4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
3QDKA 5BPLA 1X3MA 2VWBA 4FPAA 1QZ6A 3IDHA 3UKRA 3VPZA 3EKUA 1MWMA 5AQWA 5EVZA 1GLAG 4FWKA 4FO0A 4CZJA 3SK3A 4BC3A 3DXMA 5I9EB 4BQZA 4RTFD 3KVGA 4Y0WA 2FLOA 4BGAA 1NGHA 4QS8A 3IUCA 1HPMA 4BREA 5TKYA 5JICA 4MLHA 4IXCA 4BRKA 4FWMA 4B1ZA 1YXQA 5LJVA 4CZIA 1NWKA 4K41A 3VF6A 3JXUA 2OANA 1NGDA 4B1VA 3VEXA 3S41A 3MCPA 1E4GT 4FSVA 3O1BA 3MN7A 2NZTA 3UKUB 3VGLA 2CGLA 5AQQA 2GTDA 2CGJA 3QBWA 4WQ4A 3VOVA 3MN9A 4BR7A 1KAZA 2W40A 5KQ8A 4FWPA 3FGUA 3BUZB 1ATSA 2F9TA 2P9LA 4EAHD 4CZGA 1GLLO 3A8YA 4CI6A 1IJJA 4B9QA 1GLEG 2FF6A 2UYTA 5JLHA 2A3ZA 1K8KA 3QFPA 2HF3A 2P9KA 3FZMA 3MDQA 3AAPA 3HTVA 4A2AA 2QWMA 4FWRA 1BUPA 1QQNA 2D1KA 4HTLA 4ISEA 3GG4A 3ZETB 1X3NA 1HUXA 4H0YB 1MWKA 4MO5A 4JN4A 3A5NC 4QS7A 4B1XB 4BG8A 4H5VA 2J4RA 3ULEA 4JD2A 1NBWA 3M6GA 1NGAA 1ZC6A 4I6MA 4FWSA 5AQTA 1WUAA 2E8AA 5AQOA 4RCHA 2Q97A 3CHWA 2VYPA 2GELA 4A61A 1U6ZA 2V7YA 4H03B 3W0LA 1Y64A 3LL3A 3SJHA 2HOEA 2P9SB 4YDUA 1YUWA 1E4FT 1JCGA 4E1JA 5FPNA 5AQXA 1T6CA 2EWSA 5CE3A 3D2EA 2A5XA 3FFKB 3RSEA 4H0XB 3DJCA 3HBTA 1DGKN 1EQYA 4H0PA 2GUPA 4BR0A 2Q0UA 2QWNA 1HJOA 2AA4A 4BQLA 4BRFA 3WXIA 5BR9A 2E2PA 4JAXA 2F9WA 2V52B 1GLBG 3LM9A 1SQKA 4DQ8A 1U2VB 3AAQA 3BP8A 3VEYA 3LM2A 2YCHA 2Q31A 2ZF5O 3GDQA 3H45C 3WXJA 3VEWA 3EN9A 3CJCA 5LJWA 2GWKA 3HSCA 1ATRA 4HWIA 3FZFA 2YHYA 1JCFA 4GY2B 3DXKB 1SAZA 2GEMA 4NO7A 4M7XA 3ATVA 1Z05A 3F9MA 5AQJA 3M1FA 1S22A 1S3XA 1DKGD 2I7NA 5BN9A 1LOTB 3BF3A 4BR4A 4EHTA 3WXLA 3HI0A 4K42A 4F9OA 1OKJA 2QWOA 3O6WA 3VGMA 4BRMA 4IJNA 4BC2A 4BRHA 4IZ9A 1QZ5A 4ISGA 3UKUA 2Q0RA 4FWNA 2QW9A 3CIPA 1YAGA 1KAXA 3FZHA 5AQFA 3SMSA 4JNEA 4DCHA 5BRHA 5BREA 1BO5O 5AQRA 1NGEA 4FWOA 1WOQA 2FSKA 2P9IB 4EFHA 4H5WA 