4XH4A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase a88v mutant, in complex with amppnp and propionate
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIVHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
total genus 140
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A02
5JLHA 2EWSA 2CGKA 1V4SA 3A5MC 4A2AA 2E8AA 5BPMA 2QWRA 3VEXA 4Z94A 3IMXA 3O1BA 4H0PA 1JCEA 4CZEA 3O80A 2P9KA 3A0IX 2NZTA 1Z05A 3U9DA 3P4IA 4CI6A 3F9MA 3M1FA 2P9LB 4WQ5C 3J8AA 4BGAA 1GLBG 1MA9B 4IO8A 2I7NA 5BRFA 3HSCA 4H0TB 3QBXA 2A40A 3OHRA 1HKCA 3CETA 5BRHA 3CQXA 1T44A 1QQNA 4YDUC 3VERA 5F2RA 4FWOA 1KXPA 1ZC6A 5AQTA 4K43A 4BC2A 1HLUA 2Q1NA 2FXUA 3MN5A 2VYPA 5JICA 2AA4A 3VPZA 1S22A 5AQMA 3WEEA 2P9SA 2PBDA 5KQDA 3H3OB 3LDLA 2Q97A 4FPBA 2OANA 3LM2A 4O8KA 4WQ5A 1NGFA 4BG8A 4HWIA 4XH4A 5AQGA 3LDQA 4Y0WA 4YDUA 4K42A 1DGKN 3R8EA 3LL3A 3O1WA 4RWTA 4B1YB 5AZIB 4CZIA 1TUYA 1Z6RA 5TKYA 1BWFO 1C0FA 1G99A 1XC3A 1ATNA 3DXKB 3I33A 1TYQA 3EZWA 2YJEA 4BRCA 3O4WA 3ID8A 4FWSA 2NLXA 4H5VA 3IUCA 4IZ9A 2IIRA 4IJAA 3MK6A 4BR0A 5KPZA 4BRNA 3CJ1A 5ADXA 2FSNA 4MLHA 5AQPA 3SMPA 4H0OA 2E1YA 3R6MA 2YI1A 4EFHA 4FSVA 3VF6A 3VGMA 4FWMA 3H3NO 3MN6A 3BUZB 3SK3A 2DPNA 1ZBSA 2P9NA 5AQQA 4FWKA 3QBWA 4H5TA 2D4WA 2A5XA 2P9UA 4B1VA 1LCUA 3IDHA 2A41A 3ENHA 4JAXA 2ZGYA 4BR2A 5EY4A 3HZ6A 5AZJB 1NLVA 2FLOA 5AQJA 3MN9A 4BRFA 4BQZA 4CZGA 3WT0A 3WQTA 5AQWA 1WOQA 3O8MA 3LDNA 4RTFD 4MO5A 2A3ZA 4CBXA 1NGHA 3C7NA 2A6AA 1NGDA 3ZX2A 3GBTA 3CJAA 4NB4A 5EX5A 4BREA 4CZKA 3BP8A 3QMLA 2P9PA 1GLEG 2P9LA 3GL1A 1ATSA 2NRHA 1SAZA 3A5LC 5AFUH 1V4TA 4JHDA 1BOTO 1HX1A 3VEYA 4K25A 3VF4A 1D4XA 3HI0A 3AAQA 4BGBA 1KAZA 4CZLA 2CH5A 4L3QA 3GE1A 3FR0A 2E88A 3GG4A 1H1VA 2V52B 4K41A 3H1QA 1HJOA 1LOTB 5AQHA 1P8ZA 2A42A 2P9NB 2VCPA 3HTVA 3ZX0A 