4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
2GWJA 3UB5A 4B1XB 3P4IA 4BRGA 5E84A 2CH5A 1DGKN 5AFUA 3VEZA 1YAGA 1BG3A 1NGAA 2A42A 2HOEA 2P9SB 4BRMA 2QWOA 5BN9A 1TYQA 2ASMA 2QWLA 2P9NA 1NLVA 2HF3A 3LDNA 3HM8A 2AP1A 2YCHA 4BRIA 4DHYA 5AQXA 2F9TA 2D4WA 4EHUA 1E4FT 3DXMB 1XUPO 4K25A 5AFUH 3TU5A 4FPBA 1GLCG 2D0PA 1NGHA 2P9KA 2PBDA 3M6GA 3ZEUB 4BR2A 2E1YA 1Z6RA 3SMSA 3O1BA 5AQSA 2ASOA 3ID8A 1RGIA 3U9DA 3CIPA 1J6ZA 5BRDA 4GNIA 3WT0A 4JN4A 1RFQA 2FF3B 3D2FB 4JHDB 1XQSC 2E8AA 4BR9A 1NM1A 4FWQA 4FO0A 3VETA 3L0QA 4RTFD 2VYPA 3EN9A 2P9IA 3CJ9A 3GE1A 4K43A 1ATNA 1NGDA 2P9LB 2A5XA 1D4XA 4DB3A 3CI5A 3ULEB 3SK3A 1S22A 4H0YB 3VPZA 3QICA 4BRNA 4CBXA 2I7PA 3KVGA 3FZLA 2CGKA 3UKRB 2IVNA 3WUHA 3I8BA 5AQKA 4IJNA 2YHXA 5JICA 1YVNA 2CH6A 1SQKA 2QWQA 2QWRA 5BN8A 2FLOA 3LDOA 4CZGA 2QW9A 4NO7A 2Q0UA 2P9SA 2D0OA 3CJCA 3D7EO 1QQNA 3ENOA 5BREA 2QWNA 4M7XA 3GL1A 1OKJA 4JAXA 1TUUA 5AQPA 1NGFA 3H3NO 1JCEA 2W41A 1KAYA 4FWKA 4H0VB 3W0LA 1TYQB 3ATVA 3C7NA 3GBTA 2YJEA 4RCHA 1ATSA 3O08A 2F9WA 1K8KB 2GWKA 4PKHA 3DXMA 4WQ4A 4AM7A 4H0OA 4CZHA 5KPZA 4BR7A 3LM9A 3FGUA 4I6MB 3ZEUA 3U9ZA 2E2PA 2QWPA 3DAWA 2Q1NA 1V4TA 4H0PA 5LJVA 2QXLA 1ESVA 1Q18A 5BRFA 3VF4A 4PL7A 2FSJA 3VOVA 3IUCA 4PKIA 5AQVA 4BC3A 5AQJA 3VEXA 4JHDA 3O1WA 4M63C 3WXIA 4BRPA 4HTLA 2NZTA 2GELA 2Q0RA 3ZX3A 4BRCA 3QFPA 3GOIA 2ZWHA 3LM2A 3O4WA 2P9LA 5B8HA 3C0BA 3ULEA 1HUXA 4FWPA 4EIAA 3W3DA 3CJAA 1U2VB 4BQZA 3ZX0A 4FWLA 1GLLO 1EQYA 2E20A 4CI6A 3OHRA 4A2AA 3UKRA 3A0IX 3M3ZA 4H5NA 5AQOA 3R9PA 1V4SA 3TPQA 4CZIA 5KPTA 1HKCA 5EVZA 3AY9A 4CD1A 1BU6O 2BTFA 3SJHA 1MWKA 3KHYA 4O5FA 4C23A 4PL8A 3MN7A 4B1UB 4KBOA 2DPNA 3AAQA 5AQNA 3VF2A 5I9EB 3H6EA 5AQLA 4GY2B 3LDPA 4BR0A 2Q36A 4IJAA 4EHTA 3D2EB 1T6DA 2ZGYA 4JD2A 1IJJA 1GLJO 1K8KA 3H3OB 5FPDA 1ZXOA 1BA1A 2A41A 4I6MA 2A40A 3SLCA 3U8XA 3C7NB 4H5RA 3CERA 2E88A 3ZETA 2A6AA 1WOQA 4FPAA 4LC9B 1BDGA 4O8KA 2UYTA 4DQ8A 1XC3A 4EAHD 