4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
b'MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
4WQ4A 4WQ5A 4B1VA 5E84A 2GWKA 2I7PA 3FLCO 3RSEA 5AQPA 1K8KA 4K25A 5AQFA 1C0FA 1XUPO 5BN9A 2VWBA 4MO4A 3U8XA 1NWKA 4BGAA 4EHTA 4EIAA 3M1FA 4PL7A 3VF6A 1QQOA 4A61A 1RDWX 4HTLA 3U9DA 3DXKB 3ZX0A 4FWRA 5AZJA 5AQXA 3R8EA 5AFUA 2GTDA 4MO5A 3WUHA 5EX5A 2QWQA 4J8FA 4K43A 1DEJA 3IFRA 3D2FB 3ULEB 3O5BA 5JMVA 3FZFA 3MDQA 3S41A 3LL3A 4GY2B 4CZFA 2QWRA 4BC4A 4Y0WA 3VGLA 3H3NO 5AQSA 3VEWA 4M7XA 5AFUH 2FSJA 2ASPA 4FPBA 3A0IX 5BPMA 5AQUA 4XH4A 4BRNA 1CZAN 2UYTA 1IJJA 5I9EB 3R6MA 3C7NB 4FL9A 4K41A 3VGMA 2QW9A 2HF4A 3GE1A 5F1XA 4CZJA 2E2NA 2EWSA 3ENOA 1G99A 4FWOA 1Z05A 2P9KA 3GDQA 4F9OA 4CBUA 4LC9B 3WXLA 4IJNA 1GLFO 4AM7A 4BROA 1NMDA 2IVNA 3EZWA 1V4TA 2OANA 3M6GA 3CJAA 2AA4A 3UKUB 4L3QA 4BR0A 3I33A 4MLEA 4IXCA 3R9PA 1HKBA 2QXLA 2QWNA 2E2OA 4BRFA 2YJFA 3AAPA 3EN9A 4H5RA 4CZLA 4DCHA 1X3NA 3WEEB 3VEZA 4BRLA 3D7EO 3FE1A 3VEVA 3A5LC 4E1JA 5BREA 3OHRA 4IZ9A 3GL1A 1NGBA 4BRAA 4H0TB 5AQVA 1KAZA 2E88A 1TYQA 5EXWA 4A2BA 3ATUA 1IG8A 2P9IB 5AZIB 1T44A 2CGJA 4YDUA 3O80A 2NLXA 2E8AA 4BRCA 2BTFA 2YHYA 2Q97A 3D2EB 3W0LA 3VGKA 1XC3A 3DAWA 1YUWA 3VEYA 3U9ZA 3VEOA 1QQMA 3VETA 4C23A 1U2VA 3QICA 4FWNA 4JHDA 3HM8A 4CD3A 3CJ7A 4MLHA 4NB4A 4WYBA 4BREA 2Q36A 2V51B 3IDHA 3ZETB 3FR0A 5B8HA 3H45C 1MWMA 1KAXA 2V7YA 3KHYA 3WXIA 5F2RA 1NGAA 5AQYA 2FSNA 2W41A 4BC2A 1SQKA 3GOIA 4PKHA 5AQOA 4O8KA 4NO7A 1TUYA 3L6QA 4CZMA 4BRGA 2YCHA 4BRIA 1BOTO 1BA0A 3DXKA 2Q0RA 3KVGA 5AQHA 1ESVA 5AQIA 3ULEA 2J4RA 3KZBA 3WQTA 1C0GA 3DXMB 1GLDG 4FOEA 4H03B 4H0VB 5AQMA 1Y64A 3LM9A 3J8AA 2YHXA 3FZMA 4FWQA 3ENHA 1X3MA 1KXPA 3BEXA 1NGDA 4PKGA 3TPQA 2E2PA 1RFQA 1LCUA 3C7NA 3H1VX 1QHAA 4EFHA 2FF6A 3VF2A 4CZKA 3EL2A 1T6CA 1WUAA 1YVNA 5FPDA 3GG4A 4ISEA 4PL8A 1JCFA 2A40A 2BUPA 2CH5A 2HMPA 3O1WA 4BRKA 1K8KB 4IWVA 5EY4A 4CZGA 3WT0A 2ZGYA 1QQNA 4B1XB 3HTVA 1DGKN 5BRFA 5BPNA 