4WY0A

Pdxs (g. stearothermophilus) co-crystallized with r5p in the presence of ammonia.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
257
structure length
247
Chain Sequence
EMQKGGVIMDVVNAEQAKIAEAAGAVAVMALERGVARMADPTVIEEVMNAVSIPVMAVRIGHYVEARVLEALGVDYIDESEVLTPADEEFHIDKRQFTVPFVCGCRDLGEAARRIAEGASMLRTKGEPGTGNIVEAVRHMRKVNAQIRKVVNMSEDELVAEAKQLGAPVEVLREIKRLGRLPVVNFAAGGVTTPADAALMMHLGADGVFVGSGIFKSENPEKYARAIVEATTHYEDYELIAHLSKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus (strain hta426)
publication title Structural Investigation into the Mechanism of the Synthase Subunit of PLPS
rcsb
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
total genus 90
structure length 247
sequence length 257
chains with identical sequence C, E, G, I, J, K, L
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2014-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wy0A00
3S1XA 5BNKA 1VYRA 3S5OA 2QUTA 3NL5A 4IQLA 3DFTA 3NNTA 3QSRA 1ZALA 3ATZA 1QFEA 4GUHA 1GPWA 1YLVA 2V5LA 4EIVA 2JKAA 3I6RA 1WX0A 3QW3A 1W8SA 2YW4A 3CU2A 2NUYA 4FNPA 5FEPA 3KRZA 4IMCA 1ZAHA 1TTIA 3FJ6A 3S8HA 5BMXA 1I2RA 1JUKA 2E6DA 4JXCA 1SO5A 1SUXA 1EWEA 3A24A 1KFEA 4WY0F 1DHPA 1DKWA 4ICNA 2Q3OA 1F6PA 3U2OA 5HNRA 4MIMA 2HMCA 4EF9A 2V9DA 1OFPA 4JTGA 4IJBA 3LX9A 1OX6A 1W5OA 1KBJA 3QQ1A 4NNBA 3G1AA 5AYXA 1X8FA 1W3NA 3I7SA 1KV5A 2GOUA 1OK6A 4IGHA 2X1SA 5D2TA 2GQAA 3B0PA 1OFAA 4EVZA 3GIYA 3DBPA 1P5BA 1FWSA 4XZ9A 3S5ZA 5AHIA 3DH7A 1GWJA 1I2QA 5C54A 5DBUA 3HF3A 4M5PA 4WXYA 1JULA 2F7FA 3HB9A 4LVAA 4XKYB 4O13A 2VXNA 3P74A 2E5DA 2YFOA 5A5WA 4CNPA 2QCEA 4E2DA 4FNSA 5I3IA 1W37A 3NZ1A 4Y90A 3PR2A 3HOJA 3DU0A 3IGUA 3TR2A 3HG4A 3RLUA 3B06A 1S5WA 2OZ0A 4K36A 4NQ1A 3KAOA 1PL9A 4LS2A 4O52A 3ZFHA 3P7YA 3C52A 2ZZ2A 4H3DA 1H60A 3BW4A 3GKFA 5J5RA 3IVUA 5H91A 2JKPA 5BOOA 3Q94A 2RKXA 3DHDA 2EF9A 1LLZA 3IIVA 5LNRA 2H3BA 4NVTA 5BW6A 4KFPA 