4XJZA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 7.4 in pbs with dmso
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjzA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjzA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjzA02
4LBQD 1JXNA 1TEIA 4B7JA 2HYKA 2CYFA 2G4IA 5JOYA 3ILFA 3AP5A 1E8UA 3B01A 5JDBA 1A3KA 3RQ0A 2HTUA 4H55A 4XHBA 3ILNA 3TI8A 2W38A 4XJAA 2VK5A 5B2CA 4KS2A 4M3CE 2CMLA 2NYYA 4NC5A 1O4ZA 5DUXA 4ISRA 1V0FA 2CWMA 2FHRA 1UAIA 4GZPA 1MACA 1QMJA 2DV9A 2ZGNA 1DILA 3OBTA 3BODA 2ZGRA 2P2KA 1DHKB 3M3CA 4YW1A 2F10A 2GNDA 1MS3A 2SIMA 1Z78A 3AZWA 5JOWA 4BM8A 1APNA 1ULEA 4XZPA 4SLIA 4JCKA 4HZZA 1FX5A 4AVVA 2GMEA 1V6LA 2HTWA 3A0KA 3IPVB 2X9MA 1Q8QA 4BLJA 2JE7A 5DZFA 1DBNA 2D3SA 2A5ZA 2NMOA 2ZGOA 1GZWB 1CPNA 1INGA 4R9CA 2VW2A 1IS4A 5GZEA 4Y1UA 1IVBA 4MWRA 3AXDA 4QN5A 4MWQA 1QDCA 1V00A 2R0HA 2HTYA 4Y24A 3POWA 2JECA 3ZPYA 2F26A 3N7KA 3WG2A 3ATGA 2VVZA 3AYCA 4NO4A 2YA7A 4J9TA 3CL0A 1PZ9A 4M3CA 4KS1A 2HU4A 3HR9A 5DUWA 1OFSA 5T5PA 4YZ5A 4KS4A 1CJPA 2QWGA 4YM3A 3V0AB 4L8QA 2DYCA 3NV2A 4WZFA 3I8TA 5CB7A 3ZXLA 2XB6C 1UMZA 1WW7A 4FPCA 1S0FA 3B00A 5DG1A 4BLIA 4PCRA 1W6PB 2EIGA 1AZDA 3ILRA 3IKWA 1CN1A 3AZVA 4K3YA 1LHUA 1Z0HA 2ZGQA 4FPEA 1N47A 3H71A 1ENRA 1W6NA 1DQ6A 3NV4A 2XZKA 1QOOA 3ZXKA 1SFYA 1INXA 1VIWB 2NMNA 4H53A 2DVBA 2NM1A 1AX2A 4GWMA 1Z4ZA 3D6EA 3DGTA 2WJSA 1SBDA 1NN2A 2B7YA 4MWWA 1IVGA 4PBPA 3FUOA 4X6KA 1W6MA 1G9FA 2D43A 4AWDA 3W58A 3O0XA 4XXPA 2XZIA 1LOAA 5HUGA 3SLIA 4JF7A 2DU1A 1V2IA 3AP4A 3MPPG 4GZQA 5DUVA 1LOEA 4LBLA 5HCAA 4CPMA 3UK9A 4GA9A 1X50A 5IK7A 1W8OA 2B8HA 3M1HA 2LALA 4HZYA 4YG6A 5DXDA 3K36A 1YXWA 2GN3A 1A4GA 2EAKA 4BMBA 1QOSA 1WBLA 1A8DA 2R16A 2YV8A 4YZ2A 3OY8A 1LOFA 1NCAN 1XQNA 1W6OB 5E8AA 4K1YA 5GLTA 1YRZA 1JOJA 2ZGPA 3B9CA 1F8CA 1AX1A 3TI5A 1Q8VA 1XOGA 5T50A 2F24A 3CL2A 2R1BA 1RINA 2ZGLA 3WDTA 2F28A 2BERA 1ONAA 2H0BA 2VUAA 2FMDA 