4WFNL

Crystal structure of the large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in l22 in complex with erythromycin
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
b'RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Ribosomal Protein uL22 Modulates the Shape of the Protein Exit Tunnel.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
molecule tags Ribosome
total genus 18
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wfnL01
3J7ZO 2QA4N 5DM6L 3CCSN 1Q86O 3PIPL 1YIJN 5GAHP 1VQPN 3CCUN 1VQ5N 1YITN 1JJ2M 3G6EN 4UY8O 1QVFM 1YHQN 3DLLL 4WF9L 1VQ9N 2ZJPL 1Q7YO 3G71N 2ZJRL 1VQNN 3CMAN 3CPWM 1VQ8N 1VQON 1W2BM 4WFBL 5JVGL 3CCVN 1VQMN 1VQLN 5MLCQ 1OVYA 2OTLN 5GADP 3I55N 3CCRN 1VQKN 3CCEN 1K73O 1S72N 4IOCL 3CXCM 3CD6N 3CC7N 2ZJQL 1N8RO 1NJIO 1K8AO 3CC4N 1K9MO 2OTJN 5HL7L 4IO9L 3PIOL 1KD1O 1M1KO 3CCMN 1QVGM 5JVHL 5GAEP 4WCEL 1YI2N 1Q82O 1KC8O 2QEXN 1VQ7N 1ILYA 3CCJN 3CCQN 4IOAL 1M90O 3CC2N 5GAGP 3CCLN 4WFAL 3OW2M 1Q81O 1YJWN 4WFNL 3CMEN 5H1SQ 1YJ9N 4U67L 3I56N 1KQSM 1VQ4N 5DM7L 3CF5L 1YJNN 3G4SN 1VQ6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW7A 2PBDA 4RG8A 1X9SA 3DLBA 4K41A 1XQSC 2VWKA 4QAGA 4E7LA 4L3QA 4RCHA 3P38A 1WBDA 5ADXH 5HRNA 3HP9A 1S6QA 1YVUA 4DUZK 3HM8A 4F4KA 4CFCA 4FJXA 1T6DA 3AVAA 5TKWA 1YITN 3O9SA 2G8FA 4CEEA 3AVMA 1T03A 4BDZA 2IS3A 5AFUA 3G71N 1L3UA 3CPWM 3S3OA 4CD3A 3D6RA 3J7YP 5HRRA 4N47A 4DLEA 3P83D 3AVJA 3DLRA 3RMDA 3TAQA 3V1OA 1T8EA 1ESVA 2G8VA 1EX4A 3ENBA 4FOIA 3VQCA 3ULEA 3LDOA 3I8DA 4DQRA 3CJBA 3AO1A 3TARA 3A5OC 5BPMA 4KHSA 5K14A 3F2KA 1FKOA 1XWLA 1K8AO 5KRSA 3K5OA 4FWOA 3N4QA 5AQFA 3KK2A 4IDHA 5AZJA 1Z05A 4A62A 1SKRA 1ASWA 3NF9A 3OYEA 3VTHA 3QERA 4CGDA 1X3MA 3NF8A 3O5BA 2A6AA 2E2QA 1S1WA 3TABA 3P1GA 1QQNA 3Q7BA 3T7ZA 2HF3A 4KO0A 1U2VB 3AAQA 3H6EA 3MXMA 2CH6A 3ATUA 1T3VA 3QBXA 5FPNA 3THXA 1YJWN 4NCGA 3THVA 4H5WA 2V7ZA 1FW6A 4M3WA 5JMVA 1E4FT 1T44A 3OYGA 4BWMA 1NU0A 3E1YA 3WEEA 1NNEA 5BR9A 1VHXA 3EO3A 3E01A 4J2EA 5C42A 2ZQBA 5AQNA 3TSUA 1QQCA 1H1VA 4K43A 3EE9A 4DTJA 2EHGA 4DFMA 2HHXA 2NRZA 3L4IA 3EEQA 1NMDA 2OPQA 1P90A 1N32K 4O8KA 5E41A 4OO1J 4CIEA 4BWJA 