4WEPA

Apo yehz from escerichia coli
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
281
structure length
281
Chain Sequence
ASPVKVGSKIDTEGALLGNIILQVLESHGVPTVNKVQLGTTPVVRGAITSGELDIYPEYTGNGAFFFKDENDAAWKNAQQGYEKVKKLDSEHNKLIWLTPAPANNTWTIAVRQDVAEKNKLTSLADLSRYLQEGGTFKLAASAEFIERADALPAFEKAYGFKLGQDQLLSLAGGDTAVTIKAAAQQTSGVNAAMAYGTDGPVAALGLQTLSDPQGVQPIYAPAPVVRESVLREYPQMAQWLQPVFASLDAKTLQQLNASIAVEGLDAKKVAADYLKQKGWT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title YehZYXW of Escherichia coli Is a Low-Affinity, Non-Osmoregulatory Betaine-Specific ABC Transporter.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative osmoprotectant uptake system substrate-binding prot
source organism Escherichia coli str. k-12 substr. mg1655
molecule tags Transport protein
total genus 105
structure length 281
sequence length 281
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wepA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 4wepA02
2VHAA 4ZEBA 3VLUA 1IXCA 4IO5A 4NF4A 2F7CA 2R9JA 4YICA 2Y7RA 4F19A 4H0WA 3IJOB 1L5TA 1JVXA 1XT8A 2DE4A 1MPCA 3PPPA 3R26A 1QUJA 1B32A 2B3BA 2RKMA 5H8NB 3IOWA 4FEBA 1QUKA 1MH4A 4JB7A 5AA3A 3R7XA 5CBSA 4ELQA 1MXWA 4FAJA 3FV2A 4THIA 3E3KA 3RTFB 3T9UA 2I4BA 2Y7KA 4TLMB 1WDNA 1YAEA 5JTYB 4YKJA 3MZ9A 2O1LA 3S2VA 2Y7PA 5FTIA 4JDFA 2YPNA 3AXFA 1B9JA 1A8FA 3CSGA 3MC2A 3VVEA 4F3SA 4PFYA 1MM6A 3JZJA 4DXBA 4F18A 1XC1A 1MY3A 4NF8B 1PEBA 2I58A 1JVYA 2GFEA 4LATA 1H43A 2G29A 3FXRA 4BDLA 4RA1A 1B51A 2VP1A 1SDXA 3HHGA 2XX8A 1D9VA 3Q29A 2V3UA 3OELA 4KHZE 4EQ9A 3ODBA 3DELB 2PYYA 1B52A 1IEJA 1M5FA 3TTMA 5K2XA 1IUDA 3T96B 4ONYA 1LB8A 3IR1A 4QFPA 2XXQA 3EF7A 1FW0A 2F78A 1FQEA 4UA8A 4F29A 4R6KA 5TP9A 1F9BA 2P1SA 3BBRA 4LQ5A 3SDFA 3E13X 3TQLA 4JWXA 4PQJA 3LSWA 3N6UA 4BDQA 3KN7A 3FJGA 1SW2A 4EUOA 3H6WA 2CZLA 4OHNA 3TODA 4H5FA 3VE1B 4JXIA 1GTKA 4F1UA 3JYRA 4LVQA 4FEDA 2F8DA 1VE4A 2OWSA 1N84A 3FIRA 3HPIA 3KSJA 3IX1A 3TTKA 4POWA 3VDFA 5EYFA 4XKQA 3ZS6A 2ONRA 2Q9TA 1QVSA 1MQDA 2I0BA 1JETA 1MH3A 1ZKBA 1Q1KA 4GOTA 1N7XA 4NF4B 