4XJDA

X-ray structure of lysozyme2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjdA00
4EOFA 2Z2EA 4NHQA 4DDAA 2XJWA 1CKCA 1LSEA 2W1XA 3RW8A 3CB7A 3AW6A 1LMOA 2D4IA 5F9UA 5KKJA 4DD7A 2DQIY 1YAOA 3EBAB 5B05A 3RZ4A 4H92A 5C6LA 2RSCA 1GAYA 3J4GA 1REMA 1LZGA 1G7HC 4TUNA 1LHMA 1DI4A 1YQVY 1HEQA 2HEBA 1TCYA 3B0OA 2DBTA 4B4IA 1IC7Y 1GF3A 1XGUC 3LZ2A 1G7JC 5C6JA 4N1EI 1LHKA 5JENB 4PRQA 5ILCA 1VFBC 1JTOL 1TEWA 1ZVYB 4RLMA 3AZ7A 4NGKA 4NSJA 4ET9A 132LA 1DKKA 2IFFY 1INUA 4J1BA 5HLLA 1JJ3A 5E9RA 1WTMA 3A90A 1IY4A 1VDSA 4H9IA 4O34A 5FEKA 1GB0A 4WM3A 4ET8A 4IASA 3ATOA 194LA 4CJ2A 1LSYA 4RDSA 2MEFA 3J6KA 1B5VA 4WLYA 1BWJA 1IX0A 1LSGA 1LMQA 1WQQA 2Z19A 4KPMA 1LZDA 4YF2A 2D4KA 4N1CC 4DYGA 1VDQA 1LZ4A 4TSCA 5FELA 1LZ5A 1GPQC 4DD2A 1C46A 1YIKA 2DQFC 1HERA 2HUBA 1EQ5A 1FBIX 1P2CC 2ZYCA 3WH1A 4RLNA 3A6BY 3CSRA 3VWOA 4ETEA 2BQKA 3TXHA 1I56A 2ZILA 4RW1A 5I4YA 1CJ9A 1UUZC 3B0KA 1CNSA 3B0IA 3D9AC 4LYBA 1GBXA 2ZNXY 4NGVA 5KKIA 1KIQC 4H9AA 5LVJA 3P68A 1WQNA 4QDNA 4WOAA 1SQ2L 1YKYX 1OQMA 2Z37A 1EQ4A 1VDTA 4LFPA 1LYSA 1GFTA 2ZQ3A 1JUGA 1UC0A 3HBEX 1GFAA 5B06A 4NWEA 5APEA 2CGIA 4H9FA 4NG8A 2Z12A 5EBHA 1HF4A 3SP3A 1GB2A 2BQAA 1IO5A 3QE8A 1YILA 4NIJA 5HQ1A 1GE2A 1A2YC 1B7SA 5A3EA 1GF6A 1IWVA 1DI5A 2F2NA 1IIZA 208LA 2ZIKA 1H6MA 1UA6Y 3N9AA 4FJRA 5KJ9A 2H9JA 2GV0A 1BB3A 1GFVA 4HSFA 2HU3A 4HTKA 4NWHA 3WW5A 4D9ZA 1B5UA 4GCBA 5L9JA 1OUCA 1KXYA 4DD9A 1WQRA 1IC5Y 4XJDA 3ULRA 1D6PA 1ZV5L 1XEJA 2YDGA 1WQPA 1F10A 3WULA 4Z98A 1XEKA 4PJ2C 4NSGA 4H1PA 4WG7A 4BADA 4DD1A 1LSNA 2DKVA 4ZFPA 4KL7A 3KAMA 5A3ZA 4CGEA 1GFUA 4N0JA 4ETBA 1GE0A 1J1OY 2MEGA 5F16A 1OUJA 1BB5A 4GN3A 4LYOA 1B7NA 1IWWA 4H8ZA 3WPKA 5KXTA 3WUNA 1LMAA 1UCOA 2XBRA 4MCKA 1MELL 1V7SA 1CKGA 3TMWA 5LYZA 5KXMA 5KXKA 2DQCY 1KIPC 3WYHA 4GN5C 1FKQA 5LA8A 2EQLA 1HFZA 1QSAA 3A67Y 1J1PY 2Z39A 3WVYA 1WQOA 2F4AA 1LTMA 3WMKA 1IP2A 4UWVA 4XJHA 4ZEEA 1IP5A 5C6IA 4WLTA 1NHEA 1C43A 1GBZA 1LSAA 3CSQA 3WW6A 3TXEA 1JTTL 1B7QA 3LZTA 4G9SA 4NY5A 1XEIA 1XSFA 1LSMA 1BB7A 4HV1A 3T36A 3WPLA 