4XENA

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme in complex with tetra-n-acetylchitotetraose at 920 mpa
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xenA00
1LSDA 1B7PA 2WARA 5FCPA 2BQBA 1VDSA 4NHIA 5LYZA 1GFUA 4IATA 1DI5A 3CT0A 4LT0A 4XJHA 3TMWA 1CJ9A 4XJIA 1GBWA 2EKSC 2LZTA 5EBHA 1LZDA 5LAGA 1LHKA 4WL6A 4QY9A 4NSJA 1NMMA 2H5ZA 4QGZA 2BQKA 5KXLA 4H90A 1XGRC 1GBOA 1B5XA 1B5WA 2HEAA 2BQMA 1KIPC 1F10A 1GB7A 1XGPC 1FKQA 5LVJA 2F4AA 4LYMA 1QDRA 2IHLA 3P64A 5DN4A 1UACY 1OUCA 3WXUA 2ZIJA 5LAFA 4CGEA 1GF0A 4XJGA 5KXYA 4YEMA 4H9HA 1GXXA 3WW5A 1E8LA 2ZYPA 1J1XY 1JISA 1GE4A 1TDYA 1VDPA 1WVUA 1HENA 4N8ZA 1GB9A 2DQHY 5APDA 5FEKA 3RW8A 4UWVA 1TCYA 1OUIA 1NDGC 4WLTA 3WUNA 4HV2A 5D5CA 4HTNA 4WG1A 3OK0A 3EXDA 3OJPA 3W6BA 1FKVA 1IR8A 1BB4A 1LZEA 4NGYA 3RZ4A 1IP7A 1DPXA 2BQCA 2C8PA 4YENA 4BAFA 3AJNA 135LA 4HJYA 2MEIA 4E3UA 2DQJY 6LYZA 1YL0X 1LJ4A 2HEEA 1WQRA 2YBIA 1LZYA 4U3XB 5B1GA 5KY1A 2DQAA 1FBIX 2BQFA 4I8SA 1ALCA 4N5RA 1HEMA 1QIOA 3W3EA 1LZGA 1ZMYL 1AT6A 1B7OA 1DKKA 4QDNA 3SP3A 1LMOA 9LYZA 4H9EA 3AZ7A 1WQQA 3B6LA 4WLYA 5A3ZA 1LSFA 4Z46A 5HLLA 1HEWA 3T6UA 1B5YA 3AB6A 154LA 1OUAA 3QNGA 1H87A 1BB6A 3AGIA 1WQMA 1GFGA 1LSCA 4DT3A 2X0AA 3AZ4A 3WYHA 1DZBX 4ET8A 4RW1A 4H9AA 4NGOA 1GF7A 1LJNA 1QUTA 5F81A 4DD0A 4Z41A 4OWBA 5DM9A 3RNXA 1YAQA 1UUZC 4NGVA 4XADA 3TMXA 1JKAA 4W94A 5I4WA 3B0OA 4WM4A 5KKJA 4H9IA 1GF4A 2NWDX 4NHPA 3G3AB 2RSCA 1RCMA 2HEFA 1NF5A 2YBMA 1IC4Y 1WQNA 2I26L 3CB7A 3WUAA 4DDCA 1HELA 4H1PA 1H6MA 3ATOA 1EQ4A 4J1BA 4PRUA 8LYZA 3J4GA 4HTKA 1IC7Y 4DD2A 4WOAA 1GFJA 1YAMA 3D9AC 5JENB 1LYSA 207LA 1VEDA 4NEBA 5ILCA 5F14A 1GBXA 5LYMA 1FN5A 4ANRA 5KXNA 1LZBA 1GXV2 4LT2A 4OW1A 1CKGA 3A96A 5KJ9A 4N0JA 3WW6A 4MCKA 3WPLA 1XEIA 5HMVA 4YM8A 1JUGA 1JIYA 1QTEA 4PGJB 1YAPA 3E3DA 1OUJA 3M3UA 3W6FA 1BB7A 3TXBA 1GE2A 5LVKA 5AMYA 4WG7A 1GPQC 2F2NA 1LZCA 2I25L 3D3DA 1GFTA 1JTTL 1LTMA 3HBDA 3F6ZA 1GB5A 4GN3A 1NDMC 1CKDA 3WU7A 4M6DA 2DQIY 1LSNA 1UBZA 3W6AA 4D9ZA 3HBHA 4LYBA 1BHZA 1GFKA 1GEVA 2PC2A 1MELL 1IOTA 3TMVA 5KXMA 