4WFN | Genus

Total Genus 18

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	18
sequence length	104
structure length	104
Chain Sequence	RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The Ribosomal Protein uL22 Modulates the Shape of the Protein Exit Tunnel. pubmed doi rcsb
molecule keywords	50S ribosomal protein L2
molecule tags	Ribosome
total genus	18
structure length	104
sequence length	104
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-09-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
L	PF00861	Ribosomal_L18p	Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	4wfnL01

5MLCQ 5DM7L 1YJ9N 1VQPN 3CCQN 1VQ8N 1KQSM 2QEXN 2ZJPL 1VQ7N 5H1SQ 3CPWM 5JVGL 1Q86O 3G71N 4IOAL 2OTJN 1VQKN 5GADP 3CCVN 1N8RO 3DLLL 3CCMN 3G4SN 3CXCM 3G6EN 1VQ5N 1NJIO 2OTLN 2ZJQL 3J7ZO 1QVFM 5DM6L 2QA4N 4WF9L 1KD1O 1VQLN 5JVHL 1VQNN 1YJNN 1JJ2M 5GAHP 1Q81O 3CC4N 3OW2M 1Q82O 4WFAL 1OVYA 3CCJN 3CF5L 1YIJN 1VQON 4WCEL 1VQMN 5GAEP 1YITN 1M90O 1YJWN 4IO9L 1K9MO 3CCUN 4UY8O 1VQ9N 4WFNL 3I56N 1K8AO 3CCRN 3I55N 1M1KO 1K73O 3CC2N 1YI2N 4U67L 4WFBL 1Q7YO 1VQ6N 3CMEN 3CMAN 1W2BM 5HL7L 3CD6N 4IOCL 1ILYA 5GAGP 3CCSN 1YHQN 1QVGM 3PIOL 1VQ4N 1KC8O 2ZJRL 3CC7N 3PIPL 3CCLN 1S72N 3CCEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3TANA 4Z94A 5DM7L 4DS4A 3FR0A 3THWA 4DV1K 5T7BA 5LY3A 2QWQA 2F96A 1D8YA 3VETA 5FPDA 3L4QA 2ZWHA 4CESA 4IFYA 4BC5A 1K8KA 4DWIA 5CE3A 5AQQA 2JWKA 5BN9A 3O3GA 1XWLA 5AQFA 4BROA 4GVEA 1Q9XA 3QB0A 1XHZA 2FSJA 1WN7A 3OYBA 3MXMA 4CBWA 2GWKA 2P51A 4BGAA 4OLBA 3VQ9A 4DTSA 4KBOA 1TYQB 3ZSZA 3UIQA 1C0GA 3CXCM 1BISA 3KLEA 3HM9A 2ZJQL 4BR2A 2HHHK 5SWMA 1RBUA 3KLFA 5EVZA 4XEIA 5TKWA 1RDAA 3OW2M 4GNIA 2YNIA 3RR7A 2G8VA 3IAYA 2BGGA 3SQ0A 3C7NB 3AGRA 3LWMA 3O9SA 4IKFA 5ELZA 2Y1IA 3CCUN 