4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
5GLTA 3D6EA 1I3HA 1VAVA 2D44A 4Y22A 1LOEA 1IS5A 1SCSA 4XJWA 2VSMA 1NSCA 1G9CA 1QF3A 4FPKA 2JDZA 3WHTA 1W6PB 1WCSA 2OVUA 1SFYA 1CVNA 1DBNA 5GZFA 2QWHA 5JYYA 4FQZA 4ASMB 5JOZA 2W52A 4QN7A 3M3CA 5L73A 2LTNA 4WA5A 4QN5A 2DU0A 4K1YA 1S0FA 1W6OB 2JECA 2VK5A 1W6MA 2XG3A 4XHXA 3MW4A 3HR9A 2VUAA 4B7QA 3ZXJA 4B7NA 3GVLA 4B7JA 4K20A 4P14A 1SCRA 4DRVA 4HL0A 4WEFA 1AF9A 2NZ9A 4FQ4A 1KJRA 4CZSA 3CKZA 2F27A 2ZGMA 2DVAA 4KBBA 5DUXA 4WVWA 3D12A 2UWCA 3TIBA 3SLIA 3BEQA 5T5PA 2GNMA 3NV2A 2UWAA 2CMLA 3ZSMA 1S0DA 1V6NA 4CTEA 3O12A 5M1ZA 5BYNA 5HUGA 2GN3A 2AEPA 4WA3A 1GANA 2W68A 4YW2A 3OY8B 5T54A 4Y24A 4MWUA 4HZZA 1GNHA 5F5QA 1EUTA 4I00A 2XZJA 3PVNA 3ASIA 4YM1A 2A71A 4QN3A 4GZWA 5DZGA 5H9RA 2D6MA 1EURA 1GZ9A 1N1TA 1QOOA 4R9CA 1CIWA 5E88A 2HTUA 1DHKB 4BMBA 1HKDA 1V0ZA 4XJRA 1DIWA 3N7JA 3W58A 1G9BA 2AREA 3M3OA 3TI6A 3AZWA 3VKLA 2SLIA 3RMXA 4JRAA 3ALWA 1AJOA 1IVEA 4GDIA 1GSLA 1FX5A 3CNAA 5HUNA 1DQ6A 4CRQA 4P9WA 4AYUA 1YIFA 2QWFA 1WLDA 4YW3A 1G8WA 1V0FA 3WDYA 1YYNA 2VY0A 4FPOB 4Y1UA 4GXLA 2WJSA 2XZKA 1CR7A 3AZVA 2DVBA 3DUIA 5KXEA 1W8NA 2ARBA 5HUMA 3ZYRA 1V0EA 4ATFA 2BF6A 2GNBA 4D8SA 1GICA 3UL2A 3IPVA 1OKQA 3JU9A 2F25A 2CTVA 1AXKA 1B9SA 1G9DA 2OUJA 1ENRA 1YXWA 1INHA 1MS4A 1CQ9A 4H55A 1MZ6A 4M4VA 1WLWA 4FVKA 2YY1A 3R4UA 4Y1VA 2VH9A 4XXPA 4I30A 6NN9A 1QGLA 2QWEA 3PVEA 2BZDA 4Y1ZA 2ARXA 2AGSA 1ULEA 5EYXA 4YW4A 5GLWA 1Q8PA 1C57A 4GZPA 2B8HA 2ZGUA 4AGGA 1NCCN 4K1HA 3WCSA 5CA6A 4NN9A 1BJQA 1KQRA 1W0OA 1DILA 1NCAN 3ZXLA 2HT5A 3W59A 3SALA 3JUUA 1LENA 4M3CA 4XE9A 2C9AA 3Q9OA 2W08A 2E7QA 4DPNA 2AENA 4Y1YA 4MZAA 2VWDA 2WT1A 1AJKA 2A75A 2PHFA 1AX0A 2ZHMA 3APBA 2QWBA 1F5FA 3WZ1A 3POSA 1WLCA 1INXA 3LSDA 4WVVA 3A0KA 3FFZA 1IS4A 3AK0A 4Q8LA 4YG0A 2EF6A 4K3YA 2ENRA 2F11A 1NSDA 2ZGLA 1GNZA 1LGNA 2UWBA 1LU1A 3K36A 1VALA 