4WOAA

Lysozyme multiple crystals after surface acoustic wave alignment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4woaA00
2DQFC 4R0FA 4NGWA 1DPXA 5APDA 3RU5A 4LGKA 4DDCA 1B7PA 1LKSA 1GE3A 2BLYA 2XTHA 3A95A 4OWAA 5KKJA 1HSXA 2BQLA 1D0LA 4GN3A 1GF5A 2H5ZA 1GB0A 2YBMA 1IO5A 1LPIA 1LSAA 3CSRA 5F16A 2EQLA 4HTNA 5LAGA 4H9IA 1J1XY 3WUNA 1DQJC 4LT2A 4PJ2C 3B72A 4P2EA 5KXSA 3AZ5A 4OWBA 5II3A 4NGYA 1HF4A 2RSCA 207LA 2LZ2A 1C7PA 2BQDA 1LYOA 1WTNA 3TXJA 3TXIA 1LSFA 4B0DA 4QGZA 1CJ7A 3T36A 5KXRA 1C46A 1XSFA 1LHHA 3N9EA 1I20A 1LZGA 3A6BY 4HTQA 1LZ8A 2W1XA 3AZ6A 1JKDA 3OK0A 3WXUA 2MECA 2W1YA 4WO9A 4DD3A 1WVUA 2YBHA 4H92A 4E3UA 5B59A 1LMTA 4CJ2A 1BB3A 3TMVA 1JTPL 5C6JA 3GXRA 1HEOA 3TXKA 1TCYA 2LYOA 1YIKA 4ZFPA 3EBAB 5B05A 2Z12A 5DN4A 1IWVA 1LZ1A 2XBSA 2HU3A 2LHMA 2D4IA 3IJUA 2G4QA 4NHIA 1J1PY 1VAUA 4ZEEA 3N9CA 4QY9A 2ZIKA 3HBHA 1ALCA 1VDSA 1WQRA 2XBRA 1WQOA 2A7FA 3GXKA 2ZILA 1VDTA 3ZEKA 4DT3A 4DWXA 5D5CA 1GD6A 1GFVA 4LT0A 4MR1A 5LYZA 4HP0A 5KJ9A 1JKCA 1GAZA 3WMKA 4NWHA 1CKGA 1GE2A 2BQBA 1GXV2 1LJ3A 4H94A 4NWEA 1JITA 1EQ5A 3ATNA 2MEDA 5I53A 1LSNA 3G3AB 4WLDA 2DQJY 1GFHA 2EPEA 2Z2FA 2BQHA 1GHLA 4N9RA 5FHWA 3T6UA 2Y8PA 3E3DA 1GE1A 1OUIA 1RE2A 1B5WA 4TSBA 2BQJA 1IOTA 4WM5A 2AUBA 1LHJA 1YQVY 4M4OA 5A3ZA 1CKDA 1GF6A 4N8ZA 5HLLA 1HFXA 1MLCE 1YKXX 5KKIA 1CJ6A 1CNSA 1LZ9A 5APCA 2HTXA 1LMAA 4B4IA 2DQGY 3HFMY 1W6ZA 3LYOA 2BQMA 3A96A 4H1PA 3LYMA 4DC4A 1BWJA 1NWGA 1J1OY 1LZYA 4XJBA 4N0JA 1IWZA 3VWOA 5KXKA 4RDSA 1LMCA 1IC4Y 2G4NA 4EMNA 5LVIA 1H6MA 1KIPC 4WM6A 1GFEA 1YAPA 4PRQA 1WQPA 2Z37A 1B7QA 1Z55A 4XJIA 2FYDA 4CGEA 4YEOA 1GB6A 1BGIA 1KIQC 3BKHA 5KXWA 1I56A 1N4FA 1LJFA 1LZ6A 3TXDA 1BB7A 1LZ4A 1YKZX 3ZVQA 4EOFA 1JWRA 3EMSA 1B5VA 1IVMA 5LYTA 1ZVYB 2HEDA 4WM1A 4G4BA 4ETEA 1F0WA 1WVVA 1UIEA 2YVBA 4CFOA 4H8YA 2GV0A 1HNLA 3P68A 5LVJA 1LJNA 1UIAA 1HFZA 1RFPA 4M6DA 3EXDA 1SLYA 1ZVHL 2MEEA 5FDJA 4XJGA 4LYOA 3RW8A 4GCCA 2CDSA 1KXYA 1KIRC 1QTKA 1GF3A 1OUEA 3G3BB 3P65A 4H91A 1XGRC 4PGJB 3WU9A 4Z98A 1VDQA 4QEQA 2W1LA 1FN5A 5T3FA 