The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
100
|
sequence length |
317
|
structure length |
315
|
Chain Sequence |
KKPLTIFSDGTLTRRENTLYFESAKGRKPLAIEGIYDIYIYGHVNITSQALHYIAQKGILIHFFNHYGYYDGTFYPRETLLSGDLIIRQAEHYLNKEKRLFLAKSFVTGGTKNMERNLKNWGIKAKLSDYLDELNDARKITEIMNVEARIRQEYYAKWDENLPEEFKIVKRTRRPPKNEMNALISFLNSRLYATIITEIYNTQLAPTISYLHEPSERRFSLSLDLSEIFKPIIADRVANRLVKKGSLKKEHFREDLNGVLLTEEGMKIVTKAYNEELQKSVKHPKIGVTRQRLIRLEAYKLIKHLVGVEEYKPLV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of PH1245, a cas1 from Pyrococcus horikoshii
rcsb |
| molecule keywords |
CRISPR-associated endonuclease Cas1
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
|
| total genus |
100
|
| structure length |
315
|
| sequence length |
317
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.-.-: |
| pdb deposition date | 2014-09-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01867 | Cas_Cas1 | CRISPR associated protein Cas1 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DS6 A; 4XTK A; 4W8K A; 5DS4 A; 4QDL A; 5DLJ A; 5DS5 A; 4N06 A; 3NKD A; 5FCL A; 3NKE A; 4WJ0 A; 5DQZ A; 3GOD A; 5DQT A; 4P6I C; 2YZS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KYJ A; 3CCV L; 2XLH A; 2IYL D; 1Z23 A; 3SEO A; 4PJL A; 1LE2 A; 2LIG A; 3L8I A; 1Q0M A; 3H2U A; 1BZ4 A; 3E9V A; 4U5B E; 1LI7 A; 4NQF A; 1ZVZ A; 4O6Y A; 1M56 C; 4IB4 A; 1M90 P; 4P6I C; 4MVZ A; 1WAT A; 4CIP A; 2HMZ A; 4D4X A; 3TJ5 A; 3U8V A; 1M6T A; 4U5D E; 3NG1 A; 1CPQ A; 4PJJ A; 3CCR L; 2GA0 A; 3MYI A; 3CC7 L; 2HJ3 A; 3GM2 A; 1Z6A A; 1RXQ A; 3G6E O; 1KTM A; 1A0B A; 4FX5 A; 2J7P A; 2GAQ A; 2PBE A; 1V4A A; 2HS5 A; 3IHU A; 4JCH A; 3T6B A; 3QVZ A; 3L0I A; 1V55 C; 4IRU A; 2IBF A; 3CCU O; 4D4N A; 3EZH A; 5TJ5 E; 3HNK A; 1HMO A; 1VQ6 L; 1TWG A; 3G4S L; 2LK4 A; 2Y3H A; 1V74 B; 4FAP B; 3T9O A; 3U3F A; 5AC4 A; 3UMK A; 1NU9 C; 4NC3 A; 4BEM J; 3CXC N; 4JE9 A; 2Q4F A; 4IAR A; 1Q82 P; 1BBH A; 1YJN O; 4KNV A; 3TOL A; 4Z9J A; 4MVO A; 2EIN C; 1EI7 A; 1YHQ L; 2A6E F; 3JRM O; 3G71 O; 3VRC A; 3AOU A; 1MMN A; 3G50 A; 4CBE A; 4DRI B; 1YVI