5LVGA 1IIZA 3KAMA 1IWYA 1B5ZA 2HEBA 4NGJA 1LJKA 2ZYCA 4WO6A 4Z98A 1RFPA 2G4QA 2D4KA 1YIKA 1JSFA 2CGIA 1REMA 4KXIA 3QE8A 4ETEA 1Z55A 5L3HA 2YDGA 1V7TA 2CJLA 4HJVA 1QSWA 2HU1A 2LYOA 3TXKA 4YF2A 1GD6A 5C6JA 4NSIA 3VWOA 5J7CA 1G7JC 1YROA 3CT1A 4IJ4A 1GAZA 3T36A 4B49A 2YBNA 1C45A 4G9SA 2DQGY 2EQLA 1F6SA 3A94A 4DD9A 3A90A 1F0WA 2W1MA 1LZAA 1IEEA 3B72A 4ETCA 5KXRA 1LZ9A 1NKHA 4GCEA 4QEQA 3CSQA 5LXWA 1XGTC 3RT5X 3EBAB 153LA 1GF3A 1BWHA 4A7DA 4XJDA 3G3BB 2BQEA 1IP6A 4RLMA 1CKHA 5IHGA 1D0LA 1GEZA 1I1ZA 2Z38A 3A93A 5APEA 3TXHA 1UIDA 1GFEA 4H8YA 4O34A 4TWSA 1GF9A 4HPEA 1GB8A 1GWDA 3BKHA 5F9UA 1B7MA 2I6ZA 4LFPA 1GFRA 2ZILA 3A6CY 4LT1A 5T3FA 1HERA 1LJ3A 1DKJA 1CKCA 1YANA 1GFVA 1N4FA 1GDXA 2CWIA 4HSFA 4N9RA 1HMLA 3WPKA 4KPMA 5HMJA 5B59A 1AM7A 2D4IA 1AT5A 1IWUA 3CQLA 4NIJA 4MR1A 5LA8A 4ETBA 1CJ7A 2MEAA 3AGGG 1GFAA 5KXWA 3AZ6A 1BQLY 2H9KA 1GFHA 1FLYA 5KXSA 2MEBA 2BQNA 1CKFA 1FLQA 5HNCA 4OWCA 1PZYA 1OUBA 1YKXX 5LIOA 1VDQA 2MEHA 4BS7A 1IR7A 2Z12A 1LJFA 1LYOA 3FE0A 1B2KA 4G4CA 1JEFA 4FJRA 2MEDA 4TSBA 1KIQC 1AZFA 1RJCB 1T6VL 4OOOA 1LKSA 3WXTA 1D0MA 1OP9B 4WO9A 1LSBA 3WU8A 1JKDA 2GV0A 1FLWA 1ZVYB 1NWGA 2Z37A 4NWHA 3W6CA 4KL7A 2BPUA 2MEEA 4H8ZA 4H9FA 1LZ6A 1LJHA 1VATA 2A7FA 1G7IC 4UWNA 3WVYA 4XN6A 3AW7A 1IO5A 4J1AA 4DDBA 1C43A 1A4VA 3WVXA 5D5FA 1LMQA 4H91A 3RU5A 4NGKA 5KXOA 1LPIA 1T3PA 1UICA 3LYZA 2YSSC 1REXA 4RLNA 1JKBA 2YVBA 4H93A 5DN5A 3ZEKA 4G4BA 2AUBA 5A3EA 1TEWA 3K3TA 3A6BY 5B1FA 3A8ZA 1C7PA 4P2EA 4RW2A 1OUEA 1GB0A 4XENA 1LZ4A 2A7DA 1EQ5A 3GXKA 1XGQC 4WMGA 4NY5A 1HFXA 1REZA 1GF8A 134LA 1LMPA 1INUA 1DI3A 4FDYA 4OOTA 4C3WA 1IOCA 4I0CA 3TXIA 2XJWA 1B5VA 1G7LC 1NBYC 5LA5A 5II3A 2HECA 1LZNA 1UIAA 1B7QA 4AGAA 2ZNWY 1SLYA 1HSXA 2MECA 1IY4A 1LKRA 2LYZA 2Y8PA 1LHHA 4OWEA 5LVIA 4GCFA 4LYOA 4EOFA 3TXFA 2YBLA 4NHSA 1TBYA 1LJIA 1A2YC 4L41A 1GDWA 1J1PY 1C46A 1LSAA 2ZIKA 4LT3A 1YKZX 4XJBA 4HJZA 4LZTA 4ZIXA 1O23A 4OWAA 5L9JA 4HTQA 4WM1A 4B4EA 1KXYA 4BAPA 1HEPA 4GLAA 1UIEA 1W08A 4NGZA 3WPJA 2ZQ3A 1IP4A 5KXXA 1IP2A 4CHXA 1D6QA 3EO5A 3WU9A 