1SFJA 4M6QA 2BXVA 3E49A 3E9AA 4GJ1A 3SW6A 1V5XA 3LCGA 2A7PA 2A2IA 2WJZA 1YPFA 3TJXA 3WJZA 3UWWA 1JQXA 1JJKA 3CM4A 3EEGA 3B0UX 1PCKA 3DFOA 5E0KA 1XUUA 4LUJA 4JX5A 2GJNA 4DBDA 3FYOA 3BLEA 4JTUA 1Y0EA 3EKLA 3LCIA 1OYCA 2QCMA 1RVGA 1S3HA 2CZDA 4NJKA 8TIMA 1B4EA 1YPIA 1W1ZA 5F4XA 1P4CA 4HN4A 1R46A 3V1PA 5DY2A 5KINA 4Q4KA 4MLRA 4GRSA 3M6YA 3W70A 4NJHA 4JTKA 3QPYA 2A6NA 3FYPA 3KOFA 1XBZA 2A21A 1LTDA 1F5ZA 1WXJA 3UXDA 3DFNA 1O94A 3B4UA 5K7JA 3TXVA 4IWWA 4GUGA 3UY7A 2O7SA 4JTLA 4MFEA 3MHFA 4A2SA 1E51A 4RR4A 1QCWA 4WD0A 5AB3A 3GK0A 3LV6A 1S5TA 4UTKA 2A0NA 2YDAA 3PM6A 4HNVA 3KRUA 4L4LA 2D73A 3W7CA 1JCYA 1H51A 1UCWA 5CZJA 4ZQMA 1MXSA 3OVQA 1EIXA 3LOTA 4FNQA 2I14A 5AC7A 5I3FA 1ME7A 3ATYA 2QJGA 3SGUA 3IGSA 3NYZA 3C3NA 3CC1A 1EUAA 2X30A 5CPNA 3CB8A 4WY0B 3C0JA 1XBYA 4RJEA 1MEIA 1WAUA 4KWWA 2QUUA 1VLWA 5G1TA 5AHFA 4BI5A 2FPYA 1LRQA 5D30A 3DKLA 1DJNA 1H61A 5D2WA 5C6MA 3BG5A 4PL1A 5LGXA 1GZGA 5LHEA 3W7PA 4WOQA 4JN6A 5K4XA 4X22A 4M6VA 3O6CA 5LZLA 4R34A 3W23A 1TPH1 3I7QA 2YXGA 4IPJA 1WBHA 3W1RA 4I7VA 1GG0A 3S0CA 3T40A 1DJQA 1OF6A 2WNQA 4LS1A 4QQ3A 3EX4A 3HG5A 3LHYA 4ZQCA 3OBKA 3M5ZA 4K8EA 2G95A 2WSQA 2VEPA 4O57A 4YCPA 2YFNA 4O1CA 2ZTKA 4A29A 5HUPA 4LW7A 2R91A 4K8HA 5FF2A 1LCOA 3B8DA 1SFLA 4O0KA 3NQ7A 3E12A 1HO1A 5I3KA 2OT0A 3G1VA 4UIOA 3LRMA 1JCNA 5LKYA 1VCFA 1F7BA 3LBMA 4MFDA 1DQXA 3FS2A 1PVNA 3I68A 4TR9A 2OX1A 3I7RA 5D2YA 3O05A 1W5PA 2E68A 4MY9A 3STGA 3EX2A 1B4KA 4PCFA 3M41A 2W79A 4DO4A 1MZHA 2C0AA 2PC4A 2Q8LA 1ALDA 3EWUA 3L66A 5G2IA 4DQWA 4BWLC 3VE7A 5DELA 1OYAA 2BWGA 3BLFA 3C56A 3OG3A 3TX9A 2ABBA 2DZXA 1Z44A 1XUZA 4YMZA 3N19B 2Y7GA 1FX6A 3MUXA 3S1WA 4J9JA 3LCFA 2Y6ZA 1BEUA 3QQ0A 3L5MA 1TV8A 3PC0A 2ZFAA 4LV4A 1W56A 3GNNA 3DGRA 4RZ4A 4A22A 4I9AA 2CLEA 3ZWTA 4PA8A 4MLJA 1QO5A 5EPDA 3TMQA 3UWZA 5D32A 3W9ZA 3FFSA 1SR9A 2H8XA 4S2CA 3IGXA 5AYYA 2ZZ5A 1FY6A 4DO5A 4IMDA 3MWAA 4O4WA 1GYLA 3TC6A 