4FK0A 3KLIA 4WF9L 3BUZB 2ZJRL 3L2QA 3BZKA 4Z4IA 4MO5A 3MCPA 3EN9A 4JKGA 1ATNA 4W5QA 3Q7CA 4CGIA 4FM0A 3HJFA 3S3NA 3NHGA 1E4GT 1OVYA 2BTFA 3VQAA 3RVCA 4GV3A 1RTJA 1IBMK 2OTLN 2HHTA 3OBWA 1VQKN 3C6UA 3LANA 1S72N 3ZSQA 4EIAA 3CXCM 1J53A 3GL1A 3OYFA 3HRGA 1XMQK 3QIOA 2VG7A 2ZM6K 4RW4A 3NVMA 4J2AA 1S5JA 4NLBA 4F9OA 2YV0X 1Y64A 4M3XA 5AJ3K 4RTFD 5AZIA 4CIFA 4DSFA 1J54A 1IBLK 4K0KK 2FBYA 3A5MC 1NGBA 3RR8A 4N5SA 1J5OA 3BF1A 3VQDA 4B9VA 3CQYA 3U8XA 1CZ9A 3MN5A 2YKNA 3HSCA 4FJHA 1BO5O 5BRHA 4OPHA 4CF0A 3WUHA 4IZ9A 3TTDA 4FK4A 2YKMA 4DKWA 1BGXT 4C1NI 2O8EA 3TSPA 3OYDA 4LSNA 4H0YB 4FL9A 3MEDA 5AQKA 1ATRA 1BUPA 3C7NA 1C1AA 4QS8A 5C24A 4BRDA 4PKHA 4B3SK 2IIRA 5DK5A 1S3XA 3OYNA 3VPZA 3SUPA 4J2BA 4PKGA 4DV2K 3HVTA 3G4SN 1NK6A 1BU6O 1D4XA 2B5JA 4RWTA 3SLCA 3UKRB 4AQYK 1W7AA 4MDBA 4KI6A 1VQPN 4FYDA 2IAJA 4BG9A 5KTQA 2Q3SA 1SS6A 3DOKA 3BF3A 3D2EB 1NK4A 4JD2B 3P31A 2YCHA 1U49A 4BROA 3SAFA 3KKSA 1RCHA 3P4IA 4DU3A 2ATQA 4HTLA 4NCAA 4O5BA 5FRNA 2UUCK 4FJGA 2NRXA 3IDHA 1RBSA 4H8KA 3KLFA 3OJSA 3VESA 2XY6A 3SQ1A 1VQLN 5HOOA 4CW7B 2XY7A 3WNEA 3L2RA 3CCEN 4DSJA 3VA3A 1A5XA 5KPRA 4C1NK 3KD1E 4FVMA 2V51B 1IJJA 3PUFA 3CC4N 3ZX0A 3MN9A 3MXJA 4KHUA 4PL7A 3VGMA 3LZIA 1K8KA 2VYPA 4M3ZA 3KLEA 1ASUA 1HNXK 1XNQK 3H45C 2PAVA 4E7IA 4CJUA 2P9IA 3VEXA 3PSFA 4Z4EA 4H5TA 3ZX3A 4BDYA 2O8DA 4AHCA 2IVNA 1RDWX 3E66A 3B6OA 4HWIA 1UWBA 1BIZA 2KW4A 3B8AX 4LF7K 3O3FA 1RNHA 4CBXA 4PQUA 3F9KA 2X74A 3LDSA 4FJNA 3CCQN 1S1UA 4HCBA 1YTUA 3C0BA 3FZMA 3HM9A 3SQ0A 4CHQA 5BN8A 4W5OA 5C2DA 3DLEA 3JSMA 3WXIA 1U48A 3AO2A 3QINA 2O8BA 1GLBG 3IUCA 2OPPA 4CHNA 3AY9A 1QSLA 3VGLA 3LDNA 4B1ZA 5BPNA 3SK3A 4BC3A 3A2FA 1YXQA 5J2MA 3HPHA 3KWIA 5DM6L 4A57A 5CHIA 2A1RA 3WNFA 1IV0A 4H5NA 1DGKN 3LAMA 3R6MA 1VQ5N 1RT4A 4O4GA 1J5EK 5JLHA 4JI1K 4B8AB 3LALA 3KJVA 3QEIA 3QFUA 4DV7K 1RDAA 4X65K 2F7TA 4CK3A 1WSHA 4DFKA 1VQNN 3K0SA 3N4PA 4AHSA 1NLVA 3OTOK 3MXIA 3G10A 2IC3A 4JK8A 5A2QO 3SV4A 3CQXA 2O4IA 2HHSA 3BY5A 1GOBA 1JKHA 5FPMA 4R79A 3AO4A 4B8CA 4IBNA 1WSJA 3CC7N 1NKBA 1SUQA 1NJIO 5AR0A 5AQIA 1VSLA 2E2NA 3NDKA 2DTUA 2G8HA 4MLEA 5HP1A 3QMLA 1BQNA 1ZC6A 4LD0A 4CEDA 4FLZA 1WUAA 2HNZA 1WB9A 