A; 1Q0K A; 2IXP A; 4CSA C; 2VCC A; 2PX3 A; 1O87 A; 3DKA A; 4LDK A; 1TFK B; 2VC9 A; 2OU6 A; 3IQ6 A; 2E87 A; 1Q86 P; 3DD7 A; 5DS5 A; 1NBB A; 2TMV P; 2EPM X; 3ECS A; 4AE4 B; 2R7W A; 2VCB A; 1YZA A; 1VYK A; 2HUJ A; 1GQA A; 2OTL L; 3ZWI A; 3CME L; 3IQT A; 1TKN A; 2WB7 A; 3VM6 A; 3M4B A; 3ZDL A; 4JC7 A; 4XPW A; 4P9T A; 1K73 M; 5L0F A; 5DVW A; 3SXK A; 4JZA A; 3CC2 O; 3ITF A; 1U89 A; 3J06 A; 3B29 A; 3CCU L; 1I5N A; 4KI2 A; 4J7T A; 1BDJ B; 4CS7 A; 3AG3 C; 1WOL A; 3UGO A; 3C8G B; 3MLG A; 4BJ6 C; 1QZX A; 3JYY A; 2R25 A; 4AE4 A; 3NMK A; 3KMI A; 2J45 A; 3NRH A; 2G3K A; 4JTC B; 1YJN L; 4OD4 A; 3U9M A; 1OKK D; 3PCV A; 1KQS N; 2DB4 A; 4JIO A; 5F5F A; 1OW6 A; 5DS4 A; 1N8R P; 3G71 L; 1VQL O; 3M4C A; 3WHN A; 2B0J A; 2XLO A; 4MQ9 F; 2QY9 A; 2AWC A; 2RD9 A; 2YZS A; 1OR3 A; 4BPM A; 2IXM A; 4ULV A; 3CQZ A; 4AX2 A; 3CCL O; 1PD0 A; 3S9O A; 4C7O A; 3S27 A; 3U8P A; 1H9G A; 4RDA A; 4ER9 A; 4PJM A; 4MND A; 2W9Y A; 2YLD A; 3C8G A; 2Q3T A; 1J8Y F; 2D4U A; 1UFB A; 5JT4 A; 4EBB A; 1ORY A; 4MVU A; 2ZXR A; 3LES A; 2QUP A; 3SP1 A; 4E0I A; 2A68 F; 5F28 E; 1UG7 A; 1ZW3 A; 3T6G B; 1QVF K; 3SZR A; 2W45 A; 2JPU A; 4G78 A; 3CCJ O; 3V5X A; 2OQM A; 4MW8 A; 2KSF A; 2XL6 A; 3FMS A; 2WVN A; 2G3V A; 1S05 A; 1M2V A; 3GM3 A; 3DM9 B; 4OD5 A; 2J9W A; 1W2B K; 1LM3 B; 1ST6 A; 2UUI A; 4YT5 A; 1ZHX A; 3K6B A; 2PP4 A; 2M4E A; 1VQK O; 4UDV A; 1VQ8 O; 4XEV A; 3CCM O; 3HNL A; 1RJ9 B; 2ZPA A; 1KU2 A; 3H2V A; 5GPG B; 2X0C A; 5AC5 A; 2Y3D A; 3M79 A; 4Q7C A; 3US6 A; 3CCL L; 4OIQ F; 4U9D A; 1Z5Z A; 2R7R A; 2VH3 A; 3ZG1 A; 3EG9 B; 2HV6 A; 5BUO A; 4Z9I A; 1M2O A; 3I55 O; 4YWQ A; 1EA8 A; 2KK1 A; 4HFF B; 1K8A P; 1VYI A; 3W8H A; 4DRJ B; 2OCC C; 3DM5 A; 2H7V C; 2J9V A; 4EUK B; 2LFF A; 3JCU Q; 1RJ9 A; 2L9J A; 1QSP A; 3QTH A; 1D1A A; 3CCJ L; 4FWV A; 5L0C A; 2EIK C; 3EGD B; 4JVS A; 4B6I A; 1MMD A; 3TUL A; 3UMI A; 2R03 A; 4MVQ A; 1VLT A; 3U3B A; 1ZYR F; 4MTF A; 1W2W A; 2ASR A; 2QEX O; 3EG9 A; 2AU5 A; 1T9K A; 5BQI A; 3HJC A; 4G7Z F; 5EHH A; 3AG2 C; 1VQK L; 1VQ8 L; 3CCM L; 4CSA A; 1VQP L; 3N24 A; 3FAP B; 4AL1 A; 4RBN A; 1Q7Y P; 1VB5 