4WL7A

Room-temperature crystal structure of lysozyme determined by serial synchrotron crystallography using a micro focused beam (conventional resolution cut-off)
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Raster-scanning serial protein crystallography using micro- and nano-focused synchrotron beams.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wl7A00
1CKFA 2HTXA 1C43A 4DD3A 3WU8A 1BB4A 1NMMA 1JITA 1NWGA 1YQVY 4OWCA 3W6DA 5A3EA 4DD2A 5C6LA 1UCOA 1LHMA 2YVBA 5FCPA 5HLLA 2ZIKA 4OWHA 1B0DA 1B7MA 1BB6A 1YANA 2Z37A 3IWRA 4NHSA 5KXPA 1D0KA 1GPQC 1OUDA 3GXKA 4LYCA 3WXUA 1HEPA 1SLYA 1B7PA 3K3TA 4P2EA 1GFKA 1GBWA 4ZIXA 1FLWA 3SP3A 1IP1A 3B0KA 4LT0A 3WH1A 1JTPL 3EO5A 3A91A 3A67Y 1BGIA 1NDMC 3B6LA 4WMGA 1YAQA 3WPKA 5KXTA 4FJRA 1GB9A 1FKQA 3AGGG 1LCNA 2DQAA 3ATNA 1GE4A 2ZWBA 3WW6A 1JKBA 5HNCA 1GFGA 2W1LA 5FEKA 1LZ1A 2CJLA 3HBHA 5LAGA 1GBXA 3IJVA 4L41A 1HNLA 1LOZA 1LSCA 4ML7A 3HBDA 4WOAA 1WQPA 2BQBA 3AW6A 1LKRA 3CT0A 1J1XY 1XGRC 4DD9A 1ZV5L 3J6KA 4H9AA 1O23A 2D4KA 1WQRA 2GV0A 2IHLA 4E3UA 1LSEA 1HEMA 2PC2A 1DI3A 2BQMA 5I4XA 1FLUA 1GE2A 1LJ4A 3LYZA 4DD0A 4H9BA 1E8LA 3A93A 3ZVQA 1CKCA 4GLAA 3W6BA 3ULRA 1D6QA 3OJPA 1XGPC 4HJZA 1OP9B 2MEGA 2B5ZA 1NQIA 4GLVA 1C08C 1DZBX 4W96A 4GN5C 5EBHA 5F14A 4KXIA 4PHIA 3B0IA 4O34A 1C46A 1LMCA 2C8OA 5F16A 4ETCA 3CT5A 1JJ1A 4DWXA 4OWEA 4DT3A 5J7CA 1PS5A 1HC0A 3TXDA 4C3WA 3TXJA 1NBYC 1QSAA 4AGAA 2F30A 5KXMA 1XFPL 1CJ8A 5KXRA 4TUNA 1UIAA 2ZNWY 4HPIA 1B7LA 1IWZA 1HHLA 1IORA 1LJ3A 1KIRC 4NGYA 1GE1A 1JSEA 1WQQA 1GFUA 2LYMA 1JIYA 4YOPA 1BWIA 2MEFA 1IWWA 1GDXA 1UIBA 4RLMA 1XSFA 3RNXA 153LA 4WM5A 135LA 4YF2A 1LSNA 1CKGA 1OUAA 3A6CY 4QGZA 5L3HA 2XJWA 1YILA 4RW2A 1JJ3A 2F4AA 2YBLA 2Z2EA 4GCCA 1DXJA 1NF5A 2BQNA 2MEDA 4AXTA 5T3FA 1LSMA 4HPEA 4XJBA 1JTOL 3WULA 1IIZA 3TXGA 1LJGA 4PGJB 1W08A 1LHLA 1GBZA 4WG7A 1LZCA 1KIPC 2HU1A 2LHMA 3EBAB 5FHWA 2YBHA 2I6ZA 1LZ4A 3CSRA 4ZFPA 4GCBA 2A7FA 1JJ0A 4IJ4A 4LYBA 3P68A 4N0JA 4CHXA 1LSPA 5FDJA 1INUA 2FYCA 1B7NA 4RDSA 1LJIA 5B59A 1TCYA 2LZTA 2MEEA 3BKVA 1GF3A 3TMXA 1LMPA 4DDBA 4ETAA 5KJ9A 