4X2LA

Crystal structure of human bace-1 bound to compound 6
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
371
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of a Series of Efficient, Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors through Structure-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 371
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4x2lA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4x2lA02
1B11A 1QDMA 3MWSA 5P8SA 4FSEA 1IVPA 3JVWA 3FSMA 3IXOA 3ZKGA 4J1IA 1HOSA 5P4WA 5P42A 3BGBA 3S8IA 4OBKA 2G24A 2ZHTA 1NPVA 3NDTA 2PMAA 3L5DA 5P6TA 2WKZA 5P6JA 4Q1NA 4Y43A 2PWCA 3NWXA 4JP9A 4DI2A 2JJJA 1MEUA 4D85A 1W5XA 4YA8A 3NXNA 4KE1A 3PHVA 1GVWA 3O9IA 4QJ9A 4Y38A 5P8KA 3OHFA 4D8CA 5OZMA 5OZNA 3CMSA 1AJVA 5P4PA 3OXXA 1MERA 2OHNA 5IVTA 4QJAA 2AOHA 3HD8A 4Y53A 2UY0A 5P3FA 4NPTA 4ZSQA 4FAFA 3CKPA 3BUFA 4OBGA 3SKGA 4YDFA 2I4VA 4GB2A 5OZZA 3OTYA 1K6PA 4GYEA 3NXEA 3EM6A 4Y3MA 4RZ1A 1EAGA 5P4IA 1ZBGA 1HEGE 5P55A 4L7GA 5OZAA 5P7WA 2NXMA 1F7AA 5KOSA 3VYDA 5P8CA 2I4DA 4U7VA 2I0AA 5OZ4A 3GGUA 2QNNA 4Z4XA 2V12C 1AJXA 4Y3QA 3R1GB 4QJ8A 3DJKA 4EP2A 4Y58A 2V10C 2QNQA 4B1EA 5P04A 5KOQA 1CMSA 5P81A 5JFPA 5HTZA 4Y3YA 2AZ8A 2VIYA 2ZJMA 1XE5A 3OAGA 4ACUA 2UPJA 2ER0E 2O4KA 5P57A 3LINA 4FAEA 1META 5P3TA 4GJ6A 2F81A 5P7LA 3TOGA 1RQ9A 3WB4A 1DIFA 2JE4A 3INFA 2VJ9A 3PWWA 5DR0A 3PB5A 2HS2A 1XDHA 5P4MA 2BPWA 1D4IA 2R5PA 5P4TA 2AZBA 2QMGA 1MUIA 3T6IA 1WBMA 1PPME 5P1XA 3M9FA 1GKTA 2AOIA 2QNPA 5P0IA 4Y5BA 5OZQA 4PPHA 1XN2A 3C9XA 2PK6A 1LF2A 4CPWA 1LZQA 4DJVA 4Y4WA 1ZJ7A 4OC6B 3T11A 2G1YA 2ZHRA 3NUJA 3SA5A 3L5FA 3PBDA 3S2OA 2J9JA 3ZOVA 3SA8A 1B5FB 1B6PA 3O99A 5P1FA 5P3GA 3I8WA 1D4YA 1XL2A 2WF4A 2AVVA 2SAMA 3OUCA 2OHTA 3LZSA 3QPJA 3H0BA 5OZSA 5P8TA 4EYRA 3EC0A 1KJ4A 1KJHA 3UQXA 1XS7D 5P56A 5P3AA 1RL8A 3O9LB 3UCBA 1SDVA 4FGXA 4I10A 5P0FA 2CEJA 4Y3TA 4EJDA 4Y3GA 5DQCA 5KAOA 5P46A 4H3GA 3LIXA 5P8HA 1ZSFA 3D91A 1KJFA 3OU4B 1TSUA 1BV9A 3RTHA 3RTMA 1ZLFA 4RVJA 5P27A 3QROA 1HSHA 2WECA 