4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
b'MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
4A61A 4JHDB 3AAPA 5LJWA 1ZC6A 2P9KB 1NGIA 4FWRA 3RSEB 3CIPA 2F9WA 2A41A 3DXMB 3JXUA 2CGKA 2QM1A 1TUYA 3O6WA 1JCEA 1NGGA 2AP1A 1X3MA 4F9OA 1V4SA 2ZF5O 5F0XA 1P8ZA 2ASPA 4H0YB 3TU5A 4CZHA 3H3OB 3HM8A 3EKSA 3OHRA 3SJHA 1T6CA 3JS6A 4AM6A 4BRGA 1NGFA 3U4LA 4FWPA 4H5TA 4FOIA 3WQTA 5AFUH 4H5NA 4IO8A 3KHYA 4WQ4C 3H46O 2WUSA 3EKUA 3LL3A 2QWOA 3CI5A 2NRHA 2W40A 1JCGA 5BREA 2D4WA 2NZTA 3U8XA 3GOIA 3CJAA 2P9IA 3VEWA 2QXLA 2V52B 2YHWA 1SQKA 3P4IA 4XH4A 5BRDA 1QQOA 1GLCG 2ZGYA 3GBTA 4PL7A 1QHAA 4CZGA 1SZ2A 3I8BA 4CD3A 3LM2A 4EIAA 4IXCA 5AFUA 3FZKA 1SAZA 3EO3A 1MDUB 4K42A 3U9ZA 3VEOA 5KPRA 2P9IB 3MMVA 1E4GT 1H1VA 3ID8A 4FWNA 5AQHA 4M63C 3H45C 1QQMA 1X9JA 1TYQA 1CZAN 1KAXA 2HF4A 2PBDA 2FXUA 3QFUA 3WUHA 2IIRA 4BC5A 5AQZA 2IVPA 4ISEA 4ISGA 5KPZA 4PL8A 4WQ4A 1S3XA 3U9DA 1YUWA 3HSCA 2VCPA 3LDLA 4YDUC 2E2NA 2IVNA 4CZLA 3SLCA 3CJ1A 4CZIA 2GWJA 3LM9A 1HLUA 3I33A 3ENOA 2F9TA 1ATSA 3A5LC 3VEZA 2E2PA 3TPQA 1DGKN 1BUPA 3QFPA 4BR7A 4QS9A 4FWLA 3A5NC 3HI0A 5F2RA 1R59O 5ELZA 3DJCA 3IMXA 4CZKA 3WT0A 4BR9A 1Y64A 2YI1A 3ZEUA 4DCHA 1NGEA 3MN9A 4FWMA 3FZFA 2UYTA 2V51B 2CH5A 4I6MB 5BPLA 4FOEA 3QMLA 3QBWA 1XQSC 3GE1A 1NGBA 4CI6A 1GLEG 4DB3A 4JN4A 4XEIA 4YDUA 1RDWX 2EWSA 4FO0A 3DXKA 2QWNA 5BR9A 1U2VA 5FPEA 3M1FA 4NO7A 4MLHA 3ZEUB 2QWQA 4LC9B 5AQNA 4CBWA 3EZWA 3A8YA 5E84A 3KVGA 1OKJA 2FF3B 3QDKA 2OANA 4BR4A 3MN6A 3QB0A 4BREA 5I9EB 3M6GA 1ZXOA 2P9NA 2YJEA 2Q0UA 5AQPA 4BRMA 3FFKB 3BUZB 4FWKA 1U2VB 4BRKA 3O1BA 3UE5A 3F9MA 3ZETA 4PKHA 4AM7A 5E26A 4CBXA 3BF3A 5BN8A 5FPMA 1WOQA 2IVOA 2BTFA 4BGAA 4BRQA 1D4XA 1YAGA 3ATUA 2P9NB 1JCFA 2E2OA 3ZX2A 5JLHA 4BRCA 3ENHA 1BWFO 3H3NO 3VGLA 2D0OA 3D2EA 4WQ5C 4DHYA 3ZETB 4HTLA 1HKCA 3DWLA 2QWPA 4Y0WA 4GY2B 1GLBG 2HOEA 4H03B 4KBOA 1C0GA 4K41A 3R9PA 4EHTA 1E4FT 3KZBA 3L6QA 4M7YA 4MO4A 3LDQA 5AZJA 5AQLA 