4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
3DAWA 4BC5A 3MN7A 4MO4A 2QWRA 5AZJA 2P9PB 4JHDB 2A5XA 2GELA 5AQHA 4IWVA 3UKUB 1HPMA 4XH5A 3FZFA 5AQOA 1BU6O 2YHYA 4BR4A 4K25A 3H6EA 3ATUA 2FF3B 4BRIA 4H0VB 4XEIA 4PL7A 3FLCO 5JLFA 2E2PA 4I6MA 3VOVA 4ISGA 4FOEA 5BRDA 2P9KB 5BRHA 1HLUA 2E8AA 3WEEB 1DEJA 1NGFA 4BG9A 4BRKA 4MLEA 2ASOA 2UYTA 3WT0A 4B1VA 2I7PA 3LM9A 2ZF5O 1NGIA 5AQXA 1K8KB 3VETA 3CQYA 3ULEA 3C7NA 2YJFA 4O8KA 3KZBA 4FPBA 2QWLA 4BR5A 1HKCA 2QW9A 5JLHA 1QHAA 4DHYA 2A3ZA 3O4WA 4L3QA 4H5WA 2W41A 3A8YA 2QWPA 5FPDA 3SLCA 3CHWA 4E1JA 1G99A 4BR2A 4PKGA 2CH5A 3JXUA 1RDWX 1QQNA 1GLJO 2EWSA 3DXKB 3H45C 2E2QA 4BROA 1BG3A 4H03B 4H0XB 3VGLA 2QM1A 1LCUA 2IIRA 5EOYA 4BRDA 1DGKN 4CD3A 4BRGA 5AQWA 5AQLA 1C0FA 4IZ9A 3MN5A 4H5NA 4CZIA 1HKGA 2P9LA 3WXKA 1Z6RA 3VEYA 3O6WA 1SAZA 3TU5A 2FSNA 3DJCA 3HBTA 2Q31A 3C0BA 3MCPA 1XUPO 3A0IX 3VEVA 4B1ZA 1SZ2A 2CH6A 4FWMA 3QFPA 5AR0A 2FSJA 3DXMA 2AP1A 3U4LA 4BRAA 4A2BA 1E4FT 2GUPA 3CI5A 2GEMA 4EIAA 4ISEA 3VEXA 1OKJA 3FGUA 4GY2B 4K43A 3WUHA 4DCHA 3D7EO 4CZLA 3ZETA 5JICA 1RGIA 4BR0A 2FSKA 2Q0RA 2GWKA 1U2VB 3LDQA 1QQOA 3M1FA 2BUPA 4FO0A 3QDKA 3CJAA 1KAXA 4BVOA 5EX5A 1HX1A 2V51B 3EZWA 3H3NO 3CJ9A 5BPLA 2J4RA 4BC4A 3MN9A 4BR7A 4B1UB 5KPRA 3EO3A 3WXJA 1T6CA 3ZX2A 5ADXH 2YHWA 2YI1A 3O5BA 2IVNA 3GDQA 3IDHA 1YAGA 1GLBG 2E2OA 3FFKB 3MK6A 2QWMA 1X9JA 2Q1NA 2IVOA 3I8BA 2HOEA 3W0LA 2GTDA 1NGEA 3L6QA 4BGBA 2V52B 1XC3A 1S3XA 3SJHA 4CBXA 3QMLA 5AQTA 5F1XA 2W40A 1NWKA 1ATSA 5KQ8A 3R9PA 1GLDG 3FZKA 3WXLA 2A40A 1RFQA 4CZEA 1IG8A 1NM1A 2GWJA 1GLEG 3L4IA 4JD2B 1YUWA 2HMPA 5AQNA 1S22A 3MDQA 5FPMA 3GL1A 3O8MA 5AQMA 1T44A 2HF4A 3D2FA 3D2EB 4K42A 2D0PA 3CJBA 2D1KA 3SK3A 3CQXA 3WQTA 1HJOA 3VENA 4CZHA 5AQJA 3O80A 2E88A 2QWNA 3VGMA 3VGKA 4BRHA 1NGJA 1TYQA 2E20A 2ITMA 4H0TB 1GLLO 3P4IA 5AZJB 2P9IA 4CZGA 4FPAA 1WUAA 3A5NC 1QZ5A 4FL9A 1ATRA 3QB0A 4NB4A 4F9OA 4CBWA 3LM2A 4QS8A 5AFUH 3CJCA 