The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLDSWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular basis of ion permeability in a voltage-gated sodium channel.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Magnetococcus marinus mc-1
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| molecule keywords |
Ion transport protein
|
| total genus |
36
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EIL C; 2NLJ C; 3R65 A; 4RUE A; 4H37 A; 3T1C A; 3OGC C; 4WFE A; 2A9H A; 3E89 A; 5BZB A; 3ZJZ A; 4R6Z A; 1S5H C; 2IH1 C; 4MTO A; 3RW0 A; 2WLI A; 4RUF A; 3SPJ A; 1OCC C; 3E83 A; 4PDV A; 3K03 A; 4GX5 A; 1JVM A; 2EIN C; 5CBF A; 4PA3 A; 1LNQ A; 2DWE C; 1V55 C; 2X6B A; 3AG2 C; 5IY5 C; 3T4Z A; 4JTA B; 3AG1 C; 3ZRS A; 4XDK A; 5KUK A; 2QTO A; 2X6C A; 2HVJ C; 3K0D A; 4RAI A; 2K1E A; 4MVQ A; 3TET A; 4MSW C; 3HPL C; 2BOB C; 4XDJ A; 4QE9 A; 5KUM A; 2IH3 C; 2A0L A; 3ASO C; 3LDE A; 3OUF A; 2Q68 A; 2EIM C; 4J9Z B; 2HVK C; 4MVR A; 2HJF C; 4WFG A; 3E86 A; 3LDD A; 3PJS K; 2DYS C; 3ABK C; 4LP8 A; 3RBZ A; 3F7V C; 2Y69 C; 1BL8 A; 4G27 B; 4I9W A; 3OR7 C; 3STZ C; 4P2Z A; 4BW5 A; 1ORQ C; 4TWK A; 2AHZ A; 4RO2 A; 4PA4 A; 2QKS A; 2DYR C; 3OR6 C; 4P9O A; 4LBE C; 4KFM A; 4H33 A; 3SPI A; 2WLH A; 5EC1 C; 3SYC A; 4MVS A; 4WFF A; 3RVZ A; 3ABL C; 4R50 A; 1P7B A; 3LNM B; 4JTD B; 2WLL B; 3T2M A; 3ABM C; 2EIK C; 4WFH A; 3SJQ C; 4DXW A; 3VOU A; 1R3I C; 3E8B A; 1XL6 A; 4UUJ C; 4X8A A; 1XL4 A; 3UM7 A; 3K06 A; 3LDC A; 2HG5 C; 3FB6 C; 3E8F A; 4GX1 A; 4X88 A; 4QNH B; 1J95 A; 4MW8 A; 3WG7 C; 1KKD A; 4P30 A; 3SPG A; 3SYP A; 2ATK C; 1G4Y B; 2W0F C; 2YEV A; 4PDR A; 3STL C; 1V54 C; 3AG3 C; 4JTC B; 4MVM A; 5E1A C; 5B3S C; 5CBG A; 3GB7 C; 2ZXW C; 2R9R B; 2WLN A; 3FB5 C; 4MVO A; 4R7C A; 4HZ3 A; 2A79 B; 2KB1 A; 1ZWI C; 4PDL A; 3T4D A; 4XDL A; 3F5W C; 3FB7 C; 4QE7 A; 2ITD C; 1OCZ C; 5EBM C; 3FB8 C; 2Q6A A; 3LUT B; 2H8P C; 2WLI B; 3ASN C; 2WLK A; 5EBW C; 4PDM A; 5B1A C; 3SPH A; 2DWD C; 3K08 A; 4MTF