1S1UA 4O0JA 5KGXA 3KK2A 2KZMA 2O4GA 2FBXA 4JKCA 1YAGA 4M63C 4FWRA 2O8CA 1KVBA 4K41A 3I55N 4BREA 3EN9A 4FO0A 3WQTA 1EWQA 4GMJB 1ASWA 4CZKA 3MEDA 1LOTB 3IKMA 4U67L 3FZLA 1Q7YO 1JLBA 5I42A 3KIOA 4CFDA 2NRHA 3NH2A 2O8FA 4HUFA 4GV6A 1T03A 3MX5A 1QS4A 1JLEA 3M5RA 2Q3SA 4WQ5A 4ZTFA 3PIOL 4LH4A 4DF8A 2UUBK 2EX3A 1IG9A 3UKRA 5HRSA 1MU2A 4E1NA 2YV0X 3IG1A 3MN6A 4OVLA 2OPSA 4F2RA 5AQPA 1MDUB 3QNOA 3AO3A 4B1UB 4FLXA 3LDSA 3VF6A 3QFUA 5MLCQ 2VGNA 4ICLA 3V1QA 4PUOA 3OTOK 3OY9A 3FGUA 2XY7A 2CGLA 3AVLA 4HTLA 5C2FA 1X3NA 3CQ8A 4DB3A 1J5EK 4OKEA 3ZX3A 4DR6K 4KRFA 4H5NA 4CD3A 5KPTA 1TKDA 4GW6A 3DLEA 1N34K 3ULEB 2RF2A 1RT7A 5JLHA 4I7FA 4HUGA 4M3XA 3ZSXA 5JVGL 2Q0RA 1VSJA 4DQ8A 1OH5A 4CF1A 4IOAL 1U2VA 3C6HA 2HMPA 2ASMA 2E8AA 1LWCA 2KW4A 3L3UA 5M1OA 4RCHA 3ZYYX 5KI6A 1WUAA 3HVRA 2WUSA 1X1PA 3CPEA 3CJCA 3CJ7A 2QM1A 1FXXA 2A1SA 3AO4A 2F8TA 2Q36A 2W41A 3UB5A 3OJUA 1VSIA 4WCEL 4JKBA 1CZBA 3QIPA 4BR0A 4EIAA 4W5OA 3CM6A 3MMVA 4H03B 1RCHA 2HMIA 1CXQA 2D1KA 2NNWA 2UXBK 1Z05A 1X9MA 2A1RA 4HCCA 1GLCG 4B1YB 3SPZA 3ZT1A 1D9FA 5AQRA 3HSTB 2YHAA 3PX6A 1ZBSA 2GELA 2WONA 2JGUA 4QCLA 3GG4A 4HUEA 3VEZA 4GV9A 3NF9A 1Q9YA 3HRGA 2YX6A 4WFBL 4OKJA 1XUPO 2OA8A 4CZLA 1T44A 4CERA 1JLQA 4DHYA 4RW8A 4OPKA 1E3MA 3CI5A 2IGIA 3QMLA 2ZQBA 4PL7A 2A5XA 3M8RA 4DQSA 3R3LA 5E26A 1TVRA 1B9DA 4FWOA 4CEDA 1SS6A 1D5AA 3VEVA 1QZ6A 4Y0WA 3K59A 1HKCA 4ILJA 4CJRA 2A41A 3LPTA 4OPJA 1WBDA 1N6QA 1Z6RA 2OZMA 3RMCA 3WNGA 1VQ8N 4FJLA 4H5VA 3D2FA 3QLHA 4EP4A 3AVCA 3I0SA 5HLFA 5I9EB 4CZEA 4DS5A 3EL2A 4BGBA 1FK9A 4A5AA 1VQ7N 1W97L 4FW1A 3V4IA 3ITHA 4X65K 4B9MA 4E89A 2DPNA 1BWFO 3LZIA 5C10A 5GADP 4XH4A 4JHDA 4OGCA 1NKCA 2B6AA 3O6WA 1RTIA 4OPAA 3IRXA 3E9OA 1Q18A 3JAMO 3HZ6A 3O9RA 4KHWA 2PFUA 3LM2A 4DR3K 1GOAA 3M8SA 1HJRA 1KFDA 5M1PA 3DRPA 3W3DA 1VQ9N 3OYMA 4JKAA 