4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
4BBWA 5JVVA 2GALA 3AXEA 2CY6A 1XQNA 2HYKA 2LTNA 4B7MA 1W20A 2E7TA 1IVDA 2FMDA 2D6LX 1Z4WA 3USUA 2A5ZA 4XYXA 3AYDA 2B7YA 1W21A 1C1FA 3H6JA 4L8QA 1GV9A 1DYPA 2DVFA 1ZM1A 5AVAA 1GZCA 2CWSA 2B8HA 1BYHA 1MS4A 1MACA 2UWCA 2NP0A 2VSMA 4HZZA 1FATA 1OKQA 2GNTA 1NNBA 2ZMNA 1Q8PA 3B3QE 4GJTA 4KS4A 3N36A 1XOEA 4WEGA 3BEQA 4R9AA 4FPEA 4YG3A 1AZDA 2QWCA 1MVEA 3SLIA 3D5OA 1VLNA 2ARBA 4XILA 3ZSKA 4M3CB 5JOWA 1QGLA 3H73A 4M3MA 1W0OA 5IUQA 4M00A 4YM2A 1V0FA 1W6MB 2YXSA 4YZ4A 4LBMA 2F0ZA 1W6QA 4UW3A 4P9YA 1CQ9A 1ZA4A 1H9WA 2YY1A 1SLIA 3WG2A 4WV8A 3MW4A 1NN2A 1MS5A 3O5SA 1SLAA 2ZB5A 1KDKA 1L7HA 4FPKA 5SV8A 1Z50A 5JOZA 4NCSA 1CESA 4Q26A 1BKZA 2D6MA 1WUVA 1V6OA 2FHRA 4XJUA 1F8CA 4K21A 4CPLA 4MC7A 3WDVA 3RRDA 4WA4A 1B09A 3KQRA 2F27A 3PMEA 4Y1YA 5H9QA 3K38A 1DILA 3WDWA 2DVGA 1WBFA 2WNEA 4AGVA 5HX0A 1W6PA 5IK8A 4DS0A 1I1EA 2WT1A 5NN9A 3WCSA 2WSUA 2SLIA 4YW5A 1JW6A 2A7AA 3L2YA 3DGTA 5E88A 4XIOA 4K1KA 4NC5A 1CR7A 4Q1PA 2C5DA 1LENA 1V00A 2Z42A 4QN4A 1HKDA 2QWDA 1GSLA 4BM8A 2HTQA 5JDBA 4D8SA 4DRVA 1INFA 3QCWA 4JCKA 1CN1A 3AX4A 4R9DA 4QNPA 5HUMA 2F10A 4GALA 4GZPA 3D4KA 1G9BA 3WUDA 1FV2A 4YZ1A 3N7JA 1HDKA 4KS3A 5T55A 1H9PA 2DYCA 1LHUA 2R0FA 2WQZC 1C1LA 1V6MA 5DXDA 1LU1A 2E53A 2BF6A 4Y22B 1Q8OA 3ZXLA 4WVWA 4QN5A 2W08A 4Q8LA 1JN2P 1EUTA 1IS6A 4MZEA 2F25A 1WW7A 5CNAA 4GZOA 5L73A 4FPFA 2W39A 1AX1A 1G9CA 4NN9A 3M3CA 5JMCA 2HU0A 1YYNA 4GDIA 2ZGTA 1IS3A 3D12A 2YA4A 3RS6A 2ZHMA 1A4GA 1W6NB 2F29A 2VXRA 4ISRA 5T5PA 1B9TA 2QWGA 3ZXKA 3CL0A 2VWDA 3VKOA 1F8EA 1V6KA 4MWYA 2QWKA 4RL7A 2WJSA 2A3YA 1MWEA 3I4IA 1WCQA 4PF5A 4MJUA 4JC1A 1IVEA 4GDJA 4UW6A 4XJZA 2R0HA 4YM0A 2GDFA 3NV2A 5KXCA 1QNYA 3SH3A 4Q8KA 4XXPA 1U0AA 4GKYA 4M4NA 2ZACA 2ZGPA 2P3IA 1O4ZA 3GVLA 3WCRA 1W8OA 1GNZA 3WDXA 4XMIA 5H9RA 4M3CA 4XDQA 4BPZA 4KBBA 3POYA 