1BOTO 4FL9A 4BQZA 4EAHD 3VERA 1BG3A 4BGBA 3D2EB 1NGAA 3O08A 5AQQA 5FPDA 3GDQA 3CJ7A 1J6ZA 3D7EO 3BEXA 2Q2RA 1X3NA 3AY9A 5BRHA 4MO5A 3WEEA 3MDQA 4B1YB 1GLFO 3LDNA 5AZJB 2CGLA 4CZFA 2Q0RA 3GL1A 2E2QA 1BDGA 1WUAA 2QWRA 2P9PA 1BA1A 5AQIA 5FPNA 2I7NA 4WQ5A 2I7PA 4J8FA 5JLFA 1GLDG 5TKYA 2HMPA 4CD1A 3WEEB 1NMDA 3CQYA 3FZHA 3UKUA 3VPZA 1YXQA 3A0IX 1T6DA 1QQNA 5EOYA 1NGJA 3FLCO 1TYQB 2P9LA 2CH6A 2ASMA 5AQMA 3UKRA 4A2BA 4H0TB 4RWTA 2Q97A 4BR0A 1GLLO 3CETA 2QW9A 2YHYA 3WQUA 3DAWA 4A62A 3W3DA 3J8AA 2Q1NA 3FE1A 3R6MA 3ZX0A 1NGCA 1QZ5A 2FSKA 3UKUB 2CGJA 5ADXH 4IJAA 4IJNA 4H5VA 4RCHA 3VEVA 2GWKA 1IG8A 4M7XA 5AR0A 1XC3A 2P9LB 3H1QA 3LDOA 4K25A 3VEYA 1DEJA 3UKRB 1ATNA 1K8KA 4QS8A 3UB5A 4BC4A 2P9UA 1NM1A 4BR5A 1BA0A 4BRLA 1HX1A 3B8AX 1MWMA 3CJBA 4ISFA 4B1ZA 4CZMA 3O8MA 3C7NA 4H5WA 3BF1A 5JICA 1NGHA 2D0PA 3WXKA 4K43A 3CQXA 3VOVA 5BRFA 5EVZA 1Q18A 1KAYA 3RSEA 5AZIA 3HZ6A 3DXMA 1K8KB 3WXIA 4B1VA 3QBXA 2P9UB 2YCHA 2FSJA 3O1WA 4CZJA 2E8AA 4H0VB 4PKGA 3CHWA 3ZX3A 3DXKB 5AQWA 3C7NB 4EFHA 5AQRA 5AQSA 1T44A 4FWSA 1KXPA 2GELA 2Q36A 2V7YA 3A5MC 3BP8A 4EHUA 3D2FA 4Z94A 3HBTA 5AZIB 1TUUA 2P9SA 4E1JA 2A3ZA 1BO5O 3WXJA 4BRFA 5F1XA 2E1YA 3GG4A 1HPMA 2A42A 3VGMA 5AQFA 4BG9A 2GEMA 4GNIA 4PKIA 2H3GX 3CJCA 5AQVA 2VYPA 2FSNA 4BRPA 4BR2A 4RTFD 5KQ8A 3VESA 3IUCA 1XUPO 1HUXA 3EL2A 4FPBA 5BPNA 1Z6RA 2DPNA 2E1ZA 3W0LA 3L0QA 4B1XB 3D2FB 5LY3A 2P9SB 4H0OA 2VWBA 4DQ8A 4JNEA 3EN9A 4A2AA 4CBUA 2J4RA 4IZ9A 3R8EA 5KQDA 2ZGZA 4HWIA 4O8KA 3VENA 5B8HA 1ESVA 2KHOA 4H0XB 2YJFA 4BRIA 3VETA 5AQGA 3LDPA 1QZ6A 4BC3A 4BRNA 4QS7A 1BU6O 1MA9B 4BROA 4XH1A 3IFRA 3O80A 3MCPA 3WXLA 2GUPA 3A5OC 5CE3A 1LOTB 1IJJA 3SMPA 3CJ9A 2Q31A 1S22A 1Z05A 4BVOA 1DKGD 3ULEA 4L3QA 5AQJA 4BQLA 3ATVA 3FR0A 4JD2A 5JMVA 1ATRA 5KPTA 3IDHA 4CJ7A 1RFQA 3AARA 2GTDA 4IWVA 1GLAG 5BN9A 4FWOA 1RGIA 1LCUA 3VF6A 3FZMA 2P9PB 4BRHA 4B9QA 3VGKA 1YVNA 3ULEB 4BC2A 1C0FA 4BG8A 5AQOA 4JD2B 1NLVA 4H0PA 2NLXA 