4XH4A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase a88v mutant, in complex with amppnp and propionate
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIVHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule tags Transferase
total genus 140
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A02
2QWLA 2NZTA 2BUPA 5EY4A 3DXMA 2HMPA 3MN9A 2GWJA 3QFPA 4BRCA 3UKRA 4BGAA 5ADXH 1GLAG 3GBTA 4H5NA 3CETA 1Q18A 4BRPA 2H3GX 3IDHA 1EQYA 3VF2A 3ATVA 3AY9A 3LM2A 1HKGA 1IG8A 3U9DA 1QQMA 4QS9A 2Q97A 3KZBA 2A41A 4BRHA 3WXJA 3QFUA 1NGFA 5F2RA 1ATRA 3UKUB 4B1XB 3FZFA 2VYPA 3VEWA 3L4IA 3VEYA 1GLLO 1YUWA 2FF6A 5BREA 5F0XA 4A61A 5AZIA 4FWQA 1HKCA 3AAPA 2YJFA 2QM1A 3IUCA 4B1YB 5AQIA 4M7XA 4XEIA 5KPRA 3WUHA 5EOYA 3U9ZA 3ULEA 2P9SB 5BN9A 4DQ8A 2Q31A 2W41A 4NB4A 4BR2A 4MO4A 3SMSA 3VF6A 1J6ZA 4L3QA 1HKBA 4BREA 4BRLA 1LCUA 3A5OC 4H0OA 4CJ7A 4H5WA 4H03B 1R59O 3WXKA 5E84A 3CQXA 1HJOA 4M7YA 4BRGA 4H5TA 2A40A 1KAZA 1SQKA 5JICA 3FZKA 5AQOA 3CERA 5TKYA 2V52B 3O1WA 5JLFA 1KAYA 1NGHA 4GNIA 3R8EA 3VPZA 4DB3A 5AFUA 3FR0A 5AQRA 1NGGA 2F9WA 1NLVA 5EX5A 4LC9B 3GE1A 1NGBA 1C0GA 2QWMA 3FLCO 1YXQA 4PKGA 2D0OA 2A3ZA 2P9UA 3DXKB 3MK6A 3VETA 2P9PB 5KPZA 5AQTA 5FPNA 5AQNA 1TYQB 1T44A 3VEZA 3SK3A 3MCPA 4BR5A 5KPTA 1H1VA 3H3NO 3W0LA 3SJHA 4BRIA 3ENHA 3VEVA 3WEEA 4BRMA 5KQ8A 3HBTA 3FFKB 2P9LB 3VEOA 2CGLA 2ASMA 2P9IB 4BVPA 4DHYA 4BC4A 2P9NB 5AQWA 3D2FA 4CBWA 4FWMA 4JD2B 1NGIA 4PL8A 5AQUA 5F1XA 3GDQA 3C7NA 1JCFA 1HX1A 4HTLA 4BRDA 1YAGA 3LDQA 3H1QA 2GWKA 2QWOA 3H1VX 4IXCA 4BR4A 1NGDA 3S41A 2QWNA 1BA1A 3KHYA 4IJAA 2QXLA 2W40A 1ESVA 3O80A 2HOEA 3VGMA 4CD3A 1NGJA 3WQUA 2I7PA 3EL2A 4FOEA 4BG8A 3BP8A 4JHDB 2HF4A 3FZLA 2E2PA 1HPMA 1MWKA 4O5FA 3LDLA 4FWLA 4AM6A 1E4GT 1GLJO 1V4SA 1Y64A 5BPNA 1DKGD 3CJ9A 3DXMB 3LL3A 1XC3A 4JN4A 3UKRB 4EAHD 5B8HA 4C23A 2GELA 4K25A 3H6EA 4BC5A 3FGUA 2EWSA 2IVPA 1HLUA 4BR9A 3CJ1A 2E8AA 3KVGA 3VGKA 1K8KA 1P8ZA 3ENOA 1NWKA 1QQOA 3U8XA 2Q36A 4H0XB 3IFRA 3W3DA 3G25A 2V7YA 