3H6TA 2I48A 3CR9A 2H98A 1AH5A 4KYEA 4Z7EA 1I6AA 3OO6A 3ILTB 1OQHA 3O28A 3B7DA 5FHMA 4GF8A 2UVHA 4C1UA 3TPAA 4PFWA 3U8QA 2UYEA 1P1WA 3OO9A 4FIMA 1FCKA 4YKKA 4WEPA 3I5OA 2ZMBA 3V89B 4ZS9A 5LOMA 3P7IA 4ZECA 4QFOA 3TKDA 3N26A 4F31B 3FVGA 1ELJA 2H9BA 3QAXA 4QFKA 4R74A 1TFDA 2YJPA 1OVBA 1SI0A 2NUVA 5AE4A 4YZZA 1FQBA 3K4UA 4ELPA 2XX7A 1IZ1A 3OO7A 1P99A 1B05A 2CMOA 4NEDA 2IEEA 4IO2A 4BDRA 4I8CA 3SEXA 3PPRA 1IXGA 2HFBA 3A3CA 1GGGA 3GLBA 4PE5B 4KYSA 1DOTA 4JSDA 3IO4A 5FHOA 1D9YA 3TAJA 5HM4B 3H6VA 2GHAA 3H3GA 4ZEFA 3M8UA 3PV0E 3G3FA 4HW8A 1LLSA 1TXFA 2O68A 2RC9A 1H76A 1MY0A 2IA4A 3OEKA 5TP9B 1ZBMA 1B2HA 4GFRA 3DP4A 4PETA 2HAVA 1BP5A 3MJNA 1MY4A 3FVNA 5CMBA 1QULA 1B5HA 1LAHE 3QUFA 1Z7ME 2Y7IA 4ESXA 3KZGA 3S9NC 3B6TA 4OEUA 3M3KA 4DCXA 2XHDA 1QKAA 1MM7A 3IAZA 3PUXE 2DWAA 1B40A 4P0IA 4IGRA 1EZOA 4QHQA 3VLWA 2XX9A 3KEIA 3MP8A 4KD5A 4H5GA 4EDPA 4OTEA 1H45A 4RK2A 3CVGA 2F97A 1ATGA 2Q2CA 1B3HA 3T66A 4GXAA 1B0HA 3OMBA 3PGFA 1MPBA 3VFJA 1EZ9A 2R6GE 1B3EA 5TU0A 2ZYNA 4QRZA 2Z22A 3OENA 2E1SA 2RC7A 1Y4TA 4IO4A 1ZLQA 4OXVA 4YMBA 4ZZAA 4FE8A 2I4CA 3LSFB 5FHNA 4QSCA 5ITPA 1MXZA 1JW4A 5TPAA 1Y3PA 3KJTA 4YB5A 1AOVA 3O97A 4HTGA 2DS9A 1PB9A 3TYHA 3RT8A 3FUZA 2FNCA 2V3TA 3UN6A 2GHBA 4POXA 4BDNA 3TCFA 1VFEA 5H8FA 1S9TA 4OFJA 4N6PA 2R71A 3TCGA 4NTLA 2ONKE 5B7DA 4MF3A 4FJPA 1HSLA 1UTHA 1IXIA 4H8JA 1CE2A 4G68A 1UTBA 5F7VA 2RCAA 3FGSA 3DM0A 3D4CA 4X9TA 1Y9UA 1JW5A 4LZ7A 4F1VA 2ANJA 4R6YA 3RUMA 1M5DA 4R9GA 1LCTA 2AL5A 1IQ7A 2V25A 4XTCQ 3Q26A 3DP6A 1O64A 2OJTA 2XD2A 1N7WA 1I6QA 2REJA 1B0LA 4OESA 2ESNA 4G77A 3EQ1A 1URSA 4RY1A 3UIFA 3F11A 4GWOA 3KBRA 2VOZA 4RPOA 3U94A 3G7WA 2QSXA 4TLLB 1NNFA 1OIBA 4KR5A 3LC8A 1B3GA 1RYXA 3H06B 2VD3A 3RTWB 3S9LC 3PU5A 1ZJLA 3UK4A 3O9PA 3U93A 3H7MA 4DZ1A 1SW1A 3PMVA 3LSXA 1ZTYA 4F3PA 4OFOA 1FTMA 5KDTA 3HO7A 3K2DA 1IIWA 3E4RA 3VLVA 1KWHA 1I69A 1PDAA 3UGWA 1SQYA 3HHFA 4ELRA 3E9XA 5BUUA 4DE8A 2ZYOA 3FASA 2DE3A 4G4PA 4P11A 1H44A 2B65A 4EXLA 3VXCA 1URGA 2DYXA 4P0GA 1VSOA 1J1NA 4YKPA 4MBPA 3V8XB 1LCFA 3DLNA 3C9HA 2O1MA 3Q25A 4N13A 5H8SA 3JV9A 