2GMPA 1N1VA 4RL7A 2WSVA 5JMCA 4H52A 3AP6A 1WD3A 4FPFA 3B69A 2VVZA 1DLLA 4FP3A 3INBA 1N47A 4GALA 5JLVA 1E8UA 1IOAA 1FNYA 2R1BA 2WQZC 3AYCA 2DYCA 1SACA 4HANA 1SLLA 3AJYA 5HX0A 2ZB6A 1B9VA 4JC1A 1Q8OA 3HN1A 1W6NB 3ENRA 1VCJA 1URXA 5CAZA 2QWJA 4FZHA 1H30A 4YGEA 2DTWA 1MS5A 1JN2P 3POYA 4YZ1A 1N3PA 4ZXKA 2D43A 3N3HA 5T55A 3UJOA 1Z50A 2ZGKA 1YO8A 2ZGQA 1LOFA 4XIKA 1IS3A 4YGBA 1WW7A 1DFQA 3ILRA 1INVA 1MWEA 3AP7A 1DYPA 3SH4A 4GZOA 3WUDA 1R1ZA 1WUVA 1EPWA 4LBLA 4LBQA 2C5DA 4HZWA 1V6MA 1BKZA 3T2TA 3NN9A 1V6IA 1W21A 4KS2A 2NMOA 2PHRA 1LHUA 5IUQA 2SILA 3NWKA 1Z4WA 3AYDA 2NYYA 1SBDA 5CNAA 1VIWB 1UKGA 1LU2A 2WT0A 1Z4XA 1W0PA 3VKFC 5T5JA 3W09A 1DZQA 4AVVA 3SH3A 1SLIA 3AZYA 1LEDA 4FPCA 2EXHA 5DUVA 1DQ2A 3TI8A 3V0AA 3MEPA 1V3DA 3SISA 1RIRA 4XBNA 4J9TA 1UN1A 4Y26A 1LECA 3AYEA 5T52A 5IK5A 2ZACA 4LBJA 1NLSA 1LOBA 3TIAA 2CY6A 4NC5A 2ZMLA 2P2KA 4FP2A 4MWYA 1Q8VA 5CB7A 2I2SA 2LALA 5H9SA 3K39A 2DURA 4B7RA 3AZZA 4BMEA 1D2SA 4WZFA 1D0HA 4CPZA 5FRAA 5T50A 3T1LA 4NOTA 3TAYA 1A14N 4MWRA 4F83A 3A4UA 5GJ6A 1SLTA 1LOCA 3ILNA 1F8BA 1MS1A 4P9XA 1NNBA 1MS8A 4ITCA 2AH2A 4KS5A 2DVDA 2A3YA 2YXSA 4HZVA 5JVVA 1QOSA 1ZA4A 1ULGA 1MACA 2AUYA 1XQNA 5T5LA 1N1YA 1X50A 4BBWA 3WG2A 2E51A 3M2MA 3OYWB 3N36A 5KXCA 1WW5A 1FYUA 4YG3A 3ZSKA 1UZYA 2JJ6A 4ATEA 3WG4A 4MJVA 3DGTA 1CESA 2R49A 1LHNA 5EWSA 2SBAA 4XBQA 5DXDA 1HQLA 2NP0A 4GEZA 3L2YA 2ZMKA 3AJZA 4XBLA 4Y1XA 3T1MA 1C4RA 1JBCA 4FPYA 3FLPA 4Y20A 4YM2A 1APNA 2CNAA 1DQ0A 1QMJA 1LESA 1AX1A 2DUOA 1I1EA 2GMMA 1DQ1A 1Y7BA 3LSEA 3H73A 2VK6A 2YA7A 4R9BA 3A71A 4GKYA 2TEPA 1U0AA 4UW6A 1DQ5A 2F29A 2AR6A 3PVOA 1F8EA 1EUSA 4UW4A 2HYKA 4QNPA 4SLIA 2ZB5A 1ENSA 1QNWA 1ULDA 1W6QB 3ZPYA 3IN9A 4Q1PA 4MWXA 3USUA 3H71A 3M3EA 1WW6A 1FV3A 2DTYA 4AWDA 3H72A 4HZYA 2D3RA 3O0XA 2VSKA 5HUKA 4W65A 2W5OA 4MWVA 1IKPA 4YZ2A 1MVEA 3CL2A 2NM1A 4X4AA 1Z0HA 3M1HA 4Q27A 