4WQ5A

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLEGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 114
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5A01
4E1JA 1K8KB 1NGHA 3EO3A 3D7EO 4H5WA 3VESA 4H0PA 5BPLA 3BUZB 4CZJA 2E20A 2CH6A 1NGDA 1DEJA 4RWTA 4GNIA 1BA1A 2IVPA 4WQ4C 3DAWA 5BR9A 3FZMA 4JNEA 3BF1A 1Z05A 5AQUA 4BROA 2QWOA 4WQ5C 1HUXA 2YJEA 2ZGYA 5EY4A 1T6DA 1HPMA 1BOTO 3WQUA 3CI5A 3A5NC 1SAZA 1WOQA 2FF3B 4FWLA 4EFHA 4BR7A 1JCFA 2FSNA 5JLHA 4PKIA 1K8KA 4B1XB 1E4FT 1P8ZA 2E2QA 2CH5A 1YAGA 4IWVA 3FE1A 5BRFA 4A2BA 2WUSA 3CJ7A 4WQ5A 4BRMA 4H0VB 1TUYA 3VEZA 2FXUA 3EL2A 3S41A 4B9QA 1QQOA 1GLEG 1NGGA 4C23A 5BPNA 2E8AA 5EOYA 3UKUB 3U8XA 4M7YA 2GWJA 4PL7A 2P9KA 5AQWA 3BP8A 5AQJA 1GLCG 4B1UB 2IIRA 4IXCA 3BEXA 2QWQA 3ATUA 2YHWA 5AFUA 3ULEB 3VENA 4K43A 5AQNA 2P9NA 4KBOA 4QS7A 4DCHA 1NGCA 3D2FB 1E4GT 1X3NA 5AQXA 3LM9A 5FPDA 1S3XA 2D0OA 5BRDA 1NM1A 2P9UA 1JCGA 4ISEA 3W3DA 3SLCA 4A2AA 4BRLA 3CQYA 5AQZA 4DQ8A 1R59O 1NGFA 3VGLA 2D0PA 3L0QA 4H5VA 3TPQA 3FZLA 3ZX3A 5AZIB 4EHUA 1NBWA 4PL8A 4M63C 4FWPA 5TKYA 1T44A 4B1ZA 4XH1A 4IO8A 4A61A 4BQLA 2GUPA 4MO4A 4HTLA 4FWSA 3MN7A 2HOEA 2P9PB 5AQIA 3WXKA 1U2VB 5KPRA 3B8AX 2P9PA 3U9DA 3SMPA 3QBXA 3ZX2A 5FPEA 4IJNA 3ENOA 1U6ZA 3WXJA 1RGIA 1V4TA 3FLCO 1QZ5A 4BGBA 4CZKA 1GLAG 2P9SB 4O5FA 2AP1A 4Z94A 2A5XA 3EKSA 3O6WA 5AQFA 2QXLA 2GEMA 1BU6O 4GY2B 4IZ9A 4M7XA 1KXPA 2GELA 5AZIA 2YHYA 5AFUH 4BRAA 4BG9A 4DHYA 1KAZA 1S22A 3R8EA 2IVNA 4BRQA 1SZ2A 1ESVA 3QFPA 3ZETA 3C0BA 4CZIA 1HX1A 2VWBA 4ISGA 4JD2B 2I7NA 3DJCA 3HBTA 2A41A 5AQSA 1T6CA 1C0FA 2P9NB 1LOTB 3M6GA 5AQMA 3KZBA 2P9LA 3G25A 3VEYA 5AQRA 5BRHA 2IVOA 4FPAA 5E84A 5F1XA 4MO5A 3QB0A 1GLDG 3FFKB 5AQHA 3MN6A 3OHRA 5JLFA 1HKCA 2Q36A 4J8FA 2Q0RA 1J6ZA 1X3MA 3UKUA 3KHYA 4YDUA 4L3QA 2FSKA 3CETA 1QHAA 2OANA 4FOIA 4B1WB 2Q2RA 4XH4A 3WEEB 3JXUA 3LDNA 2ZF5O 4XEIA 3VGKA 2CGLA 4LC9B 2YHXA 3I8BA 2A40A 3A8YA 3CQXA 3H1VX 3LDPA 3WXLA 4CBWA 4BREA 