4K1YA 4Q27A 1IVFA 1W6MA 1DYKA 4MWRA 2NZ9A 5IK7A 4H52A 4XJRA 5F9TA 3TI8A 1SLTA 5GZCA 3K36A 1UAIA 3R4UA 1CPNA 4YW1A 1S0JA 1IVBA 1QOOA 1GBGA 1S0GA 2NM1A 2PHUA 1EUSA 3T1MA 5IK5A 4GZQA 4DFSA 1PZ8A 1AVBA 4K1HA 4YZ2A 5KXEA 1GICA 1JHNA 1OQ1A 3A71A 1F8BA 4Q2FA 2EF6A 3FLPA 2AREA 3AZZA 5DZGA 1LCLA 4XE9A 4TYSA 1UZZA 2DTWA 2ZB6A 2HTYA 1IKPA 2P3JA 3T1EA 1HQLA 2ZMLA 4FPHA 2A3WA 3AZXA 2PELA 1AXZA 2R16A 4YW2A 3AP5A 3ZSLA 3SISA 3BODA 1F8DA 2D3SA 1S0FA 2YMZA 2VK5A 3PVEA 3HN1A 3ILFA 1QOTA 3LCPA 5HCAA 4SLIA 2F24A 1APNA 1DQ0A 1CJPA 1DIWA 3WDUA 2A6WA 1C4RA 1NMBN 2HTVA 2ZHNA 1LGCA 3V65A 1HLCA 2DUOA 3MPPG 1LGNA 2RKCA 3TI4A 3O0XA 2BATA 2C4LA 1WW6A 5FREA 1NLSA 3T2TA 2PHRA 1ULGA 1V3DA 4LBLA 4K1IA 2ZAAA 3SITA 1AXYA 4MWJA 4C1XA 2DVBA 3TB0A 3VKNA 2ZKNA 3WDYA 3ALXA 2KM2A 2D44A 3PVNA 1Z4XA 1BZWA 2BERA 1TEIA 3OY8B 2GNMA 1QOSA 4MWLA 4NOTA 2E51A 1RIRA 3WDTA 3K39A 5GZDA 3NV4A 1LOGA 3Q9OA 1WBLA 1MR5A 1W6NA 2WLQA 4DRRA 4KS1A 1Z4YA 4HZWA 4HANA 1FYUA 2GNDA 4K1JA 3GVJA 4R9CA 4FOVA 2YZ4A 3UL2A 2CMLA 4AYUA 2DWRA 1FNYA 1I3HA 4YG0A 4LBNA 2ZMKA 1ENQA 2AUYA 1USRA 1NSDA 1MZ5A 5F5QA 4DPNA 2A6ZA 2W5NA 2SBAA 5JOYA 3FBYA 4XHXA 1NSBA 4PBPA 1GKBA 1W8NA 1VAMA 1WCSA 4P9WA 3D11A 2ZBJA 3CKZA 1URXA 3SNMA 2HTRA 1MVQA 4XBLA 4UW5A 2QWIA 1V6LA 3ATGA 2ZGOA 2R49A 3JU4A 1LU2A 1RINA 4YM3A 1VCUA 1N3PA 3SH5A 3AZWA 4LBKA 3WOGA 4YGDA 1V3EA 4GEZA 5DZEA 4ATFA 2BZDA 5HUNA 1LOFC 4WEFA 3B7EA 4FPCA 3TI6A 2OUJA 2P2KA 2XZIA 5CAZA 2GN3A 2YDTA 1NCCN 3N35A 1LOEA 4YG6A 2PHFA 2DURA 3AJYA 2UU8A 1KJLA 1GYKA 4XJWA 3HMYA 4XHBA 2ZGSA 3R05A 3U4XA 2X9MA 5EYYA 1G9FA 2CTVA 4HL0A 5JLVA 4C1WA 4FPGA 1RITA 4Y20A 3INBA 4CPZA 5HUKA 5GLTA 4JRAA 1L7FA 5DG1A 3IM0A 1FNZA 2AR6A 5B2CA 1JUIA 2VSKA 5DUVA 2D6KA 1Z78A 3W09A 3RSJA 3WVJA 3C2UA 2V73A 1LECA 1LHVA 2D3RA 2W38A 5T54A 2D6NA 3M2MA 3MW2A 3A0KA 4X47A 4H55A 3OBRA 2XCYA 3O9JA 1S0IA 5GLVA 