2X26A 3PUVE 4ZEIA 1SVXB 4X48A 3MZBA 2QMWA 3VVDA 4IO3A 1AIVA 2Y7WA 4WXJA 1B7HA 3U1OA 4DCYA 1ZIUA 4GVOA 3SESA 3KOTA 5TPAB 1MQGA 1Y20A 5DVJA 1SYIA 1O63A 3FZVA 2DWHA 4XKRA 1DPEA 2D21A 3TTNA 4M1VA 4RJZA 4GL8A 5H8FB 3O29A 2AIXA 4H65A 3O6GA 2GRVA 2W7YA 4LP2B 1S7YA 3MPKA 1A54A 1UTHB 1P1OA 2ABHA 3UORA 4G68B 1UTBB 2NVUB 3SEUA 4HCYA 3OD7A 4U4XA 3SEYA 3R6UA 2RINA 1DSNA 2OWTA 3PMXA 4RNSA 2I6EA 4LQ2A 2ZYKA 3QK6A 1VR5A 2I49A 1NNTA 4XXUA 3TMGA 3S4UA 1SI1A 3PUWE 4ZZEA 4E0WA 5I84A 5I2NA 2Q89A 4HS7A 4DIGA 3ILUB 3RN8A 3CFZA 3MP6A 5AA2D 4X1BA 3K1MA 1B58A 3MUQA 2P0SA 1N04A 1US5A 4MLVA 4NF5A 2D5WA 5CI5A 3FJMA 3IOVA 3CRBA 2Z8FA 1USYH 3C32A 4IY6A 3O66A 1AL3A 4U4SA 1MRPA 5ELVA 1PB7A 3DP8A 4H1XA 1Y1ZA 1IITA 5CC2A 5CMMA 3MBPA 3LR1A 4GL0A 3H03A 2DQVA 4PP0A 1N76A 1GV8A 1A55A 4TQUQ 1FQDA 4DXCA 3MQ9A 3OSQA 3L6GA 1UIVA 3TQWA 3PD8A 4NWDA 1IXHA 4Q0CA 2HXWA 2KLFA 1RKMA 2F7AA 5KDTB 2F6GA 2H5YA 4OFLA 4F39A 1A99A 3Q28A 1MG1A 4U1OA 2ZNUA 4AB6A 3MZ1A 4KCDA 3TTLA 4RYAA 2ZNTA 5JK4A 1MQHA 1II5A 4EF1A 4IO7A 3H4ZA 4JBZA 2QJEA 4OMBA 1LBBA 5ICTA 2DVZA 1XHYA 3ZKKA 2XXPA 3RT6B 1MY2A 3VVFA 3QXMA 4R6HA 1B5JA 5K2YA 3U92A 2THIA 3EHUA 3TELA 3M3FA 1YPNA 4EXKA 1MPDA 2V84A 3HN0A 2XXHA 4O3BA 4TOZA 3TZAA 5B70A 2HEUA 5DEXA 3FVOA 2HZKA 3LSLA 3G3GA 2UVIA 1B1HA 2Q8JA 2AYSA 4KI0E 2F35A 1PC3A 1XOCA 2P2AA 3SETA 1T0KA 1QUIA 3K00A 1LFIA 1LBCA 1A7LA 3THIA 3IB0A 2ALUA 3TDJA 1MQIA 3EHSA 3USDA 4Z0IA 1BKAA 1D4NA 4F3BA 3OEMA 3L6HA 3D4GA 5CRYA 1DPPA 3K1NA 4UACA 4GD5A 4R75A 1B46A 1YTVA 2PT1A 3FV1A 3O2AA 3PUYE 3U72A 1XS5A 3ECRA 3S9MC 2FYIA 2O84X 1PBPA 3KG2A 3MAMA 3IB1A 4GRKA 3HCQA 5I2NB 1M5EA 4FECA 2B3FA 1LFGA 5DVFA 5J1DA 4I1DA 2DE2A 2DXRA 1P1QA 1QW0A 3FXQA 5F1QA 2QS2A 3QSLA 4NF5B 1GVCA 4U22A 1USYE 2F34A 1TFAA 5CMKA 3WAEA 2OZZA 2XD3A 3H6UA 2AL4A 4F1YA 1MXUA 4ND9A 3EHTA 3MVXA 3MVWA 1P1UA 5DYHA 1S50A 3G3KA 4EQ7A 3HSTA 2F5XA 3IL1B 3VXBA 1FQCA 2DVCA 4LZ8A 2OCUA 2BJJX 3ZSFA 2H4IA 3KFMA 1SBPA 3MPLA 4O3CA 4QSDA 1R9LA 2GH9A 1RYOA 4M4GA 2NWJA 4YKIA 4ELOA 2O69A 1Y4CA 2X7QA 3PD9A 1SYHA 3V5AA 4G68C 4ZE8A 2QS3A 