3OPZA 2CTVA 3OYWA 4ASMB 3AP7A 1B9TA 3DUIA 4LBNA 1HQLA 3T1LA 2NP0A 7NN9A 3ENRA 1YO8A 1V0ZA 2CWSA 3TAYA 1UL9A 2D6MA 4XBQA 1Z50A 3WCSA 1I3HA 4PF5A 1JUIA 5JOZA 1N3QA 1NSCA 1LOCA 2BATA 1U0AA 2ZABA 4YG3A 4R9DA 1QKQA 1O4YA 2P37A 2E51A 2YA5A 4K1ZA 3ALXA 5GLVA 1Q8SA 2C4LA 4FPKA 3INBA 1LOFC 1MR5A 3GVJA 1MS8A 4Z8BA 2DUQA 4YFZA 3ASIA 3WHTA 4DFSA 4R9AA 3TICA 3R4UA 4YZ3A 2ARBA 1NNAA 1LTEA 2UWCA 3D11A 4XHXA 4FP2A 3W09A 5LK5A 4FPOB 3ZSKA 2GNMA 1W1XA 4M3MA 2VH9A 3VKLA 3WCRA 5GZGA 3M3OA 3M2MA 1Z4YA 4ATEA 2E53A 2OVUA 4XXAA 4XTPA 1WW6A 3RMYA 1JHNA 1DQ0A 1E8TA 4MX0A 3N3HA 4PBOA 1DGLA 4FZHA 1N1SA 1INWA 2W20A 4D69A 4Y1XA 4Y26A 2D3RA 4HZWA 3MW4A 4NOTA 1LCLA 3APBA 1YI7A 3K3AA 1C1LA 5GLZA 3BOPA 1F8BA 1SCSA 2A3XA 4YM0A 1NCDN 1H30A 2EALA 3SNMA 3K38A 1B9VA 1CESA 5EYYA 4XTMA 1DYPA 3ZXJA 1DIMA 1SO7A 2A75A 1LODA 5F9TA 2HT8A 2QWFA 4KS5A 3TIAA 4X47A 2HTRA 5JLVA 4UW3A 2HTVA 1G9BA 3H0OA 2A7AA 3AP6A 1C1FA 1A14N 2F29A 2RHPA 3IPVA 4GKYA 2R1DA 3T1EA 4FPJA 2PHUA 1BKZA 1CIWA 5T52A 2HT7A 3W59A 1GZWA 1BZWA 1G9DA 2JKBA 2WT2A 3D5OA 2WT0A 2VSKA 4AGVA 2DVFA 4ATFA 4JC1A 3RS6A 4QNPA 2EF6A 2QWEA 4DS0A 2ZHKA 2Z42A 1NMAN 1W6QB 1I1EA 2F11A 2HU0A 3N7LA 1SLLA 3WG1A 1GBGA 1D2SA 4MZAA 2C5DA 1V3EA 5HUKA 4K21A 4GKXA 2C4AA 1JYCA 2QWHA 2OUHA 1AX0A 3AYAA 3WHUA 1QGLA 4M4VA 3GVKA 1AXZA 3INAA 2WSUA 5DZGA 3TI4A 3LCPA 1CVNA 2JJ6A 5IUQA 1MWEA 4FOVA 2E7TA 3O5SA 2VK6A 1WCSA 4M4NA 2ZAAA 1LOBA 4LBJA 1GYKA 3ZXFA 1LU2A 4K1JA 1G9AA 2BF6A 4Y22B 1EPWA 1V6MA 2D6PA 3V65A 4RL7A 1NSDA 3LSDA 5IK4A 4Q8LA 4X4AA 4Q27A 3AP9A 3ALWA 5H9QA 5CBLA 3WDWA 1DQ2A 4P14A 4XIOA 5KXDA 1G86A 4XBLA 1LHVA 4M01A 2SBAA 2DVGA 1SLTA 1FATA 1HQWA 1QOTA 2VXRA 3ZXEA 3PVOA 5JMCA 1FNZA 1GZCA 1W8NA 1NLSA 4GEZA 3N36A 1EUUA 5GJ6A 2E7QA 2F12A 3C2UA 5T5JA 1LULA 1SBFA 4BQ1A 2YDTA 1NCCN 1INYA 2PELA 2VW1A 2W52A 3AYDA 1F9KA 4GZOA 2A3YA 5IK5A 4Y1YA 2ES3A 4UW4A 2OUJA 4C1XA 1SLIA 3AJZA 2VW0A 