A; 2EIJ C; 4MTG A; 3E8G A; 4LCU C; 2HFE C; 3SYO A; 1OCR C; 4MVU A; 3E8H A; 1R3J C; 3X2Q C; 4PA9 A; 2Q69 A; 2X6A A; 4X89 A; 3IFX A; 3AG4 C; 3K0G A; 4J9Y B; 4MS2 A; 4PA7 A; 5EC2 C; 5B1B C; 4G28 B; 3EFF K; 2Q67 A; 3K04 A; 3BEH A; 1K4D C; 3F7Y C; 1K4C C; 4GX2 A; 2ZD9 A; 3SPC A; 3SYA A; 1R3L C; 4MVZ A; 3UKM A; 1QLE C; 2WLM A; 2WLL A; 1OCO C; 2AHY A; 3TCU A; 1M56 C; 3JYC A; 3OUS A; 2OCC C; 2WLJ A; 4MW3 A; 4R8C A; 4CBC A; 4F4L A; 4P9P A; 4OXS A; 5EBL C; 2BOC C; 1R3K C; 3KG2 A; 4ZBM A; 4EKW A; 3SYQ A; 4HYO A; 5EK0 A; 3IGA C; 5J9P C; 2JK5 C; 1M57 C; 2P7T C; 4GX0 A; 3RVY A; 5CBH A; 2ITC C; 4PA6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5L3F A; 1QR8 A; 1Q81 W; 1K3E A; 2Z3Y A; 4MTO A; 1IBL B; 2W6J G; 4PDV A; 1AI5 A; 1K5S A; 4QJF B; 4PEL A; 4DV3 O; 1XHZ A; 4IYH A; 1B6Q A; 4F6R A; 5IY5 C; 3THO A; 3CC4 V; 2XAG A; 4TSF G; 1IUR A; 4NTY A; 3BVO A; 5GON A; 3TET A; 5KUM A; 4QE9 A; 2UXB O; 2IH3 C; 2Q68 A; 2LW1 A; 1M57 B; 1TUE B; 3F7V C; 3BCC H; 1ORQ C; 3B8N A; 1R6T A; 3SJC C; 4I50 A; 2AXT Z; 4LWS A; 1KEC A; 3K5L A; 1VQP V; 1K73 W; 1H8H G; 1FFT B; 3QVN A; 2WLL B; 3ABM C; 3SJB C; 2ZKO A; 1MA1 A; 3RYC B; 4DV3 B; 3JAL B; 4GX1 A; 2HHH O; 1IDS A; 4ZKI A; 2VWJ A; 4K8X A; 1AJQ A; 2DYS B; 2PF4 E; 2PTM A; 4PDM A; 4LCU C; 1KP3 A; 1YF2 A; 1I94 O; 1VQ4 V; 3Q4H B; 3CCV V; 1OHH G; 5BMV A; 2EZP A; 2Q67 A; 4B3S O; 4ZIB A; 3CRC A; 1QLE C; 2R72 A; 1O9G A; 2HJD A; 3SGI A; 1VF7 A; 2Y4U A; 2E74 B; 2ZCE A; 1FYJ A; 4FPP A; 3TK1 A; 4TUY A; 4JGS A; 2V7Q G; 1H2S B; 2EIL C; 4LFB B; 4RUE A; 5HFM A; 4JV5 B; 5LOV B; 1H2G A; 1Q86 W; 4FLW A; 4R6Z A; 3CD6 V; 1TVK B; 2EBO A; 3DXR A; 4X64 B; 2F66 C; 1AP6 A; 1G1X B; 1VQL V; 2YSU B; 4I55 A; 2OWO A; 3ASN B; 5B1A B; 1GN2 A; 2HVK C; 1VAR A; 2IU3 A; 3HKB B; 3QNE A; 1BHA A; 2GSM B; 3STZ C; 1GN4 A; 4IL6 Z; 4L87 A; 3ZHT A; 4X20 B; 4EFE A; 5FL7 G; 5LXT A; 1LR1 A; 4MT8 A; 4R50 A; 4ZI7 B; 1ARO P; 3L9D A; 2OIE A; 4WFH A; 4LNU B; 3E8B A; 1Y67 A; 3I56 V; 3MHH C; 4UUJ C; 4X8A