3TMWA 1FDLY 1IVMA 5B06A 4Z98A 3AZ4A 2D4JA 3A6BY 1KIQC 1FN5A 1T6VL 4YEOA 5KXZA 3CT1A 4WLYA 1LTMA 4H9IA 1GXV2 3TMVA 3LYMA 1LSAA 4BADA 3EMSA 4LT3A 1HFYA 4NGJA 1GB3A 1ZVYB 1LJKA 3TXBA 3W6CA 1OUIA 4CFOA 5D5FA 4IATA 1IOCA 3T36A 5LVGA 5APDA 1CKDA 1GD6A 4H1PA 5DLAA 1I20A 1YAPA 1VDQA 4W94A 3A90A 3RZ4A 3AW7A 1BHZA 3WVXA 2G4NA 1FLQA 1A2YC 2BLYA 1HMKA 1TAYA 2Y8PA 5I4WA 1QUTA 5KKJA 1RFPA 1OQMA 5LIOA 1LHHA 2BAAA 3AZ7A 4H8XA 1GE3A 1IR7A 1G7IC 1FLYA 1NHEA 4LYMA 4NIJA 1ZMYL 1YKYX 1GDWA 1LHIA 1C45A 2HECA 3D3DA 4J1BA 1XEIA 4CGEA 1LMQA 1B5WA 1EQEA 1WTNA 5E4PA 1WTMA 4ET8A 1DI4A 2A7DA 1UBZA 1JPOA 1GFAA 4B4JA 2CWIA 1LJNA 5FSTA 4H91A 4NEBA 5B07A 4NHPA 4NFVA 4NHIA 4HV1A 1H87A 1LSBA 4KT3A 1XGTC 4HSFA 4MCKA 5B1GA 3TXIA 5LYMA 2W1XA 3CSZA 2YDGA 208LA 5DM9A 1LPIA 2DBTA 5I4YA 2Z39A 3AZ5A 2DQIY 1LYZA 1GBOA 2F4GA 3WW5A 3LZ2A 1F0WA 1QQYA 1WQOA 1LZDA 1LZSA 4DD7A 5K7OA 4DD1A 4DYGA 4NGKA 4LYOA 5F9UA 2BQJA 1GB8A 1LMNA 1OUEA 1ZVHL 2YBJA 1IP3A 1HMLA 3IJUA 1BB3A 3LYOA 1UICA 4H9HA 4QY9A 4ET9A 4ETBA 2DQGY 1LYYA 1B7RA 5APEA 3WPLA 2XBSA 2Q0MX 2BQOA 1IO5A 1UUZC 4D9ZA 1JKAA 4N9RA 2HEFA 3W6AA 1IR8A 2MEBA 1GF9A 5C6JA 3P65A 2D91A 1GFJA 1WVUA 5L9JA 1DKKA 4LYZA 1YIKA 4WO9A 1LZYA 2H5ZA 3A8ZA 2LYZA 4MSTA 1OUGA 4NGOA 1CJ9A 1LZ6A 1IX0A 1LZBA 1WVVA 4J1AA 4TTDA 4WL6A 4H8ZA 1YAOA 5KXNA 5M1YA 1NKHA 4XYYA 5II3A 3B72A 4WM4A 3D9AC 1EL1A 5LYZA 4GN3A 2BQFA 1OUCA 1T3PA 1DKJA 1BWHA 1RI8B 4H90A 5IDDA 1TDYA 4HJYA 8LYZA 2D6BA 4H9FA 4FDYA 4IASA 4Z46A 1BB7A 1IC5Y 4YENA 1GFEA 3WXTA 1GEZA 1B2KA 4LGKA 1JKCA 1W6ZA 3CB7A 5F9XA 5I53A 1UC0A 4H93A 4WM3A 2DQCY 3AGIA 1C7PA 2W1MA 5APCA 3QY4A 4B4IA 1IWYA 1SQ2L 2BQGA 3F6ZA 4J0LA 1B5ZA 3B0OA 5DN4A 207LA 1IP2A 4MR1A 1Z55A 2HEBA 1XEJA 2ZYPA 1BVXA 5D5CA 3A3RX 2ZIJA 1B5UA 1DQJC 2DQDY 4H94A 2YBIA 4OOTA 4UWNA 4B0DA 3WPJA 4DDCA 2BQEA 4OOOA 4DC4A 2YBNA 4X3BA 2BQAA 3HBEX 4QDNA 1LZEA 2BQHA 4LFXA 1GB7A 1OUJA 3KAMA 4G4HA 4XJIA 3WU9A 1GFVA 1VDTA 2I25L 4TSCA 3BKHA 3A94A 194LA 3AB6A 5B1FA 1LZNA 1QTKA 2I26L 4HV2A 5A3ZA 1IOTA 1REYA 1GF8A 1UIDA 5L3IA 4QEQA 5IHGA 2XTHA 1NDGC 1UIGA 1YL1X 4NGZA 1JHLA 