2QWRA 2ASOA 4CBUA 5EX5A 3L6QA 3QICA 1T6DA 1TYQB 3FE1A 4MO4A 5AZIB 3UB5A 3WT0A 4BG9A 3U4LA 3UE5A 5AQHA 3H3OB 2Q36A 3FZLA 2YHXA 3TU5A 2VCPA 2WUSA 5JLFA 2AP1A 3ZETA 1V4TA 1BWFO 2QWPA 3FLCO 5AQZA 4NB4A 3CJ1A 1BA0A 3O1WA 4XEIA 2NRHA 2I7PA 3GBTA 3CJAA 3CERA 4CZKA 4XH4A 4WQ5A 3WEEB 5AQNA 3WXKA 1GLFO 3BF1A 3EL2A 2YJEA 3VF4A 1T44A 1C0FA 2P9SA 2QWQA 3QB0A 4PKGA 5AFUH 5AFUA 5KPTA 3QMLA 3LDLA 2DPNA 2FXUA 3GL1A 1G99A 4C23A 2FF3B 4BC5A 2Q2RA 3D2FB 3C7NB 1ZXOA 2YJFA 3AY9A 3CJBA 3H1VX 1V4SA 3JS6A 4M63C 3LDOA 5AQSA 1HKBA 2IIRA 1NGJA 4FOEA 1HX1A 2IVPA 2P9UB 2HF4A 4H5RA 2P9PA 3ZX2A 4CZHA 3O4WA 3LDPA 2GWJA 5ADXH 4CBXA 3A5OC 3EO3A 3I33A 1U2VA 4BRQA 1QQOA 1MA9B 5EY4A 3WUHA 3FR0A 1SZ2A 1NLVA 5AQIA 3VESA 2D4WA 1Z6RA 3GE1A 2P9NB 4BRNA 3B8AX 5E26A 3ZX0A 2ITMA 3M3ZA 3KZBA 1NGBA 2CH5A 3L4IA 5AZJB 2NLXA 1KXPA 2ZGZA 5F2RA 3DXKA 4H5NA 5AQVA 4BRLA 3SMPA 2IVNA 4B1WB 2BTFA 3D7EO 4ISFA 1ESVA 5EXWA 5AQYA 4BRAA 3VENA 3MK6A 1X9JA 3ID8A 4BVPA 4J8FA 4GNIA 5AQGA 3O08A 4CBWA 2E1ZA 3O8MA 3ZEUB 4BR9A 4BROA 1TUUA 1ZBSA 5JMVA 3VERA 3SLCA 2D0PA 4BRIA 5BN8A 3BEXA 2ASPA 2BUPA 4EIAA 4BR5A 2P9IA 3H6EA 3KHYA 1CZAN 1LCUA 4WQ4C 5BRFA 3TPQA 3U9DA 3CETA 4B1UB 1XUPO 4EHUA 1TYQA 2E2NA 5AZIA 4FWQA 5KPRA 3I8BA 1HKCA 3DAWA 3OHRA 2YI1A 3LDQA 2A41A 3U9ZA 3U8XA 4BRDA 2PAVA 4XH5A 3EKSA 1DEJA 5AQMA 5BRDA 3R9PA 4O8KA 3MN5A 4IWVA 1BA1A 4AM7A 4WQ5C 1C0GA 1XC3A 4CZFA 4CD3A 4BR2A 5F0XA 1Q18A 4WYBA 4O5FA 2PBDA 4JHDB 1BU6O 3CJ7A 1HKGA 3AARA 2IVOA 3QFUA 3WEEA 1IG8A 4XH1A 3ENHA 1BOTO 1TUYA 2D0OA 3VEOA 4H0TB 3UKRB 3CI5A 2ZGYA 3WQUA 3HZ6A 5AQKA 3DXMB 1P8ZA 4IJAA 3A5MC 3D2FA 4IO8A 4YDUC 3C0BA 3C7NA 1QQMA 3J8AA 3O5BA 4PKIA 5EOYA 2A6AA 1BG3A 3W3DA 3GOIA 5AQPA 2P9UA 3VEVA 2HMPA 3ATUA 3WQTA 