4WEDA

Crystal structure of abc transporter substrate-binding protein from sinorhizobium meliloti
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
490
structure length
483
Chain Sequence
GTLRVAIAKPAGNLDPQSHYAIWAIQDLMFEPLVKYGKGGQIEPCLATDWKIEDGGKTLHLTLREGVKFQDGTKFDAAACKWNLERWMGIDQFSWMNCSKHFQSLEVVDDYHITVHFKEPVLALMQELSYTRPTRFLSPKSVDADGKFKEPVGTGPWVQISADDTQSVFEHYDGYWGDKPTYERLEAKVIPDARSRVAALRAGEIDLVGGFWIAPLTPEEGKQLEAAGFNVVVDPGNVTLVMAFNPDRAEPLKDPQVRKAVSIGIDRAAISKVLYHGYAKPAGNMFSAALPYAGKQFDAPVRDAAAASALLEKAGWTGSPIRSKDGKPLTLELVVSPDAVPGSRVIAEVIQSEMKEVGIDLVIRSVDHAEQKYDLGFFLTYGAPYDPFGSLVALCLSTFKNDVEGKLVTDPVNLDPLINAATAATGDQIEPTIQKVYDWLRDNDAIAPLVYVPSIWAHSKRVQGFTSPVTEYDMPYENIVLAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of ABC transporter substrate-binding protein from Sinorhizobium meliloti
rcsb
molecule keywords ABC transporter, periplasmic solute-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Rhizobium meliloti
total genus 121
structure length 483
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4wedA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wedA01
5DEXA 3U1OA 4OEUA 3SEXA 4BLAA 5CC2A 3MW0A 4G68B 3ODBA 4N6PA 2QSXA 3FJGA 3TUSA 3E4RA 1MRPA 3Q27A 1OMPA 4ZE8A 4R2FA 4U21A 5L9SA 4LATA 2VOZA 4QFKA 5ELVA 4NE4A 2AIXA 2XXYA 1DTGA 3CFLA 5ICQA 3FVOA 4KCDA 4QFNA 4X9TA 4G8MA 1B5JA 3OELA 4YB5A 3TQWA 1B52A 3IB2A 3OO9A 4GXSB 1URSA 1A40A 4O3CA 1B5HA 1XC1A 3W9WA 4KCCA 1SW2A 1N7WA 1R1NA 4OQOA 3C9HA 2XD2A 3FVKA 3FV1A 3FD3A 2AL5A 3S9NC 5TU0A 3CSBA 1B7UA 3V83A 2F8DA 4GL0A 3VLVA 1MQJA 3PPQA 3N6UA 1BTJA 2AL4A 4ZE9A 3QK6A 2G29A 4OFJA 3S9MC 4H67A 2V25A 4R2BA 4UACA 2ALUA 1UTHB 5H8NA 4LQ5A 1Z7NE 4FECA 2H99A 1TT1A 1B7ZA 4H65A 2ABHA 2M8CA 1QUKA 1MQDA 2F36A 3K0VA 3IOWA 4XKNA 2ZNUA 5DT6A 2HXWA 4POXA 1Y20A 5DYHA 3VE1B 2Z22A 4HTGA 3R6UA 4ONYA 4U22A 1NFTA 3CVGA 3CIJA 3IO6A 4OFOA 3FIRA 