2VCPA 2ASOA 5AQYA 3D2FA 4BVOA 4CZHA 2V52B 4BC2A 4BRPA 4FPBA 2V7ZA 3IUCA 3WXIA 3QBWA 1DGKN 2GWKA 3GE1A 3AY9A 4H5RA 1YUWA 3SJHA 5KPTA 3VEWA 1MA9B 1KAXA 4CJ7A 4ISFA 4CBUA 2Q1NA 1HLUA 4H03B 2Q97A 4JN4A 3EZWA 4BVPA 2P9IB 1EQYA 3WUHA 4I6MB 5AZJB 1IG8A 1G99A 1BA0A 1QZ6A 2AA4A 5KPZA 4CBXA 3ZX0A 1ATRA 3HZ6A 3WEEA 5I9EB 3ATVA 2QWPA 2HF3A 2QWLA 3ID8A 2Q31A 1ZC6A 1LCUA 1ZXOA 3LM2A 2I7PA 1TUUA 1Z6RA 5BREA 3H6EA 3GG4A 2P9IA 4BG8A 4BRDA 3WT0A 4H0XB 3RSEA 2NZTA 3MK6A 4CI6A 5KQDA 4NO7A 3GBTA 1BG3A 3O1BA 2GTDA 3O80A 3CJAA 2E1YA 4QS8A 1C0GA 3EN9A 3QMLA 3SK3A 3U9ZA 4B1YB 4CZEA 2UYTA 1WUAA 1IJJA 3GL1A 2FF6A 1YVNA 4DB3A 2EWSA 4YDUC 3MCPA 1OKJA 3CJBA 3VETA 2D4WA 3FGUA 1MDUB 3TU5A 4CZFA 1RDWX 2DPNA 3HM8A 3C7NA 3R6MA 4FWOA 4BR5A 4CZMA 3BF3A 4HWIA 2VYPA 4H5NA 3A5MC 4CZGA 5EXWA 4BR2A 3IMXA 3D2EA 2FLOA 4CD1A 3O4WA 2A6AA 5AQLA 5AQVA 3CHWA 4BRFA 4BRKA 5FPMA 4BRCA 4BRNA 5BN8A 3CIPA 5AQGA 3JS6A 3QDKA 5FPNA 3HI0A 4MLHA 3J8AA 4JD2A 2E88A 1X9JA 4JAXA 4PKGA 4AM7A 4CD3A 3A0IX 3IFRA 2P9LB 2A3ZA 2P9UB 3DXMB 4Y0WA 4BR4A 3I33A 3O1WA 3CERA 2F9WA 5AQPA 5ADXH 1GLJO 3QFUA 4EAHD 2ASPA 1YXQA 4H0TB 4BR0A 5EX5A 5AQKA 4BC3A 4PKHA 5ADXA 4H0OA 3AAQA 1MWMA 4F9OA 1Y64A 3RSEB 5LY3A 3VEOA 3HTVA 4CZLA 3F9MA 5JICA 3MMVA 4AM6A 2A42A 1XC3A 2ASMA 3AAPA 4QS9A 3VF6A 4BRGA 1NMDA 3H3OB 1BDGA 1GLBG 3VEVA 3W0LA 2E2PA 1V4SA 5LJWA 3M1FA 1NGIA 4IJAA 3H46O 1GLFO 4O8KA 1QQMA 3L6QA 5EVZA 4FWQA 3UB5A 3UE5A 3VGMA 3O08A 2CGKA 5AQTA 4MLEA 5F2RA 3C7NB 2V51B 2YI1A 4BC4A 3M3ZA 4EHTA 3LDOA 3IDHA 2QWNA 3O8MA 1KAYA 3VEXA 2J4RA 2H3GX 3O5BA 5KQ8A 3DWLA 5AR0A 3VOVA 4FL9A 2V7YA 3U4LA 3ZEUA 5AQOA 1XQSC 5AZJA 4XH5A 4BQZA 3CJ9A 3MDQA 1TYQA 3GOIA 2NLXA 3WQTA 1ATNA 1H1VA 1ZBSA 3FR0A 4FO0A 1TYQB 4NB4A 3VF4A 4FWKA 2D1KA 1XUPO 4BRHA 4BC5A 3DXKA 3DXMA 2ITMA 1D4XA 2KHOA 2QWRA 4K42A 3ULEA 3SMSA 1SQKA 1NGBA 3LDQA 1RFQA 5BPMA 3L4IA 2QWMA 4H0YB 2BUPA 1DKGD 1HKBA 4FOEA 4H5TA 5JMVA 3H45C 1HJOA 3A5LC 3LL3A 1GLLO 3H3NO 