4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
2PHRA 1V6KA 3MPPG 1NSBA 3VKNA 4UW4A 2P3JA 1E8TA 1KITA 1EUSA 1APNA 4M01A 3WVJA 4BPZA 5CB7A 1Q8PA 1W6NB 1WW5A 5GZEA 2ZMNA 3NV3A 4XJ8A 4B7QA 1A4QA 2XB6C 1VAMA 2P2KA 2PHFA 4YG3A 4M4VA 1MZ5A 4XDQA 3V0AB 4K1KA 2CY6A 1IOAA 4GALA 2QWDA 5JDBA 3R05A 1GANA 1CESA 2ARBA 1JYIA 2WNEA 3AYDA 2EAKA 2PHUA 4MWWA 3M3EA 4L8QA 2WT1A 1USXA 2ZKNA 3FUOA 3ZSKA 4P9YA 3BIWE 4GKYA 2WJSA 1N1SA 1W0OA 3K38A 5GLVA 3TAYA 2QWGA 1W6MB 2JDZA 5HUGA 4NOTA 5EWSA 4K21A 2YZ4A 1HQLA 3MW4A 3VKOA 3WCSA 1YXWA 2ZZJA 2HU4A 2D43A 4BLIA 2VW0A 2XZJA 1KJLA 4XE9A 5JYYA 1W6NA 4BQ1A 2JKBA 3IMNA 1CPMA 4ATFA 5T5JA 1SNTA 1S0GA 4QN5A 3CKZA 1QGLA 5T5PA 3ILRA 2ZHKA 3SNMA 2G4IA 4BBWA 3ILNA 4XBNA 3V0AA 1YIFA 4Y24A 2VVZA 2C4LA 3K3AA 1H30A 4U2AA 4QNPA 2C5DA 5GLZA 2SBAA 4XHBA 3POYA 4MWQA 4XTMA 4GZTA 4ISRA 1AXZA 1WBLA 3A0KA 4ITCA 2DWRA 1B9VA 2YMZA 2GNTA 5DUWA 3B9CA 1E8VA 4M3CE 3H71A 1V0FA 1ONAA 3V0BB 3H72A 3GALA 1UX6A 4JC1A 1W6MA 3HN1A 5GLWA 2VY0A 1MS5A 5IT6A 1LU1A 2X9MA 4GDJA 1DILA 2DV9A 4LBKA 2DTYA 1LJ7A 2NM1A 4LBNA 2HTVA 4WEFA 1S0BA 2JJ6A 4PBPA 4XXAA 1MWEA 1GSLA 2C9AA 4NO4A 4GZWA 1BYHA 1V6IA 3A0NA 3BOPA 4XIKA 2WSVA 2R49A 2VUAA 4YFZA 3RG0A 4YGDA 1L7GA 1INHA 1DQ4A 3KQRA 1HQWA 3LSEA 2B7YA 4YZ4A 1Q8VA 3TI6A 1DIMA 1ENRA 3WHTA 3WDXA 3WOGA 5BYNA 3R4UA 1BJQA 1QOTA 3D6EA 3KM5A 1Z0HA 2P3IA 1MS8A 2QWHA 1KQRA 1MS9A 3V0BA 1SBDA 1W8OA 2E6VA 3SANA 1AX1A 3AX4A 1W1XA 4U36A 2HTQA 1V6JA 4X49A 1GNHA 1FAYA 3HR9A 4FPOB 2GMEA 1LOCA 4GEZA 3ALXA 5JOWA 1NCAN 4LBJA 1MACA 1BKZA 3AJZA 4Q26A 5DZFA 5T5OA 3WNXA 2R16A 5GLUA 3USUB 2HU0A 1V6MA 3IPVB 4R9BA 3FLTA 2UU8A 2W20A 1HDKA 4NC5A 4YG6A 1LOBA 3WV6A 2ZMKA 4I00A 4X47A 2D6NA 3NV1A 2ZGLA 1C57A 2XCYA 1NXD1 2YDTA 1INYA 2RHPA 2GDFA 4FQ4A 1DIWA 1V0EA 2PHWA 1C1LA 2RKCA 3W09A 1WCSA 4FVVA 1FV3A 1Z50A 2SILA 4HZYA 1UN1A 2QWAA 5FREA 