3VF7A 2G26A 3PVKA 4PYVA 5DR7A 3EL4A 1HVRA 5P2CA 5HDVA 4Z50A 3QIHA 4Y56A 4Q1YA 4Y3NA 4CPXA 4RVIA 4B0QA 4KB9A 1BWBA 3S54A 1ZAPA 1FLHA 2HB2A 4DJOA 5P05A 5COPA 5C9DA 3URIA 1F34A 5P3MA 4GMIA 5P3NA 1OEXA 3IN3A 2Q54A 1IZDA 5P7UA 1ZP8A 3APPA 5P5PA 2ASIA 1LS5A 4HDPA 2QCIA 2CENA 2I1AA 5P6GA 3WSJA 2P3CA 2QI0A 4Y5NA 2IS0A 3NSHA 4I12A 5UPJA 1W6HA 5KR2A 2NMYA 1KJ7A 1ODWA 2BPVA 5OZ9A 4QJ2A 4YCKA 1A30A 2BQVA 2IGXA 3ZKSA 2RKGA 3DCRA 2FDEA 3K5DA 2WF2A 4I8WA 1DAZC 1LYAB 3VV7A 5DR8A 1SMRA 5P3QA 5CONA 5P0DA 4QLHA 5DPZA 4J1HA 5P7ZA 5P3IA 3INHA 4Y4BA 2VNMA 4Q1XA 3UDMA 4I0DA 4WY1A 1IVQA 2OAHA 3ZPSA 4Y4TA 2OHQA 3QBHA 3S7LA 5P6VA 4BFDA 4FCOA 2JYSA 7HVPA 1LYWB 3QI1A 4XXSA 5P38A 4AMTA 4HA5A 3OUBA 4ZSPA 1QBRA 1GNNA 3PLLA 5P6SA 1FF0C 3AIDA 3UDYA 1DW6C 4FM7A 3INDA 3UDKA 5P5CA 3OUAA 4LAPA 5P0YA 1AAQA 1FG8C 4LXAA 2FMBA 5P2RA 5P45A 5T4SA 2ZJJA 5EZZA 4Y4XA 5OYWA 1ZSRA 2G22A 1Z8CA 1E5OE 3ER3E 5P1DA 5P5HA 3TL9A 3ZLQA 4HE9A 5P75A 3FX5A 5P0KA 3SM1A 3BVAA 1PROA 1TCXA 5P2OA 5P6LA 3NU4A 3EKWA 3OGPA 1HIIA 4Y4AA 5P5NA 2AOCA 5HU1A 4K8SA 2AVSA 1HEFE 4Y48A 4Y3PA 5P19A 5P7MA 5BRYA 4K4PA 4B70A 2OF0A 3SACA 5P1PA 3OWNA 8HVPA 4R95A 4DQFA 5P1UA 3NWQA 4CPTA 1T3RA 1Z1HA 5HE4A 5P1VA 2HPEA 5P8UA 5P3XA 2VA6A 1MRXA 4APRE 4Y3FA 3BXSA 3IAWA 1ME6A 4Y3JA 3SQFA 5P5BA 4ZSMA 1LF4A 4ZPEA 4CPRA 1AXAA 3KT2A 1LF3A 2P3AA 3RVIA 4M8XA 5P7TA 4B1CA 3ZPTA 4DH6A 5P4OA 2AOFA 4Q1WA 4JECA 5PEPA 5OZ3A 2I4QA 2WHHA 3EMYA 5P0VA 4R5NA 2G1NA 5P5RA 1HTRB 3NU6A 5P8PA 5CLMA 1BWAA 5F00A 4Y35A 2G1SA 3RSVA 5P2UA 5P82A 4D88A 4AZYA 3QBFA 2B7FA 3OGQA 5P2HA 3UDPA 5OYVA 1A8GA 3I25A 1M43A 4QJ6A 5P2AA 2O4SA 4Y3EA 4TVHA 4Y3AA 4RLDA 2F3EA 5OZTA 4LBTA 3BXRA 3KM4A 4Q5MA 5P00A 1FB7A 3S43A 3S45A 5OYQA 1APUE 5P3LA 5P69A 1DP5A 5OYUA 3OU1A 5P0CA 1APWE 1EC0A 4MC6A 1BAIA 2B7ZA 3PCZA 4Y4JA 3NYGA 4L6BA 2PH8A 5P34A 1IDBA 3S7MA 5OZKA 5SXNA 3FNSA 3SA4A 2ER7E 3OUDA 5P5ZA 5P8LA 5P2BA 3OTSA 1FFFC 2FDPA 5P4HA 5P6ZA 3VV6A 1ZTZA 5P3EA 5E5JA 3UDRA 5OZ7A 4I0JA 2PYMA 3O9BA 4Z22A 5P6FA 5OYXA 5P44A 3PSYA 