4WG1A

Room temperature crystal structure of lysozyme determined by serial synchrotron crystallography (micro focused beam - crystfel)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Raster-scanning serial protein crystallography using micro- and nano-focused synchrotron beams.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wg1A00
1HFZA 3J4GA 4C3WA 5T3FA 3A90A 2Z18A 3N9AA 1T6VL 4LFPA 5C6LA 1EQ4A 4MSTA 4TTDA 2MEDA 5HQ1A 1DI3A 1UA6Y 2DQAA 1OUBA 3AZ5A 1B5ZA 5DL9A 5FEKA 4GCEA 1LJGA 4DD9A 5L9JA 2ZIKA 1DXJA 1D0MA 4XJFA 4U3XB 1JKAA 4HTQA 4LT1A 3RNXA 3AGGG 5HNLA 5KJ9A 1B5VA 4CFOA 1ZV5L 2BQEA 1GXXA 4DD3A 4MCKA 2LZTA 1LOZA 3WVYA 2FBDA 1J1PY 1F0WA 4GLVA 4H1PA 2EQLA 1H6MA 4OOTA 4DD1A 1IY4A 1TEWA 5FELA 4IATA 1JSFA 1YIKA 4RW2A 5E4PA 3OK0A 1GBOA 4ZIXA 4ZFPA 1JEFA 2DQJY 1GB3A 3TXGA 1UUZC 4EOFA 1JWRA 1XFPL 1WVVA 1J1XY 3RU5A 1W6ZA 1QQYA 1CNSA 2W1XA 4G9SA 1CJ8A 1RE2A 4WOAA 4YM8A 2HEDA 4OWAA 1CJ9A 4PHIA 1MELL 1GF6A 4CGEA 1LZ6A 1HF4A 4C5FA 4QDNA 5KXRA 3LYZA 5APFA 3AGHA 3WUAA 2LYZA 5LVJA 1C43A 1YAMA 2DKVA 1GE4A 3P68A 4WLYA 2XJWA 154LA 4B0DA 2D4JA 3N9CA 1D6PA 4UWVA 4B4JA 4M4OA 4LT2A 4R0FA 1OP9B 2I26L 2B5ZA 1VEDA 4NHQA 4PRUA 1LTMA 3A92A 3W6EA 3M18B 5DN5A 4N9RA 1LZ1A 3ZEKA 4NG8A 2BQGA 1ALCA 134LA 2BPUA 4KL7A 4CFPA 4OOOA 1UIAA 3WPJA 1I56A 4W96A 1UIHA 3M3UA 3WUNA 5C6JA 1QTEA 4NFVA 3WH1A 5E9RA 3TMUA 1IR7A 135LA 1YKYX 1RCMA 1UIDA 5LVIA 1WTNA 1HEWA 3IJVA 1J1OY 5DN4A 5EBHA 4LYCA 1YQVY 3A6CY 1CKGA 2I25L 1LZ8A 2BLYA 2XTHA 4ANRA 1LJ3A 1YL1X 1RI8B 2MEGA 1REMA 1XGUC 5D5CA 3SP3A 2DQEY 1GF0A 1JPOA 2HTXA 4TUNA 1QDRA 2A7FA 1LJFA 1VATA 1LKRA 3LN2A 3W6AA 4B4EA 1ZVYB 2FYCA 4HJYA 1DPWA 2D6BA 3P66A 1NDMC 4ETBA 1GB6A 1Z55A 3E3DA 4ML7A 3B0IA 3A3QA 4B4IA 4NIJA 1B7MA 1B7QA 5ILFA 3G3AB 4I8SA 5B1FA 1LKSA 2ZYPA 4DDAA 1TDYA 5KXOA 2H5ZA 4IJ4A 1B2KA 1IP2A 1B0DA 3HBEX 3P65A 4NG1A 