3CERA 4FWPA 4FPAA 4JD2A 2YHYA 2D0OA 1JCFA 4PKIA 4I6MA 1XQSC 5AQZA 1YXQA 5AQKA 3W0LA 2ASMA 4ISGA 1RFQA 1T6CA 4FWRA 3O5BA 1S3XA 4BRDA 1R59O 3TU5A 4MO4A 1TUUA 1MWKA 3QDKA 4BRQA 1NGCA 4CD3A 1EQYA 3AAPA 1RDWX 4H0XB 3W3DA 2QWLA 1BA1A 1BA0A 4JHDB 1HPMA 2CGLA 3DJCA 4BRAA 3MMVA 3HBTA 3ENOA 2P9PB 3CIPA 3AARA 4FOEA 5KPTA 3ZX3A 3VEWA 1Q18A 5LY3A 2HF3A 1NWKA 2ZWHA 4H0VB 4BRKA 4H0YB 4DQ8A 4MLEA 3O08A 3WXIA 2ASPA 3EO3A 2D1KA 1NGJA 4WQ4A 2GWJA 1OKJA 1GLAG 4RCHA 4XH5A 4M63C 4BR4A 4BG9A 4KBOA 2AP1A 2W40A 3FZHA 4PL8A 1HKGA 4PL7A 4H03B 1CZAN 3WEEB 3GDQA 1SQKA 3QICA 2Q2RA 5AQSA 2QWNA 4F9OA 3MN7A 2GUPA 2P9UB 4A62A 4XEIA 3ZETA 3U9ZA 2KHOA 4H5NA 3C7NB 3CJ7A 3O6WA 1SZ2A 1K8KA 3ULEB 3VGLA 2ITMA 4CZFA 1NGGA 4GNIA 5FPMA 2V7ZA 3DXMA 2HF4A 4ISFA 3WQUA 1NM1A 4BRGA 1YAGA 3ATVA 1NMDA 3VOVA 5EXWA 5KQ8A 4CZJA 3EKSA 5JLFA 2E2PA 3TPQA 4BC3A 3LDOA 5FPDA 5F1XA 5AQOA 3UB5A 1QZ6A 3FFKB 3QFPA 3M3ZA 4O5FA 3JXUA 1E4GT 1J6ZA 3VETA 1ATRA 3M6GA 4LC9B 3UKRA 4IXCA 4BRLA 2YHXA 5F0XA 2QWMA 4EIAA 3H45C 4M7YA 2QM1A 3VF2A 3WUHA 2FF6A 3UKRB 1KAYA 4A2BA 4A61A 4C23A 3JS6A 3KVGA 2UYTA 1NGIA 1XUPO 2GTDA 4I6MB 5BN9A 1NGAA 1QQOA 2P9KB 3FGUA 2ZF5O 1K8KB 3VENA 3A8YA 4PKGA 4E1JA 2E2NA 4CBWA 5BRDA 5AQXA 3DWLA 4JNEA 3UKUA 5BPNA 4EHUA 1U2VB 2H3GX 3UKUB 1YUWA 2W41A 1ESVA 4BRHA 5AFUA 1JCGA 3L0QA 4M7XA 2F9TA 5E84A 3CI5A 4H5WA 1NGBA 3SJHA 4PKHA 3FZMA 5ELZA 4BQLA 1QQMA 2IVNA 3I8BA 3VEVA 3A5NC 2FF3B 1DKGD 2F9WA 2QW9A 3WXKA 5CE3A 2P9SB 3QFUA 1X3MA 2D0PA 1U6ZA 4FO0A 4QS8A 4XH1A 4BC5A 4BRIA 2ZGZA 4FOIA 3CHWA 4WQ4C 4BR5A 3ZEUB 4BRMA 1T6DA 4IWVA 4CD1A 5AQYA 3GOIA 3LM9A 3FZLA 4B1UB 4CZMA 2IVPA 3EN9A 4CBUA 2VWBA 3D2FA 3RSEB 3A5OC 1QHAA 5BN8A 4H5RA 3FZKA 5AQUA 4FWLA 4BR9A 3H6EA 2V7YA 3VESA 1RGIA 4B9QA 3H46O 3B8AX 3U4LA 3KZBA 3BEXA 4JD2B 