2A40A 2Q1NA 2QM1A 4PL8A 4RWTA 1GLCG 3QBXA 1J6ZA 3MMVA 5FPDA 3FZKA 4BGBA 4BVOA 3IFRA 1GLJO 1RFQA 2P9NA 4MLEA 3EZWA 1R59O 2H3GX 1BDGA 4L3QA 1JCEA 3HM8A 3VETA 3P4IA 4PKHA 3VGKA 5AZJA 2E1YA 1H1VA 5B8HA 1YVNA 2V7ZA 1XQSC 5LY3A 2E2OA 4A2BA 4CZEA 3R8EA 3O80A 5FPMA 5AR0A 1MDUB 2CH6A 2CGKA 3G25A 1NGIA 5ADXA 5BPMA 4QS9A 4B1YB 1HLUA 3R6MA 1RGIA 3IMXA 2E88A 2YHWA 2P9LB 3A0IX 1KAYA 5KPZA 4A62A 2FSNA 3ZEUA 5F1XA 4FWLA 4FOIA 2V51B 1QHAA 2QWLA 3DWLA 1K8KB 2P9KB 2ZWHA 2ASMA 2FSJA 4LC9B 2QXLA 3H46O 4FL9A 3H1QA 4DHYA 1NGGA 1NGFA 4H0OA 3ENOA 4KBOA 3CQYA 4M7YA 4Z94A 3H3NO 1GLDG 3ULEB 4JD2B 1NMDA 3LDNA 4I6MB 1NM1A 4BRPA 4CD1A 3CJ9A 4H5TA 2E20A 3VEZA 4K43A 4BRCA 3A5LC 5AQUA 2KHOA 2A42A 5AQLA 2P9PB 4K25A 4H0VB 5KQDA 4DB3A 3MN6A 2E2QA 3L0QA 5BPNA 4AM6A 3VF2A 5E84A 1ATNA 3ZX3A 4BRGA 4PL7A 5FPEA 1D4XA 4JHDA 1RDWX 2W41A 5ELZA 4CJ7A 4CZLA 3CQXA 1NGCA 3D2EB 4FPBA 4CZMA 4BC4A 3RSEB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCSN 1ZBFA 1X3MA 4DR6K 1QZ6A 3UKRA 3EKUA 1MWMA 4ILJA 4DLEA 3SK3A 4DR5K 4AILC 4BQZA 1KLMA 1FJGK 2KTQA 5HL7L 2O8FA 1Q86O 4BGAA 1NGHA 1YIJN 4QS8A 3LP2A 3VQ9A 4KHPK 4DV4K 4BREA 2HHHK 2QK9A 1BL3A 4FJKA 1T3VA 4MLHA 4BRKA 3AO5A 3VF6A 1IO2A 2OANA 3KIOA 4B1VA 2Z1HA 1T05A 5GAEP 4MQ3A 4KI4A 3HPHA 4FSVA 3O1BA 3IG1A 4B9NA 3AGKA 4KTZA 4FLVA 1VSIA 3CG7A 4NCBA 4Y1DA 2CGLA 3OYBA 3BDPA 4J2AA 3VOVA 3QINA 3AV9A 5H1SQ 1Y97A 3E01A 4GVMA 4CHQA 2F9TA 4Z4GA 3QNNA 4WCEL 2RN2A 3HOSA 4PUOA 3A8YA 4OGCA 3MAQA 1JLFA 3P1GA 2FF6A 4RW6A 2A3ZA 1K8KA 3QFPA 4PY5A 1TL1A 4FWRA 1QQNA 2D1KA 2O8BA 2DFFA 3GG4A 3KWIA 4MO5A 2JWLA 4UY8O 1S9GA 4RW4A 4BG8A 1NOZA 2J4RA 1C0UA 2F8SA 1ZC6A 2VGNA 4IEEA 1C6VA 2E8AA 4C1NK 1WSIA 2V7YA 1CZ9A 3F5TA 3W0LA 1YTAA 3SUQA 1RBUA 