4XH1A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase in complex with amppnp and propionate
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
393
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule tags Transferase
total genus 139
structure length 393
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh1A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh1A02
1K8KA 1XQSC 1ZBSA 4H5WA 3M6GA 3J8AA 2BUPA 5AQTA 4H5NA 3EL2A 4FWQA 3EKSA 1HPMA 5AQSA 2QWRA 5AZJA 1ATNA 5KPRA 2QWNA 2ZGZA 3QFPA 1E4FT 3FZFA 5AQWA 4BVOA 3VESA 4CBXA 3SMSA 4CZHA 4CZLA 4BGAA 3FZMA 1QZ5A 3ENHA 3LM9A 4BRDA 2D1KA 4IZ9A 2A5XA 3U9DA 2QWLA 3D2FB 4M7YA 1E4GT 3UKRA 3CQYA 5LJWA 3RSEA 3LL3A 5F0XA 3L0QA 3CERA 2QW9A 1NWKA 2V7YA 3D2EB 3VETA 4CD3A 3HSCA 4B9QA 5JICA 2D4WA 3O8MA 3W3DA 5AZIB 4M7XA 4ISEA 3H46O 4BC3A 4F9OA 4HWIA 4BRNA 2GELA 1GLFO 2A41A 3ULEA 1NLVA 4JHDB 3FZKA 2E1ZA 4BRPA 4CZIA 4Y0WA 1HKGA 4I6MB 1X3MA 1BWFO 2HMPA 3CJAA 2GUPA 1T6CA 1Y64A 2IIRA 4BRMA 5JLFA 1TUUA 4B1WB 3H3NO 3LM2A 2QWQA 3FE1A 3VGLA 4DHYA 1GLBG 1HUXA 5AFUA 5EXWA 1IJJA 1YUWA 3H6EA 4H0TB 3EN9A 3O6WA 4FWMA 4B1ZA 3VEVA 1GLLO 2QM1A 4FWPA 5KPZA 4PKIA 1MDUB 3GBTA 3WXLA 3ATUA 2E8AA 3IDHA 2I7NA 4CD1A 4H0VB 2ZGYA 2GWKA 3H1VX 1GLCG 3M1FA 4WYBA 3VF4A 4H5VA 3ID8A 4L3QA 1HKCA 5KPTA 3VENA 2VYPA 4CZJA 4BC2A 2A3ZA 2AP1A 1S3XA 2A42A 1LOTB 1QHAA 1SAZA 5AQFA 3G25A 2OANA 1IG8A 3DXKA 4FL9A 4MO5A 3VPZA 3WEEA 5BPLA 4RTFD 2QXLA 3ENOA 4CJ7A 4DCHA 5FPDA 5LJVA 1HKBA 1G99A 3FR0A 4BRLA 2E2QA 4CZKA 3D2FA 5E84A 5B8HA 5BR9A 1C0FA 1V4TA 3TPQA 1C0GA 3DXMB 4RCHA 1KAXA 1X3NA 1JCGA 3BUZB 4BR7A 2FF6A 4B1YB 2W40A 3O5BA 1WOQA 1YXQA 4BR0A 1RFQA 5AQKA 2A6AA 2P9IB 5BN9A 4LC9B 3VF2A 3FZHA 3FFKB 4K41A 2AA4A 4JHDA 5JLHA 3QDKA 5AQJA 4QS7A 1GLDG 3F9MA 2P9PB 5AQLA 4AM6A 3HBTA 