4WLDA

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 0.1 mpa
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wldA00
5II3A 1GD6A 1IP3A 4LYMA 5LYTA 5DN4A 4NG8A 5KXNA 4B0DA 1QUTA 5B59A 1LHKA 3EBAB 3M18B 4ETEA 1UIEA 1GAZA 5LAGA 2HEFA 3A3QA 5APFA 5KXLA 1GDXA 3A94A 4WL7A 1AT5A 5DM9A 1DI5A 1GBSA 1LSFA 1C43A 4DDCA 1ZVYB 2Z2FA 3WU9A 3CSRA 4WM1A 3G3BB 1LKSA 1GF3A 1LCNA 3G3AB 4H9BA 1GAYA 2W1XA 4LT0A 1B7MA 3W6AA 5D5FA 1GBOA 4DDAA 3LN2A 4WM2A 1LYYA 1GFVA 2DQDY 3HBDA 3A8ZA 2Z39A 2BQKA 2HUBA 5B07A 1AKIA 1GFRA 4MR1A 5AMYA 3WU7A 1BGIA 3WVXA 1LSGA 1LJKA 3OK0A 4UWVA 4R6CA 3GXKA 1CNSA 3P66A 5KKIA 3AW7A 5KXTA 1CJ9A 1NKHA 4NG1A 1BB4A 5L3HA 4NWEA 1IIZA 4BS7A 1CJ6A 1EQEA 4E3UA 4HP0A 1YANA 2MEFA 2X0AA 1LZAA 132LA 1IWVA 1QDTA 1LZ9A 2H9KA 1XGPC 2HEAA 1XGUC 4B4IA 1JTOL 3CB7A 4LT1A 4WL6A 5B1FA 3D3DA 4CFPA 1DZBX 1GWDA 1CKGA 2BQGA 1REXA 2D91A 2YBJA 5LVKA 5A3EA 2BPUA 3TXDA 1V7TA 1IP7A 3WW5A 4QGZA 1WQOA 4M6DA 1IWXA 1BQLY 1OUFA 2YBMA 4HTQA 2XBRA 1IOTA 3AJNA 4I0CA 1LKRA 1OUGA 3A96A 1TCYA 3WMKA 1YL1X 4B49A 1P2CC 4P2EA 4PRQA 1B7RA 1HERA 1LZYA 2BQLA 4HTKA 5I53A 2HU3A 2Z19A 3A3RX 4GN4A 1LZ8A 4H8XA 3LYOA 5IDDA 5LVJA 1TEWA 1GBXA 1LSDA 4J1BA 5M1YA 5ILCA 4J7VA 4GCEA 2A7FA 2PC2A 3B0OA 1YKYX 1UIAA 3CT0A 4DT3A 5FCPA 1G7LC 1IO5A 5F81A 5LA5A 1UIHA 4LZTA 4PHIA 1CKCA 2I25L 1HNLA 2DQGY 4IATA 4X3BA 4YEMA 2BQBA 1GF6A 4DD3A 1A4VA 1OP9B 5F9UA 1DKKA 3FI7A 4HPIA 5ILFA 4PGJB 4L41A 1GE3A 4XJFA 1QSWA 1D6PA 2FYDA 1HEWA 1LSNA 3WW6A 1GDWA 1LSZA 3SP3A 1BB5A 4EOFA 2Z37A 1LMAA 1YQVY 4ZIXA 1QSAA 1IX0A 1JJ0A 4NY5A 2ZNWY 4H1PA 1GFKA 1XEJA 4II8A 2YDGA 4NGLA 4BAFA 1IP6A 5KXRA 2MEDA 1LYZA 1EQ5A 4N8ZA 1JPOA 4WM5A 1B5VA 4MSTA 5HMJA 1XFPL 5LYZA 1OUEA 8LYZA 1F6SA 1OUDA 3A90A 4N1EI 1VFBC 3T36A 4XJGA 5A3ZA 2I6ZA 3KAMA 2EPEA 4N1CC 4J1AA 2MEAA 2BLYA 2F2NA 2MEHA 1AT6A 1NWGA 5KXSA 3FE0A 4TSBA 4LYBA 1HEMA 3RU5A 3W3EA 5LVHA 4XADA 1KXXA 1LSBA 1PZYA 1NBYC 2CWIA 1TAYA 1PS5A 4YM8A 4M4OA 4W94A 1YILA 4NHSA 4WLDA 4Z3MA 1IWZA 5LXWA 1FLUA 1RCMA 2CJLA 3A6BY 1IEEA 3A95A 4NSHA 