2QF7A 1G4TA 1DQWA 2J9ZA 1TQJA 3I65A 2X1UA 4IMFA 2QCDA 1K8ZA 2ZA3A 2ZRWA 3LCXA 4N02A 4N9BA 5E1QA 4ADSA 3BK0A 3CLMA 4HNTA 3P5YA 2V2DA 5FF4A 4NU7A 4LRTA 3R5EA 4LRSA 5AFDA 1KM3A 2RDTA 4Q33A 1KM1A 2ZRUA 2CZ5A 2FPVA 4P61A 5LNUA 1FWWA 1IXNA 5BMWA 4JTEA 3LHZA 3G24A 3BGJA 3W88A 1TMHA 2W0UA 3W7EA 1JRBA 4JEQA 4QJ1A 3TW6A 3PSWA 1W0MA 4MZYA 1GJPA 1XI3A 3UPBA 5K9DA 3M0ZA 3LXCA 1TRDA 2NZLA 1SW0A 2OJPA 4GBUA 3NEVA 2CLMA 3EX6A 3R89A 1W31A 1QWGA 2QCNA 3SSJA 4CQ8A 3GNDA 3LHWA 3N14A 4IX0A 2FDSA 1G6CA 4M7TA 2CLFA 1TPC1 1EP1A 2VENA 4HPJA 5EBUA 4UFKA 4WJEA 3O06A 4WUIA 3CTLA 3W1LA 1PIIA 5C2XA 1VJIA 2G97A 4NJIA 5AHEA 1OX4B 2WOQA 3M16A 1W5MA 4GWEA 1WYIA 3H55A 2IQTA 4DBEA 1IGSA 3CWOX 4IXXA 1TCDA 1GEQA 2QJIA 4PFMA 2QDGA 3W73A 2Z1BA 5IBXA 3NZRA 4UTUA 2WO5A 1OFBA 5K9CA 3N2XA 1R30A 4CCCA 3EWZA 5AHMA 1RZMA 4E2BA 1TB3A 3W3OA 2ZRZA 3E02A 4IMEA 4LC6A 3LRLA 3L67A 3N9SA 3QM3A 3LCWA 1VHCA 1X1OA 4MJZA 5G4WA 2G96A 1KTBA 4NX5A 5FEXA 2VFDA 4DPQA 3AO0A 3GR7A 4XTDA 3G1SA 2AAMA 1SO4A 1LLWA 1ICQA 3FKKA 5G5IA 3LHTA 1LBLA 5BRBA 1EPXA 2CLLA 2DP3A 1K02A 4QSHA 3LM7A 1VC4A 3RNDA 1FDJA 4GUFA 1FCUA 1TPWA 3KVJA 2QR6A 1H7OA 4O54A 5EYWA 3EXSA 5DXYA 1H7XA 3OA3A 1UJPA 1H50A 4YLWA 4TMBA 3SI9A 4GNJA 4UFLA 4UTLA 3TUUA 2B7PA 4NXKA 3BW3A 5D03A 4O17A 4JY8A 1NAL1 4N9CA 4UNLA 1HO4A 1F76A 2GVGA 4UCGA 4ZMGA 5T26A 2E5CA 5HULA 2DJLA 2KZHA 3OVPA 2ZDRA 1IIGA 3KVKA 1U5JA 3MO7A 4K38A 3S42A 1QNVA 1R47A 4JTTA 4BR1A 1XKYA 3NQ2A 4RKAA 1C9DA 1K8XA 4NXSA 4O8RA 3KXQA 1DBTA 2A5HA 5HWNA 4FXRA 1AW2A 1ZCOA 2EHHA 4MJMA 3DI1A 3S1VA 1OVDA 4I7WA 2C3ZA 1QPOA 2GVJA 1XBXA 1K7FA 1JUBA 5I3GA 1DL3A 1TTPA 3L5LA 1XL9A 1VGAA 5CGQA 4EWND 4AB4A 3DFQA 4NJJA 2VELA 4OHQA 5FESA 3M1ZA 4PODA 2EGZA 4IPIA 4X3ZA 1KW1A 3GAYA 1W3IA 2XN2A 3WK2A 1K8YA 1Q3NA 3GDTA 5HJLA 1SSDA 2B7NA 3UZ5A 4JYDA 5FEZA 2X1TA 3G3MA 4ORMA 3LLDA 1RV8A 1K03A 1WBJA 2NX3A 4AEOA 1FUYA 4YL2A 3WFAA 1SO6A 1VRDA 3SJ3A 