3O08A 4ISGA 1GLDG 1KXPA 3U4LA 5AZIB 4BRNA 4CZGA 2CH6A 3A5LC 4F9OA 3HM8A 2WUSA 1DEJA 3H45C 4DCHA 4FL9A 4JNEA 2E1YA 2IIRA 1QZ6A 3DAWA 1MWMA 3EKSA 3ZETB 3QICA 4H5RA 3CJAA 4A2BA 1NGEA 3CHWA 4E1JA 3UKUA 2E88A 1NMDA 4FOIA 5BN8A 3ID8A 1WUAA 3WQTA 4EIAA 4CZIA 4IWVA 4CZFA 5AQMA 4EHUA 3CQYA 3QMLA 5FPEA 1JCEA 3IMXA 1ZBSA 4A2AA 3O4WA 2IVOA 3LM9A 1Z05A 3P4IA 4NO7A 1JCGA 2QWQA 3M3ZA 4BRAA 4BVOA 1X3MA 4FWOA 4BC3A 2AA4A 4O8KA 4H0TB 2E2QA 3C0BA 2E1ZA 3A0IX 4CI6A 4QS7A 2NRHA 3RSEA 4BRKA 5AQKA 1D4XA 1ATNA 2ZGZA 2FSJA 3AARA 4I6MA 5LJVA 5KQDA 5AQFA 5I9EB 1GLCG 2D4WA 1RFQA 3MN6A 4A62A 1NGAA 5AR0A 4YDUA 5AQVA 1BA0A 3D2FB 4XH5A 2V7ZA 4BRFA 2ZF5O 4RTFD 5JMVA 2DPNA 3VERA 3QB0A 3FZMA 3DXKA 4H0PA 4YDUC 2P9PA 2V51B 3FE1A 4EHTA 1TYQA 1BO5O 4K42A 4FPAA 4CD1A 3D2EB 4BQLA 3QDKA 5EVZA 4BROA 3JXUA 3D7EO 3EZWA 4JAXA 3ZEUB 1XUPO 3B8AX 5AZJB 4Y0WA 3O5BA 2CGJA 4CZEA 4BGBA 4FWPA 5AQXA 2P9IA 3ZX2A 3VENA 2P9NA 2AP1A 1G99A 2NLXA 2P9KA 1S22A 3HTVA 2GEMA 3MMVA 3UE5A 2Q0RA 4AM7A 3AAQA 4BQZA 5CE3A 2YCHA 1GLEG 2A42A 2Q1NA 2QW9A 1RDWX 3EKUA 4IZ9A 4EFHA 4B9QA 3O1BA 4IJNA 3WXIA 1QHAA 4IO8A 2D0PA 2ASPA 4ISFA 4XH1A 4XH4A 1BUPA 3MN5A 4ISEA 4JHDA 1GLBG 2UYTA 4B1ZA 4WQ4A 5AQHA 4GY2B 3I8BA 3BEXA 2YI1A 4PKHA 1BDGA 2YHWA 3GL1A 1S3XA 3O8MA 1GLFO 1HUXA 1T6CA 2OANA 4WQ4C 1U2VA 1E4FT 2FXUA 5BPMA 2E2OA 2QWRA 3L6QA 3WXLA 3EO3A 5ADXA 2E20A 1SAZA 5LJWA 2IVNA 4WYBA 4KBOA 4Z94A 3QBWA 4MO5A 4FO0A 3JS6A 4H5VA 3EN9A 4QS8A 3ULEB 2YJEA 3LDPA 1QQNA 4J8FA 5AQJA 2ZGYA 1WOQA 1BU6O 5FPDA 3DJCA 2CGKA 3MN7A 4CZJA 3WT0A 3SLCA 3ZX3A 2VCPA 4H0VB 3CJ7A 1T6DA 3R9PA 3BUZB 3M1FA 2A5XA 2PAVA 2FSNA 2FLOA 1KAXA 1ATSA 2YHYA 5BRDA 4FSVA 3A5MC 4CZKA 3MDQA 2HF3A 3ZETA 3ATUA 2FSKA 4BRQA 3CJBA 2P9SA 3QBXA 5AQPA 3M6GA 3F9MA 4FWKA 3SMPA 3TU5A 1ZC6A 5AFUH 4B1WB 4BG9A 4CBXA 4CBUA 1SZ2A 5AQZA 3RSEB 1YVNA 2P9UB 3LDOA 4I6MB 3A5NC 1V4TA 2J4RA 2A6AA 1TUUA 1CZAN 1RGIA 1NM1A 4K41A 1BOTO 5AQLA 3WEEB 2F9TA 5ELZA 5BRFA 3TPQA 4CZLA 2FF3B 2ZWHA 3VEXA 2ASOA 3VGLA 