4XKXA

Crystal structure of bace1 in complex with 2-aminooxazoline 3-azaxanthene inhibitor 28
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
387
structure length
363
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Development of 2-aminooxazoline 3-azaxanthenes as orally efficacious beta-secretase inhibitors for the potential treatment of Alzheimer's disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 363
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4xkxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4xkxA02
5IVRA 4Y3WA 5P5CA 1SMEA 5DR0A 5P8KA 3RTMA 1B5FB 1FIVA 4ACUA 3BGCA 5AH9A 2I4WA 4I8WA 2ER0E 2HB4A 3VG1A 3BUFA 2VIZA 2BPWA 1KJ4A 4B1DA 2QMPA 2JXRA 3S54A 5P51A 3INDA 3RVIA 1FB7A 1YM4A 3DCKA 5P6LA 4Y3YA 5KQZA 1BDRA 5KQFA 2WHHA 5P08A 5P8TA 4IVSA 1HSGA 3LIXA 1HVRA 1SH9A 4Y36A 4EYRA 5P0WA 2IEOA 4OBFA 3ZKMA 1XE6A 7HVPA 5P1IA 5KOQA 3INFA 3OAGA 2VA5A 3LZSA 3UDHA 4I0DA 3KMXA 5P1OA 4Z4XA 2QMFA 4BEKA 4Y4DA 3WSJA 5P19A 5P00A 3UCBA 5P06A 2I4QA 5HDZA 5P3KA 5OYYA 4Y4BA 4PZWA 1W6IA 1FKNA 3VF7A 1AM5A 3S45A 3OQKA 1T3RA 3KT5A 4QJ7A 2PC0A 2QZKA 4I0GA 2OHSA 2WKZA 2AIDA 2OHRA 3EKXA 5P5RA 2FMBA 1DPJA 3EKYA 3PB5A 4J1HA 4EXGA 5P61A 2WF0A 1B6KA 4EPJA 1HIHA 3PRSA 4GJDA 1EBWA 5P59A 3KF0A 4B78A 5OZLA 1IZHA 4COEA 4ACXA 4J5JA 2G94A 1KJHA 5P7GA 5P8GA 3MWSA 4Y58A 5IVQA 5P2AA 5P8BA 6APRE 4Y5NA 3TNEA 4ER1E 4DFGA 2QD8A 5P5YA 1IVPA 4Y57A 4J0TA 3SKFA 4L7HA 5P33A 5P27A 5P8NA 2IL2A 4Y47A 2G1YA 3ZPUA 4EXHA 4DQBA 4H3FA 5P4RA 3UF3A 3KDDA 2I0DA 5F00A 2FDDA 4J1IA 5SY3A 5OZZA 4J0PA 2ER6E 1T6EX 5COOA 2WEAA 2ZE1A 2FDPA 4DJVA 4JOOA 2ZHVA 3KM4A 5P2UA 1NSOA 3VFAA 2ZJIA 5DQ2A 2AVQA 3LIQA 3PWWA 3WZ7A 2WF1A 1WKRA 4DQEA 1YM2A 1HVCA 2Z54A 4RVIA 3KDBA 2BPVA 5P7CA 2QHYA 1BWAA 5P0XA 1EEDP 4CP7A 3FNSA 4B72A 1BILA 2IKUA 2RKFA 5P4MA 5P75A 4QJ9A 4I8ZA 3D20A 5HTZA 3VF3A 2AVOA 3GI5A 2B42A 3EL1A 2BB9A 3B80A 3L5CA 5OYUA 5P4LA 4NJTA 3FKTA 4FM7A 1MTRA 3LINA 1HTEA 5P1ZA 4ER2E 1PFZA 3I8WA 4CPSA 5EZZA 5P1EA 5P5UA 1M43A 4DJUA 4Q1YA 4CKUA 5P4VA 5P2SA 5P14A 1BVEA 4QGIA 4PHVA 2R3WA 3SABA 2B60A 1EBKC 1HOSA 4Y4EA 