4XJUA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 4-acetamido-2-fluoro-3-hydroxy-6-[1,2-dihydroxyethyl]-7,8-dioxabicyclo[3.2.1]octane-1-carboxylic acid
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 197
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjuA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjuA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjuA02
5FREA 1G9CA 4K21A 4Q8KA 4JF7A 3AP6A 3TI3A 1W6QB 2AYHA 2P3IA 1LOBA 3B9CA 1G9BA 3WVJA 1NMAN 2DVDA 4GWMA 2HTYA 4AVTA 4GZTA 3FLPA 1N3PA 4H52A 4K1JA 4Q26A 1QNYA 5AVAA 4MJUA 1KITA 3GVJA 2YA8A 5T50A 1FNZA 2D7FA 3IPVB 2QWHA 3V0AB 4YM0A 3NV3A 5T55A 3K37A 1R1ZA 1V00A 4WA5A 2Z42A 2JD4A 3K36A 4FPLA 2CWMA 4W65A 2XB6C 2F29A 1X50A 4P9YA 3POWA 1G8WA 4MWLA 1V6LA 3NN9A 1WLWA 2GALA 3H71A 1W6OA 4FVVA 2YA5A 2VK7A 1VALA 1AXZA 1D0HA 4U36A 3BEQA 3CL0A 3PJQA 2VU9A 1Y7BA 4XTMA 2ZGNA 2GN7A 4KS1A 2JKBA 3FUQA 5IK4A 4MYEA 2YROA 5T52A 2GN3A 1AX0A 4YZ3A 3RMYA 5JOWA 2G4IA 1CVNA 5H9SA 4JC1A 3FLTA 1MS9A 3IPVA 3VUOA 2F28A 1DQ0A 2I2SA 4B7JA 3CYEA 1MZ6A 4XBLA 1S0CA 3AZWA 5GZGA 2R1DA 1QMJA 1LENA 3ZSJA 3W59A 3TAYA 3U4XA 5IK7A 4MC7A 3M3EA 3O0VA 4SLIA 4UF7A 1DGLA 1Z4XA 1XOGA 3W09A 5CB7A 2ZHNA 3AXEA 2EALA 5CA6A 1F8EA 3D5OA 2YA6A 1NXD1 3ALWA 4FZHA 2E7TA 2VW1A 1AVBA 3H72A 2A6YA 1LOEA 4MWUA 4K1HA 4MWWA 2B7YA 4XDQA 1NSDA 4FPEA 4Y1UA 3BOPA 3OGGA 2EIGA 2ZABA 3M3OA 3NV4A 3FBYA 3AYDA 2ZZJA 4BM8A 2AEQA 3UJQA 4NO4A 4QN4A 5GLVA 1Q8SA 2UURA 3RS6A 1DIWA 4FVKA 1MS0A 2VK5A 1MVQA 1V0EA 2A3YA 1Q8VA 2D6KA 1LTEA 1DZQA 5DUUA 4CPOA 1I3HA 3HR9A 5DZGA 4BLJA 4YGBA 2ZACA 3LCPA 5DG1A 5KXCA 1PZ7A 3WHUA 1BXHA 2WQZC 3USUA 3AZXA 1UZYA 3R05A 2ES3A 3VKNA 5F9TA 4AVSA 1FV3A 3V0BA 4GZPA 1GICA 3V65A 1FNYA 3IM0A 1IVGA 5GZDA 2EXIA 7NN9A 4XJWA 1ENRA 1APNA 1BKZA 2A3XA 3WHTA 3BIWE 4QN6A 1LOAA 1JW6A 1LULA 2EXKA 2D6NA 3CNAA 2WJSA 4WV8A 4IQPA 2DURA 2E6VA 4PQ9A 3W58A 1HKDA 1LHNA 2W20A 2W52A 3AYCA 3WUDA 2DVFA 2W5OA 1SLCA 1IKQA 3TICA 1FYUA 3ZSKA 2HTVA 3N7KA 2A70A 1N1TA 3R4UA 1UPSA 1WLDA 4DFSA 1SACA 1SNTA 1HQWA 1S0EA 2ZGSA 4X4AA 2CYFA 2W39A 1NMCA 1UL9A 1D2SA 3OYWB 1QF3A 1LHUA 1N1VA 1G9FA 4HZZA 