2HUBA 1BB5A 1JTPL 5APCA 5FELA 1IP1A 4CFOA 5ILFA 4DC4A 4DD3A 4ZEEA 2C8OA 2W1XA 1KXXA 3MGWA 3HBEX 4H8XA 4TTDA 3W6DA 1WVVA 2BQGA 2W1YA 1WQOA 1GBYA 2BLXA 2DQDY 1JJ3A 1HEQA 4NG1A 5KXKA 2ZQ4A 4LGKA 1EL1A 1OQMA 3A92A 4LYCA 1HSWA 3CSZA 4NHTA 2ZNXY 4YOPA 3AW6A 5DL9A 1BVXA 5HQ1A 1GE1A 1XFPL 1HMKA 1YQVY 2XBSA 1HHLA 5LVHA 1SQ2L 3IJUA 1B7LA 193LA 1IWTA 1D0KA 2LYMA 3N9CA 7LYZA 2H9JA 4B4JA 208LA 3LZTA 4LYZA 1IWXA 1EQEA 1JJ0A 1OUDA 1G7MC 1NQIA 1ZV5L 4YEOA 5I53A 5K7OA 1TAYA 1JTOL 1QUSA 4ZFPA 2BQDA 4PJ2C 1P2CC 1GBZA 1IC5Y 4NGLA 3LHMA 4WLDA 4EMNA 1LSGA 1LCNA 1LJEA 2LHMA 2DQCY 1PS5A 1QSAA 1UC0A 1IORA 2BQIA 2Z2FA 3W6EA 4M4OA 1YILA 3CT5A 2FBDA 133LA 1XEJA 2D4JA 1GAYA 1C10A 5LINA 1LJGA 1G7HC 2W1LA 1KXWA 2BLYA 3TXGA 1IR9A 4XYYA 1GB6A 4BADA 2MEGA 5I4YA 2DQEY 2FBBA 2IFFY 4NSGA 3P68A 1LZTA 5HNLA 1UIFA 2XBRA 1JSEA 2MEFA 5I4XA 4LFXA 4NGIA 4GN5C 1B7SA 1BWIA 1FDLY 1QDTA 3P65A 4H9CA 4Z3MA 2HTXA 4WM2A 5IDDA 4ETDA 2Q0MX 2FYCA 4G4HA 4GCCA 1LHMA 4WM5A 5IELA 1B0DA 1LMNA 2BQJA 1IP5A 1LZ5A 2HU3A 4HV1A 2D91A 2XTHA 1LZ1A 2B5ZA 3LN2A 3HFMY 1I56A 1JJ1A 2DKVA 3GXRA 1YAOA 2EIZC 3WH1A 1LMCA 1LSEA 3ULRA 1FLUA 1UIGA 1LSZA 1HFZA 1BVKC 5KKIA 2Z2EA 5L3IA 4NGWA 1IOQA 1QTKA 2LZ2A 4NHQA 3A67Y 3B0KA 1BWJA 4N1CC 5F9XA 1D9UA 1DXJA 194LA 5I54A 2HEDA 2Z39A 4B1AA 1IVMA 1D6PA 4TUNA 3IWRA 1VDTA 1LZSA 3M18B 4NG8A 4X3BA 1LOZA 1IWZA 4WM6A 1DI4A 4B4IA 1DPWA 3A95A 3WL2A 1XEKA 1B7RA 1OUFA 1LMTA 1QQYA 1LSPA 4NWEA 1LJJA 5C6LA 6LYTA 5B05A 2BQLA 1IWVA 1LMAA 2G4NA 5KXPA 1JWRA 3LYMA 132LA 1B9OA 4DD7A 1MLCE 1JPOA 4LYTA 2BAAA 4OWHA 1UCOA 4N1EI 1GB3A 2D6BA 5B07A 2BQHA 1JITA 2EPEA 3LYOA 5LYTA 2Z18A 1WTNA 5C6IA 1B5UA 1HEOA 1V7SA 1XSFA 4XJFA 1XGUC 4IASA 4WL7A 1GE0A 1LYZA 4HP0A 1BB3A 4NSHA 4RDSA 3A3QA 3N9AA 4PPOA 1GBSA 1LZRA 1UIHA 5KXZA 3LYTA 4CFPA 3AYQA 3J6KA 1CJ8A 1UIBA 4H94A 1KIRC 4CJ2A 4G49A 4R0FA 1RI8B 1W6ZA 2FYDA 4DWXA 4HPIA 1IX0A 2Z19A 1HF4A 1GF5A 3ATNA 4II8A 4NFVA 3A91A 4GLVA 3N9EA 4W96A 5E9RA 4C5FA 1J1OY 1AKIA 1YKYX 5FSTA 4GN4A 1JHLA 3ZVQB 1WTMA 4H9BA 1LAAA 4PRQA 4PHIA 4DYGA 1LZ8A 