5AH9A 4KE0A 4I0ZA 2G69A 2B42A 5EZXA 3I2LA 4PHVA 5OZWA 2FGVA 3ZL7A 1EPOE 4NJVA 4FS4A 1HPXA 5P8VA 2XFJA 3NLSA 4AA8A 2PH6A 4E43A 3EKPA 2AZCA 3IN4A 1HPOA 1NPAA 3WB5A 5P2KA 1SIPA 1BIMA 1PPLE 2VIEA 2V16C 3N3IA 3WZ8A 4B05A 4MC2A 1HTFA 5P1YA 1FIVA 3MSKA 1LYBB 4I0IA 4DVFA 1PSOE 4I0EA 5HE5A 5OZYA 1IZHA 2Q3KA 5P1EA 5P2FA 5P4FA 5P4YA 5P5KA 2G1OA 4TVGA 2BJUA 3Q4BA 5HDXA 3TPPA 5P3OA 4J0ZA 5P0ZA 5P6XA 5P73A 4YCYA 2OHUA 3GI5A 4ZLSA 5P4VA 2AVQA 2V13A 3ZKQA 1IIQA 1VIKA 5OZEA 1K6CA 2AOJA 3INEA 2A4FA 2QI7A 3URJA 5P03A 5P4BA 5P29A 3EBZA 6UPJA 5P6PA 3QVIA 3KA2A 5P5DA 5I3XA 5P30A 4GJ7A 3LPIA 4Y3HA 1EC2A 3JVYA 3F9QA 5P0GA 4CP7A 4J1FA 3MXDA 2R43A 1SP5A 1HVHA 5P7HA 1B5FA 4HEGA 5P4KA 5P23A 5P5OA 5OZOA 4YD3A 5P6BA 5HU0A 4I0GA 5ISJA 3ER5E 1W51A 1WBKA 4CMSA 2QI1A 3Q6YA 4RCFA 3GI4A 3HAUA 3JW2A 5P0SA 5P7FA 4AA9A 5KQXA 5OZ0A 1GNOA 1NPWA 3IVHA 4ZIPA 1EC1A 5P3JA 5HD0A 5P1TA 5P01A 1QRPE 1UH8A 5P8GA 2FDDA 3NR6A 4D83A 3R2FA 5P8QA 1XN3A 3QVCA 3B80A 1MPPA 2APRA 5P2GA 5I3YA 5P7YA 5P59A 3ST5A 3LIZA 2P3BA 3LZUA 3Q70A 3SPKA 3R0YA 4FM8A 5P8BA 1RNEA 4FRIA 5P2YA 5P74A 1BXQA 4H1EA 5P4RA 3G70A 4F74A 5P0JA 2RMPA 3LNKA 5P2SA 3PSUA 4Y5MA 3LITA 5OYYA 2IL2A 5HCTA 5P1AA 2VA5A 3EKVA 1G35A 4M8YA 4Y54A 1MSNA 1B6LA 4MC1A 3EL1A 4OBHA 5P78A 1MRWA 5P66A 3R0WA 5P5TA 1YX9A 5P67A 2QMDA 3PLDA 5P3YA 1ZPAA 3NU3A 5P8OA 5P0QA 3VFBA 2VIJA 3HW1A 5P2TA 4LHHA 5P1LA 5KR1A 4TRZA 5DGWA 2QHZA 2ZYEA 4Y4GA 2QD7A 1HVKA 3GGXA 3PEPA 1HHPA 1HIHA 1EBWA 4X7IA 5P5XA 3SAAA 3L5BA 4CPUA 3DOXA 2BBBA 2OHKA 2WJOA 1YM4A 2FIVA 2QK5A 5E5KA 4LL3A 2WEDA 3EM3A 3T7XA 2AVMA 5P2MA 2WEZA 3PBZA 2ZJKA 1C6ZA 1SIVA 4F73A 4EP3A 4YE3A 4J17A 1C6YA 2H6SA 5P3BA 5P8FA 1SDUA 3URLA 5P0BA 5P1RA 1MVPA 1MT7A 1LYWA 4CPQA 3UFLA 4QJ7A 5P5UA 3K5CA 3FNTA 5P1NA 5OZRA 1UPJA 3EXOA 3BHEA 3KF0A 4TRWA 5P40A 2BKTA 2ZJIA 3QRSA 5P13A 5DR3A 4Y5CA 4YD4A 1ODYA 2QHYA 5P17A 3NUOA 5P0TA 4ER1E 5BWYA 1EBYA 3VYEA 2IEOA 2ZGAA 5P5LA 1J71A 5B18A 1HVSA 4L1AA 5P3DA 5OZ1A 2XFIA 3OQDA 3KFSA 4RCDA 4J1CA 2B60A 2FXDA 2QD6A 1MSMA 4K4RA 