4WY1A

Crystal structure of human bace-1 bound to compound 24b
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of a Series of Efficient, Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors through Structure-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4wy1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4wy1A02
2O4PA 3L38A 1RL8A 2P3BB 3B7VA 3DV1A 1RV7A 1XE5A 1LYWA 1ZSFA 3QBHA 5P0RA 1E80E 5P5YA 4AA8A 4L6BA 4F75A 5P2BA 2PQZA 3UQUA 3TOFA 1BAIA 5P1HA 2QMPA 3UQPA 5P3SA 5UPJA 5OZJA 4OC6A 5P3XA 1FEJC 1LYBA 5OZQA 5P0YA 4FRJA 4EJDA 5P4PA 3OK9A 3VF5A 2QK5A 1LEEA 1SIVA 2FGVA 4PZXA 5P8AA 3K1WA 3F9QA 5P1MA 4J0PA 2V00A 4KUPA 5P44A 1EBZA 5P23A 3DUYA 5P75A 1YTGA 3MXEA 3SFCA 2Q5KA 3O9BA 3Q6YA 1HPSA 2O4KA 4OBKA 3T7QA 3HLOA 4J0ZA 2Q55A 4EJLA 5P0LA 3TPJA 3UF3A 6APRE 7UPJA 3RSXA 4LL3A 1NH0A 1DAZC 4GJBA 2VJ9A 3UDMA 4Y5NA 1GVTA 3S54A 3O9HA 4CP7A 4Y3DA 3BVBA 3EKVA 4I1CA 4Y5EA 1KJHA 4R5NA 1META 2RKFA 3LZUA 5P1KA 3GI4A 3QROA 4JPEA 4GJAA 1PSOE 5P1YA 2WEZA 2AOEA 4Y4XA 4D83A 1IZHA 4Y38A 3EM6A 1C6ZA 5EZZA 3PGIA 5P5VA 3CICA 5DQ2A 2RMPA 4Y4GA 5P4DA 5F00A 3OGQA 4FM6A 3EKTA 5P2CA 1TCXA 1ZSRA 1OEXA 1BILA 4B0QA 2R5PA 5P1EA 2R5QA 5J25A 3OOZA 5P7FA 2Z54A 3KA2A 1K6VA 1DPJA 5P8VA 3M9FA 4I8WA 2J9JA 4Y3RA 1MEUA 4FCOA 4ACXA 3BC4A 4Y45A 3PJ6A 3QPJA 4Y5BA 1HVHA 5JODA 2QZLA 2HM1A 4EJ8A 4EP2A 3IGBA 3G70A 3LPJA 4OBHA 5OZFA 2NPHA 5P7XA 3VEUA 3ER3E 1XN2A 4I0JA 4I10A 2FS4A 2O4SA 2AODA 5OYTA 5OZOA 1MRWA 5OZIA 1D4SA 5P6CA 5P3AA 1FFFC 4Q1WA 1AM5A 2IGXA 2P3DA 5DR4A 5P4WA 3IVHA 5P06A 1FQ5A 5P49A 5P20A 2WF1A 3BXSA 1QRPE 5P0AA 5P3KA 5KR8A 5OZXA 1B6PA 1HTRB 3EL9A 2PSVA 5P6JA 2FDPA 2WEBA 5AGZA 5OZYA 2R38A 2WKZA 3BHEA 4Y5LA 5SY2A 1HPVA 5P6PA 1ME6A 2AQUA 3LIVA 3D20A 1GVUA 5P28A 4ZEAA 3MSKA 5OYRA 5IVSA 