2ZWHA 2ZGZA 3GDQA 1NGJA 3QICA 4K41A 2YJFA 4BGAA 3R9PA 2NRHA 1BUPA 1HKGA 2E2NA 5AQQA 4K25A 3CJ1A 2BTFA 4BR9A 2CGJA 1MWKA 3FZKA 1Q18A 4FWNA 2FSJA 2E1ZA 5E26A 1ATSA 5F0XA 3LDLA 1BO5O 3ZEUB 3MN9A 1JCEA 2F9TA 1QQNA 5ELZA 3VPZA 3ZETB 4WYBA 1NWKA 5LJVA 2P9SA 1NLVA 2PBDA 2Q0UA 2W40A 2E2OA 2QM1A 4B1VA 4RCHA 3VF2A 1NGAA 3AARA 3CJCA 2P9KB 3MN5A 2HMPA 4A62A 1BWFO 4JHDA 3FZHA 4FWRA 3FZFA 5CE3A 2PAVA 3UKRB 3H1QA 1U2VA 1NGEA 3EKUA 3UKRA 3P4IA 4EIAA 2HF4A 1CZAN 2QW9A 5B8HA 3ENHA 2W41A 4BRIA 3DXKB 4FWMA 3VERA 4I6MA 3D2EB 3HSCA 4FSVA 3A5OC 4WQ4A 4RTFD 3KVGA 5BN9A 2YCHA 4JHDB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSYA 4LFAK 3THYB 4WQ4C 5BR9A 3FZMA 3BF1A 3OYDA 5M1OA 1Z05A 4BROA 1NJYA 3DRSA 1UA1A 4NLBA 1T6DA 2WBNA 2BGGA 1RBVA 4CK2A 4O0IA 3HPGA 2O4GA 3SPZA 1OH6A 3G71N 3DOKA 3JYTA 5JS2A 2E2QA 3IG1A 2CH5A 3S3MA 4BRMA 3V6DA 1TUYA 1OVQA 2HHQA 2FXUA 3EL2A 3OYAA 1HNVA 1GLEG 1GOBA 4C23A 5BPNA 4CVNE 3OYBA 3EE9A 3TABA 4LH4A 5HRRA 2W42A 1Q8IA 4B3TK 3NFAA 2IIRA 4FW1A 4IXCA 4Z4GA 2QWQA 1TAUA 1JXBA 3ULEB 3E9OA 4K43A 5AQNA 3NF9A 4OLBA 4QS7A 4DCHA 1E4GT 5AQXA 1N36K 4E89A 4DS4A 5FPDA 1EKEA 2D0OA 5BRDA 2Z1IA 4ISEA 4FLWA 4X62K 2YNHA 4IKFA 1VQ4N 2D0PA 3L0QA 3FZLA 4E3SA 1NBWA 4CF2A 4M63C 4FLUA 1UOCA 3L4QA 1G15A 1BIUA 3TAGA 3OS2A 4U7BA 3MN7A 1J9AA 2KFNA 3SQ0A 1U2VB 4I9LA 2P9PA 4H4MA 3KLFA 1NKBA 3OYFA 5FPEA 3CM6A 2OA8A 2VQEK 2EX3A 1BL3A 4B9SA 4YOUA 5DM6L 4HUFA 4BGBA 1EWRA 1GLAG 2YKNA 2AP1A 3EKSA 3O6WA 4KV8A 1HNZK 1TVRA 1NOYA 2QTDA 3NH0A 4DFPA 3SPYA 3OYNA 1KXPA 2YV0X 5A2QO 2HBLA 3ZSOA 1KAZA 4XIUA 2P1JA 1SZ2A 4CFAA 3QFPA 3C0BA 3SUNA 2P5GA 3MEDA 4E0DA 4JI3K 1RTDA 3TAMA 5HRNA 4KHWA 4IDHA 4DTNA 1YI2N 1LOTB 3O9UA 5BR8K 3DRRA 3VEYA 3G25A 5AQRA 2IVOA 4FPAA 1VAZA 1GLDG 2Q36A 3ZSVA 2Q0RA 4B08A 5J2MA 4MFBA 1KC8O 3KHYA 3CC4N 4FOIA 4CGGA 4XH4A 4Q0BA 3K9KA 1RDDA 5AJ3K 4DSLA 2RKIA 3VGKA 3D6RA 3CMEN 4E7HA 4RG8A 4JK7A 3LDPA 3WXLA 3DM2A 1KD1O 4YORA 5AQYA 4ID1A 2ZD1A 4BVOA 