2G20A 3OAGB 5P6QA 4GJCA 4AUCA 5P4CA 2G94A 3I7EA 1T6GA 3EKQA 3BVBA 4DQCA 4R92A 5P7OA 2P83A 2UXZA 1W6IA 1D4KA 1FQ4A 1YTHA 1TZSA 4EJKA 2BPZA 2VKMA 4A6CA 3NDUA 1PPKE 4Y5EA 5KR8A 4IVSA 1HVCA 4H3FA 3PI5A 2O4PA 5AHBA 1K6VA 5OZ2A 4Y5GA 1T7IA 1IBQA 5KQYA 4EWOA 5P0RA 4J0VA 5P7CA 5P7DA 1SBGA 4FIVA 5P2VA 5P6YA 2VNNA 1RV7A 1HRNA 3KFNA 2WF0A 1KZKA 4Z2ZA 5OZLA 3UDHA 1JLDA 3OXVA 1APTE 1EBKC 2J9JB 5P18A 5P28A 3LZVA 3ZKXA 1W5YA 2QI3A 2AVOA 5P3ZA 3QRVA 4B00A 5OZ8A 5P3PA 2HB4A 4PZWA 2VA7A 5P06A 2IQGA 4GJ8A 5P0XA 4Y57A 2RKFA 5P5IA 5P3RA 3SKFA 4J0PA 4YD5A 5P07A 3BUHA 3EKXA 3IXKA 3TNEA 1FMUA 3O9HA 3PCWA 5HE7A 1EPME 6FIVA 2FS4A 5P8AA 4APEA 3D20A 3EL0A 1BVGA 2F80A 5P8RA 2EWYA 1ENTE 5DR1A 3GI0A 1DPJA 5DR4A 5P32A 2ZHSA 5P3KA 1SDTA 2ANLA 3TH9A 4FRJA 2O4NA 3D1XA 3SO9A 2ZJHA 4U7QA 5OZFA 1IDAA 1YTJA 2Q5KA 1FKNA 5BS4A 5P8EA 1QBTA 3FNUA 5P84A 3SA9A 2ZJNA 4B72A 5P4DA 1W50A 2NR6A 3EL9A 3SABA 5P39A 5P2WA 2QAKA 5P6OA 5IVSA 1EC3A 3N4LA 1AVFA 1BDLA 1VIJA 4MC9A 2G1RA 1GVUA 5P1QA 2JJIA 4J55A 3HLOA 5P0AA 3Q3TA 1W5WA 4U8WA 1EPNE 4TRYA 3PWMA 4LC7A 4H3JA 3BUGA 5P4LA 3H5BA 5P31A 2ZE1A 3DUYA 3VUCA 1XE6A 4Y36A 5P0NA 1HBVA 5P4XA 5P4JA 5P64A 5P7GA 4F76A 3LIQA 2WL0A 2IENA 1EEDP 3RTNA 4Y3DA 3FIVA 1FMXA 1BV7A 4YDGA 4DJYA 3S53A 2J9KA 1A9MA 2QU3A 3KFPA 3OXWA 3OQAA 3L58A 5OZBA 2NMZA 1UH9A 5P6HA 1SH9A 3OHHA 1K1TA 2BB9A 1T7KA 5OZ5A 2QMPA 4ER4E 5P71A 2XYFA 1EPRE 1DMPA 2AZ9A 5P5AA 5AH7A 3MSJA 3D1YA 1T6EX 1SGZA 5SY2A 1A8KA 5P1BA 5DGUA 4EPJA 1GNMA 3O9AA 3PSGA 1ODXA 3KDBA 5P6EA 1A94A 2HB3A 5AGZA 5P2EA 1FQXA 3GGAA 5OYRA 4DPFA 4OD9B 5I3WA 3IVIA 4YHQA 3G72A 1FG6C 1IZEA 3TTPA 3DV5A 5P0UA 2R38A 2QZKA 4DQBA 3OQKA 4Y39A 3IGBA 2FGUA 3U6AA 3CIBA 5P5SA 5ER1E 4R93A 5P83A 1FMBA 5P2LA 4DJWA 5P22A 5P7QA 4DPIA 5IE1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B11 A;  1QDM A;  3MWS A;  5P8S A;  4FSE A;  1IVP A;  3JVW A;  3FSM A;  3IXO A;  3ZKG A;  4J1I A;  1HOS A;  5P4W A;  5P42 A;  3BGB A;  3S8I A;  4OBK A;  2G24 A;  2ZHT A;  1NPV A;  3NDT A;  2PMA A;  