4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
b'KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
3DELB 3A09A 3FV1A 4G8MA 1Y3NA 2RC8A 4KCCA 1ZTYA 3FATA 2ONSA 4R9FA 3K2DA 5JK4A 3E9XA 3S2VA 5A5XA 2DOJA 1Y4TA 5ISUA 3RT6B 3FVOA 3FVNA 1PC3A 3S4UA 2ZNUA 2AL4A 3I5OA 3QIMA 4LATA 3M3FA 5BWJA 4G68A 1IXGA 4KPTA 4YZZA 4ESWA 3I3VA 2PVUA 5I2NB 4GVOA 3UN6A 3PPQA 2VD2A 3M8UA 3VV5A 3K6WA 1AL3A 4L17A 3CFXA 3T9UA 1O64A 3TODA 1S50A 2QS4A 4U4XA 1DPEA 4QFOA 5L8DA 3IOVA 2UYFA 1LFHA 3BFTA 3PMWA 1QKAA 2F6GA 2W7YA 1USYH 1A55A 3TEPA 1MDP1 1UTHA 1N7XA 5AA2D 3MZBA 1PEBA 3FJ7A 2UXAA 2F34A 3CIJA 1IXHA 3G3HA 2UVIA 4OERA 2WKYA 1ZJLA 3RLFE 2HAVA 4F31B 3PUYE 4DLDA 5HM4B 3PU5A 1RKMA 3V5AA 3MVZA 4N13A 1KWHA 4C0RA 3U92A 4YB6A 4ZEDA 1ZU0A 2H99A 3OXNA 3OOAA 1BLFA 2V3QA 3USDA 3QK6A 4F3GA 2B3FA 4H8JA 4GRKA 3SEXA 4H8IA 3HO7A 2XX9A 3LSLA 2F7BA 1EH3A 1MH3A 5AA4A 4FEDA 5AA2A 1LCFA 4YKIA 2Q88A 1GVCA 2OLBA 4RYAA 3C35A 1B7ZA 4YMBA 4H67A 3D4GA 1MQDA 2E0SA 4ZECA 3ZKKA 1FTMA 4NF6B 2F35A 1TWYA 4OTEA 2RCBA 1D9YA 2YPNA 4XXUA 2QSXA 3PMVA 2DE3A 3HSTA 3G3GA 1B3FA 5H8FB 1OLCA 1SD3A 1XVXA 2QS1A 1MXWA 4EQBA 1OQGA 5IKBA 2DXYA 4TQUQ 2FYIA 1POY1 1OMPA 4AB5A 4WEPA 5CI5A 3CVGA 2I0BA 3CG3A 2XXTA 2QJEA 2QMWA 1B1HA 1H44A 1LSTA 4UACA 4RXLA 4F18A 3VXCA 3C34A 1OQHA 2O51A 4O3BA 2QS3A 3H7MA 2F36A 2NXOA 1DOTA 5H8QB 2O7IA 2AL5A 3G3IA 5TU0A 2H25A 1SI0A 2R6GE 1QUIA 1F9BA 3T66A 3MUQA 4GXAA 3EN3A 3R6UA 2Q8JA 1Y4CA 3SKPA 3VVFA 4WEDA 4JSDA 3TCGA 1YAEA 2XD3A 4FJPA 2ZNTA 1MXUA 2DS9A 2WOKA 3PPNA 1BIYA 2Q89A 3PD8A 1LAGE 1XOCA 3O66A 1B3GA 3TFLA 2DWIA 2LAOA 4YAHX 1SYIA 2I3WA 1AIVA 4QFNA 4ZEBA 1IITA 3KG2A 4OVJA 2G29A 3KN7A 2DSFA 3O6IA 4MBPA 4QSEA 2XXHA 