4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
1U0AA 2XB6C 3B9CA 4XOGA 2YMZA 1F8DA 3AX4A 1W0OA 3ZSKA 1V6KA 3V65A 1MWEA 1LOCA 1C1FA 1CVNA 1Q8OA 1LOFA 1GZ9A 3K3AA 2D43A 3M3OA 4YM0A 3TB0A 4F83A 1NMAN 4RL7A 4WV8A 4RA0A 3OBTA 4P9WA 5F5QA 1N1YA 2HT7A 4PF5A 1LHWA 2ARXA 3M1HA 3A0KA 1INFA 4ZKTB 1CPNA 1IVDA 7NN9A 2PHXA 1C4RA 2GN7A 4FP2A 3OBRA 5KXEA 1WCSA 5JOYA 3WVJA 4K1KA 2XG3A 4WA5A 3ILRA 5JOZA 3ILNA 1GYKA 3A71A 1YXWA 4BQ1A 4BBWA 4I30A 2OW4A 3APBA 3WHUA 4AVTA 5DUUA 4YG0A 2WT1A 3TAYA 1CIWA 4Q8KA 5CNAA 1VCJA 1AJKA 3QCWA 4YGCA 5IK8A 4LBQA 1ZA4A 4YW3A 3CNAA 3MW3A 2CMLA 1SO7A 1QMJA 2QWIA 4ZXKA 3WDTA 3V0BB 1NCBN 3H72A 5E89A 5T5OA 2FHRA 2A3WA 4PQ9A 2WNEA 2JE7A 3WDVA 3TI5A 3WG2A 1IOAA 5GZCA 4Y26A 1NSCA 4PBPA 3ZXFA 2DU1A 1L7GA 4PBOA 1WW6A 3H6JA 1GZWA 4YW4A 2UWAA 4FPYA 4HIZA 1DLLA 1NLSA 1X50A 1W20A 1LEDA 1G9CA 4GWMA 1YIFA 4Q8LA 4MWYA 2Q5TA 1LU2A 1LENA 3I4IA 2BQPA 1A4GA 1DQ2A 3FBYA 3A72A 1AZDA 2NP0A 2F29A 1CPMA 1FX5A 1NCAN 4XE9A 2R16A 1HQLA 2PHUA 1SCSA 2R49A 4XJZA 4K1ZA 1WCQA 1JXNA 3NV1A 4MYEA 1NCDN 4MWRA 2X9MA 1S1AA 3FLTA 1NXD1 2GNDA 1VALA 5HCAA 1AX2A 2W52A 4YZ5A 4GZOA 1E8UA 1LOFC 4XBNA 1WLCA 1KJRA 1INYA 4UW6A 4BMBA 4HZXA 4FZHA 1V00A 3D6EA 2AEPA 2W5OA 1S0GA 4M4NA 4MWJA 4CPNA 2ZZJA 1BJIA 4MZEA 1YO8A 1IVCA 3JU4A 4Y1VA 3K39A 2F0ZA 2ZA9A 4HZVA 4ISQA 1V6IA 4ITCA 1DQ1A 4OZXA 2B8HA 1MZ6A 2ZKNA 5H9SA 3IPVB 2F12A 1MS4A 2FMDA 4M4VA 4XMAA 3M3QA 2WJSA 2ZGNA 3O0XA 3SLIA 2ZGQA 3ASIA 3SNMA 2SIMA 1QOOA 3FLPA 1LULA 1QF3A 2UURA 1DGLA 2WSVA 1Z4VA 3NSSA 1V0EA 1ULEA 3LSDA 2YROA 4WVVA 4WVWA 2WT2A 4WA4A 1GANA 1KITA 3BEQA 4KS4A 1JN2P 4Y1XA 2CWMA 2P2KA 4M3CE 3M2MA 2ZGMA 1KQRA 2ZGSA 1RIRA 1W6MB 3NN9A 2DTYA 1W6NB 4H52A 3B3QE 4M00A 2E6VA 2GMEA 2DWRA 4GWNA 1IKQA 4XJWA 2WT0A 2WSUA 4YGDA 2GMPA 2EXKA 3OYWA 4SLIA 3VKOA 1Q8QA 1MR5A 4B7MA 3H0OA 4DRRA 5HUNA 1DQ0A 4CRQA 