4WM3A

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 710 mpa
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wm3A00
1HC0A 2ZQ3A 4NWEA 4DD2A 1TAYA 2DQCY 1B5ZA 1LZ5A 1IVMA 1GDXA 4DD9A 1REZA 3AB6A 1V7TA 2YBMA 5LAFA 2HU1A 4WL7A 4ET8A 1FLYA 3F6ZA 1NHEA 2BLXA 1RI8B 4HTKA 2Z39A 1C43A 3WUAA 5HMVA 4IJ4A 3ULRA 1LJFA 4NGYA 4ZEEA 1XGPC 2BLYA 3LN2A 3LYZA 1B9OA 4I0CA 1LZ8A 3A95A 1LMAA 4WM5A 4H8XA 3IJUA 5D5CA 3TXIA 2BAAA 3HBHA 3QY4A 1REXA 3VWOA 4PRQA 1UBZA 5F9XA 3T36A 5F16A 1BWIA 1G7LC 1LTMA 3CSZA 1JTTL 1YAMA 5LVJA 3WU7A 2YSSC 1NBZC 1IO5A 5LVHA 1IX0A 1HF4A 1OQMA 1QDTA 3A6CY 5KXRA 1D0MA 1LJ4A 4WO9A 2FBDA 1LZNA 2Y8PA 3P64A 1LSAA 1PS5A 4B4IA 4YF2A 2HTXA 1B7OA 4TTDA 1NF5A 3FI7A 1GHLA 1IWVA 1HEOA 4HTNA 4AXTA 2ZWBA 1G7JC 1AT5A 4H9AA 4LT1A 4HPEA 1IY4A 1V7SA 3TMWA 5DLAA 3TXGA 1JKDA 1IOCA 4ZIXA 1TCYA 4TSBA 3OK0A 4TX7A 1ZV5L 4CGEA 4DWXA 3WYHA 1OUEA 1KIRC 5FCPA 2CJLA 1LMCA 4GLAA 5FEKA 1CNSA 5KXNA 3AGGG 134LA 4H9IA 4NHIA 5B1FA 1EQ4A 1GE4A 1BHZA 1IWUA 1QUSA 3WUNA 4J7VA 1OUGA 1WVUA 1B5VA 4NGOA 1HFXA 1MLCE 1C08C 1D0KA 2C8OA 2LYZA 4WM1A 4NGLA 1B7SA 1J1XY 1LJGA 4NSIA 2ZILA 3CSQA 5AMYA 5FELA 1LSDA 4W94A 1AKIA 1NQIA 5I5QA 4RW2A 2MEDA 2MEGA 1JSEA 1GAYA 3B0KA 3WULA 1XEJA 3CQLA 4NGVA 3T6UA 1YQVY 1CKFA 1GD6A 1HSXA 1BQLY 2MEHA 1WQOA 4LT2A 4Z46A 2MECA 1GEVA 4R0FA 2MEBA 2LYMA 4I8SA 1IWYA 135LA 1KIPC 1YL1X 1BVKC 3WXTA 5F14A 3A92A 4H91A 4TSCA 5KY1A 5I54A 1LYYA 3AZ5A 1FKQA 2D91A 4H90A 5F81A 4ETDA 2MEEA 4NGWA 2H9KA 1XFPL 4RW1A 4CFPA 1LZ1A 5APFA 3W6FA 1YKXX 1ZVHL 4Z3MA 154LA 3IWRA 2BQEA 2DQGY 4KXIA 1AT6A 1JISA 3A3RX 2G4QA 5T3FA 1B0DA 1G7IC 1IOQA 1KXWA 1BWJA 2ZIJA 1GBZA 4WM4A 1LJKA 1MELL 4NSJA 4DDCA 1IP2A 1UIDA 2W1MA 4ETBA 4WM2A 1UIAA 1UACY 3A3QA 5F9UA 3QNGA 5KXPA 1IC7Y 1GB0A 1DQJC 1UCOA 2GV0A 4AGAA 1QQYA 2FYDA 2I25L 4GCDA 3W6DA 1NDGC 4H94A 3ZVQA 3WVYA 4QGZA 5KXMA 1HEQA 3P66A 4ZFPA 1LSEA 4XADA 3CT0A 4N5RA 1IC4Y 1GFRA 3TXFA 3TXEA 4LT3A 1F6SA 1IP7A 5LXWA 3HFMY 1IR7A 4YEOA 5B06A 4G4CA 1WTNA 1I1ZA 1LYZA 1HEMA 4MCKA 4LYTA 5IDDA 1ZMYL 