The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
247
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structure length |
247
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Chain Sequence |
VKTLDGWFCLHDFRSIDWAAWRELNPGNQELMLNELSHFLSDMEITKNIGEGEHTIYSILGQKADLVFFTLRDSLEALNEVENRFNKLAIADYLLPTYSYISVVELSNYLASHMAGGDDPYQNKGVRARLYPALPPKKHICFYPMSKKRDGADNWYMLPMEERQQLIRDHGLIGRSYAGKVQQIIGGSIGFDDYEWGVTLFSDDALEFKRIVTEMRFDEASARYAEFGSFFIGNLLLSEQLSKLFTI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and heme-binding properties of HemQ (chlorite dismutase-like protein) from Listeria monocytogenes.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Listeria monocytogenes serovar 1/2a
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| molecule keywords |
Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
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| total genus |
76
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| structure length |
247
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| sequence length |
247
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E
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| ec nomenclature |
ec
1.11.1.-: |
| pdb deposition date | 2014-11-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06778 | Chlor_dismutase | Chlorite dismutase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Apc35880; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Apc35880; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VDH A; 5LOQ A; 4WWS A; 1T0T V; #chains in the Genus database with same CATH topology 5U47 A; 4PWU A; 5E0O A; 2C2M B; 2W4C A; 1JKH B; 1SH2 A; 2J7W A; 3N6L A; 2RDD A; 3J7Y U; 2ROP A; 4PG6 A; 5CHC B; 1SC3 B; 5ETN A; 3J7A N; 3ZXW A; 2WVC A; 1NK6 A; 3ZTO A; 1XK8 A; 4LBP A; 4PPD A; 4RNO A; 2HVD A; 3ZZY A; 2V50 A; 4JI0 J; 2CNO B; 2OPQ A; 1D0E A; 1VHI A; 5LL6 d; 2YQ1 A; 4RW6 A; 1T03 A; 3MMB A; 2B8Q A; 5E5N A; 2VBX A; 