1JNFA 4NF6A 4ZS9A 5CMCA 5ISUA 2O7IA 2XXXA 1JEVA 3MBPA 1R9LA 1B0HA 4U4SA 3OENA 4ESWA 4E0XA 2QMWA 3TODA 2UVGA 3MVZA 3ZS6A 1CE2A 2D21A 1T0KA 1B9JA 4RA1A 2DE3A 1O7TA 3IOVA 4ZEDA 2IA4A 3FJMA 3QAXA 2B4LA 3SDFA 4GLIA 4OERA 1URDA 1NH8A 3JYRA 1FQFA 2NUVA 4QSDA 4WEDA 1MDP1 1B1HA 3B6QA 3LSFB 5AA2B 2PMSA 2ONSA 2UYFA 2PBWA 1GR2A 4LZ5A 2CMOA 5H8FB 3I6VA 1B58A 1QKBA 3KN7A 1MPDA 3C33A 3HN0A 3PD9A 4XKPA 3PUVE 4NF8A 1NKXA 1JEUA 5FHOA 2HEUA 2OJTA 1SW1A 2OCUA 1MH3A 4Q5TA 3KZGA 1URGA 1B6HA 1PEBA 4ZZEA 1L5TA 3ILTB 1ZU0A 1XT8A 5JK4A 3B6TA 1OVBA 1EZPA 2Q8JA 5I2KA 1IUDA 5L9MA 4NMYA 5CBRA 3C4MA 5H8HB 3T9XB 3K1NA 1MPCA 3O6IA 4UA8A 3K4UA 4H8JA 1TFDA 2F6GA 1LB8A 2E0SA 2Q2AA 3LSLA 3O97A 2FA7A 1SI1A 3OO8A 3CHGA 4POWA 2QPQA 4H1XA 4P0GA 1FQCA 1JW4A 1US5A 2X26A 4X48A 1MQIA 2QJEA 1H43A 3TTNA 4LZ7A 1MXXA 4TQUQ 1FCKA 1LCTA 2WOKA 4WEPA 1QKAA 4R9GA 3B6WA 5AA4A 2P0SA 4OWDA 3TCHA 1XVXA 2B3BA 3OO7A 1NNPA 4JB7A 4DIGA 1MM7A 4GQOA 1ZTYA 1QW0A 4ELOA 2DP8A 1HSEA 3HCQA 3V8XB 3H6TA 4OETA 1UIUA 3OOAA 3VXBA 3AXFA 3QUFA 1PB8A 2ONKE 1S7YA 4K3FA 2I49A 4P0IA 4DZ1A 2RC9A 3TTKA 4EUOA 3CG1A 1Y1MA 2O68A 4IY5A 2V93A 4QFPA 3LSWA 2HAUA 3N94A 3IB1A 1QULA 1LCFA 4BDRA 1N0TA 3TTMA 4F1VA 1B40A 2F7BA 4JBZA 1LAXA 4OENA 3DP6A 3MZ9A 2I3WA 2VD3A 2I0BA 3DRGA 1Y9UA 5DVFA 1EZOA 4F3BA 1AH5A 3SEUA 2ESNA 3PPOA 2Y7IA 1IITA 3DRKA 2P1SA 4DLDA 3GLBA 3Q28A 5I58A 2DVZA 2R6GE 3MVWA 4KPTA 4GL8A 1RYXA 2GRVA 3G3IA 2O69A 1MY3A 2X7QA 4Z7EA 2I6EA 3DRFA 4ZEIA 3RY3A 3SEVA 1S9TA 3I5OA 3PPRA 4GXAA 1MPBA 1RYOA 3OO6A 5BUUA 1US4A 1NH7A 4IO7A 2H4IA 3DELB 4H0WA 5A5XB 4MF3A 3FASA 5L8DA 2XXTA 3VLWA 4O3AA 4LZ8A 4EQBA 4IO3A 2OK2A 2ZYMA 5KDTA 1D9VA 4EDPA 4QSEA 1ZKBA 3U93A 5H8QA 5DVJA 3FXUA 3O2AA 3IJOB 3ZSFA 2UVJA 1NNTA 3G3GA 3TFLA 1ZMGA 1NMUA 3MWBA 1SBPA 3H7MA 3T22A 3H03A 1VR5A 5HM4B 3RYAA 1SD3A 3UK4A 2V3TA 1MQGA 1FQEA 4TOZA 1FQAA 3N5LA 3GBAA 5JTYA 2H25A 3LVUA 4HS7A 