2KM2A 1UPSA 1F9KA 1HDKA 3SNMA 2GDFA 3OGGA 2AEQA 4M3CF 1VCUA 4GKXA 4TYSA 3ZSJA 4XMAA 2WSUA 1LODA 4WEGA 1V3BA 1NSBA 4DS0A 4GA9A 1N1SA 1WBLA 1W6PA 2GMEA 2P3IA 1BQPA 1V00A 2HU4A 2G4IA 1W1XA 2DV9A 4C1XA 2A3XA 3OBRA 1GV9A 1W6OA 1QDOA 1L7FA 1CJPA 2A6XA 4GDJA 4YZ4A 5JOYA 2UU8A 5JOWA 2XB6C 3PMEA 3WDWA 5HCAA 5JOXA 4UW3A 2F10A 4JF7A 4CPOA 1NCDN 4PQ9A 3ALXA 4XJUA 4XJQA 2QWDA 2YV8A 2XZIA 2VW1A 4YGDA 2PHTA 3SILA 1AVBA 4GZXA 2D3PA 2HU0A 1Z78A 3D5OA 2ZBJA 2QWGA 5KXDA 4B7MA 3N35A 4MX0A 3SH5A 3SANA 3HMYA 3AP9A 1V3CA 1LTEA 1WD4A 2A3WA 4KS3A 2R0FA 4D69A 3OY8A 1C1FA 2VK7A 1INFA 2QWCA 2WT2A 4YGCA 2D6LX 2BERA 1KDKA 5GLUA 1MZ5A 1KJLA 1UX6A 2VU9A 1INWA 4YM0A 3VV1A 1PZ8A 3ZXKA 2HTRA 3NV3A 3RRDA 3I4IA 4IQPA 1JYIA 1V6JA 5GLVA 1UZZA 2JKBA 4ZKTB 2QWAA 2HTYA 2CWSA 3ILFA 1DYKA 3O9KA 4GWMA 1A3KA 1QOTA 5B2DA 3AZXA 2P34A 2Z42A 1L7GA 1BXHA 5JDBA 1GZWB 4MWLA 1ULCA 4LBKA 2ZGRA 4MWWA 3H0OA 5HCFA 1O4YA 3KQRA 4LBNA 5AVAA 3WUCA 4UW5A 2A70A 2ZGPA 4XJ9A 4YW5A 4PBOA 3O0WA 1GLHA 1LGBA 3NV4A 1ENQA 3U4XA 4H53A 1SNTA 2F24A 1HQWA 4GJTA 2PELA 1ZM1A 2D6PA 4Y22B 1XOEA 1ULFA 2FHRA 3T1EA 3POWA 2Q5TA 4FPGA 2EAKA 1O4ZA 3D4KA 1XOGA 1IVGA 4X6KA 4XMIA 3V0BA 4BPZA 2X9MA 3WVJA 1IS6A 3K37A 2YA5A 3D11A 1V6OA 4XXAA 3B3QE 1QKQA 4XJAA 3FLRA 1W6MB 1CPNA 3BIWE 1PZ9A 2V5YA 1LHWA 3B00A 1JUIA 3IKWA 1JXNA 4K1JA 1WBFA 4YW1A 3WOGA 2W20A 2YMZA 5SV8A 5KXBA 1QDCA 4YM3A 2P3KA 4K1ZA 1EUUA 1MS9A 2DUQA 5CBLA 1USRA 4XHBA 1LULA 2SIMA 1A8DA 4XOGA 4FOWA 1CONA 2DUPA 3FBYA 4WA4A 1H9PA 1YRZA 4KS1A 1AX2A 4M3CE 4PCRA 1BYHA 1MR5A 4MJUA 1WW4A 2HT7A 2VW0A 1LOGA 3TI5A 5H9PA 3A72A 4R9DA 5HCBA 2YDTA 5E89A 3ZXFA 2E6VA 1DIMA 1N3QA 3WG3A 1SLCA 3B9CA 4P9YA 5H9QA 1S0JA 4L8QA 3AYAA 1TEIA 2F0ZA 2EXIA 1MS0A 4MC7A 1Z4ZA 1NMAN 2PHUA 2ES3A 2YA8A 4DFSA 4K1IA 5GZCA 4FVVA 1Q8QA 2YROA 1W6NA 4JCKA 1QU0A 4MWJA 1NCBN 3AFKA 4WV8A 2QWKA 3TICA 1AXYA 