3C2UA 1YO8A 2WNEA 5DXDA 3O0XA 1WCSA 3ZYPA 1KQRA 1GANA 1DILA 4WVVA 2E7QA 3UJOA 4XJ8A 3RMXA 1LJ7A 1IS4A 1LODA 3BODA 3CL2A 2ZAAA 4XMAA 1IS3A 2V73A 1LCLA 5T5OA 4HZXA 3ZXEA 2WKKA 1LOFC 1IVDA 2VW0A 5JOZA 4K20A 3T2TA 4GZWA 4LBQB 2ZGKA 3ZVXA 2HTRA 2QWEA 2ZBJA 3PVOA 1INVA 2UU8A 1KRIA 2HU0A 4FQZA 2NZ9A 1QOSA 2OVUA 4GXLA 4YGEA 2ZHMA 2E51A 3OYWA 2WSVA 4ISQA 4U2AA 4K1KA 1CPNA 2CL2A 1V6JA 2C4AA 4MX0A 2CWSA 4WA4A 4GEZA 3AP7A 5DZEA 4P9WA 5BYNA 1SCRA 1VCUA 2ZHLA 2HT5A 4LBJA 1NMBN 5T5JA 4B7MA 4C1XA 1GNHA 3AZYA 2A6WA 2D6LX 2EAKA 5GALA 1GZCA 5JDBA 2CTVA 3O0WA 1W20A 2GMEA 1WW5A 1YI7A 2AGSA 3SISA 2VXRA 4FP2A 1VIWB 3QCWA 2C4LA 3AP5A 2WT1A 2NMNA 2GMPA 4YLZA 1INWA 3PMEA 4M4VA 1LECA 4FPOB 4FPKA 3MW2A 2ZGTA 2SILA 4YW3A 4MWVA 5GM0A 5SV8A 3FFZA 1S0FA 3MPPG 4GZXA 4XJRA 3R4SA 3H6JA 2YY1A 1S1AA 5JOYA 4AGRA 3O9JA 4XHBA 3KQRA 1NNBA 1F8BA 2HTWA 3AJZA 3N7JA 2A5ZA 4DGRA 4XIKA 1DYPA 1L7FA 5IK5A 2GNTA 1UN1A 3JU9A 1IOAA 4YG3A 4B7QA 4Q2FA 1BJQA 2ZGRA 1V6MA 2LTNA 1F9KA 2NN8A 3KM5A 2H0BA 3T1LA 1KDMA 5L73A 1UKGA 5HCBA 4XYXA 4Y22A 2W5NA 2ZMNA 5E8AA 4GKYA 2F26A 1G7YA 4Y1XA 1JOJA 1IVFA 4M4NA 1S0GA 4TYSA 1LESA 2R0FA 2AH2A 4X6KA 4UW6A 2NYYA 3OPZA 4AVVA 1GKBA 3AFKA 3DUIA 1OFSA 1DFQA 3VKOA 2DU0A 1AJKA 2DWRA 3AJYA 3IKWA 1W6NB 2WT0A 3VKMA 4PBPA 4WVWA 2A6ZA 1LHOA 1W6QA 4Q1RA 3OY8B 3I8TA 1N1SA 4FOQA 1RITA 3B01A 1EURA 3A4UA 4F83A 3WDVA 3QLQA 1IVBA 4GALA 3H73A 2YZ4A 1SCSA 1W6MB 1INXA 4BLIA 2OUJA 1ULDA 2XZIA 3LSDA 3SH3A 4D8SA 2ZGLA 2HYKA 4XJ9A 3RQ0A 1INHA 3V0AA 1H30A 4QNPA 1IKPA 3L2YA 4Q1PA 4ASMB 1F8CA 3FLRA 1URXA 5HCAA 5IT6A 1CQ9A 3MW3A 1A14N 5JOXA 5KXEA 2HU4A 1LGCA 4YGDA 1INFA 1DQ5A 4I30A 4FPFA 2D3PA 1V3DA 1O4YA 4FPJA 3HN1A 5GLWA 4M3CB 1LOCA 1CONA 2EXHA 2JDZA 4Y26A 1A8DA 1TEIA 1W6MA 4FPCA 1GSLA 2YA7A 4XILA 4GDJA 4D69A 4GDIA 1GLHA 3AXDA 5GLZA 4MZAA 1SLAA 1B9VA 2CY6A 1SLIA 1RINA 4HZWA 2ERFA 5F5QA 4HL0A 2ZKNA 2F27A 4KS5A 2PHWA 3T1EA 4NN9A 1Q8PA 3WNXA 1WD4A 5IUQA 4FOVA 5DUVA 3AZZA 3IMNA 1MS5A 4NOTA 1DLLA 5JYYA 4K1IA 1CN1A 5LK5A 3AYEA 2TEPA 4DPNA 4M3CA 1C1FA 2HT7A 4GKXA 4CPNA 4YZ1A 3UK9A 4B7NA 2VSMA 4KS2A 1W8NA 4XOGA 2HTQA 2AUYA 1Q8OA 4P9XA 1Z78A 3T1MA 