4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
3F9MA 2A5XA 4FWNA 4FPAA 1T6CA 1NGCA 1T44A 5AQGA 4BRKA 3GL1A 3LM9A 4M63C 4BVOA 4JHDA 5KPRA 3FE1A 4L3QA 2P9NA 5AQYA 4H0VB 3DXKB 5AQOA 4O5FA 2NLXA 3ZEUB 3A5OC 3VF6A 1KXPA 4RWTA 1HKBA 5AQQA 4C23A 4B1VA 3MN6A 4JHDB 4YDUC 4IJAA 2YHWA 5BN8A 3DWLA 1LCUA 3GOIA 3R6MA 4BREA 4BQLA 5AQSA 3WXIA 3UKRA 4BVPA 3WXJA 4HWIA 1HUXA 3KVGA 3A5LC 3HM8A 3ID8A 4WYBA 1QQMA 2UYTA 4H5TA 3JS6A 3LDNA 4CJ7A 3CHWA 1OKJA 2E88A 4CZHA 2P9NB 2FF6A 3HI0A 4H0XB 1HKCA 1YVNA 1HLUA 3G25A 4DCHA 1NBWA 3O6WA 4FOEA 3CJ1A 1MDUB 3VGMA 3CI5A 2PBDA 4A2BA 2P9LA 2Q2RA 4CBXA 3VOVA 2D1KA 4XEIA 1X9JA 3FZHA 4E1JA 3CJ9A 4BC2A 2E2QA 5TKYA 2FSKA 3GBTA 5BRFA 3VEVA 4BRIA 3H3NO 2W40A 2A6AA 2F9TA 3VEZA 4GNIA 5AQIA 1JCEA 2FSNA 3JXUA 1GLJO 4CD3A 3LL3A 5KQ8A 4BR7A 1XC3A 5JMVA 2E8AA 1K8KA 3EO3A 4H0TB 5KQDA 1GLBG 2AA4A 1HJOA 4IO8A 5FPNA 3CERA 4A62A 1ZXOA 3ZEUA 1NGFA 3I33A 5AQWA 4FWLA 3O8MA 1RGIA 2YHXA 2YJFA 3C0BA 3M6GA 2GEMA 3O80A 5AR0A 1BA1A 4B1UB 4CBUA 3EKUA 2A40A 3FFKB 5FPEA 3DJCA 2ASPA 2D0PA 5AZJB 2QW9A 1Q18A 2P9KB 4FWMA 4WQ4C 2YJEA 5E26A 4B1YB 2CGKA 4FWPA 2ZGYA 5AQJA 4MO5A 2QWPA 5AQMA 5AZIB 3W3DA 3M1FA 3L6QA 4BC3A 4JD2A 1ATRA 4FWQA 5BPNA 3SLCA 3M3ZA 2YHYA 2FXUA 3SJHA 1SZ2A 3FZFA 3QBXA 2QXLA 4CZIA 4CZEA 4IWVA 1U2VA 5ADXA 4WQ5A 4EFHA 3HBTA 5AQTA 1YUWA 3WQUA 4H03B 4PKHA 3VGKA 4K25A 5AQRA 2I7NA 4ISEA 3SMPA 1BO5O 3ATVA 4FPBA 3DAWA 2V7ZA 2NRHA 2P9LB 1NGHA 4BR4A 5I9EB 2E20A 3H1VX 1NGJA 1TUUA 4FWKA 3WXLA 2E1ZA 4CBWA 4YDUA 3H1QA 1ZC6A 3VEYA 1HKGA 3IUCA 4ISFA 2P9SA 4FSVA 2FLOA 2D4WA 1S22A 3A8YA 3C7NB 4DB3A 4AM6A 1NGIA 1SQKA 2P9UA 1HPMA 3R9PA 5FPMA 4PKIA 3MDQA 1K8KB 3H6EA 1DKGD 2QWLA 2BUPA 2P9SB 3EKSA 3CQYA 5JICA 1QQOA 3DXMB 4K41A 3FR0A 4BGBA 3VEOA 3WEEB 2E2PA 3HZ6A 1MA9B 1IJJA 3UE5A 1TYQA 4H5RA 1CZAN 4NB4A 4MLHA 4EAHD 1RFQA 4K43A 4QS7A 3KZBA 3P4IA 4B1ZA 2GWKA 3WXKA 4JNEA 2V7YA 4BRGA 4FO0A 4Z94A 1QZ6A 2IVNA 