2H9JA 193LA 4A7DA 1QDRA 1LAAA 4PRUA 1D9UA 2F2NA 4NY5A 2ZILA 4HP0A 4WO6A 3LYTA 5KXOA 4OW1A 1REXA 3N9CA 1G7MC 4J7VA 3HFMY 1KXWA 4NGLA 1GHLA 1VDPA 1IP5A 2BQCA 4GN4A 5LVKA 1LSGA 1TBYA 1LMAA 4LT2A 1UACY 4B49A 1QTEA 4G49A 1D0MA 3WUAA 4NHTA 4I0CA 1GE0A 3A96A 4KL7A 134LA 154LA 1G7JC 2LYOA 2Z2FA 3N9EA 4XJHA 133LA 4XADA 1AM7A 1IWTA 4WLXA 1IOQA 1IWUA 7LYZA 5LVIA 1B7QA 1LMOA 4XJGA 5C6IA 1LKSA 1B5VA 4LYTA 1YKZX 1GBSA 1HFZA 4XENA 3LHMA 2H9KA 1GAZA 5ILFA 1IP4A 1JISA 4H92A 5KXSA 4ETEA 4N5RA 2Z12A 3P66A 1VAUA 1D0LA 1V7SA 4TX7A 1LZ5A 1JKDA 3LZTA 3CQLA 4N1EI 2BQDA 4CJ2A 4Z41A 1LJFA 1XEKA 3G3AB 4NSJA 1JEFA 3W3EA 5HMJA 9LYZA 1LSFA 1LSYA 3T6UA 2FBBA 2WARA 1KXXA 1LYOA 3RW8A 5I5QA 1IEEA 1VDSA 2Z18A 3W6EA 1HELA 1JTTL 5HMVA 2BQKA 1N4FA 2MEHA 1YL0X 3FI7A 1LZGA 3TXEA 3W6FA 3AYQA 2HEAA 1F10A 1GEVA 1HENA 2MEIA 4NSHA 1IP7A 4NWEA 4II8A 1HFXA 1LZAA 1VATA 3A92A 4B4EA 3WYHA 4LZTA 1IC4Y 1IWVA 4R0FA 3WUMA 5LA8A 3AZ6A 4WLTA 6LYTA 4LT1A 3TXKA 1YKXX 3RT5X 1B9OA 2YBMA 3LN2A 1HF4A 1LMTA 4I8SA 1LHKA 2MECA 4UWUA 4GCEA 1IR9A 2FBDA 4H9EA 1GF5A 1IY4A 2CGIA 3WMKA 2YSSC 4C5FA 5LAFA 2N5ZA 3VWOA 2ZQ4A 3ATOA 4G4CA 5HNLA 1UA6Y 5KXKA 4WLDA 4BAFA 1QSWA 1G7HC 4EOFA 2D4IA 3CSQA 1AZFA 1EQ4A 132LA 1B5XA 1VFBC 3WUNA 2BQIA 1GF0A 1IY3A 2EPEA 4R6CA 5LA5A 4G4BA 1FBIX 4HTNA 4NG1A 2X0AA 2DQHY 3P64A 5DL9A 5APFA 2NWDX 3A34A 4EMNA 1UIFA 4NG8A 1CJ6A 5LVHA 3WVYA 1LZRA 4NHQA 1GFHA 1GB0A 3AJNA 4TWSA 5AMYA 4ANRA 4RW1A 1LHJA 1HEQA 2IFFY 2RSCA 1LZ9A 1NBZC 1PZYA 1GF4A 2EKSC 4DDAA 6LYZA 5KY1A 1I1ZA 2AUBA 3WU7A 3OK0A 1OUFA 1QDTA 3E3DA 1LZ8A 1GAYA 1DPWA 4NGWA 5DN5A 1GWDA 4CFPA 1LSZA 4M4OA 1RE2A 1QIOA 1EQ5A 5I54A 5KXLA 1GF7A 4YEMA 4G9SA 2VB1A 1P2CC 2EIZC 4H9CA 1GBYA 1BB5A 2ZNXY 5JENB 5LYTA 4GCFA 2MEAA 1OUBA 1BWJA 1GF6A 1RCMA 1IWXA 1IP6A 5IELA 2ZYCA 3FE0A 4U3XB 2ZQ3A 5FELA 2Z19A 4PPOA 3QNGA 5LXWA 4B1AA 1BVKC 1A4VA 4BAPA 1AT5A 1TEWA 1WQNA 4KPMA 1CKHA 4NGVA 5E9RA 1UIEA 4WM1A 3QE8A 4BS7A 1IOSA 2G4QA 5ILCA 1GB2A 2DQFC 1J1PY 3EXDA 1HERA 5KXWA 4NGIA 1BQLY 1YAMA 3J4GA 4OWBA 1HEOA 1JWRA 2FYDA 4XJDA 3G3BB 4TSBA 5LVJA 3WL2A 1XGUC 3AGHA 