4H5TA 5AQQA 2Q2RA 3HZ6A 4CZMA 1SQKA 3AY9A 3L6QA 3VEYA 3UB5A 1CZAN 5AFUH 3VEOA 4XEIA 3U9ZA 3QFUA 4XH5A 3EO3A 3SK3A 3H1QA 3CI5A 3R9PA 5EX5A 3AAPA 4BC4A 4EIAA 4JNEA 4NB4A 4CBUA 3QBXA 4IO8A 3I8BA 2YHXA 4A2AA 1NGBA 4WQ4A 1U2VB 3C0BA 3P4IA 4A2BA 4J8FA 3H45C 4ISGA 1T44A 1X9JA 5BREA 2E2NA 4H0OA 1NGDA 2F9TA 3HM8A 3ZX2A 4BROA 5EY4A 1ZXOA 3ZETA 4BQZA 3A5NC 2J4RA 3C7NB 3S41A 4JD2B 5AQYA 1MA9B 2A40A 1KAYA 3ZX3A 4FOEA 4FO0A 2PBDA 1NM1A 3WXIA 4XH1A 1NBWA 5F1XA 2PAVA 3GOIA 3GG4A 4PL7A 3U8XA 3CJ9A 3LDOA 1T6DA 3BF1A 2ZF5O 3D7EO 3LDNA 4B1XB 3CJBA 4WQ5A 3DXMA 5EOYA 2VWBA 2CH6A 2CH5A 1NGCA 1TYQB 3GL1A 3ZEUB 3O80A 1BOTO 4JN4A 4KBOA 2P9IA 4PKGA 1NGJA 3MDQA 1RDWX 1Z05A 4BRFA 4MO4A 2CGJA 4AM7A 1D4XA 2P9PA 1KAZA 4BC5A 2FSJA 2E2PA 4BRHA 3B8AX 1GLJO 3JXUA 3VOVA 5ADXH 5AQMA 2P9SB 2DPNA 4O5FA 4PL8A 4EFHA 5AZIA 4FPAA 4H03B 2ASMA 3A8YA 1JCFA 5AR0A 3CETA 2P9NB 1NGGA 2GEMA 3SLCA 1YVNA 3MN7A 1K8KB 2P9LB 4K42A 5I9EB 2E1YA 3VEZA 2GWJA 2D0OA 4BRKA 4IXCA 2P9UB 4DB3A 3EZWA 4EHUA 1U2VA 3BEXA 4O8KA 3A5OC 3O08A 2VCPA 4QS9A 4A61A 3VGMA 1BG3A 2YHWA 4BR9A 1KXPA 3WXKA 2FSKA 3FLCO 1XC3A 2QWPA 2UYTA 2YHYA 3IFRA 3A5LC 3CJ1A 3HTVA 3UKRB 3LDLA 3SJHA 1V4SA 3D2EA 2FSNA 3BP8A 5BPMA 1QQNA 1SZ2A 3FZLA 4EAHD 2QWMA 3VF6A 1U6ZA 3W0LA 2F9WA 2FF3B 3VGKA 2FLOA 3R6MA 4H5RA 5CE3A 1BUPA 2P9KB 2FXUA 5AQHA 5AQPA 5EVZA 4BGBA 2E88A 5AQNA 4I6MA 4BG8A 1NGEA 5BPNA 1TUYA 4FWRA 1QQOA 1BA1A 3MK6A 1TYQA 4H0PA 4BRQA 2ZWHA 5AQZA 4YDUC 3U4LA 1H1VA 3GE1A 1J6ZA 4BVPA 4FSVA 1JCEA 3O1BA 5BRFA 1BDGA 1BU6O 2NRHA 4QS8A 1S22A 4JAXA 1YAGA 1XUPO 3O4WA 3WQTA 3L4IA 2D0PA 4NO7A 2GTDA 3OHRA 3LDPA 5F2RA 3TU5A 2CGKA 4BR2A 2IVPA 1Z6RA 3LDQA 3UKUB 2YJFA 3WXJA 4H0XB 1GLEG 3R8EA 2HF3A 4B1VA 4CI6A 5AQIA 4CZEA 2P9NA 5FPNA 4GY2B 1NGHA 5KQDA 2E2OA 5ELZA 5FPEA 2P9LA 1LCUA 2V7ZA 