3LP0A 1QSYA 4PL8A 2KQ2A 3ULEB 1HNVA 4Z94A 1TK0A 1KRPA 4LF6K 5AQWA 4CEOA 3T1AA 3VENA 4DG1A 3KHYA 4L8RB 2GWKA 1SL2A 1V4SA 2G8UA 4KHNA 3RR7A 1WNSA 1IKXA 3E9LA 4IOAL 5AZJB 3U9DA 2BE2A 2QWOA 1ZBHA 4CERA 1S9GA 3W3DA 3CCLN 5FROA 2XY5A 3FZLA 3PLAA 1Q81O 1X9MA 4TSXA 3CM6A 3F9MA 5ELZA 3BGRA 3RTVA 2KFNA 1S6PA 4YOWA 3LDPA 1HKCA 1NOZA 4FWMA 1Z25A 3OS2A 2FXUA 4M3RA 1EWQA 5IT9O 1LWEA 3CF5L 4DV0K 3M8PA 3CHWA 5F0XA 4E1NA 1NOYA 5TKYA 3CG7A 2DPNA 2FBXA 4CF9A 4Z4CA 2GELA 4YFUA 3WXMB 1RTIA 1J9AA 3A8YA 5KGWA 5LY3A 3HYFA 4C8MA 3KK3A 5GAHP 1HQUA 3ZT0A 4BRQA 1NGEA 2QWNA 1S1VA 3HOTA 1BA0A 1S22A 2P9KA 4FO0A 1TYQB 2IVPA 3D2EA 3PX0A 4JD2A 2FBVA 3G6EN 1JXEA 3TTCA 5T7BA 3EL2A 1YHQN 5J2PA 4OJRA 5C10A 4CVNE 1Q7YO 1QZ6A 4BC5A 3CJCA 1W9HA 3LP3A 1LCUA 4K42A 4FLWA 2E1ZA 5M1FA 1VQMN 1P8ZA 1WAFA 3KK7A 4Y1CA 4H5VA 5C2FA 4R5PA 3CCRN 4DV6K 4CZLA 4CE9A 3H08A 4IDKA 3V9UA 1CXQA 1OVQA 2A3ZA 4IO8A 4IO9L 1VSJA 3D7EO 5SWMA 5LJWA 2P9NB 2YNFA 4JKGB 4DB3A 4CZIA 3K9KA 4N41A 2VG5A 3SV3A 3OY9A 1HYZA 3DLGA 4CJEA 2X78A 4FXDA 2E6MA 5EY4A 3SYZA 4H0TB 4CZMA 3TR8A 3ZT4A 1Z6RA 3CI5A 3OYMA 1NGHA 5EXWA 4HCCA 2P9PA 1ILYA 1I94K 1BQMA 4H0VB 4JLHA 3H3OB 4HUGA 4G9ZA 1A5VA 2F8TA 3AVLA 4FZXC 4LF9K 2NRVA 3NCIA 4ISEA 3TWHA 3FGUA 5F1XA 1KLMA 3QNNA 3MN6A 5AZIB 3F5TA 4CEQA 3O1WA 4BRGA 5HROA 2UXDK 4B9UA 4Q5VA 4RW9A 3CM5A 1LWFA 1TKZA 4U67L 3I56N 4CGJA 3T1HK 3O9UA 1VSKA 2HB5A 5LMUK 1D9FA 2UUBK 2UXCK 4KH5A 3O3GA 3QEXA 2QWLA 4CECA 4IEIA 1S1XA 3NH1A 3C6AA 1HPZA 4CJLA 2FLOA 4AF1A 3O4WA 3C7NB 4UQGA 5F2RA 3CJ9A 2GWJA 2F4VK 4OPKA 3BZCA 4DTUA 4WYBA 3G0ZA 3DRRA 4UY8O 1VSFA 3OHRA 3DYAA 3FZKA 3EZWA 3J80O 2VQEK 4LF4K 1JLCA 1HX1A 2QXLA 3ZCMA 3EKSA 4OKEA 4CF2A 1MU2A 4E3SA 2V52B 4FW1A 1NJYA 1WSEA 1VQON 4Y1DA 4BQZA 5JVGL 2JLEA 4DTOA 1XHZA 1S1TA 4FLXA 3MK6A 3IS9A 2F8SA 3VETA 1C0UA 1UAXA 1NG9A 4DV1K 2A42A 3D2FA 1JLFA 1NKCA 2F9WA 2Z1IA 1XI1A 1XUPO 5BR8K 2XY8A 2WTUA 3VEOA 4C8NA 4OLAA 2OCEA 3AVCA 4WQ5A 1QQOA 4JI8K 4BR0A 1SKWA 3C6TA 1LAVA 3VQ9A 2GUPA 1EQYA 4A2AA 4KHQA 4ID1A 3RWUA 4CJVA 2D0OA 4I6MA 1DKGD 4ILGB 2PFUA 3LDQA 1C1BA 2NRTA 2Y1IA 1V4TA 3AGKA 2BUPA 4DR7K 3DAWA 3HL8A 5HRSA 4M3TA 5HLFA 2WOMA 3ATVA 