4KO0A 5E41A 2KZZA 4DSIA 1NMNA 3THWB 2KTQA 3VQAA 4BG9A 5AQLA 5BPLA 2GV9A 1D9DA 1YI2N 3AGKA 4CCHA 1K8KB 4FJ9A 1MWKA 2DFHA 1L3SA 3SCXA 2E2NA 4J2DA 5AQYA 3Q7BA 5CYQA 1G15A 2QI2A 3JS6A 4FK4A 3AVIA 3DLHA 4C8OA 1NK9A 2ZGZA 1VSEA 1S1TA 2B5JA 1NGGA 3H1QA 1OKJA 2ZJRL 4FJXA 1U6ZA 5AFUH 1YT3A 4MO5A 5EX5A 4GY2B 4B9NA 2IC3A 4DU4A 3O5BA 4KI6A 4O0IA 5K14A 4H5WA 1QHTA 3E66A 1YVUA 3P39A 1X3MA 4OJRA 3ZX2A 4ZTJA 1ZBLA 4JI8K 3GDQA 1J54A 4FOIA 3VTHA 1TUYA 2UXCK 3P38A 2ZD1A 1WSJA 1S6PA 4CJFA 4LFAK 1HPMA 4IDHA 4A59A 2E88A 3GOIA 2O8CB 4I9QA 1H1VA 3G71N 3DLGA 3EKUA 1ATRA 3ENOA 3SQ2A 1VQKN 4JKHA 2HBJA 1SKRA 5CY4A 1NGDA 1U04A 4JRPA 1DLOA 5AQTA 3CFOA 2KFNA 4DSLA 4FM1A 3QIOA 3KKRA 3IUCA 3EEQA 2P9KA 1NMDA 3CC4N 2O8FB 4HCBA 5C24A 3CCJN 5AQGA 2AA4A 4IJNA 1RBSA 4H4MA 4WQ5C 1ATNA 1T8EA 3CIPA 3UKRB 4JS4A 4E1MA 1RT6A 3CHWA 2IAJA 3DXKA 2V7YA 3P4IA 1P90A 4BACA 2JWLA 1IO2A 3R9PA 4BR4A 3ULDA 4CIGA 3P1GA 3T19A 4B3TK 3MDQA 3VA3A 3W0LA 3AAPA 4CVNE 4AHVA 3EZWA 3QEPA 4YY3K 1ZBFA 3VGKA 3OBWA 4FYDA 5J1EA 2GBZA 1RDDA 4K8XA 1GOBA 5HL7L 3SZ2A 1EKEA 3TTCA 4R5PA 1DTQA 1U2VB 4K8ZA 2IDOA 3OYIA 1HX1A 2LSNA 3CFPA 3JSMA 1R0AA 1RFQA 5BR9A 4CEEA 3T1YK 3CCLN 4JKEA 4A57A 1F21A 1X9SA 3MN7A 1KVAA 5EU7A 5FPNA 3SNNA 3WNFA 3HYFA 3NGIA 1NGAA 1GLBG 1NGIA 2HNYA 4B3SK 4XIUA 5AQVA 4QOZB 4M3WA 4CBXA 4C8LA 1IKXA 1NOYA 3AVNA 2FSKA 2O8DA 3C65A 1RILA 4FOEA 3CETA 4KV8A 4J8FA 2OTJN 2UXDK 1KAXA 3ENHA 1TL1A 5TKYA 1KTQA 3OYFA 3HI0A 4AM6A 1BI4A 4B3RK 3B6OA 2OTLN 3T3FA 4FWMA 2P9LB 4CK3A 1S1XA 4BRQA 2O8EA 2E1YA 1Q82O 1NKBA 5GINA 5M1NA 2H3GX 4G9ZA 2QXLA 3VOVA 4FWQA 4CHZA 4DV4K 4B9VA 1NU0A 3T1AA 1VQON 3NF6A 3ZSOA 1L3TA 1BCOA 5EOYA 3NGZA 4KH6A 1HYSA 3WNHA 4FK0A 3AVGA 4FJJA 3D0PA 3C6UA 4NLCA 1N36K 4NXNK 3SI6A 2NZTA 2D0OA 3H3NO 3VQ7A 1UAXA 1ZC6A 3LDPA 4RW7A 1S22A 3AA4A 