3ZSLA 5T5LA 1OQ1A 2QWJA 3NWKA 1E8UA 4BPZA 3H0OA 5HUKA 4XJUA 3PVEA 4B7RA 3ILRA 4Q27A 2A6XA 2KM2A 4QN3A 3WCRA 1KJLA 1LGNA 3HMYA 4XIOA 2V5YA 1ULFA 1UMZA 4OZXA 4YW1A 1N3QA 1JXNA 3B7EA 2NP0A 3JUUA 1BQPA 3I4IA 1Z50A 4GJTA 2XCYA 2ZGUA 5CAZA 4CPMA 4YW5A 4X47A 1VAVA 3N35A 1HLCA 4YW4A 2D43A 4DQAA 1NLSA 1SLBA 1MS1A 2AENA 2ZMKA 4ATFA 3SNMA 4MWYA 3N7LA 2NMOA 1W0PA 2JE9A 1LEDA 1DIMA 3D4KA 1V2IA 1GZWB 4XXPA 4M00A 1INYA 3IN9A 4AGGA 2SBAA 2SIMA 1G9DA 5H9RA 2ZB6A 4K1YA 2GMMA 2OW4A 4Y20B 4YZ5A 2DYCA 2DVGA 3WV6A 1QDCA 3WCSA 1IS5A 2VH9A 2YXSA 1UAIA 5EWSA 3K3AA 1O4ZA 5KXDA 3ALXA 1QKQA 1H9PA 3SALA 2D6OX 2CMLA 1ULEA 2LALA 3POSA 1WCQA 3O9KA 2WLQA 2GNBA 1GV9A 2BZDA 3UL2A 5JMCA 1VLNA 3TI5A 2EF6A 5GLTA 3MW4A 2VSKA 4YFWA 1LOGA 2JE7A 1W6PB 5CBLA 1ENSA 1YYNA 1PZ8A 3BTAA 5E88A 2PHTA 1GZWA 4HZYA 4LBOA 3GALA 2F25A 1I1EA 4PCRA 3TB0A 4Y1YA 1CIWA 3WOGA 1ZA4A 2X9MA 5M1ZA 4H53A 3CKZA 4DRRA 1Q8QA 3WDYA 5GJ6A 3WG3A 2DUOA 3B69A 2QWIA 2ZGOA 2QWCA 4MZEA 3TIBA 2DV9A 1SBFA 1V3EA 3ZSMA 4C1WA 1EUSA 2WT2A 4MWJA 4GA9A 3WDWA 4GZOA 3ENRA 1WW4A 3SLIA 3ILNA 1QNWA 2Q5TA 4LBQA 1LHWA 1V3BA 2W08A 4XTPA 1B09A 2JECA 1RIRA 5E89A 1MVEA 3AYAA 1JYIA 1WLCA 1IVCA 1DQ6A 1MACA 1W6PA 2UWAA 2SLIA 4CRQA 3SH5A 4BMBA 3APBA 2W38A 3D12A 2W68A 3WUCA 2VWDA 2F10A 1E8TA 1SLTA 4DRVA 3INBA 1DQ1A 1ENQA 1MZ5A 4MJVA 1SLLA 4ISRA 5FRAA 2BATA 4JRAA 1SBDA 3N7MA 3A71A 4WEGA 2D6MA 3ZXKA 5H9QA 4MWRA 1WW7A 2ZHKA 1PZ9A 1WBFA 3NV1A 1JUIA 4Y24A 1Z4VA 1J1TA 1W6OB 3M3CA 3V64A 1C57A 1V6OA 1S0IA 5EYXA 2F0ZA 2WSUA 3JU4A 2NM1A 4GZQA 1NSCA 2DTYA 1EUTA 3POYA 4Y1ZA 1F8DA 2F12A 2GNMA 1A4GA 3TI8A 4H55A 5H9PA 4ZXKA 1UZZA 5GLUA 4UW4A 2PHUA 1S0DA 1AX2A 4R9CA 4WZFA 1Z4WA 2BERA 4K3YA 3OBTA 4HZVA 2VUAA 1H9WA 2BF6A 1Z0HA 4YFZA 2ZA9A 1W1XA 2QWDA 4YZ4A 4CPZA 2ZB5A 1GBGA 2VY0A 1SFYA 4YGCA 2P37A 4FPGA 2FMDA 3N3HA 2YV8A 4YM3A 1INGA 4LBLA 5EYYA 3VKLA 2PHXA 4XJQA 1ONAA 4DS0A 3AZVA 4UW3A 3NV2A 1CR7A 2P34A 1NCBN 4RL7A 2JJ6A 2DUQA 4NC5A 1IS6A 3WZ1A 2F13A 2AR6A 1GNZA 3AK0A 1G9AA 1DQ4A 2CNAA 4FOWA 2VVZA 2B8HA 2C9AA 1W6NA 4YG0A 1USRA 4BBWA 4HIZA 5B2CA 2DUPA 3ASIA 1JBCA 3OY8A 3WDXA 2A71A 5DG2A 3RRDA 2R49A 1V6KA 