3BP8A 2QWLA 3EKUA 3UKUA 1T6DA 3IMXA 4JD2B 3EO3A 3B8AX 4B1UB 3CIPA 1HX1A 1GLEG 3I8BA 4H5WA 5AQKA 2PBDA 2I7NA 2W40A 4BVOA 4PKIA 2D0OA 2A6AA 4BR4A 2YI1A 3H6EA 5FPNA 3ZEUB 1NGGA 3WEEA 2WUSA 1X9JA 1OKJA 1NGEA 4EHUA 3CJCA 3H46O 2QM1A 3FZKA 3ZX2A 3MCPA 4IO8A 5CE3A 2QWMA 4GNIA 4BRQA 5LJWA 4FSVA 3VENA 2GELA 3IUCA 2P9IA 3HBTA 5AZIA 4JNEA 5KPRA 3A5NC 1YAGA 3O1BA 1S3XA 5EVZA 3D2EA 2F9TA 4CBWA 2NZTA 2CGKA 2Q2RA 4RWTA 3GBTA 2P9PB 5KPTA 4CBXA 4BC5A 3MN9A 3O6WA 2P9KB 3SLCA 3EKSA 2P9LB 3CETA 4FOIA 4HWIA 1HPMA 1NM1A 4I6MB 4BGBA 2YHWA 1BDGA 1V4SA 3FZLA 2HF3A 3ZETA 4BR7A 3ID8A 5AQNA 4BG8A 3MN5A 3ZX3A 1Z6RA 1MWKA 4CZIA 3WXKA 3MN6A 1HKGA 3BF3A 1NGFA 4H5VA 2E1ZA 1NGCA 2P9SB 3QBXA 2D0PA 3QB0A 3P4IA 5JLFA 2ASMA 3HSCA 3DJCA 3O08A 4B1YB 4H0YB 3AY9A 5EOYA 1MA9B 4JAXA 4BQLA 1JCGA 4ISGA 1E4FT 2E1YA 4FPAA 3BF1A 3ATVA 3VEXA 5BPLA 4ISFA 4RCHA 4CZEA 1BA1A 4B1WB 4M63C 4DQ8A 2NRHA 5E26A 5FPMA 4BR5A 2QWOA 3L4IA 3H1QA 5LY3A 1ZBSA 3UKRB 1ATRA 1QZ5A 3H3OB 4H0XB 4BRDA 4WQ4C 3W3DA 4WQ5C 2CGLA 3D2FA 2ZWHA 1H1VA 1ZXOA 3MN7A 2D1KA 2P9NB 3SK3A 1BO5O 3AARA 3JXUA 1ATSA 2H3GX 5ELZA 4CD1A 4CI6A 2P9UB 1DKGD 3A5MC 4IJAA 4O5FA 4CZHA 3FGUA 3QFUA 1GLJO 2A42A 1TUUA 4AM6A 5BRDA 2A5XA 4BRHA 3C0BA 3AAQA 4H0PA 4FWPA 2ZF5O 2IVPA 3QMLA 4JD2A 5FPEA 3CQYA 4QS8A 3G25A 1GLAG 1R59O 3LDOA 3O8MA 3RSEB 5AQJA 3VOVA 3FZHA 4BG9A 1SZ2A 3QBWA 3ZEUA 1XQSC 3JS6A 2E20A 2QWPA 5AQGA 3L0QA 3WQUA 2GEMA 1WOQA 2V52B 3LDLA 3UE5A 1GLLO 5BRHA 5AQTA 5AQZA 3O4WA 4FO0A 5KPZA 3CJ9A 2VYPA 3VERA 1BWFO 5BN8A 5LJVA 3SMSA 2AP1A 2FF3B 2ASOA 2Q31A 4B1ZA 5BR9A 1EQYA 5AZJB 4A2AA 3SJHA 4FWKA 1NLVA 4XEIA 1U6ZA 1ZC6A 2IIRA 3WXJA 1LOTB 4A62A 3F9MA 3CERA 4H5TA 4DHYA 4FWMA 3VPZA 2P9PA 3SMPA 1BU6O 2D4WA 5ADXA 5JLHA 5KQDA 3CQXA 2Q0UA 3FFKB 2P9LA 3LDPA 3M3ZA 4JN4A 4QS9A 3MK6A 5F0XA 5AQLA 2F9WA 5JICA 4I6MA 4EAHD 4K42A 1RGIA 5ADXH 1S22A 3LDNA 4XH5A 5AR0A 4FWSA 1GLBG 2P9SA 3HZ6A 4H0OA 5AQWA 3BUZB 3MMVA 3U4LA 1GLCG 