4KI4A 4B1XB 4O8UA 2ZGYA 3I0RA 2XO7A 3D2FB 3ZSQA 1QQOA 5C25A 5JS2A 1TL3A 4KKOA 1BIUA 2ZF5O 3HTVA 4YOUA 1VQ6N 3U8XA 1JKHA 1GLAG 1ZBUA 4CZJA 3OYGA 1T05A 5F1XA 3SBGA 1ILYA 3K5MA 3FZFA 4QS9A 1A5XA 3L3VA 4FLUA 2ASOA 3L4IA 4JHDB 1WSGA 4DSEA 3KJVA 4BC4A 4FM0A 3QETA 4Z4GA 1B9FA 3WT0A 4B9SA 4M3UA 3NMUA 3O1BA 1NK0A 1Q8IA 3MEEA 3BUZB 2OANA 3QBXA 3SAHA 4LF4K 3RRGA 4AM7A 4CZGA 5M1FA 1V4SA 4Z4FA 1KCFA 3CCQN 2B4JA 4DQPA 5KRSA 2G8KA 4O8KA 1VK0A 4E7LA 1P8ZA 5C15A 2P9IA 3VQ8A 1NJWA 3K57A 4X64K 3HBTA 3PX4A 3H45C 4BRNA 1SV5A 4CGFA 4CGDA 2JLEA 4B1VA 3V81A 5AQUA 2HBMA 1KVCA 3M8PA 1C1AA 3UE5A 5HBMA 3CCVN 1N8RO 4YOXA 2HOEA 4CJLA 4BDZA 2W40A 3OYCA 2A3ZA 3SUOA 3SYZA 3ENBA 1GLLO 3NFAA 3R1XA 1E4GT 5DM6L 4I2QA 3TAFA 1NK7A 3P31A 1EO1A 1OVYA 5CHIA 3ZSRA 1JCEA 5M1QA 4WE1A 4BRDA 3QO9A 3MN5A 4B1WB 3V9ZA 5KGWA 3ID8A 2QXFA 2NUBA 4DSJA 1QSYA 3HPHA 4M41A 3DI6A 1BQMA 2WFBA 3DJCA 1T6DA 4CJ7A 4FZZA 3QBWA 3O3FA 4B9LA 4MDBA 4YDUA 2F8SA 1N32K 4OLAA 1WBBA 2FSNA 3TSUA 3THXA 2QK9A 4IG3A 4FM2A 4E0DA 4LSNA 3L2UA 5AQMA 2A40A 3EO3A 4Z0UA 1RBTA 2HHVA 1CLQA 3PO4A 4JAXA 3MN9A 2VQFK 1VQ4N 4PWDA 4V19S 2Z1IA 3LZJA 3RTVA 2HNZA 4I9LA 2AP1A 2BANA 3CQXA 3E9PA 3DAWA 4W5RA 4QS8A 1ASVA 3BGRA 2P9KB 4ILHA 3KVGA 3CCEN 3WXIA 4E7KA 1IG8A 3K58A 1NK8A 1CXUA 2AJQA 3J8AA 2G8IA 2Z1GA 3GL1A 3L2VA 3A2FA 2IVPA 4CEFA 4BE0A 1KQSM 1YUWA 4ID5A 3DXKB 3H46O 5HOOA 2I5JA 4AQYK 3O4NA 5A2QO 2ZE2A 2HBLA 3LP3A 1C6VA 1XC9A 4CF9A 3AVJA 4GKKK 4FLZA 5ADXH 3RSEA 2CGKA 4U7BA 5FDLA 4YOVA 3LWLA 1HKGA 3A5NC 1IJJA 1NM1A 4KH4A 3BZCA 4AHTA 1IBKK 4E7IA 3CJ1A 3C6TA 3FE1A 5BRHA 4E3SA 3U9ZA 3VMFB 3DOKA 2Q97A 2XHBA 3TABA 2FBVA 4Z4CA 3K9KA 4EZ6A 2NLXA 3DLRA 2NRWA 3TR8A 4CEAA 3M3ZA 3S3NA 4BRCA 4KHSA 3P5JA 3CFRA 4JI1K 2DFFA 3Q7CA 1NLVA 3TSPA 2P1JA 3D2EA 4BWJA 4OGEA 2E6MA 3RVCA 4BQLA 3WEEA 4JI7K 