1F6RA 2HEEA 4OWAA 1FKVA 4ETDA 1DI5A 4GCDA 1GXXA 1D6PA 3M3UA 2BLXA 1ALCA 1OUHA 3A95A 1CJ7A 4UWVA 4WM2A 1JUGA 1J1OY 1LYSA 2Z38A 1AT6A 4NSIA 1WQMA 4ZEEA 5B05A 1DPXA 2DQEY 2HEDA 3TXHA 1C10A 5LINA 4HJVA 1HEWA 4WM6A 4WG1A 2XBRA 1CNSA 1GFRA 3MGWA 4WL7A 1REZA 1QUSA 1LSDA 1LZTA 1XGQC 3N9AA 4YM8A 3P4ZA 1RJCB 1IC7Y 1HSWA 2HUBA 5KKIA 1LJHA 2G4PA 5KXYA 3A3QA 2W1YA 4XN6A 3ZVQB 5HQ1A 4HTKA 2BQLA 2LZ2A 1F6SA 4NSGA 4PRQA 4RLNA 2EQLA 1G7LC 1LJJA 4Z3MA 1HSXA 1H6MA 2C8PA 3GXRA 4HTQA 1REMA 4LFPA 2BPUA 1GB6A 4NWHA 5F81A 1JSFA 1B7OA 1LJEA 2DQJY 1V7TA 4N1CC 2CDSA 1GB5A 4H8YA 4N8ZA 1I56A 3M18B 4XJFA 1KXYA 1B5YA 1GFTA 3RU5A 1UIHA 2DKVA 2HU3A 3TMUA 4PJ2C 3TXFA 1AKIA 3ZEKA 4M6DA 5KXXA 1MELL 1VEDA 1MLCE 1B7SA 1YROA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HTXA 4DD3A 5A3EA 4OWCA 4OWHA 1YANA 3IWRA 4ARQB 1OUDA 1C65A 3WXUA 1D3MA 230LA 1HEPA 1B7PA 1GFKA 199LA 3A91A 1L96A 4FJRA 3WW6A 1GFGA 5FEKA 1LSCA 3HBDA 1PQIA 2BQBA 3AW6A 187LA 1L42A 4DD9A 1C67A 3J6KA 2B6TA 163LA 1ZWNA 3DN2A 2BQMA 1P46A 119LA 1CKCA 3NYAA 3HTGA 1L39A 1LYEA 3B0IA 4O34A 1C46A 1C61A 4ETCA 3TXDA 5KXMA 2F30A 5KXRA 2OE7X 1UIAA 4DQ7A 1IWZA 1HHLA 1JSEA 1BWIA 4E97A 1XSFA 153LA 1L62A 1C6FA 3A6CY 5L3HA 4DKLA 1JJ3A 4AXTA 1SSYA 4HPEA 1JTOL 1L94A 1IIZA 1LJGA 4PGJB 1QUOA 2HU1A 1SX2A 5FHWA 2I6ZA 1LZ4A 165LA 2A7FA 1C63A 1LSPA 1INUA 1L63A 211LA 4RDSA 5B59A 4ETAA 1LMPA 3TMWA 1CV1A 1OVJA 5B06A 4Z98A 2B70A 4GBRB 149LA 4WLYA 3TMVA 3LYMA 1LSAA 4LT3A 4NGJA 1GB3A 1ZVYB 4OO9A 1OUIA 1CKDA 1I20A 1L90A 4ARJA 3AW7A 1FLQA 1HMKA 1TAYA 2Y8PA 4YX7C 1PQOA 5KKJA 1RFPA 4H8XA 4LYMA 1IR7A 1FLYA 1ZMYL 1C45A 4CGEA 252LA 1EQEA 1L36A 1WTNA 5E4PA 1L76A 4ET8A 1JPOA 1JQUA 214LA 5FSTA 5B07A 1T8AA 1LSBA 1L99A 3NY9A 2W1XA 2YDGA 5I4YA 2DQIY 1GBOA 3WW5A 3LZ2A 227LA 1C6HA 4NGKA 176LA 1L98A 1GB8A 1LMNA 1OUEA 3RZ4A 1IP3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CKF A;  2HTX A;  1C43 A;  4DD3 A;  3WU8 A;  1BB4 A;  1NMM A;  1JIT A;  1NWG A;  1YQV Y;  4OWC A;  3W6D A;  5A3E A;  4DD2 A;  5C6L A;  1UCO A;  1LHM A;  2YVB A;  5FCP A;  5HLL A;  2ZIK A;  