5T5OA 4MYEA 1SACA 2F25A 3SISA 2W5OA 1MVQA 1A4QA 1FAYA 1VCUA 1BJQA 3USUB 1G9CA 2A6WA 4GZSA 4P9XA 2VWDA 3PJQA 4WA4A 1RIRA 4LBQB 1ENQA 1INFA 4AYUA 1FV2A 1SLBA 3AJYA 4Y20A 5DZEA 2GNTA 2AUYA 2UURA 4Q8KA 2P3IA 2QWKA 4XJUA 2AEQA 2WSVA 5JOXA 5EWSA 5EXOA 3JU9A 1WLWA 2A6ZA 1Q8PA 1IVCA 2ZHLA 2PHRA 2VU9A 1MS5A 1Z4VA 1FNYA 5AVAA 1QU0A 4BBWA 1W0PA 4RA0A 4BPZA 3M3EA 3SITA 1GLHA 1DQ1A 3GVLA 1S0EA 3K37A 2ZA9A 2SLIA 2HT5A 1LENA 4Q26A 3BEQA 5DG2A 3R05A 1LECA 4H52A 3VKNA 2JDZA 3FBYA 1VCJA 4I30A 1GV9A 3O0VA 2HTQA 3PMEA 4UW6A 2DVAA 3RSJA 4R9BA 1WCQA 3B7EA 1PZ7A 4BMEA 4DQAA 2ZKNA 4FJ6A 1Y7BA 4ZKTB 3H73A 1QNWA 1VAMA 1WD3A 1S0GA 4LBMA 3V0BA 2JE9A 3SH3A 3U4XA 3SALA 1KRIA 2AR6A 2DURA 3WDXA 4XJ9A 5GM0A 1F8EA 3QLQA 1BQPA 4C1WA 4M4UA 3SH5A 1KDMA 3KQRA 1KQRA 4YGEA 2PHXA 3O9JA 4Q1PA 3D4KA 3FLTA 1V6NA 2XG3A 4I00A 1HDKA 1LOGA 1F5FA 2ZMLA 2ZGUA 5NN9A 1UKGA 1UPSA 1QDOA 1OQ1A 4QN7A 2R49A 3HMYA 1IVEA 1W6MB 4NN9A 3UJQA 1BYHA 1HKDA 1W21A 4CPYA 2BQPA 5GLWA 4DGRA 5GZDA 2TEPA 3OBRA 1IS3A 3ZYPA 2YA4A 1S0IA 1LGCA 3IN9A 4WEGA 1AJKA 3IM0A 1LGBA 3JU4A 4XE9A 1AF9A 1LGNA 4FOQA 4YW4A 5KXCA 1DZQA 3WG4A 3N35A 1GNZA 1MS4A 1WLDA 3OY8B 1DIWA 1J1TA 4XMIA 1UZYA 5T54A 1NNBA 3NV1A 2YA6A 3BTAA 1C57A 3AXEA 2ZHMA 1ULCA 3ZSLA 4WA3A 1WBFA 4K1IA 4XIKA 1FV3A 4XOGA 1NSBA 4TZDA 3VKOA 1CONA 2AENA 1WLCA 4GWNA 3AFKA 4LBOA 1GICA 1LESA 2DU0A 4GDIA 1LHOA 2EXJA 3OYWB 1V3DA 2C9AA 4YZ1A 1JYIA 3AK0A 5CAZA 1LHWA 2YROA 1N1TA 1LJ7A 5T55A 3VV1A 1PZ8A 1H9PA 3N7MA 3GALA 4YLZA 2QWDA 1URXA 3CNAA 1YIFA 2YA8A 1UZZA 4B7RA 1W20A 4LBKA 4Y22A 3ZYRA 3WZ1A 4XJQA 3T2TA 3WVJA 5HCFA 3AX4A 2VY0A 1IKPA 5GALA 4MJVA 1V3BA 2GN7A 2WNEA 1MZ6A 4GXLA 3AZZA 4YZ4A 4WV8A 2AEPA 2A70A 1S0DA 4PQ9A 2ZACA 2P34A 4XILA 3SILA 1F31A 2PHFA 1SCRA 1UN1A 2JD4A 2I2SA 2F0ZA 1MS9A 1GZ9A 4XDQA 2YDPA 5FRAA 3ZSMA 4MWYA 1HLCA 3BIWE 5H9RA 1BXHA 2ZGMA 1IKQA 4M3CF 2P3KA 2ZGTA 3NSSA 4P9YA 3MW3A 3NN9A 4XJ8A 