3OOTA 5I3WA 5P6ZA 3FV3A 4Y3LA 3KT2A 1EPOE 4LXKA 4DQBA 4S1GA 1YT9A 3NSHA 5P16A 4Y3HA 3UQRA 2WEAA 3OUDA 2Q15A 3CYWA 4YCYA 4GMIA 1MERA 3SO9A 5P6AA 5P66A 5P3GA 1OD1A 1SGUA 5P0CA 2AOFA 3S43A 4NJSA 3BGCA 4UPJA 4DJPA 1EPRE 2OHNA 5P1XA 3O9DA 3L5DA 1UH7A 2AOHA 5P2RA 4TVHA 5P15A 5P4FA 3LNKA 5P5OA 3KDDA 4PZWA 4DQHA 1T7KA 5P47A 3PLLA 1A30A 1APUE 1MSNA 3NUJA 2VNMA 5AH8A 5HTZA 1FF0C 5P1OA 1FQ6A 2VIZA 1MSMA 3SACA 2B7ZA 4Y4WA 4Y5PA 3TPPA 4CPSA 5P86A 5P0MA 1CPIA 5P84A 5P8DA 5OYVA 2B8VA 4CPWA 4Y4UA 4J5JA 4XKXA 2QI4A 1YTJA 2I0DA 5IE1A 2WF2A 1KJGA 1SDUA 4YD3A 5KAOA 5P60A 3DM6A 2F3EA 3FNSA 5P2UA 5P32A 5DR8A 1F34A 1XN3A 4OBDA 5DQ1A 2QI5A 3PMYA 4QJ9A 4QJ2A 1SIPA 2IKOA 1EPNE 3PBDA 2QHYA 1UPJA 1IDAA 2FIVA 3IXOA 4YCTA 5P6MA 4GYEA 3TKWA 5P4UA 5SZ9A 5P6SA 5OZBA 5P04A 3GGXA 5DGWA 5P8HA 5P1UA 3WSJA 1U8GA 5P0QA 5P5RA 5OZEA 1K1TA 4J1EA 3EL0A 3OQFA 4Y39A 2ZJHA 4NPUA 3HVPA 2QMDA 4QGIA 5P33A 4A6BA 5DR3A 5OZUA 5P40A 5P0BA 5P8RA 1YM4A 5P2YA 5P5TA 4Y4ZA 5AHAA 3Q5HA 4R91A 1FQ8A 3PEPA 3ZLQA 5P3JA 2RENA 3UDJA 1UH8A 5P5ZA 4LXAA 3GI6A 3LPKA 4Y3QA 3QRMA 2QI0A 2AZ8A 4YHQA 1D4LA 1RQ9A 3O99A 4PHVA 4WY6A 1ZTZA 3EL5A 2QCIA 3NR6A 3NU5A 5P00A 1HVKA 3SQFA 3VUCA 3GGVA 4Y48A 1BV7A 3PWWA 2IENA 4RCDA 5P8FA 2A4FA 2B42A 2BPVA 3PVKA 4RRNA 2HB3A 4EXHA 3MSLA 5KQFA 1HXBA 4R93A 3S7MA 1BWAA 3GGUA 4YDGA 5DPZA 4Y3XA 3DOXA 5P65A 4BFBA 5ENKA 3LIYA 5P3CA 5OZ4A 1HVSA 1ZPAA 3L59A 4EP3A 4Y3NA 1LF2A 3ZKSA 5I3YA 5OZGA 5P8KA 2VNNA 3FNUA 3SA9A 5P02A 1UH9A 2IEOA 5P6FA 5P2NA 3QRSA 5HVPA 2R3WA 5P68A 2G1NA 5BS4A 3R0WA 4R92A 4F76A 5P27A 3N4LA 2BPXA 5P37A 2WL0A 3D91A 4GJ5A 5P35A 4RVIA 2R3TA 4LHHA 3CKPA 4WTUA 2IS0A 3VV6A 4A6CA 3Q70A 2G1SA 3EM3A 5KR1A 3ZPUA 2G24A 2FXDA 1FB7A 4J1HA 4RVJA 5P3VA 2BKTA 5P05A 3R0YA 2G1OA 3K4VC 5P6NA 2ZGAA 1K2CA 3IVIA 5P6UA 