3QB0A 2IVOA 4MLEA 1MWMA 2P9UA 4K43A 3SMPA 3A5MC 2ASPA 5TKYA 3DXKB 3O1WA 4BG9A 4BRIA 3WEEB 4FWSA 3AAQA 4CBWA 1GLAG 4FWLA 3VEXA 4BQLA 2HF4A 4FWKA 4BREA 4RWTA 3M3ZA 3MN6A 4MLHA 4WQ4C 1EQYA 2Q97A 3BF3A 1P8ZA 5AQGA 2NLXA 2Q36A 3DAWA 1QQMA 4IWVA 2IVNA 2CGLA 3MCPA 2P9KA 4BRCA 2KHOA 3QICA 1ESVA 2HOEA 4C23A 1BO5O 5JMVA 3WT0A 3CQXA 3DJCA 5AQUA 2W41A 3H3OB 3HI0A 1Q18A 5BRHA 4PKHA 2EWSA 2Q31A 4BR4A 1NGAA 4B1UB 3A0IX 1DKGD 4HTLA 4DQ8A 3ZX0A 5AQVA 1HJOA 3I33A 1WUAA 1MWKA 1ATSA 3UE5A 4WQ5C 2BTFA 2ITMA 4A62A 2H3GX 4FPBA 4IJNA 5AZJB 3UKUA 3KVGA 3MMVA 4CZFA 3VERA 4M63C 4E1JA 1BA0A 4EHTA 2Q1NA 4K25A 3KHYA 5E26A 2QWOA 4CZGA 2ASOA 5AQRA 1NMDA 3C7NA 3ZETB 3RSEB 3CHWA 4JD2A 3KZBA 3MN5A 4FWOA 1QZ6A 4BRAA 1OKJA 3IMXA 3QBWA 3WQUA 1NGFA 2Q0RA 4BR5A 4YDUA 2YI1A 4XH4A 1NGIA 4H0YB 5AQXA 2E20A 1DEJA 5BRDA 3QMLA 1R59O 3CIPA 3DWLA 1HLUA 3ATVA 2V51B 3AARA 3IUCA 3ULEB 1HX1A 3GDQA 5FPMA 2WUSA 2Q0UA 3ZEUA 3CJ7A 3CJCA 3EKUA 5BN8A 5KQ8A 1ZC6A 4Z94A 2YCHA 3FGUA 3VEWA 4BRGA 2YJEA 4FOIA 3JS6A 3MN9A 3WUHA 1ATRA 2V52B 2NZTA 2P9SA 5LY3A 4ISFA 2I7PA 1RGIA 4GNIA 1DGKN 5ADXA 5AQOA 4IJAA 4FWNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWKA 4B9TA 2E4LA 2RKIA 3M6GA 3BZCA 1GOBA 4Z4HA 3A2FA 2BUPA 4H5NA 4FLWA 3O3HA 4FWQA 3KK1A 1D5AA 3EKSA 1HPMA 1OVQA 1S6QA 5AQSA 4I9LA 5SZTA 1K73O 4XIUA 1JXEA 3QFPA 1QVGM 1E4FT 3CFOA 4BVOA 3VESA 4CBXA 3OYIA 3SBGA 3V9UA 4DS4A 3ENHA 5C15A 4CJFA 3OYLA 3NGIA 3VQBA 3VQ4A 1E4GT 2OPPA 2O8BB 3CFPA 4KHQA 3RSEA 1DLOA 1VRUA 1TKTA 3DLEA 3TAQA 3QLHA 4IG3A 3PLAA 1RBRA 3O8MA 4F9OA 3L2WA 3J7AP 3M8SA 3HXMA 1GLFO 1Q86O 3FZKA 2E1ZA 4BRPA 3NVKA 4I6MB 3ISNC 3VQPA 1XNRK 2HSTA 3FE1A 1EXQA 3VGLA 4KAZA 1IJJA 1ZBHA 1GOAA 3T3FA 1KLMA 1KQSM 5C24A 4B1ZA 2YNFA 2QKKA 4FWPA 1IBLK 4IO9L 3MX2A 4Q5VA 4CD1A 3G4SN 2GWKA 3TTCA 