1IWXA 1I20A 1LSBA 4N8ZA 1PS5A 1F6SA 4ETAA 5KY1A 1GAZA 1HENA 2CWIA 4G4HA 1REYA 1CKFA 1FN5A 3CQLA 1CJ7A 2PC2A 1GBSA 1VATA 207LA 2FYDA 3K3TA 1LZAA 2FYCA 1FDLY 1QIOA 7LYZA 4YM8A 1HEOA 5KXXA 5M1YA 1B7PA 1UIFA 3TMVA 4DT3A 1GF7A 1BVKC 8LYZA 1LYYA 1MLCE 3TXFA 1XGRC 1YAQA 1IP6A 2MEEA 4GLVA 1XGPC 1GF4A 1LJGA 2EPEA 3AJNA 2HTXA 3RT5X 4YEMA 1HNLA 1JSEA 4GCCA 3WXTA 1G7MC 1IY3A 1E8LA 1IWTA 5APDA 4H93A 4KXIA 1LZSA 3B72A 3EO5A 5I5QA 5KXZA 3M3UA 5ILFA 2W1MA 1AZFA 133LA 2HEEA 4C5FA 1BGIA 1LZYA 4BAFA 3IJUA 4WLDA 3FE0A 1F6RA 4TX7A 1YL1X 1T3PA 4HPIA 1GBYA 4WL7A 2D91A 4OWBA 3A6CY 1GE3A 4WM4A 1IOTA 1W08A 4PRUA 2YBLA 4NHTA 5B07A 5I54A 1LMPA 1BB6A 4L41A 1LZ1A 1GE1A 4LYZA 3GXKA 3LYZA 1EQEA 4NHSA 1QTEA 3WUMA 6LYZA 2BQHA 1C45A 5APCA 1IWYA 5I4WA 1O23A 1LJJA 1JJ1A 1KXXA 4W94A 3FI7A 3G3BB 2H5ZA 2ZWBA 4B4JA 5KXLA 1B0DA 1B7LA 2BQCA 3IJVA 4QGZA 4B4EA 1LJHA 1TBYA 1IVMA 1JKCA 1GFHA 1LAAA 4XJIA 2BQNA 4LYMA 4XYYA 4OWAA 2DQHY 5DM9A 5DN4A 4ZIXA 5DL9A 3A91A 3LN2A 2MEIA 1WTNA 4NSIA 1JISA 4HV2A 4NGJA 1B9OA 1OUDA 1YAMA 4NGOA 1SLYA 3HBDA 5KXSA 1IWZA 3ZVQA 3W6BA 4BAPA 3AZ4A 4Z46A 4LYTA 1WQMA 2I25L 5LVIA 4ANRA 4YENA 1I1ZA 4OOTA 1RJCB 135LA 1B7RA 1LZ6A 4GN4A 4W96A 5KXRA 2EKSC 1B2KA 2HEAA 1FLWA 4YOPA 1IP7A 1LKSA 4G4BA 1D6QA 1GB8A 1GD6A 4OWCA 1OUIA 1YAPA 5E4PA 4MR1A 4LT3A 4H8YA 4BS7A 5HNCA 3WXUA 3AZ5A 3P65A 4XENA 1JKBA 1UICA 4CHXA 1NF5A 4J1AA 1GDWA 1YANA 2ZQ4A 1HEWA 1NKHA 3TXBA 1GFJA 1HMKA 1V7TA 3F6ZA 4N5RA 1OUFA 1ZMYL 4WG1A 4XJFA 5I4XA 1RFPA 1C7PA 1LZ8A 1IOSA 1B5ZA 9LYZA 3AW7A 2ZNWY 4WMGA 1YROA 1YL0X 4OW1A 2Z18A 1IWUA 3P66A 1RE2A 1DPWA 1GB5A 1BVXA 2DQEY 4NG1A 1HHLA 1UIDA 2LHMA 4WM2A 5IDDA 1LSFA 1XGQC 3AB6A 3W6CA 3GXRA 1HC0A 1B5WA 1GDXA 5LAGA 1NMMA 2G4NA 5HMJA 1HEPA 3ATNA 5LAFA 2HECA 4RW2A 1LMTA 4LT1A 5T3FA 1JTPL 1DXJA 3BKHA 1HMLA 1UBZA 4NHPA 1KXWA 1LHIA 3EXDA 1BWHA 1GB9A 1DZBX 3RU5A 1LSCA 5J7CA 1REXA 4DD3A 2BQLA 1GF8A 3LYTA 4N9RA 4OWEA 3RNXA 5LXWA 1IP4A 1LYOA 3CT1A 2MEDA 5KXNA 3WU9A 2Q0MX 1QDTA 2W1YA 4IATA 4Z3MA 2BQMA 2YBNA 2BQDA 4H9HA 1GB7A 