1QZ5A 3IDHA 4A62A 4EFHA 4CD3A 3VENA 4BROA 1H1VA 4FWSA 1LOTB 2IIRA 3KZBA 3VEWA 3VEVA 4CZFA 5ADXA 4BGAA 5AQUA 1YXQA 3CJBA 5BPNA 4L3QA 4M7YA 1U2VA 2P9UB 1NGJA 3DXKB 3VGMA 4B1VA 3BP8A 4FL9A 3ENHA 3IFRA 1GLAG 3DWLA 3A5MC 3JXUA 3EKUA 5AQFA 1HX1A 3EO3A 3MN9A 5FPNA 2E2NA 3DJCA 4Y0WA 1ATRA 1NGBA 5FPEA 1GLBG 1JCFA 2CGLA 2Q31A 1T6CA 1CZAN 1KXPA 3RSEB 5EXWA 3AARA 4PKGA 2E1ZA 1GLFO 4BRHA 3BF1A 3D2EA 5AQTA 3IMXA 4HWIA 1LCUA 4IZ9A 4BRAA 4CBWA 1Z05A 2NRHA 4BR5A 3QB0A 1G99A 2GEMA 3CQYA 1ZBSA 2V52B 5AQYA 3VGKA 4JD2B 1BO5O 3HSCA 2V51B 4FOIA 2P9PB 3BUZB 4BR4A 1RDWX 3QBWA 5EY4A 4A61A 1IG8A 2I7NA 4WQ4C 5ELZA 2HF4A 3ZETB 3MN5A 5F0XA 1HLUA 1YUWA 1SAZA 2EWSA 2HMPA 5EX5A 4IO8A 2YJFA 3H45C 4ISFA 4CJ7A 3WXLA 3CHWA 3O6WA 2OANA 4H0TB 3MCPA 3H46O 4H03B 1NGGA 2FF6A 4QS9A 3QDKA 2P9UA 1QQOA 1HKBA 1R59O 3DXKA 5AQMA 4BC2A 3L6QA 5AQWA 3FZFA 4FWNA 2GTDA 4DCHA 5E26A 1WUAA 2ZF5O 5AQRA 3ATUA 5AQHA 2BUPA 3QBXA 5BPLA 2H3GX 5F1XA 1NBWA 1HJOA 3EKSA 1NGCA 5AQQA 1X9JA 3MN6A 4K42A 2WUSA 3RSEA 2FSKA 4YDUA 4CBUA 4F9OA 5FPMA 2J4RA 4BVOA 5AZJB 1ZC6A 5AQIA 3A5NC 3HI0A 3J8AA 4YDUC 3MK6A 1TUYA 1DKGD 4BRFA 4IWVA 2E2QA 3GG4A 4BC4A 5JLFA 4BVPA 2A3ZA 4MLEA 1QQMA 4QS8A 4CZJA 3M1FA 3FR0A 2YHYA 4B1ZA 2P9PA 4H5VA 3R6MA 5TKYA 3G25A 4FWOA 2IVOA 1NGEA 5BR9A 4CZMA 3O80A 3UKUB 3EZWA 4H5TA 1E4GT 5BPMA 2IVPA 3CQXA 3A5OC 4Z94A 1C0FA 5AQGA 2QWMA 4BRDA 3LDLA 3MMVA 4BRKA 1KAXA 1BWFO 1NWKA 3U4LA 3L4IA 3ZX2A 3FFKB 4BC5A 3LL3A 4IXCA 3UE5A 4RWTA 4FSVA 4J8FA 5KQDA 2PAVA 3R8EA 4BRQA 3H1VX 4H5WA 3VF6A 5KPRA 1QZ6A 2E2OA 3VESA 4BGBA 1NGIA 4BG8A 4XEIA 3A5LC 2CGJA 1Y64A 2V7YA 4BRLA 4AM6A 2QM1A 1X3NA 4XH1A 3QMLA 1JCGA 3BEXA 3VERA 3BF3A 3FZKA 5AZJA 3CETA 1S3XA 4E1JA 5ADXH 1MDUB 4XH4A 1MA9B 5F2RA 1C0GA 2KHOA 5CE3A 3WXJA 1X3MA 2VCPA 2V7ZA 4QS7A 1MWMA 4WQ5A 3WEEB 3HZ6A 3F9MA 2Q2RA 2ITMA 1SZ2A 4FWRA 4K41A 4WQ5C 3VEYA 3JS6A 4CZEA 5AZIB 3UKUA 1DEJA 4B1YB 2W40A 3AAPA 4CZKA 4NB4A 1U6ZA 