2ASOA 2A3ZA 1TYQB 4M7YA 1ATSA 4BRHA 5AFUH 3AAPA 4A61A 4BRMA 3L0QA 3ZX2A 4FWRA 1NMDA 3MN7A 4FOIA 3CJBA 3ZX0A 3UKUB 1MWKA 3AARA 1BU6O 4BQZA 2ASMA 2CGLA 1V4SA 3IFRA 2A41A 2FSJA 3VENA 2HOEA 5EOYA 4IJNA 4XH4A 3D7EO 3LDOA 5BPMA 5LY3A 2P9IA 4FWSA 3QDKA 4IXCA 3U4LA 1S3XA 4BR2A 3LDQA 3EZWA 3MCPA 5F0XA 1E4GT 5ELZA 4LC9B 2BTFA 1MWMA 3VEWA 3D2FA 5CE3A 2OANA 4H5WA 5AZJA 3QICA 1D4XA 1IG8A 1YXQA 4WQ5C 1QQNA 3CJCA 1Z6RA 1HX1A 4H0YB 5F1XA 5JLHA 2AP1A 3ATUA 1BWFO 3BF3A 3BP8A 1X3NA 2P9UB 1DGKN 4GY2B 5AQPA 4CZLA 4DQ8A 2YI1A 3QFPA 4CZFA 4JD2B 1Z05A 2V51B 5AQHA 3UKUA 3ULEA 2QWQA 1BDGA 4EIAA 5EXWA 3VETA 4Y0WA 3U8XA 1XQSC 2KHOA 3FZLA 3SK3A 4BRAA 3LDPA 5KPTA 4I6MB 3ZX3A 3OHRA 3J8AA 4H5NA 2D0OA 1ATNA 3VERA 2GELA 4MO4A 2GWJA 1KAXA 1SAZA 3H46O 3SMSA 3MN5A 1E4FT 4BR0A 3U9ZA 3CQXA 2QWRA 1C0GA 2HF3A 3BUZB 4EHUA 3TU5A 1EQYA 1TUYA 3O4WA 3QB0A 4IZ9A 2ITMA 1QHAA 5EX5A 4EHTA 3QFUA 1JCGA 2Q0RA 4BR9A 5BPLA 4J8FA 5LJWA 4HTLA 2P9PA 3ZETB 4I6MA 3HTVA 3W0LA 3EL2A 1Y64A 3BEXA 4CZJA 3AY9A 3MK6A 4MLEA 3FZKA 2HMPA 5AQKA 3AAQA 2E1YA 1U6ZA 4BGAA 4F9OA 4O8KA 2E2NA 1R59O 1XUPO 3A5NC 3O1BA 2Q31A 1U2VB 5EY4A 3A5MC 2NZTA 1NWKA 2CGJA 4FL9A 5LJVA 2QWMA 2YCHA 5BREA 5BR9A 3FGUA 1NGGA 3FLCO 1GLCG 1WUAA 2QM1A 1GLLO 4DHYA 3B8AX 4ISGA 1KAZA 1T6DA 1GLEG 2HF4A 3CJAA 3FZMA 5EVZA 2GTDA 2VCPA 4PL7A 2WUSA 4CZMA 2Q97A 3QMLA 1ESVA 1G99A 1C0FA 4QS9A 4H0PA 1H1VA 2P9IB 1LOTB 3D2EA 3I8BA 2Q0UA 5KPZA 2P9KA 3R8EA 3ENHA 2VYPA 3WT0A 2ZWHA 4BC5A 2V52B 4WQ4A 4BRCA 4BRNA 5AQVA 3CJ7A 2IIRA 2A42A 3LDLA 4FWOA 3CETA 2IVOA 4CZKA 1WOQA 2FF3B 3H45C 2DPNA 2E2OA 2PAVA 4BRLA 3VF4A 4CZGA 3IDHA 5BRDA 4CI6A 4BRQA 2W41A 3ULEB 2GUPA 5AQFA 3HSCA 3DXMA 4RTFD 4RCHA 5AQXA 1GLDG 4BG9A 1YAGA 2I7PA 3UKRB 1NGEA 3GE1A 4PKGA 3WUHA 4PL8A 4BG8A 4BRDA 4CD1A 3KHYA 4KBOA 5F2RA 4B1WB 5E84A 5AQNA 4BC4A 4AM7A 3GDQA 3D2FB 4B9QA 3C7NA 5JLFA 3MMVA 1QZ5A 2QWOA 3D2EB 1BG3A 2ZGZA 1V4TA 4QS8A 1KAYA 4M7XA 3BF1A 