5I9EB 2PAVA 2FSJA 1TYQB 1X3NA 2Q36A 1E4FT 3H1VX 4BVPA 3WXLA 2YHWA 5AR0A 3FE1A 5FPNA 4BVOA 4EAHD 5AZIA 4EHTA 2Q31A 2QWOA 5EOYA 2E1ZA 5AQVA 1HKBA 2V51B 2FSKA 2IVOA 4QS7A 4JN4A 2E2OA 5EVZA 3VGKA 3BF3A 1DEJA 3IFRA 3AY9A 2HMPA 4FWNA 3SLCA 3VEZA 3L4IA 4BRPA 5LJWA 2YCHA 3CJ9A 2WUSA 3ATUA 3MCPA 4ISEA 5AQIA 2Q0RA 4HTLA 1NBWA 2J4RA 3S41A 3U8XA 5E26A 2CGJA 2BUPA 3QB0A 1BO5O 3D2FB 3R9PA 5KPRA 3EL2A 2QXLA 3BF1A 4CZHA 3D7EO 5AZJA 3LDPA 2I7PA 1BUPA 2YJFA 1KAXA 1YVNA 3MDQA 4FWQA 5BR9A 1BG3A 2BTFA 3RSEA 4WYBA 5LJVA 1ZXOA 1GLDG 2GELA 1U2VA 5AQLA 4GY2B 5BPLA 1MWMA 1GLFO 5FPEA 3UE5A 4DHYA 3CQYA 3C0BA 1BDGA 3DXMB 1X9JA 4AM6A 2E2QA 3CJBA 2CH6A 2QWQA 3ULEA 3FZFA 1GLCG 2GWKA 1GLJO 2ASOA 3DXKA 4FL9A 4B1XB 4B1WB 2Q0UA 3WXJA 1C0GA 3DAWA 4CJ7A 4DCHA 3G25A 3D2EB 3FLCO 1WUAA 4AM7A 4DB3A 5BREA 5AQRA 5B8HA 2QWPA 1GLLO 3KHYA 5JMVA 1NGEA 3D2EA 1QZ5A 5AQFA 5ADXH 4NO7A 1BU6O 3EKUA 3ZEUA 3L6QA 3CJCA 4QS9A 3VEOA 2HOEA 1IG8A 3HM8A 4BROA 4B1ZA 1HUXA 2P9IA 5AQNA 4IJNA 4BR7A 1Y64A 2E20A 4BC4A 2P9IB 3ZETB 2GEMA 4J8FA 1IJJA 1MDUB 3SMSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EWSA 1BQNA 2E8AA 4FLUA 3CFRA 4ZHRA 4B9NA 4KB0A 5BR8K 3NHGA 2P9KA 1C6VA 3LP2A 4DF8A 4LF8K 4DR7K 4DTRA 5DM6L 3K5OA 4DV3K 1SL1A 3KLGA 1RILA 2YKMA 1N32K 4BGAA 4PY5A 2HHSA 3I55N 4X66K 4K0KK 4FM0A 3NGYA 3HSCA 4H0TB 3NCIA 1VRUA 2E4LA 2A40A 3OHRA 1HKCA 5LL6Z 3G6EN 4F3OA 3CETA 5BRHA 1QQNA 3ITHA 1VQ5N 5HRSA 4KFBA 2ZJPL 1NMNA 4K43A 1T8EA 3ZYYX 4M3YA 3MN5A 1S22A 3N4QA 5KQDA 3H3OB 2OZSA 1RCHA 4LF6K 1ASUA 1HQUA 3VQ9A 1L3VA 4O4GA 3O9TA 4O8KA 3LM2A 5E41A 4BG8A 3QLHA 3LDQA 2HHQA 2ATQA 4FVMA 1DGKN 3R8EA 4CJPA 1VSFA 3O1WA 4DQPA 4CZIA 1QHTA 2Z1GA 1G99A 3DXKB 3T3FA 4DF4A 3C6UA 4YHHK 2GBZA 4ID1A 2NLXA 3MEEA 3AVCA 1KTQA 2DY4A 2RPIA 3VQ8A 4CJTA 