5KG3 A; 3VWS A; 4HYK A; 1IQZ A; 3ZZP A; 1VQL S; 4DV3 J; 5KOX A; 3IP0 A; 1TEL A; 4H4O B; 2BE2 B; 2DY9 A; 3CC4 S; 4IYQ A; 2QE5 A; 5F8L A; 2GQQ A; 4LSL A; 3OL7 A; 4FBU A; 1LWX A; 5LMU J; 2QYC A; 3S8S A; 3OVS A; 3NY0 A; 2C1E B; 5KFC A; 4DPT A; 2FC9 A; 4P72 A; 3GE9 A; 1WOP A; 2DR9 A; 4UQG A; 4WYL A; 2D7S A; 4PXE A; 4URQ U; 2UXD F; 3W9J A; 3OR1 B; 2RRA A; 1FEE A; 1SQG A; 4AD6 A; 2Z4P A; 1GNK A; 2OEJ A; 5IT9 Y; 5J2N B; 3Q8Y A; 3ILL A; 1U0H B; 4FYX B; 1FDA A; 3G6V A; 1FX4 A; 4C8O A; 3DDK A; 4MTP A; 4AL7 A; 3R6G B; 3NGD A; 3IWL A; 4OZL A; 5DQI A; 1I6J A; 2FY1 A; 3G2X A; 2GMH A; 2RF2 B; 2ZHB A; 4ZVS B; 1NME B; 2DEI A; 5D3G A; 2DRB A; 1OY8 A; 1YK9 A; 3M2R A; 2V63 A; 4PKD B; 3QRP A; 3J7Z T; 1ZAX A; 2HBY B; 3QT8 A; 5KAK A; 3DHX A; 3M32 A; 1YBT A; 1G1X A; 1XMQ F; 1KLM A; 1U0S A; 3K5P A; 5J1E B; 2ZH8 A; 4WU2 A; 2A6M A; 3I4H X; 5LSL A; 1TMM A; 2C3M A; 1FE4 A; 2WVD A; 3AA8 A; 1ZH5 A; 3NLC A; 2NUU G; 1T3N A; 3K2Y A; 4XAK A; 5GAH I; 2F63 A; 3H5Y A; 5L1L A; 2VL1 A; 2XMT A; 4M5L A; 3PV8 A; 1GTH A; 4A8S A; 4ZVU B; 2ADB A; 3HUL A; 3GV5 B; 3K17 A; 1RKJ A; 3M4X A; 2IM2 A; 4V19 J; 2BOP A; 3PTW A; 1U1Q A; 1OYD A; 1M5H A; 2ZHO A; 1JXV A; 3E2E A; 5CD4 H; 5I4M A; 3DDN A; 1SL1 A; 3CGI A; 4URG A; 2VG5 B; 2WCX A; 5F9N A; 4OHX A; 1C0U A; 5ETS A; 3MM9 A; 2J0W A; 2DR7 A; 2NXC A; 2I5J B; 2ZD1 A; 2VH7 A; 4DV6 F; 2LEP A; 5GMK a; 4CT8 A; 2DXE A; 4JYA J; 1DLO A; 3U1L A; 3BR9 A; 4X4U A; 1CJV A; 4J91 A; 2QA4 G; 4WBF A; 4DV1 J; 1Z4U A; 2XI2 A; 2F8H A; 1S59 A; 4C8Y A; 1S9G B; 1PJ6 A; 1UP1 A; 2J9E A; 1S9E B; 5DG9 A; 2J8S A; 4DF4 A; 4NCA A; 4RU2 A; 1YVF A; 2ATC B; 2MKK A; 1TUW A; 2XMK A; 5HJX A; 3QIP A; 4FS1 A; 1URN A; 2QLX A; 3G86 A; 4YEA A; 3FQK A; 1T9X A; 4DR6 F; 3ONQ A; 4CTA A; 4KAI A; 2AT1 B; 1MWQ A; 3OJS A; 5D4P A; 1HNW F; 2QSF A; 4QWE A; 3W1Y C; 1X9M A; 2XHC A; 3VF0 B; 3M8P A; 4J37 A; 4JI2 F; 9RUB A; 2JLG A; 2MKY A; 2KT3 A; 3JQK A; 4NYP A; 2BUN A; 1GXT A; 4YY3 J; 3CED A; 4J9R A; 1OY6 A; 3IAM 9; 1LWF B; 1FRL A; 4I6W