A; 3ETG A; 2IU0 A; 4J41 A; 2QM7 A; 1YJ9 V; 2DMX A; 5FPO A; 3ZHQ A; 4UB8 Z; 1X4T A; 3STL C; 2LQT A; 1HW7 A; 3ZHU A; 3ETE A; 2A79 B; 2YID A; 3ZX6 A; 3U11 A; 1QBZ A; 3FB7 C; 2LGW A; 1N36 B; 4MTF A; 1WN7 A; 4I7Z B; 4Z1V A; 2HFE C; 4YY3 O; 4LFA B; 5FNV A; 1V55 B; 3ZMV A; 4PA9 A; 2EUL A; 2EIK B; 5CA1 A; 5D5Q A; 2E5L O; 3C3S A; 4UVC A; 4Z1M G; 4Q6G A; 5B1B C; 1CEZ A; 2WSS G; 1TUB A; 1N0N A; 4FMT A; 1NBM G; 4JI1 O; 3AEI A; 3AK2 A; 4FLZ A; 1JFF A; 3JD2 A; 1GN3 A; 1AI7 A; 1M4U A; 1OZ0 A; 4JI7 B; 3CX5 F; 2QKC A; 5BR8 B; 1M5I A; 2DN9 A; 3CMA V; 2WWW A; 4Q20 A; 3B77 A; 3CWB H; 1HNX O; 2QM4 A; 2RNB A; 2E75 B; 5B3S C; 2NLJ C; 1BQZ A; 2ZDI A; 1JOY A; 2E5L B; 2VQE O; 3A0B Z; 1RSO A; 2Q5Z A; 4GX5 A; 1VQ9 V; 4JI1 B; 3AG2 C; 1M56 B; 1R1B A; 1Y74 A; 3BHP A; 1X59 A; 1R6N A; 3IJ4 A; 1SQV H; 2CK3 G; 1DTO A; 3N2G B; 4P2Z A; 1VIB A; 3AK3 A; 5L3D A; 5FPR A; 2HLD G; 2PYJ A; 1VQ7 V; 2QKS A; 2WLH A; 5IYZ B; 3UQ8 A; 2XOK G; 2RN9 A; 3LNM B; 1JA8 A; 2VQE B; 1O9H A; 3GWK C; 1SQQ H; 4ASU G; 1UPG A; 3QO8 A; 1SES A; 5IWA O; 3P3P A; 4H44 B; 3OMN B; 1WA8 B; 4GKK O; 5EBM C; 3UT5 A; 1SER A; 1Y66 A; 1FAF A; 1S77 D; 3K08 A; 4MTG A; 5B1N A; 1AJP A; 2D2C B; 2ODM A; 4X89 A; 2JJ1 G; 2XUM A; 3HKE A; 1XNQ O; 5GON B; 3UKM A; 3ASO B; 2FYU H; 4CBC A; 1AR1 B; 4NYK A; 5LBQ A; 4BIU A; 2ZE8 A; 4B3T O; 1VF5 B; 1DF5 A; 4HYO A; 4I50 B; 4OGQ B; 4GKK B; 1SC5 B; 2JK5 C; 4GX0 A; 4O4I A; 4UVB A; 4PA6 A; 2NN4 A; 5JCO A; 4H37 A; 1S3J A; 3RYI A; 5KA5 A; 3ZMS A; 2WLI A; 1XMQ O; 3RFR A; 3K9A A; 5CBF A; 4RQF A; 1XNQ B; 5CMU A; 4I0X A; 3U10 A; 2CGO A; 4WCE V; 4NKG B; 5IT9 N; 3ZMZ A; 2NNU A; 1P7G A; 3JD4 A; 4DR1 B; 1KQS U; 2QEX V; 3JAT A; 4JZ2 A; 5BMV B; 2XAF A; 4BR6 A; 1R6K A; 4AHC A; 1ZSP A; 3G71 V; 5LHI A; 4DV1 O; 1T5E A; 4CH4 A; 5IJ0 B; 4X62 O; 2CTW A; 3S3X A; 1KP2 A; 2JJ2 G; 3FB6 C; 1YJN V; 4GKJ O; 3OAA G; 1VQM V; 4TUY B; 3JAM N; 2PI5 A; 1QNM A; 2YDE A; 5DED A; 1F51 A; 2WLN A; 3FAV A; 2KSD A; 4FLX A; 1OCZ C; 4AI8 A; 3AK1 A; 