2UWCA 1G9FA 3POWA 3AYAA 3FUQA 1MVEA 4W65A 1PZ7A 1GBGA 3AYCA 3H6JA 1NNCA 2AENA 1RINA 4Q8KA 4XILA 3USUA 5IK5A 4Q2FA 1N1YA 3NN9A 1ZM1A 4GB1A 2V5YA 4Q8LA 2D6LX 5T52A 3D12A 3ZXJA 1LTEA 1S0JA 1AF9A 5H9SA 4DRVA 1JXNA 3AP5A 4MX0A 1JOJA 3WUDA 1KDMA 5HCFA 2BZDA 3OYWB 2GMMA 3I4IA 4AWDA 1S0EA 5E89A 3ILFA 1WBFA 4UF7A 4FPYA 1G8WA 1URXA 1GZWB 1KJRA 1F8BA 2ZHNA 3AZYA 4UW3A 1GLHA 7NN9A 2HT8A 4LBOA 3DGTA 3FLRA 2JE9A 3B7EA 5EYYA 1DYKA 3RQ0A 1A4GA 4B7NA 5DZEA 4H55A 3SALA 2VWDA 1PZ8A 3SISA 1INXA 3AZXA 4CRQA 5IK4A 2F26A 2XG3A 4Y22B 2B8HA 3O5SA 3TICA 4JF7A 2A6WA 1VIWB 1D2SA 3OYWA 1IS4A 3GVLA 5AVAA 4DS0A 3AXEA 3WUCA 1ULGA 3ZSMA 4DRRA 4FQZA 3ALWA 2AGSA 3SH3A 2DYCA 4YW3A 1LGCA 1GZWA 1V2IA 1W6PB 2ZGRA 4LBQB 1LHOA 1SLTA 1BXHA 3TIBA 1IVDA 3TIAA 4HZVA 5GALA 1AXKA 1G86A 2PHTA 3O9KA 2D3RA 1EURA 3TI8A 3RMXA 5DG2A 1JUIA 4B7RA 2QWCA 4Q6KA 2VXRA 3AXDA 1TEIA 1VAVA 5M1ZA 4YZ3A 5CBLA 5CAZA 1CVNA 1QU0A 4XMAA 4IQPA 1IVGA 3D4KA 1QOSA 4P9WA 4WEGA 1AZDA 3LCPA 3RMYA 4Y22A 4YGCA 1B9TA 3IM0A 2D6OX 3SLIA 2YXSA 1IVEA 4OZXA 2R1BA 3BTAA 4YM3A 4AGGA 1VCUA 3WLUA 5CNAA 1Z4WA 4Q1RA 1LOFA 4KBBA 4ISQA 1UAIA 1W6OB 1AJOA 2A6XA 5HCBA 2EXIA 1IVFA 1MS0A 4F83A 3T1MA 1W21A 4R9CA 3AYEA 1W6PA 4LBQA 1Y7BA 4UW5A 2OW4A 4FJ6A 4PF5A 3OBTA 4Y1UA 4HL0A 1DFQA 3RSJA 2HT5A 1NMCA 2YV8A 1CPNA 2CL2A 2I2SA 5EXOA 3A72A 4WA4A 1V3CA 2F11A 1A8DA 2LTNA 4QN7A 1V3DA 5DUUA 1BQPA 1DQ5A 1LESA 1H9WA 1CN1A 2P3KA 2ZHLA 1C1FA 5HCAA 1GV9A 2OVUA 2D3PA 5T55A 2W39A 2VW2A 3D11A 2TEPA 4YFWA 4P14A 4FPCA 4CTEA 1GKBA 1W6OA 3RS6A 5HUKA 4LBQD 2WT0A 1USRA 4FZHA 1A3KA 2XZKA 1N3OA 1QDOA 3T1LA 1ULCA 4YW5A 3B01A 4XOGA 1W20A 1FV2A 1Q8OA 5B2DA 2A5ZA 1BZWA 1NMBN 1Z4XA 3N7JA 4XTPA 2A7AA 3W59A 2ES3A 5HX0A 1SBEA 3AP7A 3OY8A 4FOWA 2YA8A 2P34A 3WDUA 4K1IA 3CNAA 3GNEA 2R0HA 1V3EA 1G9DA 1LU2A 2A70A 3AP4A 4Y1YA 4MWVA 3ZXKA 1YI7A 4Q27A 4FPJA 4DGRA 2F0ZA 