A; 3WHI A; 1EET B; 1GFW B; 4ES1 A; 2RML A; 2FIU A; 3GJQ B; 4LRA A; 2L3M A; 3K8W A; 4KKO A; 1VJW A; 3G9C A; 4RX6 A; 4NA2 A; 1GQE A; 1KQK A; 3OVA A; 2F40 A; 5GAE U; 1U2C A; 1N56 A; 1LOU A; 2ALY B; 4OQJ A; 3C19 A; 1W7W A; 4HH1 A; 1QSY A; 3D0G E; 5KG4 A; 1OS5 A; 1QDU B; 4DI6 A; 2KRB A; 2LKZ A; 1VQ5 S; 4KGX B; 3A3N B; 5HMX A; 3SQG A; 3JQJ A; 1IUJ A; 2B6A A; 1VDH A; 2M4M A; 3EWG A; 2GAG C; 4O3R A; 1WKL A; 1Q82 T; 3HVT A; 4HKQ A; 2QO3 A; 2RJZ A; 2YX4 A; 3E51 A; 2MQP A; 4B9L A; 4S0M A; 5DDQ C; 1O8B A; 1ICE B; 1C2P A; 5ETO A; 4LSN A; 4CP5 A; 3PR4 A; 1SUQ B; 1HW9 A; 3H42 A; 2D1C A; 1RT6 A; 1F2H A; 2AZ1 A; 4DWI A; 3HD1 A; 4D3H A; 1D3W A; 5KFE A; 4ZIT A; 3FBC A; 1T3O A; 1BQM B; 4LSZ B; 4LQ3 A; 1Q86 T; 2N7C A; 2MZR A; 3U1M A; 3DOK A; 1HYS B; 1S48 A; 1RAD B; 1RWW B; 2L9N A; 2WB4 A; 2IHR 1; 4IQM A; 3X3U A; 3T5L A; 2ZOF A; 1VFJ A; 1K1Q A; 3TW0 A; 3RAQ A; 4JB8 B; 4RO0 A; 1VQS A; 1ZAW A; 2OFH X; 4Q43 A; 2VA2 A; 2XS5 A; 3JYT A; 3NNC A; 2OML A; 4DEZ A; 4GO5 X; 2J8A A; 5A8K B; 3MFI A; 2DXF A; 1FWP A; 2D41 A; 4JI6 J; 3PW5 A; 1CS4 A; 4ZMM A; 4IRK A; 3CT9 A; 5J2Q B; 1S5Z A; 3T1A A; 3ZTQ A; 4NLT A; 3KK3 B; 2VG7 B; 2YNI A; 1B64 A; 2YNG B; 5H9F K; 2K3K A; 3KLG B; 3EGZ A; 3TVK A; 2VUG A; 2UU9 J; 4R0E A; 4RW7 B; 3FBE A; 1LK5 A; 4U9R A; 4M63 A; 2HNY B; 3CO0 P; 2YPZ A; 1RK8 A; 5DJB A; 3Q8Q B; 2RSQ A; 4HDG A; 3C14 B; 3MOZ A; 4TU7 A; 1SJF A; 4X4R A; 2L41 A; 4HT5 A; 1JNZ B; 1FX2 A; 1HPZ B; 1JLC B; 2P9C A; 1SQF A; 1WG5 A; 2PT0 A; 1Q7Y T; 4ZJL A; 2BE7 D; 1RIS A; 2DD8 S; 3DM2 B; 2HVI A; 4HI2 A; 3FSX A; 3HZE A; 2D69 A; 4OYI A; 2R8K A; 4DUY F; 2VBY A; 5HQ8 A; 2J9D E; 3M8Q A; 5M2R A; 4JV1 A; 1KOO A; 5FD1 A; 1KDN A; 2O3D A; 3DMJ B; 2AIR B; 4M5M A; 1X9W A; 3MEE B; 1QY7 A; 5KT5 A; 3KJQ B; 1KS2 A; 4YDX A; 2ILY A; 3CSK A; 3R2C J; 2UV8 G; 4NYO A; 4KV8 A; 2LXI A; 3KHH A; 2OH2 A; 3ULH A; 3DGP B; 3MR3 A; 2FHJ D; 2ZM6 F; 3TUI C; 1CC8 A; 5HMZ A; 4F2S A; 3MWB A; 3MUM P; 5C24 A; 1WD6 A; 4RW6 B; 1DTQ B; 2JDJ A; 4DN0 A; 2E1C A; 2CYY