4XH1A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase in complex with amppnp and propionate
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
393
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
total genus 139
structure length 393
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh1A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh1A02
3D2FB 5AQUA 2YJEA 3SLCA 3CJAA 1NGIA 3H46O 2Q1NA 1NGBA 2EWSA 2H3GX 3VF6A 1TUYA 3CQXA 4K41A 4EIAA 3UKRB 5AFUA 2YJFA 3KZBA 2D1KA 5AQKA 1X3NA 1X9JA 1XUPO 5BPNA 3O6WA 5AQLA 4BRPA 5AQXA 4BRHA 2CH6A 3EZWA 1QQOA 3O08A 3MN9A 1SZ2A 3DXMB 3VEZA 1U2VA 1Z05A 3JS6A 4A61A 2ZGYA 4CZGA 3GG4A 2IIRA 4CI6A 4H0VB 1MA9B 2ASOA 3AAQA 3DXMA 1MWKA 4BRKA 2D0PA 2V7ZA 4WQ5C 2DPNA 4BC5A 1GLEG 2QWMA 4JD2A 4H0OA 3CJ9A 4K43A 3UE5A 4M7XA 4CBXA 3W0LA 2FF3B 1NLVA 4A2AA 1GLBG 5AZIB 2I7NA 2OANA 4B1VA 1QQMA 2GELA 4H0PA 1MWMA 2P9IB 4BG9A 3C7NA 1P8ZA 2E2QA 2QWRA 3A5OC 3CIPA 5AQTA 3FZHA 4H5WA 3ZX3A 3EKSA 5JLFA 4AM6A 5F1XA 3A8YA 4BG8A 1QZ5A 3QBWA 1RGIA 1S22A 2P9SA 1JCEA 2FLOA 5AQIA 2QW9A 2V52B 3WXJA 4RWTA 3I8BA 4J8FA 5JMVA 3CERA 1WUAA 4CBWA 3IUCA 3GDQA 3LDQA 3IFRA 3ZX0A 5AQNA 4F9OA 1YVNA 2FSKA 5CE3A 3A5NC 3D7EO 1Z6RA 3DJCA 2A5XA 5AQRA 2YHXA 4M63C 3WEEA 4FO0A 3IDHA 3A0IX 5LJVA 3HSCA 3ZETA 5B8HA 5AZJA 1T6DA 2D0OA 5AQMA 4MLEA 2PBDA 1Q18A 2W41A 1E4GT 5F0XA 1NGEA 3VENA 3H1VX 3VEWA 5LJWA 2NLXA 3FZLA 1HUXA 1SAZA 5TKYA 4BRIA 4BRGA 4JNEA 1CZAN 2HF3A 3ZEUA 1NMDA 2KHOA 1C0GA 4ISGA 3SJHA 2FXUA 1C0FA 4QS9A 4FPBA 3FZKA 2P9LB 1IG8A 4H0TB 3JXUA 3L6QA 2E2PA 5KPRA 5I9EB 1D4XA 3CJCA 4RTFD 1K8KA 4K42A 1JCGA 5FPDA 1YAGA 3CQYA 5EXWA 3EO3A 3CETA 5BR9A 3LDPA 1BA1A 3U8XA 4EAHD 3LDLA 1GLLO 3HTVA 3CHWA 4MO4A 1HX1A 1KXPA 4H03B 4BR2A 4CZLA 1X3MA 4BRQA 3UKUB 4FWRA 4CD1A 3J8AA 4WQ4A 3UKUA 3W3DA 1TYQB 4Y0WA 5FPEA 3M3ZA 1TYQA 1NGHA 2F9TA 2Q31A 1HLUA 2AP1A 3WXIA 1GLJO 1KAYA 3VEOA 1BA0A 3O1BA 3M6GA 1OKJA 5AQVA 5BN8A 1U2VB 1ZC6A 5AQOA 4BRNA 3LL3A 1E4FT 4XEIA 2Q0UA 2ZGZA 1BUPA 3QBXA 4JD2B 