4QFLA 1NL5A 3MPLA 2V3QA 3KJ7A 5H8SA 3G3KA 1LAFE 4N13A 3E9XA 2XD3A 3TTRA 3LC8A 4R72A 4I1DA 3JZJA 1MXZA 3HPIA 4FEBA 3IOTA 2D5WA 3O28A 1JETA 4ZEBA 4TLMB 1Y3PA 5K2XA 2Q9TA 4H8IA 5TPAB 1B4HA 2B4MA 3FTOA 3G7WA 3H6VA 3JV9A 4NF5A 1VSOA 1ZBMA 2NVUB 4RY1A 4QFOA 1JQFA 4OHNA 3LSXA 1F9BA 3FXRA 3O6PA 1BP5A 3RNNA 1IIWA 2WOLA 3TELA 3RN8A 1BKAA 4XKRA 4C1UA 2UVHA 2GHBA 1I6BA 1DPPA 4MLQA 5TP9B 3M3LA 1PC3A 1BIYA 2YLNA 3S9EA 1DMBA 3H6UA 3LBSA 3O6HA 4QRZA 5EHMA 3RPWA 1B5IA 4PE5B 5I57A 3KEIA 4IO5A 3KSXA 3OD7A 1GTKA 2QS4A 1IZ1A 2E1SA 3VXCA 3S9LC 4OXVA 3F11A 2PYYA 1XOCA 2BJJX 4R74A 4JWYA 3U92A 3PUWE 2WOPA 1SW5A 5DVIA 2QL3A 3LUYA 1B05A 1NNKA 3RT6B 2WKYA 3GZGA 2I58A 4R9FA 3T96B 3G3JA 3MP6A 1UTBB 2R71A 1VFDA 2I3VA 5AA1A 1EH3A 4KD5A 1M5FA 1H76A 3HSTA 4AB6A 2A5TA 5I56A 1Y3QA 4P11A 2DQVA 2Z23A 3BBRA 3UGWA 4JWOA 2UYEA 4E0WA 1B1XA 2Q88A 4NEDA 4OMBA 5HBCA 1FTLA 5FHMA 2Q89A 3DRHA 1DTZA 3FVGA 3IAZA 4Q0CA 1FTKA 4LA9A 3W15C 2QMXA 4JWXA 1Q35A 3U8QA 2XXVA 1I6AA 2Z8FA 3O6GA 1J1NA 2QRYA 3HHGA 3T93B 4GVOA 1I69A 3H06B 3U94A 1MXUA 1TXFA 3MP1A 5K2YA 4NTLA 4IGTA 4IO2A 3V89B 3K6UA 4IO6A 2VGQA 4G68A 1ELJA 1RKMA 2AYSA 4ZECA 2RC8A 2DWJA 1A55A 3UP9A 4PFTA 1LFGA 3O29A 4OYVA 4KYDA 2XXIA 2XXRA 1OQGA 2DVCA 2H98A 3TDJA 1B2HA 3EF7A 2F97A 1IQ7A 1QJMA 2FNCA 4C0RA 2F34A 3IL1B 1MXWA 3VVDA 4G8NA 3MAMA 3MJNA 4ZEKA 3CR9A 3M3FA 2XXUA 4HW8A 1MG1A 3FUZA 5ICTA 2RCAA 3RYBA 2B65A 4MLVA 5CM6A 3DM0A 3TZAA 1SYIA 2YPNA 4BDLA 1YTVA 2LAOA 1MY2A 1Y1ZA 3C32A 1UIVA 4G2ZA 1MXYA 3CFXA 5I2NB 3MQ9A 3S4UA 3OSQA 3M8UA 5LOMA 1N7XA 4NF4B 1D9YA 1IEJA 5I59B 3W9VA 2DWAA 5CRYA 2OLBA 1XS5A 2XXPA 3QUJA 1H45A 5FTIA 3RQTA 3IO4A 4O3BA 3MVYA 4KHZE 4GOTA 2VHAA 1UTHA 1P1NA 3U72A 3MP8A 2IEEA 1Q1KA 2ZNSA 2YJPA 5ITOA 1MXVA 2Y7WA 3P7IA 3VVFA 5FHNA 3C35A 4U4XA 5EYFA 4HCYA 2Z8DA 3H6WA 2GH9A 3HHFA 1Z7ME 3D4GA 3K00A 3MC2A 1IXGA 4WKMA 3QYTA 4QSCA 4F3SA 5AE4A 2UXAA 1QUJA 4I9DA 