1G9FA 5IUQA 1AVBA 1LGBA 1MS3A 1QDCA 1E8VA 3TI8A 3AFKA 4FVKA 2ZABA 5T5LA 4TYSA 2GMMA 5KXBA 1IKPA 1J1TA 3VKFC 1WW5A 4P14A 4YW5A 4LBJA 4BLIA 1DHKB 5FRAA 1DYKA 4GKXA 2ZAAA 1MS5A 1QNYA 4UW3A 2DVDA 2VW2A 5GLUA 4WEGA 2VK6A 5F9TA 3HMYA 1LHNA 4WEFA 1JBCA 1F31A 1HQWA 1KRIA 2A71A 3N36A 4XMIA 3ALWA 4GZTA 4AGRA 2W68A 2VW1A 3B01A 4FQZA 4Y1YA 3SANA 3N7JA 3FUOA 3K36A 2W38A 4GKYA 1S0IA 2P3KA 1C1LA 2DUPA 2E7QA 4Q26A 2D6NA 2NM1A 4M01A 1V3BA 2BERA 2SBAA 1G8WA 4ASMB 1A4QA 2ZGTA 2CL2A 4XXAA 4FOVA 4CPZA 4H53A 3D5OA 2DUOA 2C9AA 4H55A 1SLTA 1JHNA 5T52A 2PHWA 1IVGA 3BIWE 1GNZA 2YDTA 1GICA 1W6PA 1LHUA 3W59A 4FPHA 2OUJA 2GNBA 1B9VA 4FPOB 1H9WA 1W0PA 1LHVA 3ZPYA 3NV3A 1HKDA 3PVOA 1USRA 2V5YA 3O5SA 1NN2A 1N1SA 1Y7BA 2D6LX 4TZDA 4MJVA 2D3SA 4XHBA 3USUB 4JCKA 3KQRA 3DUIA 4KS3A 1N1VA 4GZXA 3WHTA 3ZXKA 1H30A 5JMCA 4X4AA 4DFSA 1BJQA 1LEMA 1WLWA 4B7RA 3ILFA 1Z78A 1G9BA 5CA6A 5GLZA 2R0FA 2YZ4A 1W6QB 4YM3A 2CYFA 4J9TA 3TICA 3JUUA 3ZYPA 1LOBA 1KDMA 2BZDA 4KS1A 3AK0A 4QN6A 4X49A 2PELA 3OPZA 2A6ZA 5EYYA 3A4UA 5T5JA 3WNXA 4XYXA 4R9DA 3OY8B 3VKMA 2ZGOA 3VKNA 1QDOA 1SBEA 2V73A 3AXEA 4YG3A 4WA3A 2UWCA 1BKZA 1S0CA 3ALXA 2G4IA 1INWA 2D6KA 1ONAA 5H9PA 5DG1A 1AJOA 2WLQA 1INVA 2F24A 4MWVA 2HT8A 2Z42A 5IK4A 3WOGA 1ENSA 4K1YA 1GNHA 4HZYA 5NN9A 2DU0A 3GVJA 3AP9A 1UZYA 1DFQA 2HTQA 2ZB6A 4GJTA 5LK5A 1LU1A 3V64A 2P34A 3V0BA 1FV2A 1W8OA 3AYAA 1LOGA 1UAIA 2OUHA 3AZXA 1S0BA 5IT6A 3PVNA 1OQ1A 1S0DA 1LCLA 4DGRA 5GLTA 3FUQA 3INBA 1UL9A 3ATGA 3RQ0A 5H9QA 3ZXJA 3NWKA 3GALA 4QN5A 2EXIA 4CPMA 3ZSLA 3AJYA 1MVQA 1DQ5A 4Q1PA 3CKZA 3N7LA 4XJ8A 4DS0A 2VK5A 2ZGLA 3B00A 4AWDA 2P3JA 2ZMKA 2QWAA 1FAYA 2GDFA 3KM5A 4DRVA 2ZHKA 4GDJA 1MZ5A 5L73A 1C57A 2C5DA 4GALA 5H9RA 5HUMA 3ENRA 1JOJA 1MACA 5T5PA 3GNEA 2EAKA 1MS9A 3HR9A 4AYUA 1WW7A 1UKGA 2NN8A 4JF7A 3MEPA 1VAVA 1INGA 2ENRA 2DVAA 3D11A 1V0FA 4CPYA 