1OQMA 1GEVA 1LYSA 1NMMA 1GB2A 2F4GA 3CB7A 3QY4A 3EO5A 1GWDA 4FDYA 4H9AA 4LT1A 4WLXA 5HMJA 1C08C 3WPJA 1LKRA 3WULA 5EBHA 1GF4A 4OOTA 2BQAA 2YDGA 4ETDA 1LZDA 4LZTA 2ZYPA 1BWIA 4HPEA 1LZ5A 1NDMC 1FLQA 1LMPA 1GB7A 3P64A 1RCMA 4PRUA 2LYZA 4GLAA 3B0OA 3CSQA 1IP4A 3AGGG 1GBOA 1IEEA 2F4AA 1B7MA 1GE4A 1A4VA 2Z38A 4MCKA 1HSWA 2LYMA 4LFXA 5KXYA 1OUHA 1B7RA 4TUNA 4ET8A 1GFJA 1HEQA 2X0AA 1BHZA 2YSSC 3CSZA 3K3TA 6LYTA 1F10A 2BQFA 3W6EA 5I4XA 2MEAA 1WQQA 1XEIA 1B2KA 1IR9A 1IP7A 4H9HA 4N1CC 1B0DA 1DKKA 1XEJA 4HTKA 1IWWA 1XEKA 2EKSC 4LYTA 4TTDA 3WUAA 4B49A 2N5ZA 2D91A 4DDBA 1DI5A 1LJEA 1YAMA 1AT6A 4I0CA 3WPLA 2BQCA 1QTEA 1VDPA 4MSTA 1LCNA 2CWIA 2DKVA 2F30A 2ZQ3A 1UACY 1HEMA 1B5ZA 1B5XA 2F2NA 1W08A 3A34A 3LYZA 4PPOA 1AT5A 4ETAA 1BVXA 1NHEA 1BB5A 4GCEA 4RLMA 5J7CA 3A93A 1JIYA 5FELA 4B4EA 4B4JA 3WH1A 5F9UA 1TDYA 1ZMYL 1GF8A 1VFBC 3LYTA 1GE0A 2C8PA 1LHIA 1QUTA 1TEWA 2ZNXY 4U3XB 5LVGA 4H9FA 3W6CA 3KAMA 3AJNA 1HHLA 3ULRA 2Z19A 5F14A 5L3HA 3ATOA 4HJYA 4RW2A 3RNXA 4WLTA 1V7TA 1GFRA 4AXTA 4YOPA 4G4HA 4WOAA 5KY1A 2ZNWY 3P4ZA 1CKHA 1QUSA 2Z39A 4LFPA 1B9OA 1YANA 3LZ2A 4G49A 4D9ZA 1IY3A 2DQAA 1IWUA 4LYCA 4OWHA 1FLUA 1LHKA 1LMQA 2DQEY 5IDDA 1JTTL 5HQ1A 1G7LC 2FBDA 1CJ8A 1EL1A 5KXMA 1INUA 1LJ4A 1IWYA 1IC5Y 5B07A 3BKVA 5HMVA 1REYA 1UA6Y 4ML7A 5HNLA 1LSCA 3CT1A 4GLVA 4G9SA 4IASA 3OJPA 1V7SA 4CFPA 5F9XA 5LINA 1T6VL 1IY4A 3A6CY 1LSDA 1GFGA 1DZBX 2HEEA 4IATA 1B5YA 1CKCA 2DQHY 4GCFA 4WL6A 4NHQA 3M18B 9LYZA 1HEPA 1D9UA 4RLNA 1XGPC 3AZ7A 7LYZA 3IWRA 3MGWA 1GDWA 1JSFA 3IJVA 4Z3MA 1LYYA 1FLWA 1JHLA 3D9AC 5I4WA 1REMA 3AW6A 2XJWA 1YL0X 3QE8A 1OUFA 4W94A 5LAFA 1G7IC 5LVKA 3HBEX 4NEBA 1AM7A 5E4PA 4UWVA 1WQNA 2BLXA 3WXTA 1KXXA 5LIOA 3AGHA 4ANRA 4WL7A 1LOZA 1LZSA 4NGIA 3LHMA 1LZAA 1GAYA 1GF7A 1UIDA 3HBDA 1IR8A 1P2CC 1FBIX 3A90A 4XJFA 3F6ZA 4BS7A 1LZCA 154LA 135LA 1LHMA 4OOOA 5FSTA 4KXIA 4NHTA 194LA 4X3BA 4G4CA 1IP1A 1IOCA 4I8SA 1A2YC 1IWTA 1GBXA 1GFUA 2I26L 3TXHA 1OUDA 4YF2A 1G7JC 3FI7A 4LYZA 4B1AA 4CHXA 1JJ1A 1IOSA 1XFPL 3TMXA 5APEA 4NIJA 2HECA 