4QEQA 5K7OA 3B72A 1GFUA 1LZBA 3WPLA 2WARA 1JKCA 5IELA 1NDGC 2GV0A 5I54A 1C46A 4GN5C 4WO6A 5I4XA 1I56A 4DD0A 1GB3A 2EIZC 4OWCA 5B1GA 4TUNA 1IP4A 1JISA 3CQLA 4N0JA 4YOPA 4H9EA 1QDRA 4RLMA 1LMQA 4C3WA 4WM3A 3W6DA 6LYTA 1UIGA 3MGWA 1O23A 3RW8A 1J1PY 1GF8A 4HTNA 4TSCA 2BQNA 4H91A 3TXBA 4NHIA 1D6QA 1IOCA 4TWSA 4H93A 1GB2A 1F6RA 1IP2A 4NHPA 4HJZA 5FSTA 3W6FA 4XJBA 1G7IC 1WVUA 4GLAA 1NQIA 2MEBA 1T3PA 1UIDA 1LJIA 1XGTC 1LZCA 4WM4A 4DD1A 1HEPA 5C6JA 1B7SA 2BQFA 2C8PA 4YF2A 1IR8A 1DI3A 1AZFA 3WUAA 1LSMA 1IC7Y 2ZNXY 3TXIA 2C8OA 3VWOA 1W08A 3CT5A 1LJEA 1REYA 2YBNA 3WL2A 4DYGA 5HNCA 1C45A 1LJFA 5B06A 1GXV2 2IFFY 4H90A 4XYYA 4O34A 1ZVHL 2D6BA 3B6LA 1LZ1A 4I8SA 2DKVA 1LAAA 1JWRA 1LMNA 1IR7A 2BQDA 2DQIY 3WXUA 4LYCA 4OOTA 1GF0A 4XJHA 1JKBA 1YAMA 4H9CA 4NGIA 1J1OY 1B9OA 2ZILA 3AB6A 1OUHA 4OWAA 5LA8A 4B1AA 1H6MA 1YIKA 2VB1A 2BQOA 3LHMA 1RFPA 1CKFA 1D9UA 4HJVA 1GEVA 2EQLA 4D9ZA 1JTTL 3J6KA 4DD9A 1GE4A 4H9FA 4BADA 3N9CA 4GLVA 2H5ZA 4NGZA 1B5ZA 4ANRA 4DD7A 4KL7A 3TMUA 1IVMA 1JITA 2D4JA 2LHMA 4A7DA 3CSZA 3EXDA 5E9RA 5FELA 1C08C 1LSAA 4LT3A 153LA 1FDLY 1LHLA 1QTKA 3AGGG 4GCDA 4CHXA 4WG1A 1C10A 3LYTA 1LZ6A 4WMGA 4ETBA 1D0KA 2BQCA 2DBTA 2IHLA 4NGKA 3WULA 5KJ9A 5KXMA 1KIRC 1XSFA 1B7LA 3AZ7A 4N5RA 1I1ZA 3QY4A 1IWYA 2XBSA 208LA 5L3IA 3A92A 1B5XA 4WOAA 3P4ZA 3RNXA 4QY9A 2A7DA 1GF4A 4NGOA 5DL9A 1JIYA 2G4PA 3TMVA 1LTMA 1HFZA 134LA 1LSYA 5JENB 1GF9A 2XTHA 1JEFA 1FKQA 2LZ2A 1GE2A 1EL1A 1EQ4A 3RT5X 1BVKC 2YBHA 3CSQA 4H94A 3TXEA 5L9JA 1GEZA 1LHIA 1C7PA 1XEKA 1N4FA 4HSFA 1I20A 2H9JA 1B0DA 3WVYA 5F16A 3N9EA 4NSGA 1YKZX 1T6VL 1JTPL 2MEGA 4CFOA 5LVGA 2Z2EA 2ZYPA 2G4NA 3TXGA 5KXOA 1IC4Y 5LYMA 1REZA 3AZ6A 4RDSA 207LA 3P68A 5KXPA 2Z18A 1LZGA 5APDA 1E8LA 4LGKA 1NF5A 4NHTA 1RJCB 3B0KA 5D5CA 1NDMC 2BQAA 1KIPC 1IP1A 1LZ5A 2BQMA 2B5ZA 1FLYA 5DN5A 1WTMA 5B05A 1MELL 2CDSA 4ML7A 1IWTA 3M3UA 4OWEA 1GBYA 1TDYA 1ZV5L 1KXWA 1LOZA 1OUCA 4U3XB 1B5YA 1IC5Y 1OUIA 3N9AA 5KXXA 5EBHA 1IOQA 1FKVA 4RW1A 2Y8PA 5HMVA 1G7JC 1VATA 1HEOA 1VEDA 1JJ3A 1H87A 3F6ZA 1IWUA 