4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
3H4ZA 5H8QA 3EHSA 1FCKA 4WEDA 1Z7ME 4F3GA 1Y3PA 3PAMA 1IQ7A 2E0SA 3U94A 5AA3A 4PFTA 1EU8A 4O3BA 2ZNSA 3A09A 3IAZA 1SBPA 3DP6A 3ZS6A 4ZEBA 4NE4A 4GL0A 4OXVA 5FHNA 5BWJA 2A5TB 1PB9A 4ZDMA 4QRZA 3T22A 4EDPA 1FQAA 3ZKKA 1M5FA 3ILUB 3VLUA 1B4HA 1ATGA 5B7DA 3N5LA 1LB9A 3T96B 3FVGA 1DPPA 1N0TA 5ITOA 1ZTYA 2Q9TA 3U8QA 3FTOA 1MDP1 1D9VA 2Q2AA 5TU0A 3N6UA 5H8FB 4OENA 5H8QB 4H8JA 3HN0A 1MY1A 1SYIA 2VGQA 5I58A 1B3EA 5DVFA 1TFAA 1POY1 1GV8A 1HSEA 3M3FA 1ZJLA 5CRYA 3QXMA 1A99A 4HTGA 1Y4CA 1HSLA 4EQ9A 2DOJA 1DTGA 4N6PA 3QUFA 2H5YA 5CI5A 4IB2A 1ZMGA 1Y4TA 1XS5A 1II5A 1EZOA 1A8FA 2REGA 2I0CA 1QVSA 3T9XB 4THIA 2O1LA 1B7ZA 1GTKA 4U2RA 2B3BA 2QL3A 5HPQA 3K1MA 2DVCA 4NMYA 1B3HA 2ALUA 5DYHA 3S9MC 3KOTA 2VHAA 3MBPA 5IKBA 5CM6A 1FTOA 2Q2CA 2O7UA 3MVXA 5CMKA 5I58B 4M4GA 1A7LA 2RC9A 2OJTA 4MLQA 3HCQA 1H76A 3C31A 2YJPA 5F7VA 2R71A 3RLFE 5AA2D 5A5XA 4YB5A 4BDRA 2VD3A 3MAMA 2QS2A 2E1SA 4XKRA 1BTJA 1NH8A 3Q26A 4OVJA 4F1VA 2UVHA 1USYE 3FXUA 1YPNA 3LC8A 3VXCA 4ESWA 3TAJA 3G3GA 2UXAA 2I0BA 1P99A 2YPNA 5I2KA 3MP8A 1IXGA 4YU0A 2B4LA 3RT8A 1JEUA 2ZYOA 4N07A 4YKIA 1LB8A 1B1HA 4PQJA 4K3FA 3HV1A 1LSTA 5IAIA 3DELB 1S50A 2PT2A 3FGSA 4FEBA 5H8NA 3TFLA 1PB7A 1QUJA 1M5DA 4F2OA 3OO6A 4IO4A 5A5XB 5BUUA 1R9QA 1B0LA 4E0WA 5CMMA 3U92A 1WODA 4F1YA 2HFBA 4GVOA 4C1UA 3M3KA 1ZBMA 4KCCA 2DVZA 2ZYKA 4YB6A 3VLVA 3U93A 3VLWA 4LONB 4TOZA 3OOAA 5TP9A 1MXZA 3FIRA 1YCJA 1O7TA 2B3FA 4KYDA 4YMAA 5I2KB 5JTYA 3M8UA 2Q88A 3IOUA 4GFRA 1N3WA 4LATA 2M8CA 5DT6A 1MY0A 4P0IA 1MQDA 1D9YA 3SDFA 5AA4A 3PPQA 1MG1A 1DOTA 4C0RA 1OIBA 4F29A 5H8NB 2ONSA 2DWIA 2O6AA 2WOKA 3VXBA 3K6UA 4Q8RA 3FVKA 1UTHA 2DS9A 2THIA 4R2BA 4QFNA 2O51A 1Y3NA 1XC1A 2RCBA 2XXIA 5ITPA 4KQPA 4XKQA 2XX7A 4Z7EA 1NNFA 4R6HA 4GLIA 4G2ZA 3IK6B 5TP9B 1OVBA 3E3KA 2IEEA 1O64A 1NFTA 2F34A 3OEMA 3L6GA 1B3GA 3RTWB 1FTJA 1H45A 4GXAA 