1NGHA 1WOQA 1GLAG 3M6GA 4Z94A 3R8EA 1GLFO 3VEZA 4JN4A 2YJEA 1T6DA 2E1YA 3ZEUA 2V7YA 2QWQA 3I33A 4B1WB 1SQKA 2F9TA 1MWKA 3ATVA 1TUYA 4CJ7A 3AY9A 1H1VA 4I6MB 5EVZA 3UKRA 3ZX3A 3BF3A 3VF6A 5BR9A 3CERA 2WUSA 4O5FA 3HI0A 3ZX0A 4BR9A 4PKHA 3O08A 5F0XA 4A2AA 2P9UA 1NGBA 3ENHA 1BA0A 3ULEB 3CIPA 5AQKA 3C7NB 4YDUA 3LL3A 2IVPA 4BC2A 5BN8A 1MA9B 5EXWA 3MN6A 4EHTA 4FWNA 2D0OA 3QBXA 1JCGA 1GLCG 4CZJA 4BRLA 3ZEUB 3BEXA 4DQ8A 3HTVA 4BVPA 3FR0A 3DWLA 3UKRB 5LJWA 3A5OC 1QZ6A 4WQ5A 4IO8A 5BPMA 1CZAN 2BTFA 3QBWA 2FXUA 3FZLA 4JAXA 4RTFD 5FPNA 4FWKA 4M7YA 5ELZA 2Q97A 2D4WA 4WQ4A 3B8AX 2P9LB 1JCEA 3U9ZA 1ZBSA 4WYBA 4FSVA 3FE1A 3CETA 3CJ7A 1DKGD 4HWIA 5AQFA 3G25A 2KHOA 4QS7A 4RWTA 2ZGYA 4B1XB 1NGCA 4MO5A 3R6MA 3OHRA 3FZMA 3DXMB 3VESA 2ZGZA 3WXIA 2P9NA 3MMVA 5ADXA 5I9EB 2VCPA 5E84A 4M7XA 3VF4A 1V4TA 4IJNA 3ZETB 1NBWA 4H0PA 2P9PA 3A5MC 4JHDA 5KPZA 3UB5A 3CJ1A 1Z05A 4FWRA 3UKUA 3RSEA 2E1ZA 4FOIA 4EHUA 4NO7A 4FWOA 2FF6A 3O1WA 4YDUC 1LOTB 1MWMA 3EKSA 1BDGA 2NLXA 3QICA 2Q2RA 5TKYA 4BGAA 5CE3A 3KVGA 4GNIA 3U9DA 3JS6A 3W3DA 2V7ZA 4CD1A 1NMDA 3LDOA 4CZFA 5F2RA 2A6AA 5AQYA 3O1BA 5BPNA 4EAHD 3H1QA 2P9NB 4ISFA 4XH4A 2A42A 4CBUA 1QQMA 2CGLA 5BREA 2E2NA 4WQ5C 3ENOA 3VEOA 3WEEA 1X3MA 3LDPA 5KPTA 4AM7A 4BG8A 2AA4A 3F9MA 3FZHA 1J6ZA 1K8KA 5AQUA 4WQ4C 1V4SA 5AQSA 3RSEB 1XQSC 4K41A 1U6ZA 2ASPA 3BP8A 4IXCA 4B1YB 2Q0UA 4CI6A 3H3OB 3AARA 1ZC6A 4BRNA 3VF2A 3VEWA 1ZXOA 2I7NA 3S41A 2QXLA 3LDNA 5AQVA 3VPZA 5AFUA 5B8HA 4H0OA 1HUXA 3UE5A 3DXKA 5AQPA 3H1VX 3D2FB 1NGGA 1BWFO 4H5VA 1TUUA 1NGAA 1YXQA 4B9QA 5E26A 2PBDA 1IJJA 3GBTA 3KHYA 2OANA 1BO5O 1BUPA 2ASMA 4AM6A 1ESVA 4QS9A 4A61A 2P9SA 1TYQB 2CGJA 2NZTA 4BRFA 5FPEA 4JNEA 2P9IB 4J8FA 2YCHA 3HM8A 5AZIA 4H0YB 4BC3A 3WQUA 3EL2A 5LJVA 5AQZA 4BREA 3BUZB 2VYPA 1BA1A 2PAVA 4BRPA 2Q36A 3EN9A 4IJAA 1NGDA 3TPQA 3IUCA 2A41A 4KBOA 1YVNA 4HTLA 3BF1A 4C23A 1EQYA 1U2VA 4H5TA 3SMPA 2F9WA 2H3GX 2FLOA 3H46O 4MLHA 