4WEDA

Crystal structure of abc transporter substrate-binding protein from sinorhizobium meliloti
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
490
structure length
483
Chain Sequence
GTLRVAIAKPAGNLDPQSHYAIWAIQDLMFEPLVKYGKGGQIEPCLATDWKIEDGGKTLHLTLREGVKFQDGTKFDAAACKWNLERWMGIDQFSWMNCSKHFQSLEVVDDYHITVHFKEPVLALMQELSYTRPTRFLSPKSVDADGKFKEPVGTGPWVQISADDTQSVFEHYDGYWGDKPTYERLEAKVIPDARSRVAALRAGEIDLVGGFWIAPLTPEEGKQLEAAGFNVVVDPGNVTLVMAFNPDRAEPLKDPQVRKAVSIGIDRAAISKVLYHGYAKPAGNMFSAALPYAGKQFDAPVRDAAAASALLEKAGWTGSPIRSKDGKPLTLELVVSPDAVPGSRVIAEVIQSEMKEVGIDLVIRSVDHAEQKYDLGFFLTYGAPYDPFGSLVALCLSTFKNDVEGKLVTDPVNLDPLINAATAATGDQIEPTIQKVYDWLRDNDAIAPLVYVPSIWAHSKRVQGFTSPVTEYDMPYENIVLAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of ABC transporter substrate-binding protein from Sinorhizobium meliloti
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rhizobium meliloti
molecule keywords ABC transporter, periplasmic solute-binding protein
total genus 121
structure length 483
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4wedA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wedA01
1I6BA 5I2KA 5CMBA 2W7YA 3KN8A 3U92A 2VHAA 1NL5A 3MZ1A 4H8JA 5BUUA 2I3VA 2VOZA 2F36A 4QF9A 4RNSA 3QIMA 3T9UA 2HAVA 2AYSA 4MBPA 3PUWE 1Z7ME 2AL5A 4MFIA 2DWHA 5BWJA 3VVEA 1IEJA 3DRIA 2RINA 2F97A 3Q26A 3HHFA 4WEDA 2QPQA 1MS7A 1N84A 5L8DA 4OTEA 1IQ7A 4BDNA 2UYEA 3VV5A 1SYHA 3G3FA 3K1MA 4RK2A 1NMUA 3HV1A 1UTBA 3CSBA 2AIXA 4X1BA 4F1UA 4ZZAA 4YMBA 5CI5A 1M5EA 1VE4A 3SERA 3IR1A 4NE4A 1QJMA 2QJEA 4BDLA 1GR2A 2XXIA 4AB5A 3AXFA 4EQBA 3K02A 4LONB 3PMXA 2YJPA 4KQPA 4F3BA 1MH3A 2I3WA 4F1YA 3SETA 3OMBA 3QK6A 1LB8A 1D4NA 5F1QA 1H45A 3VE1B 1I69A 4LVQA 4BDQA 3DRFA 3PV0E 2ZNTA 3RNNA 5AA2A 3KSXA 2Z8DA 5HM4B 3G3GA 4FAJA 2YLNA 4N13A 1N0TA 1PB7A 1FQCA 3E4RA 2ZNSA 4JXIA 2HEUA 4G77A 3MP1A 5KDTB 4I62A 4POWA 5FHMA 2I48A 