1N1VA 3BTAA 4WA3A 3TAYA 1XOGA 4X6KA 4X4AA 2F28A 4YM1A 4WZFA 1Q8SA 3N7MA 1E8UA 4AWDA 5LK5A 1UMZA 4MJVA 2GMMA 4Q6KA 3M3OA 1S0CA 4GB1A 3AP9A 4P14A 3SANA 2JE7A 1AXKA 2WT0A 4FQZA 4XJ8A 1ULCA 1PZ7A 4XXAA 3ZXEA 3AK0A 1N3QA 3MW3A 1LTEA 1MS1A 2YV8A 2UWBA 1H30A 1SO7A 2D3PA 2GMEA 4TZDA 4XOGA 2YA7A 5DZFA 2ZHLA 3B01A 4KS5A 2QWFA 4GZXA 3SILA 3N3HA 1QKQA 4M3CE 2A3XA 5GZFA 1UL9A 5DUUA 1G9DA 5DUWA 1FX5A 4YGCA 4ZXKA 4LBQD 2GN7A 1QDCA 2UURA 2QWHA 2D43A 1MS9A 1WW4A 4W65A 5DG2A 4CTEA 4FVVA 4GXLA 4FPOB 4HZYA 1JOJA 3AYEA 1ULEA 1Q8VA 3VKFC 3B00A 2V5YA 4MYEA 2JECA 2F12A 4YZ3A 3IMNA 3NV1A 1SCSA 4XJQA 1V2IA 2WKKA 3WG1A 2OVUA 3FUOA 3K3AA 2ZGQA 1JBCA 2AH2A 4GWMA 4MZAA 4HZXA 5T5OA 2HU4A 1DQ4A 2DVDA 3WHUA 1LEMA 1N1TA 4LBQB 2ZGRA 3OJBA 4RA0A 4ASMB 1CIWA 3CL2A 5E8AA 4MWXA 2YROA 2XZJA 1SNTA 4H53A 5CBLA 3T1LA 3B69A 1O4YA 2W5OA 4YFZA 3BOPA 3WZ1A 4D69A 2HT8A 1AX0A 2HT7A 2NMOA 5H9SA 3K37A 1DQ2A 3INAA 3TI3A 4BOWA 2NMNA 2ERFA 4XTPA 2P34A 2DU1A 1N47A 1F9KA 2CWMA 3ZVXA 1V0ZA 4K20A 3SH4A 1DHKB 3GNEA 4FOYA 3FUQA 4YGBA 1KQRA 1YO8A 2DV9A 2EXKA 2JKBA 1INVA 3VKLA 4FVKA 3JU9A 2YA6A 3WG3A 3UJQA 5T5LA 3RMYA 4CPNA 3RG0A 1SBEA 1KRIA 1DQ6A 3SALA 2QWBA 2WSVA 1V3BA 4AGRA 1LOFA 3V0AB 2CNAA 2VY0A 1QDOA 4YLZA 1DQ1A 1R1ZA 2YA5A 2D6PA 3A0NA 2QWJA 3AZYA 1D2SA 4QN7A 1ONAA 1JYIA 3N7KA 2UWAA 2QWAA 4FZHA 1A3KA 4XBNA 3B9CA 2RHPA 4Y22A 3NV3A 1MS3A 2DUQA 1C57A 1F31A 1S0DA 1NCDN 1S0EA 1KJRA 1VALA 1LOAA 1W1XA 4QN3A 3DUIA 4LBJA 1LHOA 1V3CA 3TIAA 4Y1UA 4M4VA 2ARXA 2VW0A 2TEPA 2P37A 2F26A 4WA5A 1NXD1 2QWEA 1SFYA 3BIWE 3W58A 2SILA 1FV3A 1LHNA 4ISQA 4CPMA 2YDPA 4BQ1A 4LBOA 2C4AA 5GM0A 3TIBA 2ZGUA 1FAYA 6NN9A 2W52A 2F13A 3QLQA 3JUUA 4CZSA 5GLWA 3LSEA 1WW5A 1B9VA 4CPOA 3VV1A 4PCRA 2AENA 2ZA9A 1ENSA 1GZ9A 2VK7A 1DGLA 3OBTA 2AEPA 4XJ9A 4BMEA 4FJ6A 3NN9A 3ZYPA 3GALA 3ZPYA 2HTWA 4Y24A 1VIWB 3POWA 3AP6A 3WNXA 