4WM5A

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 890 mpa
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wm5A00
1GBXA 1LZBA 4RW1A 5B1FA 4XJBA 1LSAA 4YF2A 1XEKA 1BWIA 2I6ZA 1JSFA 4H9FA 1I1ZA 5KXKA 4CGEA 3IWRA 4TSCA 1IORA 1LHLA 4XJHA 3RT5X 4G4BA 2BQMA 4LT1A 1LJ4A 1LJIA 4NIJA 5KXPA 1B0DA 3EBAB 5KXNA 3P64A 2LYZA 1LZAA 1UIHA 5T3FA 1LJNA 3IJUA 3KAMA 4WL6A 3AB6A 3EXDA 1UIBA 1GE2A 1JHLA 4WO6A 1LHMA 1QUSA 1YQVY 1JSEA 1C45A 1AM7A 2G4NA 1VAUA 1NBYC 194LA 1B5XA 4NHTA 2FYCA 1GE0A 4LGKA 4HTNA 1CKFA 1OP9B 1B7RA 1T6VL 4GCFA 1B5ZA 1LZSA 5F9XA 4YENA 1IOQA 5I4WA 1LZCA 1LZGA 4NG8A 5DN4A 2MEIA 1D6QA 4WO9A 1VDTA 4YEOA 4N5RA 2D4KA 1GB9A 2LHMA 5APDA 1LZDA 1C10A 1IP7A 1FBIX 1I56A 4GCBA 5LIOA 2BQOA 1GPQC 3B0IA 3A92A 5ILFA 1GFVA 3WYHA 2WARA 4C5FA 1HMLA 1IWTA 1CKGA 2YBJA 5IDDA 1DKJA 3WU7A 4IASA 2PC2A 4UWVA 3TXHA 1LZTA 1JJ1A 1B5WA 3CSRA 5KXLA 2ZIKA 1B7SA 1JITA 4RDSA 4W94A 2Z19A 1LHKA 3A93A 4DYGA 3LHMA 5DLAA 1BWJA 1GE3A 1GFUA 1XGUC 4XYYA 3TXDA 3CT5A 4I0CA 3TXGA 1FKVA 1OUJA 1QDRA 2ZILA 5F14A 3RZ4A 1BB6A 1HEOA 5F16A 4ET9A 4H90A 3B6LA 1DI4A 5D5FA 4DD0A 5I54A 5F9UA 3A6BY 1GB2A 1BB7A 1JISA 5KXSA 1QTKA 3AJNA 4J0LA 1B5YA 1LJ3A 4WM6A 3J4GA 4OWHA 1BB4A 5I4XA 1LSYA 1IEEA 1UIFA 3WUNA 1UA6Y 1XGQC 3CQLA 3A91A 3WL2A 3A8ZA 1YL0X 1CJ8A 4XJGA 1J1OY 4H9IA 4O34A 2VB1A 4IATA 2IHLA 2H5ZA 4J1AA 1OUHA 4H93A 2W1YA 1BQLY 1F6SA 1QSWA 2FBDA 2YBMA 1SLYA 1LSFA 1VDSA 3ZVQA 4NFVA 3SP3A 7LYZA 1BVXA 132LA 2BQDA 4HSFA 1LZ4A 1W08A 1F10A 2D4JA 4YOPA 1NF5A 2Z2EA 5C6IA 1B7NA 2MECA 5FSTA 4NY5A 3CB7A 2Q0MX 4WLDA 5FDJA 1HEQA 1HSXA 4RLMA 1YANA 1GDWA 1LYZA 2HU1A 2YDGA 5HMJA 4QGZA 1IWVA 1C7PA 3D3DA 4WMGA 4G49A 1YKXX 1HNLA 2ZNXY 1BVKC 1IP5A 1VDQA 2G4QA 1LSCA 5D5CA 4BS7A 5KXMA 1JTTL 1ALCA 5KXRA 2HUBA 4H8XA 4DD7A 2A7FA 4H9BA 4DDAA 1H6MA 1OUDA 2DQIY 1INUA 4IJ4A 1VEDA 1DKKA 4GCDA 1OUCA 1VFBC 4X3BA 1D6PA 4LYOA 2W1MA 4CJ2A 3FI7A 1IWWA 4CFOA 3A6CY 1LJFA 4OW1A 5F81A 5EBHA 3AZ7A 4EOFA 1NQIA 1C08C 1B5VA 1QTEA 2C8OA 4LYCA 4XJIA 1GE4A 5E9RA 1IWYA 1IP6A 4GCCA 3WW6A 