1S6QA 3LL3A 2NNWA 4DG1A 1YUWA 5KGXA 2QTDA 4CFBA 3TAPA 3QEIA 2PFUA 1YI2N 1EP4A 2B4JA 1WLJA 5FPNA 3L3UA 3RTVA 4WFNL 4X62K 1T6CA 4CJRA 3TWHA 2YNHA 3RSEA 2JLEA 3DJCA 1TKDA 1VHXA 4BR0A 3THYA 1HJOA 2KFNA 3L2RA 4AF1A 1HJRA 3C6UA 2F7TA 2E2PA 3FFIA 3KLEA 3SV3A 3VEYA 4N41A 2NRZA 3LM2A 2FBTA 1W7AA 3WXJA 4JKEA 2D0CA 3K5NA 4OKKA 1ATRA 2YHYA 1SAZA 4B8AB 1S1XA 3ZSRA 3ATVA 2Z1JA 3K0SA 1REVA 1RBRA 1S3XA 4ELVA 3WXLA 2JWKA 5IT9O 2QI2A 4GV9A 4F9OA 1TK0A 3VGMA 3SPZA 1O1WA 4IJNA 4BC2A 4BRHA 3LALA 1QZ5A 4FWNA 3CIPA 1KAXA 5BRHA 4IBNA 2XY8A 5AQRA 1NGEA 4K0KK 2X78A 3AGRA 2ASOA 4Y1CA 2A1SA 1YVUA 3LZIA 2O8EB 3LWLA 3QERA 3U4LA 4E0DA 4OPAA 3WXMB 3FZLA 3NGZA 1SL0A 4DV7K 4FK2A 4AQYK 1V4TA 1CLQA 4CGIA 3FLCO 3A2FA 4NB4A 3O1WA 1DTQA 4XEIA 3PO4A 1IV0A 2O8DA 3CERA 3SJJA 3J80O 5AQNA 3BF1A 4NYFA 4DMNA 2P1JA 4CJKA 3K5MA 4PKGA 5AFUH 1GOBA 4CGGA 3BY5A 2IDOA 1KRPA 3LDLA 2FXUA 1G99A 3LAMA 3NDKA 4LSNA 3JAMO 3AY9A 1YJWN 1Q8IA 3LDOA 3OYLA 3IAYA 1NGJA 1XMOK 2HF4A 4H5RA 4CJQA 4KHQA 4Z4EA 3ZX2A 4CZHA 3SV4A 2HBJA 3A5OC 1U2VA 1WN7A 2Z1GA 2XY7A 3J7AP 1J5OA 3HPOA 3WUHA 4O8UA 4FW1A 1SZ2A 5AQIA 1W97L 3SUOA 2D4WA 3GE1A 4DQQA 1HYVA 4CF2A 2I5JA 3QESA 4I2PA 1NNEA 1LW0A 2OPSA 2HHSA 2NRXA 4IOXA 4Q5VA 1OH5A 1NGBA 3L4IA 4KH5A 1KXPA 5DM6L 4KAZA 5AQVA 3J81O 1O13A 3ZYYX 4JKCA 5C25A 2HHUA 1YHQN 1KQSM 1EX4A 3ID8A 1L3TA 5AQGA 3O08A 4WFBL 3OYCA 3MCAB 2E1ZA 2E5LK 3CC7N 3ZEUB 4DTSA 1TUUA 4BDYA 1EWQA 4BRIA 5BN8A 4AHSA 3CD6N 3NF6A 4BR5A 4JS5A 4GKKK 3ZSVA 1CZAN 1EWRA 3K9KA 4JK8A 4AHUA 3U9DA 1VQ8N 4RW7A 1I94K 3OYMA 4EHUA 4K8XA 5AZIA 3ZSZA 3QETA 1LWFA 4BRDA 1B92A 3C65A 2PAVA 4XH5A 4LSLA 5BRDA 1DTTA 3R9PA 4NXMK 1ASVA 4AM7A 2ZD1A 3K58A 1NMNA 4M3TA 1D9DA 2RHKA 4JS4A 3AO4A 1Q18A 4WYBA 4O5FA 