4FP3A 1QMJA 3H72A 3NWKA 3AXDA 3MEPA 2ZABA 4GWNA 1NCBN 1DIMA 2ZGKA 3O0WA 1Z0HA 1QU0A 4ATEA 2E6VA 2VK6A 2A70A 1G7YA 1DBNA 4KS2A 3IN9A 1AF9A 3IKWA 1D0HA 1IVCA 1WLDA 4LBQA 1QNWA 2A6VA 2DUPA 1GANA 1W6OB 1GZWB 4P9XA 1LJ7A 3APBA 4R9BA 1KITA 4XTMA 4YZ5A 4FOQA 1X50A 2SIMA 1EPWA 2OW4A 4X49A 5HCFA 3ZXFA 2P3KA 4FPYA 1EUUA 2LALA 3RMXA 1V6IA 1N1YA 5T50A 2ENRA 3WHTA 1CONA 3ILNA 1MZ6A 1LODA 1BJIA 3TI5A 3V0BB 1JYCA 4OZXA 1ULFA 2JE9A 5CA6A 2AYHA 4AVTA 2DVAA 2AEQA 1VCJA 3ZYRA 5E89A 1LEDA 4B7QA 1E8TA 1AJOA 1V0EA 1GLHA 3OGGA 3IPVB 1F5FA 1INXA 3D6EA 3O9KA 1DLLA 3NSSA 4UF7A 3R4SA 3FFZA 3AP7A 2XB6C 4IQPA 3A4UA 2R1BA 1ULDA 3V0AA 4MWWA 4GZTA 4ZKTB 4M01A 3UJOA 1KDMA 3AFKA 1W0PA 3FLRA 3W59A 2VU9A 1YI7A 2ZHKA 1LULA 1S1AA 4Y1XA 1NMAN 5EWSA 4DQAA 2EALA 1SLBA 2NN8A 4GZSA 4MX0A 1E8VA 1B9SA 1OFSA 5KXBA 1AX2A 1INWA 1SBDA 1BQPA 1INGA 5EYXA 2VVZA 3UK9A 4PQ9A 1UX6A 4U36A 3ZSMA 1SACA 3AJZA 4CPYA 2EXHA 1IKQA 4DGRA 1NNAA 2A6XA 3OY8A 1SBFA 2I2SA 4U2AA 1N3OA 1IVGA 1IS4A 4M3CF 4J9TA 1G8WA 4MWVA 2CYFA 2H0BA 5CB7A 3AYCA 2W20A 1ENRA 1Y7BA 2F11A 4BLIA 1LESA 4CRQA 1S0BA 3OYWB 1NNCA 1WD3A 1G9AA 1V6NA 1CVNA 3WUCA 1JXNA 4YW4A 3PVOA 4B7JA 1HQWA 1LOCA 2ZGMA 3AYAA 4ITCA 3M1HA 4Y1VA 4FP2A 4PBOA 4FPLA 4F83A 4HZVA 2D7FA 3ASIA 2PHTA 3LSDA 3USUB 5HCBA 1CPMA 1WLCA 1MS8A 3M3EA 4WVVA 1SCRA 2PHXA 4B7NA 2WT2A 5EXOA 2VW1A 1WLWA 2ZGLA 4GZWA 2VUAA 3N7LA 3FLTA 4AVSA 1DQ5A 2PHWA 1W6OA 1GZWA 2W68A 3WG4A 1Z4ZA 1BJQA 4QN6A 1SLLA 4GKXA 1GNHA 4NO4A 5JOXA 1SLCA 1G86A 2A75A 1LOBA 2E7QA 5GZGA 1A8DA 5KXDA 2EXJA 2EIGA 3O12A 4BLJA 1AJKA 1YXWA 2GNBA 2G4IA 1INHA 4B7RA 1VAVA 3AP4A 3CNAA 3V0BA 1UZYA 4MWQA 4YW3A 1LHWA 1W6QB 4I30A 2R1DA 1NMCA 4XJAA 5GLUA 2XG3A 4UW4A 5BYNA 5GZEA 1A14N 4Q1RA 4FPJA 1YRZA 3CYEA 4M4UA 1Z4VA 2EAKA 2VW2A 4AVVA 3ALWA 5M1ZA 1UKGA 4Y1ZA 2A6YA 2ZZJA 5HUGA 1A4QA 4K1ZA 3IPVA 3ENRA 5T52A 5GJ6A 4AGGA 