3DRHA 3VXCA 1B3EA 2B3FA 4WEPA 5LOMA 5H8FA 3GBAA 3FZVA 2PT2A 2P0SA 4Q30B 1MXXA 2XD3A 3CG3A 3TQLA 3TELA 1MXVA 3KJTA 5I59B 3C32A 3SEWA 1Y4CA 1S9TA 3PUZE 1Q35A 4IO2A 4BDOA 3P7IA 1HSEA 4U4SA 1AMFA 3T22A 3DRJA 2IA4A 1PEBA 5L9SA 5K2XA 2DWIA 5JK4A 3MW0A 4QFOA 1OQGA 3KGCA 3MPLA 1TFAA 1B7UA 3U94A 1XC1A 3IB2A 3CFXA 3H6TA 5DVJA 4WXJA 1SW2A 2Z23A 4GD5A 1PC3A 1FTMA 2Y7KA 1UQWA 3DRKA 3DP8A 1LSTA 2XX8A 4E0XA 2DS9A 5AA4A 4P0IA 4F39A 3OSQA 3CRBA 4ZEKA 2PT1A 4OWDA 1YAEA 4DIGA 1GGGA 5TPAB 2WOPA 1P1NA 3KG2A 5I56A 2XXUA 4G68B 2F35A 1TFDA 2I49A 2RC7A 4NWCA 3T96B 1SQYA 1NKXA 1QUIA 5HPQA 1JW1A 3EHSA 5CMCA 2XXWA 2ZYNA 2OBGA 3LUYA 1CE2A 3G3HA 1MY0A 2HXWA 2WKYA 5A5XB 1MY4A 5IAIA 3Q25A 1SW4A 3U8QA 1N3XA 3LSLA 4JBZA 4THIA 1URGA 3IOUA 5AE4A 1FQFA 4NF5A 1BP5A 1A8FA 4Z0IA 5CMMA 3FASA 2OWTA 1B0LA 1UTHA 2XXYA 2FNCA 4TLLB 1B51A 4NF4A 3ODBA 4IO6A 3A3CA 4QSCA 2Z8EA 3EHUA 3DRGA 4KD5A 3GBBA 2D21A 5F7VA 3MAMA 3RY3A 2XXHA 4QFPA 2B4MA 2DP8A 4RY1A 3PD9A 1PBPA 2ESNA 1I6AA 5DVIA 2NOOA 4ZS9A 3CHGA 4TOZA 1OMPA 1B3FA 2OCUA 2G29A 5H8HA 4DXCA 3HCQA 3MVZA 4YKJA 1NFTA 1M5BA 1PDAA 5ELVA 3OD7A 4O3AA 3UK4A 1WODA 4GQOA 3U72A 1FCKA 5I57A 3S9MC 2H25A 4K3FA 1MDP1 1N7XA 2V84A 4LP2B 3H3GA 5H8QB 5DYHA 1FTLA 1Z7NE 4DCXA 4F1VA 4ZEIA 1MY3A 4ELQA 1SI1A 3KN7A 3RPWA 4GIZA 2O6AA 4Q5TA 1URSA 3FJGA 4Q8RA 5H8NA 2DQVA 3Q28A 3TYHA 3OSRA 2D5WA 4R2BA 5I2NB 1YCJA 4EDPA 1USYE 1MQHA 1VFEA 5ICQA 4GLIA 5FHNA 3U93A 4ZECA 4XKQA 4YB6A 1AOVA 3I6VA 3ZS6A 1ZTYA 3U1OA 4OEVA 3MWBA 3VLUA 3HHGA 2QRYA 2O69A 2PMSA 2O7IA 1O64A 1R9LA 3T9VA 1R9QA 3TCHA 1IXCA 4R72A 3CSGA 3CVGA 3MVXA 3K6WA 1OIBA 3OENA 2XXPA 2P2AA 4U2RA 2F78A 2XXRA 3MUQA 1MPDA 3A3UA 4U23A 3TUSA 3PAMA 3EF7A 1Y1MA 4EXKA 3IAZA 3G3JA 2O84X 4JWOA 2XD2A 1H43A 1QW0A 4PFUA 1MG1A 3O6HA 3VVFA 2REJA 1GTKA 2OLBA 2F7BA 4IGRA 3KOTA 5J1DA 1B32A 4OEUA 1A54A 4JDFA 2QS1A 5CC2A 1GV8A 3IB1A 1P1WA 4ND9A 4OHNA 3N6TA 1RYOA 