3VUOA 3A0NA 1SLIA 5DUXA 2W20A 4GZSA 1ULGA 2UWBA 4FQ4A 1W8NA 2E53A 3IPVA 3WDYA 1BQPA 1V6OA 3ZXLA 3B7EA 2D44A 5DZEA 2WKKA 1SLBA 2ZMLA 3WUDA 3NV2A 5GZFA 5GLVA 4MZAA 1QU0A 1KJLA 4CPOA 4Q1RA 2UU8A 3ZSMA 4NN9A 1R1ZA 3AZVA 2HTUA 1Z4XA 4GZWA 1LHOA 3NV4A 1BZWA 5DZGA 1G7YA 4K1HA 5GLWA 2DVGA 2QWFA 3GVKA 1EURA 3ZVXA 1MS8A 5E88A 4XBLA 4R9CA 5DUWA 2ZGPA 3IMNA 1W6MA 4XIOA 5B2DA 4YZ4A 1WD3A 1W6NA 4GZPA 4LBMA 4I00A 2E7TA 1B9SA 3AP7A 3BODA 2AUYA 2P3IA 2PHTA 1G9AA 1XQNA 4UW4A 4Y22B 1DBNA 1NMCA 4IQPA 4YW1A 1JUIA 1OFSA 4MJUA 1IS5A 1NSBA 4QN4A 2GNMA 2AEQA 4LBOA 4FOYA 4XTPA 2VXRA 4JRAA 1ZM1A 5DXDA 5CB7A 3AJZA 2LTNA 3QLQA 1WLDA 3OGGA 2F11A 4Z8BA 1JYIA 1GKBA 3MPPG 2YY1A 4KS5A 4FPGA 2EALA 4AVSA 4HL0A 4XDQA 1FNYA 3V0AB 4KS2A 4YGBA 3CL2A 1MS1A 3IN9A 2NYYA 4YLZA 4XHXA 1DIWA 1URXA 5GALA 1FATA 4QN7A 1OKQA 6NN9A 2A70A 3CYEA 2DTWA 3UJQA 1V2IA 4LBQD 4XTMA 2HTRA 3HN1A 4YW2A 4NOTA 2VUAA 1SACA 2BATA 3MW4A 5GZDA 4XJAA 2HYKA 1HLCA 5M1ZA 2ZMNA 2F28A 2PHFA 3AYDA 2P37A 3K37A 4BLJA 1KDKA 3WDUA 3AYCA 1AXKA 1L7HA 1YRZA 3LCPA 4Y1ZA 4K1JA 2R0HA 4FPFA 1B9TA 1MVEA 4AGVA 3D4KA 4MWQA 3SALA 1ENRA 5SV8A 3R4SA 2CNAA 3CL0A 1USXA 3T1LA 4M3CB 1QKQA 3TIAA 5FREA 1VIWB 4MWWA 2D3PA 3DGTA 3WG4A 4P9YA 4KBBA 1AXYA 2YA5A 4LBLA 4YG6A 2VK7A 4PCRA 2JKBA 4U36A 1D0HA 2HTYA 4GB1A 4R9BA 4B7NA 1V3EA 1INXA 2JDZA 1V3DA 1N1TA 2QWJA 3FFZA 3O0VA 3Q9OA 2JJ6A 1GV9A 4FPCA 3SISA 4K21A 1Q8SA 3FLRA 3UJOA 3I8TA 5AVAA 3POSA 5JYYA 3USUA 2ZHMA 2A6YA 1CR7A 1IS4A 1LTEA 4XZPA 1FNZA 4B7QA 1LGNA 5JDBA 3WCSA 2LALA 4Q27A 2QWHA 5EYXA 3TI3A 5HX0A 2VH9A 2AGSA 5GZEA 4Y20B 4K3YA 3ZSJA 1VCUA 1W6QA 2DUQA 1N3QA 1W6OB 3C2UA 2QWGA 4FOWA 4JC1A 2ZGUA 4XJRA 1WBFA 4DPNA 1FV3A 2E51A 3OY8A 2H0BA 5CBLA 4M3MA 4Y24A 3H73A 2ARBA 1WBLA 5EXOA 2XZIA 3AZYA 1S0FA 1XOEA 1B09A 2ZB5A 4FP3A 5E8AA 2XZJA 3N35A 2VSKA 3TIBA 3WG3A 2XZKA 1GZCA 