A; 1YJW L; 5JSL A; 1L3P A; 1M1K P; 1T6I A; 3EGD A; 3NYL A; 4Q5S F; 1GS9 A; 2XSE A; 3LLK A; 1K9M M; 2YLG A; 1MNE A; 4MS2 A; 4EBK A; 3G4X A; 1JOG A; 2O9X A; 3JZ0 A; 3I55 L; 4DXW A; 4U9E A; 1Q0D A; 4DJ9 A; 3I4U A; 1WGW A; 1Y6D A; 1G5Z A; 3IEE A; 4HE8 D; 2XS1 A; 4XLN F; 1VQM O; 3W4Y A; 2LP4 A; 2C04 A; 3ZC4 A; 3ZTZ A; 4BJ6 A; 3EHM A; 5DQZ A; 2CNW D; 2EPL X; 2DGJ A; 4MVM A; 1GM5 A; 2R7T A; 2QEX L; 2I15 A; 1MND A; 4O6N A; 3I56 O; 4LLC A; 5B3S C; 1G4W R; 2YL0 A; 5DLJ A; 3AQC A; 4DRH B; 1YDI A; 4NTB A; 3ZQY A; 4BJT A; 4BJ5 C; 3IQ5 A; 2R7V A; 3QMK A; 3O10 A; 3GM1 A; 3TJ6 A; 1VQO O; 1Q86 M; 3GEH A; 3U2L A; 3LS1 A; 4BEJ A; 2AWY A; 2FGY A; 3EGX B; 1Q81 P; 1JJ2 K; 1HW2 A; 4G7H F; 3M1C B; 4XEK A; 3N2Z B; 3SXZ A; 2XLM A; 3RQE A; 1RKC A; 3C63 A; 2Y69 C; 3TQO A; 2XL8 A; 2P61 A; 3O6X A; 5T3W A; 3OWT A; 4HEA J; 3DXJ F; 2XRH A; 2CYD A; 2NSF A; 3PHF 2; 2RSE B; 5L0D A; 3SNH A; 3X2Q C; 1VQM L; 2I8B A; 1YJ9 O; 3EHN A; 4JJF A; 3LAY A; 1RKE A; 3HLZ A; 2J9B A; 3UR3 C; 3Q7L A; 1APC A; 4E0H A; 3EGX A; 1N8R M; 2J46 A; 1R4T A; 4J32 B; 4F4B A; 3B0V C; 4NTF A; 2V3C C; 3I56 L; 2EPO A; 1QPU A; 2J8W A; 2V26 A; 3F46 A; 1Q0F A; 4XWJ A; 4PFO A; 2KC3 A; 5A6J A; 1ZW2 A; 2M64 A; 5E2Q A; 4CDA A; 2XLD A; 4E7Z A; 1VQO L; 2H7O A; 1H9T A; 2OEV A; 2HJM A; 1NFO A; 2L6F A; 1K05 A; 1LVK A; 3BRJ A; 4XQ1 A; 5L0G A; 5EGY A; 3LJB A; 1A7D A; 4CJO A; 2HKV A; 2OG2 A; 2LFD A; 4K7B A; 1DOW A; 2HV7 A; 3CZ6 A; 1Q0G A; 4YL3 A; 3CC4 O; 4N4W A; 1S7Z A; 2OJQ A; 3C7J A; 5A6B A; 5T3T A; 3CCS O; 3I5Q A; 4QI2 A; 4MTO A; 2HMQ A; 4MVR A; 3R7C A; 3FDQ A; 3DZA A; 2BC5 A; 1ZHT A; 2YL3 A; 2EPN A; 3AJM A; 3G6E L; 1T6Q A; 1F1M A; 3JYH A; 4IAQ A; 4JEB A; 4XEF A; 3S0X A; 2EPK X; 4YT4 A; 4LER A; 2IOQ A; 2P6V A; 4OIN F; 1VLS A; 1JPJ A; 1YI2 O; 5CI9 A; 4QDL A; 1OKK A; 1OCO C; 3RW0 A; 1O5H A; 4C3D A; 2ETS A; 4LDQ A; 3C8Z A; 5FCL A; 2EIM C; 4E7S A; 1VQ4 O; 2W4M A; 3HNI A; 2IXN A; 3K1H A; 3POV A; 2YLI A; 5CIV A; 2A0U A; 1OCZ C; 2AP3 A; 3ABL C; 1FTS A; 4CJG A; 2OOC A; 1Y4C A; 3RQF A; 1EQ1 A; 5E3C A; 1NFN A; 1K04 A; 2R7S A; 2UUH A; 1OQC A; 1K8A M; 