2NLXA 1T44A 4MLHA 3VEOA 1P8ZA 3S41A 4FWMA 4WYBA 4MO4A 1KAZA 2VWBA 5EOYA 3QFUA 4BREA 3VGLA 3MDQA 3O8MA 4ISEA 1HPMA 2ASPA 4JNEA 2P9NB 2YI1A 3B8AX 3I33A 1BA0A 3GDQA 1GLEG 2D1KA 4ISGA 4BQLA 5AQZA 4B1WB 3WXKA 5JLHA 3FE1A 1BOTO 3WQUA 5KQ8A 2AA4A 1GLDG 2P9KB 5JMVA 1QHAA 3FLCO 3EL2A 4A2BA 5LJWA 2YHWA 3D2FA 1HKGA 3HBTA 3CJ1A 3FZMA 3LDQA 4XH5A 3CJ7A 2ZGZA 1NMDA 3SMPA 5LY3A 2GUPA 4MO5A 3WQTA 4BG9A 3HTVA 4CZLA 3WEEA 3A8YA 3H1QA 4FOEA 2P9IB 2Q97A 4H0XB 3FZHA 4B9QA 2FSNA 3O5BA 5AR0A 5BRHA 1BUPA 2FXUA 5AZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF8A 4FYDA 3NGYA 5C12A 1XMOK 2O4IA 3KKRA 1VQ8N 4F2SA 3TSQA 1EKEA 5CHIA 4DSKA 1WSEA 1VQ9N 2RN2A 5AFUA 5EU7A 4QOZB 4J2DA 4HUGA 4B3SK 1X1PA 2IOCA 1EP4A 2A42A 2E5LK 5BN9A 1TYQA 2P9NA 4DV0K 3MXIA 3CPEA 1TVRA 2NRXA 4DHYA 2O8CA 1TK8A 3DLHA 3L3VA 1BIUA 3DXMB 3V9WA 1ASUA 1NGHA 3M6GA 1Z6RA 4JLHA 5AQSA 4W5RA 3ID8A 1RGIA 3U9DA 3CIPA 2VG5A 4J2AA 3WT0A 3NCIA 4E7HA 4WCEL 3P31A 2XY8A 3SJJA 3VETA 4JI8K 2VYPA 5H1SQ 1B9FA 1NGDA 3HK2A 3LZIA 4FJLA 2KFNA 1IV0A 2A5XA 1D4XA 4DB3A 1S22A 1BQMA 1DTTA 3QICA 3VPZA 1TK0A 4KI6A 3OBWA 1LWEA 3VQDA 3OS1A 1Q82O 3PX0A 1VQ6N 1FJGK 3KVGA 2CGKA 1CZ9A 1KQSM 4FK2A 1TAUA 4E7JA 2NRWA 3D6RA 3THYB 3N4QA 1J5OA 5JICA 1S1XA 1YVNA 3QLHA 3TAQA 4CEEA 1SQKA 3G0ZA 5BN8A 5GIPA 4DQQA 3PIPL 4PWDA 1YF5L 3ENOA 1VRUA 4ELTA 3VQ4A 1L3SA 2W41A 1FW6A 3NVMA 2IGIA 2YJEA 5HBMA 3CCUN 4CJ4A 4WQ4A 3DXMA 5KPZA 4H0OA 4NYNA 4DTPA 1RBSA 4CIFA 1R0AA 3PV8A 2HNYA 2B4JA 2Q1NA 3NDKA 2QXLA 4FJ8A 1P90A 3IUCA 4OGCA 1U48A 5AQVA 1NK5A 2HSTA 3VEXA 4O0IA 4CJVA 5DK5A 3AGKA 3F2KA 2ATQA 3GOIA 4YNQA 3AVCA 3BZKA 3AA2A 1HUXA 4CERA 4Z4GA 1NK6A 4LY7A 1S5JA 2KFZA 1B92A 3OS2A 5EVZA 4CGJA 3SUOA 3SJHA 4O5FA 1TGOA 4KHSA 3NVKA 3AO1A 4OVLA 2D0AA 3BZCA 2DPNA 3AAQA 1C0TA 2QKKA 4CEAA 4BR0A 3DRRA 2Q36A 2ZGYA 4JD2A 1IJJA 1GLJO 3H3OB 5FPDA 4Z4IA 1ZXOA 1M1KO 3ZSRA 1X9MA 1WSFA 1K9MO 3C7NB 4UY8O 3CERA 4X62K 