5BN9A 3S41A 4BROA 1GLAG 3QBWA 1NM1A 5FPDA 3MN9A 3UB5A 2CH5A 1BUPA 2EWSA 3IMXA 1NLVA 5BRHA 1RDWX 4BRFA 2ZF5O 3O08A 3TPQA 3ENOA 2Q1NA 4XH5A 5AQLA 2H3GX 1NGDA 5AQZA 2IVPA 2Q36A 3WEEA 5ADXH 3O1WA 2F9WA 4H0OA 1X3MA 3RSEB 1J6ZA 1BOTO 3VESA 2QWNA 3GG4A 4BRPA 1P8ZA 5AQUA 2VWBA 2J4RA 1JCFA 2P9PB 3VGLA 3ZETA 4B1XB 3CIPA 5AFUA 1BA0A 3EN9A 3RSEA 3A0IX 3VF2A 4NO7A 3VPZA 3LM2A 5B8HA 3DXKA 1DEJA 4JAXA 3WQTA 4BR5A 5AZIA 4XH1A 4A2AA 3H3OB 3L4IA 1NGBA 4H5VA 4JN4A 3O5BA 3U9DA 1NGAA 2CH6A 1GLFO 4K42A 1ZBSA 3VEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WNSA 2O8CA 4FWNA 2A5XA 1QSSA 4JYAK 5M1PA 2QTDA 4KI6A 4M3XA 5KPRA 3FE1A 2F7TA 4DR3K 3O3HA 1ZBFA 2Q3SA 3DXKB 3Q7CA 3ZSOA 4ID1A 3K2PA 3HXMA 1GOCA 1WN7A 5AQQA 1C0UA 4YDUC 3O9QA 3S3NA 2YHWA 2GV9A 3DWLA 3LAMA 4DWIA 4ZTJA 1J53A 3GOIA 5J2MA 1W0HA 1A5XA 4BVPA 1HRHA 1NMNA 3BDPA 1RDCA 1FK9A 4FLTA 3CYMA 3SUQA 1HUXA 3A5LC 3TANA 4WYBA 1QQMA 2UYTA 3LDNA 1JL1A 1YF5L 4ZTFA 4DFPA 4KV8A 4UQGA 2X6NA 4A5BA 1YVNA 1HLUA 2HHXA 1NBWA 1ILYA 1C1CA 4FOEA 3CJ1A 4KI4A 4N5SA 3SQ4A 4A2BA 3VOVA 1S1XA 4E1JA 3AVHA 5JS2A 1IKVA 3DYAA 1Y97A 1JLCA 3HRGA 1JLGA 4DSKA 3CQ8A 2A6AA 3VEZA 3OJUA 5J1EA 5AQIA 2QK9A 2FSNA 3JXUA 2YHAA 4XIUA 1XWLA 4BR7A 3NH0A 1LAVA 1X9SA 1QQCA 4PA1A 5KQDA 1UA0A 2AA4A 4CHZA 4KB1A 4CGJA 3SQ1A 3BY5A 4YOUA 1ZXOA 4KPYA 3I33A 4O8UA 3DLHA 5SZTA 4CEDA 1TVRA 2GEMA 3O80A 1BA1A 2A40A 4O55A 4LF6K 5FPEA 1JLQA 2D0PA 4JV5K 1C0TA 5AZJB 3PX4A 4FWMA 1JXBA 1IBLK 4JI8K 3G10A 5E26A 2YJEA 2CGKA 4X62K 4FWPA 4CCHA 2KZMA 1EWRA 4DR2K 4AF1A 5IT9O 1RT7A 2PZSA 4JK8A 1VRTA 4I2PA 2BDPA 2ZQBA 3OY9A 3DMJA 4ID5A 4GV3A 4U67L 1XHZA 4CJVA 4QCLA 3NVMA 4CHOA 1WSJA 4RW6A 4JS5A 4CK3A 3FZFA 3TTDA 2KLAA 3AA5X 3SCXA 3A2FA 5AQRA 4BWMA 3SBTA 4DU4A 4W5RA 1NJZA 5DK5A 3DAWA 2DFEA 2NRHA 2P9LB 1NGHA 4H4MA 3PX0A 1TUUA 2QKKA 4TSXA 3IUCA 4CF0A 4BY9C 4ISFA 5C2DA 2D4WA 3A8YA 2YNGA 1NU0A 4OPJA 4CFBA 5FDLA 4FLUA 4EZ9A 1UA1A 