2HF3A 2ZWHA 4BRCA 1KAZA 2CGKA 1KXPA 3GG4A 3J8AA 2P9SB 4PL8A 3GE1A 1D4XA 2P9UB 4A62A 3U8XA 5AZIB 1Y64A 3SMSA 4RCHA 3A5LC 1BOTO 2QWOA 3IFRA 3L0QA 5JMVA 5AQRA 4BQZA 2VWBA 4M63C 3HZ6A 1NLVA 1JCFA 1Q18A 5BN9A 5AQGA 1ATNA 4CZKA 2NRHA 5BRFA 4Y0WA 3VERA 1E4GT 4H5RA 1C0GA 3LDLA 4FWLA 5EY4A 1HKBA 4FWSA 3M3ZA 2YHXA 4BQLA 3AAPA 5LY3A 1MDUB 3AAQA 4BRQA 1P8ZA 4BRMA 3GOIA 5KQDA 3HSCA 4JD2A 4PKIA 4XH1A 2DPNA 5AQQA 1X3NA 4EFHA 3D2EA 3IMXA 1KAYA 4LC9B 3ID8A 1R59O 4FWQA 5AQIA 2P9KA 4FWPA 4CZMA 3QFUA 4DB3A 3EKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6MA 3CCRN 1Q9XA 3HL8A 4F2SA 5AZJA 4OPKA 1Q8IA 2VWJA 5AQHA 4ZHRA 3SQ2A 3UKUB 4X64K 2LSNA 1OH8A 3FZFA 3HK2A 3MWPA 1BU6O 3OYEA 5KRTA 3RMCA 3NH0A 3H6EA 2FF3B 3OBWA 3R1XA 4PHTX 3CCSN 3V1OA 4NXNK 3HXMA 3M5RA 2NNWA 2OPQA 2E2PA 3C6TA 4ZTJA 3PY8A 4Y1DA 5BRHA 3WEEB 3C65A 3O9QA 3B6OA 3MWTA 4Q5VA 3WT0A 1VSEA 2I7PA 4CJPA 2ZF5O 4Z4EA 4KHQA 1WBDA 3ULEA 4DFKA 3OS1A 2YJFA 4O8KA 1P90A 4OKKA 3P1GA 2QW9A 2O8FA 3L4QA 2YHAA 3K59A 2QWPA 3AO4A 1FW6A 3DRRA 3MXIA 4LF6K 2CH5A 4E1NA 3E9PA 1UOCA 3DRPA 1HNWK 3DXKB 4OGCA 2E2QA 4CF9A 3TAQA 4H03B 4H0XB 3RMAA 4HCCA 1VQNN 2IIRA 5GAGP 1S1XA 5AQWA 3HP6A 3HOSA 2HW3A 4RW4A 4AHUA 1ZYQA 2FSNA 2O8DA 2ETJA 2HHWA 3TAFA 1QVGM 1XUPO 1R0AA 4LFBK 2CH6A 2Z1HA 1RDAA 4FWMA 3QEXA 3QFPA 5AR0A 1NU0A 3TSPA 4FK0A 5H1SQ 3OS0A 4DQSA 1M1KO 5KGXA 3WUHA 4GY2B 3THWA 3AGKA 2Q0RA 4CFBA 1N33K 2BGGA 1QQOA 3M1FA 2BUPA 3CC4N 3IKMA 1CXQA 4DU4A 4DFPA 3H3NO 3G10A 5BPLA 3DLHA 4AHTA 5LMNK 3MN9A 3SV3A 4CERA 3OYNA 3NGZA 4IG0A 3GDQA 1YAGA 1GLBG 4MFBA 3TTDA 3L2UA 1QSLA 4PA1A 3ITHA 4GVMA 2E5LK 1ITGA 2HHTA 3V9UA 3I8BA 4JKCA 2Z1GA 4BGBA 1XC3A 1X1PA 1XI1A 3VTHA 1TL3A 1NWKA 4BWMA 3FZKA 4BWJA 2D5RA 2A40A 3QERA 1EP4A 2GWJA 1GLEG 3S3OA 4B9SA 4JD2B 1YUWA 2HMPA 3MX2A 4CF2A 1LWFA 4FLUA 1T44A 2HF4A 5M1NA 3JYTA 3D2FA 1JJ2M 3K9JA 4EP5A 1G15A 3HRGA 2Q3SA 1W9HA 3VENA 4CZHA 5AQJA 3O80A 2QWNA 