4DUYK 2O8DB 1EXQA 1HNWK 3O1WA 5CZ1A 4DV2K 4ILGB 4H0PA 4MFBA 1IKVA 1W2BM 3CD6N 1L5UA 2P9PA 2VWJA 2R7YA 3CM5A 5C0YA 2RN2A 5FRNA 1C1CA 3U6FA 5AQKA 1FKOA 1NGEA 1ZBHA 4H5RA 5JICA 2BUPA 5BPMA 3T1HK 4LC9B 3B6PA 4AHRA 4KHQA 4LF9K 4JK9A 3KLGA 3J7AP 4FLYA 2O8EB 1JCGA 3AY9A 4RTFD 3THYB 3WXLA 3NH0A 3SK3A 5AQXA 4R79A 4BR7A 5AQSA 1JLCA 4CGGA 4JK7A 4GV3A 2KLAA 1ZXOA 5KQ8A 1V4TA 2VG7A 4DUZK 1Z26A 2OPQA 3KKSA 4M42A 1C0FA 2GUIA 2YI1A 3MEGA 1HMVA 4KTWA 3MCPA 3PV8A 5FPEA 3K5OA 4CJWA 3HP9A 3ZT2A 1QQNA 2G8FA 3OA9A 4CFAA 1VQ5N 4OX9K 1NJIO 1EETA 3NHGA 4ELTA 3LDOA 4DV3K 4F8RA 2XY5A 4LSLA 2O8BA 1BOTO 5J2MA 4DF4A 1C0UA 4TSXA 1KLMA 2VWKA 2E1ZA 4O44A 4DQQA 2DTUA 5C42A 5AZJB 4M3ZA 3I8BA 3I8DA 1SL2A 1BGXT 2VQEK 5LJWA 4Y1CA 4NCAA 3O9UA 4I6MA 4WYBA 3I56N 1D4XA 3H1VX 3NE6A 1CZ9A 4KPYA 4DLGA 4PY5A 3CCRN 4N47A 2F9TA 4A5BA 4KB0A 2OPPA 2UUAK 5IWAK 1HLUA 1UA1A 3O4QA 1MWMA 5EXWA 2P9IB 3OS2A 3IS9A 4BDPA 4Z4IA 4DU1A 3DXMA 4BRGA 3KK1A 4DV0K 2FC0A 4CJUA 3LM9A 3ZSWA 4DG1A 1EQYA 3CJBA 4XH5A 2P5OA 3ZT0A 3CCSN 5F2RA 2UUCK 3NVMA 1O13A 4K25A 1U4BA 1VSHA 4CBUA 1RT4A 4KREA 1CZAN 2QWNA 2IVNA 4M7YA 4DTXA 4DFMA 1IBLK 4CE9A 4FWKA 1YVNA 4AHUA 4FJKA 3D45A 2O4IA 4XH1A 2FXUA 4BG8A 5AFUA 4O5BA 3HT3A 1UOCA 4ISGA 4HTUA 4J2EA 1BDGA 5KPRA 4FZYA 2QEXN 3VEYA 3DMJA 2E5LK 2Q31A 3HOSA 3WXJA 4CJ4A 1NK6A 5LMNK 2PYJA 3TSQA 4NB4A 3EZ5A 2HHSA 4M45A 1TK8A 3MCAB 4J2BA 1W0HA 3DLLL 4JS5A 1DT9A 5KRTA 4RWTA 3K5LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  5DM7 L;  1YJ9 N;  1VQP N;  3CCQ N;  1VQ8 N;  1KQS M;  2QEX N;  2ZJP L;  1VQ7 N;  5H1S Q;  3CPW M;  5JVG L;  1Q86 O;  3G71 N;  4IOA L;  2OTJ N;  1VQK N;  5GAD P;  3CCV N;  1N8R O;  3DLL L;  3CCM N;  3G4S N;  3CXC M;  3G6E N;  1VQ5 N;  1NJI O;  2OTL N;  2ZJQ L;  3J7Z O;  1QVF M;  5DM6 L;  2QA4 N;  4WF9 