4XKRA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni-(l-his)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with ni(ii) and cddeltahis medium supernatant)
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
464
structure length
464
Chain Sequence
b'KDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
total genus 171
structure length 464
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkrA01
5F1QA 3UGWA 3O9PA 1OLAA 2QS1A 4FIMA 4G4PA 1Y3NA 1EZOA 2O1MA 2QS4A 2NOOA 4Q8RA 5AE4A 2H98A 1JNFA 4EXLA 3TEPA 3FXRA 4R74A 1JVXA 3PV0E 2UYEA 1YPNA 3K02A 3H3GA 2UVJA 3CHGA 2D21A 3OO6A 3RTFB 4YAHX 2OJTA 5FTHA 3PPRA 3S4UA 3TTMA 3MZ9A 5AA1A 4KYDA 5JK4A 3FZVA 5H8HB 3HO7A 4POWA 4ZEFA 4XKPA 3MWBA 4OHNA 1UTBB 4BDQA 4NF4A 3VVEA 3CIJA 1QVSA 4OETA 4GLIA 1MPCA 4IO3A 4EQBA 1ATGA 5I57B 5H8NA 1H45A 2DXYA 1MY1A 2UVHA 1IIWA 3MPLA 4FEBA 2CMOA 4G68C 3E13X 4ELRA 1H3DA 1ZLQA 3TTNA 3G3KA 5ITPA 2P2AA 3RPWA 1M5CA 3MVWA 3EHUA 1NL5A 1MQIA 3DRHA 5H8SA 4RJZA 5J1DA 5L8DA 4H0WA 1OLCA 1JW1A 1A99A 1ZTYA 3VVFA 3QYTA 4OTEA 4DXBA 3GLBA 1VE4A 2DSFA 2UYFA 2RC9A 1QKBA 5L9MA 2F6PA 3VLVA 1P99A 4YU0A 4Z7EA 3TODA 3G3HA 3PUZE 1FQAA 5DYHA 2RKMA 2ZNTA 4F29A 3H6WA 3L6HA 1QKAA 2R9JA 4QFPA 4GL0A 5AA4A 3C9HA 4KYEA 3S2VA 4I8CA 3B6TA 3SETA 1N3WA 1ZJLA 4G8NA 4OFLA 2F78A 1IZ1A 1B1XA 4X48A 1FQBA 2XHDA 2XXPA 1Y3PA 2O51A 1N84A 3BBRA 1LAXA 2QRYA 2QMWA 1MDP1 3WAFA 1R6ZA 2THIA 1D3KA 5CM6A 3GBAA 4LQ2A 2Q2AA 2RCAA 3TDJA 1P1OA 1MQGA 1ZMGA 4OVJA 1P1UA 4JSOA 1R1NA 4TLMB 3PGFA 1VR5A 3RTWB 3TCHA 2XXRA 3RT6B 4NF6B 2QJEA 1LFIA 2WKYA 4GIZA 1JW5A 2DYXA 5TPAA 3OELA 1SI1A 4XIGQ 3ECRA 2I0BA 3K4UA 2X7PA 2OBGA 2V25A 3D4CA 4MLVA 3KGCA 5KDTA 3Q29A 1B3GA 2VOZA 3FD3A 4ISUA 1MXYA 4LA9A 5ICTA 2B4MA 4R75A 3OD7A 