5AQGA 3BF3A 1U6ZA 2Q2RA 3VOVA 4M63C 3I33A 4MLHA 3C7NB 2GUPA 3CI5A 4K43A 5BRHA 1IJJA 1ZXOA 4WQ5A 1MA9B 3BF1A 4FWRA 3DWLA 4H0YB 1X9JA 3GG4A 3OHRA 5EXWA 3H3OB 3HI0A 4PKIA 2VWBA 3J8AA 4HWIA 1C0FA 4WQ5C 2E2NA 5AQQA 5BR9A 2D1KA 2P9LA 5JLHA 1BWFO 2PBDA 5AQSA 1MDUB 4RWTA 4BC2A 2Q0UA 3A8YA 2KHOA 2P9KB 4JD2A 5AQYA 4BR7A 2BTFA 2CH5A 3VF4A 4FWSA 3ZX0A 4PL7A 1Z6RA 4FPBA 4CZMA 3H46O 1TUYA 3LDNA 4MLEA 5LY3A 3HZ6A 3D2EA 2I7NA 5FPMA 1LOTB 3CIPA 1NGCA 3ZEUA 4B1VA 4BR0A 5AZJA 4RCHA 5BPLA 1NBWA 1X3NA 3O6WA 1DGKN 2QWPA 1BG3A 4FWNA 3FZHA 2ITMA 4CZHA 1K8KB 3VESA 4B1UB 1QZ5A 5E26A 1XQSC 2YHXA 1U2VB 3GOIA 3HSCA 3L0QA 3R6MA 1OKJA 3UB5A 2GTDA 3CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWLA 1LW2A 2R7YA 3C6HA 3T1HK 1L3VA 2HMPA 2GWJA 4BGAA 3QEIA 3CETA 2HW3A 1Q18A 4BRPA 1ZBUA 1EQYA 4YNQA 1QQMA 3QNOA 1IG9A 2Q97A 1KSPA 3RWUA 5E41A 3DRPA 3VA3A 3FZFA 3ULDA 4IOAL 1S72N 3QEVA 4CJWA 3KK1A 3ZSYA 4IOXA 5F0XA 3T3FA 1WB9A 5M1KA 4FM0A 1IBKK 4EZ6A 3M8SA 4CECA 3DMJA 1IV0A 4GV9A 5T7BA 3OYDA 4M3ZA 3QEWA 3KLIA 5EOYA 3ULEA 3SAHA 3VQ4A 5BN9A 4H8KA 2Q31A 3TWHA 4DQIA 4CJ5A 1J6ZA 4L3QA 4ZTJA 4CHZA 4CJFA 2O8BA 3CQXA 1MU2A 1F21A 4JV5K 3THYA 2JWLA 5AQOA 5TKYA 2V52B 3NFAA 1TVRA 3R8EA 5AFUA 3OS0A 2F9WA 3SV3A 5EX5A 4DUYK 3EY1A 2QKKA 4ELTA 1YXQA 3AVCA 4PKGA 4DU1A 3THWA 4O0IA 2P9UA 5KPZA 2P9PB 1WAJA 3CCVN 5FPNA 3DRRA 4CEAA 1TYQB 3SAGA 4X66K 3OYAA 4DV0K 3BZCA 5KPTA 3J7AP 3ENHA 5EU7A 4AH9A 1YJ9N 1QVFM 3VQ7A 3L2RA 4CIGA 4LH4A 3HM9A 4FCYA 2CGLA 4JI3K 2Z1JA 4CBWA 4M3YA 4HUEA 4FWMA 3IKMA 1NGIA 4PL8A 3I56N 3C7NA 5KI6A 4NCAA 4BRDA 3H1VX 1EP4A 1NGDA 1RTIA 1QSSA 4IJAA 1B9DA 3DLEA 3DLGA 4CD3A 3WQUA 3VQBA 2I7PA 1ZBIA 2G8VA 4X64K 4OKKA 1QE1A 3KLHA 4OPKA 2JLEA 3LZJA 1OH8A 4BACA 1U48A 1NK7A 3OYEA 1HRHA 1E4GT 3MEGA 4Z4IA 1Y64A 4Q5VA 4BY9C 3LL3A 1XC3A 4JN4A 1B9FA 4C8OA 1YTAA 4FYDA 3DLBA 1N5YA 2G8IA 1S6QA 2IVPA 2FBTA 1JLAA 1FKOA 1HLUA 1K9MO 3CYMA 3RMCA 2UUCK 1NMNA 4B08A 3O9RA 2A1SA 2KW4A 4ILHA 4LSLA 1NWKA 1IKXA 3U8XA 