1G7IC 1GBOA 4HJYA 3W6EA 4TX7A 4NGYA 2HEEA 5LA5A 4M4OA 1GF0A 1RI8B 1HELA 5II3A 1LZ5A 5LYZA 1REZA 2D91A 4ETEA 5KXYA 1GB8A 3B0KA 3EMSA 1UIGA 1LJEA 1IC4Y 1B7PA 1QQYA 5B05A 4LZTA 1WQMA 2XBSA 3WW5A 1ZVYB 4H9CA 5APCA 1JWRA 4B0DA 4DD3A 4NGJA 1D0MA 5HQ1A 3CSQA 2BQLA 2Z39A 3A95A 1AKIA 3ATNA 4OWCA 1LMQA 1RJCB 4U3XB 1DXJA 1GB5A 1J1XY 1REXA 3GXKA 1F6RA 1BB3A 2Z38A 5LVHA 3QNGA 3T6UA 4AGAA 1LOZA 2BQJA 4LT0A 5HNCA 5LINA 5E4PA 4N1EI 4ZEEA 5C6JA 5KXOA 5JENB 1YIKA 3LYOA 4NHPA 4HV2A 4NWEA 1KIRC 3TXIA 4DD9A 5KKIA 1GWDA 5KY1A 1JEFA 1JKCA 1WTMA 4NGLA 3W6CA 1LSBA 4HPEA 4J1BA 5FHWA 3E3DA 5HNLA 2Z37A 1DQJC 4NGWA 3N9AA 4W96A 1UIAA 1IY4A 3WH1A 3AYQA 1GB0A 2BQFA 4HV1A 1WQPA 1GBSA 3HFMY 4LYZA 4OWEA 3W6DA 4Z46A 5LYTA 1GFJA 1TCYA 1TAYA 1LZ1A 2EIZC 2I26L 4DT3A 1JJ3A 1JIYA 3ZVQB 1JKBA 3FE0A 1GBWA 2MEAA 1J1PY 2G4PA 2BQKA 3AGGG 1D0LA 208LA 1GDXA 1D0KA 4P2EA 4XENA 1EQEA 4HPIA 1G7HC 5B07A 1HEPA 4NSGA 4QEQA 3M18B 1IX0A 1WTNA 1IP2A 4OWBA 3RW8A 3P4ZA 5KXTA 4WOAA 2DQCY 3G3BB 2FBBA 4EMNA 1B7OA 1GFKA 4H92A 1JJ0A 1LSZA 2XBRA 5LAFA 1XGPC 2BQGA 1MLCE 3QY4A 2DQAA 3WU9A 5HMVA 2CJLA 5I53A 2Z12A 2EKSC 4N1CC 1WQNA 1HEWA 1IR9A 2YBNA 3ZEKA 1RFPA 1NMMA 1LSGA 1XSFA 2EQLA 5AMYA 4DDBA 5LA8A 4ETCA 5IELA 2BQEA 3G3AB 4G9SA 4I8SA 1YILA 1CJ7A 4NGOA 3WPLA 1B5UA 1LJKA 1UIEA 1OUAA 1WVVA 5DM9A 4B4IA 1KIQC 2ZQ4A 1ZVHL 4A7DA 1IC5Y 3HBDA 1GFGA 1NKHA 2F2NA 1TEWA 2YVBA 5L9JA 4B4JA 1G7MC 4PHIA 1EQ4A 2AUBA 154LA 2C8PA 1JUGA 4LYTA 4MCKA 1GF5A 3WVXA 4LT2A 4YM8A 1PS5A 3TXFA 4DWXA 3N9CA 4H1PA 1GF9A 3N9EA 5HLLA 1KXWA 1GXV2 2XTHA 1GBZA 5LXWA 1LHIA 2GV0A 1EL1A 2D4IA 4HP0A 4II8A 2RSCA 1LAAA 1VDPA 3WVYA 4LFPA 4H9HA 3M3UA 1IVMA 1GFTA 3F6ZA 1C43A 2Z2FA 3AW7A 1HFYA 4XN6A 5B59A 1HERA 3TXEA 3J6KA 3A3RX 4B4EA 1NDGC 1BB5A 1DZBX 1HENA 1LZ8A 2ZNWY 3LN2A 4NSHA 4NGZA 3TMWA 3OK0A 1GFRA 2BLYA 3B0OA 3K3TA 5M1YA 1OUGA 4Z3MA 1QSAA 4OOOA 4KL7A 3A34A 1QDTA 193LA 1ZMYL 1LPIA 4WL7A 2NWDX 5ILCA 1GEVA 4D9ZA 1D9UA 4Z98A 4H91A 2LYMA 2W1LA 1JPOA 1BGIA 2MEBA 3HBEX 6LYTA 2XJWA 2BQBA 4ETDA 2A7DA 4QY9A 1LHHA 