L;  1KD1 O;  1VQL N;  5JVH L;  1VQN N;  1YJN N;  1JJ2 M;  5GAH P;  1Q81 O;  3CC4 N;  3OW2 M;  1Q82 O;  4WFA L;  1OVY A;  3CCJ N;  3CF5 L;  1YIJ N;  1VQO N;  4WCE L;  1VQM N;  5GAE P;  1YIT N;  1M90 O;  1YJW N;  4IO9 L;  1K9M O;  3CCU N;  4UY8 O;  1VQ9 N;  4WFN L;  3I56 N;  1K8A O;  3CCR N;  3I55 N;  1M1K O;  1K73 O;  3CC2 N;  1YI2 N;  4U67 L;  4WFB L;  1Q7Y O;  1VQ6 N;  3CME N;  3CMA N;  1W2B M;  5HL7 L;  3CD6 N;  4IOC L;  1ILY A;  5GAG P;  3CCS N;  1YHQ N;  1QVG M;  3PIO L;  1VQ4 N;  1KC8 O;  2ZJR L;  3CC7 N;  3PIP L;  3CCL N;  1S72 N;  3CCE N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TAN A;  4Z94 A;  5DM7 L;  4DS4 A;  3FR0 A;  3THW A;  4DV1 K;  5T7B A;  5LY3 A;  2QWQ A;  2F96 A;  1D8Y A;  3VET A;  5FPD A;  3L4Q A;  2ZWH A;  4CES A;  4IFY A;  4BC5 A;  1K8K A;  4DWI A;  5CE3 A;  5AQQ A;  2JWK A;  5BN9 A;  3O3G A;  1XWL A;  5AQF A;  4BRO A;  4GVE A;  1Q9X A;  3QB0 A;  1XHZ A;  2FSJ A;  1WN7 A;  3OYB A;  3MXM A;  4CBW A;  2GWK A;  2P51 A;  4BGA A;  4OLB A;  3VQ9 A;  4DTS A;  4KBO A;  1TYQ B;  3ZSZ A;  3UIQ A;  1C0G A;  3CXC M;  1BIS A;  3KLE A;  3HM9 A;  2ZJQ L;  4BR2 A;  2HHH K;  5SWM A;  1RBU A;  3KLF A;  5EVZ A;  4XEI A;  5TKW A;  1RDA A;  3OW2 M;  4GNI A;  2YNI A;  3RR7 A;  2G8V A;  3IAY A;  2BGG A;  3SQ0 A;  3C7N B;  3AGR A;  3LWM A;  3O9S A;  4IKF A;  5ELZ A;  2Y1I A;  3CCU N;  1S1U A;  4O0J A;  5KGX A;  3KK2 A;  2KZM A;  2O4G A;  2FBX A;  4JKC A;  1YAG A;  4M63 C;  4FWR A;  2O8C A;  1KVB A;  4K41 A;  3I55 N;  4BRE A;  3EN9 A;  4FO0 A;  3WQT A;  1EWQ A;  4GMJ B;  1ASW A;  4CZK A;  3MED A;  1LOT B;  3IKM A;  4U67 L;  3FZL A;  1Q7Y O;  1JLB A;  5I42 A;  3KIO A;  4CFD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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