3TMXA 1LZ6A 1BGIA 2HEAA 4YOPA 2Z12A 3WVXA 1LMQA 1LHIA 4PJ2C 1LJEA 1J1PY 1QTKA 2Z37A 4LYMA 1B2KA 1GFEA 3QE8A 4DDBA 4ANRA 1LHKA 4NFVA 1LSPA 1DI5A 2DQDY 4DD1A 1EQ5A 1GF9A 1JKAA 1BB4A 1YIKA 1N4FA 1GB8A 2FBBA 1GEZA 1IEEA 3AJNA 2EIZC 1KXYA 3N9CA 2BQIA 4B4EA 2BQAA 5FDJA 4YENA 1JHLA 1T3PA 4A7DA 3A90A 1QDRA 4RDSA 5FHWA 5FSTA 3W6AA 1SQ2L 1Z55A 1IWWA 1QTEA 1A4VA 2DKVA 1JUGA 5K7OA 4P2EA 4PRUA 5KXLA 1JJ3A 1IIZA 1G7HC 2ZNXY 1HEPA 1YKYX 2N5ZA 2PC2A 2W1XA 1CJ9A 1OUFA 1VEDA 5IHGA 1DKJA 1GF5A 1JTPL 4H9FA 4LFXA 1RCMA 3W6CA 1GFVA 1IR9A 1FBIX 1LSYA 4XENA 3A67Y 3LHMA 1LZ4A 5B1GA 3N9EA 5ILFA 2A7FA 4H9EA 4WLDA 3CT5A 1GFGA 4G4BA 3OJPA 1HMKA 2YBIA 3D9AC 4HJZA 4HV1A 1DPXA 2FYCA 1LZ9A 4J1BA 1YAPA 4NHPA 1RE2A 5LVIA 2HEBA 2D6BA 1BB6A 194LA 1G7MC 1GB5A 1GF3A 1KXXA 1WQNA 2MEAA 2NWDX 3LZ2A 5KXYA 2LHMA 4L41A 4DC4A 5L3IA 3A94A 2C8PA 208LA 4UWVA 1J1OY 1LHMA 4D9ZA 5LIOA 4WLXA 4ETEA 2BQFA 1GFJA 3J6KA 5LINA 1DZBX 1LOZA 2A7DA 1LSMA 1XGQC 1IY3A 1LYOA 2EQLA 4NGZA 1GB9A 3WPKA 1UIFA 4ETAA 1IP4A 1XEIA 2HU3A 6LYZA 1B7MA 3A91A 207LA 2BQLA 4UWNA 4NG1A 5I53A 4DYGA 4NGIA 4ML7A 3IJVA 1GB3A 4NHQA 1HSWA 4DDAA 5B05A 1F0WA 1LSBA 4NSHA 1UIHA 5C6IA 3RU5A 4CHXA 1CKHA 5KJ9A 2IHLA 1GAZA 1IWTA 1LSCA 5DN5A 1GE2A 1IOTA 4NHTA 3KAMA 1LZTA 4HPIA 1YL0X 3TXDA 4QY9A 1JJ1A 3AYQA 2W1YA 4H1PA 1UUZC 1GBYA 2X0AA 3ATOA 2XBRA 3P4ZA 1VAUA 4XJBA 1F6RA 5APCA 4GCEA 4LYBA 3K3TA 1JEFA 3LYMA 4KL7A 2DBTA 1D6QA 1UIGA 4GN5C 4J1AA 4BAPA 2Z19A 9LYZA 3AZ6A 4CJ2A 1HHLA 1CKDA 2BQHA 2BQKA 1FLQA 4LZTA 3ZVQB 5A3EA 8LYZA 5LYMA 1UC0A 2Z2EA 4EOFA 4UWUA 153LA 1IOSA 1JPOA 1F10A 3A8ZA 4E3UA 4YM8A 3EXDA 4GCFA 1GFKA 1BWHA 1KIQC 4DD0A 1WTMA 1WVVA 5E9RA 2D4IA 1IORA 3B6LA 2LZTA 4IASA 5KKJA 5J7CA 5HNLA 3EMSA 1LZSA 2DQAA 2D4JA 3N9AA 4R6CA 5M1YA 1IWZA 2BQDA 1GXXA 1YAOA 2HEFA 4OWHA 3WU9A 1C45A 2BQJA 1VATA 3MGWA 1EL1A 1GPQC 3P68A 1GF8A 3ZEKA 3TXBA 4XJFA 4DT3A 3CB7A 1PZYA 1YANA 1A2YC 4MR1A 4HP0A 1O23A 4B0DA 132LA 4LYZA 3D3DA 1LZAA 4WOAA 4QEQA 3A96A 5DN4A 3G3AB 2I6ZA 3GXKA 1UIEA 2HEEA 4RLMA 3TXJA 1GFUA 4WG1A 