3UL2A 2QWCA 4YW5A 4CRQA 4KS3A 3MW2A 1KITA 3V0AA 2YMZA 3AZXA 4FP3A 4MWUA 1KJRA 5E88A 3WDYA 3USUA 1Z4XA 1GANA 2GMPA 5GLUA 1S0JA 2DTWA 4MWVA 1W6PA 2QWAA 3A4UA 3O12A 4BOWA 1LU1A 1MVEA 4LBQA 4WEFA 4GB1A 1D0HA 4CPNA 4FPFA 5GZCA 2R0FA 2EXIA 1GKBA 3Q9OA 1G7YA 4YM1A 5KXEA 3H6JA 4CPZA 3TI6A 1MS0A 1L7HA 2DVDA 1EUSA 1AXYA 1RITA 2WKKA 3B3QE 4YFWA 4GDJA 3TIBA 1FYUA 4QN6A 4D8SA 2XCYA 4FPHA 1INHA 1Q8OA 2QWBA 3FFZA 2V73A 4DRVA 2Q5TA 1B09A 3O9KA 1L7GA 1INVA 3WNXA 1WW4A 4F83A 2PHTA 1UX6A 3RG0A 4FQ4A 2GNBA 2GALA 4GZWA 5IK8A 2W39A 2YXSA 4FOWA 4YGDA 3WLUA 3WV6A 1WUVA 2A6YA 1CQ9A 1JW6A 1WW5A 4P9WA 5L73A 1VLNA 5DUUA 5CA6A 5IT6A 3RMXA 1E8VA 4TYSA 4MWXA 1N3OA 3PVEA 4CPOA 1USRA 4YG0A 3R4SA 2F13A 1IS6A 4K1HA 2V5YA 4HZXA 4FPLA 1AJOA 2W5NA 4K20A 4JRAA 1W6OA 4YW3A 1DFQA 1DLLA 4W65A 4XYXA 3WDVA 1CPMA 3AYEA 1Z4WA 4FOYA 2D6LX 3UJOA 1BJIA 1V6KA 2UU8A 4AVSA 2CL2A 4AVTA 1QNYA 3N7JA 2D6KA 3ZSJA 3JUUA 2UWBA 1AVBA 1N1VA 5H9SA 2A3WA 1SNTA 1DQ4A 5B2DA 2D3PA 4MWJA 1C4RA 4GZTA 4AGRA 4K1KA 1G8WA 5GZFA 1KDKA 4Y1ZA 1N3PA 1DYKA 4OZXA 2YZ4A 2EXHA 3VKMA 1ULGA 2ZB6A 4FVKA 2DUPA 2P3JA 1L7FA 2F27A 3MEPA 2D6OX 1ULDA 4KBBA 3NWKA 5HX0A 2AGSA 4YGCA 4FQZA 2RKCA 3D12A 3A71A 5HUMA 1OKQA 2AYHA 1LHNA 2OW4A 1V6IA 2ZBJA 4M3CB 2A6VA 4FPYA 3VKFC 4B7QA 2D44A 1YYNA 3V64A 3TI3A 6NN9A 2CY6A 4CTEA 4GALA 3GNEA 1LEDA 2KM2A 5HCBA 1W0OA 1ZA4A 1A78A 4FVVA 2ENRA 4HL0A 4B7MA 2AH2A 4DPNA 2QWJA 4WVVA 1QF3A 3L2YA 2GMMA 5EYXA 1W6NB 5M1ZA 4Y20B 5BYNA 2ZZJA 1V3CA 1ZM1A 4HZVA 3OJBA 4QN3A 4CZSA 2DTYA 1R1ZA 2YY1A 2E6VA 4ZXKA 4XJWA 1GSLA 2DUOA 4XMAA 2WLQA 3QCWA 1B9SA 1VALA 2D6NA 3FLRA 4Q6KA 3ZVXA 3VUOA 1SBEA 1GNHA 5F5QA 4M00A 4UF7A 3H72A 3TB0A 5E89A 1NMCA 4XBNA 4Q1RA 3WOGA 4MJUA 1KJLA 1NNCA 3A72A 4XJZA 4FPGA 2XZJA 3WUDA 4CPLA 4WVWA 1F8DA 1SLAA 3RRDA 4ITCA 3AZYA 4QN4A 1V0EA 3FLPA 3K39A 4YW2A 2VK7A 2D7FA 4HANA 5SV8A 1ENSA 5T5LA 5KXBA 2ZGKA 4DRRA 1V6OA 1NMBN 