4CHYA 4BR0A 4FLXA 1S1WA 4MLHA 1C0TA 4JK7A 1S5JA 4YY3K 2E1YA 2YI1A 2QXFA 2D0CA 1TGOA 2F8SA 1WSGA 3ZSXA 2FBVA 1ZBSA 5AQQA 4WCEL 5M1FA 1RT2A 4OGEA 5K14A 2VQEK 1LCUA 3ENHA 4EZ6A 1N36K 1C1AA 5AQJA 2O4IA 4A5AA 4KO0A 1QVFM 4N76A 3CFPA 2OPPA 2A3ZA 4CBXA 2HNZA 4FJHA 3V9UA 1A5XA 2G8FA 3QNOA 1NOYA 2P9PA 1XNQK 1ATSA 4BDPA 1TL3A 3L3VA 2W42A 2A1RA 4RW4A 1OVQA 4ILHA 4B3SK 2OA8A 4K25A 1YHQN 3TAEA 4E7KA 1F21A 4LFBK 3OS0A 4CZLA 3PX0A 4DSJA 1YITN 3CD6N 3FFIA 2UUAK 4DTJA 1VQ7N 4DFMA 3OYLA 1BCMA 4JI0K 4K41A 4GV6A 4DTNA 4JI8K 2DTUA 1P8ZA 3AVGA 1QSSA 3SV3A 2A42A 2D0BA 3C6AA 3HO1A 5J2PA 2E6LA 4FJNA 4CF1A 3WNGA 4PKIA 1YXQA 1DTQA 2ZD1A 3O3GA 2QK9A 1RFQA 1OVYA 1S3XA 3HT3A 4DV5K 4WF9L 4CFBA 1TUUA 3P83D 3QDKA 4BRQA 1NGCA 4EP4A 1EQYA 3AAPA 1WBDA 1M90O 1IG9A 1W97L 3W3DA 1BA1A 2IS3A 3MMVA 3MX5A 3HBTA 3ENOA 2P9PB 4IOAL 1TKDA 4FJMA 1KVCA 5C42A 3VEWA 1U04A 1Q18A 1JLCA 5LY3A 4LY7A 4Q5VA 1NWKA 4BRKA 3NAEA 4E89A 4I9LA 3PO5A 3EO3A 2HHXA 1NGJA 4WQ4A 4NCAA 3O9SA 1KRPA 3V1RA 4C8KA 4XH5A 4BR4A 3B6PA 4ICLA 2W40A 1OH7A 4H03B 1CZAN 3EE8A 3TAMA 2GX9A 4MDBA 1Z26A 3MN7A 2Y1JA 2P9UB 4H4OA 5HP1A 1VQ4N 3U9ZA 3ZSZA 4CECA 4H5NA 2HB5A 3C7NB 4KV8A 2P51A 4WE1A 4KRFA 3SUNA 3DXMA 2HF4A 4FJ9A 4C8NA 4B9SA 3ATVA 4JRPA 2QKBA 4AHSA 3VOVA 3EKSA 2E2PA 2DFEA 1TKTA 3OS1A 3LDOA 5AQOA 3FFKB 2FBYA 3QFPA 3JXUA 1NU0A 1NK7A 3HPOA 3AVHA 3D6RA 4CFCA 4DG1A 5HOOA 3SPZA 1NJZA 4ELUA 1C0UA 2ITGA 3CM6A 2YHXA 3VF2A 1EX4A 2W6KA 1G15A 4CHZA 4C23A 3JS6A 3JYTA 3NH2A 5HRRA 4B9TA 5KRSA 3HVTA 1QQOA 4JKHA 3BZKA 1VQNN 4JKGB 3VENA 2E2NA 3KWIA 3QERA 1IKYA 1YT3A 2B5JA 4CHOA 4UY8O 5EU7A 2F7TA 4F2SA 1DT9A 2G8VA 2HHVA 2HBJA 3ENBA 1BHLA 1ESVA 3MXJA 3JAMO 1L5UA 3L0QA 3OBWA 4M7XA 4H5WA 4Z4EA 3T19A 3ZT4A 3FZMA 3ZSYA 1DKGD 2IDOA 4CGFA 1C1BA 5FLXO 4CJ5A 4A59A 