4H8YA 1LJIA 5D5FA 1VDSA 4H9BA 5KXTA 5B07A 1FN5A 1IOTA 1LMOA 1OUEA 1DQJC 2Y8PA 4WG1A 4WM6A 2N5ZA 4RLNA 1XSFA 4XJBA 1OUAA 1GF9A 1LYOA 2HEBA 2FYDA 1B7LA 2BQNA 4GCDA 3B72A 4DDCA 5I4XA 1D0LA 2ZYCA 1JISA 1CKCA 207LA 4EMNA 4ET9A 4LYBA 1HSXA 5I54A 3D9AC 2IFFY 4Z41A 4UWUA 1LZRA 1CKFA 1XEIA 1LHMA 2DQCY 1SQ2L 4NGIA 1GPQC 4LYOA 1JTOL 2W1LA 2BQMA 2BQLA 3QNGA 1IWTA 1UBZA 5KXMA 4H91A 1GB7A 4XJGA 4GLAA 3W6CA 1GFTA 1FDLY 2W1YA 1HFYA 3CT0A 3TMXA 4N8ZA 1BVKC 2X0AA 1CKDA 1C10A 1OUIA 1LZCA 3A6BY 5I53A 2DQHY 4NSGA 4RLMA 2W1MA 1D9UA 4NSHA 1IP4A 5F9XA 3D3DA 3KAMA 1OUFA 2RSCA 1LZBA 4QGZA 4AGAA 3TMVA 1GFGA 4DD2A 5ILCA 4J1AA 194LA 1IO5A 3J6KA 4NHTA 4J1BA 1GE1A 2YBNA 3AB6A 1LMNA 2ZQ3A 4NGLA 4WG7A 4GCBA 5KY1A 1VDTA 1KXWA 1JKBA 3EMSA 4PRQA 4X3BA 4ZEEA 5JENB 1XEKA 1LMTA 3HBDA 4ETAA 4YEOA 1IP7A 1FKVA 5APDA 1GFAA 4LYZA 1YILA 4WM1A 1IY3A 3HBHA 3WU7A 2Z38A 1JIYA 1LHIA 1XGRC 3WPLA 2Z19A 4H9EA 1LMQA 4A7DA 1LSCA 2BQOA 1LHLA 9LYZA 3ATNA 1G7MC 3A96A 3IWRA 1EQEA 3EBAB 1GHLA 4H9IA 3AZ4A 1IX0A 1GF5A 4LFXA 1KXYA 3TMWA 4DD0A 4WL7A 3VWOA 1C46A 1NBZC 1UC0A 2DQIY 1JJ3A 5IHGA 4OWHA 4NGOA 1NBYC 2ZNWY 1KXXA 1O23A 4XN6A 1WQMA 4NY5A 3ATOA 2XBSA 1A2YC 4HJVA 1DI5A 4FJRA 208LA 5LYZA 5FDJA 3CT5A 2LHMA 1OUDA 1F6SA 2AUBA 1AZFA 4HV1A 4P2EA 2D4IA 4WMGA 5B06A 1QUTA 1IC5Y 1QSWA 1INUA 4YF2A 1KIPC 1LZEA 1MLCE 1V7TA 4II8A 4KPMA 3LZTA 1BWIA 4H92A 3TXBA 6LYZA 1LSGA 5IDDA 5C6IA 3CSRA 5APEA 1D0KA 2I6ZA 1HEQA 1JKDA 4DDBA 3A34A 4LT3A 5K7OA 5LA5A 4HPEA 1BVXA 2BQHA 1GF8A 3WXUA 3W3EA 1HENA 4TSCA 4D9ZA 4LYMA 3QE8A 4KT3A 3WW6A 1GB0A 2F30A 1LSZA 2BQJA 1HERA 5F16A 1GFVA 1B7RA 4H8ZA 1WTMA 5LA8A 1OQMA 2MEBA 5LIOA 1W08A 1I20A 1LMCA 1RFPA 1UIBA 3G3BB 4J0LA 1UIGA 3ZVQB 1LYYA 1LZDA 3T6UA 4HSFA 5IELA 1EQ5A 1GFJA 1HEOA 1QSAA 3A94A 2BAAA 3WUMA 1I1ZA 2YBMA 4CHXA 1VDPA 4N0JA 4OW1A 1LMPA 4YOPA 4AXTA 4B1AA 1H87A 5HMJA 