3L5D A;  5P6T A;  2WKZ A;  5P6J A;  4Q1N A;  4Y43 A;  2PWC A;  3NWX A;  4JP9 A;  4DI2 A;  2JJJ A;  1MEU A;  4D85 A;  1W5X A;  4YA8 A;  3NXN A;  4KE1 A;  3PHV A;  1GVW A;  3O9I A;  4QJ9 A;  4Y38 A;  5P8K A;  3OHF A;  4D8C A;  5OZM A;  5OZN A;  3CMS A;  1AJV A;  5P4P A;  3OXX A;  1MER A;  2OHN A;  5IVT A;  4QJA A;  2AOH A;  3HD8 A;  4Y53 A;  2UY0 A;  5P3F A;  4NPT A;  4ZSQ A;  4FAF A;  3CKP A;  3BUF A;  4OBG A;  3SKG A;  4YDF A;  2I4V A;  4GB2 A;  5OZZ A;  3OTY A;  1K6P A;  4GYE A;  3NXE A;  3EM6 A;  4Y3M A;  4RZ1 A;  1EAG A;  5P4I A;  1ZBG A;  1HEG E;  5P55 A;  4L7G A;  5OZA A;  5P7W A;  2NXM A;  1F7A A;  5KOS A;  3VYD A;  5P8C A;  2I4D A;  4U7V A;  2I0A A;  5OZ4 A;  3GGU A;  2QNN A;  4Z4X A;  2V12 C;  1AJX A;  4Y3Q A;  3R1G B;  4QJ8 A;  3DJK A;  4EP2 A;  4Y58 A;  2V10 C;  2QNQ A;  4B1E A;  5P04 A;  5KOQ A;  1CMS A;  5P81 A;  5JFP A;  5HTZ A;  4Y3Y A;  2AZ8 A;  2VIY A;  2ZJM A;  1XE5 A;  3OAG A;  4ACU A;  2UPJ A;  2ER0 E;  2O4K A;  5P57 A;  3LIN A;  4FAE A;  1MET A;  5P3T A;  4GJ6 A;  2F81 A;  5P7L A;  3TOG A;  1RQ9 A;  3WB4 A;  1DIF A;  2JE4 A;  3INF A;  2VJ9 A;  3PWW A;  5DR0 A;  3PB5 A;  2HS2 A;  1XDH A;  5P4M A;  2BPW A;  1D4I A;  2R5P A;  5P4T A;  2AZB A;  2QMG A;  1MUI A;  3T6I A;  1WBM A;  1PPM E;  5P1X A;  3M9F A;  1GKT A;  2AOI A;  2QNP A;  5P0I A;  4Y5B A;  5OZQ A;  4PPH A;  1XN2 A;  3C9X A;  2PK6 A;  1LF2 A;  4CPW A;  1LZQ A;  4DJV A;  4Y4W A;  1ZJ7 A;  4OC6 B;  3T11 A;  2G1Y A;  2ZHR A;  3NUJ A;  3SA5 A;  3L5F A;  3PBD A;  3S2O A;  2J9J A;  3ZOV A;  3SA8 A;  1B5F B;  1B6P A;  3O99 A;  5P1F A;  5P3G A;  3I8W A;  1D4Y A;  1XL2 A;  2WF4 A;  2AVV A;  2SAM A;  3OUC A;  2OHT A;  3LZS A;  3QPJ A;  3H0B A;  5OZS A;  5P8T A;  4EYR A;  3EC0 A;  1KJ4 A;  1KJH A;  3UQX A;  1XS7 D;  5P56 A;  5P3A A;  1RL8 A;  3O9L B;  3UCB A;  1SDV A;  4FGX A;  4I10 A;  5P0F A;  2CEJ A;  4Y3T A;  4EJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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