3E13X 3KOTA 3Q25A 3EHTA 3ONMA 4M1VA 5DEXB 1VE4A 4YMAA 1O64A 1MH4A 4BDOA 2THIA 1P99A 1LSTA 2O84X 3PMXA 4YB7A 4OTEA 2ZNTA 1P1QA 4LONB 4BDMA 1M5EA 3DLNA 5CMBA 3E3KA 2PT1A 2REGA 2RCBA 1ZLQA 1LAHE 3PD8A 4ELRA 3TEPA 3KN3A 1SYHA 1QUIA 4DXCA 2CZLA 3PAMA 5F7VA 4F22A 2HZLA 5IAIA 1B32A 4IGRA 3TCGA 3WAFA 3DRIA 1USYH 5AA2A 1XHYA 1SW4A 1LB9A 4OEVA 3UN6A 1YAEA 3KFMA 2V3UA 2OWTA 5I84A 5H8FA 4FAJA 2P2AA 4LP2B 3VFJA 4KYSA 3FVNA 3THIA 2ZMBA 4EXKA 4PFWA 2DOJA 2I0CA 4RPNA 4JDFA 3EPEA 2D3IA 4U1OA 1LFIA 1VFEA 3I3VA 2DSFA 1SDXA 1UQWA 1YCJA 1SVXB 4MH5A 2QS3A 3MZ1A 3PUXE 4DXUA 4F1UA 4YAHX 1A54A 3VDFA 1R6ZA 5H8HA 1M5CA 5H8NB 3Q26A 4AQ4A 4F3PA 2ZYOA 3TAJA 3VV5A 1JW5A 3S2VA 5KCJA 2O6AA 2Y84A 4WXJA 4XIGQ 4YKJA 4KR5A 4YZZA 3R7XA 3T9UA 4RJZA 1GGGA 1R9QA 3CG3A 1JVYA 5AA3A 4OFLA 5KZTA 5HPQA 4HCWA 2PT2A 3VLUA 3C31A 3IOUA 4NF6B 4F2OA 2Q2CA 4ND9A 1A8EA 3C36A 4F18A 1B0LA 1LFHA 4ISUA 4M4GA 2GFEA 1HSJA 2RINA 3ILUB 3FZVA 4H6DA 1IXIA 3BKIB 4DXBA 2DWHA 3ZKLA 5CMMA 2DE4A 2XXWA 5J1DA 3T9VA 2XHDA 2DXRA 3TTLA 2XXQA 3D4CA 1B4ZA 3RTWB 4DDDA 3CFZA 4U1ZA 1D4NA 4NWDA 1S50A 3OEKA 4F31B 5L9OA 4AB5A 4R75A 2HFBA 3A3UA 1M5BA 3OXNA 1GV8A 3FJ7A 4YICA 4KFQA 2F35A 4G4PA 1N04A 1NNFA 1DSNA 2ZXTA 4NF8B 4RXLA 4GWOA 4F29A 1MQHA 2Y7KA 3T66A 2F7CA 1II5A 5IKBA 4F1YA 1POY1 4GF8A 4QF9A 4F2QA 1Y4CA 5ITPA 3RLFE 3SETA 1PDAA 4GIZA 3FXQA 2DE2A 4DCXA 4MFIA 5I2KB 3MPKA 1YPNA 1BLFA 1FTMA 4PP0A 1MY0A 1ZIUA 1AOVA 1FQDA 3K1PA 3IORA 4XKQA 2I48A 4N07A 3EN3A 3T9HB 5A5XA 3TQLA 1IXCA 4R6YA 3EQ1A 1POTA 2F5XA 4F39A 2O51A 4FEDA 1IXHA 1I6QA 5CMKA 1PBQA 4QHQA 4KYEA 3MVXA 3IK6B 4L17A 2W7YA 3IJXB 2GHAA 2I4CA 1HSLA 1GVCA 4EF2A 3QIMA 3MZBA 3K02A 2HAVA 5F1QA 1AIVA 1N84A 4PFUA 4U2RA 1ANFA 3SESA 4ECFA 2NOOA 1USYE 2XX9A 4XXUA 4XTCQ 2REJA 3A3CA 4PFYA 3VVEA 5AA4B 3GXAA 4X1BA 4THIA 5AA2D 4FATA 1B3LA 4YKPA 2R9JA 2Y7PA 2KLFA 2H9BA 1FQBA 5BWJA 5CI5A 3CSGA 4BDQA 3DRJA 1B46A 