1GBSA 3TXFA 4GN4A 4PGJB 2MEEA 5KXZA 2BQIA 1GDXA 3RW8A 2ZILA 4NGKA 1JJ0A 1LSFA 4WO9A 2BQKA 4FDYA 4XJDA 2EPEA 1GBZA 1NKHA 1YANA 1QUSA 4NWHA 2LYOA 4Z98A 1IORA 2DQGY 4WM4A 1IWUA 2F2NA 1HEMA 2HUBA 5LYMA 3B0OA 4N1EI 1VDQA 3CT1A 133LA 1BB3A 1LSNA 1YAPA 4XYYA 5KXYA 1LCNA 1WQQA 3MGWA 2G4QA 4HJZA 4ETDA 2HECA 1IOQA 1IWVA 2WARA 4LZTA 4N1CC 4H9HA 4WO6A 3WYHA 4ETEA 1CKHA 2HU1A 4H90A 1IOSA 2ZIJA 2F4GA 1JJ1A 1NQIA 4H9FA 2G4PA 4HTKA 1JSEA 3IJUA 4G4HA 1GWDA 4GCFA 3ULRA 1FKQA 3WPKA 3GXRA 4G4CA 1LZ5A 1HSWA 3WL2A 5B59A 2BQCA 1NDGC 1WQOA 1B7OA 1JTTL 2DQDY 4OWBA 3TXKA 3EO5A 1IWYA 3W6FA 5KXPA 3A8ZA 5KKIA 4L41A 1IP1A 1JUGA 4LYTA 5I4WA 1BWHA 1LZAA 2D4KA 3B0KA 2FBBA 3HFMY 4Z3MA 1IP6A 1GBXA 1GF4A 4QY9A 1QTKA 2HEEA 5HNCA 5LYTA 2H9JA 4W94A 1B5XA 4UWNA 1BWJA 5LAGA 4BADA 4NGYA 2CJLA 3BKVA 3LZ2A 3OJPA 1E8LA 1F6RA 1PS5A 2Z12A 1LSDA 3A67Y 3FE0A 4RDSA 1GE3A 2YBIA 4GN5C 3TXDA 5J7CA 1B5WA 1OUHA 3WW5A 2Z2EA 2BQFA 4WLTA 1GE0A 1OUJA 1GFUA 2MEFA 2MECA 4O34A 1IR8A 4Z46A 4H93A 5F9UA 1LZNA 4XJIA 4LT0A 4XADA 4TSBA 132LA 4WM2A 1DPXA 1C45A 5I4YA 5LVGA 1BB6A 3AZ7A 1WQPA 1T3PA 1LHHA 2VB1A 1G7JC 1FLUA 1YROA 1DKJA 1LYSA 2Z2FA 4NGJA 3LHMA 1HMLA 3WULA 2HU3A 1HHLA 3P64A 1YL0X 2EIZC 1G7LC 1XGTC 3AGIA 3LYTA 2YBJA 3TXIA 5KXWA 1IR9A 3ZVQA 1WVUA 3QY4A 5LXWA 2BLXA 2YBHA 4BS7A 1GB9A 2BQAA 4H9AA 5AMYA 1IC4Y 4ETCA 3A95A 5F14A 1BB5A 1GDWA 1NHEA 2YDGA 2XBRA 4NSIA 1LSAA 5DLAA 3WVXA 4DWXA 1NWGA 4HTNA 5M1YA 193LA 4NSJA 1B7PA 2HEAA 2NWDX 1GAZA 4H94A 8LYZA 1LZ4A 1XEJA 1IC7Y 2IHLA 1BQLY 2ZWBA 4DC4A 1GB2A 1FLWA 3A91A 1IP5A 1DZBX 1WQRA 5B05A 1GF7A 1LAAA 4HP0A 4LGKA 1EL1A 5HMVA 3B6LA 1LJEA 2Z37A 3CSQA 4NHIA 5F81A 3WMKA 1YAOA 1LZSA 1IP3A 5L3IA 1HMKA 3A3RX 4N5RA 1HNLA 2CDSA 4PPOA 5DM9A 1CJ6A 1AKIA 1OUCA 1TCYA 3BKHA 4YEMA 1B7SA 1GEZA 3LYMA 5KKJA 4GCCA 4G49A 5LINA 1AT6A 1D6QA 5KXLA 4OWCA 3WU9A 1DKKA 1LYZA 1AT5A 