5LK5A 2YDPA 4CPYA 2D6KA 2ERFA 4M00A 3OBTA 2D3SA 3IPVB 1VLNA 2WLQA 5GLZA 1UL9A 2ZGSA 2JE7A 1WCQA 4AVSA 2A6WA 4Q1RA 4U2AA 3FUOA 3O0VA 1NN2A 1KRIA 3WNXA 3N7MA 4Q2FA 1G7YA 1A4GA 2HTWA 3IMNA 4M4NA 1F8DA 3PJQA 2W5NA 3BODA 3V65A 3QLQA 2ZGNA 4XTPA 4MZEA 1RINA 3K3AA 3AP4A 2A6ZA 3H6JA 4AGVA 4XILA 5IK8A 1NNCA 4HZXA 1INYA 1CN1A 2R16A 2ZHLA 3ZVXA 1UMZA 2ZKNA 1V3EA 4M3CB 1LOFC 1L7HA 1J1TA 3JU4A 5DZFA 3WDUA 1SBEA 2A7AA 3AXEA 3WDVA 3B7EA 1FAYA 4BM8A 3TI4A 1SLAA 2RKCA 2E53A 3M3QA 4KS4A 4MWQA 3N7KA 3WG1A 1S0CA 3AX4A 3GALA 4YFWA 4BQ1A 4UF7A 3TB0A 4K1KA 3RS6A 3ATGA 5EXOA 3UK9A 2FMDA 2OW4A 3R4SA 4K21A 4BLIA 1NNAA 1KITA 5GZDA 3VKNA 3AP5A 1YI7A 2JD4A 1DQ4A 3GVKA 1HLCA 1LJ7A 2B7YA 3LCPA 4YLZA 4AGRA 1S1AA 2VW2A 4FPJA 1GBGA 1JOJA 4RA0A 4X49A 2EALA 4CPMA 2ZAAA 5DZEA 1LHVA 1INGA 4NCSA 2CWMA 5EYYA 2GN7A 2YA6A 4C1WA 2BQPA 1S0IA 1NMCA 4FPEA 3RMYA 3OYWA 3WV6A 1IVFA 1MVQA 2CYFA 3BTAA 2EXJA 1F8CA 4FPLA 2EIGA 3CYEA 1GYKA 2C4LA 2DVFA 2D7FA 2HT8A 3NV1A 1LEMA 2H0BA 1W8OA 1MS3A 3WDTA 1G9AA 5FREA 2RHPA 2NN8A 2QWIA 1SO7A 2GNDA 2A5ZA 3RQ0A 3CL0A 3V0BB 4GZSA 5DG2A 4FJ6A 1Z4VA 2P3JA 1W20A 4BOWA 4XDQA 4DRRA 5DG1A 3SITA 4Q6KA 4DGRA 5IK7A 4XTMA 1S0BA 4LBQB 2D6OX 2EXKA 2GNTA 3INAA 3GVJA 2JE9A 3R05A 4XZPA 2YA4A 1G86A 2NMNA 3K38A 3MW3A 2R0HA 3WLUA 1Q8SA 2W38A 1FNZA 1W6QA 5GZGA 1SBFA 2A6YA 4XJ8A 3TI3A 2HTQA 4TZDA 7NN9A 5DUUA 4GB1A 3WDXA 3AXDA 3GNEA 4FOVA 2C4AA 1CPMA 4DQAA 3V0AB 1BZWA 4PBPA 4CPNA 2R1DA 1H9WA 2ZABA 1USXA 4R9AA 1A4QA 3KM5A 1VAMA 4Q8KA 1E8VA 1OQ1A 3RG0A 1FATA 1RITA 2HTVA 3WHUA 5GALA 5IK4A 3OJBA 4LBQD 1IKQA 1C1LA 5GZEA 4XIOA 5IT6A 1G9FA 2ZGOA 1PZ7A 1B9TA 1LOAA 2YZ4A 1Q56A 5F9TA 1JYCA 2WKKA 3V64A 4FOQA 4XYXA 3WCRA 4FOYA 4MYEA 1AXZA 4QN6A 2F28A 1GKBA 1V6LA 1IVDA 2OUHA 2ZHNA 4AVTA 4ISQA 2DWRA 1KDMA 2BATA 4YFZA 3I8TA 4PF5A 2GALA 4LBMA 3B01A 1QNYA 3VKMA 2DVGA 1GZCA 4QN4A 