3L4IA 4WYBA 1HJOA 1ZBSA 1G99A 2W41A 4MLEA 3O5BA 3VF4A 2AA4A 2E88A 2A6AA 1NGDA 4BRAA 1HKGA 1V4TA 3C0BA 1NBWA 2ITMA 4FWQA 4CZEA 3H6EA 1U6ZA 5EXWA 3SK3A 3MN5A 4NB4A 1HKBA 1NWKA 1KAZA 2D1KA 4I6MA 2QWLA 4O5FA 4FPAA 5AQXA 5EY4A 3HTVA 3FZLA 3VF2A 5AQUA 4FSVA 4H5RA 3H1VX 4B1UB 2A40A 3MN7A 3AAQA 5EX5A 4JHDA 3QICA 1GLJO 5AQKA 5AQTA 2P9KA 2PAVA 2FF6A 2QWMA 3CERA 2ASOA 4C23A 5ADXA 5BPMA 3G25A 5AQYA 3MK6A 3S41A 3O4WA 1MWKA 4B1WB 2ZWHA 2YHXA 3M3ZA 4JAXA 4BVPA 1EQYA 2E20A 4BRDA 5LJVA 3VEXA 2BUPA 2HF3A 2FLOA 2V7ZA 4XH5A 3SMSA 3FGUA 2A5XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CYMA 3B6OA 2QKBA 4JHDB 4CGDA 2P9KB 3CIPA 1YJWN 4PHTX 1BL3A 2HBLA 3K9JA 3SQ4A 4JEPA 2QM1A 4HHTA 4FJHA 1R0AA 5CHIA 3ZT1A 2YHBA 1P8ZA 3VQCA 2KZMA 3HPHA 2Y1IA 2G8FA 4Y1CA 1EP4A 3DI6A 2OTJN 1LW2A 1ILYA 1RTJA 3HT3A 4DUZK 3JS6A 3G4SN 1BI4A 4CJWA 5BR8K 4IOAL 3KLHA 5JVGL 1NU0A 4U7BA 4AHRA 3TTDA 2YNIA 1XMOK 5FDLA 3SQ1A 1C1AA 3VMFB 3KHYA 3P38A 4WQ4C 3LL3A 3OYAA 5LL6Z 2QWOA 2R7YA 4JI0K 1FJGK 2NRHA 1JCGA 5BREA 1WLJA 1BI4B 3L2UA 5FROA 3VEWA 2YHWA 4YHHK 1T7PA 5CZ2A 4CF8A 3NH2A 1QS4A 2ZGYA 1UAXA 2NRXA 3KLIA 1SZ2A 4BDPA 4B9NA 3PLAA 3TARA 5AFUA 1SAZA 4C1NK 3U9ZA 4ID5A 5GIPA 4FCYA 3KJVA 3ID8A 2X78A 2KTQA 4FLWA 3V4IA 3A2FA 1X9JA 2P5OA 1TYQA 2P51A 1YIJN 1Q7YO 3ZSOA 3KLGA 4JI8K 2HB5A 1VSFA 3IRXA 4ISGA 3U9DA 1YUWA 3MEGA 3HSCA 2E2NA 2IVNA 5K14A 5HRPA 5DM6L 2OZMA 4O44A 2QK9A 3CC4N 3K57A 1C1CA 4OO1J 1WB9A 3K5OA 2NRRA 4FZZA 4HUEA 5IWAK 4JKHA 1XHXA 4BR7A 1X9SA 1ASWA 1MU2A 3HI0A 5ELZA 5I3UA 1IBMK 4QCLA 1I3AA 2YI1A 1T8EA 4DCHA 1NGEA 1TKTA 3CCLN 2V51B 4LF7K 4CF9A 4OPJA 2CH5A 4RG8A 3GE1A 3C6HA 4KAZA 1GLEG 3HVTA 4JN4A 3HK2A 3TAGA 4B3MK 4JK7A 4B8AB 2NNWA 5BR9A 2QWQA 4O5BA 5M1QA 5HL7L 3KWIA 5E84A 3QO9A 1S9GA 3MN6A 3M6GA 1ZXOA 3CCQN 4CEZA 4A5AA 2YJEA 5AQPA 1NNEA 2Q3SA 3VQ6A 1HRHA 4BRKA 3O1BA 3UE5A 3SUOA 3SBTA 4J2DA 4CBXA 3KD1E 4DV6K 1BIUA 4F4KA 3FFIA 4DTPA 3ZX2A 2HBKA 3SQ0A 