1JUGA 1VEDA 3WU7A 4ZIXA 3M3UA 1OUAA 2BQKA 4NY5A 1UC0A 1GDXA 4O34A 4NGVA 1JSEA 4FJRA 3A8ZA 1EQEA 2IHLA 1HC0A 4H8XA 2D4KA 4A7DA 4TX7A 1GXXA 1UIHA 3WU8A 5LA8A 1D6QA 1G7HC 1JKBA 1RJCB 4QDNA 3CT0A 4NHSA 1HMLA 1H87A 1DXJA 1D6PA 5M1YA 1D0MA 1LZNA 4HPIA 3RZ4A 2HEBA 153LA 4ET9A 5IELA 3ZVQB 3A91A 4DD2A 2DBTA 4N5RA 1QQYA 4HSFA 1FDLY 8LYZA 208LA 1JTOL 2B5ZA 4H93A 1IP6A 1FKVA 2YBIA 1GF9A 1NBYC 2DQDY 4NSJA 1AZFA 1LZBA 4II8A 4H8ZA 1F6SA 4KPMA 1LZRA 1QIOA 4DD0A 5KXOA 3W3EA 1T3PA 4NFVA 2HEFA 1LZTA 2HUBA 1JEFA 5E9RA 1UIFA 1E8LA 4NSIA 5L3IA 1PS5A 1WQMA 5B1GA 3WPKA 4DD7A 3A94A 5I54A 3P66A 3WVYA 4HJVA 1DI3A 3TMWA 2ZQ4A 4YEMA 1CKFA 4GCBA 2BQEA 4N1EI 193LA 4UWUA 4NGLA 4XN6A 5LXWA 1LMNA 3TXEA 3AW7A 5IHGA 4DD9A 1HERA 4Z41A 2ZIJA 1IP5A 1UIBA 1HELA 2BQGA 4H90A 3WYHA 4L41A 1BB6A 1IR7A 4R6CA 4RW1A 4XJDA 4DYGA 1B7SA 1UIGA 4HV1A 4PHIA 1MELL 1IWXA 4YM8A 1JKAA 1GBYA 4LT3A 1ZV5L 4J7VA 4NGOA 3TMUA 1FLYA 4WM4A 3N9AA 4KT3A 133LA 3TXGA 3B0IA 1GBSA 2W1MA 2DQCY 1GFKA 4YENA 1LJGA 5DL9A 1LHLA 4GN5C 3WUMA 1UICA 1WTMA 1B5UA 1IP3A 4BAPA 1GB8A 2BQOA 1LJHA 4H9EA 4HJZA 1G7MC 1PZYA 4ETBA 1GB5A 1LTMA 4GN4A 4WMGA 2ZYCA 5B06A 1HEWA 1B7LA 1BB4A 1TAYA 2G4PA 2YBLA 1QDTA 3AB6A 4OWEA 5A3EA 1REZA 1GBWA 2MEIA 1HENA 4J1BA 5F81A 3W6FA 2BQIA 2FYCA 5KXZA 2MEFA 4WO6A 1OUGA 1YKYX 4NSHA 1LSBA 3AZ4A 1XGUC 2I25L 2H9KA 3WW5A 4UWNA 1VATA 1IX0A 4H9BA 1GFAA 2HU1A 3SP3A 3W6DA 1BWHA 5LYMA 4XJHA 2BPUA 2CGIA 2IFFY 1REXA 2Z2EA 3CQLA 4NHPA 1GPQC 1NBZC 3CT5A 1C10A 2D6BA 3A67Y 1IP2A 4NGZA 4BADA 5ILFA 5C6IA 2HEAA 3A3QA 1GEZA 5JENB 1F6RA 4C5FA 134LA 1YAQA 4NGKA 1NDGC 4TWSA 1LMOA 4J0LA 2CJLA 1JJ0A 2MEGA 3FE0A 3B6LA 5L9JA 2VB1A 1HMKA 3TXFA 4LYBA 2YBNA 1LSZA 3D3DA 1QDRA 2DQIY 2MEBA 1GBZA 1YAOA 5DLAA 5ILCA 1LSGA 2D4JA 1NKHA 1DPWA 3TXBA 1SQ2L 3LN2A 1IC7Y 2I6ZA 1O23A 3WL2A 1LAAA 1DKJA 3A92A 1NF5A 5B1FA 1LJIA 5FEKA 4WLYA 1LJKA 5KXXA 132LA 1OUBA 1GFTA 1UUZC 4W96A 4XADA 5I4YA 4XYYA 2H9JA 4ETCA 4Z46A 4NSGA 5LVHA 1IIZA 4LYMA 6LYZA 4OW1A 2BAAA 2NWDX 3B0KA 1IORA 1RI8B 4H9CA 1QSAA 4OWCA 1GB3A 