4Y41A 3I25A 1AXAA 2QNQA 3DUYA 2IS0A 5ISKA 5P04A 3PM4A 5P0PA 4DV9A 4FGXA 4Y3PA 4Y43A 2I0AA 4Y3DA 3SO9A 4DUSA 3BVBA 3LPKA 4FS4A 3UDRA 3SA3A 4XX4A 3TLHA 4D85A 4RROA 5P87A 5P32A 3NUJA 5P7YA 5E5KA 5P39A 1QBRA 5DR8A 2ASIA 1BV9A 2QD6A 4PPHA 5P4CA 4HA5A 3K5DA 4CPQA 1HPXA 2Q63A 1MRWA 3FX5A 5P67A 4EQ0A 4JP9A 1APVE 3DM6A 3VLBA 3LNKA 5P3FA 1ZJ7A 1GVTA 4DJYA 5OZ8A 3APPA 2HM1A 4Q5MA 3OXWA 2AOEA 5P4EA 5P1DA 3PEPA 5P3TA 3IAWA 3HVPA 1TZSA 4FE6A 3ZPTA 5P6BA 4Y38A 4DQHA 4A6CA 3O9AA 2P3DA 5OZXA 5P2IA 2R43A 3GI4A 4GJCA 5P1LA 3I6OA 1B6PA 3S85A 3QN8A 1APWE 5P1VA 1ZBGA 1B6LA 1AIDA 5P3HA 2IGYA 1FG8C 1MIQA 5E5JA 5P7XA 1HEGE 2I4XA 1HVKA 5P44A 4DQCA 5P3AA 3TL9A 5ER1E 1K6CA 2J9KA 1LF3A 2ZJKA 1LV1A 2FS4A 4YDFA 2PK5A 4XX3A 5P4BA 3K5FA 5OZ6A 1J71A 5P3YA 5P48A 5OYSA 5P6WA 1IDAA 3FV3A 2ZHSA 3EM3A 1XE5A 3L5EA 2O4KA 5P05A 1HTFA 3GGAA 5P26A 3S7LA 5P60A 2VA7A 5OYRA 2IDWA 3HAUA 4I11A 5OZHA 5OZ5A 5P6CA 1EPME 5P1JA 3R0WA 3BVAA 1MRXA 4Y37A 5OZ9A 1A94A 3ZKXA 1TCWA 1RQ9A 5P52A 3CMSA 4DI2A 2WJOA 2QZWA 4Y5LA 5P12A 3R1GB 3K4VA 5DR7A 5HU1A 3QP0A 3NYGA 2G21A 2QP8A 4FIVA 5P6RA 5P3NA 5SZ9A 4GJAA 3SACA 1FMUA 5P4KA 4LP9A 1Z8CA 3SM1A 2ZHTA 3QRVA 4GJ9A 1HVSA 3L59A 3PGIA 5P2RA 4ZIPA 4L7JA 5P3BA 3UQRA 4ZSMA 3G6ZA 1WBKA 3JW2A 4J54A 3ZOVA 2NMZA 1IBQA 2QI7A 3PWMA 5P3VA 1ENTE 5OZMA 1ZSFA 4CPWA 5P2LA 4FSEA 3BXRA 3O9EA 5P3DA 1LS5A 4Y4AA 3CKRA 4U7VA 5AH8A 4Y5GA 3TPPA 5P47A 1B5FA 4BFDA 3KN0A 1ODWA 5P8SA 3UDKA 3URIA 5P6HA 2Q15A 6UPJA 2CEMA 2J9JB 1M4HA 4B77A 3EL0A 4U8WA 4GMIA 3PVKA 4LAPA 5P43A 3UTLA 3R4BA 3IVHA 5P25A 4I0ZA 2PSVA 3CYWA 5ENMA 5P3OA 4Y53A 4RYCA 1HWRA 1QBUA 4D88A 1MT8A 4I0FA 2VNNA 5OZ3A 1KZKA 4ZPEA 2NXLA 3GGUA 2BBBA 3TOFA 4RCFA 2AODA 4OBZA 3GI0A 3O9LA 1U8GA 4XXSA 2QU3A 1UH8A 3OU4B 2Q11A 1DW6C 1FG6C 1XL2A 5P63A 4B1CA 5OZSA 4DPFA 5HE4A 4Q1XA 4GIDA 3BUGA 1UH7A 3NUOA 3VV7A 2OF0A 5P4DA 3MXEA 1FQXA 5P8MA 5P8AA 2VA6A 2I1AA 1HSIA 3BC4A 3LIVA 5P0EA 1G0VA 2HC0A 5P3IA 4BFBA 3OQFA 4PYVA 3KDCA 3SA5A 5P5IA 1N49A 2ZJJA 5BS4A 2P3CA 4J1FA 5P3JA 4DJPA 2P3BB 5OYTA 3R0YA 5OZTA 1XL5A 3FSMA 4DJWA 5P0HA 2BKTA 4YBIA 5IVSA 4R92A 3UDMA 1JLDA 