2BQIA 3HBHA 4G4HA 1HHLA 4GCEA 4BAPA 4GN5C 3OJPA 1LMPA 1NDMC 1UBZA 1IWUA 1B2KA 1E8LA 2BQCA 1T3PA 1HSWA 2HECA 4GLAA 1GEZA 1WVUA 2YBLA 3A3QA 1GAZA 2BLXA 1MELL 1IR7A 1ZV5L 3AZ4A 2D6BA 1KXXA 4RLNA 4XJDA 2F30A 2Z18A 1OUFA 3TXKA 1GFHA 1YAMA 3WULA 1WQOA 1B9OA 1LZEA 2HTXA 1PZYA 2YSSC 5FELA 3RNXA 4ETBA 1REYA 2ZIJA 4GN4A 1G7LC 3A67Y 9LYZA 1WQRA 1FLWA 4N9RA 4FDYA 1C46A 1FLQA 1B7LA 5J7CA 1OUIA 1HEMA 4WM2A 5L3IA 5LYMA 5LAGA 1IO5A 1LMNA 4XJFA 4UWUA 1KIPC 2F4AA 1AT5A 3W6AA 4OWAA 1UICA 4NG1A 1BHZA 2B5ZA 5FCPA 3RU5A 1DI5A 3W3EA 1LKSA 2CGIA 1A2YC 4WG7A 3LYZA 1LSEA 3AW6A 5A3ZA 1GBYA 1IOTA 2HEFA 1GE1A 1GXXA 4WLYA 2LYOA 1IOCA 4ET8A 5KXXA 2X0AA 1O23A 2LZTA 4LYMA 4CFPA 1LKRA 2DQEY 1CNSA 4KXIA 5DL9A 3WXTA 1GFEA 1IY3A 1YAOA 1A4VA 4MR1A 4ZFPA 1NBZC 2DQDY 1FKQA 4DD1A 4NHIA 2MEGA 1LZRA 1XEJA 5LVJA 3GXRA 2CWIA 5APEA 3ATOA 1AT6A 4WM4A 1GB7A 3CT0A 5B06A 4KPMA 3W6FA 1UIDA 4PPOA 1GAYA 1UC0A 2LZ2A 1LZ9A 1HC0A 1F0WA 6LYZA 1YAQA 4ZIXA 1LJJA 2F4GA 4J7VA 2I25L 1GB3A 3ULRA 1IC7Y 1LSNA 3P65A 207LA 4BADA 4OOTA 1REMA 2HEAA 1UUZC 1LMCA 1DPXA 3LYMA 4H9EA 1IR8A 4H8ZA 4HJVA 1Z55A 1YROA 2ZYPA 3A90A 4WLXA 1LHJA 2BQNA 1FLYA 1LJHA 4HJZA 1GFAA 3TMVA 1SQ2L 4TTDA 2ZQ3A 4DD2A 1LCNA 4BAFA 1LMTA 1YL1X 4H94A 1H87A 5IHGA 1IWXA 4GLVA 2MEEA 1IP4A 1OQMA 1OUBA 5LVKA 3TMXA 3TXJA 1VATA 1TBYA 135LA 1XGTC 2BPUA 1XEIA 2EPEA 1AZFA 2CDSA 3A94A 1HF4A 1IP1A 1CKCA 1JKDA 3LZ2A 1IOSA 3AGHA 3TXBA 4PGJB 1W6ZA 2DQHY 5APFA 1NWGA 4NWHA 4H9AA 1CJ6A 4R6CA 4NSIA 3T36A 4N8ZA 4L41A 1CJ9A 2H9JA 4WM5A 1G7JC 4WM3A 1LSMA 1FLUA 2HU3A 153LA 1GF7A 4NGVA 5L3HA 3WXUA 4B49A 4HTKA 5LVGA 1LYOA 1XGRC 3CSZA 1GD6A 1CKDA 1BWHA 5KJ9A 4KT3A 4NSJA 4R0FA 4C3WA 5A3EA 1DPWA 1GHLA 1LZYA 2MEHA 1LMOA 2DQGY 2W1XA 4CHXA 2BAAA 5KXZA 1QUTA 2DQFC 4WLTA 3VWOA 1YKZX 5B1GA 4E3UA 1V7SA 3MGWA 4GN3A 1UCOA 3P68A 3P66A 4NEBA 4WG1A 2N5ZA 4B1AA 1CKHA 1GF6A 3WU8A 4H8YA 5C6LA 1B7QA 3AZ6A 1P2CC 4NHSA 4FJRA 3QE8A 4G4CA 4PRUA 4TWSA 3D9AC 2DBTA 1NHEA 2BQHA 1I20A 4Z41A 2Y8PA 133LA 1GF4A 3BKVA 4QDNA 4DC4A 2BQAA 1KXYA 1TDYA 1UACY 