1MEHA 1OX5A 5DXXA 1OG0A 4MYAA 4TO8A 1RQEA 1LP6A 2NWRA 5K3VA 1QAPA 1SQ7A 3U8GA 3FJLA 3SR7A 4UMBA 3QSTA 4HPXA 2ISVA 4RK8A 2ZRYA 4OBTA 3QJAA 1NFBA 2BLEA 4NT0A 5TIMA 3W7NA 1UASA 1FBAA 1G7VA 4FEZA 4LV9A 1LBFA 4UTJA 1THFD 3W22A 3C4UA 3CWNA 5FF3A 3CHVA 1H7PA 4POCA 3TROA 3KVLA 3D0CA 3PAJA 1ZY9A 3IIPA 3SY5A 1DOSA 3FEMA 1TTJA 3W7HA 4HSNA 1QMLA 3CEPA 4DPPA 3QF0A 1L6SA 3EWXA 2JBMA 4IXHA 2J88A 3O16A 3W1QA 1I2NA 3C61A 3EWBX 3P8IA 2W6RA 1ZHAA 2VFHA 1LRTA 3RFAA 3TQKA 5KITA 4LT9A 4U4MA 1T99A 2V82A 2P0OA 5FF7A 5I3HA 3W83A 2H3DA 3R8RA 3L9CA 3DENA 1OK4A 4JDBA 5CSRA 2GPTA 1MSSA 3G0SA 1B9BA 4DF0A 7TIMA 4GFSA 4PH6A 5F2GA 1PE1A 1H1ZA 1KFCA 3UPWA 4NJGA 3MP4A 2Y7DA 4JR5A 3TK7A 3W7MA 5IM51 3W7QA 5LNSA 3EXTA 4CNOA 4IUOA 3W7GA 2TYSA 3T78A 2PRLA 4G1KA 3HO8A 4UMAA 3WK0A 1RD5A 1XDMA 2CLHA 4O0ZA 4GUIA 4AH7A 1B57A 2QCLA 4JYFA 4AWUA 4DF2A 5FEWA 3LV5A 2A85A 1WOBA 3O07A 1TPUA 3O1NA 4FF7A 1U83A 1N7KA 3PBUA 1O5XA 3LTPA 3USBA 6ALDA 4IMGA 2PRMA 4BI7A 1UBSA 3TXZA 3G18A 1JR1A 4XKYA 1KBIA 3UWVA 3GXTA 1DORA 3UNDA 4KKXA 3EKZA 1ME9A 2CLIA 5LGZA 4UXDA 4NUWA 4WXZA 1H63A 1HTIA 3GXPA 3NQMA 1LZOA 2ISSA 4O4VA 5CSSA 2FPTA 3W7DA 2ZBTA 3PUOA 4LUIA 3NOEA 3P81A 2TMDA 4UR7A 5DBTA 3VNDA 2ZYFA 3IVTA 3RU6A 3TV8A 1ONRA 2E5BA 4AHOA 1Z41A 2ZZ1A 3W7IA 2YSWA 4O1BA 2UV8G 5U7SA 1J2WA 1ICPA 3HPZA 2CU0A 1AL8A 1K7EA 1WDWA 1AK5A 4M7SA 3W84A 3UXAA 2P1FA 2Y70A 1FDYA 1OFRA 3OIXA 3WJYA 3INPA 1XM3A 2Q8ZA 1Z48A 3F4NA 2QEZA 4S2BA 4AMAA 1IXQA 3BG3A 3Q58A 1GTEA 1W5NA 1A5AA 3LB0A 2J9YA 1SSGA 3NL2A 4YXGA 3SFKA 5KSWA 5KTLA 3PUEA 5F1VA 4UFJA 6TIMA 2XN0A 2TRSA 2C1HA 3P67A 5LHFA 1NSJA 4Y9AA 3U6WA 3NO5A 5KZMA 1G69A 2WSRA 2TPSA 1KM6A 1WA3A 3FA5A 5LNWA 2YR1A 1EB3A 3W7RA 3QZEA 1G67A 3STFA 2Y61A 4MVAA 2A4AA 4JYEA 2BX7A 5ABTA 4LC8A 3NQCA 5HQEA 2H90A 3W2MA 2DZUA 4JD4A 4UFHA 2ZRVA 2WKJA 4KFNA 4Y6GA 3LXAA 3O8AA 3TA6A 4MKNA 3BLIA 1KM0A 2FLIA 3PULA 3P8JA 1RPXA 4AWTA 