1S6PA 3V1QA 5DK5A 3LANA 4H0XB 3IFRA 3ALYA 4ISGA 4IG0A 4BRNA 4CZGA 3PLAA 4C8LA 5CYMA 4CJPA 1DEJA 1D5AA 4FL9A 4JNEA 5HP1A 4RW7A 2IIRA 3DAWA 3UIQA 3QICA 2F7TA 3OTOK 1IO2A 4E1JA 4GVMA 1WUAA 3TABA 3PSFA 4W5NA 1ZBFA 1IH7A 1Z05A 3P4IA 4KHQA 1BI4A 4CESA 3M3ZA 1RT4A 3VTHA 2Z1IA 3DOKA 2JGUA 4DSEA 4CEFA 3A0IX 2NRHA 1HNVA 3RSEA 4CFAA 4DFJA 1YITN 2ZGZA 3SZ2A 3AARA 1N8RO 1DTQA 5LJVA 4E7HA 5LMNK 4DSKA 5AQFA 2D4WA 4KH6A 3CMAN 3MX5A 4F3OA 4Q0BA 4G1QA 4XH5A 4LF6K 3NF7A 2DPNA 3QB0A 1G15A 4H0PA 2V51B 4CF9A 1XMQK 1BO5O 4DTMA 4CD1A 3QDKA 1QVGM 4OKEA 4BROA 4UY8O 4CFDA 1VQ8N 4JAXA 3ZEUB 4DR7K 5FRNA 1IKVA 4FWPA 3CXCM 1BHLA 4NYFA 2KZZA 4DKWA 3CCLN 4KTQA 3KLFA 1RBRA 1WLJA 2P9KA 1S1TA 1RDUA 2GUIA 1BCOA 3HTVA 4DTRA 3VMFB 3KKRA 3AGKA 2Q0RA 3AA2A 4AM7A 4I9QA 3MXJA 2NRZA 5HLFA 4KB1A 3G6EN 1VQPN 5M1OA 4IZ9A 4CF2A 3O1BA 4IO8A 5C42A 1IBMK 2YHBA 4XH4A 1L3SA 4FXDA 1TL3A 5AQHA 1BDGA 1QSLA 1L3UA 4F3TA 1W9HA 3Q7CA 4OVLA 1GLFO 5GINA 3TI0A 4M3TA 1VQ6N 3KKSA 2O8FB 5CR4A 4M3WA 3O4QA 1KVAA 2FXUA 3SV4A 3OYJA 5ADXA 2D0BA 1W97L 1U04A 3TAPA 2IVNA 4Z4CA 3L2QA 3QBWA 3DLLL 4C1NI 4BDZA 1OH6A 3AVLA 1WSEA 3EN9A 3K2PA 5AQJA 3KIOA 1BU6O 5FPDA 3DJCA 3E9PA 2BE2A 3WT0A 3ZX3A 3HRGA 1S5JA 3L2UA 1KLMA 1XI1A 2G8KA 4CF1A 3R9PA 1BGXT 4FJJA 3BUZB 2ZM6K 2HHVA 3KD5E 2FLOA 1KAXA 1ATSA 3A5MC 4DSIA 2HNYA 2FBVA 1XWLA 2HF3A 1JXBA 2FSKA 2I5JA 4YOTA 4IFEA 2P9SA 3LP0A 4J2EA 4LH5A 1NK8A 3TU5A 4RW6A 4B1WB 4JKHA 1RBTA 5J1EA 4CEZA 5AQZA 3OYKA 3HSTB 4DS4A 3LAKA 2DFHA 1RT2A 4JLHA 3SCXA 4DSLA 3OS1A 1V4TA 4DS5A 4OX9K 3SUPA 1RGIA 1BOTO 4OJRA 2NUBA 3VN5A 5AQLA 3WEEB 3CCSN 3SUQA 4CGJA 3PO5A 3AA4A 3VEXA 2ZJRL 3VGLA 4Z4FA 4JKBA 3NGIA 1NJIO 4BDYA 3E9LA 3M8RA 4DV5K 4V19S 4K43A 5MLCQ 1ZXOA 3TTDA 1MA9B 4N76A 4LF9K 3GG4A 3WNGA 5EXWA 4CJUA 2FC0A 3H3OB 4Z4EA 1CLQA 1HNXK 4WQ5C 2E2NA 5BR9A 3ZSVA 4O8UA 5JLHA 1BWFO 2PBDA 1VRTA 2B5JA 2Q0UA 1VSEA 3LPTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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