2DSFA 1ZMGA 2H4IA 1A8EA 3T9XB 4TQUQ 4AQ4A 1B2HA 1MXWA 1R6ZA 4XKNA 1LFHA 3MC2A 1SD3A 1M5FA 2X7QA 1P1QA 1HSJA 4OENA 5TP9A 3FD3A 3CIJA 1URDA 3RT8A 1EU8A 3UORA 5EHSA 3TEPA 3IO6A 2DE4A 3PPPA 1QKBA 4HCWA 1EH3A 1LBCA 3K01A 1VSOA 2V3TA 4QSDA 3FV2A 1MPBA 3C4MA 2I4BA 3TZAA 1Y9UA 3B6WA 5ITPA 3TTLA 4PP0A 2ONSA 5DEXA 4GOTA 4NTLA 3RLFE 3LSFB 4NF6A 2F7AA 4YKPA 1DOTA 4DE8A 3RGYA 4ZZEA 3SEUA 5L9OA 3SEYA 4IB2A 2DYXA 4ZEFA 3RTFB 3RT6B 3MVWA 1L5TA 3S9LC 1PB9A 5I2KB 2E0SA 1OVBA 1TWYA 2XXVA 2OK2A 1AL3A 2F34A 1SVXB 2V3UA 2YPNA 4G8NA 2XXQA 2I58A 1OLCA 1JQFA 1ZKBA 3ZKKA 4YU0A 2DOJA 3S2VA 1FQBA 2NXOA 1DPPA 3BFUA 1USYH 1LFIA 4F29A 3KFMA 2UVGA 3BKIB 1YPNA 4PQJA 4UACA 3MVYA 3K6UA 3VFJA 3ONMA 2PYYA 4U22A 1ZBMA 3Q29A 2HZKA 3HN0A 3PPQA 1M5CA 3QUJA 4M4GA 5EYFA 1ANFA 5KZTA 3PUVE 4H1XA 1UTBB 3VXBA 3O28A 3IL1B 3LR1A 3O6IA 4RK9A 3T93B 1MXZA 1P1UA 1ZLQA 3FXRA 4F3SA 3PGFA 1QUJA 3PU5A 3KBRA 3OO7A 2PX1A 3K1PA 1O63A 2ZYOA 3D4CA 4N07A 3CI8A 3L6HA 4R9FA 4GXAA 3MP6A 4NEDA 3R6UA 4FIMA 2I0BA 2H5YA 1NH7A 4G8HA 4DZ1A 1JVYA 2ONRA 3LVUA 1P99A 4POXA 2RC9A 5B7DA 3RYBA 4YZZA 3BFTA 4ISUA 3ILTB 3JZJA 1XVYA 5AA2B 4U1OA 3EPEA 1IIWA 1ZJLA 1B7ZA 1AH5A 1TXFA 3GXAA 3HO7A 3WAFA 2Y84A 3MPKA 3C35A 3OO9A 1Y20A 4H0WA 3W9WA 4OZ9A 4X1DA 5JEIA 4F19A 2B4LA 2HFBA 3FVKA 2FA7A 3FV1A 4EQ7A 5H8FB 4QRZA 3TFLA 1M5DA 2F8DA 4H8IA 4PFYA 1T0KA 2I0CA 1MPCA 3OXNA 5KCJA 3GLBA 2X7PA 4FECA 3QAXA 3E9XA 3UIFA 3MBPA 4N6PA 5EHMA 1B5JA 3LBSA 3K1NA 3H03A 4IO3A 2ANJA 2DVCA 2XX9A 4MLVA 2H99A 3DELB 1FQEA 3VLWA 1FTJA 1LAGE 1B6HA 2ONKE 2UVJA 3IO4A 4EXLA 5AA1A 2DVZA 1R1NA 4JWXA 1QUKA 3PMWA 3FATA 3TAJA 2Y7RA 3FJMA 3K4UA 5TU0A 5JTYA 5AA4B 3KJ7A 1YTVA 3EN3A 2DXRA 3UP9A 5I56B 2RCAA 4XTCQ 1B0HA 2H9BA 4F18A 2ZXTA 1AIVA 4NF8A 2GHBA 4XKPA 1BIYA 1A99A 3MZBA 3PPOA 5DT6A 3EHTA 3MJNA 4OFLA 1SW5A 4RJZA 1GVCA 5HBCA 3OO6A 1ZU0A 1XHYA 1LB9A 1LAHE 2UVHA 3PUXE 1BTJA 3DP4A 2O1MA 4PFWA 