4BRMA 2ZE2A 1HYZA 5AQYA 3LM9A 3BY5A 4CZMA 4YOUA 2QKKA 5AQUA 4CJQA 3MX2A 3H6EA 3SBTA 4FJXA 1WSEA 2V7YA 3BZCA 1RGIA 3VESA 4B9QA 3L2UA 4BE1A 1DTTA 1RNHA 4DSKA 2D0AA 2HW3A 2OPQA 2Q36A 3H1VX 1NK4A 4BVPA 1HYSA 5C10A 1LWCA 3EEQA 2HBKA 3FE1A 2KQ2A 3KD5E 2HVIA 2Q31A 3PUFA 2V51B 1TAQA 3KLFA 4JRQA 3PSFA 4QS7A 4CJRA 2E2OA 3SJJA 3K5LA 3RR7A 3ZLJA 1DEJA 3AY9A 4Z4IA 2NRZA 3DLHA 1ZBFA 3L4IA 5C0YA 3M5RA 4KKOA 1BI4A 1SV5A 3MCPA 3CC2N 2Q0RA 4KI6A 3HL8A 3DOKA 4CE9A 4DR4K 4CJVA 4AHVA 5E26A 1EXQA 3CC7N 2F96A 2CGJA 3CF5L 2BUPA 3QB0A 4IG3A 3BF1A 3D7EO 4KHYA 3AO2A 3CYMA 1T7PA 1BUPA 1KAXA 3QEWA 5BR9A 4CEOA 4B8AB 5LJVA 3ZSRA 4PWDA 2GELA 5GAGP 3LDSA 3L4QA 5AQLA 4GY2B 5BPLA 2ZJQL 5FPEA 3CQYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CJ9 A;  3ATU A;  3ULD A;  3RRG A;  4NLC A;  3DM2 A;  1C1C A;  4DR1 K;  1FW6 A;  3U8X A;  4DTM A;  3WNE A;  4NYN A;  4CHN A;  4CZH A;  2XY5 A;  4O5B A;  2I7P A;  4KTZ A;  4O8U A;  1JLF A;  2JWK A;  3PIO L;  2BTF A;  3RSE A;  4B3T K;  1VRT A;  4WYB A;  1SL2 A;  4N56 A;  1GLD G;  4ZTJ A;  3AA3 A;  4JI1 K;  4KHS A;  1MWM A;  2O8C A;  3UE5 A;  4DHY A;  3C0B A;  3DXM B;  1X9J A;  3D45 A;  3VQ6 A;  2E2Q A;  3CJB A;  4DSE A;  5M1P A;  1JLA A;  3AVK A;  4M41 A;  3FZF A;  2GWK A;  1GLJ O;  2ASO A;  2VG7 A;  4F2R A;  2QEX N;  2Q0U A;  3QEI A;  1KSP A;  4MFB A;  1GOB A;  4CEB A;  3G25 A;  4CJU A;  4KAZ A;  2HHW A;  4AM7 A;  4F8R A;  3KIO A;  3KK7 A;  2VWJ A;  3KHY A;  3P38 A;  1QZ5 A;  2YKN A;  3EKU A;  3ZEU A;  3NH0 A;  3EY1 A;  3I0S A;  4OPK A;  3NVK A;  4B1Z A;  4DSF A;  2XY6 A;  3J7A P;  1RBU A;  5HRP A;  5AQN A;  4BC4 A;  1U49 A;  3J7Y P;  2GEM A;  4J8F A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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