3IJXB 5I58A 3CFXA 2BJJX 1AMFA 4MF3A 3S9LC 4DLDA 3N94A 3PMXA 5F7VA 3DP4A 4HW8A 4C0RA 5CMKA 4X9TA 3ILUB 1LB9A 2QS2A 2HXWA 4NF8A 2GH9A 3S9EA 1WVJA 3IORA 5DEXA 3QUFA 1FW0A 3PD8A 4IB2A 3T9XB 4DIGA 1RKMA 1QW0A 4N13A 4K3FA 3E4RA 3PMWA 4YZZA 3H6VA 3T93B 1FTMA 1SDXA 1GGGA 2H25A 4ZDMA 1POTA 2XX9A 2WOLA 1R9QA 3FXUA 4R6HA 2CZLA 1OMPA 3LVUA 4PE5B 1MXWA 2R6GE 1B7UA 4DE8A 3K1PA 1Y4TA 5ISUA 3IO6A 5L9SA 1JEVA 2H9BA 3FJMA 2KLFA 2HFBA 1SD3A 3H03A 1B9JA 1FQEA 3TTRA 2YJPA 4OXVA 1A55A 4OWDA 4E0WA 5H8HA 2O69A 1SYIA 2Q88A 3ZKLA 4DCYA 4R72A 1UTBA 4F18A 5FTIA 4QFLA 3LSXA 3RN8A 1PDAA 1BP5A 4IO5A 1RYOA 1FCKA 2DXRA 2RINA 3UK4A 3VLUA 5I57A 5ITOA 1FTKA 3LSLA 1MQDA 4KFQA 3PAMA 1USYH 3KSXA 1TFDA 2I6EA 2B65A 2QPQA 3B6WA 2WOKA 5H8QB 1DPPA 4ZE8A 1LCFA 4F2QA 3HSTA 2VGQA 4PQJA 4G77A 3U72A 2O7UA 4GXSB 4UA8A 2F97A 2I4CA 4GQOA 4QSDA 3KJTA 1OVTA 5AA4B 5H8FB 1SQYA 4FORA 4OEUA 4M1VA 3MAMA 3LBSA 1LFGA 4N6PA 3T22A 2RCBA 5FHMA 1MY3A 3CFLA 2AIXA 1I6AA 3KN8A 2V3TA 2Y84A 4LZ5A 2DVCA 3H4ZA 4MBPA 4UACA 1GV8A 1XVYA 3DP6A 2O1LA 1B6HA 3MW0A 4GFRA 3SEXA 4OFJA 1PB9A 2VHAA 3CG3A 2VD2A 4RNSA 3FASA 3TFLA 2XD2A 1IEJA 2F35A 4ZEBA 1NH8A 5B7DA 4H65A 1URGA 1MQJA 2ZNUA 4RA1A 4JDFA 3RT8A 1B58A 2Q8JA 2X7QA 3IR1A 5ICQA 1B0LA 2Y7RA 3V83A 2DOJA 4NEDA 2I58A 4NF6A 1SVXB 2YLNA 3B6QA 3M3FA 4G8MA 3OO7A 2OZZA 3TKDA 4LUBA 2V93A 4YKKA 4P0GA 4H67A 2ZNSA 4EF1A 3B7DA 2NWJA 4KPTA 5BUUA 1Q1KA 3FVGA 4DXCA 3C34A 4BDOA 3PU5A 2REJA 2H4IA 2DWAA 1JQFA 3E3KA 3SEUA 2NXOA 3UIFA 4QRZA 3C4MA 3K1MA 4BDNA 1Z7ME 4BDLA 1IITA 4JB7A 4R6YA 3I5OA 2HCAA 2OWTA 3V5AA 3FXQA 3H06B 4F22A 4H6DA 3MC2A 3IOVA 4THIA 3CFZA 5DVIA 1ZBMA 4YKPA 2PBWA 3MQ9A 2DP8A 2O7IA 4YB5A 4ELPA 2Q9TA 3H6UA 2GHAA 1TT1A 1B1HA 3MVXA 1IQ7A 4BLAA 3O29A 3CG1A 5KCJB 2M8CA 