1CJ8A 4IJ4A 1UACY 5KY1A 1NBZC 4ETDA 4WLXA 4KT3A 4ZEEA 1IR9A 1GB7A 1FLWA 1NHEA 1GB6A 3CT1A 4LYZA 5F14A 4PRUA 1DI4A 3ZEKA 2FBDA 3AZ5A 3ZVQB 4HV1A 4RLNA 1GFEA 1HFXA 1BVXA 1LHHA 3OJPA 9LYZA 3RZ4A 1CKHA 1LMPA 3WH1A 1JKAA 1LHJA 1D0LA 1BWHA 1DXJA 1DPWA 1JSEA 1LJ4A 2DQCY 2MEEA 3K3TA 4G49A 1UA6Y 3J4GA 1XGQC 1HFYA 3P64A 3LZ2A 2W1MA 2Z38A 4H9AA 4PPOA 5I5QA 4G4BA 3WUMA 4DD2A 3B0IA 5FHWA 4NGVA 1WQRA 1GE0A 7LYZA 4DDBA 3QE8A 3WU8A 4G4HA 1WQPA 4NWHA 3AGHA 194LA 1GBZA 4AGAA 1LYOA 3ULRA 3ZVQA 1HMLA 4HV2A 1LZNA 1OUBA 3AZ4A 2LYMA 1GFAA 3IJVA 2BQJA 3P65A 5C6IA 3D9AC 4RW2A 1GB0A 4NEBA 2HEEA 1LJ3A 1XEIA 3HFMY 4FDYA 3AGIA 4GN3A 4NHQA 4YEOA 4HPEA 1LJNA 1BWIA 2LYOA 2W1LA 2YSSC 1IOSA 1BWJA 1OUAA 1GFHA 1LZEA 1YL0X 2BQHA 2HTXA 1DQJC 5FEKA 3TXFA 5I4WA 3A93A 4W96A 4H9IA 4TTDA 1UIFA 5E4PA 1YAOA 1WTNA 193LA 2DQJY 4ET9A 1BHZA 1SQ2L 1LJGA 2G4QA 1YROA 4GCCA 1LPIA 3QNGA 1GF5A 1OUJA 1ALCA 1IY3A 2D4KA 2ZQ4A 2Z12A 4ETAA 3IJUA 1RI8B 2RSCA 4N9RA 2BAAA 1LSPA 3BKHA 4CGEA 4G9SA 2ZIKA 1GFTA 4B4EA 3A67Y 1IORA 1IP5A 1GE1A 5APCA 5KXYA 1QIOA 1KIQC 3WUNA 4XJDA 4XENA 1HEQA 4LFXA 3A6CY 1FN5A 1REMA 3WPKA 2HECA 1F10A 5LAFA 1OQMA 2AUBA 2YBIA 1SLYA 3AW6A 2BQIA 4WO9A 4C5FA 4OOOA 4UWUA 3HBHA 4Z98A 1BB7A 4KPMA 2ZIJA 1WVVA 5HNLA 4ZFPA 1F0WA 1LZDA 1UCOA 3ATOA 4NGJA 1LMCA 1D0MA 1ZMYL 2LZTA 1HSXA 3T6UA 3WPJA 2NWDX 2W1YA 5FDJA 4WG7A 1GB9A 2HEBA 1LSCA 1HHLA 4KXIA 1VDTA 3E3DA 3LZTA 4LYOA 4H9HA 3A91A 2HU1A 1XGRC 2BQEA 4J0LA 2XJWA 1KXYA 3TXJA 2DQHY 1J1XY 2DQFC 3EO5A 2D4IA 2BLXA 3HBEX 3WYHA 1LZTA 4EMNA 1VDPA 4H92A 1YAQA 4NFVA 4Z46A 1JHLA 154LA 1HELA 4OWHA 1V7SA 1QUSA 4HJYA 3EMSA 4R0FA 4TX7A 1LMOA 1B5WA 1HF4A 1LYSA 1TBYA 4QDNA 1AM7A 4MCKA 1B5UA 3A34A 1UICA 1B7PA 4WLTA 1CKDA 2ZQ3A 2N5ZA 5KXZA 4WM6A 1JSFA 5IHGA 5LIOA 1BB3A 1LJHA 1RE2A 2DQAA 4LFPA 5KKJA 4NIJA 4PJ2C 1HENA 4AXTA 4Z41A 5APEA 2YBLA 2HEDA 4YENA 1GPQC 5F9XA 3TMXA 4OWBA 4OW1A 2ZYCA 4CJ2A 2FYCA 2FBBA 4ET8A 4GCFA 1GBWA 1GFGA 2EKSC 1LJJA 4H8YA 6LYZA 1JUGA 4UWNA 4BAPA 1B2KA 1FBIX 1QTEA 4IASA 1YKXX 1A2YC 5HLLA 4NGWA 