5D5FA 1OP9B 2BQNA 4KL7A 4WM3A 3WVXA 3W6AA 3W6BA 2Q0MX 1KXWA 1B7NA 1LSEA 4WG7A 2Z18A 1LZEA 2C8OA 1XGTC 3AYQA 4HV2A 4DD1A 4BAFA 5LA5A 3A3RX 1BVKC 1OUJA 1UCOA 1B7OA 3J6KA 1GB9A 1I1ZA 5I5QA 5DM9A 5KXLA 1C45A 5C6LA 5KXTA 1BQLY 1YL1X 4XENA 2LZTA 1LSYA 1IOQA 1DI4A 4IJ4A 1YROA 2PC2A 4GCDA 3QNGA 4NG8A 1JISA 1YILA 2FBBA 1LSMA 3LZTA 1LJJA 1FKQA 5FCPA 5AMYA 1QSWA 1CJ9A 2YBJA 1XGQC 1GF0A 1EQ4A 4AGAA 2MEHA 4WM2A 4J1AA 3J4GA 1JJ3A 1NQIA 4DDAA 2WARA 3RT5X 4NG1A 2EIZC 1HFYA 4TSCA 5DN5A 3AGIA 2ZWBA 1D0KA 1C43A 5K7OA 1UBZA 4NGJA 2A7DA 1LYZA 1OUCA 4C3WA 4WG1A 1TBYA 5APFA 1LSPA 3WW6A 5KXPA 1JPOA 5HNCA 1AKIA 5KXNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
126LA 1LKSA 2B6XA 1GF5A 2H5ZA 2YBMA 1IO5A 1LSAA 4H9IA 1DYFA 1L62A 3B72A 2LZ2A 1LYOA 1L73A 4QGZA 3T36A 1LHHA 1I20A 3WXUA 3OK0A 4DD3A 4E3UA 142LA 4EKPA 1HEOA 1YIKA 232LA 2HU3A 3IJUA 3L2XA 4ARLA 3GXKA 1VDTA 4DWXA 1CU2A 247LA 4MR1A 4I7MA 4EPFA 1GAZA 3WMKA 186LA 4NWEA 1JITA 3ATNA 2MEDA 1LSNA 3G3AB 4ARQA 3ODUA 2Z2FA 3DN1A 1C6QA 5FHWA 4W58A 4YXAC 4WM5A 3CDTA 2AUBA 1LHJA 1GF6A 4N8ZA 5HLLA 1L05A 2HTXA 4ARMA 3A96A 1J1OY 1LZYA 1IWZA 4RDSA 1C66A 4ARJA 4WM6A 1C68A 187LA 2HULA 1GB6A 1LZ6A 1BB7A 3ZVQA 4EOFA 1JWRA 1PQMA 1B5VA 4S0WA 4WM1A 2CUUA 4G4BA 4W57A 4CFOA 4H8YA 2GV0A 1L19A 3GUJA 1UIAA 177LA 2MEEA 1L58A 4LYOA 4H91A 1QTKA 4I7QA 1OUEA 143LA 3P65A 3SB6A 1C6NA 1JTNA 1T8AA 1FN5A 1QT7A 1GEVA 4H9AA 3QY4A 4WLXA 5HMJA 1CV0A 1GF4A 1QUGA 1SX2A 4LZTA 1BWIA 1FLQA 1LMPA 3HDFA 1GB7A 4PRUA 1RCMA 183LA 3B0OA 219LA 1B7MA 2Z38A 1DYCA 4MCKA 2LYMA 1G0QA 1OUHA 2X0AA 2YSSC 1XEIA 4H9HA 4N1CC 1B0DA 1DYGA 4HTKA 1XEKA 1LWGA 2N5ZA 2D91A 1AT6A 2BQCA 1QTVA 175LA 3OE9A 2ZQ3A 1L93A 4DJHA 1CU6A 1HEMA 1UACY 1B5XA 1BB5A 3GUKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DQF C;  4R0F A;  4NGW A;  1DPX A;  5APD A;  3RU5 A;  4LGK A;  4DDC A;  1B7P A;  1LKS A;  1GE3 A;  2BLY A;  2XTH A;  3A95 A;  4OWA A;  5KKJ A;  1HSX A;  2BQL A;  1D0L A;  4GN3 A;  1GF5 A;  2H5Z A;  1GB0 A;  2YBM A;  1IO5 A;  1LPI A;  