1CN1A 2A3XA 3OJBA 5DG2A 4MWLA 5GZGA 5GJ6A 2ZHLA 1GBGA 3VKLA 3TI4A 2QWKA 1MS0A 2GALA 4FVVA 3WCRA 3WUCA 1O4ZA 5CAZA 2JECA 2D6OX 3O0WA 4K20A 1Z4WA 2ZBJA 1LODA 3RSJA 4CTEA 2A5ZA 3RG0A 3SILA 1A8DA 3TI6A 1TEIA 2SLIA 2BF6A 4FPLA 2QWCA 1Z0HA 1D2SA 1F8EA 3T1EA 2CY6A 1CQ9A 3AP4A 3WDXA 4LBNA 1IS6A 4AVVA 1SNTA 2CWSA 1PZ7A 3R4UA 1AXZA 4ATFA 1Z4YA 4BM8A 3N7KA 2DV9A 3MW2A 4MX0A 1NMBN 4B7JA 4CZSA 3WV6A 3W09A 3T1MA 1HDKA 4XXPA 5HCFA 4UW5A 2ERFA 2CTVA 4R9AA 1W1XA 2GN3A 4C1WA 3IM0A 4HZWA 1DIMA 1SFYA 3O9JA 1ULFA 2DVFA 2KM2A 1ULDA 5JLVA 4LBQB 2AENA 5BYNA 1CJPA 1CESA 3N7MA 2YA8A 2XCYA 4C1XA 1ULCA 3K38A 3INAA 5GM0A 1S0EA 3RRDA 1I1EA 2HU0A 1V3CA 1V6JA 2HTVA 3SH3A 2QWEA 2JE9A 1F9KA 1Z4ZA 1UMZA 1UX6A 3AYEA 4XJUA 2W5NA 2QWDA 2DYCA 4GXLA 1SBDA 3PJQA 1IVFA 1UN1A 2DURA 1GZWB 1YI7A 4MC7A 1F8BA 4BPZA 1SLCA 1G86A 3AZZA 4X6KA 5EWSA 1LGCA 2A6WA 2ZGKA 1UPSA 3RMYA 3IKWA 4FPEA 3RS6A 3GVLA 2AR6A 2VU9A 1QOSA 2R1BA 1YYNA 2A6XA 3AP6A 4QN3A 1V6LA 3BTAA 4NC5A 4BOWA 2NZ9A 4XJQA 4GZQA 3POYA 4DQAA 1CONA 1RITA 3SH5A 2TEPA 1QNWA 1LJ7A 4FOQA 1ENQA 1SLAA 2WQZC 3H71A 5IK7A 3O9KA 1W21A 1LOAA 1LOEA 1NSDA 2HU4A 4YZ2A 1E8TA 4YGEA 1VLNA 3UL2A 1JYCA 2YXSA 4FPJA 5JVVA 3POWA 2QWBA 3AP5A 2W39A 3PMEA 2R1DA 1GLHA 5KXCA 2GNTA 2AYHA 2EXJA 4GA9A 4WZFA 3T2TA 2D6MA 2NMNA 4MWXA 1IS3A 2A6VA 1WUVA 1Q8VA 1A3KA 1VAMA 1V6MA 4Y22A 1IVEA 1EUUA 4LBKA 2VVZA 3WZ1A 3N3HA 3M3EA 4XBQA 1JW6A 1IVBA 2B7YA 1NNBA 4D69A 5HUKA 4Q6KA 3VV1A 1A78A 1PZ9A 4AGGA 2HTWA 1Z50A 2A75A 3ZXEA 2RHPA 1WW4A 1XOGA 3AZWA 2YV8A 3M3CA 4YFWA 4U2AA 3O12A 2VWDA 2SILA 1DZQA 3V0AA 1DQ6A 1PZ8A 4HANA 5T54A 1SCRA 2F26A 2D3RA 5HUGA 1DYPA 4M4UA 1AX0A 1N3OA 2YA4A 2F25A 1INHA 3SH4A 2AREA 2F10A 2D6PA 4NCSA 5JOXA 2AH2A 1F5FA 3AXDA 1EUSA 4M3CF 1A14N 2ZGRA 2VY0A 2EIGA 3OYWB 3D12A 4MWUA 4ATEA 1AX1A 2VW0A 4P9XA 4QNPA 1GSLA 4X47A 2ZHNA 2D7FA 1N3PA 