2KLAA 1ASVA 1WOQA 4FPAA 4LC9B 1J5EK 4DTNA 5M1QA 4AHRA 1XC3A 3CFOA 4DV3K 4EAHD 1QZ5A 4EFHA 1YITN 1NU0A 3LALA 3SAHA 1W7AA 1LOTB 3NH2A 2ITGA 4HVJA 1T03A 4FLWA 4BGAA 5AQUA 3CJBA 4W5OA 3ENBA 1FXXA 4A5AA 1YTUA 3F73A 1X9SA 3DXKB 3U3GA 4OPKA 4KTQA 3BP8A 4FL9A 1VSMA 3TTDA 1IKYA 2X6SA 3MN9A 2R7YA 3PIOL 4JKAA 3DJCA 1YHQN 1D5AA 4CK1A 3G71N 2Q31A 1T6CA 1CZAN 3RSEB 1HR0K 1KFDA 3QINA 1ASWA 1QQCA 4KI4A 4JK9A 4OKJA 3BF1A 3OYLA 1IKWA 1VQ7N 4IZ9A 1Z05A 4BR5A 2PZSA 3V81A 1G99A 4DTOA 1I3AA 1BHLA 5GAEP 2V52B 1HYZA 1BO5O 3HSCA 2V51B 4IEEA 1Q9YA 1J9AA 2HBJA 4DR4K 2XHBA 3QBWA 4JKFA 1C1AA 5GADP 2I7NA 1BISA 3MN5A 5F0XA 5M1FA 3KWIA 4N47A 5HRPA 4OLBA 3F5TA 1S1WA 3QESA 1KSPA 3WXLA 3QNNA 4IBNA 3O6WA 1CXQA 2OANA 3CD6N 3MCPA 3H46O 1LAWA 1NGGA 4JKCA 2HBMA 1Q7YO 4FLTA 4RW7A 2WOMA 1R59O 3CMAN 3DXKA 1L5UA 4BC2A 3FZFA 1JLFA 1YIJN 1WUAA 2ZF5O 2RE2A 4FK4A 4DR1K 1K8AO 3I0SA 3EKSA 4CHQA 3MN6A 4GV9A 2KZZA 3HJFA 4MDAA 2UXDK 3RSEA 3O4NA 5AZJB 1HJRA 4RW6A 3A5NC 4ELVA 3J8AA 4WFAL 3O3HA 4BRFA 3MK6A 1TUYA 4O55A 2HVIA 3RR8A 2I5JA 4IWVA 3CF5L 2FBYA 2AJQA 5DMRA 4MLEA 4JKBA 1QQMA 4CZJA 4DTSA 4B1ZA 4H5VA 2B6AA 3G25A 4FWOA 3SPZA 3PY8A 1I39A 1EX4A 5E41A 1VSIA 4CGGA 1MU2A 3O80A 1XI1A 4N5SA 4JI4K 4DU4A 4KREA 5JS1A 5HLFA 3RRHA 2D0CA 1JJ2M 4JS5A 1C0FA 1SL2A 3CCJN 3MMVA 3SUQA 4R79A 1NWKA 4KHUA 4JK7A 3QO9A 3L4IA 4DSEA 3THVA 3LL3A 1VSKA 1Q9XA 4FJKA 4FJ7A 4J2EA 3OW2M 4KKOA 1VQMN 3VESA 3L2QA 1NGIA 3ZSZA 3K5NA 4KTZA 4X66K 4CFCA 2CGJA 5HL7L 2E6LA 2X6NA 3MX2A 3BEXA 1J53A 5AZJA 4EP5A 1VSJA 1HNWK 4CJRA 5ADXH 3DLEA 4OX9K 2WBNA 1Z26A 2KZMA 2KHOA 2A1SA 1WAJA 4M3YA 3K9KA 4BDZA 1N36K 2F8SA 4CFDA 1HNZK 2PYLA 4O44A 1Q81O 1KFSA 2HVHA 3WNGA 2W42A 1P8ZA 3DOLA 1RNHA 4WYBA 1KAZA 4YOYA 1L3UA 1O13A 3WNHA 3JAMO 4PUOA 1A5VA 2ASPA 3THWB 3MX5A 2KQ2A 1RDAA 3R1XA 4NCBA 3B8AX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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