4BC2A 1TAQA 1DGKN 3AY9A 1YUWA 1L3UA 1SUQA 1NJXA 3VEWA 3MX2A 1MA9B 4CJ7A 4ISFA 2Q1NA 3EZWA 1RILA 2YNIA 5DMRA 4CHOA 4OGCA 3CQ8A 3O3GA 1X1PA 4HHTA 2NUBA 1BA0A 4U67L 2AA4A 1LW0A 1ZBUA 4CBXA 4ILGB 1EP4A 2BH1A 3K59A 5LMUK 1NK7A 3AA3A 5J2NA 3U3GA 2FBXA 3AVLA 3HSTB 3OS0A 3OYHA 3O4NA 3WT0A 4OPKA 2NZTA 4CI6A 3SAGA 3HJFA 4NYNA 1UAXA 2O4IA 4NCBA 3H08A 5HRPA 3LZJA 3CJAA 2E1YA 2OPQA 4B9TA 3CCVN 3EN9A 4B1YB 4CFDA 4R79A 1UA0A 4DWIA 1U48A 4N5SA 3GL1A 2FF6A 4YFUA 4DB3A 2EWSA 5DM7L 1F21A 4RW8A 4B9UA 1RDWX 4LF8K 3BF3A 3IS9A 2P5OA 4CJSA 2ZJPL 1KLMA 3TR8A 1D9FA 3MWPA 5CYQA 4OVLA 3KLHA 4YOYA 4JK8A 4DU3A 4BR2A 2E6LA 3OY9A 3OYIA 2FLOA 4BE1A 4BRFA 5FPMA 4NXMK 5HOOA 5FRNA 3ZT4A 1NK6A 3JS6A 1HYVA 3HT3A 3HI0A 4MLHA 2E88A 5FLXO 2HHVA 3ID6A 4W5RA 1ZBLA 3EY1A 1RBTA 2F8SA 3CFOA 4Y0WA 3VTIA 1P90A 3O1WA 4X65K 2A1SA 5AQPA 4JKHA 2ASPA 2YHAA 5ADXA 3AAQA 4F9OA 1Y64A 3RSEB 3VEOA 1VSMA 4CZLA 3F9MA 2X6SA 1XC3A 4QS9A 4JI2K 3W0LA 2HHUA 3LWLA 3RMCA 3H46O 4O8KA 3AV9A 3OYEA 2O8CA 2VQFK 3L2VA 3UB5A 5C2FA 3VGMA 1U47A 4CHYA 2PYJA 1RT6A 5F2RA 2UXDK 1JLEA 3M3ZA 4EHTA 4WFAL 4BE2A 1ASWA 1QE1A 2QWNA 3ZSXA 2KZZA 2BDPA 1VQON 2H3GX 3O5BA 5KQ8A 2F7TA 3U4LA 3ZEUA 5AZJA 3EEQA 4EZ9A 4BQZA 4O5BA 4BDPA 1B9FA 3MDQA 3HXMA 2Z1GA 3GOIA 2NLXA 1Q9XA 1NK4A 4M45A 3NE6A 4DR4K 1ATNA 4CGDA 1FK9A 2F96A 3CCQN 4CIGA 3K5NA 3VF4A 4FWKA 3OJUA 2D1KA 4CJPA 1XUPO 1TK0A 3DXKA 3DXMA 4NLCA 3V1QA 4K42A 1X9WA 3RRGA 1SQKA 1EX4A 1RFQA 2D5RA 4ICLA 2QWMA 1JLQA 2BUPA 1DKGD 1HKBA 4FOEA 1WSHA 4H5TA 1GLLO 4FZXC 2ZWHA 3ZSQA 5HRSA 4JRPA 1TV6A 4DV5K 1YIJN 3K57A 3U3YA 3OBYA 2BANA 1JLCA 1YTAA 4C8LA 1ZBFA 3LP0A 3NGZA 2BTFA 4CGFA 2B4JA 1Q18A 3MXMA 1RTHA 4FWNA 1Z26A 3THYA 3VQ4A 2FSJA 5E26A 3ZEUB 4CGJA 1W2BM 2F9TA 3DLEA 3NGIA 2Q0UA 2VG5A 4O8UA 1RDCA 4J2DA 1S6QA 3PIOL 3J80O 1BWFO 4M3ZA 4DUYK 4HUGA 3KK3A 3FZFA 3TWHA 4IBNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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