4NWCA 5AA4B 1UIVA 2Z22A 2O68A 5I2NA 3S2VA 4NF4A 4X1BA 4MF3A 3PD8A 2F97A 4JDFA 1UTHB 3PD9A 4POWA 2Y7RA 2XHDA 3UN6A 1XT8A 4GF8A 4G8MA 4N13A 3U72A 2XD3A 4FEDA 2RINA 1PC3A 3T9UA 3SEUA 3A3UA 3PUZE 4IGRA 5J1DA 2F78A 3T93B 4F1UA 2P1SA 3FD3A 2CZLA 4GWOA 1LFGA 1NL5A 1FQCA 1NNPA 4RY1A 1JVXA 4NEDA 2B4MA 3PPNA 3VVFA 4NWDA 1Y20A 3FASA 4LQ5A 3WAEA 1GGGA 2XXYA 4PE5B 1P1QA 4Q30B 1NMUA 4ND9A 3OENA 2RF1A 3C4MA 3SKPA 4H5GA 2D5WA 2QS1A 1JNFA 1LAXA 3FV1A 3CFXA 1BLFA 3GBBA 3T66A 1JW1A 4R6YA 3UORA 2AIXA 4R74A 3IB2A 2Y7PA 2ONRA 3O97A 1MQHA 4OWDA 4FIMA 1POTA 3V8XB 4H1XA 1IXCA 2XX8A 1SYHA 1N3XA 3CSBA 3MPLA 1B32A 1JQFA 3O6GA 1FQEA 2WKYA 2F7CA 4KFQA 3UIFA 4R2FA 4ZEFA 2V3QA 4BDQA 2OWSA 1NH7A 3K6VA 5EYFA 1R6ZA 1UTBA 3K6WA 1Y3QA 3LSFB 5JEIA 4F22A 1IUDA 2X7PA 3G3KA 4H67A 1TXFA 2OLBA 1OMPA 1RKMA 3IOVA 3FZVA 1B1XA 3MZ9A 1B7HA 4IO2A 1P1NA 2ABHA 5L9MA 2QSXA 4ZEKA 2W7YA 4U1ZA 5FHMA 1OQGA 4F3BA 3H03A 1QKBA 5I56A 3IJOB 3KN3A 3C33A 4TQUQ 4H6DA 3PUVE 3EQ1A 3RYBA 3DP4A 3TYHA 1JEVA 5CBRA 1TFDA 4UACA 1B9JA 3USDA 4P0GA 3QSLA 2P0SA 3O66A 2H25A 4OERA 5I59A 3FJMA 3SEVA 1XVXA 1UTBB 4PFUA 4IO5A 4LUBA 1PB8A 4DIGA 3CSGA 4GXSB 2I6EA 1ZLQA 1MQIA 3MZBA 2ZMBA 2BJJX 3RNNA 2ZYNA 1BIYA 3PPOA 3FJ7A 3O6IA 5I56B 4IO6A 4TLMB 3S9EA 4KHZE 3LSWA 3GLBA 1B3FA 3C35A 3P7IA 4EXLA 4X9TA 3W15C 4KD5A 3OO7A 3KSXA 3FVOA 4LZ7A 2ESNA 1B6HA 5ELVA 1IXHA 1QKAA 2XXTA 3IO6A 2G93A 3T9HB 3H6VA 3IORA 4POXA 1MQJA 3ODBA 1MH4A 2R9JA 3SEWA 2ZXTA 3CI8A 5FTHA 1MPCA 1M5EA 4WKMA 4FJPA 2AL5A 5H8HA 3O6HA 2OCUA 5CC2A 3TTLA 3K4UA 1M5BA 4MLVA 2NVUB 3ECRA 1B4ZA 3S4UA 4R9FA 3RPWA 3KOSA 1AH5A 1AL3A 1WDNA 3OMBA 2WOLA 1OQHA 4LVQA 1D4NA 4R9GA 4QHQA 3THIA 4U1OA 3W9WA 4NTLA 4NF6A 3A3CA 5ICQA 2D3IA 3H06B 3T9VA 4F3SA 5HM4B 3C36A 3C32A 4PETA 3RT6B 3TTMA 2B65A 3HHFA 3KSJA 1SW1A 4ELPA 3MVYA 2QMXA 2QMWA 3DM0A 5H8HB 4OESA 2Z23A 4DE8A 3CG3A 1H44A 5KCJA 3OXNA 3TDJA 3H3GA 1LLSA 4JB7A 