3CFLA 2XXXA 4ESWA 1POY1 1Q35A 5CMCA 5H8HA 5EHMA 1QJMA 4YU0A 2XXWA 4RXLA 2ZNSA 3C33A 1FTOA 2DWJA 1B6HA 4NF6A 1Y3QA 4H67A 5A5XA 3T9HB 5DTBA 3T93B 2QL3A 1CB6A 1OMPA 2G93A 3ONMA 2DOJA 3B6QA 4XKNA 3RGYA 1HSJA 3K02A 5DEXB 2ZYMA 1A40A 3KGCA 4GQOA 2QMXA 2OLBA 1SD3A 2I3WA 1DTZA 4L17A 1R6ZA 2XXRA 1MS7A 2HAUA 5ICQA 4YB6A 3KOSA 3K6XA 3S9EA 1Y3NA 2DWIA 1TWYA 3V83A 3W9WA 1O7TA 4Q30B 4IGTA 3TCHA 3UP9A 4PFTA 2LAOA 4O3AA 5BWJA 2OK2A 2RF1A 3SEWA 2QS4A 1A8EA 1FQAA 3KSXA 5KZTA 2NOOA 4JSOA 4KYDA 1HSEA 4G8MA 2DP8A 1FQFA 1NH7A 1N0TA 3O6HA 4EQBA 1FTKA 3QUJA 3IOUA 4LZ5A 1D3KA 1LSTA 2PX1A 3N5LA 1B5IA 3RY3A 5KCJA 3C4MA 3TUSA 3Q27A 3G3HA 3PPOA 5H8QA 2E0SA 4YAHX 1B7ZA 3IK6B 4R2FA 4MFIA 2Q88A 3K01A 4DDDA 3K6WA 4YB7A 2O6AA 4N07A 3OSRA 3SERA 3GZGA 4KFQA 3C34A 4NMYA 3I3VA 4KCCA 2Z8DA 3K6UA 3K1PA 1NH8A 4IO6A 4K3FA 5I59A 3GXAA 3HV1A 2XXVA 2WKYA 1PB8A 4HCWA 3FXUA 3PPNA 1MDP1 2Z8EA 1R9QA 3CIJA 1NL5A 1B3LA 1NKXA 4H8IA 4FORA 3KJ7A 1LAFE 2Y84A 3LBSA 2XXTA 4JWOA 4OENA 3BFUA 1MXVA 4G2ZA 5EHSA 5M2VA 3M3LA 3C31A 4WKMA 2REGA 3RLFE 3OXNA 3BKIB 1DMBA 4U2RA 5H8HB 1JEUA 4LONB 5I56A 4NF6B 5L9SA 3W9VA 3K0VA 3EN3A 4GXSB 5A5XB 4QFNA 1US4A 1JEVA 1N3XA 2V93A 3W15C 1Z7NE 1DTGA 3O6IA 4OYVA 5HBCA 4R72A 3T22A 1EZPA 4G8HA 2FA7A 1OLCA 4OEVA 3B6WA 3CSBA 4GLIA 1MQJA 5I2KA 3TTRA 2XXIA 3RQTA 2X7PA 1FTJA 4OETA 3TFLA 2DXYA 4IY5A 2PT2A 4X1DA 3QYTA 2XXYA 4R9FA 1QKBA 2NXOA 5AA4A 5IAIA 3IORA 2A5TA 2VD2A 4F2OA 1BLFA 3ZKLA 1TT1A 2Q2AA 3IJXB 3MWBA 1EH3A 1EU8A 4MLQA 1Y1MA 1NFTA 4BLAA 1OLAA 3IB2A 3PUZE 1B7UA 1PBQA 4I9DA 1JW1A 3MVZA 4ECFA 2RCBA 1XVYA 4KPTA 3C35A 3OOAA 4RK9A 3TEPA 4F3GA 5AA2A 4BDOA 2UYFA 1N3WA 2D3IA 3A09A 5I58A 3QIMA 3I6VA 2VGQA 5L8DA 1MXXA 3MW0A 2V3QA 5KCJB 4NWCA 3C36A 4Q8RA 4RPNA 5FTHA 3CFXA 4ZEKA 2RC8A 1M5CA 4DLDA 1GR2A 5I57A 5H8QB 1M5BA 4BDMA 4ZDMA 1SW4A 4Q5TA 3N6TA 5L9MA 1B1XA 2I0CA 2M8CA 3CI8A 1UIUA 3CG3A 4FATA 2ZXTA 3OO8A 1H3DA 3MP1A 4QF9A 4OZ9A 1NNKA 3MVYA 3N94A 4C1TA 5H8NA 1UQWA 2H99A 1OVTA 4E0XA 1ANFA 4XIGQ 4C0RA 1JNFA 4PFUA 3FD3A 5I59B 1NNPA 2ONSA 4G8NA 4ISUA 4EF2A 1MDQA 