3CC7 V; 2DYR B; 3FYE B; 2EIJ C; 3E8G A; 3VBB A; 3DXR B; 4CH6 A; 1EN6 A; 4DV1 B; 2BTO A; 1ZL8 A; 4FLV A; 4G28 B; 3EFF K; 4X62 B; 4I55 B; 2H94 A; 3BEH A; 3SPC A; 4DR2 O; 4GKJ B; 2DW4 A; 1RM1 B; 3MDS A; 3K5O A; 2WLJ A; 3L70 H; 4JF3 A; 4O4J A; 1WPB A; 3KG2 A; 5LHG A; 1PD3 A; 1NTK H; 3ZBH A; 3ZRX A; 5LXT B; 1M93 A; 1Q43 A; 2ADP A; 1Y6X A; 1J5E O; 3HR0 A; 2YI8 A; 3X2Q B; 2K9P A; 4WFE A; 2OIG A; 1S5H C; 1THZ A; 1VMG A; 2ARH A; 4FFB A; 4AQY O; 3OT7 A; 4PA3 A; 4DR2 B; 1N34 B; 4OPH A; 3RWR D; 4KXR A; 1KKC A; 4PJ0 Z; 5J2T A; 1IXM A; 3K0D A; 1MZE A; 1L0N H; 1W59 A; 3AG7 A; 3CCM V; 4J9Z B; 5FNV B; 2A7W A; 1XUQ A; 3PJS K; 4LP8 A; 3ABK C; 1KUQ A; 3OMA B; 5CA1 B; 3C3T A; 2QSA A; 4UFZ A; 1TUB B; 1GTO A; 4UXN A; 1JFF B; 2P67 A; 3JD1 A; 1VP7 A; 3RYH A; 2B1G A; 3CCJ V; 4JI6 B; 5H6R A; 3CCU V; 1KKD A; 2X0L A; 1EM1 A; 1WNS A; 4DV5 O; 4QPJ A; 3K9S A; 4JTC B; 5E1A C; 1S76 D; 3FB5 C; 2EIM B; 5H5N A; 1BQ0 A; 1K34 A; 2XHB A; 4FZ1 A; 4PV1 B; 3SR2 C; 4UCR A; 4DR6 O; 1M1K W; 1RSO B; 3I5D A; 5LP6 C; 4DR4 B; 4DR5 B; 1GO3 F; 2UUB O; 1Z2G A; 5L3B A; 2XT9 A; 1N33 O; 1BS3 A; 1BE3 H; 2IJH A; 1P4R A; 1Y74 B; 3WG7 B; 4HNA A; 1F23 A; 1WPX A; 1GN6 A; 4DV5 B; 3OM3 B; 4OXS A; 1ENV A; 3IGA C; 1NU1 H; 3O9O A; 4GLX A; 3E22 A; 4DR6 B; 4U3F H; 1YHQ V; 3DC5 A; 1DGS A; 2A9H A; 2UUB B; 1FXV A; 2VQF O; 3SPJ A; 1FXH A; 1OCC C; 3HKC B; 1COW G; 3WB0 A; 1PKX A; 5ITZ A; 3VQY A; 5JQG A; 3JAW A; 3ZMU A; 1AI6 A; 3CXH F; 3D36 C; 5LYJ A; 1ZLZ A; 3K79 A; 4OX9 B; 1Q6H A; 3KCX A; 2ZE5 A; 2PY5 A; 4O2A A; 1EBO A; 2LJ2 A; 3UT5 B; 5JH7 A; 3R66 A; 2P90 A; 2ZM6 O; 1Q90 D; 1QVG U; 4DUZ O; 2HJF C; 4NXM O; 3E86 A; 1AVM A; 3HKE B; 2CDY A; 2Q8V A; 4JI4 O; 5LGU A; 3CRM A; 2KG7 A; 3H1I H; 3ZHV A; 1WB7 A; 3SYC A; 1BZK A; 4DV0 O; 2VQF B; 2JGU A; 1Y4M A; 3AG1 B; 1SET A; 2QWP B; 2ZIO A; 4DR3 O; 1PNK A; 3B40 A; 4O4I B; 4U7N A; 4FJC C; 2Z5U A; 1K5Q A; 4PDL A; 2ZM6 B; 4CH5 A; 1AIL A; 4DUZ B; 4NXM B; 4QE7 A; 3CCS V; 3EXA A; 2WLI B; 3ASN C; 5B1A C; 