3PUYE 2QPQA 4F3PA 5DEXA 2RKMA 2DYXA 5CMBA 4QFLA 3LUYA 3TQLA 2FA7A 4GIZA 4HCYA 3KG2A 4NF6B 2GFEA 3CG1A 4LA9A 4R73A 2FYIA 2XXVA 4KR5A 3EHTA 4JWYA 3K1NA 4G68A 2LAOA 3F11A 3TPAA 2NOOA 3SERA 1URDA 2UVGA 3OO8A 2OWTA 3MW0A 3D4CA 1Y1MA 2PVUA 2F7BA 4ZS9A 3B6WA 3G3IA 4PFYA 3KGCA 1MXWA 5DTBA 4ZE9A 4H5FA 3DRJA 1I6BA 4ONYA 1YTVA 1N76A 1I69A 3K6XA 2OZZA 5CMCA 2XXXA 3PPRA 3RQTA 1VSOA 3K00A 1GVCA 3ILTB 3H6TA 1M5CA 1A54A 1URSA 1JETA 2Q8JA 4KI0E 4U4SA 3JV9A 3SESA 1FTLA 1KWHA 1AOVA 4X48A 4G68B 4HCWA 5ISUA 3LSXA 3PMVA 5K2XA 3K2DA 2OBGA 3MWBA 2QS4A 1LAHE 1Q1KA 3O6PA 1R1NA 3OSQA 1VE4A 3AXFA 1ELJA 4DXCA 3DLNA 3FXQA 3IJXB 3KEIA 2ONKE 2H98A 1Y1ZA 1ZIUA 4QFKA 4RA1A 3O9PA 1LCFA 2NXOA 4BDLA 3LR1A 2V3TA 1LBBA 2UYEA 1XHYA 4IY5A 4MH5A 4WEPA 1LAGE 1MM6A 5HBCA 1XOCA 2DE4A 4EF1A 5FTIA 2DE2A 3KJTA 1ZKBA 2VOZA 5JTYB 3OD7A 3VE1B 2HZKA 3EHUA 1OVTA 3HO7A 3QIMA 3TODA 4RK9A 4ZZAA 1DTZA 1QJMA 3FV2A 2O84X 3IL1B 3PGFA 1A8EA 3G3FA 4F19A 4OHNA 1UIUA 4YICA 3HPIA 3TCGA 2PT1A 4G77A 2DSFA 2G29A 2HZLA 3CIJA 4OTEA 1J1NA 2FNCA 1AIVA 1B5IA 4GL8A 3R7XA 1B7UA 2OK2A 1IXIA 4Q0CA 4MBPA 1SVXB 2F6GA 3TTKA 1NNKA 4JWOA 4EXKA 4G4PA 3IOWA 4C1TA 3CFZA 1N84A 2ZNTA 3OSRA 5AA2A 4GQOA 1ANFA 3KN8A 3V89B 5LOMA 4AQ4A 1UQWA 4QSEA 1QUIA 3MVWA 5I2NB 4Z0IA 2F5XA 1MH3A 4NF4B 2D21A 4JSOA 1T0KA 5I84A 3EPEA 3Q28A 1JVYA 2XXWA 3BFTA 3RYAA 4F31B 5KZTA 3UA8A 1B2HA 2IA4A 2R6GE 2QS3A 5KDTA 1JW5A 4ZEIA 2XXQA 3HHGA 4I62A 1PBQA 3I6VA 3ZKLA 4OFOA 3PMWA 4PFWA 5L9OA 1MXXA 2PBWA 4JXIA 1P1OA 3MC2A 5AA2B 3N94A 3KZGA 4OFJA 5JK4A 3HSTA 2Y84A 3RTFB 3TZAA 2XXPA 4BDOA 1R9LA 1B3LA 3N6TA 1VR5A 1MDQA 3I5OA 2X7QA 4WXJA 3H6WA 3SEXA 4M1VA 1LFHA 3W9VA 3B6TA 2DXRA 4R75A 4ELQA 5CBSA 2HXWA 1NKXA 3UP9A 4RNSA 3ONMA 3EF7A 3TQWA 1B52A 4H0WA 1LBCA 2PX1A 4LZ5A 4RJZA 2RC8A 1FQBA 3RUMA 3TTRA 3LSLA 4DDDA 4O3CA 4OETA 3DRHA 3KJ7A 3JYRA 4I8CA 1HSJA 3TUSA 3U1OA 4ISUA 3FUZA 3C34A 1SI0A 4LP2B 