3MZ9A 2O6AA 1R6ZA 4NF8B 1JEVA 4OHNA 4NEDA 3FVKA 3CFZA 5KCJB 4KQPA 3H3GA 4EQ9A 1P1UA 2XXYA 4F2OA 2RCAA 4OFJA 1N04A 3O97A 3DLNA 4PQJA 2Y7WA 1EZPA 4U4SA 2ZXTA 2XXRA 3TPAA 3ECRA 2AIXA 4NF4B 2G93A 3M3LA 3KFMA 3VDFA 4KR5A 1LFIA 1Y20A 2VHAA 4PP0A 3RQTA 1RYXA 1SW2A 4HCYA 1H43A 1POTA 1FQFA 3U8QA 5I56B 4YKPA 4FORA 4Q5TA 4G8NA 3IB0A 4I1DA 4OQOA 1B05A 1NKXA 5CRYA 3QSLA 5FHMA 4THIA 4U21A 4K3FA 1QJMA 2A5SA 4R75A 1Q1KA 4NF6A 4I9DA 5DYHA 1IIWA 4ZZEA 4OZ9A 4GIZA 4GL8A 2Y7KA 4F2QA 4NF5B 3DRJA 3EPEA 4U22A 3FZVA 3KN3A 3VFJA 3S9MC 4KHZE 1MQIA 1ZLQA 1MPBA 4EDPA 2PBWA 4FAJA 4G77A 2IEEA 1Y3PA 3TQLA 4PFUA 1B51A 4XKRA 3W15C 4TLLB 1SVXB 1GV8A 5I57B 5H8QA 5H8SA 1MRPA 4ZEKA 4GLIA 5I2KB 2HFBA 5CM6A 4DZ1A 3UA8A 3DM0A 3VXBA 1MS7A 3C9HA 4OFLA 2CMOA 4AQ4A 1S7YA 4R2BA 3IOWA 3HCQA 3RTWB 4OFOA 4R9GA 3QUJA 1B4ZA 1P1OA 1M5CA 3G3JA 3CR9A 1XVYA 2Z8EA 1A8FA 3UORA 4G2ZA 1DPPA 4EXKA 2DE4A 2R9JA 4DCYA 2X7PA 3KGCA 5ICTA 2F97A 4R6KA 2WOLA 3LR1A 1B0HA 1D4NA 3FGSA 2GHBA 4NMYA 2XXIA 3ZKLA 2O68A 1H76A 3TAJA 1N84A 2ZMBA 4NF8A 3G3KA 4HW8A 1ZKBA 2QRYA 1ANFA 4X1BA 3A3CA 5TP9A 3W9VA 4EF1A 4EXLA 3SDFA 4RA1A 1TT1A 1FTOA 4ZE9A 4OETA 4YKJA 3FJMA 1QUKA 4F29A 4NWDA 4H5GA 1SYHA 5EHSA 4G4PA 4RNSA 4R73A 3TTMA 2ABHA 2UVJA 5I56A 1IEJA 5CBSA 2OK2A 3SERA 1N3WA 5CC2A 3O9PA 5DVJA 3FASA 4ONYA 4JBZA 4JSOA 3MJNA 4RK2A 2ALUA 1Z7ME 1B32A 4EQ7A 1MH4A 3GXAA 1J1NA 1B2HA 2VD3A 2DE2A 2I4BA 2HZKA 3TTKA 4H0WA 4MFIA 1DTZA 3IOTA 1QVSA 4F3PA 4IO5A 4QFKA 4DCXA 1SBPA 4BDNA 3N94A 1A7LA 5FHNA 2HEUA 1B5IA 5H8HB 3FIRA 3PMXA 4IO3A 5L9OA 2RKMA 3MPKA 3HV1A 2THIA 1Y1MA 2GRVA 4XKNA 1Q35A 1VFDA 1MY1A 1LLSA 2Y7PA 3F11A 5F7VA 2QL3A 1AH5A 2FNCA 3FUZA 1H45A 3CSGA 5ICQA 3T9VA 