4RA0A 3M1HA 4P14A 1Z4ZA 1A78A 4GB1A 3WDTA 3MEPA 2VW2A 1NCDN 3TI6A 3VKFC 2E53A 4KS3A 1UX6A 1EPWA 3Q9OA 3VV1A 4XJZA 1GYKA 4KBBA 1DBNA 5CNAA 1S0BA 4M3MA 2ENRA 3O12A 3SANA 3B3QE 2GDFA 2R1BA 4XXAA 3DGTA 1CJPA 3USUB 3WG1A 2OUHA 2A75A 1L7HA 4WEFA 3WLUA 5JLVA 1MWEA 1Z4YA 2UWCA 1W21A 3V0BB 1V6NA 1FX5A 1V0FA 1W0OA 4QN5A 4XZPA 1E8VA 4FJ6A 1Q56A 4M01A 4J9TA 3ZXLA 1N3OA 4CPLA 3RG0A 5B2DA 5DUXA 1NSBA 2PHRA 3ILFA 1VCJA 1USXA 1AXKA 1HDKA 4L8QA 3TI4A 2YMZA 2DVAA 5NN9A 2DTWA 3K39A 5HCFA 1N1YA 1DYKA 1L7GA 1QOOA 4ZKTB 1AZDA 2ZGQA 1HQLA 1QGLA 1QOTA 2PELA 4M4UA 3GNEA 1CESA 3GVLA 6NN9A 1MS3A 4FPYA 1EUUA 1NNCA 1WD3A 4FPHA 2D44A 4TZDA 4BOWA 1YIFA 4AWDA 1NCCN 1CPMA 1U0AA 1QU0A 2D3RA 1W8OA 2DVBA 2EXJA 4Q6KA 4CPYA 1LHVA 3A72A 2QWKA 2F24A 3TIAA 1ZM1A 2ZGMA 2ARXA 5HUMA 2R16A 5HUNA 1V3CA 4Q8LA 1B9SA 1NCAN 4BQ1A 2AREA 4GWNA 4R9BA 3M2MA 2VK6A 1OKQA 2FHRA 3SITA 3A0NA 1LEMA 2HT8A 1BJIA 5GZEA 1LU2A 1FATA 2QWBA 1QDOA 4HANA 4CZSA 2AEPA 1WUVA 1KDKA 5HX0A 2D3SA 2RHPA 5EXOA 3SH4A 1GZ9A 1V6IA 2ARBA 4UW5A 2XG3A 4CTEA 2A6VA 5T54A 2QWAA 1XQNA 3A0KA 1MS4A 1NNAA 2PHFA 3ZXFA 3RSJA 3WG4A 3O5SA 1LOFA 3FUOA 5JVVA 2YDTA 4FQ4A 2YDPA 3ZYRA 4FP3A 4Y1VA 3D11A 4PF5A 4LBNA 3B00A 4AGVA 2C5DA 1C4RA 1A3KA 1XOEA 2ZMLA 4I00A 1MR5A 3AP4A 1MS8A 4K1ZA 2ZGPA 3LSEA 4XHXA 4LBKA 2F11A 3AP9A 2P3JA 2YA4A 1LU1A 1DQ2A 1G86A 2D6PA 1N47A 4R9DA 1AF9A 3INAA 4YG6A 3WDUA 1JYCA 1AX1A 3ZPYA 4KS4A 4LBMA 1LGBA 2P3KA 1AXYA 1FAYA 1C1LA 1ULCA 2QWGA 2RKCA 4XBNA 1ULGA 1NN2A 4YM2A 5GZCA 1KJRA 4YZ2A 3M3QA 4NCSA 4Y20A 4MWXA 1A4QA 4JCKA 3PVNA 2P2KA 3OJBA 4YW2A 5DZFA 5GZFA 1V0ZA 1AJOA 4BMEA 2DU1A 4XJAA 5HUGA 4GZSA 4YM1A 4QN7A 3ATGA 1B9TA 3GVKA 4M3CF 1VAMA 4XBQA 1FV2A 2XZJA 1JN2P 2GNDA 4X49A 1F5FA 1BZWA 2HTUA 1IVEA 2A7AA 4XE9A 5IK8A 3OBRA 1WW6A 4LBQD 3D6EA 3WG2A 1WBLA 2BQPA 4ATEA 1SBEA 3NSSA 4PBOA 3N36A 1DHKB 4M3CE 4Y22B 1JHNA 3AX4A 4AYUA 1YRZA 4MWQA 4Z8BA 3K38A 5T5PA 4R9AA 5DUWA 4ITCA 2QWFA 1BYHA 1F31A 4FOYA 3SILA 1S0JA 2XZKA 4WA3A 2A3WA 5KXBA 1YXWA 1SO7A 2R0HA 4XMIA 2UWBA 3ZXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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