4OWH A;  1B0D A;  1B7M A;  1BB6 A;  1YAN A;  2Z37 A;  3IWR A;  4NHS A;  5KXP A;  1D0K A;  1GPQ C;  1OUD A;  3GXK A;  4LYC A;  3WXU A;  1HEP A;  1SLY A;  1B7P A;  3K3T A;  4P2E A;  1GFK A;  1GBW A;  4ZIX A;  1FLW A;  3SP3 A;  1IP1 A;  3B0K A;  4LT0 A;  3WH1 A;  1JTP L;  3EO5 A;  3A91 A;  3A67 Y;  1BGI A;  1NDM C;  3B6L A;  4WMG A;  1YAQ A;  3WPK A;  5KXT A;  4FJR A;  1GB9 A;  1FKQ A;  3AGG G;  1LCN A;  2DQA A;  3ATN A;  1GE4 A;  2ZWB A;  3WW6 A;  1JKB A;  5HNC A;  1GFG A;  2W1L A;  5FEK A;  1LZ1 A;  2CJL A;  3HBH A;  5LAG A;  1GBX A;  3IJV A;  4L41 A;  1HNL A;  1LOZ A;  1LSC A;  4ML7 A;  3HBD A;  4WOA A;  1WQP A;  2BQB A;  3AW6 A;  1LKR A;  3CT0 A;  1J1X Y;  1XGR C;  4DD9 A;  1ZV5 L;  3J6K A;  4H9A A;  1O23 A;  2D4K A;  1WQR A;  2GV0 A;  2IHL A;  4E3U A;  1LSE A;  1HEM A;  2PC2 A;  1DI3 A;  2BQM A;  5I4X A; 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 4KPM A;  1CKH A;  4NGV A;  5E9R A;  1UIE A;  4WM1 A;  3QE8 A;  4BS7 A;  1IOS A;  2G4Q A;  5ILC A;  1GB2 A;  2DQF C;  1J1P Y;  3EXD A;  1HER A;  5KXW A;  4NGI A;  1BQL Y;  1YAM A;  3J4G A;  4OWB A;  1HEO A;  1JWR A;  2FYD A;  4XJD A;  3G3B B;  4TSB A;  5LVJ A;  3WL2 A;  1XGU C;  3AGH A;  1F6R A;  2HEE A;  4OWA A;  1FKV A;  4ETD A;  1DI5 A;  4GCD A;  1GXX A;  1D6P A;  3M3U A;  2BLX A;  1ALC A;  1OUH A;  3A95 A;  1CJ7 A;  4UWV A;  4WM2 A;  1JUG A;  1J1O Y;  1LYS A;  2Z38 A;  1AT6 A;  4NSI A;  1WQM A;  4ZEE A;  5B05 A;  1DPX A;  2DQE Y;  2HED A;  3TXH A;  1C10 A;  5LIN A;  4HJV A;  1HEW A;  4WM6 A;  4WG1 A;  2XBR A;  1CNS A;  1GFR A;  3MGW A;  4WL7 A;  1REZ A;  1QUS A;  1LSD A;  1LZT A;  1XGQ C;  3N9A A;  4YM8 A;  3P4Z A;  1RJC B;  1IC7 Y;  1HSW A;  2HUB A;  5KKI A;  1LJH A;  2G4P A;  5KXY A;  3A3Q A;  2W1Y A;  4XN6 A;  3ZVQ B;  5HQ1 A;  4HTK A;  2BQL A;  2LZ2 A;  1F6S A;  4NSG A;  4PRQ A;  4RLN A;  2EQL A;  1G7L C;  1LJJ A;  4Z3M A;  1HSX A;  1H6M A;  2C8P A;  3GXR A;  4HTQ A;  1REM A;  4LFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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