2F27A 3SITA 1SBFA 4L8QA 1UZZA 4Q2FA 2F13A 4XIKA 1APNA 4Y1UA 4YZ1A 2JD4A 1NNCA 2RKCA 1QGLA 4M3CA 4YFZA 4UF7A 4NO4A 2C4LA 5DUVA 2VSMA 1LESA 4BMEA 5T55A 3LSEA 5DZFA 1SLLA 3ZYRA 2PHRA 3JU9A 4K1IA 1V0ZA 5IK5A 1I3HA 4GDIA 2EF6A 2I2SA 2YDPA 4ISRA 3WG1A 1G9DA 2OVUA 1F8CA 3W58A 2HT5A 2C4AA 1EUTA 2YA6A 4YZ3A 1LECA 1L7FA 1DQ4A 1AF9A 5B2CA 4CPLA 5HCBA 2EXHA 4D8SA 4GEZA 5JOWA 3B69A 1N47A 3BOPA 1NCCN 2YA7A 5KXDA 1Q8PA 3WLUA 4YM2A 1Q56A 1BXHA 1H9PA 1WD4A 4W65A 4XJ9A 4Y20A 2W08A 3L2YA 1NNAA 5T50A 3WDWA 2A7AA 3PVEA 1V6NA 1W6PB 1W6OA 2ES3A 1RINA 1EPWA 4FPKA 4YM1A 1DILA 1BYHA 2A3YA 2NMOA 1QOTA 3U4XA 4XILA 3RMXA 4FJ6A 2DVBA 3R05A 1S0JA 3UK9A 2ZACA 4HZZA 1O4YA 1FYUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J83A 1U0AA 2XB6C 3B9CA 1TQ5A 4CUBA 4XOGA 1W2OA 2YMZA 5JAXA 1F8DA 4E8DA 3AX4A 4MHRA 4E27A 4MVTA 1JZ2A 1IJQA 3KGLA 3T30A 1NCRC 5IAXA 1BK1A 1W0OA 2PAEA 4CDXA 5A7SA 4AHAA 4GJZA 3ZIWA 1BEV3 3OOXA 1COV1 4IMBA 1PK6B 3ZSKA 4IV3A 4D0QA 1V6KA 3V65A 3T0BA 4DUXA 1MWEA 4KGQA 1LOCA 1GQPA 4NAMA 1C1FA 1YLLA 4QPGA 1C8NA 3P1IA 1VBA2 4AFAA 1CVNA 2QCSB 1Q8OA 4LA3A 1A8MA 4KWJA 2N7GA 3PHMA 1M4WA 1LOFA 2VZQA 1GZ9A 2O14A 2Z4FA 3K3AA 4QHZA 3PLQA 5GX2A 4NWVA 2AZ5A 5FO8B 2QVSB 2D43A 3M3OA 3KCXA 2ZJCA 1FMD1 4YM0A 2HWE2 2RJKA 3TB0A 1HIXA 2QDNA 5EFUA 4F83A 1NMAN 3NJZA 4JGZB 5EO8A 4QU2A 4RL7A 5E16A 3TC9A 4COZA 3P6BA 5FK7A 3UV9A 4ZZ8A 2GC1A 5DMYA 4WV8A 3LI4A 4AQSA 1OKOA 4RA0A 3JZVA 4UWDA 2BFUL 3OBTA 2R7EB 5EJZB 4P9WA 1I5ZA 1EV13 5F5QA 4FFFA 1N1YA 2UY9A 2HT7A 4PF5A 1CAVA 1QJY1 4HLTA 1LHWA 1GOFA 2IWGB 2YBSA 4MSVA 2MHFA 5BNOC 2ARXA 3M1HA 4ZLRA 3A0KA 5D8AB 4Q4X3 1UOBA 5FMDA 1VMFA 1INFA 4ZKTB 3LZZA 1CPNA 1X7NA 4JDOA 2A1XA 4QX5A 1IVDA 7NN9A 4AHYA 2PHXA 3OBAA 1C4RA 2QFEA 1ZREA 3WT3A 1EAH3 2B4KA 2GN7A 1O3TA 3HLIA 1KXGA 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