3OOAA 4Q0CA 3R7XA 3RYAA 4NF5B 1SW1A 1DTZA 4I9DA 4ELRA 4OETA 2QSXA 1FTKA 3TMGA 4ZEDA 1POY1 1UTHB 4X48A 3THIA 4NF4B 4KCCA 1OVTA 1FQAA 4C1UA 1VR5A 3QSLA 3HPIA 3E13X 3K0VA 4PE5B 2VD2A 3DP6A 5CBSA 2O7UA 3K2DA 3RTWB 2RF1A 1H76A 4FORA 5I58A 2FYIA 3TKDA 4R6YA 1MM7A 5H8HB 4NWDA 1NH8A 2V93A 1B52A 4YB5A 1POTA 3F11A 3A09A 4NMYA 4U21A 5I57B 1FTOA 5CM6A 2Y7PA 1ATGA 3B6QA 3G3KA 4UA8A 5L9MA 2IEEA 2A5TA 2HZLA 2X26A 4DDDA 4ELPA 4R74A 3TTNA 3RUMA 1SI0A 2ZYMA 3SDFA 3C36A 3PPRA 2PBWA 2GH9A 3FVNA 4QFLA 1NNFA 3UN6A 2DXYA 5H8SA 3UA8A 5H8NB 2NWJA 2R6GE 1SDXA 1MDQA 3H06B 3S4UA 3KEIA 5I58B 4F2OA 1MQGA 3IJOB 2OJTA 1Y3QA 1IXGA 1UIVA 3M3KA 4IY6A 2XXTA 3H6UA 3OEMA 3IORA 2BJJX 1B58A 4R6KA 1LAFE 4O3CA 1CB6A 1HSLA 1B7HA 1S7YA 4R75A 4OXVA 2KLFA 1NNPA 3JYRA 2R9JA 3M3FA 3GZGA 4GL0A 1II5A 1IITA 1DTGA 3FXUA 4HCYA 3BBRA 2QS2A 2Q9TA 2CMOA 4OVJA 5ITOA 4OQOA 3TTKA 5AA3A 1S50A 3KZGA 3CR9A 4H5FA 3ZSFA 3MP8A 1MQIA 1N04A 2ABHA 3O2AA 3K6VA 4FJPA 4R73A 3OO8A 1O7TA 1D3KA 4QFNA 4FE8A 2GRVA 4P11A 1XS5A 3Q27A 4MLQA 3N94A 4MF3A 3FVGA 3H7MA 4KPTA 4TLMB 3V8XB 2AL4A 4FEBA 3C34A 3CFLA 3TTMA 4BDMA 2Q2CA 2DWJA 4XIGQ 3ZKLA 4P0GA 4X9TA 1DMBA 1MY1A 1MQDA 5TP9B 2DWAA 4C0RA 4HS7A 3USDA 3HSTA 4XKRA 1FW0A 2Y7IA 5DTBA 2F6PA 2M8CA 1NNKA 1BLFA 2RCBA 3O6GA 4LA9A 4GRKA 1MXYA 1ZIUA 5K2YA 3RN8A 3UGWA 1IZ1A 5KDTA 3D4GA 1JW5A 3QUFA 4YKKA 4QFKA 1H3DA 3H6WA 2F5XA 3C33A 3M8UA 1QULA 1US5A 4EF1A 4GL8A 5DEXB 1XOCA 1LCFA 3V89B 4ECFA 4H65A 4NF6B 3C31A 3QYTA 2QMXA 2WOKA 1D9YA 4LQ5A 2ALUA 5I59A 2P1SA 1JW4A 3IB0A 2HAUA 3N5LA 2REGA 4OFOA 5I84A 5ISUA 4H6DA 1B40A 2V3QA 1B3HA 3G3IA 2O51A 3TQWA 2Y7WA 5AA2D 2RC8A 4LZ8A 3KSJA 3W9VA 2Q8JA 3FIRA 4GFRA 4OERA 3FGSA 5CBRA 1H44A 3B7DA 1B9JA 4RPNA 4MH5A 4LATA 1RYXA 4KYEA 4WKMA 3QXMA 3K6XA 1A7LA 4O3BA 4YKIA 1XVXA 3MQ9A 1XT8A 1Y1ZA 2Z8FA 1LCTA 2I4CA 3N6UA 3IK6B 1B5IA 5TPAA 2NUVA 3E3KA 3CFZA 4G68A 5ICTA 4RA1A 3O29A 1SBPA 3IOTA 4Z7EA 1EZOA 3FTOA 1LLSA 3OELA 1SYIA 2VGQA 1UIUA 1JNFA 3DLNA 3TTRA 2XHDA 4U1ZA 1LGBC 4F22A 1MXUA 4LUBA 2ZMBA 2CZLA 1MQJA 5A5XA 1MRPA 3T9HB 4GXSB 1EZ9A 5FTIA 4EUOA 2THIA 1Y3PA 2B65A 3LSWA 2Q2AA 3LSXA 1J1NA 4OFJA 3TCGA 2HCAA 5FHOA 4DCYA 4F2QA 3I3VA 3IOWA 3VDFA 4I1DA 2Z22A 2UYFA 3TDJA 2Q88A 1US4A 1MM6A 4ELOA 2LAOA 3KN3A 3PD8A 3SKPA 4IO5A 4OESA 4R2FA 1ELJA 5M2VA 2QS3A 3TODA 1B1XA 3O66A 4FEDA 2XXXA 5CRYA 2UVIA 3H4ZA 2F7CA 1B1HA 1N3WA 1FQDA 4KR5A 3V5AA 3EQ1A 3VLVA 1TT1A 4RXLA 4KI0E 4I8CA 3G7WA 2O68A 4LQ2A 2VD3A 4XXUA 1B3GA 3TCFA 1LAXA 3IOVA 2PVUA 2ZNUA 4M1VA 4KYDA 4KFQA 1RKMA 1EZPA 2DE2A 4EQ9A 5H8QA 3WAEA 4H5GA 3O9PA 4DLDA 5KCJB 5IKBA 4ZEBA 1Y3NA 1IXIA 3FUZA 2Q89A 4YICA 2GFEA 1QKAA 1N76A 4LZ5A 3B6TA 3PPNA 4RYAA 4OYVA 3O6PA 1NNTA 3L6GA 2B3BA 4RPOA 2I6EA 4GVOA 3OEKA 3PUYE 1OQHA 3ILUB 1DPEA 5I2NA 1F9BA 1B46A 5DVFA 2RKMA 4PFTA 2VP1A 1VFDA 1JETA 4PETA 1Q1KA 1OLAA 3T66A 5B70A 2F6GA 3S9NC 2QL3A 4YMAA 1A55A 1N7WA 4ESXA 3FJ7A 5JTYB 2QMWA 4YB7A 4JB7A 4JSOA 1JEVA 2OZZA 4L17A 2XX7A 3R26A 2V25A 3SESA 3PMVA 4EF2A 4NF8B 1P1OA 3H6VA 4G8MA 1KWHA 4OMBA 4E0WA 4AB6A 4R6HA 1B05A 1D9VA 2A5SA 2NVUB 2WOLA 3KOSA 3MZ9A 3FVOA 3TPAA 4IGTA 4R9GA 1IUDA 1B3LA 4U4XA 1LFGA 3C9HA 3N26A 4QHQA 2DE3A 3S9EA 1I6QA 4ESWA 5CMKA 2OWSA 3LC8A 1IXHA 1LBBA 4IY5A 4KYSA 4G4PA 3RQTA 3IJXB 3O97A 4JSDA 4BLAA 1MY2A 3SEVA 3FXQA 4C1TA 4G2ZA 4HTGA 3SEXA 1QVSA 2QS4A 3DM0A 4KCDA 4BDRA 3ECRA 4F31B 3I5OA 1JVXA 4F3GA 4G68C 4GF8A 2UXAA 2GHAA 3V83A 4LZ7A 4F3PA 4ZE9A 2H98A 4DXBA 4HW8A 4IO4A 1BKAA 3CG1A 1B4ZA 1WVJA 4GWOA 1PB8A 3JV9A 5FTHA 1Y4TA 1MH4A 4QSEA 4YAHX 3K00A 1B5HA 2E1SA 4ONYA 1A40A 2ZYKA 3IX1A 2O1LA 4ZDMA 2R71A 2A5TB 3VVDA 1PBQA 2D3IA 4DXUA 3M3LA 3W15C 1DSNA 2HQ0A 4KHZE 1JEUA 2G93A 4IO7A 1WDNA 4ZE8A 1B4HA 4H67A 4JWYA 4FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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