3A3RX 1ZVHL 2YBJA 5FDJA 1WQPA 3P4ZA 3AZ5A 3TXDA 1JKCA 3CSRA 5DLAA 4DD1A 1IOSA 4WM3A 3LZ2A 1LSMA 1GHLA 1F6RA 4MSTA 3BKVA 5FHWA 1IY3A 5F16A 3WMKA 1YL1X 1RE2A 1GF6A 1CNSA 1C08C 1HFYA 4H92A 3WUMA 4AXTA 4B0DA 3TXEA 1CJ6A 1VFBC 1LHIA 2F30A 3QY4A 1REYA 2DBTA 4TSCA 2CDSA 1I20A 1DQJC 1LYYA 1B7NA 1LHJA 1VAUA 5APFA 2YBHA 3P66A 4GCBA 1IP3A 1GB2A 1OUHA 2BQAA 3EMSA 3TXJA 1LHLA 2F4GA 1UA6Y 2VB1A 4GCDA 4TX7A 1NBZC 4J0LA 4ETAA 2N5ZA 4ET9A 3TMUA 4DDAA 3A34A 1NHEA 3IJVA 3AGHA 5E4PA 1OUGA 1GE3A 3WULA 5B06A 1BGIA 1HNLA 2BQOA 4J7VA 3B0IA 4WLXA 4UWUA 4ML7A 3FI7A 4R6CA 4KT3A 1IWWA 3ZVQA 1LSYA 2G4PA 2ZWBA 5KXTA 5I5QA 1HC0A 5M1YA 2DQFC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7PA 5FCPA 1NHBA 1VDSA 1GFUA 3F8VA 4LT0A 5EBHA 1L59A 2BQKA 3C8RA 5KXLA 1L10A 1B5XA 1B5WA 251LA 1KIPC 1L61A 1XGPC 5LVJA 4CGEA 5DN4A 1UACY 1L70A 1E8LA 4XJGA 1GXXA 1L04A 1J1XY 1GE4A 1TDYA 4N8ZA 1LYEA 3WUNA 3OE9A 3EXDA 2OU8A 3OJPA 180LA 1IR8A 2Q9DA 3RZ4A 4YENA 4BAFA 4ARQB 135LA 1I6SA 2MEIA 1L09A 1QT4A 2RH1A 2BQFA 4N5RA 1HEMA 1L62A 1L02A 9LYZA 1P37A 1LSFA 1L19A 2OE7X 1H87A 1BB6A 1WQMA 1LSCA 3AZ4A 1DZBX 122LA 1C6MA 159LA 5DM9A 147LA 4W94A 1L01A 5KKJA 4H9IA 2NWDX 4NHPA 2RSCA 1RCMA 1L65A 1HELA 1H6MA 3ATOA 4DD2A 1GFJA 1L23A 5JENB 3D4SA 207LA 1VEDA 5F14A 4I7OA 2NTHA 5KXNA 1LZBA 1GXV2 3WW6A 4MCKA 4PGJB 144LA 3E3DA 1QTHA 3D3DA 1C6BA 108LA 4LYBA 2PC2A 1MELL 2IGCA 2ZYCA 2D4KA 1YIKA 2CGIA 1REMA 1L58A 2LYOA 3TXKA 1C64A 1L47A 4NSIA 5J7CA 1G7JC 1YROA 4IJ4A 2RAZX 3GUNA 4B49A 2YBNA 1L84A 1C6QA 262LA 1C6IA 3A90A 1F0WA 1LZAA 157LA 1KW7A 258LA 5KXRA 249LA 3CSQA 2B70A 218LA 1DYAA 4XJDA 2XQOA 3HT9A 4YXAC 1CKHA 223LA 4I7KA 141LA 1GFEA 4H8YA 1GF9A 5F9UA 2I6ZA 1DYBA 1QTZA 3A6CY 1DKJA 1N4FA 2CWIA 1HMLA 1QS9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSD A;  1B7P A;  2WAR A;  5FCP A;  2BQB A;  1VDS A;  4NHI A;  5LYZ A;  1GFU A;  4IAT A;  1DI5 A;  3CT0 A;  4LT0 A;  4XJH A;  3TMW A;  1CJ9 A;  4XJI A;  1GBW A;  2EKS C;  2LZT A;  5EBH A;  1LZD A;  5LAG A;  1LHK A;  4WL6 A;  4QY9 