5EBW C; 2GDS A; 4JI5 O; 2DWD C; 4JI4 B; 5JJE B; 2F4V O; 4LF4 O; 4I0X B; 1HDJ A; 1CXZ B; 4DW1 A; 3KKY A; 2H3O A; 2IM9 A; 4ABM A; 2Q7H A; 3IAY A; 1YJW V; 2UXB B; 1PL4 A; 2JEX A; 2AHY A; 4DR3 B; 3UO3 A; 2OCC C; 4FM1 A; 1ROP A; 3TXQ A; 3L72 H; 1XHX A; 2Q9L A; 1JX9 A; 5KA6 A; 1JPX A; 2XAJ A; 5KHG A; 5GTH Z; 2ITC C; 5KHJ A; 2ADQ B; 3L71 H; 4LF4 B; 2BSK A; 1HR0 O; 3BRC A; 1HWY A; 1Q3E A; 4DRX A; 4DV2 O; 2HHH B; 3E83 A; 3GWO A; 3PN1 A; 4RQE A; 2M7W A; 1V55 C; 3ZED A; 3NXS A; 5HFL A; 2Q0O C; 4UCS A; 1YTF D; 2BOB C; 1WLE A; 3LDE A; 3EVK A; 4WFG A; 1I94 B; 4WBN A; 1EN4 A; 1BL8 A; 3OR7 C; 4TWK A; 4LC1 A; 3OTF A; 4LBE C; 1HR0 B; 2UXD O; 4B3S B; 2PGG A; 4IT5 A; 1K7D A; 5IDJ A; 4O4J B; 2GUZ A; 4QIW F; 5IY5 B; 4LF6 O; 4QNH B; 4O4L A; 1JR9 A; 1FKA O; 1W0J G; 3CE2 A; 4HBN A; 3CCR V; 4MVO A; 4LF7 O; 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3FB8 C; 2BTQ B; 1R73 A; 3SDL A; 1A32 A; 3CC2 V; 1NH2 D; 1N32 B; 4B7E A; 5JQG B; 4MVU A; 5IYC O; 4IHJ A; 5IYB O; 1XDC A; 3I55 V; 2GHY A; 3K0G A; 4C7U A; 2CE4 A; 4PA7 A; 5LA6 A; 5JH7 B; 4O4H A; 2Z0A A; 2ZD9 A; 1GM7 A; 3SJA C; 2HR3 A; 2UU9 B; 2IBZ H; 3ZRW A; 1Q6I A; 2BOC C; 1MG1 A; 1BSM A; 5EK0 A; 1XRE A; 3O65 A; 3J81 N; 4JI8 O; 3BA8 A; 3RVY A; 3M7M X; 1YIT V; 4F6R B; 5DM6 V; 5KMG A; 5BXZ A; 1WB8 A; 1IZ3 A; 1MAB G; 1SA0 A; 3ZJZ A; 5B1B B; 5TIS Z; 5IWA B; 2X6B A; 4CC5 A; 4YIO A; 5H6Q A; 3TGU H; 1NT2 B; 4JI3 O; 5EZY A; 1HNZ O; 2HVJ C; 1LUW A; 3DGE A; 4LWS B; 4MSW C; 3B2E E; 2V1D A; 1F7Y A; 1AJN A; 2OYQ A; 4JI8 B; 3AG4 B; 2QGN A; 4YHH O; 3M99 B; 4KFM A; 4H33 A; 5EC1 C; 5KAF Z; 4MVS A; 1NR1 A; 4BAY A; 4O2B A; 5LP6 A; 1OV9 A; 1SF9 A; 4DXW A; 3VOU A; 1SQX H; 3G4S V; 1J95 A; 4FM2 A; 4YXW G; 4B3T B; 4JI3 B; 2BCC H; 1KU9 A; 4RWU A; 1HNZ B; 1AI4 A; 2B1I A; 2LGQ A; 2E76 B; 1ZWI C; 4XDL A; 2ZE6 A; 2BSK B; 4DV4 O; 2WLK A; 3ML0 A; 4DRX B; 4YHH B; 2RCV A; 1XMQ B; 2AGA A; 5CA0 A; 2QR4 A; 1PNM A; 3B09 A; 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