4NY5A 4C5FA 1B5YA 3HBDA 1VDSA 4FDYA 1CJ6A 1LPIA 2DQJY 4RLNA 1VFBC 1W08A 4XJHA 1B7NA 1YKZX 4XYYA 5LYTA 1B7RA 2AUBA 2XTHA 1LMNA 3TMVA 4NG8A 2ZQ4A 4LYOA 4LYCA 4NWHA 4QDNA 4WG7A 5ILCA 4HJYA 2BQBA 3WXUA 1B7PA 1HENA 5A3ZA 3G3BB 1UA6Y 3LYTA 1C10A 1GF4A 2EPEA 3AGIA 1LJJA 5APEA 1BB5A 2BQCA 4PHIA 1NWGA 5L9JA 4X3BA 2Z38A 5KKIA 1I20A 1P2CC 2Z18A 4O34A 1I56A 5LVGA 1AZFA 4HJVA 1OP9B 1GF6A 4CFOA 4N9RA 5I4XA 4HV2A 1OUAA 3M18B 4U3XB 2EKSC 5IELA 3TXKA 4LFPA 2G4PA 2CGIA 5KXZA 1B7QA 2ZNWY 4NHSA 5LAGA 1IWXA 4PGJB 1JSFA 1WQRA 1DPWA 5LA8A 4B49A 1HNLA 3WW5A 5EBHA 3WU8A 4DD7A 4N1CC 1HERA 1RFPA 4BAFA 1DXJA 3LYOA 4BS7A 3RT5X 2XJWA 5LVKA 2W1LA 1JKBA 4H8ZA 2G4NA 1GBWA 4H9BA 1GF7A 1REYA 5II3A 1GFTA 2YBHA 3GXRA 3WH1A 1OUDA 2F2NA 2IFFY 1D9UA 1B5WA 1GFAA 1OUHA 1ZVYB 1LKRA 2DQFC 4KT3A 3CSRA 2I26L 2YVBA 5D5FA 4B1AA 2F4GA 1UIBA 3BKVA 4WO6A 193LA 1LZGA 4NIJA 3FE0A 4OWCA 4TWSA 1FDLY 3E3DA 1LSGA 2CDSA 1QIOA 4WL6A 3W3EA 1GBOA 4XJIA 3B72A 1TEWA 4GCBA 3TMUA 1IR8A 4HTQA 4WM6A 3EO5A 4FJRA 1GFHA 2BQGA 4WM3A 4WMGA 4ETCA 1VDQA 4GCCA 4N1EI 3WUMA 5C6LA 2BQNA 5KXKA 1JKCA 1B5UA 1CJ7A 4W96A 4H9HA 1LMOA 4OWEA 3SP3A 4M4OA 1YROA 4J0LA 1B7LA 1BB3A 1NBYC 1WQQA 4KPMA 5APDA 2LZ2A 3A6BY 4ET9A 2RSCA 4BADA 1LCNA 7LYZA 5LA5A 1DKKA 1BB7A 1OUCA 4B4JA 4IATA 1LJNA 1LZDA 4WLYA 1T6VL 4OWAA 1NMMA 1JJ0A 2ZIKA 1D0LA 4HSFA 1RJCB 3A34A 1B5XA 1C7PA 4II8A 1NKHA 1HFZA 2HECA 1GE1A 3RW8A 1EQEA 1XGUC 1FN5A 2MEIA 4G4HA 1IP5A 2H5ZA 3TXHA 5KXTA 1LJHA 1LMPA 1W6ZA 3EBAB 5HLLA 4H92A 4GLVA 1LKSA 4XJDA 1E8LA 1D6PA 4NGJA 1H6MA 1VDTA 1JITA 1VDPA 4H8YA 3WL2A 1LJIA 1QSAA 2LYOA 2DQEY 1LZYA 3RZ4A 1FKVA 1XSFA 4OWBA 2BPUA 1CKCA 4G9SA 1SLYA 4DD3A 5I4YA 1GBXA 1LSFA 1REMA 1FLUA 1HEWA 1OUIA 1YAQA 1LJ3A 4Z98A 5L3HA 3AZ7A 6LYTA 1FLWA 1GB7A 1LZRA 4NGKA 1LAAA 1LZBA 3P65A 4TUNA 4C3WA 3AW6A 1H87A 1WQPA 5C6JA 2YBNA 1LZEA 1DI3A 5KXOA 3LZTA 1QSWA 1GE0A 3ATNA 5KXXA 1JIYA 1GF0A 4H93A 1BVXA 1GE3A 1LYSA 5B59A 4LGKA 3AZ4A 3WPJA 4NEBA 3J4GA 1IP6A 3BKHA 2F30A 1OUJA 4OW1A 2ZYCA 5JENB 1ALCA 1HFYA 2YDGA 1GB2A 3WW6A 