3M1FA 3VF4A 2FBXA 3AVAA 1VQ8N 4LH5A 5KPTA 2WBNA 3VENA 4OGCA 4CZJA 2UU9K 4G9ZA 2A42A 1LOTB 4CECA 4MO5A 2OANA 1IG8A 3G25A 4CF0A 4KHUA 4JKBA 3VPZA 4RTFD 1ASUA 2QXLA 5DM7L 3OYCA 4DCHA 5FPDA 5LJVA 4BRLA 4M3ZA 1WSIA 4FXDA 4FLUA 1ILYA 1SKSA 5B8HA 5HRPA 4CJTA 1V4TA 3PIPL 1NK7A 1XHXA 1W0HA 4B1YB 3PX0A 4FJ8A 1YXQA 3AVNA 4BR0A 3MXMA 2P9IB 5BN9A 2F8SA 3VF2A 4BY9C 3FFKB 4K41A 2AA4A 1OH8A 4GV6A 5JLHA 3QDKA 5AQLA 2BDPA 3QEXA 4JI6K 2DFHA 4H5TA 1J9AA 1WBDA 3L6QA 4OLAA 1CZAN 2YNIA 5AFUH 1SL1A 1K6YA 2D0CA 4JI4K 2O4GA 4M3YA 4XH5A 2HHVA 2E5LK 1Q7YO 1YIJN 2NRVA 4JNEA 3KK2A 4FK4A 2GV9A 4WQ4A 1R0AA 3P4IA 3WNGA 4KO0A 1L3SA 4EZ9A 3AVJA 1T44A 1LWEA 3PSFA 5BREA 3NDKA 3PIOL 1S1TA 1NOYA 2F9TA 2HW3A 4BROA 5EY4A 1ZXOA 3M8RA 4CJEA 4LF5K 4KTZA 1IG9A 5JS2A 2J4RA 4ICLA 4YOWA 2P51A 1FXXA 3UIQA 4ILGB 4KHNA 1MA9B 2A40A 2Y1JA 1XNQK 3ZX3A 4FO0A 4E7HA 2YNHA 3ZSZA 1RT3A 3AO2A 4C1NK 3AA3A 3CM6A 1EP4A 4C8KA 2ZF5O 3C94A 4FJ9A 3DXMA 5HROA 2HVIA 1S1VA 1N34K 1S6PA 1NGCA 1OH6A 4DQSA 1BOTO 1WSHA 3MDQA 3NF6A 2ZE2A 4BRFA 3ZLJA 4AM7A 1D4XA 1KAZA 2E2PA 3KLFA 3I56N 3B8AX 3JXUA 5J1EA 4Z4GA 4DTRA 3ZSQA 1QVFM 4PL8A 4EFHA 4E7JA 4H03B 1FK9A 4O0JA 5DM6L 2DTUA 1NGGA 2GEMA 1YVNA 3NAEA 1LW2A 5I9EB 2QA4N 3VEZA 2G8WA 1JLCA 2PY5A 3PUFA 4IXCA 4LF4K 4DB3A 4KI4A 3EZWA 3HL8A 1U2VA 3BEXA 3CMEN 3O08A 5GINA 1TGOA 1XMQK 2W6KA 4A61A 4BR9A 4DFPA 1KXPA 2LSNA 2BH1A 5KI6A 4BWJA 2UUAK 2O8BA 1M1KO 1XC3A 2YHAA 2UYTA 3IFRA 2IDOA 3HTVA 3UKRB 3QEWA 2E6LA 3AGKA 4FJIA 2O8FA 4W5OA 1QQNA 1REVA 3V9ZA 4E7KA 1SZ2A 1XC9A 3VF6A 3W0LA 3AVBA 4CJ3A 2F9WA 3R1XA 5FDLA 3R6MA 4WE1A 4H5RA 4FJ5A 5CE3A 4J2EA 1YJ9N 2E88A 2NRZA 4FJXA 4KHPK 4WCEL 4I6MA 1RDCA 3OYJA 5BPNA 4FWRA 4BE2A 2RHKA 3MK6A 4OPJA 3ZT0A 4YDUC 1H1VA 4KV8A 3ZSYA 2DY4A 3NF9A 1BI4A 5BRFA 3LANA 5CY4A 1S22A 1RTHA 3VMFB 