4AGAA 1D9UA 2NWDX 4QEQA 4J0LA 4B49A 2YSSC 1LZCA 4NEBA 1G7LC 3A93A 1IP1A 1NDMC 3LYMA 3HBHA 1LJ3A 1LHLA 1JITA 2F30A 1RI8B 4LT0A 5L3IA 1NQIA 1RCMA 1GB6A 1AKIA 4H90A 3A92A 1UIGA 2BAAA 4ML7A 3W6FA 4I8SA 1QUTA 5IHGA 4TTDA 2XTHA 1EL1A 5LVHA 1CKDA 4H94A 1JIYA 1JKAA 3P64A 2EIZC 5B59A 1REZA 1GFGA 3M18B 1LMCA 1B5YA 1CKHA 4GLAA 1AM7A 4J7VA 3AYQA 4WO6A 5KXYA 1LSPA 1BHZA 5DN5A 3WU7A 5IELA 2LZTA 1BQLY 4A7DA 1HSXA 3T6UA 3OJPA 4GCEA 1GXXA 1FLYA 4H9EA 2D6BA 3CSZA 5L3HA 1WVUA 4WLXA 5II3A 1XGTC 4CFOA 2YBHA 4WO9A 1LOZA 4NSHA 6LYTA 1IR9A 4FDYA 1JJ0A 4XJBA 1A4VA 3P4ZA 3TXJA 2AUBA 4GCFA 4DDCA 2MEAA 5LVKA 2BQEA 4QY9A 193LA 1JKDA 1YKZX 4GCDA 5KXOA 5LA5A 1Z55A 4Z41A 1LHJA 5FDJA 2LZ2A 3LHMA 1AT6A 4LZTA 2DQJY 5I53A 1LYZA 1NDGC 2MECA 1GFEA 1GXV2 4LFXA 2HU1A 4KT3A 3TXDA 4XN6A 1LZEA 1FLUA 1LJIA 1F0WA 1D0KA 4OOOA 1GEZA 3TMUA 4B0DA 5LINA 1IEEA 1LSDA 2BLYA 3WUAA 3OK0A 4HP0A 4U3XB 2BQGA 3A34A 4II8A 2H9KA 2VB1A 1OUGA 4LT2A 3CT0A 1FLQA 3N9CA 4M6DA 5LYMA 134LA 1BB4A 4X3BA 3ZEKA 1PZYA 4NGWA 2Z2FA 4HTQA 3E3DA 4HJYA 5D5FA 1DI3A 4CFPA 1C10A 1IR7A 3N9EA 2DQGY 5D5CA 4WL6A 1VEDA 1WVVA 4YEOA 1LJ4A 2MEHA 3A94A 4NHIA 2BPUA 1JEFA 2BQOA 2YVBA 4EMNA 1QDRA 2IHLA 2ZYPA 4H8XA 3AGHA 2C8OA 1DKJA 4NGIA 4H9CA 1OP9B 1GF0A 1CJ8A 2A7FA 2LYOA 1OUAA 1ALCA 1IC4Y 1LZNA 4P2EA 4UWUA 2YBJA 4AXTA 4NGLA 2LYMA 5FSTA 1B7OA 4HTNA 4IJ4A 2I6ZA 3W3EA 3A3RX 1D0LA 1JHLA 1NWGA 1G7IC 1NBZC 2BQBA 4G4CA 2Y8PA 5B1GA 4R6CA 2A7DA 3TXGA 3QNGA 1GF9A 4M4OA 1N4FA 2BLXA 1B7MA 2HEDA 3WVXA 1GB3A 4C3WA 4LYCA 1B5XA 1IR8A 1J1XY 2XBSA 1UIBA 4DC4A 1QSWA 1LZBA 1TDYA 3BKVA 1LJFA 3LYOA 1BWIA 5F9XA 1GFRA 5APFA 3W6DA 3B6LA 1GEVA 1QUSA 1ZVHL 1LJKA 1W6ZA 2YBIA 5AMYA 4H9BA 4ETDA 1LMNA 1DQJC 3HFMY 1IOQA 1JSFA 2N5ZA 1LJEA 1LZ9A 153LA 1LPIA 4NGYA 2F4GA 1D0MA 1UIEA 2LYZA 1DPXA 4MSTA 4PPOA 3A3QA 5DLAA 4E3UA 2DQAA 1VAUA 1KIRC 1VDPA 1IORA 2G4QA 4LGKA 4WM5A 5KXWA 1CJ6A 1H87A 4PGJB 2BQJA 3D3DA 4H91A 4NGZA 1UIHA 2X0AA 3TMXA 2BQIA 4OWHA 1GBWA 5F81A 1AT5A 5HMVA 2G4PA 5K7OA 1GWDA 1QTKA 2FBDA 1IOCA 1OUHA 2ZIJA 