5HDXA 5JG1A 1M43A 4CKUA 5P4VA 3UCBA 5P3WA 5T4SA 4YE3A 5P4ZA 1B6JA 4Y4TA 3NWXA 5SXNA 5AHCA 1HSIA 4MC9A 3O9CA 4KB9A 5P19A 2V10C 5P5SA 2OHSA 1EC0A 1LZQA 3APPA 3IN3A 3S7LA 3DCRA 4Y5CA 3TOGA 4JP9A 3TH9A 5PEPA 5DR7A 4XX4A 5P59A 2PSGA 3H0BA 5P3LA 1HIHA 4QLHA 4XXSA 1BV9A 3KMYA 5DQ4A 2BBBA 5P8JA 1WBKA 2F3FA 5OZ7A 1D4YA 3KF0A 4U7QA 4Y3SA 2P3BA 2VS2A 1FFIC 1ZJ7A 4Y4JA 3WZ8A 4B70A 2PH6A 1AJXA 2WF0A 2NXLA 1HSHA 1AIDA 5OZ0A 3UDPA 3APRE 5C9BA 1T7JA 3SAAA 4YOAA 2G1YA 1SDTA 5P89A 3EL4A 4K4QA 4Y51A 5ISKA 3FKTA 1CZIE 3INEA 5P5JA 2Q63A 3URLA 3FX5A 2QU3A 5E5KA 3QIHA 4Y3JA 3UQWA 2XFKA 5P3RA 5P4MA 5P3IA 5P8UA 1MT8A 5P1CA 5P1GA 2QD8A 2IKUA 2VA6A 2H6SA 5P43A 3OU3A 4ZSRA 3S53A 3K5FA 3SKGA 3D1XA 3PI0A 4Y3EA 4D85A 2JE4A 3NU6A 5P71A 1TSQA 1TSUA 5P69A 4HDFA 4BEKA 1XE6A 5KOQA 2AVSA 4Y36A 4FAFA 4I8ZA 5P6QA 4Z22A 3EKQA 3LITA 1EPQE 3RTNA 4Y4BA 5BRYA 3OAGB 3ER5E 5HDVA 3BUFA 3OXCA 4DQCA 3OXWA 4H3FA 4TRWA 4Y5AA 1GVWA 5P6DA 1ZPKA 3DCKA 1SGZA 5P58A 3VSXA 5P1QA 1HOSA 1PSNA 4B1CA 4OBJA 1HHPA 2HS1A 1HTGA 4I0FA 3OHFA 2ZJIA 4FM8A 4HE9A 3OY4A 1E81E 3ZMGA 2I4XA 4ZSMA 4DVFA 5P0EA 1ZBGA 5OZCA 2ZJMA 2QNNA 2ER6E 2AIDA 3SA4A 3BVAA 5P3MA 5P7CA 3TOHA 2I4DA 1FIVA 5P5AA 1HBVA 5P5MA 3NDUA 2QMGA 5P4HA 3SA5A 4J55A 4DJXA 1QBTA 2QHCA 1Z1HA 5P1TA 3OQAA 1KJ4A 4AUCA 4FRIA 3CKTA 3UDKA 3UHLA 5P50A 2QZKA 4AA9A 4RGHA 5P1FA 3PLDA 3FSMA 4U7VA 5P3FA 3LZYA 3I25A 3S56A 2FMBA 1YX9A 5P7RA 5OYQA 4DJRA 2G94A 2IQGA 5P46A 2AZ9A 2IGYA 3BGBA 5P3BA 4DI2A 2NXMA 5P4TA 2CEMA 2Q64A 5P7KA 3HZCA 5P30A 2Q54A 3IN4A 4OBZB 3NU9A 5P73A 5P63A 2QI3A 2WEDA 3NXEA 1EBWA 5P5IA 3I8WA 4N00A 3OQKA 2VKMA 4B05A 3PI5A 1AAQA 1W5XA 4Q1YA 1ZP8A 1C6YA 4GJ6A 2QHZA 4QJ6A 2ZJNA 5P41A 1IZEA 3CMSA 2J9KA 3T7XA 3PB5A 4GZFA 2VIYA 2G1RA 3KFRA 5P8BA 3HVGA 1IVQA 1E5OE 2VIJA 3O9AA 