1JTOL 2HEDA 4GN3A 4XN6A 2MEFA 1TDYA 1LSZA 1AM7A 4WLTA 5I4WA 4OOTA 5HMJA 1IP1A 2ZYPA 4NSGA 3RNXA 4N8ZA 1GBSA 5DM9A 3CT1A 1GWDA 5E4PA 4LT0A 5B07A 3WMKA 5HNCA 4OOOA 2DQHY 1JWRA 3B0OA 3WPLA 3AGHA 1XGRC 2Q0MX 1LZCA 3A93A 1C46A 1UICA 1GDWA 1IP3A 2VB1A 2H9JA 4XJGA 3W6EA 3W6BA 1LHLA 1IC5Y 1YILA 2CWIA 2Z2FA 4PPOA 1LSNA 2BQMA 2WARA 3M3UA 3AW7A 2B5ZA 1XEKA 4N0JA 2HUBA 1XGTC 4GN4A 4EMNA 4MSTA 1INUA 2XBSA 4M6DA 1WQMA 2YBJA 3B0IA 1HELA 4YEMA 4Z41A 2BQOA 1LHHA 4G49A 1CKGA 3HBEX 2D4KA 1LHJA 5HQ1A 5LYZA 1GB6A 1CJ8A 1OUBA 5KXSA 4H9CA 1HMLA 1LMTA 5DL9A 2YBLA 1NDMC 1DI4A 2DQIY 133LA 1TBYA 2F4AA 1GXV2 1QUTA 5KXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OV7A 4GRVA 4DD2A 1B6IA 2Q9DA 1L24A 4K5YA 4DD9A 1T6HA 1REZA 5LAFA 2HU1A 1FLYA 238LA 1RI8B 4HTKA 5HMVA 1D2WA 4NGYA 199LA 1B9OA 3LYZA 4WM5A 3GUPA 4H8XA 3IJUA 1L64A 4PRQA 1L18A 1BWIA 2OE9X 1YAMA 3WU7A 1IO5A 1HF4A 2B72A 1L94A 1CV1A 112LA 1NF5A 4HTNA 3HH6A 2OU8A 201LA 1AT5A 4H9AA 3HH4A 4I7LA 1V7SA 3TXGA 1TCYA 4DQ7A 4CGEA 1G06A 1OUEA 1KIRC 3DMVA 4GLAA 1CNSA 3AGGG 134LA 5B1FA 4NHIA 3WUNA 1IWUA 3G3VA 1HFXA 178LA 1L90A 1B7SA 4NSIA 2ZILA 1D9WA 1LLHA 2MEDA 2MEGA 107LA 1XEJA 1C6KA 2MEHA 1WQOA 4I8SA 135LA 1KIPC 5F14A 3C80A 3NYAA 1LYYA 1G0GA 180LA 2D91A 172LA 198LA 3C8RA 3IWRA 2BQEA 2G4QA 1IOQA 3LZMA 1QT5A 1GBZA 1PQDA 4WM4A 1L13A 1IP2A 1UIDA 4ETBA 4WM2A 1UIAA 3A3QA 2QB0B 5KXPA 1DQJC 3C8QA 2FYDA 158LA 4GCDA 3DKEX 3WVYA 5KXMA 1HEQA 3P66A 4ZFPA 4XADA 1QTCA 1SSYA 1GFRA 213LA 4LT3A 1IP7A 5LXWA 3HFMY 5B06A 1L14A 196LA 1I1ZA 4LYTA 3V2WA 5LZMA 1L66A 1L77A 4PJ2C 3WVXA 3HDEA 1GFEA 4DDBA 2B73A 1KXYA 2BQIA 2OU0X 1L65A 186LA 1QDRA 240LA 1SQ2L 1IWWA 1C6GA 1A4VA 1P37A 250LA 1P46A 1HEPA 2PC2A 1GF5A 4I7QA 4LFXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HC0 A;  2ZQ3 A;  4NWE A;  4DD2 A;  1TAY A;  2DQC Y;  1B5Z A;  1LZ5 A;  1IVM A;  1GDX A;  4DD9 A;  1REZ A;  3AB6 A;  1V7T A;  2YBM A;  5LAF A;  2HU1 A;  4WL7 A;  4ET8 A;  1FLY A;  3F6Z A;  1NHE A;  2BLX A;  1RI8 B;  4HTK A;  2Z39 A;  1C43 