3V6DA 3S3NA 2UUAK 4BRCA 3ENHA 4WE1A 2D0OA 1XWLA 2F7TA 4CEDA 3OA9A 1RTDA 3WNEA 4YOTA 3OYJA 3KK1A 3MEDA 2PZSA 3DWLA 2QWPA 5FLXO 4GY2B 5CY4A 4FJNA 1C0GA 4K41A 2FBXA 4OPHA 3CYMA 4EHTA 4CJTA 1E4FT 5AZJA 3LDQA 3VERA 2DY4A 4OPAA 4B9SA 3ULDA 3HPOA 2JWLA 1HNVA 4KHQA 4CIFA 1WSGA 4O55A 4MO5A 3WEEA 3MDQA 1S6PA 4B1YB 2RE2A 2Z1IA 4BDYA 5AZJB 5DK5A 1Q81O 4LH4A 1HPZA 4CJFA 4JKAA 1N6QA 5FPNA 4WQ5A 4J8FA 2O8DA 1LAWA 2DFEA 5E41A 1GLDG 4DFPA 5GAEP 5HLFA 4CHQA 2HMPA 1Q8IA 3V9SA 3WEEB 2B5JA 3TR8A 3UKUA 3FZHA 4JS5A 4ZHRA 1T6DA 1JL2A 5KRSA 4DSFA 3PSIA 3FLCO 1FXXA 1YHQN 2ASMA 5AQMA 1XI1A 4E7LA 2O8DB 4H0TB 4IEIA 3U6FA 1GLLO 3CETA 3F5TA 5MLCQ 1WSHA 4JRPA 2XY7A 4JV5K 4LFCK 3TTCA 2IGIA 3HP9A 1IG9A 3CF5L 2KW4A 3J8AA 3W3DA 2Q1NA 2E5LK 2QKKA 3JSMA 3K5MA 3ZX0A 2ZQBA 3UKUB 3HP6A 1IKWA 5AR0A 3H1QA 3LDOA 4K25A 3SUNA 1N33K 1ATNA 1KLMA 4QS8A 3NH1A 1BA0A 4RW9A 4H5WA 1W7AA 1C0MA 2D0PA 3EYZA 3E9LA 4DTUA 5CZ1A 3CMAN 1SKSA 1TAQA 3VOVA 3IKMA 1Q18A 4JYAK 5AZIA 3DXMA 3QIOA 4J2BA 3QETA 3MXIA 3VQ4A 1L3UA 1X9MA 4EFHA 3CFOA 3VQ9A 3T1AA 5AQSA 3NF8A 3LZJA 3BP8A 1J53A 1O1WA 4WFBL 4DR3K 1QHTA 3HBTA 5AZIB 4E1JA 3RMAA 1BO5O 4CGIA 3L4QA 1U45A 5F1XA 1XMQK 3GG4A 3NVMA 2O8CA 4JKGA 3ZLJA 5AQVA 4EP4A 4BR2A 5KQ8A 3VESA 3V81A 2PFUA 1XUPO 1HUXA 3EL2A 5BPNA 4DV1K 2E1ZA 2DPNA 3W0LA 1S1VA 3L0QA 3T7ZA 4B1XB 3JYTA 4H0OA 4CEEA 4JKDA 4DQ8A 1WBBA 2RKIA 4A2AA 3SUQA 2J4RA 1IKYA 2P1JA 4UY8O 2O8CB 3SAFA 5FRNA 5B8HA 1EXQA 4LFAK 3OYEA 3J7AP 1BQMA 3J7ZO 4E7HA 1NKCA 1FKPA 4GV6A 1QZ6A 4H4MA 4QS7A 1BU6O 2WBNA 4BROA 5C24A 3QEPA 4CJLA 4KHPK 2EX3A 1W2BM 2GUPA 5CE3A 1LOTB 4KRFA 4ELVA 5M1NA 5JMVA 3O9RA 3OYLA 4KFBA 4KTZA 3AARA 4RW8A 4YY3K 2KZZA 1TKZA 2WONA 2GTDA 3LANA 5I42A 5BN9A 4CVNE 3ZT0A 3DMJA 1TK5A 3KLFA 1KVCA 5KGXA 4CJ5A 3RR7A 2P9PB 4B9QA 3VGKA 3ZCMA 1JL1A 3SNNA 4BC2A 4IOCL 1XNQK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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