3THIA 1MY4A 1LBBA 3AXFA 3MW0A 3KZGA 4H65A 3OENA 5KZTA 3TKDA 1SW4A 4FATA 1Y9UA 4LONB 4PFTA 5JTYB 1XS5A 2GHAA 1XHYA 3BFUA 4QHQA 3S9EA 2V93A 1A54A 4JWYA 1FQDA 1PB7A 2NVUB 1LAXA 1SW5A 5IAIA 5ITPA 4POWA 2ZYMA 4IY5A 3GLBA 3PPRA 2V25A 3Q27A 4EF2A 3A3UA 2GFEA 2D5WA 3BKIB 1B40A 1NNPA 3QAXA 4KI0E 4FE8A 1LB9A 3GZGA 4F1YA 2HAUA 3TDJA 3ODBA 5CMBA 2P1SA 2H5YA 5ITOA 1OVTA 1RYOA 3MP6A 4F39A 2Z8DA 1NFTA 2DWAA 1L5TA 3OO7A 3MZ1A 3M3KA 5FHOA 4IGRA 3L6HA 2ZYNA 3B7DA 3V8XB 2B4MA 4HTGA 1TXFA 3CG1A 4GF8A 2OCUA 1LCTA 1IXIA 3PV0E 3RGYA 3OD7A 4R2FA 5H8NB 3IAZA 3RN8A 2DYXA 3ILTB 2KLFA 4ELOA 3SESA 3MPLA 3TCFA 2UVGA 1FTLA 2V3TA 2DVZA 4Z7EA 3DP4A 2P0SA 3IO4A 1B7HA 4ISUA 1PDAA 4ZZAA 3H06B 4JB7A 2Z22A 5LOMA 3IL1B 4RPOA 4BDQA 1US4A 4C1TA 2XX7A 2XHDA 2PT2A 3TTLA 3MC2A 3KOSA 2ONKE 2I58A 1IQ7A 5H8HA 3G7WA 3TCHA 5I2NA 1OIBA 1FQBA 4PFWA 1II5A 4N6PA 3SEYA 3K00A 1MG1A 4M4GA 4IO6A 4POXA 2XXWA 1PB8A 3IOUA 1B52A 4LQ2A 1YPNA 2I3VA 1GR2A 1JEUA 3UIFA 4QRZA 3VVDA 4R6YA 1PBQA 1FTJA 3U94A 4XTCQ 4U1ZA 1B4HA 3OO9A 4RY1A 2RC9A 3H6TA 3LSXA 1M5DA 2XXPA 1VSOA 1B5HA 4OMBA 1NNKA 2R71A 1IXCA 1JVYA 2H4IA 3OSRA 3CFLA 5FTIA 1PB9A 3KJ7A 1LAHE 4IGTA 2XD2A 2F6PA 4EUOA 3C32A 4LVQA 1B7UA 1FCKA 1B3EA 3VE1B 2WOPA 1I6QA 1SDXA 1I6BA 2PMSA 3E13X 3HHFA 2AYSA 3QXMA 3GBBA 1BP5A 4GFRA 4QF9A 3MP8A 3RYBA 1SW1A 3K0VA 1MY2A 1T0KA 4R74A 1MY0A 3FXQA 1S9TA 1B58A 1B6HA 2ANJA 3S9LC 1VE4A 1ZIUA 4GL0A 1N0TA 5M2VA 2A5TB 3MQ9A 4XKPA 4Z0IA 1SQYA 2NUVA 2FA7A 2UYEA 3DRHA 1MPDA 3TELA 2DWJA 2ESNA 3K6VA 1QULA 4F19A 5HBCA 5L9MA 1A99A 1Z7NE 4NE4A 4RK9A 5H8FA 1R9LA 2B4LA 5KDTB 4HS7A 2XXQA 2VOZA 5JEIA 1D3KA 3H03A 3IB2A 2O84X 3IR1A 1DSNA 4R6HA 4G68B 1YTVA 1UTBB 1FW0A 4OENA 