2ZYCA 3WPJA 4ANRA 4NHQA 1LZNA 1JTOL 3WUAA 5DN5A 3BKHA 3LZTA 1WQQA 1FDLY 3A96A 1DI3A 4ML7A 4XADA 2HEDA 4NGIA 1JKAA 5FEKA 134LA 3WUMA 1N4FA 2HEBA 1LTMA 3CT1A 4HTQA 1LMAA 4N0JA 4WM1A 5I5QA 5KXWA 1HFXA 4UWNA 5K7OA 1V7TA 3IJVA 1IIZA 3B72A 4LYBA 1IWZA 2FYDA 4TSBA 4TUNA 1YKYX 1LYSA 4AXTA 8LYZA 3TMUA 1LJGA 1RCMA 2YBIA 1JTPL 4PRQA 1LYYA 4LFXA 1FN5A 1LSDA 1LZ6A 3EO5A 1HMKA 1LSPA 4LT3A 2YBHA 5LVIA 3W6BA 1EQ5A 1YAPA 1HFZA 2MEDA 1GF3A 1B7MA 2MEFA 4DDCA 4NGKA 3WMKA 4RW2A 1OUEA 2IFFY 2H9KA 1RE2A 3AGIA 4ETAA 1XFPL 1QIOA 4MSTA 4M6DA 4YEMA 5KKJA 4PJ2C 5I4YA 2DKVA 2DQJY 2ZWBA 1IP3A 3LYTA 3WPKA 1GB6A 3AZ5A 1GF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBXA 4EKRA 1L77A 2Z6BA 4TSCA 1LHLA 4LT1A 5KXPA 1B0DA 3EBAB 5KXNA 2LYZA 3RZEA 1UIHA 1LJNA 3IJUA 4I7JA 3AB6A 3EXDA 4GBRB 4WO6A 1L66A 1LYDA 1G0JA 194LA 188LA 2FYCA 4LGKA 1OP9B 3K2RA 258LA 4YENA 1LZCA 1LZGA 4NG8A 1D6QA 2HUKA 5APDA 1LZDA 1C10A 2LC9A 1IWTA 1CKGA 4W53A 1LZTA 3CSRA 1L97A 1B7SA 2B70A 1LYFA 4DYGA 1C6FA 1OUJA 1L72A 5F16A 3NY9A 1CX7A 3A6BY 1GB2A 1JISA 3AJNA 146LA 4WM6A 1L93A 3HTFA 4ZPUA 1L73A 1C65A 4E97A 4O34A 4IATA 170LA 2W1YA 1BQLY 1LGUA 2FBDA 1SLYA 230LA 1G0QA 1BVXA 132LA 2BQDA 2D4JA 4YOPA 1NF5A 5C6IA 3CB7A 4WLDA 1GDWA 1LYZA 3HH4A 3HTBA 3D3DA 4IAPA 3C7YA 1C66A 2G4QA 5KXMA 4BS7A 1JTTL 1ALCA 5KXRA 2A7FA 1INUA 1VEDA 4W51A 1OUCA 1VFBC 1C63A 3GUPA 174LA 3FI7A 3A6CY 4OW1A 3F8VA 1NQIA 4LYCA 1B5VA 4XJIA 1WTHA 178LA 1GBOA 1L33A 5LA5A 1LZ5A 4ETEA 3C8SA 1GB8A 3B0KA 3EMSA 4NGJA 5HQ1A 1I6SA 4OWCA 200LA 1LMQA 1C62A 2Z38A 2RBNA 3OE0A 2B6ZA 5E4PA 4S0WA 4ARJA 5KKIA 3DN0A 1JKCA 4NGLA 1LSBA 4HPEA 5FHWA 3E3DA 2F32A 4W96A 1KW7A 1GB0A 1P7SA 4HV1A 1WQPA 1L61A 3HFMY 3W6DA 4Z46A 239LA 3ZVQB 147LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GBX A;  1LZB A;  4RW1 A;  5B1F A;  4XJB A;  1LSA A;  4YF2 A;  1XEK A;  1BWI A;  2I6Z A;  1JSF A;  4H9F A;  1I1Z A;  5KXK A;  4CGE A;  3IWR A;  4TSC A;  1IOR A;  1LHL A;  4XJH A;  3RT5 X;  4G4B A;  2BQM A;  4LT1 A;  1LJ4 A;  1LJI A;  4NIJ A;  5KXP A;  1B0D A;  3EBA B;  5KXN A;  3P64 A;  2LYZ A;  1LZA A;  1UIH A;  5T3F A;  1LJN A;  3IJU A;  3KAM A;  4WL6 A;  3AB6 A;  3EXD A;  1UIB A;  1GE2 A;  1JHL A;  4WO6 A;  1LHM A;  1QUS A;  1YQV Y;  1JSE A;  1C45 A;  1AM7 A;  2G4N A;  1VAU A;  1NBY C;  194L A;  1B5X A;  4NHT A;  2FYC A;  1GE0 A;  4LGK A;  4HTN A;  1CKF A;  1OP9 B;  1B7R A;  1T6V L;  4GCF A;  1B5Z A;  1LZS A;  5F9X A;  4YEN A;  1IOQ A;  5I4W A;  1LZC A;  1LZG A;  4NG8 A;  5DN4 A;  2MEI A;  1D6Q A;  4WO9 A;  1VDT A;  4YEO A;  4N5R A;  2D4K A;  1GB9 A;  2LHM A;  5APD A;  1LZD A;  1C10 A;  1IP7 A;  1FBI X;  1I56 A;  4GCB A;  5LIO A;  2BQO A;  1GPQ C;  3B0I A;  3A92 A;  5ILF A;  1GFV A;  3WYH A;  2WAR A;  4C5F A;  1HML A;  1IWT A;  1CKG A;  2YBJ A;  5IDD A;  1DKJ A;  3WU7 A;  4IAS A;  2PC2 A; 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 5KXZ A;  1QUT A;  2DQF C;  4WLT A;  3VWO A;  1YKZ X;  5B1G A;  4E3U A;  1V7S A;  3MGW A;  4GN3 A;  1UCO A;  3P68 A;  3P66 A;  4NEB A;  4WG1 A;  2N5Z A;  4B1A A;  1CKH A;  1GF6 A;  3WU8 A;  4H8Y A;  5C6L A;  1B7Q A;  3AZ6 A;  1P2C C;  4NHS A;  4FJR A;  3QE8 A;  4G4C A;  4PRU A;  4TWS A;  3D9A C;  2DBT A;  1NHE A;  2BQH A;  1I20 A;  4Z41 A;  2Y8P A;  133L A;  1GF4 A;  3BKV A;  4QDN A;  4DC4 A;  2BQA A;  1KXY A;  1TDY A;  1UAC Y;  2ZYC A;  3WPJ A;  4ANR A;  4NHQ A;  1LZN A;  1JTO L;  3WUA A;  5DN5 A;  3BKH A;  3LZT A;  1WQQ A;  1FDL Y;  3A96 A;  1DI3 A;  4ML7 A;  4XAD A;  2HED A;  4NGI A;  1JKA A;  5FEK A;  134L A;  3WUM A;  1N4F A;  2HEB A;  1LTM A;  3CT1 A;  4HTQ A;  1LMA A;  4N0J A;  4WM1 A;  5I5Q A;  5KXW A;  1HFX A;  4UWN A;  5K7O A;  1V7T A;  3IJV A;  1IIZ A;  3B72 A;  4LYB A;  1IWZ A;  2FYD A;  4TSB A;  4TUN A;  1YKY X;  1LYS A;  4AXT A;  8LYZ A;  3TMU A;  1LJG A;  1RCM A;  2YBI A;  1JTP L;  4PRQ A;  1LYY A;  4LFX A;  1FN5 A;  1LSD A;  1LZ6 A;  3EO5 A;  1HMK A;  1LSP A;  4LT3 A;  2YBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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