3QIMA 1FQCA 1EU8A 1EH3A 3ZSFA 2Q2CA 2WOPA 2D3IA 3SEYA 3IX1A 4JSDA 3P7IA 1ELJA 2REGA 2Z8FA 2GFEA 4NTLA 3G3GA 4GVOA 1PB7A 5KZTA 1XC1A 4LQ5A 1B3LA 3N5LA 3DP8A 3AXFA 1XVXA 5I2KB 1HSEA 2Z23A 3U92A 3KEIA 3EPEA 2Z22A 4KQPA 4LP2B 5H8QA 1H43A 2OK2A 1BLFA 2IA4A 3A09A 3IB1A 3TELA 3O6PA 4ELOA 1IXCA 5JEIA 3RYAA 1VSOA 1LB8A 1UTHB 4TLLB 3UA8A 5H8FA 3M3KA 1A54A 3OXNA 4C1UA 2HEUA 2ONRA 4DXUA 2DWIA 3FV2A 1MPBA 4G8HA 3S9MC 2QSXA 3QSLA 3G3FA 2UXAA 1ZU0A 2XX8A 3CRBA 3W9WA 4RYAA 1BTJA 4OENA 3A3CA 4ESWA 3TCGA 4Q0CA 3T9VA 5AA2A 3L6GA 1I6BA 4U1OA 4ND9A 2I4BA 2DE4A 1B3FA 2H5YA 1DMBA 4U1ZA 1MM7A 2RC7A 4EDPA 1II5A 3IOWA 4NE4A 3DRIA 2B4LA 1VFDA 4M4GA 4ZEIA 1WODA 1UIUA 1PBPA 3UN6A 2RF1A 4O3BA 3ILTB 2XXTA 2PT1A 1DTGA 2E0SA 3FGSA 1O63A 1MH3A 5ELVA 4EF2A 4FJPA 3MP8A 1S7YA 4AQ4A 1MG1A 2F34A 1SI0A 3K6XA 5CRYA 3MUQA 1US5A 1JVYA 1JW4A 4BDRA 3HPIA 4GL8A 1NKXA 4JWXA 3CSGA 4X1DA 1MY2A 4WEPA 1MDQA 1FQDA 2OCUA 4G68A 3MZ1A 3IOTA 1IXGA 3R7XA 1M5FA 1IXHA 2Z8EA 3FV1A 2V84A 3FJ7A 5DVFA 4OMBA 3K01A 1LFHA 1UQWA 1HSLA 3USDA 3C33A 1Y1MA 4X1BA 5LOMA 3THIA 1N7XA 2XXXA 3T66A 3JZJA 1MH4A 5FHNA 4QHQA 5K2XA 1SW4A 1POY1 4EQ9A 4RPOA 2RC8A 1D9YA 1PBQA 3K1NA 4R6KA 3TTKA 3FVKA 3OSQA 4H8JA 3OMBA 4LATA 3T9UA 3VXCA 3MJNA 1A8EA 3KBRA 5L9OA 1B4ZA 4YKJA 3LSWA 4OFOA 4JBZA 4O3CA 4EXKA 4DDDA 2DS9A 5KCJA 4I1DA 1B40A 4GRKA 5A5XB 4OQOA 1NNFA 3HHGA 1GTKA 1IXIA 4LZ8A 3MPKA 4JWOA 1B32A 1GVCA 1XOCA 3PD9A 4IGTA 5CI5A 4QSEA 4OESA 3TPAA 1A7LA 3O6HA 1D4NA 4R2BA 2ZYMA 3TUSA 5TU0A 1B5IA 4YB6A 4F3GA 5I2KA 4HCYA 5CMMA 4I9DA 3O66A 2ZXTA 3GXAA 3R6UA 5EHSA 3C35A 2X26A 1YAEA 4L17A 2QMXA 3VV5A 4YICA 4ZZEA 1MQHA 3U8QA 3EQ1A 2Q89A 3ZS6A 1USYE 4QFOA 4JWYA 1UTHA 3EN3A 3OO9A 2FNCA 3M8UA 4WXJA 3M3LA 3PPOA 1F9BA 1SBPA 2HAUA 5I56B 3TYHA 4HCWA 3SEWA 4G2ZA 5AA2B 4XKNA 2GHBA 4KR5A 4NWDA 4IY5A 1FTOA 2XXVA 4IGRA 4ZZAA 4KI0E 1YTVA 2O68A 2PT2A 3FTOA 1S50A 1MXXA 3Q26A 3TAJA 4GXAA 3SKPA 3IL1B 3RGYA 3VDFA 4RPNA 1QUJA 4IO7A 4IO2A 1P1NA 3SESA 3CR9A 4F1UA 4WEDA 2PYYA 4XKRA 3TCFA 3TQLA 3KN3A 3SDFA 3RYBA 4ZEDA 1M5BA 2ONKE 4KCDA 3BKIB 4IO4A 1MM6A 2F8DA 3VLWA 3FUZA 2YPNA 3QUJA 2XXHA 1OIBA 3I3VA 1PEBA 3I6VA 2E1SA 3PMVA 1XHYA 3RUMA 1LAGE 3C36A 2ZMBA 4H5FA 3KSJA 4F3PA 4GD5A 2VD3A 3O2AA 4PFWA 3F11A 3DRGA 2UVGA 3DLNA 5HBCA 1YCJA 2F7AA 1EZ9A 3OOAA 2A5SA 1Y3QA 1N3XA 2XXQA 3IO4A 1B2HA 4G68B 4POXA 1NH7A 4R9FA 4R73A 3VE1B 1URDA 4U22A 2ESNA 3VXBA 1NMUA 4HTGA 4F1VA 3MP1A 4I62A 1N76A 2D5WA 1P1QA 1OVBA 1NNPA 3GBBA 4F31B 1Z7NE 1SW2A 4PFUA 1LSTA 3T9HB 1L5TA 3OSRA 3KOSA 1US4A 3LC8A 4YKIA 5AA3A 2OLBA 4MLQA 5IKBA 1SW1A 4EUOA 3K6WA 4KYSA 3SERA 4PETA 2ANJA 4C1TA 1N0TA 2Z8DA 3Q25A 4P0IA 4F2OA 4NF5B 3MP6A 2Y7IA 5JTYB 3N26A 1MY4A 4RY1A 5CMCA 1BKAA 3ODBA 4ZEKA 1DOTA 3PUYE 3KZGA 1QUKA 1N7WA 3EF7A 1JEUA 1B0HA 2Y7PA 2DWJA 1SYHA 1WDNA 1A40A 5CBSA 2GRVA 3V89B 1B7HA 3IAZA 5CMBA 2I3VA 4U2RA 3DRFA 5TP9B 4LVQA 3A3UA 5K2YA 5BWJA 3TQWA 1NNKA 5I2NB 1DPEA 1B52A 4AB5A 1EZPA 4F19A 5A5XA 4F3SA 3QK6A 3K6VA 4R2FA 3QAXA 5I59B 2DE3A 1ANFA 2DVZA 1J1NA 1AL3A 1AH5A 5HM4B 3HCQA 1DSNA 4KCCA 3BFUA 3UP9A 5EHMA 1MRPA 1LLSA 4GF8A 3E9XA 3FIRA 1TWYA 1XT8A 1FTLA 3RY3A 3IOUA 2F5XA 1B7ZA 1LCTA 2XD3A 3DRKA 3O6GA 1B5HA 2R71A 3G3JA 4RK2A 1GR2A 3W15C 3ONMA 1LAHE 4DCXA 2HQ0A 2P0SA 2O84X 3OEMA 4IY6A 4QFNA 4H5GA 3FVOA 3TZAA 4E0XA 5I56A 4TOZA 4PFTA 2AL4A 3MVZA 2VP1A 3RNNA 1XS5A 4RXLA 4OERA 5IAIA 3MZBA 3QXMA 1TFAA 4Z0IA 1MS7A 3BFTA 2F7CA 4NWCA 1TXFA 2FA7A 3OO8A 3CVGA 2A5TB 3IK6B 4MFIA 1QULA 1M5EA 4U21A 4XKQA 4R9GA 4JXIA 1MXZA 5I84A 1CB6A 1KWHA 1I6QA 