5KQ8A 1HKCA 4CJ7A 1NGIA 3DWLA 3HI0A 3VF4A 4XH1A 4BC3A 2VCPA 4YDUC 5AQQA 3VESA 3QFPA 2FXUA 3CHWA 3CJBA 4M7YA 4BR9A 4BRPA 1NBWA 1J6ZA 4BR2A 4RTFD 1Q18A 3A8YA 2FLOA 4BRMA 1P8ZA 1MDUB 3QDKA 4Z94A 3CI5A 2YJEA 2CH6A 1JCEA 2A3ZA 3UB5A 3LM2A 5AQRA 1BUPA 2A41A 1E4GT 3UKRA 2DPNA 1TYQB 5TKYA 4B9QA 2V7ZA 2HOEA 3DXMA 2FSKA 2P9NA 1ATNA 4BVPA 3CJ1A 3TU5A 2Q1NA 2ITMA 4BQZA 2GWJA 4QS7A 2E2QA 2ZGZA 2IVOA 2P9UA 3A5OC 1HLUA 1HUXA 1HJOA 1BG3A 1NGHA 1SAZA 1D4XA 1U2VB 4FWLA 1KAYA 4DB3A 4JHDB 1NGJA 1QZ6A 2PAVA 3LDQA 2GUPA 4KBOA 1YXQA 4H5NA 2KHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEXA 1EWRA 1IKYA 4DR5K 3SI6A 4KKOA 1RDBA 4LFBK 3RSEA 4CHPA 4B8AB 2JGUA 1RBVA 3LPTA 4JK9A 4CF0A 1EXQA 1F21A 4FLXA 3KLHA 5DM6L 1RT1A 3U8XA 3ZYYX 5H1SQ 1NJYA 4EHTA 1JLAA 2O8EA 2FBTA 5HL7L 3AA5X 2O8CA 1RDWX 2DTUA 3O9QA 3U9DA 3HSTB 5CYMA 3ZX0A 2FBXA 5KTQA 3R8EA 4CEBA 4B9TA 4DV1K 3G71N 3J80O 3D2FB 3ULEB 5JMVA 3TTDA 4IO9L 1Q9XA 4ICLA 2XRIA 3H3NO 1SV5A 1LWEA 2FSJA 2RPIA 2OZMA 3PSIA 4FPBA 5AQUA 3T69A 3KD5E 1KFDA 1CZAN 3NDKA 2QK9A 1IJJA 4DQIA 4RW9A 3VGMA 4KI4A 5F1XA 1NJIO 2E2NA 2EWSA 2VG7A 4DTUA 4FWOA 4OPHA 4F9OA 4KTQA 4LF6K 5HRPA 4LC9B 1YIJN 3MEDA 4LSLA 4JKCA 4BROA 1NMDA 4B3RK 3C6HA 2GX9A 2FBYA 3CJAA 4CJ3A 1WAJA 1YI2N 4FJJA 4M3YA 4F2SA 4BR0A 2HHSA 1GOAA 2QWNA 2YJFA 1CZBA 4CHQA 3J81O 4BE1A 4DCHA 1NK0A 3VEZA 1L3SA 3D7EO 5BREA 2X74A 3OHRA 3VQ9A 1NGBA 4I2QA 5AQVA 3CCRN 4DS4A 1KAZA 3LWLA 1KQSM 5JS1A 2F96A 4DTOA 2E88A 2AJQA 3QETA 3NH1A 4C8KA 3ZSXA 1T44A 3K2PA 4YDUA 3EY1A 2QTDA 4BRCA 4EP4A 4CJWA 3L2VA 4JS4A 2Y1IA 2Q97A 3D2EB 4TSXA 3U3YA 1HYSA 3VEYA 3VEOA 1TV6A 1QQMA 4DV0K 1BCMA 3KKRA 3OS2A 4ELTA 2O8FA 2HHTA 3MX5A 3QNNA 3J7ZO 4NB4A 2EHGA 2BE2A 4HUEA 4CFDA 1SKSA 3IDHA 3FR0A 4DU4A 3VQDA 3H45C 1HNZK 2X6SA 1SL1A 1BL3A 1KLMA 3WXIA 1FW6A 3PIOL 1EWQA 2W41A 4BC2A 3GOIA 4O44A 3SJJA 3VMFB 1B9FA 1VSDA 3AO2A 1BOTO 2Q0RA 1HNIA 3MWPA 4CJSA 1BGXT 3E9PA 5AQIA 3K5NA 5CHIA 