1JKDA 1JJ1A 1Z55A 135LA 4G4CA 3ATNA 1WQQA 1IWWA 1DPXA 3BKVA 1QQYA 5C6LA 1VAUA 1IY4A 1UBZA 2I26L 5J7CA 5KXKA 1CJ7A 1W6ZA 2YVBA 2LYZA 5KXWA 3W6CA 2MEIA 1LZSA 3WXTA 1DKJA 4DWXA 1LHMA 3GXRA 1G7HC 4H8ZA 4WLYA 3TXHA 1HC0A 5LVIA 1GFJA 1B7NA 2DQEY 4B4JA 5HQ1A 1B7OA 4FJRA 133LA 1B7QA 1GF7A 1LSEA 5T3FA 3TMWA 4LYTA 5LINA 4NGYA 1LZRA 5I4YA 1MLCE 1UUZC 1WQMA 3TXKA 5DLAA 1VDQA 4DC4A 1NMMA 2ZWBA 1WQNA 2F4GA 3W6BA 2MECA 1GB5A 4NSJA 2CGIA 4LT2A 1BB6A 1GXXA 1VDSA 3LYMA 3AYQA 2F30A 1G7MC 1HSWA 4XN6A 1GB8A 1UIBA 1LZ4A 1INUA 1YAPA 3W6EA 1LMTA 4ETCA 2Q0MX 4GCBA 3LYZA 4NSIA 4XJIA 1GHLA 1HMKA 1UC0A 2F4AA 1FLQA 3IWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP3A 4LYMA 1OV7A 4B0DA 1QUTA 3A3QA 5KXLA 3A94A 189LA 1DI5A 1GBSA 243LA 1C43A 218LA 1ZVYB 2Z2FA 178LA 3G3AB 4H9BA 1GAYA 162LA 1GBOA 1GFVA 3FA0A 150LA 3HBDA 2BQKA 4I7QA 5B07A 171LA 4UWVA 3GXKA 1NKHA 4NG1A 5L3HA 1SX7A 1D3FA 1IWVA 1L73A 1QDTA 4WL6A 2YBJA 1C66A 2BPUA 1IP7A 1XJUA 2Q9EA 3HU9A 1OUGA 1LYIA 1L94A 2QARC 4P2EA 1B7RA 2BQLA 211LA 3HDFA 1LZ8A 3LYOA 5IDDA 4K5YA 1TEWA 1GBXA 5M1YA 4GCEA 1L77A 1L66A 3ODUA 1YKYX 5FCPA 1IO5A 5LA5A 4PHIA 1HNLA 2B6ZA 1GF6A 4DD3A 1A4VA 4HPIA 4S0WA 4PGJB 4XJFA 3WW6A 1HEWA 1LSNA 1QSAA 1L92A 2OEAX 4NGLA 2YDGA 2MEDA 3HU8A 1KNIA 4N8ZA 1JPOA 4MSTA 1OUEA 2ANVA 3T36A 1L08A 4XJGA 2RAYX 2F2NA 1T8FA 3NY9A 1QTZA 4W94A 1YILA 1IWZA 3L64A 4QEQA 3A6BY 159LA 3A95A 4NSHA 1L47A 127LA 3WPLA 5IELA 1P56A 1I56A 256LA 3CQLA 4N0JA 1QDRA 1L55A 3GUKA 1NHBA 4DJHA 4NHIA 4H93A 1F6RA 1G0LA 2B73A 2MEBA 4DD1A 1UIDA 1XGTC 1LZCA 1SSYA 1LSMA 4LDOA 1REYA 2YBNA 235LA 5HNCA 3C7ZA 4XYYA 3B6LA 4I8SA 1LAAA 1C6HA 4LYCA 122LA 4XJHA 1JKBA 123LA 1J1OY 2O79A 1B9OA 2QB0B 1T6HA 1OUHA 2VB1A 4NGZA 4GLVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5II3 A;  1GD6 A;  1IP3 A;  4LYM A;  5LYT A;  5DN4 A;  4NG8 A;  5KXN A;  4B0D A;  1QUT A;  5B59 A;  1LHK A;  3EBA B;  3M18 B;  4ETE A;  1UIE A;  1GAZ A;  5LAG A;  2HEF A;  3A3Q A;  5APF A;  5KXL A;  1GDX A;  3A94 A;  4WL7 A;  1AT5 A;  5DM9 