A;  4NSJ A;  1NMM A;  2H5Z A;  4QGZ A;  2BQK A;  5KXL A;  4H90 A;  1XGR C;  1GBO A;  1B5X A;  1B5W A;  2HEA A;  2BQM A;  1KIP C;  1F10 A;  1GB7 A;  1XGP C;  1FKQ A;  5LVJ A;  2F4A A;  4LYM A;  1QDR A;  2IHL A;  3P64 A;  5DN4 A;  1UAC Y;  1OUC A;  3WXU A;  2ZIJ A;  5LAF A;  4CGE A;  1GF0 A;  4XJG A;  5KXY A;  4YEM A;  4H9H A;  1GXX A;  3WW5 A;  1E8L A;  2ZYP A;  1J1X Y;  1JIS A;  1GE4 A;  1TDY A;  1VDP A;  1WVU A;  1HEN A;  4N8Z A;  1GB9 A;  2DQH Y;  5APD A;  5FEK A;  3RW8 A;  4UWV A;  1TCY A;  1OUI A;  1NDG C;  4WLT A;  3WUN A;  4HV2 A;  5D5C A;  4HTN A;  4WG1 A;  3OK0 A;  3EXD A;  3OJP A;  3W6B A;  1FKV A;  1IR8 A;  1BB4 A;  1LZE A;  4NGY A;  3RZ4 A;  1IP7 A;  1DPX A;  2BQC A;  2C8P A;  4YEN A;  4BAF A;  3AJN A;  135L A;  4HJY A;  2MEI A;  4E3U A;  2DQJ Y;  6LYZ A; 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 1UIH A;  5KXZ A;  3LYT A;  4CFP A;  3AYQ A;  3J6K A;  1CJ8 A;  1UIB A;  4H94 A;  1KIR C;  4CJ2 A;  4G49 A;  4R0F A;  1RI8 B;  1W6Z A;  2FYD A;  4DWX A;  4HPI A;  1IX0 A;  2Z19 A;  1HF4 A;  1GF5 A;  3ATN A;  4II8 A;  4NFV A;  3A91 A;  4GLV A;  3N9E A;  4W96 A;  5E9R A;  4C5F A;  1J1O Y;  1AKI A;  1YKY X;  5FST A;  4GN4 A;  1JHL A;  3ZVQ B;  1WTM A;  4H9B A;  1LAA A;  4PRQ A;  4PHI A;  4DYG A;  1LZ8 A;  3A3R X;  1ZVH L;  2YBJ A;  5FDJ A;  1WQP A;  3P4Z A;  3AZ5 A;  3TXD A;  1JKC A;  3CSR A;  5DLA A;  4DD1 A;  1IOS A;  4WM3 A;  3LZ2 A;  1LSM A;  1GHL A;  1F6R A;  4MST A;  3BKV A;  5FHW A;  1IY3 A;  5F16 A;  3WMK A;  1YL1 X;  1RE2 A;  1GF6 A;  1CNS A;  1C08 C;  1HFY A;  4H92 A;  3WUM A;  4AXT A;  4B0D A;  3TXE A;  1CJ6 A;  1VFB C;  1LHI A;  2F30 A;  3QY4 A;  1REY A;  2DBT A;  4TSC A;  2CDS A;  1I20 A;  1DQJ C;  1LYY A;  1B7N A;  1LHJ A;  1VAU A;  5APF A;  2YBH A;  3P66 A;  4GCB A;  1IP3 A;  1GB2 A;  1OUH A;  2BQA A;  3EMS A;  3TXJ A;  1LHL A;  2F4G A;  1UA6 Y;  2VB1 A;  4GCD A;  4TX7 A;  1NBZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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