4KTQA 1VSJA 1K8KB 3VN5A 2HHSA 3ALYA 2Z1HA 2X74A 3MEGA 3HOTA 2BUPA 3CQYA 1VQ4N 3OYEA 4FJXA 2E5LK 1P90A 1X9MA 1MA9B 1TYQA 3O4NA 1IBKK 1YVUA 4AHVA 4NB4A 1QE1A 3G0ZA 1E3MA 3KZBA 3P4IA 3J7AP 4B1ZA 2V7YA 4BRGA 1KLMA 3HVRA 4ZHRA 2IVNA 1L3TA 2A3ZA 3AVLA 4CEFA 1ATSA 4ILHA 5CYQA 4W5OA 5AFUH 3ULDA 4BRMA 3ZX2A 4FJ9A 1KQSM 4RW7A 1SV5A 1NMDA 2IDOA 3DRSA 5GIPA 3AARA 1BU6O 2OTLN 1NKEA 4N76A 3IFRA 1HMVA 2FSJA 2VG6A 3ZT1A 2HOEA 3CCUN 3U3GA 4NCBA 2Y1JA 3T1HK 3QDKA 4IXCA 4FCYA 2HVIA 4BR2A 4CIGA 1CZBA 1XHXA 1X9WA 4PHTX 3MCPA 4F3TA 1E4GT 5ELZA 2BTFA 3KLFA 4LY7A 4WF9L 3THWB 4H5WA 4J2DA 3QICA 1U48A 3NGYA 3L2QA 1IG8A 3MX2A 3EYZA 1SKWA 4IO9L 3MECA 4Z4HA 4H0YB 5F1XA 2AP1A 3I56N 3NGIA 3ATUA 4JS4A 4CVNE 2P9UB 4NYNA 2YI1A 4JI1K 1K6YA 4JD2B 1VAZA 2DTUA 4EIAA 2A1RA 3OYNA 1I94K 1XQSC 2HNZA 5FRNA 1SUQA 3SUPA 2RF2A 3KK2A 4LD0A 1RCHA 4H8KA 1T05A 4E0DA 2GWJA 3R3LA 3MN5A 3O9TA 4BR0A 2YNFA 3HJFA 3U9ZA 1MU2A 5HROA 3NF7A 3OS0A 4EHUA 1VSLA 4FLYA 2Q0RA 4BWJA 2HBJA 2JWLA 2RHKA 3DI6A 5K14A 2IS3A 4CJSA 4I6MA 3K9KA 1BIUA 1YTAA 4G9ZA 4DR1K 1BISA 5JVHL 2HMPA 4IOAL 4CGGA 4CJUA 1VSIA 1LW0A 4BGAA 4BE1A 4KHQA 4YFUA 3CCJN 4DV3K 2CGJA 4FYDA 4CEEA 5LJVA 1J54A 2YCHA 2O4IA 3V1OA 2Z1IA 1CXQA 3FGUA 3LAKA 2QM1A 2RPIA 2NRTA 5CZ1A 1W97L 4GMJB 2GTDA 3AO4A 3V9XA 5J2PA 4PL7A 3QMLA 4JI0K 1ESVA 4X66K 3VA3A 4JKAA 4X65K 2P9IB 3S3MA 4LF4K 2QI2A 4O44A 2VYPA 4DKWA 1Q86O 3WT0A 2ZWHA 4YOYA 3NDKA 5AQVA 2IIRA 3NFAA 4C8LA 1VSFA 4GVEA 2KKZA 3J80O 1WOQA 2FF3B 2ETJA 4CJFA 3JAMO 3O3GA 2BE2A 3EEQA 3LANA 3CXCM 3ULEB 2KTQA 5HBMA 1KVAA 4MFBA 5AQFA 4FJ8A 5AQXA 1GLDG 1RT2A 3UKRB 3WUHA 2OCEA 4BRDA 3GE1A 4JKDA 4PKGA 3TAQA 1CXUA 2IOCA 3RRGA 2YNHA 2OPQA 5E84A 3M5RA 3D2FB 3MMVA 1I39A 1YJ9N 1KFSA 1TGOA 1L3UA 3LALA 4PUOA 4ILJA 4FZYA 3HO1A 2QA4N 4F2RA 3CFPA 3S41A 3U6FA 1HYSA 1TKZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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