3FUQA 3OPZA 1SLBA 2ZZJA 4Z8BA 3MW2A 1AZDA 3VUOA 2F12A 2XCYA 3VKOA 4GZTA 3ZXEA 1S0GA 4YZ5A 4HIZA 1UAIA 1S0EA 3N7LA 1B09A 3NSSA 5B2CA 2ZA9A 4OZXA 3UJQA 2V73A 1ONAA 2WNEA 3IM0A 4NO4A 4ISRA 4XJZA 5T5OA 1IVBA 1JHNA 3FLTA 2F26A 4Q26A 4Y20B 3ZYPA 2A6VA 2ZGTA 3QCWA 2ZMNA 2PHWA 2UURA 2E7TA 4U36A 3BOPA 5E8AA 2W39A 2PHXA 1N3OA 2VXRA 4GZQA 3O5SA 1FV2A 4M3MA 4YG6A 1A78A 1DGLA 2AYHA 4GWNA 2ZHKA 1V6KA 1E8TA 2F13A 1V2IA 2D6NA 5DUWA 4CPLA 3USUB 1LGCA 3ZSLA 3A0NA 3MPPG 5NN9A 4YZ3A 1GZWA 1IVCA 3O9JA 1F31A 1Z4YA 2P37A 4M4UA 3C2UA 4BLJA 4M01A 1NXD1 4FPHA 1BJIA 4X47A 2CL2A 1LHOA 1NMBN 2DU1A 1LCLA 1OFSA 4LBOA 1JW6A 3RSJA 5GM0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YYOA 1US3A 1I9RA 1SEFA 4LO8A 5FIXA 5FXVA 4A3XA 3VD5A 5GLTA 3D6EA 1O7FA 1I3HA 3LEGA 3OD0A 3U11A 1XNBA 1VAVA 5EQUA 3Q6KA 3ZGCA 2NQYA 4H14A 2D44A 1OC1A 4P9JA 2VUDA 2QQWA 3OUIA 1IG0A 4Y22A 2F4LA 1UD1A 1LOEA 5A7WA 2V5DA 3E5XA 2XH6A 1K12A 1BMV2 3U07A 4DXTA 3VZOA 1H2MA 5HV0A 2QKDA 2QQOA 1IS5A 1ZBA2 1SCSA 4XJWA 2PYTA 2R32A 3FHQA 2VSMA 3KWVA 2VOXA 4JGZC 1NSCA 1VBB1 2WNVC 4IFLX 4EZ4A 1G9CA 3MV11 3OBZA 4P02B 3VBHB 3MLKA 1QF3A 5CKQA 3MIHA 5JIAA 5FY0A 4FPKA 2JDZA 2WDBA 3WHTA 1HRV1 2VZRA 1W6PB 2X53S 1WCSA 3GHMA 2OVUA 3AB0A 1SFYA 1AR93 1CVNA 1DBNA 3LA3A 5GZFA 2QWHA 5JYYA 4FQZA 5IVBA 1FOD2 2RVAA 3UESA 2YB7A 5AC93 4ASMB 5JOZA 2W52A 4QN7A 3M3CA 5L73A 2LTNA 4WA5A 4QN5A 4AI3A 3NL1A 2DU0A 4K1YA 1O3SA 1B35A 2RM23 1S0FA 1NXMA 1POV1 1W6OB 2W2IA 5D8AA 5KC5A 2JECA 2VK5A 1XNAA 1W6MA 4XURA 3WNPA 2XXZA 5BUVA 2WZR2 2XG3A 3HIFA 5JSPA 4XHXA 3CU7A 3PUIA 4DXSA 4YVWA 5FY5A 3MW4A 3HR9A 4JTNA 5A6ZA 4TXWA 1AL23 2VUAA 4AF9A 1NE6A 4B7QA 1UYPA 3ZXJA 5KBFA 5BNOA 4LK6A 3GVLA 4ASCA 4B7JA 2E31A 3BU7A 3SKVA 4B7NA 1PO22 4K20A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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