1SBFA 1LOGA 1WD3A 4M3CB 4R9AA 4JRAA 4AVVA 2EXJA 3TI4A 2GNBA 1INFA 1W0PA 4Q1PA 2WT2A 3TI5A 5F5QA 2F27A 1OKQA 4BMEA 1FYUA 4GJTA 1Z4ZA 6NN9A 3INAA 4M4NA 1IS3A 4MJUA 1J1TA 2D6MA 3ASIA 2QWKA 1DZQA 3FLPA 2UURA 4YG0A 2QWEA 1UPSA 3WCRA 1CJPA 1DQ0A 4DFSA 1GICA 1LULA 2NMNA 4YM2A 1NMAN 1IKQA 3BEQA 5FRAA 2NZ9A 3AP9A 4DPNA 3WG3A 1SCSA 1V6NA 3VKMA 3PVEA 1SACA 1W6QB 4MC7A 5GM0A 1AXYA 5L73A 1N1TA 1HKDA 1LHVA 1ENSA 5KXEA 4PBOA 4WA5A 4CPNA 4M3CA 2E7QA 3ZXFA 2DVGA 2V73A 1WD4A 1LOAA 2EXKA 2EXHA 3UJOA 3H73A 1O4ZA 1FNYA 3O0XA 4KS2A 3RRDA 3WG1A 1UMZA 3ZPYA 4P9XA 2LALA 1IVBA 1WCQA 2ZGNA 4DQAA 1YO8A 1AJKA 1LHNA 3VUOA 1KRIA 1LOEA 3O9JA 2ZGTA 3IKWA 3M2MA 1MS3A 4AYUA 4CPYA 4BOWA 4WV8A 4AGVA 4K1JA 4XXPA 4XJRA 4M3MA 4KS5A 2HTWA 4KS3A 2VSMA 2ZGSA 1Z4YA 4Y20B 5IUQA 1NLSA 2ZGUA 5CA6A 1CIWA 3WG4A 1W6QA 4GWMA 1LGNA 1EUUA 1S0CA 4LBMA 4FPGA 3BODA 2CWMA 4NN9A 4B7MA 4GDIA 5JOZA 4RA0A 3SH4A 1U0AA 4XJWA 4BM8A 1LEMA 4XJ9A 2A3YA 2DVDA 3A4UA 2ZGMA 3PVOA 5DUVA 3WDTA 2AEPA 4QN6A 5EYXA 3ZXEA 2HYKA 5GZFA 1VCJA 3N7MA 1EUTA 1UZZA 3H0OA 2F25A 4YZ5A 5KXCA 4CPZA 1A14N 1AVBA 2GN7A 1VALA 4MWRA 2ZHMA 3MW3A 1UKGA 4WVVA 4YLZA 3OGGA 2VSKA 1R1ZA 2AYHA 2CYFA 2E7TA 2ZMLA 1SCRA 4BMBA 3AJYA 1I1EA 4XJQA 5H9RA 1LECA 2CMLA 3R4SA 2A3XA 1NCDN 4AVSA 4Y26A 1DQ6A 2BATA 1ULFA 4ASMB 4XJUA 1QKQA 4Y20A 4FPKA 4J9TA 1N47A 4FOYA 1V0ZA 1QNYA 5DXDA 2GALA 1NN2A 2OUHA 2CTVA 2YA4A 3M1HA 3IN9A 1WW4A 3TB0A 1Z4VA 4XBLA 3INBA 1NSDA 1GYKA 1MS4A 1ZA4A 4D69A 1QNWA 3VV1A 3POSA 4GZQA 2DVAA 2DUPA 3ENRA 2AREA 2A6YA 3NV2A 4HIZA 3JU9A 4MWUA 2YY1A 4AVTA 1DGLA 2DTWA 1SLBA 3CL2A 1XQNA 4XYXA 4HANA 4CPLA 4QN3A 1MZ6A 4XJAA 1LHUA 4MWXA 3AFKA 4YM0A 2DURA 1B9SA 1DBNA 5JVVA 2NMOA 3PJQA 3ZSLA 1WLCA 3WDWA 1E8UA 3WG2A 4K20A 1F8DA 1O4YA 2ZB6A 2AR6A 1NCCN 1LHWA 1PZ9A 2Q5TA 4YZ2A 3W58A 2CWSA 3UK9A 4GZSA 2D44A 2A6ZA 5GLTA 1Z78A 5JMCA 4K1HA 2A75A 