A;  3WUA A;  5HMV A;  4IJ4 A;  3ULR A;  1LJF A;  4NGY A;  4ZEE A;  1XGP C;  2BLY A;  3LN2 A;  3LYZ A;  1B9O A;  4I0C A;  1LZ8 A;  3A95 A;  1LMA A;  4WM5 A;  4H8X A;  3IJU A;  5D5C A;  3TXI A;  2BAA A;  3HBH A;  3QY4 A;  1REX A;  3VWO A;  4PRQ A;  1UBZ A;  5F9X A;  3T36 A;  5F16 A;  1BWI A;  1G7L C;  1LTM A;  3CSZ A;  1JTT L;  1YAM A;  5LVJ A;  3WU7 A;  2YSS C;  1NBZ C;  1IO5 A;  5LVH A;  1IX0 A;  1HF4 A;  1OQM A;  1QDT A;  3A6C Y;  5KXR A;  1D0M A;  1LJ4 A;  4WO9 A;  2FBD A;  1LZN A;  2Y8P A;  3P64 A;  1LSA A;  1PS5 A;  4B4I A;  4YF2 A;  2HTX A;  1B7O A;  4TTD A;  1NF5 A;  3FI7 A;  1GHL A;  1IWV A;  1HEO A;  4HTN A;  4AXT A;  2ZWB A;  1G7J C;  1AT5 A;  4H9A A;  4LT1 A;  4HPE A;  1IY4 A;  1V7S A;  3TMW A;  5DLA A;  3TXG A;  1JKD A;  1IOC A;  4ZIX A;  1TCY A; 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 4WM3 A;  4WMG A;  4ETC A;  1VDQ A;  4GCC A;  4N1E I;  3WUM A;  5C6L A;  2BQN A;  5KXK A;  1JKC A;  1B5U A;  1CJ7 A;  4W96 A;  4H9H A;  1LMO A;  4OWE A;  3SP3 A;  4M4O A;  1YRO A;  4J0L A;  1B7L A;  1BB3 A;  1NBY C;  1WQQ A;  4KPM A;  5APD A;  2LZ2 A;  3A6B Y;  4ET9 A;  2RSC A;  4BAD A;  1LCN A;  7LYZ A;  5LA5 A;  1DKK A;  1BB7 A;  1OUC A;  4B4J A;  4IAT A;  1LJN A;  1LZD A;  4WLY A;  1T6V L;  4OWA A;  1NMM A;  1JJ0 A;  2ZIK A;  1D0L A;  4HSF A;  1RJC B;  3A34 A;  1B5X A;  1C7P A;  4II8 A;  1NKH A;  1HFZ A;  2HEC A;  1GE1 A;  3RW8 A;  1EQE A;  1XGU C;  1FN5 A;  2MEI A;  4G4H A;  1IP5 A;  2H5Z A;  3TXH A;  5KXT A;  1LJH A;  1LMP A;  1W6Z A;  3EBA B;  5HLL A;  4H92 A;  4GLV A;  1LKS A;  4XJD A;  1E8L A;  1D6P A;  4NGJ A;  1H6M A;  1VDT A;  1JIT A;  1VDP A;  4H8Y A;  3WL2 A;  1LJI A;  1QSA A;  2LYO A;  2DQE Y;  1LZY A;  3RZ4 A;  1FKV A;  1XSF A;  4OWB A;  2BPU A;  1CKC A;  4G9S A;  1SLY A;  4DD3 A;  5I4Y A;  1GBX A;  1LSF A;  1REM A;  1FLU A;  1HEW A;  1OUI A;  1YAQ A;  1LJ3 A;  4Z98 A;  5L3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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