4O5FA 1MDUB 4Z94A 4CZIA 2P9NB 2P9KB 3HZ6A 3QDKA 4RCHA 3MN7A 4BC4A 2A41A 4FOEA 3U4LA 1BDGA 2P9NA 1ZXOA 2P9KA 1H1VA 3KVGA 3FR0A 4FWKA 4IWVA 4O8KA 4FWMA 3VETA 4B1WB 2I7PA 4CZJA 2YCHA 5EOYA 2FSNA 4BRMA 2Q97A 3C7NB 4I6MA 1NGJA 4JN4A 3MDQA 5AQYA 1RFQA 5ELZA 3L4IA 4BR9A 4CZKA 2P9PA 4IJNA 3SMSA 1IJJA 3UB5A 3FE1A 3RSEA 4WYBA 3MMVA 2WUSA 2A3ZA 5BPMA 1DGKN 5EX5A 3R6MA 3FZMA 4ISFA 2P9SB 4KBOA 3ATUA 5KPTA 4FWPA 3U9ZA 3VEVA 3L0QA 2GWJA 4BRLA 1BWFO 3CJ1A 2HF4A 2HOEA 1QHAA 3O80A 1EQYA 4H5TA 2Q0RA 4BGAA 1YXQA 4WQ5A 4B1ZA 1QZ6A 5AQHA 1DKGD 4CBUA 2ZF5O 4BRCA 5ADXH 4FWLA 4DQ8A 3H6EA 1J6ZA 2E2OA 3VF2A 3VEYA 4BRAA 3WEEB 3VGKA 5BREA 2FF6A 4FL9A 4FWSA 4PL8A 3ZETB 4IJAA 4EHUA 1XQSC 5AZJB 4PKHA 5KQ8A 1NGDA 3O1WA 4QS7A 4FPAA 5E84A 4MO5A 4FOIA 3U9DA 1NWKA 1QQNA 4H0XB 1YUWA 3GL1A 3HBTA 3EN9A 4BR7A 5AQZA 1SQKA 3ATVA 4YDUC 1S3XA 5FPMA 1XC3A 4CZMA 3VF4A 4JHDA 3ZEUB 1NGCA 3S41A 3H3NO 1HKGA 3FLCO 1BU6O 2P9UB 2E1ZA 4C23A 3H1QA 5AR0A 3D2EB 3LM9A 4FWNA 4H0YB 2E20A 2VCPA 4IO8A 2P9UA 4BR5A 3IMXA 1ESVA 3D2EA 2QM1A 3HM8A 4BR4A 1NGFA 4FWOA 1RDWX 2E8AA 3BP8A 3H45C 3WXKA 1K8KB 4PKIA 2E1YA 4BREA 5BPLA 3MK6A 3SK3A 2Q36A 5EVZA 2QWQA 4BGBA 4HWIA 2D4WA 2GWKA 3F9MA 3WXLA 4AM7A 1HPMA 2J4RA 4B1YB 3EL2A 1GLDG 3GBTA 2IVPA 3A5LC 1GLCG 1T44A 3QFPA 3ENHA 2CGKA 5JICA 1GLAG 3VGLA 4DHYA 4DCHA 4BQZA 4NO7A 2GTDA 3O4WA 5KQDA 5BRDA 4B9QA 1NBWA 3WQUA 3VOVA 4EFHA 3MN6A 3D2FA 4CJ7A 4CZHA 1WOQA 2QWPA 2AA4A 4CD3A 5JLHA 4B1UB 1ZBSA 4L3QA 1U6ZA 3AAPA 1ATSA 1V4SA 5AQGA 4BQLA 2GEMA 3VESA 3UKRA 4H5VA 2BTFA 3OHRA 4I6MB 4QS8A 5ADXA 2GUPA 1V4TA 3FZFA 3C0BA 3O5BA 4GY2B 3MCPA 1LCUA 2P9PB 2ZWHA 4DB3A 1JCFA 4IXCA 5AQJA 4FWQA 3RSEB 2IVNA 2UYTA 2A40A 3VPZA 3QMLA 1Y64A 2YI1A 1ATRA 2A42A 3R9PA 4BRFA 4E1JA 5BRFA 4IZ9A 3WUHA 4PKGA 3ZX2A 3EKUA 4GNIA 2V51B 3B8AX 3VERA 3LDOA 3BUZB 3FGUA 2QWLA 2NZTA 1KAZA 5FPNA 5AFUH 3DAWA 3GOIA 3TPQA 2V7YA 5AZIA 3H3OB 2CGJA 2ITMA 2P9IA 3G25A 3QFUA 4XH1A 4XH4A 1DEJA 5AQWA 2E2NA 2VYPA 5AQFA 3ULEB 1KAXA 3ENOA 5LY3A 3DXKB 