4YW4A 1IS5A 4YW1A 2GNDA 5NN9A 1F8CA 1FX5A 3ATGA 3ZXLA 2YA7A 2QWIA 1EPWA 1LENA 1QDCA 5IK8A 2WQZC 1S0DA 3NV4A 3O12A 1X50A 2NN8A 3M3OA 1UZYA 1F31A 1B09A 3OBRA 5GJ6A 4PCRA 5F9TA 3K39A 3WHUA 4PQ9A 3UJQA 2DU0A 2F10A 1OFSA 4YGBA 1MS1A 3B00A 2VK5A 1L7HA 5DUXA 3LSDA 3JU4A 4MWJA 5T5LA 4K3YA 3OY8B 2W68A 3T1EA 2DU1A 4XZPA 1S1AA 1INWA 3QCWA 1V6LA 3K37A 5KXDA 3AP6A 1V00A 1V6OA 3V65A 3A71A 3VKFC 5E88A 1S0FA 2AH2A 4MZEA 1SFYA 3N35A 4MYEA 2HTYA 4QN4A 5HUNA 5DG1A 4FVKA 2ENRA 3Q9OA 4Y1XA 1WLWA 4D8SA 2EF6A 2R0FA 1JHNA 1FNZA 4YGEA 1IVCA 4K1YA 2F12A 2W5OA 2CNAA 1DYPA 4X6KA 4BLJA 1DQ2A 3PMEA 2F13A 5LK5A 1L7FA 3V64A 1NNAA 1RITA 2EIGA 2W38A 1WW7A 5JLVA 3QLQA 1LEDA 4XIOA 5T54A 5SV8A 1WLDA 2VU9A 1RIRA 1AX2A 2E51A 3FBYA 1F9KA 1H9PA 2BERA 1SLAA 4HZXA 2PELA 3ZYPA 1QMJA 1GNZA 2QWFA 1LOFC 4GXLA 1SO7A 3SH5A 2ZACA 4WVWA 4RL7A 1G7YA 3B69A 1DHKB 3ZVXA 2EALA 1WW6A 3O0VA 3WZ1A 3O0WA 4FOQA 4X4AA 2HTUA 3L2YA 1KDKA 2F24A 3ZSJA 1SLCA 4TYSA 4GZPA 1C4RA 3TI3A 1QOOA 1GZCA 3C2UA 2OUJA 1V3BA 3HMYA 2BF6A 1Q8QA 3NSSA 3PVNA 4Y1ZA 1BJIA 3CL0A 4XHXA 2ZGKA 5T50A 2NP0A 4FPEA 1JYCA 3M3QA 2AUYA 1N1VA 1LCLA 4FPLA 1MVQA 3CYEA 1Q8SA 1NCBN 4NCSA 4M4UA 4FP2A 4YM1A 4SLIA 3N36A 4JCKA 2HT7A 2YROA 3AZWA 3MEPA 4KS4A 2H0BA 5KXBA 2GN3A 4GKXA 1F5FA 3OJBA 3GVJA 4ZXKA 1YYNA 2D6KA 2ZBJA 4ZKTB 3FFZA 2YDPA 4FOVA 2WSUA 2WKKA 4AGRA 2DUOA 3OPZA 2UWAA 5GZGA 2JD4A 2D7FA 2PHXA 2ZGPA 1DLLA 4K1ZA 2XZIA 1ULEA 3AZVA 2HTRA 4YZ1A 3VKLA 4H52A 4Y1VA 4R9DA 4GZOA 2BQPA 1CONA 3MW2A 4GWNA 4FPFA 2DVBA 3JUUA 1W8NA 1CQ9A 1S0IA 2A6VA 4HZWA 4Z8BA 1LODA 1ULDA 1NNBA 2QWJA 1YRZA 3WDYA 2VK6A 1SLIA 1IKPA 4MWLA 2D3SA 3DUIA 4B7JA 2W5NA 1CR7A 5B2CA 2W08A 1XOGA 4TZDA 3SITA 5GZCA 1INGA 1N3QA 1WUVA 3D5OA 1IS6A 3I8TA 4C1XA 1QF3A 4MJVA 2A3WA 2DUQA 1XOEA 2ARXA 1I3HA 4FP3A 1LGBA 3IPVA 2KM2A 2ZABA 2C4AA 3APBA 3U4XA 4XMIA 2SIMA 1NSCA 2ZA9A 