4FLUA 3HVTA 5C10A 3QFUA 4F2SA 4EP4A 4XH1A 3ENHA 4QAGA 1TUYA 4DF4A 3CC2N 2ZGYA 1RTHA 1D9FA 3LP1A 4ID5A 3HZ6A 1NK9A 2HHVA 2BE2A 3DXMB 4FLTA 2EX3A 4JKDA 5K14A 4DV1K 1J54A 3D2FA 4IO8A 4YDUC 4B9VA 1BIUA 3C7NA 5A2QO 3J8AA 4YOTA 5D3GA 4PKIA 1BG3A 1WB9A 5AQPA 5AJ3K 4O0IA 3NF8A 3WQTA 3Q7CA 4PL8A 4RWTA 4CJ5A 3T69A 5FPDA 2OA8A 3VQ7A 3HM9A 3IFRA 4DSKA 3TSPA 2P9NA 4MLEA 4CJFA 4L3QA 1JCEA 4YORA 1GOAA 3VETA 2D0BA 4PKHA 5HLFA 5B8HA 1RBTA 5LY3A 4AHCA 3TAEA 5AR0A 1N32K 3DLRA 1MDUB 3ZT4A 2WONA 4FM0A 1HLUA 1N6QA 3R6MA 4ELUA 2YHWA 1L3VA 2P9LB 4CHPA 5KPZA 1LWCA 1XHXA 3EEQA 2NRTA 4CJ4A 2V51B 2QWLA 4Z4HA 1QQCA 3IS9A 2ZWHA 4LC9B 3U3GA 4JK7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3D0P A;  3HL8 A;  3ZSO A;  1NJI O;  4ICL A;  3HXM A;  3UIQ A;  3AVC A;  5AZJ A;  3VGK A;  2E1Y A;  1A5V A;  4IFE A;  3NE6 A;  4DWI A;  2V7Z A;  1QSY A;  2GUI A;  2G8H A;  4JLH A;  3QEV A;  3G25 A;  5ADX A;  4F2R A;  4QS9 A;  1LV5 A;  3V9X A;  5FLX O;  2ZJR L;  3IMX A;  2E88 A;  1IBM K;  2BAN A;  4DKW A;  2VGM A;  3V1Q A;  3NVK A;  2FSN A;  4FWL A;  4CF8 A;  3DWL A;  5C2D A;  2ASM A;  2FSJ A;  4CEZ A;  3CXC M;  4CJT A;  2QXL A;  2ATQ A;  4FJL A;  4LF7 K;  4KTQ A;  4IO9 L;  1KVB A;  1JLA A;  3ZCM A;  1JJ2 M;  3OVN A;  3RR7 A;  5EU7 A;  1D5A A;  1I39 A;  3S3O A;  1HNI A;  3EE8 A;  3ULE B;  1N8R O;  3DLB A;  2OZS A;  4JRQ A;  4CD1 A;  5J2N A;  2E20 A;  4YOX A;  1JLQ A;  1WSG A;  3V9Z A;  3ALY A;  5HOO A;  4B3O A;  4H0V B;  4E7J A;  4AM6 A;  5CYM A;  5E84 A;  5FDL A;  3TAN A;  5FPE A;  2ETJ A;  4J2E A;  2KLA A;  3HYF A;  4FJ7 A;  4FPB A;  1HYS A;  4BC4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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