4DLDA 4DXUA 3TCHA 2I4BA 1I6QA 3D4GA 3FXRA 1SW4A 4DXBA 2XX9A 4ZZEA 4XKPA 4XTCQ 4Q5TA 3FVNA 1YAEA 5TPAA 4RK2A 4QFPA 4IO7A 3IO4A 4KYEA 4KPTA 4H65A 3M3LA 1ZU0A 5DVJA 1PEBA 1S7YA 3MJNA 4EQBA 1VFEA 1IZ1A 2REJA 1FQDA 2GHAA 4IO3A 1LGBC 1PDAA 2PYYA 4ZE8A 3JZJA 4RXLA 2ZYMA 5L8DA 1EH3A 4AB6A 5I59B 2XXHA 2UYFA 3RN8A 4H8IA 4ELRA 2P2AA 4I9DA 1B5JA 1SD3A 4OQOA 4XXUA 4EUOA 2XXUA 1FTMA 2Z8DA 3BBRA 4HW8A 4RPOA 2Q89A 5TPAB 3MP1A 4F18A 3CFLA 2NWJA 3PV0E 2NUVA 3DRIA 2H4IA 3RY3A 2YLNA 1SI1A 2V25A 3LBSA 4FECA 3CR9A 1USYH 3KBRA 5EHMA 3TEPA 3MQ9A 1S9TA 1TT1A 3FJGA 2DE3A 3ZSFA 3R6UA 4PP0A 4DCXA 2VP1A 2O7IA 2O1MA 2HAVA 2F8DA 1OLAA 1XVYA 1MXUA 3EN3A 3DRGA 1MXYA 4U23A 3MUQA 2HEUA 3PPPA 3VV5A 1A55A 3WAFA 2I3VA 4U4XA 4YMBA 3BKIB 4AB5A 4JWXA 3DRKA 2RCAA 4OEUA 4DCYA 2XXRA 4LQ2A 2F35A 1B46A 3SETA 4MFIA 1B05A 4R6KA 1IITA 1MQGA 3TELA 3S9NC 4TLLB 4FATA 2V84A 4ZEDA 3MZ1A 3K1PA 1NNTA 3PU5A 2ZNUA 3GBAA 3QUJA 2QRYA 2DWJA 3E13X 3CRBA 4UA8A 3OO9A 2I49A 1Y9UA 3FATA 2DQVA 3O2AA 1FQFA 1BP5A 1TWYA 2KLFA 3UK4A 4QF9A 3E9XA 4G8HA 5KCJB 4DZ1A 2F6PA 3IB0A 1SW5A 3KN7A 3IB1A 3R26A 5DEXB 3GZGA 1EZ9A 2UVJA 4OFLA 1RYOA 1H3DA 4QSCA 4IY6A 3B7DA 3IR1A 2HAUA 3QAXA 2RC7A 4KCDA 5EHSA 1FTKA 4YB7A 1AMFA 1LAFE 1DSNA 1MS7A 1B40A 1US5A 1P1WA 1LCTA 3V83A 2XD2A 3DP8A 3IX1A 1N7WA 5K2YA 4U22A 3TCFA 4OZ9A 4KYSA 3IOTA 3RGYA 3VVDA 2AYSA 3I3VA 2VD2A 2GH9A 3LVUA 4GRKA 1B0HA 4G8NA 3CHGA 1OLCA 1JW4A 2Z8FA 3OELA 5FHOA 3Q25A 3PUWE 3H6UA 4RPNA 4YZZA 4JBZA 2HCAA 4G68C 4YKJA 3K0VA 3MPKA 3MP6A 3QK6A 4OYVA 4ESXA 1QUKA 4BDMA 5L9SA 1O63A 2DXYA 1SDXA 3Q29A 4NF8A 3O29A 3O28A 4YKKA 4F2QA 1WVJA 1MY2A 4IGTA 4OMBA 3PMXA 3Q27A 3VFJA 4LZ8A 4NF5A 4L17A 2V3UA 4QSDA 1US4A 1DMBA 4YAHX 4ECFA 2Y7WA 1QULA 2DWAA 2CMOA 2PMSA 1QW0A 4QFOA 3VVEA 4R72A 2WOPA 4GOTA 2V93A 4F39A 1SQYA 1B51A 1MY4A 2I58A 1Z7NE 1RYXA 2H99A 5I57A 3G3JA 3H7MA 4X1DA 1DPEA 1BKAA 2DWHA 2O69A 4NF8B 1IEJA 