WA 2VD0A 4MZBA 2H66A 4OWYA 3EINA 3ZVJD 1THXA 2DLXA 3FHKA 1YF0A 4FIWA 2TRCP 4TXOB 1SYRA 1SD8A 1A24A 2JSYA 3BBYA 1A0FA 4TRXA 1HYUA 5ECLB 4O32A 1XWCA 1DSBA 3LXZA 1F37A 4LMVA 1WPIA 2GZPA 4TVEA 2YWNA 4IVFA 3IE3A 1G0TA 3M8NA 2GT5A 1I9DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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