A; 2HHU A; 3PYE A; 3IS9 A; 1RHQ B; 3C6T A; 2AYM A; 1RT3 A; 2C3P A; 1VRU A; 1PGZ A; 2P6T A; 1TUV A; 3UCZ P; 1KTV A; 3MR7 A; 1ZM2 A; 4LSL B; 3KLF B; 2HRY A; 2UUB J; 3R9L A; 3R3T A; 4YN3 B; 2F9D A; 1TR0 A; 2KU7 A; 3FBF A; 4N56 A; 3CMA S; 5IZH A; 1ZET A; 5T7L A; 1IQT A; 2KYZ A; 1IJF B; 2RS2 A; 3MAQ A; 4QIE A; 1TKT A; 4U67 Q; 5ETR A; 1CQM A; 2BKO A; 1XNR J; 4IQX A; 4FPI A; 2F9J A; 1O51 A; 2FY8 A; 4I67 A; 4QPX A; 5KFT A; 3LA0 A; 3JSM A; 2G0I A; 2HVZ A; 3PAC A; 8AT1 B; 3TAP A; 1AFI A; 3AD8 C; 3QID A; 1T05 B; 2B56 A; 5E3P A; 3ZTP A; 4WF9 Q; 3FUY A; 3BBF A; 2OEM A; 1LWC B; 2P8I A; 3AQO A; 1WHW A; 4DQR A; 4FF3 A; 1V6H A; 1XNQ J; 1HMV A; 4IG3 A; 5MLC V; 2ZH4 A; 1UFK A; 2DGW A; 4LF8 J; 4CQ1 A; 2QC3 A; 2KVI A; 4K4U A; 3HKZ D; 1T11 A; 5IC6 B; 1CJK B; 1U09 A; 1KLM B; 3IGV A; 4OJG A; 1NJW A; 2DGS A; 1EAY C; 5KTQ A; 1P6T A; 2ZUG A; 2J6U A; 1B7F A; 4U8V A; 4C9D A; 3R1H A; 2QLJ B; 4HR2 A; 3RU0 A; 3TEG A; 2VBZ A; 3M8Z A; 3SFU A; 3WC2 A; 1C4A A; 3BZQ A; 2KKH A; 1QAJ A; 4ZPA A; 1R43 A; 3MI7 X; 2F4F A; 4DQI A; 3DRS B; 3CC2 S; 4F4A A; 4M5K A; 1NH7 A; 1RQ0 A; 1Q16 B; 4J9O A; 3SZ2 A; 4DQP A; 2FYX A; 1I1G A; 4KGZ B; 4YDD B; 5B0G A; 5BYR A; 3CIM A; 3WQP A; 2EXU A; 3US5 A; 3ETO A; 2OPR A; 1LEO A; 2IMO A; 3NS5 A; 3UDL A; 5DO2 A; 3I96 A; 1NKC A; 1H38 A; 2WON A; 1FJG F; 1N5V A; 3D5M A; 4OHW A; 4UOG A; 5FLX U; 1CJV B; 4WTY A; 3DI6 A; 1YKW A; 1FKP A; 3HVA A; 3NAI A; 3TQE A; 2GO9 A; 4WXW A; 4PUO A; 4DL5 A; 3OFH A; 3TOQ A; 2SXL A; 1QJH A; 1UVI A; 3VZH A; 4WII A; 3VAF A; 4KSE B; 4F3M A; 2W9A A; 2W4D A; 1IBK F; 3RAX A; 4NLV A; 1WF1 A; 1U8W A; 1KP6 A; 1JMT A; 1NH8 A; 4KR0 B; 1YRX A; 2XNQ A; 2VFR A; 3OTE A; 3LPY A; 1SL2 A; 2Y3Y A; 3J7Z 5; 4LJM A; 2QIF A; 1YDL A; 2PMZ D; 3M7V A; 5GAH U; 2RHQ B; 2RNE A; 4WFN Q; 1RWP B; 2M88 A; 4KPY A; 1N4L A; 2V4J A; 1GTE A; 1ZM4 A; 3ENV A; 2E9Z A; 4KE5 A; 2YXL A; 1VQP S; 3TZZ A; 3QMQ A; 4UZC A; 2BKN A; 5IWA F; 4B9N A; 4JI3 J; 4RUB A; 4IG0 A; 3K8V A; 4RW4 A; 1RTH A; 4QBU A; 1T94 A; 1CPZ A; 2HAI A; 3TAN A; 1AB8 A; 3VAM A; 4MH8 A; 2KT5 A; 1Z2L A; 1REG X; 1R27 B; 5KOW A; 2OJ3 A; 1ZM3 A; 2B4P A; 4CLF A; 3MPW A; 4FP9 A; 4L72 B; 5IS2 A; 2ZIT A; 4JI5 J; 1F3F A; 3FBB A; 2DJW A; 3Q22 A; 1UJ6 A; 1RT6 B; 4E8U A; 2B4V A; 4K0K F; 2CPI A; 2BQ3 A; 3IRX A; 1UWB A; 2GVD B; 2W01 A; 5KFJ A; 3KLV A; 4B9U A; 3F73 A; 4B9S A; 2KT2 A; 1HA1 A; 4G3I A; 4YR3 A; 1UVK A; 2CWX A; 3MUR P; 1PC5 A; 2Z56 B; 1RAG B; 4DR3 J; 1FXL A; 1SJ3 P; 1QUV A; 4DCJ B; 2LXF A; 4NRT A; 3BGR B; 3R7S B; 1HFE L; 2IM0 A; 3OLB A; 2GHW A; 3H0P A; 4K50 A; 2VOD A; 1I3O B; 1RT1 B; 1VQ9 S; 3QSI A; 1SC4 B; 1WC5 A; 1H2V Z; 5DDR C; 1CS4 B; 3QLH A; 3OFF A; 5C25 A; 1RA7 A; 2BM1 A; 4Q44 A; 3T1Y F; 1MN7 A; 2ZC3 A; 4X4T A; 4MYT A; 2OKQ A; 2WSC C; 1RU2 A; 4NCG B; 4TY8 B; 2MQM A; 5HQM A; 2DR6 A; 4UY8 T; 3V4I A; 5CQG A; 5B0A A; 1FK9 A; 1FKA F; 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2CQP A; 3JSM B; 1HBU A; 2J76 E; 2Z2Y B; 1KLN A; 4CNZ A; 1RI7 A; 3A13 A; 4DL6 A; 4I4B A; 2JEJ A; 4MIA A; 4UZB A; 3EGW B; 4BWJ A; 3P5B P; 5CYM B; 2M8D B; 1RLD A; 3G6E S; 2UUC J; 4PG8 A; 2DNL A; 3KJN B; 3LP0 A; 3HHL A; 4I2P A; 2UUA F; 3NWR A; 1F3V A; 1UFL A; 4OLP A; 4CM0 A; 3MR2 A; 2RKI A; 2FGO A; 2I6W A; 1FT8 A; 5K8O A; 3JAM U; 2JEI A; 4WFX A; 4PQA A; 4ICL A; 1YRU A; 4K5R A; 2PII A; 3BKU A; 1ZOT A; 5IV4 A; 3OTC A; 4ZVT B; 4B3M J; 4BHQ A; 3AT1 B; 3M8W A; 3KMQ A; 4ALZ A; 1S7H A; 3F44 A; 3I31 A; 5JUM A; 1FJC A; 3OR2 A; 5HRO A; 2Y0B B; 3BJY A; 3M8S A; 2H9Z A; 2Q6B A; 4J9N A; 4YB1 P; 1ZYQ A; 3PHE A; 1S49 A; 5HP1 A; 2VA3 A; 4GKK J; 1DUR A; 2Z58 B; 3BPS P; 3RJM B; 1YBA A; 4P9S A; 4NEY A; 3J7A 1; 2UVW A; 4CWB A; 2BJ1 A; 2CQ0 A; 4KFB B; 2E7V A; 1FKP B; 3C2P A; 2XYP B; 3LGH A; 1R0C B; 3N28 A; 3EUN A; 1FJ7 A; 4L6V 3; 2XSJ B; 1RZM A; 4LR8 A; 1BGX T; 1Q81 T; 2EEY A; 2XY7 A; 5KFK A; 2ZDP A; 5LM7 E; 4C8L A; 1N6Q B; 3ITH B; 1VMB A; 4EBC A; 1SKW A; 1Q1K A; 1X60 A; 4ED3 A; 1NK7 A; 2B5J B; 2EK1 A; 3PHT A; 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