1WODA 2HZLA 4U1ZA 5CM6A 4R2BA 5ISUA 4JWYA 1ZU0A 5CBRA 3T9VA 1YCJA 1LAXA 3LUYA 5JTYA 4F22A 3PMWA 2DSFA 1FTLA 2UXAA 4LUBA 3T9XB 3KN8A 5DT6A 1XVXA 1POTA 5ITOA 1BTJA 2YLNA 3SEVA 5HPQA 1I6BA 2O7IA 2XXUA 2PBWA 2HCAA 4GIZA 4NF8A 5I56B 2A5SA 3G3JA 3FVKA 3IOTA 4LA9A 2F36A 3SKPA 1LGBC 4NE4A 1URDA 1MXYA 4DXUA 3IO6A 4XKPA 2QRYA 5AA1A 3VV5A 5JEIA 5I2KB 3FATA 2H25A 1P1NA 3GBAA 1LAGE 2F6PA 2HQ0A 1NMUA 1MY1A 4F2QA 4U23A 3A3UA 5AA4B 1B3FA 2O51A 2A5TB 2UVGA 1B4HA 3FJ7A 2OBGA 4MH5A 3K6VA 4I62A 4R73A 3PPQA 1R1NA 1AMFA 4ZEDA 4OVJA 4WEDA 1SW5A 2O7UA 3GBBA 1B4ZA 3WAFA 3EPEA 4H6DA 4KQPA 1OQGA 3BFTA 1VFDA 4IB2A 4QSEA 2QPQA 3RNNA 5L9OA 5AA2B 3G3IA 2Z23A 3RPWA 2PMSA 2I3VA 1LFHA 5I58B 4YMAA 3UA8A 1BIYA 4OQOA 5IKBA 5DVIA 2F7BA 4OWDA 4AB5A 1LB9A 3KN3A 1JQFA 4U21A 4ZE9A 2UVJA 5I57B 2PVUA 4AQ4A 1ZMGA 4OERA 3CG1A 2QS1A 4QFLA 1WVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VHAA 4ZEBA 3U65A 3VLUA 1IXCA 2XA5A 4IO5A 4NF4A 5IM2A 2F7CA 2R9JA 4YICA 2Y7RA 4F19A 4H0WA 3IJOB 2QVRA 1L5TA 1JVXA 1XT8A 2DE4A 4MNIA 1MPCA 3PPPA 4HXVA 3R26A 1QUJA 1B32A 2B3BA 2RKMA 5H8NB 3IOWA 4FEBA 1QUKA 1MH4A 1FSAA 4JB7A 5AA3A 3R7XA 5CBSA 4PDHA 4ELQA 1MXWA 1FPDA 4FAJA 1FJ6A 3FV2A 4THIA 3E3KA 3RTFB 3T9UA 2V4CA 2I4BA 4PAFA 2Y7KA 2OX3A 5IZ3B 4TLMB 1WDNA 1YAEA 5JTYB 2CZKA 4YKJA 3MZ9A 2O1LA 3S2VA 2Y7PA 2WYKA 5FTIA 4OVRA 4JDFA 4JVCA 2YPNA 3AXFA 1B9JA 1A8FA 3CSGA 3MC2A 3VVEA 2Y5LA 3B50A 4F3SA 4PFYA 1MM6A 3JZJA 4DXBA 4F18A 1BK4A 5IGAA 3NOHA 1XC1A 1MY3A 4NF8B 1PEBA 2I58A 1JVYA 2GFEA 4LATA 1H43A 2G29A 3FXRA 4BDLA 4RA1A 1B51A 2VP1A 1SDXA 3HHGA 2XX8A 1D9VA 3Q29A 2V3UA 3OELA 4KHZE 4EQ9A 3ODBA 1FPEA 3DELB 2PYYA 1B52A 1IEJA 1M5FA 3TTMA 5K2XA 1IUDA 3T96B 4PBHA 4ONYA 1LB8A 3RPLB 4AS5A 3IR1A 4QFPA 2XXQA 3EF7A 1FW0A 2F78A 1FQEA 4UA8A 2Q8MA 4R6KA 4F29A 5TP9A 1F9BA 2P1SA 3BBRA 4LQ5A 3SDFA 3E13X 3ISPA 2F3BA 3TQLA 4JWXA 2XWKA 4PQJA 3LSWA 3N6UA 1DBZA 4BDQA 5J16A 2HXRA 3KN7A 5FBPA 3FJGA 1SW2A 5A5LA 4EUOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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