3TKDA 2Y7KA 2Z8EA 4ZECA 1MM7A 2QJEA 4FORA 4BLAA 1PBPA 3G7WA 4RYAA 4HS7A 4NF5B 3B6QA 1D3KA 1L5TA 5F1QA 2Y7IA 2F36A 3BFUA 3C9HA 1CB6A 4OEVA 4XIGQ 2I4CA 2H9BA 1N7XA 2I3WA 1URGA 1B58A 2AL4A 4E0XA 4BDNA 1N04A 1MPBA 5AE4A 3V5AA 1MY3A 2F7AA 4P11A 1A40A 4GD5A 5M2VA 3QYTA 5I57B 1MXVA 1P1UA 4JSDA 4XKNA 1GR2A 4FAJA 4O3AA 1FW0A 1I6AA 1EZPA 3K01A 1CE2A 4YKPA 3KFMA 2A5SA 1LFIA 1H43A 2X26A 3GXAA 3K02A 4FE8A 1MPDA 3CVGA 3N26A 2GRVA 3L6HA 1MRPA 5B70A 3S9LC 1F9BA 2ANJA 4U21A 2A5TA 1Q35A 3TMGA 3MVZA 3E4RA 5DVIA 3DRFA 5H8SA 4EQ7A 2UVIA 3PUXE 5KDTB 3UGWA 4ELOA 3SEYA 2HQ0A 4EF2A 5AA1A 2I48A 1IIWA 3VDFA 2GHBA 1B5HA 2DP8A 1SW2A 4I1DA 3OEKA 3TTNA 3G3HA 5ICTA 1VFDA 5H8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H4ZA 5H8QA 4NGUA 5EYHA 3EHSA 1FCKA 4WEDA 1Z7ME 4F3GA 1Y3PA 3PAMA 1IQ7A 2E0SA 3U94A 5AA3A 4PFTA 1CNQA 1EU8A 4O3BA 2ZNSA 3A09A 3T1BA 3IAZA 1SBPA 3DP6A 3ZS6A 4ZEBA 4NE4A 4GL0A 4OXVA 5FHNA 5BWJA 2VPNA 2A5TB 2QVUA 1PB9A 4ZDMA 1FPLA 4QRZA 1NUXA 3T22A 4EDPA 3QMFA 1FQAA 3ZKKA 1M5FA 3ILUB 3VLUA 5IZ1A 1B4HA 1ATGA 5B7DA 3N5LA 1NV0A 1LB9A 3T96B 3FVGA 1DPPA 1N0TA 5ITOA 1ZTYA 2Q9TA 3U8QA 3FTOA 1KZ8A 1D9VA 1MDP1 2Q2AA 5TU0A 3N6UA 5H8FB 4OENA 5H8QB 4H8JA 3HN0A 1MY1A 1SYIA 2VGQA 5I58A 1B3EA 5DVFA 1TFAA 1POY1 1GV8A 1HSEA 3M3FA 1ZJLA 3NOHA 5CRYA 5EQ8A 3QXMA 1A99A 4HTGA 1Y4CA 1HSLA 4EQ9A 2DOJA 1DTGA 4N6PA 1FPKA 3QUFA 1FSAA 2H5YA 5CI5A 4IB2A 4IR8A 1ZMGA 2PCRA 1Y4TA 1XS5A 1II5A 1EZOA 1A8FA 2REGA 2I0CA 4N81A 1QVSA 3T9XB 4THIA 2O1LA 1B7ZA 1GTKA 4U2RA 2B3BA 2QL3A 5HPQA 3K1MA 2DVCA 4NMYA 1YZ0A 1B3HA 2ALUA 5DYHA 3S9MC 3KOTA 2VHAA 3MBPA 4DI3D 5CM6A 5IKBA 1FTOA 2Q2CA 2O7UA 5IZ3B 4H45A 4G61A 3MVXA 5CMKA 5I58B 4GWSA 4M4GA 1A7LA 2RC9A 5I5PA 2OJTA 4MLQA 3HCQA 1H76A 3C31A 2YJPA 5F7VA 2R71A 3RLFE 5AA2D 5A5XA 4YB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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