A;  1DI5 A;  1GBS A;  1LSF A;  1C43 A;  4DDC A;  1ZVY B;  2Z2F A;  3WU9 A;  3CSR A;  4WM1 A;  3G3B B;  1LKS A;  1GF3 A;  1LCN A;  3G3A B;  4H9B A;  1GAY A;  2W1X A;  4LT0 A;  1B7M A;  3W6A A;  5D5F A;  1GBO A;  4DDA A;  3LN2 A;  4WM2 A;  1LYY A;  1GFV A;  2DQD Y;  3HBD A;  3A8Z A;  2Z39 A;  2BQK A;  2HUB A;  5B07 A;  1AKI A;  1GFR A;  4MR1 A;  5AMY A;  3WU7 A;  1BGI A;  3WVX A;  1LSG A;  1LJK A;  3OK0 A;  4UWV A;  4R6C A;  3GXK A;  1CNS A;  3P66 A;  5KKI A;  3AW7 A;  5KXT A;  1CJ9 A;  1NKH A;  4NG1 A;  1BB4 A;  5L3H A;  4NWE A;  1IIZ A;  4BS7 A;  1CJ6 A;  1EQE A;  4E3U A;  4HP0 A;  1YAN A;  2MEF A;  2X0A A;  1LZA A;  132L A;  1IWV A;  1QDT A;  1LZ9 A;  2H9K A;  1XGP C;  2HEA A;  1XGU C;  4B4I A;  1JTO L;  3CB7 A;  4LT1 A;  4WL6 A;  5B1F A;  3D3D A;  4CFP A; 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 1IOR A;  1IP5 A;  1GE1 A;  5APC A;  5KXY A;  1QIO A;  1KIQ C;  3WUN A;  4XJD A;  4XEN A;  1HEQ A;  4LFX A;  3A6C Y;  1FN5 A;  1REM A;  3WPK A;  2HEC A;  1F10 A;  5LAF A;  1OQM A;  2AUB A;  2YBI A;  1SLY A;  3AW6 A;  2BQI A;  4WO9 A;  4C5F A;  4OOO A;  4UWU A;  3HBH A;  4Z98 A;  1BB7 A;  4KPM A;  2ZIJ A;  1WVV A;  5HNL A;  4ZFP A;  1F0W A;  1LZD A;  1UCO A;  3ATO A;  4NGJ A;  1LMC A;  1D0M A;  1ZMY L;  2LZT A;  1HSX A;  3T6U A;  3WPJ A;  2NWD X;  2W1Y A;  5FDJ A;  4WG7 A;  1GB9 A;  2HEB A;  1LSC A;  1HHL A;  4KXI A;  1VDT A;  3E3D A;  3LZT A;  4LYO A;  4H9H A;  3A91 A;  2HU1 A;  1XGR C;  2BQE A;  4J0L A;  2XJW A;  1KXY A;  3TXJ A;  2DQH Y;  1J1X Y;  2DQF C;  3EO5 A;  2D4I A;  2BLX A;  3HBE X;  3WYH A;  1LZT A;  4EMN A;  1VDP A;  4H92 A;  1YAQ A;  4NFV A;  4Z46 A;  1JHL A;  154L A;  1HEL A;  4OWH A;  1V7S A;  1QUS A;  4HJY A;  3EMS A;  4R0F A;  4TX7 A;  1LMO A;  1B5W A;  1HF4 A;  1LYS A;  1TBY A;  4QDN A;  1AM7 A;  4MCK A;  1B5U A;  3A34 A;  1UIC A;  1B7P A;  4WLT A;  1CKD A;  2ZQ3 A;  2N5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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