3IRXA 4M45A 3VGKA 4DTRA 3ZYYX 3PIOL 4DR4K 4H0TB 4CZGA 5FROA 1RT5A 3E9LA 4F9OA 3LM2A 1JL2A 3CJCA 3M6GA 4Z94A 2Y1IA 4RG8A 1CZBA 4B9MA 1TKDA 1T6DA 2E1YA 4NYFA 3ZEUA 3NDKA 4KHNA 4B1WB 4E7HA 4WFBL 3ATVA 2O4IA 4CF8A 5EVZA 3UKRA 1XHXA 3BF3A 2OPRA 3VF6A 3JSMA 4JI5K 1NOZA 3KK3A 4CGFA 3HI0A 3ZX0A 4LF4K 2IGIA 2P9UA 3ENHA 4KH5A 3V1RA 4YFUA 3CFRA 3LZIA 1JLFA 4AHCA 3C7NB 3TAGA 3HSTB 5BN8A 1L5UA 2D0OA 3QBXA 1JCGA 1HPZA 3HTVA 4DQ8A 1BGXT 1QHTA 3A2FA 2UU9K 4BDPA 4DG1A 1QZ6A 5GAHP 4H8KA 1YTAA 2FBVA 1YITN 4B9TA 1D9DA 2NRRA 2HHUA 4FLVA 1YTUA 4B9UA 3B8AX 3HVRA 2P9LB 3U9ZA 4O4GA 2G8HA 1S6QA 1ZBSA 4ILGB 4JKFA 5J2QA 4LF7K 3U6FA 3PO5A 2OCEA 2NRWA 3IS9A 2QTDA 4CEQA 2P5GA 2F8SA 4B1XB 3WXIA 3NBPA 4CJFA 3THVA 2WONA 3K0SA 3VF4A 1V4TA 4KPYA 2O8EB 3ZETB 4KRFA 4H0PA 4DWIA 2P9PA 4JHDA 5KPZA 1JLGA 4LFCK 4DR3K 4LH5A 3VQAA 3ZSVA 4YHHK 2E1ZA 3S3NA 1FKOA 3SBTA 3CFOA 5TKYA 1BHLA 5CE3A 2YNFA 3U9DA 3JS6A 4W5QA 4HUFA 1WAJA 4CJTA 5LMUK 4OLAA 4EAHD 3H1QA 4DV0K 3PX4A 1Z25A 1QQMA 4H4OA 1SUQA 5BREA 4JI3K 4WQ5C 2KLAA 4CK2A 3VQQA 1K73O 1RDDA 5GADP 3THXB 4Z4HA 4DSLA 2XHBA 1K8KA 1TGOA 4WQ4C 1V4SA 3NHGA 3RSEB 4CGIA 3SUPA 1I3AA 4CHNA 1XC9A 2ASPA 2HVHA 3H3OB 3G6EN 4LF8K 1ZXOA 2IDOA 3KWIA 3CPWM 3THYA 1A5VA 4DFMA 4DV6K 3AO1A 5C2DA 3VPZA 4U7BA 4H0OA 3H1VX 2BE2A 2X6SA 3P39A 3K5LA 1NGGA 1TV6A 1YXQA 1NGAA 3BZKA 4H4MA 1TK8A 2HB5A 3EZ5A 1XMOK 2ASMA 1ESVA 5M1KA 3OYMA 4CHOA 2CGJA 2NZTA 3AA5X 2NRXA 2HNZA 2P9IB 4J8FA 2RHKA 4J2EA 1C1BA 1DT9A 3WQUA 3CXCM 5AQZA 4CK3A 3D45A 4CHQA 4DR6K 4BREA 3VQ8A 1VRTA 3RTVA 4IJAA 5HBMA 3NH1A 1HR0K 3IUCA 1LWEA 4HTLA 3BF1A 1Y97A 3I0RA 4DQIA 3CF5L 4MLHA 4HTUA 4BRCA 1QS4A 2CGKA 3RMDA 3AVAA 1Y64A 3SMSA 4FCYA 4JKGA 1MU2A 5JMVA 3ZT4A 3NCIA 3V1QA 4CGDA 1JCFA 1OVQA 1Q18A 5BN9A 2VGMA 4CZKA 2NRHA 3C95A 1RT7A 5BRFA 2A1SA 4B3TK 4A59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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