1UPSA 2XZKA 1N1SA 2DU0A 3GVKA 1BXHA 1Q56A 2HT5A 5T5JA 1L7GA 3V64A 1MS0A 3VUOA 3KM5A 2JJ6A 4YFWA 5H9PA 1NCAN 4MWUA 3WLUA 1IS5A 1V6JA 2D6OX 2ES3A 3TICA 3A72A 4Y20B 4XMAA 1A78A 3RQ0A 1INYA 1WD4A 4XZPA 5GLZA 3VKMA 1Q8QA 5B2DA 2OUHA 7NN9A 1W6PB 3H0OA 2EXIA 3M3QA 4FQ4A 2Q5TA 2C9AA 1DFQA 2GMPA 2VH9A 5JYYA 4FOWA 2A71A 4GA9A 2HTUA 2YA8A 4JF7A 3PJQA 3ILRA 1UN1A 1NSCA 5IK4A 1EURA 3HR9A 4I00A 4HIZA 4XIKA 5DUXA 5FRAA 1LGBA 3WV6A 4BMBA 3O0VA 4YGEA 5GALA 2BQPA 1QF3A 3POSA 4Z8BA 2DTYA 5IT6A 1DZQA 3OYWA 1IOAA 3AZVA 4XBQA 4Y26A 3ZSJA 1PZ9A 1YIFA 1USXA 2NYYA 3I8TA 2JD4A 2ZGNA 2JDZA 3H71A 2CL2A 4K3YA 2AGSA 3OPZA 3ZXJA 1J1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UY1A 4BBWA 3SEEA 5FLHA 2ORZA 3LWCA 1PNGA 5E6HA 3AL5A 2GALA 3AXEA 5IJRA 1V9U3 5JVVA 3SCFA 2CY6A 1XQNA 2HYKA 2LTNA 4B7MA 2WBKA 1W20A 4I3GA 3NNLA 4LHLA 4N9HA 2E7TA 1IVDA 2FMDA 1FPN2 2QQNA 3QD6A 1UX7A 4N1BA 4FBFA 2D6LX 5C8CC 4JKMA 1Z4WA 3OSDA 3PMSA 1F4HA 3WF2A 5FP4A 1UYZA 2BV4A 3USUA 4Z2WA 1C8M3 5HCHA 3JBG3 5APAA 1JZ2A 4CPBA 2RM22 2A5ZA 2VZRA 5IVYA 3CMGA 4K8FA 4NHXA 1O8PA 4XYXA 3AYDA 5ABJA 1IPKA 2YGMA 3H8XA 1LB2A 3LFIA 2EIDA 4IEVA 4A42A 5K0UB 4CEYC 5FZOB 2B7YA 1HJGA 1CAWA 1C1FA 2CAVA 2RDRA 3FL7A 4HMZA 4MHUA 4RSUA 4L8QA 3H6JA 1GV9A 4WM7C 2RS33 1DYPA 1VE0A 2DVFA 2RJLA 5FBJA 1ZM1A 3FHIB 5AVAA 1GZCA 2CWSA 2R061 2QE8A 2F4PA 3LI5A 3J9SA 5FPZA 2B8HA 3WNOA 1BYHA 1MS4A 3O1PA 1O3QA 2ZKLA 1MACA 1JYTA 4DZGA 4BB3A 4P9JA 2UWCA 2NP0A 4XFCA 4HVQA 3C8XA 1JZ7A 2IAOA 2VSMA 2FP8A 5C9AC 3SKVA 4UFHA 3K51A 4HZZA 2VVDA 2DCTA 1FATA 1OKQA 2GNTA 4LK7A 2MEV2 4XVHA 1NNBA 1A6CA 2QZ2A 4FTBA 2R7EB 1QWRA 3HBKA 2ZMNA 2VCMA 3B5LB 1Q8PA 3B3QE 4I02A 4N9IA 4Q4W3 4QHBA 3ZN6A 4A41A 4CDWB 3BU0A 2VMCA 1TMF2 3DXUA 4GJTA 4KS4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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