1LSPA 4IASA 4MR1A 1UACY 4E3UA 5FHWA 4WLXA 2C8OA 4XJHA 1LZGA 2YVBA 4HV2A 5FSTA 1A4VA 5L3HA 2MEIA 1GFEA 4J7VA 1HFXA 3T36A 2A7DA 4PJ2C 3F6ZA 153LA 1LSYA 1IIZA 1JITA 1FLYA 1GF3A 2ZNXY 4R6CA 1QIOA 3LYOA 1REXA 1HELA 4WM3A 1OUGA 1YAQA 1GD6A 3W6BA 4I0CA 1B5YA 1GE2A 1P2CC 1VFBC 4TWSA 1C7PA 4H8XA 1XGPC 2G4NA 3AZ6A 1NF5A 1RJCB 1ZMYL 3RT5X 1LHJA 1XGQC 5APCA 2EKSC 1FLQA 3FI7A 1WQNA 1AM7A 1BGIA 1GFKA 1DI4A 2CGIA 4RW1A 1C08C 1G7IC 4OWEA 2F4AA 5LVHA 1LZ9A 2GV0A 3AJNA 1REZA 4NGZA 1GFRA 4HPIA 1F10A 4NEBA 1GB8A 3TXHA 5KXXA 1BB4A 3CSZA 4XENA 4B49A 3P4ZA 1IEEA 1BHZA 1B7NA 1HEPA 1TBYA 5HLLA 5A3ZA 5II3A 1HC0A 1LMAA 1KIQC 2LZ2A 3N9EA 1CJ7A 1YKZX 5LAFA 2Q0MX 4H9CA 1GBYA 2MEAA 4KXIA 2D91A 1GBWA 5A3EA 1GFHA 2BQDA 4DT3A 1VAUA 2HEFA 4NHPA 4GN3A 1KIRC 1LPIA 3AW7A 1FBIX 4QEQA 3WU8A 4CJ2A 5FCPA 4WL6A 7LYZA 1SLYA 1ZVHL 2YSSC 3CB7A 4DYGA 1IWWA 1GAYA 1LJKA 1YKXX 5KXSA 2LYMA 3TXJA 1JHLA 1V7SA 1LJHA 2DBTA 4NHSA 4TX7A 1UICA 3EXDA 5KXNA 1LZTA 3AW6A 2PC2A 1IOCA 5I5QA 4ET8A 4NGWA 1UCOA 2MEHA 1N4FA 3TXEA 3RZ4A 1LJNA 1TAYA 2Z39A 1JKCA 2CWIA 3AYQA 4BAFA 4BAPA 1LSEA 4WM5A 1REYA 4WLDA 1IWXA 1GB5A 1LJJA 1LZYA 4NGVA 1GEVA 1LHKA 4DD7A 1PZYA 2BQBA 3GXKA 1IWZA 3A93A 5LVKA 3W6DA 1UIEA 6LYTA 1JTPL 2C8PA 1G7HC 1B9OA 1B5UA 1BB7A 1LJ4A 2DQFC 2YBLA 1NMMA 3WXTA 4M6DA 2H9KA 1UIFA 1GXV2 5B1GA 1LSMA 4NWEA 5KXKA 1IVMA 4YENA 1QDTA 2ZQ4A 3K3TA 3CQLA 4G4BA 1LSBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A90A 1QTCA 4LZMA 1DI3A 1PQKA 1L35A 1OUBA 1B5ZA 245LA 3RZEA 139LA 3D4SA 3RNXA 5KJ9A 1ZV5L 102LA 1GXXA 2B72A 1C68A 2LZTA 1G0MA 3GULA 4H1PA 3DN4A 5FELA 2RBSA 4EOFA 1L28A 1W6ZA 1D2YA 4G9SA 1CJ8A 221LA 4OWAA 1HF4A 4QDNA 1L95A 3P68A 1YAMA 154LA 160LA 4UWVA 4R0FA 1VEDA 1CU5A 4NHQA 1L00A 1CU6A 3W6EA 200LA 134LA 4CFPA 180LA 182LA 3TMUA 1RCMA 187LA 1PQMA 2RB2X 2F47A 1YL1X 1RI8B 1C6BA 1REMA 3SP3A 