3OENA 3PUXE 1H76A 1O7TA 4OZ9A 1O64A 5HPQA 3K2DA 4ZS9A 1B3EA 3IJOB 2DE2A 3Q27A 1PC3A 3VVDA 3G7WA 3TTLA 1HSJA 4QSCA 1QUIA 1A8FA 3PPPA 3H7MA 2DWHA 2FYIA 1AOVA 3LR1A 2HAVA 3PUVE 3V8XB 1Y1ZA 1I69A 3PUWE 4P11A 2ONSA 1MXVA 2NVUB 4Q5TA 3N6UA 4GOTA 3RLFE 3DM0A 4WKMA 2G93A 5M2VA 3LUYA 2AYSA 4EQ7A 1H44A 4IO6A 3O6IA 3K0VA 1N04A 4NMYA 3U93A 3K6UA 4ECFA 4AB6A 1B3HA 1LBBA 2V3UA 2HZKA 2ABHA 3UORA 1M5DA 2ALUA 3IB2A 1B5JA 4QFKA 2Y7KA 1QJMA 2V3QA 3KOTA 2W7YA 3DELB 4XXUA 3C32A 5CBRA 1ZIUA 1B4HA 4NF5A 1B51A 5JTYA 3RQTA 2I3WA 3PPQA 4ZECA 4NF4B 2XXYA 5DT6A 2B3BA 2OWSA 1RYXA 1B46A 4ZE9A 3JV9A 4KHZE 5H8NB 4PP0A 3S9NC 3G3IA 2PX1A 4LONB 2F36A 4N07A 3LSFB 3FJGA 2F6GA 4U4XA 1LAFE 1P1WA 5TP9A 1OQGA 3VFJA 1NFTA 1IUDA 3DRJA 5I2NA 3OEKA 1BIYA 2I0CA 1DTZA 5EYFA 5B70A 1Y20A 3CI8A 2I48A 1SW5A 5I59A 3U1OA 4ONYA 2XXWA 1ZKBA 3CSBA 1CE2A 2G29A 3K00A 1B05A 3Q28A 3TMGA 2ZYOA 2XXIA 3KG2A 2NUVA 3O97A 2PVUA 2PMSA 3FATA 4ELQA 2QL3A 1OQHA 4MH5A 2I49A 3N6TA 5AA2D 4XTCQ 3SEVA 1UIVA 1MXUA 4HS7A 4RK9A 1MPDA 4TQUQ 4FEDA 4YMAA 3HHFA 3D4GA 3EHSA 1S9TA 1FQFA 4QF9A 1VFEA 2QS3A 4F3BA 1JETA 2ZYKA 5DTBA 3HN0A 1MY0A 4F39A 4FE8A 1Y9UA 3KJ7A 2H99A 1PB8A 3H6TA 2F7BA 4LZ7A 2IEEA 5CC2A 4DZ1A 4U23A 1LBCA 3W9VA 3KFMA 4PFYA 4H1XA 3MBPA 4YMBA 2XX7A 3ZKKA 4FATA 4ESXA 3PPNA 5TPAB 2ZYNA 4YB7A 3KN7A 4F1YA 2O6AA 2A5TA 4FECA 4OYVA 4O3AA 2B3FA 2LAOA 3JYRA 2DQVA 5KDTB 4OEVA 4KD5A 1D9VA 3GZGA 3C31A 3HV1A 4U4SA 5I58B 2P1SA 4BDMA 4GWOA 3U94A 1AIVA 1Y4CA 2AL5A 2XXUA 3MVYA 1URSA 1LGBC 3EHTA 4Q30B 1Q35A 3R26A 1NNTA 3O28A 4H8IA 4NF8B 2HZLA 4FAJA 5DEXB 1T0KA 3WAEA 1FTJA 3T96B 2Y7WA 5FHOA 3FVNA 5DVJA 2UVIA 3IB0A 1R9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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