1WSJA 4LFCK 3KK2A 4H03B 5AQMA 4KHNA 4YFUA 3T3FA 4CF1A 1Y64A 3J8AA 4X65K 4DFKA 3SUQA 1C1AA 1RDAA 3WNGA 4DQRA 2PYLA 1KXPA 3QO9A 1NK7A 3BEXA 1NGDA 1VSFA 4PKGA 4OKJA 3VQ7A 1T03A 3C7NA 1S1UA 3H1VX 4B8CA 2FF6A 3EL2A 4PHTX 5C0YA 4ID1A 1T6CA 4OLAA 3K58A 4CFBA 2XY7A 2ZD1A 4G1QA 2BUPA 2YHBA 3JAMO 1XNQK 1VSMA 3AO4A 2YKMA 3E1YA 4IWVA 1J5OA 3WT0A 2VQEK 2O4IA 1JJ2M 1DGKN 2G8IA 2QWLA 3UKUA 3HM9A 3HJFA 4RW4A 3AVMA 1NJXA 3I8BA 3IAYA 2I7NA 2W40A 3SBTA 3L3VA 4YY3K 2D0OA 2F8TA 1NGGA 3BY5A 3WXMB 3TTFA 2RF2A 1X9JA 3S3MA 3SCXA 3NFAA 3L8BA 1C1CA 4AQYK 3AVAA 5J1EA 4BRQA 3VENA 2G8FA 2GELA 3TANA 3SUNA 2P9IA 3HBTA 4U67L 1YAGA 3SBGA 1HR0K 1YF5L 2OTJN 4E3SA 2ATQA 2F9TA 3HPOA 3C6TA 2P9PB 4Z4GA 2D5RA 3O6WA 3CCSN 2P9KB 4E7HA 4IOAL 3SLCA 1HNVA 2P9LB 3CETA 2ETJA 4LH5A 3CCLN 1HPMA 4E1MA 3L3UA 1V4SA 3ZETA 3MN5A 3ZX3A 3VQ6A 3SYZA 1Z6RA 1WBBA 3WXKA 1HKGA 3LALA 1WSEA 2YNGA 1T7PA 2D0PA 3DOKA 4FLTA 3P4IA 4RG8A 3M8SA 3DYAA 4MQ3A 4H0YB 2UXDK 3PX6A 4O8UA 4CEZA 3UIQA 3LP1A 4L8RB 3BF1A 3NBPA 4K8XA 2NNWA 4B9UA 4OX9K 4RCHA 1TVRA 4GV3A 4J2AA 3I0RA 1Z25A 4DTSA 3CF5L 4AH9A 5FPMA 1VSLA 3L4IA 1A5WA 1RDDA 3OYAA 1ZBSA 3UKRB 2IDOA 1NJWA 4H0XB 4N41A 4BRDA 1VSJA 2JWLA 4ILJA 4GVMA 3AVHA 4E7KA 2D1KA 3V9UA 3IKMA 3SK3A 4KPYA 4WFAL 2W6LA 1UAXA 4DV3K 1YITN 1ATSA 3OS1A 4E7JA 3TAEA 4CD1A 1NK4A 4CI6A 4QAGA 4G9ZA 2DFHA 3ZCMA 4PQUA 1TUUA 1X9MA 5BRDA 2F8SA 2ZF5O 2O8DB 1YJWN 4LF5K 3SPYA 3AVIA 5FPEA 3CQYA 3FFIA 1R59O 3LDOA 5LL6Z 3QBWA 3ZEUA 1XQSC 3AA4A 1U04A 3VA0A 3L0QA 4M3UA 1LAWA 4DV5K 2V52B 3TAGA 3O9TA 2XHBA 2XY6A 3LDLA 1GLLO 3TWHA 1OVQA 5BN8A 3SMSA 4KHSA 4B1ZA 1VQLN 4A2AA 1KSPA 4FWKA 1NLVA 5M1NA 1U6ZA 1ZC6A 3NCIA 1LOTB 3O3HA 3QNOA 3O4QA 3OYBA 4KHQA 3LP0A 1N33K 4FWMA 3NGIA 5JLHA 3ZT4A 5KQDA 3A2FA 3J7YP 3FFKB 3KLEA 4KH4A 4CGIA 5HP1A 3AA3A 3C65A 5JICA 2OTLN 1HRHA 1VK0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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