3QN8A 5I3VA 1GVXA 5P6VA 2EWYA 4LXMA 2VJ7A 5P7VA 4Y4AA 3VCMA 3EBZA 1K1UA 2I4QA 5P5BA 1T6GA 4Y4EA 3ZL7A 5P0OA 4WY1A 5P5PA 3WB4A 1LYAB 5KQZA 3S85A 4YD6A 2XYEA 5AHBA 5P7PA 3LZVA 2XFIA 1Z1RA 5P7HA 5P3QA 5OYSA 4Y5KA 5OZ6A 4EYRA 2ZDZA 4Y56A 1BDRA 4FM7A 4YA8A 3A2OA 4Y58A 4HEGA 5AH6A 3QP0A 3UDHA 3VYEA 2HS2A 3I2LA 5P79A 4Y44A 4HDPA 5P3EA 4EPJA 4PYVA 5P2XA 1WBMA 4Y3WA 3T6IA 3ZKQA 2AZCA 3SKFA 4HDBA 4Y4DA 2ER0E 5P70A 1W6HA 4RZ1A 2OHTA 2P8HA 1MTBA 2IDWA 3L58A 5OYXA 1AXAA 1HVRA 2FNTA 2AVOA 4I0IA 4ER2E 4H1EA 3U71A 3OQDA 3O9IA 1FMXA 5P6WA 5P6EA 2VIEA 3RTMA 2WECA 1IZDA 1FQ4A 3OUCA 4J54A 1N49A 4ZSQA 3VV8A 5P45A 4I0DA 2OHUA 5P11A 4B00A 1BIMA 4Y6MA 4YOBA 4AMTA 1ODYA 5P09A 3D3TA 5OZ2A 1TZSA 4DPFA 2PH8A 5P4EA 5B18A 2HPEA 2IRZA 2G69A 3OGPA 4Z4XA 2R8NA 4DFGA 4YD4A 5P52A 3L3AA 3EL1A 5P4KA 3S45A 3C9XA 5JFUA 5OZKA 4BFDA 2RKGA 5P4NA 5BWYA 2FGUA 2G27A 2HIZA 4DJWA 5KQYA 2HAHA 1FQXA 3CIBA 1NPVA 1Q9PA 3OADB 5COKA 2B60A 5P0WA 3TKGA 5P0VA 1B5FA 2MIPA 2O40A 4X7IA 2V13A 5P0IA 1SBGA 4Y3TA 3OU4B 3PMUA 3TTPA 1W5VA 3UPJA 2UPJA 3IXJA 1K6CA 1W6IA 3MWSA 1K2BA 2OHPA 2Z4OA 2OF0A 3LZSA 3O9FA 4J17A 1BXOA 4B1EA 4DV9A 5P18A 4R8YA 5P2WA 5P5GA 5AH7A 1RNEA 4FL8A 4L1AA 4E43A 3CIDA 1QBRA 3LIQA 1IZIA 2F80A 3OU1A 2P83A 5P0SA 5P1WA 1HSGA 3D1ZA 5OZ1A 5P7IA 3SA8A 3R1GB 3EKPA 3LPIA 3EKXA 3INFA 1B5FB 3VYFA 4PEPA 1ODXA 4COEA 2ZHVA 5P24A 5P6GA 1VIKA 4K4PA 4TVGA 1A94A 5P64A 3LINA 5P7DA 3VSWA 4OBGA 3TPRA 5P54A 4I0HA 1SDVA 4F73A 2PC0A 4XX3A 4DJUA 5P5HA 2NXDA 1EC2A 5P8GA 5OZZA 3O9LA 1PSAA 3B80A 4L1AB 3IXKA 4RLDA 4ZLSA 2VA7A 2QP8A 2I4VA 5P88A 3OU1B 1AVFA 3NUOA 5P8MA 4ER4E 3PSGA 4DJYA 5HE7A 5P0DA 4APRE 1KZKA 2FDDA 5P7BA 2H6TA 5P5NA 4AZYA 5P0ZA 1HVJA 2JYSA 3IAWA 1HPXA 5P2KA 5P6YA 5P2ZA 5P2VA 5P38A 4RVXA 3OTSA 3NXNA 1DW6C 5KQXA 3UDRA 