4G49A 1OUBA 3A95A 1GFKA 4WM6A 4NFVA 4XJGA 3MGWA 1IP3A 4UWNA 1GHLA 2CDSA 1HSWA 2HEFA 1C08C 4XADA 2WARA 5FCPA 5LYTA 1LJNA 1LSZA 3W6EA 3WU8A 5LVGA 3TXKA 3CT5A 4DDBA 5F14A 1GF5A 4ETCA 4DWXA 3EMSA 4I0CA 1TAYA 1XFPL 2YBMA 5KXPA 1HEMA 3AGIA 4TSBA 3AZ6A 4B1AA 1HFYA 1OUEA 1T6VL 2DQDY 4R0FA 4WM1A 1GE4A 1JPOA 2CJLA 2D4JA 3ZVQB 4PHIA 2BQFA 1NBYC 4TWSA 1LZTA 3IWRA 1HELA 3G3AB 3WL2A 1FKVA 1HFXA 5FHWA 1LHHA 4HJZA 2MEBA 4DD0A 2B5ZA 1UIAA 2Z38A 5HNLA 3QY4A 3A8ZA 2I26L 3A96A 5B1FA 1LZRA 3W6AA 1JWRA 2C8PA 4HPEA 3TXIA 1LCNA 2FBBA 154LA 2W1LA 1YKXX 5LIOA 3AGGG 3WPJA 4HJVA 1UACY 1QQYA 1GBOA 1LKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B70A 2Z2EA 1KW5A 2XJWA 1QS5A 2HUMA 4E97A 3EBAB 1L98A 2RSCA 3J4GA 1REMA 1LZGA 1G7HC 3B0OA 215LA 1IC7Y 174LA 5C6JA 1L88A 1LHKA 1PQMA 5ILCA 1VFBC 4RLMA 1DYCA 5HLLA 5E9RA 4ET8A 194LA 4CJ2A 1K28A 1LSYA 3C8QA 1C64A 141LA 1BWJA 1IX0A 4ARQA 1L63A 1L46A 1LZDA 2F2QA 216LA 5FELA 1L51A 1LZ5A 3F9LA 2ZYCA 1YIKA 2HUBA 3A6BY 3CSRA 3TXHA 1I56A 165LA 1UUZC 4LYBA 4NGVA 4H9AA 1YKYX 2Z37A 1JUGA 1XJTA 158LA 3HBEX 1GFAA 1QUGA 5EBHA 2Z12A 1QTVA 2BQAA 1B7SA 2RB2X 1G0LA 2ZIKA 259LA 1UA6Y 4FJRA 2H9JA 1BB3A 4HSFA 3K2RA 3DMZA 163LA 4DD9A 1G0MA 1IC5Y 2OTYX 1ZV5L 3L2XA 1WQPA 1L27A 1L28A 140LA 3DN3A 4DAJA 4WG7A 4BADA 1L83A 4KL7A 5A3ZA 108LA 1OUJA 4LYOA 1B7NA 1IWWA 4H8ZA 1T8FA 5KXTA 3WUNA 2B6YA 4W54A 1CKGA 1C6JA 5KXKA 1KIPC 1G0GA 1L89A 1FKQA 2EQLA 2Z39A 2F4AA 3SB5A 1IP2A 4ZEEA 1NHEA 1JQUA 4I7SA 3WW6A 3CSQA 1JTTL 1B7QA 4G9SA 4NY5A 1L37A 2NTGA 128LA 1BB7A 3T36A 1L18A 1PS5A 4ARJA 5KY1A 1WTHA 159LA 1REYA 1CJ7A 2PC2A 207LA 1FDLY 1XJUA 142LA 4YM8A 5KXXA 5M1YA 1BVKC 4W52A 3DN0A 1IP6A 1G0QA 1XGPC 1LJGA 4YEMA 1HNLA 3GUMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EOF A;  2Z2E A;  4NHQ A;  4DDA A;  2XJW A;  1CKC A;  1LSE A;  2W1X A;  3RW8 A;  3CB7 A;  3AW6 A;  1LMO A;  2D4I A;  5F9U A;  5KKJ A;  4DD7 A;  2DQI Y;  1YAO A;  3EBA B;  5B05 A;  3RZ4 A;  4H92 A;  5C6L A;  2RSC A;  1GAY A;  3J4G A;  1REM A;  1LZG