1LSA A;  3CSR A;  5F16 A;  2EQL A;  4HTN A;  5LAG A;  4H9I A;  1J1X Y;  3WUN A;  1DQJ C;  4LT2 A;  4PJ2 C;  3B72 A;  4P2E A;  5KXS A;  3AZ5 A;  4OWB A;  5II3 A;  4NGY A;  1HF4 A;  2RSC A;  207L A;  2LZ2 A;  1C7P A;  2BQD A;  1LYO A;  1WTN A;  3TXJ A;  3TXI A;  1LSF A;  4B0D A;  4QGZ A;  1CJ7 A;  3T36 A;  5KXR A;  1C46 A;  1XSF A;  1LHH A;  3N9E A;  1I20 A;  1LZG A;  3A6B Y;  4HTQ A;  1LZ8 A;  2W1X A;  3AZ6 A;  1JKD A;  3OK0 A;  3WXU A;  2MEC A;  2W1Y A;  4WO9 A;  4DD3 A;  1WVU A;  2YBH A;  4H92 A;  4E3U A;  5B59 A;  1LMT A;  4CJ2 A;  1BB3 A;  3TMV A;  1JTP L;  5C6J A;  3GXR A;  1HEO A;  3TXK A;  1TCY A;  2LYO A;  1YIK A;  4ZFP A;  3EBA B;  5B05 A;  2Z12 A;  5DN4 A;  1IWV A;  1LZ1 A;  2XBS A;  2HU3 A;  2LHM A;  2D4I A;  3IJU A;  2G4Q A;  4NHI A;  1J1P Y;  1VAU A; 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 5ILC A;  1LSG A;  2D4J A;  1NKH A;  1DPW A;  3TXB A;  1SQ2 L;  3LN2 A;  1IC7 Y;  2I6Z A;  1O23 A;  3WL2 A;  1LAA A;  1DKJ A;  3A92 A;  1NF5 A;  5B1F A;  1LJI A;  5FEK A;  4WLY A;  1LJK A;  5KXX A;  132L A;  1OUB A;  1GFT A;  1UUZ C;  4W96 A;  4XAD A;  5I4Y A;  4XYY A;  2H9J A;  4ETC A;  4Z46 A;  4NSG A;  5LVH A;  1IIZ A;  4LYM A;  6LYZ A;  4OW1 A;  2BAA A;  2NWD X;  3B0K A;  1IOR A;  1RI8 B;  4H9C A;  1QSA A;  4OWC A;  1GB3 A;  5D5F A;  1OP9 B;  2BQN A;  4KL7 A;  4WM3 A;  3WVX A;  3W6A A;  3W6B A;  2Q0M X;  1KXW A;  1B7N A;  1LSE A;  4WG7 A;  2Z18 A;  1LZE A;  2C8O A;  1XGT C;  3AYQ A;  4HV2 A;  4DD1 A;  4BAF A;  5LA5 A;  3A3R X;  1BVK C;  1OUJ A;  1UCO A;  1B7O A;  3J6K A;  1GB9 A;  1I1Z A;  5I5Q A;  5DM9 A;  5KXL A;  1C45 A;  5C6L A;  5KXT A;  1BQL Y;  1YL1 X;  4XEN A;  2LZT A;  1LSY A;  1IOQ A;  1DI4 A;  4IJ4 A;  1YRO A;  2PC2 A;  4GCD A;  3QNG A;  4NG8 A;  1JIS A;  1YIL A;  2FBB A;  1LSM A;  3LZT A;  1LJJ A;  1FKQ A;  5FCP A;  5AMY A;  1QSW A;  1CJ9 A;  2YBJ A;  1XGQ C;  1GF0 A;  1EQ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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