1SQYA 4YMBA 4G68C 4G8HA 4EXLA 1Y4TA 1A99A 4IB2A 3PMVA 1FTJA 4YKIA 3ECRA 1MY1A 1MY4A 4YKKA 3O66A 5TPAA 3R26A 3PMWA 3TCFA 2B3FA 3CI8A 3Q29A 3DP8A 1DPEA 4H5FA 4FJPA 1ATGA 1CB6A 2Y7RA 4OESA 4ZEFA 2HQ0A 3B7DA 4OZ9A 4GRKA 2QS1A 3PGFA 2ONRA 1DOTA 2RC7A 5CBSA 5TP9A 1LBCA 1ZJLA 3KN8A 5I58B 2ANJA 1LAGE 3TPAA 3GBBA 1FTOA 2DYXA 1TFAA 4YB6A 3V5AA 2F78A 3KSJA 4GFRA 4RNSA 1SI0A 3CRBA 2NXOA 1A8FA 3RTFB 4Z0IA 1AMFA 3UA8A 2DS9A 3DP4A 5FTHA 4ESXA 4JSOA 2VP1A 2FYIA 3K6WA 4OVJA 3FATA 4I8CA 4RPOA 4DCYA 4NWCA 3HV1A 3WAEA 4DE8A 2V84A 3KGCA 2XX8A 4EQ9A 5KDTB 1P1WA 3BFUA 4Q30B 3SEWA 5H8QB 3K6VA 5KCJB 3OMBA 3G3HA 3N26A 2OWSA 1LGBC 3UORA 2O1LA 1M5DA 2F7AA 1UTBA 3N6TA 4LUBA 4I62A 1B7HA 4PQJA 4LQ2A 2HCAA 4LVQA 1TWYA 3PUYE 3L6GA 3OEMA 3IR1A 3EHUA 3IX1A 4PETA 3TMGA 3O9PA 1EZ9A 2X7PA 5JTYB 3KBRA 2OZZA 3PPNA 3H4ZA 3TYHA 4TLLB 1PB9A 3TKDA 4C1TA 3HO7A 4RYAA 4X1DA 2HZKA 5B7DA 4ZZAA 3PPPA 4F19A 2DXYA 4H5GA 4RK2A 1N76A 4Q8RA 3KOSA 1O63A 4EQ7A 1P1UA 2O1MA 1OVTA 1B51A 4JXIA 3LR1A 1AL3A 3FV2A 4R6KA 4IY6A 1XVYA 4YU0A 1OLCA 1WODA 4ZDMA 4NF5B 2XXHA 1B3FA 2PVUA 1MM6A 1Y3NA 1N3XA 4FIMA 3ZKKA 3K1MA 1B3HA 5B70A 4RK9A 4ELPA 5EHSA 2RF1A 1FW0A 4F3GA 1MDQA 4R6HA 1WDNA 3M3KA 3RT8A 3K01A 1KWHA 4EF1A 4R73A 3L6HA 3SEYA 4FE8A 4IO4A 4MBPA 1OLAA 2H5YA 3H3GA 1QVSA 1LLSA 3OSRA 1JVXA 2NWJA 1MS7A 3RUMA 5I57B 2DWIA 2ZYNA 2VD2A 1B3EA 3QXMA 2F6PA 3PUZE 3PV0E 1PB7A 4KQPA 2PX1A 3K2DA 5I2NA 2UVIA 1H3DA 4NF4A 3A09A 2RKMA 5I59A 3MUQA 2OBGA 1A7LA 3C34A 3G3FA 2XX7A 4U23A 4FORA 2O7UA 3PU5A 3UIFA 1WVJA 1LBBA 3SERA 3KG2A 2I4BA 3FGSA 2A5TB 5I56B 3SKPA 4G77A 3BFTA 3K6XA 4ELQA 3QSLA 1P1OA 1H44A 3EHSA 4KI0E 2Z8EA 1D3KA 1OIBA 1EU8A 5JEIA 1OQHA 4GD5A 4BDNA 2G93A 1PBPA 1JW1A 2ZYKA 5M2VA 3RGYA 1B3GA 1N3WA 2A5SA 2QS2A 3KJTA 4JSDA 5DTBA 3IB0A 3USDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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