4DU4A 1Z26A 3O4WA 2PYLA 3L4IA 4LFAK 4N56A 3VQ9A 5F2RA 3TU5A 4JS4A 4BR2A 3KK3A 2IVPA 3CD6N 1N8RO 1Z6RA 2YJFA 3WXJA 4FJMA 4V19S 1GLEG 5AQIA 4CZEA 1IH7A 3P83D 5KQDA 5GIPA 3SAHA 5ELZA 1LCUA 3QB0A 2UXCK 5CZ2A 2HHUA 3ITHA 2P9UA 4A5AA 2F7TA 3A5MC 2ASPA 2KLAA 5TKYA 4BG9A 4FM1A 3PX4A 3AVHA 4CJ4A 4IEIA 1XMOK 2P5OA 3C6AA 1N5YA 1X1PA 4I2QA 3T69A 2HF4A 4CCHA 4BREA 4RWTA 3MN6A 3HPHA 4WQ4C 1T05A 5AQGA 1HNZK 1WAJA 4CK3A 1WSEA 1IV0A 3EYZA 4BRCA 2UXDK 2P9KA 4C8OA 2R7YA 4KFBA 4NCBA 4AF1A 3HP9A 3RTVA 1RTIA 3OW2M 2KZZA 4JK8A 4OKKA 3SBTA 5JMVA 3LAMA 1C0MA 4CEQA 1UOCA 4U67L 3DLBA 3HI0A 3ASMA 1Q18A 4LY7A 4JRPA 4ELVA 4DU1A 1TKXA 4B1UB 1I94K 4HTLA 4LSLA 1CXQA 3VQEA 4DQ8A 1HJOA 3I33A 1B9DA 2KZMA 1RT7A 4FYDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CPW M;  4DG1 A;  1SL0 A;  3NF8 A;  3TAM A;  3ZSV A;  3S3M A;  4JI3 K;  4M3R A;  3K5N A;  2O8C B;  1IKV A;  2ITM A;  4A62 A;  5AZJ B;  4FPB A;  1XHZ A;  1OH5 A;  2WC9 A;  4RW8 A;  4CED A;  1DTQ A;  4YOR A;  2Y1I A;  2Q1N A;  4DLE A;  3QIO A;  2QWO A;  4AHR A;  3ULD A;  4JS5 A;  4JD2 A;  4MDA A;  1OVY A;  3KZB A;  3MN5 A;  3SQ1 A;  4BRA A;  2QXF A;  1JLB A;  3WQU A;  4BR5 A;  4DV2 K;  3QML A;  5I42 A;  1R59 O;  1HLU A;  3IUC A;  3AVL A;  3LPU A;  3K5O A;  2HVH A;  2GX9 A;  1E3M A;  3V9S A;  2Q0U A;  2IS3 A;  3CJC A;  3EEQ A;  3O9R A;  4DR2 K;  1QSS A;  4Q0B A;  2YHB A;  3K2P A;  5KQ8 A;  3QEV A;  4M3X A;  1HNI A;  3B6O A;  3RMB A;  4R5P A;  1TK5 A;  3H08 A;  3OY9 A;  3ZCM A;  5AJ3 K;  3LZJ A;  1U49 A;  2P9S A;  5KRT A;  4FJJ A;  2HNY A;  4E0D A;  4QOZ B;  5KGW A;  3MAQ A;  1DGK N;  4CJU A;  1TVR A;  2ZQB A;  3L2R A;  3DYA A;  1VQ9 N;  3VEX A;  4FWN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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