3WQTA 2ASPA 4CZEA 4PL7A 4XH5A 3ULEA 4M7YA 3CJ7A 2F9WA 3DXKA 3QICA 5KPZA 4BVPA 1HJOA 2VWBA 2Q2RA 4K25A 5AQQA 4JHDB 2PAVA 2CH5A 3AY9A 4JAXA 4HTLA 4LC9B 3AARA 4MLHA 2W40A 5EY4A 1G99A 2ASMA 3O8MA 3MN5A 4BC3A 2IVOA 4A62A 1BO5O 2E88A 4BR0A 2BUPA 2HMPA 4B1XB 3A5MC 5BN9A 4FSVA 4H5RA 1GLFO 3VEXA 3BEXA 5E26A 1NGGA 5BRHA 3I33A 3M1FA 4ISEA 3CI5A 1HKCA 4CZFA 2QWNA 3VGMA 2FSJA 3BF1A 4H5NA 3WT0A 4NB4A 3GE1A 4BVOA 3QB0A 1LOTB 4WQ4C 3KHYA 3ID8A 5AQPA 1BOTO 4BRDA 1T6CA 3FFKB 3LM2A 3SMPA 1NM1A 1TUUA 5F2RA 4BC2A 4YDUA 2QXLA 2CGLA 2YHYA 3HI0A 2QWOA 3P4IA 5AQSA 4BROA 3DWLA 4A2BA 2P9LA 1HKBA 1NGAA 3TU5A 1BG3A 1R59O 3BF3A 2YHWA 4EHTA 3LDNA 2NRHA 3R8EA 2A6AA 1ATNA 3CJBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D2FB 2YJEA 5HRSA 4DV6K 4DFMA 3CJAA 1NGIA 4DFKA 1NGBA 3QNNA 3CQXA 4K41A 3Q7CA 4CK1A 2O8FB 5GAGP 3HXMA 4OPJA 1B9DA 1XUPO 4F2SA 3O6WA 5AQXA 1LWEA 2CH6A 3OYCA 4ELUA 3AGKA 1RDUA 3PUFA 3DXMB 3VEZA 3ZSWA 3JS6A 2IIRA 4FVMA 2ASOA 1MWKA 2ZJQL 3KKSA 4H0OA 4FJIA 1RT7A 1FKPA 2FF3B 4FVUA 4A2AA 4CEEA 1YIJN 1MWMA 2P9IB 4GKJK 3V1QA 4CJPA 3LDSA 1P8ZA 2E2QA 5J2NA 5SZTA 3A5OC 5KGXA 5AQTA 2UXCK 2A1RA 3OYFA 1X9MA 3O9TA 3K5LA 4BG8A 3L4QA 2HHQA 1M90O 3CCQN 2FBVA 1S22A 4Z0UA 4CHZA 3CCLN 2V52B 2WC9A 3AO4A 3D0PA 4JI2K 4RWTA 3I8BA 4CE9A 4LF4K 5JMVA 4I7FA 1WUAA 3CCUN 4KH6A 2P51A 3SV4A 2EX3A 4Z4HA 3RR8A 4JI3K 4OKEA 4DTUA 2HMIA 3NGIA 1D9FA 1MU2A 1IBKK 1VSFA 3AVLA 3KWGA 3H08A 2D0BA 4KHNA 3HSCA 1W97L 5AZJA 2UUCK 5AQMA 5C0YA 2PBDA 4ILHA 2HHXA 3VENA 4DF4A 2NLXA 3FZLA 5TKYA 4JKBA 4YOYA 1FXXA 2HF3A 3DRRA 2F4VK 1NMDA 4ICLA 4L8RB 4CF2A 3THWB 4ISGA 3SJHA 2UUAK 3AV9A 3OYBA 4RW6A 3CCRN 4HVJA 2GX9A 1D4XA 1HMVA 3QERA 3K2PA 3V4IA 5FPDA 3RRHA 4CVNE 5EXWA 1EO1A 3EO3A 4OPHA 1XMOK 3SAFA 4CERA 3LDLA 3HTVA 4K8ZA 3CMAN 3CC4N 3NF8A 3G0ZA 3G10A 3KLHA 1HNVA 4CD1A 4WQ4A 4DS4A 3UKUA 3THXB 4KKOA 3G71N 1RNHA 1TYQA 5CR4A 1HLUA 3WXIA 1GLJO 4OVLA 1M1KO 2BGGA 1BA0A 3M6GA 1OKJA 4DKWA 1SL2A 1U2VB 1ZC6A 5C24A 2HBJA 4FM0A 1VQNN 3DOLA 3QBXA 