A;  1G7H C;  4TUN A;  1LHM A;  1DI4 A;  1YQV Y;  1HEQ A;  2HEB A;  1TCY A;  3B0O A;  2DBT A;  4B4I A;  1IC7 Y;  1GF3 A;  1XGU C;  3LZ2 A;  1G7J C;  5C6J A;  4N1E I;  1LHK A;  5JEN B;  4PRQ A;  5ILC A;  1VFB C;  1JTO L;  1TEW A;  1ZVY B;  4RLM A;  3AZ7 A;  4NGK A;  4NSJ A;  4ET9 A;  132L A;  1DKK A;  2IFF Y;  1INU A;  4J1B A;  5HLL A;  1JJ3 A;  5E9R A;  1WTM A;  3A90 A;  1IY4 A;  1VDS A;  4H9I A;  4O34 A;  5FEK A;  1GB0 A;  4WM3 A;  4ET8 A;  4IAS A;  3ATO A;  194L A;  4CJ2 A;  1LSY A;  4RDS A;  2MEF A;  3J6K A;  1B5V A;  4WLY A;  1BWJ A;  1IX0 A;  1LSG A;  1LMQ A;  1WQQ A;  2Z19 A;  4KPM A;  1LZD A;  4YF2 A;  2D4K A;  4N1C C;  4DYG A;  1VDQ A;  1LZ4 A;  4TSC A;  5FEL A;  1LZ5 A;  1GPQ C;  4DD2 A;  1C46 A;  1YIK A;  2DQF C;  1HER A;  2HUB A;  1EQ5 A; 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 1IOQ A;  1JSF A;  2N5Z A;  1LJE A;  1LZ9 A;  153L A;  1LPI A;  4NGY A;  2F4G A;  1D0M A;  1UIE A;  2LYZ A;  1DPX A;  4MST A;  4PPO A;  3A3Q A;  5DLA A;  4E3U A;  2DQA A;  1VAU A;  1KIR C;  1VDP A;  1IOR A;  2G4Q A;  4LGK A;  4WM5 A;  5KXW A;  1CJ6 A;  1H87 A;  4PGJ B;  2BQJ A;  3D3D A;  4H91 A;  4NGZ A;  1UIH A;  2X0A A;  3TMX A;  2BQI A;  4OWH A;  1GBW A;  5F81 A;  1AT5 A;  5HMV A;  2G4P A;  5K7O A;  1GWD A;  1QTK A;  2FBD A;  1IOC A;  1OUH A;  2ZIJ A;  4G49 A;  1OUB A;  3A95 A;  1GFK A;  4WM6 A;  4NFV A;  4XJG A;  3MGW A;  1IP3 A;  4UWN A;  1GHL A;  2CDS A;  1HSW A;  2HEF A;  1C08 C;  4XAD A;  2WAR A;  5FCP A;  5LYT A;  1LJN A;  1LSZ A;  3W6E A;  3WU8 A;  5LVG A;  3TXK A;  3CT5 A;  4DDB A;  5F14 A;  1GF5 A;  4ETC A;  4DWX A;  3EMS A;  4I0C A;  1TAY A;  1XFP L;  2YBM A;  5KXP A;  1HEM A;  3AGI A;  4TSB A;  3AZ6 A;  4B1A A;  1HFY A;  1OUE A;  1T6V L;  2DQD Y;  4R0F A;  4WM1 A;  1GE4 A;  1JPO A;  2CJL A;  2D4J A;  3ZVQ B;  4PHI A;  2BQF A;  1NBY C;  4TWS A;  1LZT A;  3IWR A;  1HEL A;  3G3A B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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