1JPOA 1LJFA 1P2LA 3W6AA 4B4EA 1DPWA 3P66A 1NDMC 1GB6A 4ML7A 3B0IA 4YXCA 4B4IA 1L92A 1QUOA 5ILFA 3G3AB 4I8SA 1TDYA 1B2KA 1LJIA 4H9BA 1FN5A 1G1VA 2Y8PA 2N5ZA 4RLNA 1XSFA 4DDCA 111LA 3B72A 1JISA 207LA 3HT8A 1C6NA 2B6TA 2DQCY 3FA0A 3SB7A 4LYOA 2W1LA 2BQLA 1IWTA 234LA 1FDLY 3TMXA 2X0AA 1ZURA 1L30A 1G0QA 158LA 4RLMA 5F9XA 1LLHA 3HH3A 5ILCA 194LA 1CU0A 2NTGA 4J1BA 1GE1A 2YBNA 3AB6A 4DAJA 1KXWA 126LA 1JKBA 3EMSA 3EMLA 4ZEEA 5JENB 1XEKA 1LMTA 1PQDA 1FKVA 2RAYX 4LYZA 4WM1A 1QT8A 2Z19A 4I7KA 1CTWA 1LHLA 1CUQA 3TMWA 235LA 3AZ4A 4DD0A 3VWOA 152LA 199LA 2A4TA 1C63A 1O23A 4FJRA 5FDJA 1L09A 4YX7C 2RBPA 4OO9A 4WMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HFZ A;  3J4G A;  4C3W A;  5T3F A;  3A90 A;  2Z18 A;  3N9A A;  1T6V L;  4LFP A;  5C6L A;  1EQ4 A;  4MST A;  4TTD A;  2MED A;  5HQ1 A;  1DI3 A;  1UA6 Y;  2DQA A;  1OUB A;  3AZ5 A;  1B5Z A;  5DL9 A;  5FEK A;  4GCE A;  1LJG A;  4DD9 A;  5L9J A;  2ZIK A;  1DXJ A;  1D0M A;  4XJF A;  4U3X B;  1JKA A;  4HTQ A;  4LT1 A;  3RNX A;  3AGG G;  5HNL A;  5KJ9 A;  1B5V A;  4CFO A;  1ZV5 L;  2BQE A;  1GXX A;  4DD3 A;  4MCK A;  2LZT A;  1LOZ A;  3WVY A;  2FBD A;  1J1P Y;  1F0W A;  4GLV A;  4H1P A;  2EQL A;  1H6M A;  4OOT A;  4DD1 A;  1IY4 A;  1TEW A;  5FEL A;  4IAT A;  1JSF A;  1YIK A;  4RW2 A;  5E4P A;  3OK0 A;  1GBO A;  4ZIX A;  4ZFP A;  1JEF A;  2DQJ Y;  1GB3 A;  3TXG A;  1UUZ C;  4EOF A;  1JWR A;  1XFP L;  1WVV A;  1J1X Y;  3RU5 A;  1W6Z A;  1QQY A;  1CNS A;  2W1X A;  4G9S A;  1CJ8 A;  1RE2 A;  4WOA A;  4YM8 A;  2HED A;  4OWA A;  1CJ9 A;  4PHI A;  1MEL L;  1GF6 A;  4CGE A;  1LZ6 A;  1HF4 A;  4C5F A;  4QDN A;  5KXR A;  3LYZ A;  5APF A;  3AGH A;  3WUA A;  2LYZ A;  5LVJ A;  1C43 A;  1YAM A;  2DKV A;  1GE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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