2V3UA 3R7XA 1CE2A 3V83A 2E1SA 4YMAA 1FQCA 1MXXA 3H6VA 3RNNA 2F8DA 2I0CA 4FEBA 1US5A 4LUBA 5AE4A 1NNTA 4XIGQ 3U1OA 3RY3A 3OELA 1MQJA 1IUDA 3RYAA 1P1NA 5B70A 2OBGA 4M1VA 4N07A 3CRBA 3K6UA 3HPIA 4ELRA 1DMBA 4H1XA 1UTHB 2YLNA 2F5XA 3O6PA 4DXBA 3EQ1A 1VFEA 3VVEA 3MVWA 1LB8A 3FD3A 3UGWA 4P11A 3H6WA 3DRKA 4ZEIA 1EZ9A 2HZLA 1B1XA 2YJPA 3ZS6A 1FQEA 2I48A 2DXRA 3LSFB 2H98A 1NMUA 1JW1A 3U93A 2XX8A 2I4CA 4DXUA 1R1NA 4QSCA 3SEUA 5B7DA 4OEUA 5AA3A 3O2AA 1JETA 1IZ1A 1FTKA 3N5LA 5KCJA 2OWTA 3FVGA 3EHUA 3T22A 2RINA 3OMBA 2DVCA 1MXYA 1LFGA 4O3AA 3HN0A 4NF4A 5L9SA 3DRFA 5AA2B 1H3DA 4YKKA 2I6EA 3IJXB 3IJOB 1M5BA 1MXZA 2RC7A 3DRIA 4MH5A 4JDFA 3VLVA 1B0LA 3I6VA 4R72A 4DXCA 2Q2AA 2D3IA 4AB6A 1GGGA 4I8CA 4GXSB 4P0GA 3K01A 1MM6A 4TOZA 3FXRA 1YCJA 1MY3A 2O69A 3MWBA 5DT6A 4NF5A 1P1QA 2ONRA 2OWSA 5KDTA 4U1OA 3RUMA 3Q25A 1MXVA 5CMKA 4NWCA 5EHMA 2O7UA 1BKAA 3O28A 2H9BA 3VLWA 1ATGA 1UTBA 1EU8A 4YB5A 5I57A 4X48A 2F78A 4TLMB 3WAFA 2HQ0A 3TTNA 5F1QA 1JW4A 5I2KA 4F3SA 4BDOA 1Y3QA 4KYSA 4OWDA 1LGBC 3PUVE 5TPAB 3DP6A 4X1DA 3N6TA 3PGFA 1N3XA 3W9WA 3EHTA 3LUYA 4DIGA 1VR5A 4Q30B 1M5FA 4BDMA 5AA1A 3KEIA 4LZ8A 1XC1A 2I49A 3B6WA 3KN8A 2NOOA 3TMGA 2DQVA 4JXIA 1JQFA 4OYVA 3C33A 3N6UA 2RF1A 5FTHA 1JW5A 4ZDMA 4MLVA 3TQWA 4YU0A 3S9NC 3E3KA 1ELJA 1O7TA 1B3LA 1FQAA 1ZBMA 3K1MA 4E0WA 1AMFA 2VP1A 4LA9A 2Z23A 1D9VA 5J1DA 2REGA 2F7CA 3B6QA 4RPNA 1B46A 4OEVA 4IO4A 3L6GA 5CBRA 3OO6A 3CHGA 5DEXB 3O6HA 3PUXE 3V89B 4H6DA 2F7AA 3PPOA 3ZSFA 3IO6A 1NH7A 2GH9A 3KSXA 3IX1A 3LC8A 2M8CA 1TFAA 1EZOA 1QUJA 1LBCA 4QFPA 3LBSA 3OO8A 3C31A 4ELQA 5I59B 1TFDA 3R26A 3D4CA 3MVXA 3O29A 3SEVA 3TUSA 1XT8A 3WAEA 3EHSA 4QSDA 3B6TA 4GWOA 2Y84A 1A8EA 1NL5A 