3N7KA 4XBQA 1JN2P 5DZGA 1N3PA 3T2TA 5HUMA 1G9AA 3K36A 4ATEA 5JOYA 3ZYRA 4CPOA 2ZB5A 1SLLA 5H9PA 4M00A 1G9CA 1UL9A 1D0HA 2QWBA 1A78A 1Q56A 2P37A 2JE7A 4WZFA 2JECA 4UW6A 2R1DA 4HZZA 4CPMA 4MWYA 2ZGQA 1AX0A 2GNMA 3GVKA 2W52A 2VH9A 1F8EA 3AK0A 2ZGOA 2FMDA 2VW1A 2Z42A 3N3HA 3B3QE 1HLCA 3NWKA 4H53A 4C1WA 2E53A 4LBLA 1DQ1A 2FHRA 2VK7A 3N7LA 5H9QA 2D6PA 3M3CA 2YA6A 2ERFA 2GMPA 2F29A 1ENQA 5E8AA 4GZXA 2WLQA 1OQ1A 5IK7A 2YA5A 4YW2A 2DVFA 4CZSA 4M3CF 1FATA 1JW6A 4XJZA 5JOXA 1GZ9A 3AZZA 1VLNA 2UWBA 4GA9A 2A71A 4WA3A 2SLIA 3UL2A 2F28A 4KS1A 1G9BA 2ZAAA 4I30A 1JBCA 4MZAA 1INVA 3WDVA 5GZDA 4FPHA 2NYYA 2AEQA 1MR5A 3SILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B42B 2PHRA 2J1EA 1V6KA 2V09A 2WWUA 5I0DA 3MPPG 4NIDA 1NSBA 4B7KA 2VMCA 3JBG1 4ZY9A 2VMEA 5C9AB 3VKNA 1PVC1 5JAXA 2XXZA 4XFGA 1VRH1 4UW4A 1JZ5A 2POOA 1T2XA 1FMD2 2P3JA 1KITA 2XDVA 1E8TA 1EUSA 1APNA 1R092 3CMGA 3GCXA 4CUAA 5JMCA 3L6VA 2HWD3 2OQ7A 4XCBA 4Q4X2 3NAPB 1ZZ7A 4M01A 5FYTA 4ZLRA 1RTVA 3NVCA 3WP5A 3FW0A 5FYVA 4CSWA 3VD9A 5A33B 3DL3A 3WVJA 3OEBA 4BPZA 4FO9A 4YARA 5CB7A 4OZOA 4DUVA 1Q8PA 1W2NA 2FDHA 1H8TA 1W6NB 2JICA 5A80A 1WW5A 5GZEA 3VBUC 1JYVA 2ZMNA 3NV3A 4MX3A 1RUG2 2IVIB 2RMU3 1H0BA 5FYZA 1YI9A 1YQCA 4UFIA 5J48A 2VOKA 1W3VA 1IGOA 4XJ8A 4KGQA 2XLFA 4D0QA 3ITQA 3AKSA 4B7QA 1A4QA 2B45X 3VZJA 5EO8A 2QQVA 2HWB1 4HSLA 2XB6C 4N9IA 1S18A 1VAMA 2P2KA 2IUWA 1TME1 2PHFA 1V9U1 4YG3A 5BNOB 3DYMA 5JSPA 4M4VA 1MZ5A 1HB2A 5F32A 3S57A 3LI3A 2AC1A 3NO0A 1T6GC 1OVPA 3JCIA 4XDQA 3D12A 4D52B 3V0AB 2JG8B 4HT1T 5KC6A 1U5YA 4K1KA 4NPMA 3TBDA 2CY6A 3RZLA 3RNSA 3HN3A 1AL21 1IOAA 4QHZA 2G9GA 4GALA 2FDKA 3AMHA 3ZXAC 1NAEA 2QWDA 3H50A 4IEUA 3UV9A 4A3XA 5C8WA 4OI1A 1HN1A 1NLRA 3R05A 4CA9A 3IDAA 5JDBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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