1FWNA 5TQLA 3CIXA 4OV9A 4HSOA 3MHUA 2ZQ0A 3QW4B 2DZVA 2GVLA 1J5TA 2DZSA 4UTMA 1OABA 4FNRA 3LRKA 4N9DA 5DY3A 4Z1AA 1ADOA 3BO9A 2NUXA 1LDCA 3NQVA 4Q32A 4PL2A 3TC7A 3C6CA 4H6KA 2R8WA 2V2CA 4RZ6A 3CT7A 2YYTA 1GVFA 3C2OA 1ZAJA 2PE4A 4MPQA 5K9XA 1H1YA 1Q6LA 4R7JA 3W1NA 5D33A 4BWLA 4UTIA 2QKFA 4WZHA 2ZA2A 3W7KA 2YCEA 2VEKA 1B3OA 5TBOA 3S9YA 1BTMA 1PV8A 1GVQA 4LVGA 1ICSA 1TO3A 3M5YA 3P5ZA 3GXNA 3L2IA 4ADTA 2XFWA 2JKEA 1OFQA 1DV7A 4UTWA 4S1FA 2GJLA 4BI6A 2EKCA 3ANYA 5F2IA 3W1UA 3MP5A 1TPVA 3NPVA 4ONVA 1G4EA 1GQNA 3B0VC 5D37A 4OWGA 1PS9A 4TX9A 1H62A 2ZRXA 5LSMA 4MUZA 3L65A 3P61A 2BZNA 1BWKA 2C19A 2VFEA 3T55A 4K7YA 3HG2A 3NVTA 1IIHA 2JGYA 4OV4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3S1X A;  5BNK A;  3GG1 A;  4PBF A;  1GW1 A;  5HQL A;  3NNT A;  3QSR A;  3UJS A;  3ATZ A;  3HU7 A;  1GPW A;  2JKA A;  5HA7 A;  1PXG A;  4H7C A;  1EC8 A;  4LEF A;  2VEF A;  4FS9 A;  3FJ6 A;  3DN5 A;  2OZ8 A;  1XH2 A;  5BMX A;  4JXC A;  3A3X A;  3FSU A;  3H6O A;  1AQ0 A;  3KLK A;  1DKW A;  5BXS A;  1ZCC A;  4EF9 A;  1CEC A;  3OYZ A;  4DUO A;  3M46 A;  4IJB A;  1W5O A;  1M53 A;  1KBJ A;  2GSJ A;  5GNX A;  4AEE A;  3UGV A;  1W3N A;  3I7S A;  1KV5 A;  3VM7 A;  1KXQ A;  3CHD A;  2OFJ A;  2YL5 A;  1H4P A;  3MZN A;  1QNR A;  4JZ5 A;  2BBF A;  2GJX A;  1VPQ A;  3UA3 A;  3P3B A;  2Y5E A;  4GAB A;  2GVE A;  2VHL A;  1FH7 A;  5AHI A;  5C54 A;  5DBU A;  3HF3 A;  4IQD A;  3WMS A;  2BVD A;  1EH9 A;  3ZVI A;  5AYB A;  3OGS A;  2VXN A;  3P74 A;  2WWD A;  3RJY A;  3CAS A;  3FV9 A;  2QCE A;  2ONE A;  4AD2 A;  4HPN A;  3NO1 A;  3BTN A;  3HOJ A;  3IGU A;  2XM1 A;  3KTC A;  4L9X A;  3WDI A;  3TR2 A;  1ZLP A;  3T1G A;  3B06 A;  4HK7 A;  1S5W A;  2OZ0 A;  4K36 A;  4R85 A;  3ZJ7 A;  2GYI A;  3AWO A;  2ZZ2 A;  4H3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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