1RT1A 4O5FA 2O8EB 1MDUB 4HUEA 4Z94A 1UAXA 1U48A 2P9KB 1C0MA 1BDGA 4UQGA 3KVGA 3N4QA 2PYJA 4O8KA 3V81A 1Q81O 2I7PA 3MCAB 2YCHA 4CZJA 5HRNA 3QIOA 3CYMA 1C1BA 2FSNA 2Q97A 4I6MA 3T1HK 1N32K 3SCXA 3L4IA 4CJWA 4CZKA 1HYZA 4KHYA 2WOMA 4F2RA 1IJJA 1NJYA 3C95A 3MMVA 5BPMA 2Z1JA 3I56N 4ISFA 4KBOA 3ATUA 3SUPA 4ELVA 3KK2A 3VEVA 4BRLA 3VQDA 3O9UA 2HF4A 2HOEA 2FBYA 4EP4A 3O80A 1EQYA 2Q0RA 1RTHA 4WQ5A 3S3MA 3V9WA 2OCEA 4F3TA 4ZHRA 5AQHA 1DKGD 5ADXH 4FWLA 4DQ8A 4FXDA 1VSIA 3VF2A 3SQ2A 5BREA 2FF6A 2W6KA 3SYZA 1NK9A 4PWDA 4IJAA 3TAGA 1XQSC 2GBZA 3CFRA 4B8AB 4F4KA 5KQ8A 5LL6Z 3KLGA 4DR5K 5E84A 1XI1A 3IAYA 4DR1K 1NWKA 1W9HA 2DFEA 3GL1A 4DTJA 3ZSZA 1RDAA 4HUFA 4DTPA 3T19A 5C42A 2P5GA 4FJLA 4JHDA 4N47A 3S41A 5J2MA 1KVCA 1HJRA 3D2EB 1T03A 3LM9A 4DV2K 4KHUA 1ESVA 3K9KA 4BR4A 4RW9A 1NGFA 4FWOA 1RDWX 2E8AA 3WXKA 1K8KB 3PX0A 4I2PA 4HWIA 2D4WA 4B3SK 4ID5A 3F9MA 1BHLA 1HQUA 4RW7A 5HRPA 3OS2A 4LF7K 4J2EA 4B1YB 3EL2A 4NCAA 4PA1A 2IVPA 4IDHA 1T44A 4Y1CA 4FLXA 3QEVA 2X6SA 5M1OA 4Z4IA 5GIOA 5CZ1A 5C2FA 2B4JA 4W5OA 2EHGA 1J5OA 4KI4A 4FZZA 2GTDA 5BRDA 4HCCA 3AA5X 3PO4A 4FJJA 1NBWA 3HVTA 3D2FA 4JKGA 3M8RA 3MECA 1S1UA 2FBXA 1D5AA 1JL2A 2O8DB 4CCHA 3L2WA 4RW4A 3OBWA 5AQGA 4LD0A 4BQLA 4BDZA 1ZBIA 1RBSA 1Q8IA 2BTFA 2O8FA 3OHRA 4CHPA 4CFBA 5HROA 5I42A 3O5BA 2IC3A 1TKDA 3DLGA 5AQJA 4FWQA 1JL1A 2A40A 4M42A 1Y64A 4EZ6A 4DTXA 4BRFA 1XNQK 2AJQA 2HNZA 3WUHA 4DFPA 4GNIA 2G8VA 3LDOA 2KLAA 1BCOA 2NZTA 3AVAA 1LAWA 4W5NA 1J9AA 4OPAA 5FPNA 3H3OB 2VG5A 3SI6A 2P9IA 4XH1A 3RRGA 4DTOA 5DK5A 5AQWA 1HNIA 5FRNA 1NJWA 3T1AA 1KAXA 3OYGA 5HP1A 4KFBA 2VG6A 4CZEA 5C2DA 4M7YA 4FJ9A 1P90A 1SL0A 4BVPA 1XHXA 3RMAA 1HJOA 2X78A 2Q2RA 2VWBA 2JWKA 4CJUA 1Z25A 3CFPA 4LSLA 2KKZA 4CEFA 1DTQA 3C94A 4HTLA 4HHTA 3HYFA 2IAJA 1WSHA 3PX6A 4BR0A 5FLXO 2HMPA 3QNOA 3A5MC 3VQ6A 3K5MA 2VGNA 1VRUA 3PSFA 4DG1A 1NK5A 4DTRA 4X66K 2QWNA 2QKBA 4H5NA 2IS3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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