5P3HA 5P7YA 1ER8E 5CONA 4EQ0A 3O9LB 4B78A 4FLGA 4DJVA 3VF3A 2G26A 1PPKE 5OZ8A 5KR0A 3EM4A 4Y35A 2WHHA 3QBFA 1D4JA 2QAKA 4Y5MA 3OTYA 7HVPA 1W50A 4GJ9A 4Y57A 4K9HA 2QMFA 5P1BA 4Z50A 4JECA 5OZ9A 1LF3A 5ENMA 4Q5MA 3ZKGA 4ZPEA 5DQ5A 4YD5A 3UDNA 1CMSA 1F7AA 2ASIA 2APRA 5KR2A 5FIVA 2HB4A 3LIZA 5OYWA 1FMUA 1EC1A 3HBOA 5P8EA 1E82E 1APVE 4IVTA 2V16C 1IDBA 4K8SA 5C9FA 5P2TA 2OHMA 5P3UA 3QRVA 5P56A 3SABA 1RPIA 2FNSA 3HAUA 4QJ8A 5P8PA 3IA9A 3JW2A 5HDZA 4CPRA 1KJFA 4MC2A 2WF3A 1SMEA 4F74A 3I7EA 1GNNA 2NNKA 3EXOA 5OZAA 4RCFA 2P3AA 1D4KA 4LP9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4P A;  3L38 A;  1RL8 A;  2P3B B;  3B7V A;  3DV1 A;  1RV7 A;  1XE5 A;  1LYW A;  1ZSF A;  3QBH A;  5P0R A;  1E80 E;  5P5Y A;  4AA8 A;  4L6B A;  4F75 A;  5P2B A;  2PQZ A;  3UQU A;  3TOF A;  1BAI A;  5P1H A;  2QMP A;  3UQP A;  5P3S A;  5UPJ A;  5OZJ A;  4OC6 A;  5P3X A;  1FEJ C;  1LYB A;  5OZQ A;  5P0Y A;  4FRJ A;  4EJD A;  5P4P A;  3OK9 A;  3VF5 A;  2QK5 A;  1LEE A;  1SIV A;  2FGV A;  4PZX A;  5P8A A;  3K1W A;  3F9Q A;  5P1M A;  4J0P A;  2V00 A;  4KUP A;  5P44 A;  1EBZ A;  5P23 A;  3DUY A;  5P75 A;  1YTG A;  3MXE A;  3SFC A;  2Q5K A;  3O9B A;  3Q6Y A;  1HPS A;  2O4K A;  4OBK A;  3T7Q A;  3HLO A;  4J0Z A;  2Q55 A;  4EJL A;  5P0L A;  3TPJ A;  3UF3 A;  6APR E;  7UPJ A;  3RSX A;  4LL3 A;  1NH0 A;  1DAZ C;  4GJB A;  2VJ9 A;  3UDM A;  4Y5N A;  1GVT A;  3S54 A;  3O9H A;  4CP7 A;  4Y3D A;  3BVB A;  3EKV A;  4I1C A;  4Y5E A;  1KJH A;  4R5N A;  1MET A;  2RKF A;  3LZU A;  5P1K A;  3GI4 A;  3QRO A;  4JPE A;  4GJA A;  1PSO E;  5P1Y A;  2WEZ A;  2AOE A;  4Y4X A;  4D83 A;  1IZH A;  4Y38 A;  3EM6 A;  1C6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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