4KYEA 1QW0A 4C1UA 3DP8A 3H6UA 1URSA 1N7WA 4ECFA 4GD5A 3SEWA 2PYYA 5HPQA 3KOTA 4H5FA 4LZ5A 3IORA 4BLAA 4O3CA 1UIVA 2DP8A 2PT1A 3N26A 1ZMGA 2OJTA 3ILUB 4F1UA 4G68C 4PFYA 4XKQA 1I6AA 1O63A 4ND9A 3Q29A 2B65A 1MQHA 2VGQA 3H4ZA 3K6XA 3C4MA 2HCAA 5CMMA 3GBAA 4LQ5A 3VLUA 4IB2A 5TPAA 1AOVA 2X26A 5CMCA 1NH8A 5I58B 5JTYA 4Q8RA 4ZEFA 3LVUA 2CZLA 3RT8A 3JYRA 3U72A 3TYHA 4X9TA 2Q2CA 1SI1A 4OXVA 1UIUA 3K4UA 3QUFA 3PAMA 1N76A 4PE5B 3SETA 1Y1ZA 2REJA 3KJTA 4LZ7A 4IY6A 4F1VA 3T9XB 2PX1A 3K1NA 2V84A 4UA8A 1MQGA 2IA4A 3PUZE 1B5JA 4JWOA 4F22A 5TP9B 2Y7IA 4MF3A 3Q26A 5DVIA 5ELVA 3QYTA 3FXUA 3UK4A 4ZS9A 2O1MA 4DDDA 5DVFA 3G3FA 5EYFA 3T96B 3TTRA 5DEXA 1I69A 2XXVA 3P7IA 3IK6B 4IO2A 5H8NA 4I62A 2P2AA 2Q9TA 1LAFE 5I59A 2Z8FA 1R9QA 2QMXA 1P99A 2D21A 3MP1A 5BUUA 5A5XB 4GQOA 3T9HB 2OZZA 3K1PA 3IB1A 1JNFA 3O6GA 1PBPA 1WODA 3PUWE 4KYDA 1HSLA 1BTJA 1URDA 3FTOA 1URGA 1MM7A 4QFLA 4G8HA 1WVJA 4RJZA 2ZYKA 4WXJA 2NWJA 5K2YA 4GOTA 1OLAA 4ZE8A 5DTBA 1B9JA 3PD9A 3TZAA 3LSWA 2UVHA 4PETA 4NTLA 5K2XA 3EF7A 4U23A 3MAMA 3Q28A 3BBRA 4FIMA 4E0XA 2HXWA 1MDQA 4P0IA 1WDNA 3OSQA 4BDLA 1M5EA 3HHGA 4ESXA 1DTGA 3UP9A 2DWHA 3T93B 3FV2A 3E4RA 3RTFB 2ZNSA 3MBPA 4JWXA 3FJGA 1NNFA 5I58A 3CI8A 4IO7A 1HSJA 1OVBA 4U2RA 1B3HA 4YB7A 3DRGA 1JVXA 4MLQA 2QS2A 3K02A 3KSJA 1UQWA 4OESA 2ZYOA 1HSEA 3MVYA 3OEMA 5I84A 1USYE 4HCWA 4WKMA 2QPQA 1MPCA 1P1WA 3JZJA 3OEKA 4KCDA 2Y7RA 2BJJX 1QKBA 3PPPA 4F3BA 5AA4B 3JV9A 4YICA 4FECA 4BDRA 3ONMA 3C36A 4DE8A 2X7QA 3RPWA 2B3BA 4KFQA 1CB6A 2XXUA 2A5TA 2O1LA 2XXXA 3CSBA 4KD5A 4LP2B 1A40A 4Q0CA 1GTKA 3KBRA 4ELPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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