3HI0A 4FW2A 1K8KB 4XIUA 4Z4FA 3CC2N 4CK2A 3MAQA 3VF4A 4N76A 1WBBA 2P9IB 5JS2A 5AQQA 2FSKA 4OX9K 2O8DB 2KZMA 4NO7A 4GVMA 4BC4A 1RGIA 1RT7A 5KPZA 4PHTX 2QKBA 3KZBA 1HPMA 3VQPA 4O44A 4DTNA 2P9UB 4JYAK 1VSIA 2ASPA 3HP6A 3DRSA 3L3UA 2WFBA 4AHRA 2NRRA 1HJRA 3VERA 3MWTA 5BRDA 1ZBUA 3CCSN 1ZBLA 5CY4A 2BH1A 3KLHA 1IKYA 2O8BB 1HNWK 3V1QA 4ILHA 1TYQA 3LWMA 5J1EA 2OPRA 2KLAA 2YNHA 3DXKA 4CJKA 3QEVA 3TU5A 3CMAN 4GV6A 4QOZB 4LFAK 5DMRA 3QEWA 1HUXA 3LAKA 4CFBA 4I9LA 5MLCQ 3A5LC 3TAPA 1QE1A 3ZT3A 2IGIA 2O4GA 3NGIA 3KKRA 3DJCA 4FLYA 3SZ2A 4CF1A 3DLHA 2BANA 4A5BA 4DV5K 4CHOA 4LF8K 3S3MA 3IFRA 3L6QA 1UOCA 4DQSA 3AA3A 4F3TA 4KB0A 4KV8A 2P9NA 1U4BA 3ASMA 1OH5A 4WQ5C 3CJ7A 2OZMA 3VA0A 5AQZA 2QKKA 1HYVA 3I33A 1MWKA 4JKCA 3R8EA 3VQQA 5FLXO 1Q82O 2HMPA 4B3MK 4JI5K 2A41A 3VQBA 1NK9A 3F73A 4G1QA 2R7YA 3EE8A 3ZEUA 1VRTA 2NUBA 3KWGA 2FSJA 3K57A 4CEAA 2OPSA 3AA4A 2E6LA 5E26A 1N34K 3ZYYX 1VRUA 4NXMK 3TI0A 3AAPA 3CETA 5I9EB 1N33K 2D0BA 4FJ5A 3LZJA 3ZETA 4ELTA 3JAMO 1YJ9N 4CK1A 3HVRA 2FF3B 4YORA 3SAGA 4EFHA 4YHHK 1BWFO 3AVHA 3VQEA 2P5OA 2F9TA 1GOAA 2CGLA 1HMVA 4O8UA 3P5JA 3CYMA 1HYSA 3BDPA 3GDQA 3CPEA 4ICLA 4J8FA 1Q18A 3CCUN 3SQ4A 2D0AA 5ADXA 4BDPA 2V7YA 3LDLA 4CFAA 4CD1A 5GIOA 1WAJA 4FK2A 2XHBA 1KAZA 1BDGA 1HKGA 4JKDA 1DTTA 1NKEA 3SPZA 2HNYA 4LC9B 3O4NA 5I3UA 3P39A 2DFHA 3B6PA 4Z4HA 1REVA 4FWPA 2WONA 4AM6A 5LJVA 2P9KB 4BR2A 3OYAA 3IRXA 4EAHD 1TGOA 2ZJQL 2G8IA 4B3RK 4DMNA 1NGJA 4BRFA 2HW3A 1BHLA 1I39A 3PIOL 5FPDA 3M8QA 4CJ4A 2LSNA 1KD1O 1TKXA 4DR6K 4A59A 3C6HA 2B6AA 4YY3K 1VSMA 5EX5A 3GE1A 2D5RA 4Y0WA 1CXUA 4FJ9A 1NBWA 5AQYA 4CJRA 4DQQA 1VQ7N 1WOQA 3NF6A 4LH4A 4CJPA 4AH9A 2VGNA 4CF8A 1HRHA 1GLAG 1BL3A 2NZTA 4DV3K 3FFIA 1BCOA 5FRMA 3WXJA 5GAGP 1KXPA 3IAYA 1JLQA 3R3LA 2YHWA 4BR4A 2Q0RA 3K59A 3V9SA 3A5NC 2HSTA 3HSTB 4XH1A 3OS0A 2OA8A 1LV5A 2F96A 4BRHA 4E89A 4WFNL 1OH7A 3CMEN 1U04A 2P9PB 4F2RA 2P9UA 4AILC 4MQ3A 4RW8A 1R59O 1L3SA 1RDCA 2GEMA 1W97L 1JCFA 2QWRA 4X64K 1IO2A 2GTDA 2QM1A 1NWKA 3ZSYA 4BC2A 3V4IA 5IWAK 4KH6A 5AQLA 1EKEA 4H5RA 1NGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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