2AVK A; 1KD1 M; 1G8X A; 1ZHW A; 1YAR O; 1QVG K; 3CC4 L; 4C3B A; 3PMR A; 5KYW B; 1D1B A; 3DJN B; 3CCS L; 2PFD A; 1CGO A; 2L7A A; 1KC8 M; 2PX0 A; 3ASO C; 3QVY A; 4WGY A; 2ZXW C; 3SYN A; 3VYW A; 3AG1 C; 2XM0 A; 3ZQV A; 4J7Y A; 3CMA O; 1E84 A; 4U5E E; 4DVZ A; 2YL1 A; 4ZLC A; 3CPW K; 2QA4 O; 3A9C A; 4Q4Z F; 2Y3B A; 4LAC B; 4ONS A; 3FHD A; 1OW8 A; 4CS8 C; 2KNH A; 5COM A; 3CC2 L; 1MQV A; 2GFH A; 3L1M A; 4JRZ A; 4BJ5 A; 5KYW A; 1YI2 L; 3ABK C; 3GEE A; 1Q7Y M; 4YT8 A; 1CGM E; 1FMV A; 2MYS A; 2IM8 A; 1VQ4 L; 3OA1 A; 1VQ5 O; 3SXY A; 3L8J A; 1K40 A; 1YJG A; 3MFN A; 1VQL L; 3N0T A; 4DOZ A; 2R7O A; 3SXM A; 3K33 A; 2QE9 A; 5A6A A; 3CD6 O; 2NPU A; 4E17 A; 5HSW A; 1HMD A; 3RFY A; 4O7G A; 1FFT C; 2R7X A; 5L3V A; 2G62 A; 5T1D B; 3HKK A; 3EPV A; 1C17 M; 4IWB A; 4QI0 A; 3Q6N A; 2L6G A; 1VTM P; 1PCX A; 4J30 B; 3CMA L; 2R7U A; 5HV9 A; 1NG1 A; 2YHS A; 2A6H F; 3CCQ O; 2D5R B; 3PDM P; 2QA4 L; 3EZI A; 4R32 A; 1Z63 A; 1D0Z A; 1YA7 O; 3RIP A; 3NKE A; 4PAC A; 1HY5 A; 3DAG A; 3W2W A; 4KBL A; 1ZU4 A; 1WAS A; 2QNL A; 1QQ3 A; 1LIH A; 3GOD A; 2ZXO A; 2P1A A; 5KYU B; 3VAY A; 3KL4 A; 3K1I C; 3T4R A; 3M15 A; 2Z15 A; 1YIJ O; 1VQ5 L; 4CDV A; 1ZZP A; 3GOR A; 2L6H A; 3LS0 A; 1IW7 F; 1IZM A; 4K0D A; 4XLP F; 5B1B C; 1V54 C; 1LKX A; 3HTK C; 1OCC C; 3CD6 L; 4PK4 A; 1M90 M; 2P0N A; 3NMJ A; 2Q7R A; 5DQT A; 4EKW A; 2BE5 F; 2J0X A; 256B A; 4AK9 A; 4JTD B; 4O79 A; 2OKU A; 4ULW A; 5KYY B; 1OXK A; 3EJN A; 1PV3 A; 5KYU A; 2LD6 A; 1M57 C; 4JJG A; 2Y3G A; 3FOP A; 3Q7G A; 1NZE A; 3CCE O; 5JS5 A; 4BJ1 A; 3MBG A; 2NUT B; 3CPW N; 3CCQ L; 1SR2 A; 2VCA A; 2CNW A; 2YKZ A; 3RYL A; 1QVF N; 3EH2 A; 4GQH A; 4NCQ A; 4KC9 A; 4I44 A; 3T6J A; 2XXA B; 1OR2 A; 4OIP F; 3QW0 A; 3LLI A; 5KYY A; 3WG7 C; 4A4A A; 1Q82 M; 2BL2 A; 1YIJ L; 5DS6 A; 3AG4 C; 1LE4 A; 1W2B N; 1JPN A; 4Z9H A; 3R2P A; 4LLE A; 4RD9 A; 1JAF A; 3GAN A; 5A6K A; 3IPM O; 3E70 C; 5JP7 A; 2A69 F; 5E3A A; 2NUT A; 1PD1 A; 5L0H A; 2VB6 A; 3RVY A; 5B3I A; 3EQL F; 2J0W A; 3ZIB A; 1H6G A; 1Z7Q c; 2FFH A; 1J8M F; 2L81 A; 3AQB A; 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