2ZMNA 2ZB5A 1CR7A 1W6QA 4MZEA 1SLCA 1S0BA 4Q2FA 4AGGA 3V0BB 3O0WA 3M3QA 4XJRA 2AREA 3CYEA 4B7NA 1NXD1 1IVFA 1H9WA 2WQZC 1VAVA 4YM2A 3FUQA 2DWRA 1DQ5A 3SANA 4YGBA 2ERFA 1ULFA 3HN1A 2CNAA 1XOEA 1WD4A 3POSA 4U36A 4GJTA 3NV3A 2ZMKA 5CNAA 1EURA 2VSMA 4WA5A 3KM5A 4HIZA 1JBCA 3CKZA 4UW5A 3WG3A 3IMNA 2QWIA 5HUNA 4X49A 2ARXA 3WUCA 3POYA 1JN2P 3A0NA 2NN8A 1NCBN 2A6XA 2W08A 2GDFA 4Y1VA 1IOAA 1S1AA 1USXA 5JYYA 4GZXA 2LTNA 2ZHNA 2BZDA 2ZGSA 2W68A 1IS5A 2WT1A 2EXKA 1AXKA 1MZ5A 4ISQA 5JVVA 1MS1A 4NCSA 3WDUA 1IVDA 5H9PA 4MC7A 3T1MA 2UWAA 1EUTA 1V6JA 3SH4A 2A71A 1LEMA 4U2AA 3B69A 1Q56A 3PVNA 3LSEA 2PHWA 3I4IA 2NZ9A 3OGGA 2SILA 1N1YA 4IQPA 1S0CA 4MWLA 5FREA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NXMA 2FQPA 4LBQD 1JXNA 1PGW1 1R1A2 1TEIA 5L7OC 5HUNA 4B7JA 2HYKA 4IEQA 1QXPA 1PK6C 2CYFA 1D2QA 1VR3A 2G4IA 5F8PA 3RDIA 3T2PA 4YARA 3VD5A 2YFUA 5A80A 5JOYA 2QQJA 5J37A 1BHGA 3ILFA 1O7FA 3AP5A 5ABJB 3WD5A 1E8UA 4HPKA 4CRQA 4IFLX 5A3NA 4RYDA 3B01A 1RUC3 4D8MA 2K0GA 2RM21 1CZVA 4UYBA 2O8OA 5JDBA 3PUAA 1A3KA 3T4VA 3RQ0A 4CPBD 5IJRA 2HTUA 2QTWB 4H55A 4RQPC 4XHBA 2GH8A 4OQ9A 2ET7A 3ILNA 4BK5A 2QQIA 1JYNA 2W38A 3TI8A 3DKWA 5CFCA 5GTQA 4XJAA 1VB2A 1DGRN 1YI9A 2D93A 3E6DA 4GN9A 1OLME 4DXRA 3MZHA 2VK5A 5B2CA 1RHI3 2IFRA 3VBUA 5IAXA 4KS2A 3CJIC 3ZYJB 4JGZA 2VMFA 4M3CE 3SOQA 4PIXA 2VZTA 2NYYA 5A7WA 4QDRA 4IESA 4W6XA 2CMLA 4NC5A 1AR62 1G6NA 1O4ZA 1UMHA 4KH9A 5DUXA 1XNAA 2VZ3A 3A9HA 2JDKA 4RS5A 5ACA2 4CU9A 4ISRA 4O7XA 2JDHA 4RSUA 3BI3A 1V0FA 2XBO3 4Q4Y2 2F6BA 4A6SA 5DQ0A 5K0UC 4ZU7A 4BXSV 3H3ZA 2CWMA 2FHRA 1UAIA 1UD1A 4H3WA 1UIJA 4MGSA 1MACA 4GZPA 1ND3C 2EIDA 1HJGA 2OA2A 3OGRA 4XAAA 3T30A 5BUVA 2VOWA 1NPEA 1QMJA 1UYYA 2DV9A 2ZGNA 1UYXA 3OBTA 3J8F3 4QB2A 1DILA 4GH4B 4WBBA 2J1EA 2BFUS 2PA7A 3MFCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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