5P22A 5J25A 2PSUA 3D1ZA 5BRYA 5P1GA 5OZNA 2HB2A 3OUDB 5P5KA 2G1NA 4NJUA 1AJVA 3TH9A 4K8SA 1GKTA 2VIEA 1BDLA 1K6TA 5P07A 2G20A 5P7VA 2JYSA 2JJIA 4LC7A 5OYXA 5OZUA 1NH0A 2V10C 3OWNA 5OZEA 4Y3NA 3SFCA 4NPTA 3R2FA 5P01A 5P13A 5P5BA 3OQDA 5P24A 5P5WA 1RV7A 1OEWA 4R91A 1G35A 1IZIA 4Y45A 5DR4A 3VYDA 3SA6A 1D4KA 5P8RA 1SDTA 4KE1A 5P36A 4APEA 4GJ7A 4ZPFA 3NR6A 3MXDA 2QK5A 1SP5A 5OYQA 3NLSA 3HBOA 3KA2A 4TRWA 3VFBA 3PSGA 5ENKA 4TRZA 3LPJA 3OTSA 4KUPA 3TKGA 1K2BA 4EP2A 2QI3A 4EJKA 2FNTA 1EPOE 5IS4A 1HPOA 3Q5HA 1HTRB 5P1QA 5P6ZA 3CKPA 3S43A 4Y5PA 3ER5E 3NU4A 4YCYA 5P3LA 5P8IA 3S8IA 3SAAA 4WTUA 5P85A 3Q3TA 2BPXA 4B1EA 3PLDA 4S1GA 3D91A 1MSMA 1W51A 5KOSA 1FMBA 3S56A 2UPJA 2G24A 2WECA 5P7EA 4CMSA 5P6OA 2B7FA 2V13A 5KAOA 4LHHA 5P7SA 1RNEA 2QU2A 5P4IA 4FAEA 5P69A 2G1RA 4F74A 3APRE 2FGUA 3SA9A 2OAHA 3ZPSA 1M0BA 3SLZA 4YA8A 1W5XA 4DJXA 5P1AA 3NDXA 2PWRA 4Y4ZA 5P8PA 4H1EA 1EBZA 3L38A 2I4UA 2NPHA 3ECGA 3KT2A 5P0TA 5P1XA 2G69A 2NNKA 2V16C 5P42A 1ZPAA 3OHHA 3KYRA 1WBMA 1K6VA 1KJFA 3VV8A 5P81A 3WZ8A 5CONA 3EKVA 3SM2A 5DGUA 5P0ZA 4J1KA 5P4FA 4Y3EA 1KJ7A 5I3YA 2OHLA 5P8FA 5P8UA 5AGZA 4I1CA 1FQ6A 2QI5A 3T7QA 3NU5A 3ZL7A 1FFFC 4MC6A 4J55A 3QRMA 4CPXA 2RKGA 5IE1A 5P7JA 5OZDA 1ZSRA 5AHBA 4Y3LA 1LYBB 4OBHA 3CIBA 1BVGA 5AH7A 4Y3XA 3UDJA 2H6SA 2BKSA 2P4JA 5OZOA 1K2CA 5FIVA 5P5MA 3PI5A 2G22A 2ER9E 3VF5A 4KB9A 5P7PA 4I0IA 3UPJA 4XKXA 5HVPA 4TRYA 1K6PA 1LZQA 1YTGA 4OBKA 3RSXA 5P0AA 4RCDA 3URLA 3MSLA 1UH9A 2Q5KA 5P49A 5P3QA 4RRNA 4M8YA 2G27A 4FRKA 3UQXA 3EL9A 2QI1A 2ZJMA 5P7BA 3T11A 1BV7A 3URJA 1IIQA 3S2OA 1YG9A 5P1KA 5P70A 2OHNA 5P7FA 5P29A 1PSNA 4Y3HA 3VEUA 5OZAA 4Y6MA 2BQVA 2AQUA 5P0CA 5P4OA 5P3SA 8HVPA 2VIYA 3Q4BA 4Y9WA 5P73A 3T6IA 4DPIA 1DP5A 1FFIC 3T3CA 5P38A 3OQAA 5P72A 5P5HA 4NJSA 4YBFA 3EBZA 3NSHA 4ZPGA 1T7IA 5P0KA 5P2QA 3FNUA 3QBFA 2QNPA 4OBDA 5P4HA 5P3ZA 2QI0A 5P8EA 2VJ6A 4JPEA 3VCMA 3IVIA 3UHLA 1FEJC 3MSJA 2QCIA 2HPFA 3OGPA 1D4HA 1YT9A 5T4SA 1SMRA 2J9JA 4LL3A 5HE7A 5P6GA 3TOGA 1MSNA 3QBHA 2PQZA 2R38A 1F7AA 1HTGA 3OK9A 3ZKGA 1SGZA 3ZMGA 2FXEA 3VSWA 3PCWA 3BRAA 4F76A 5P7WA 2OHPA 5P56A 5P2VA 3O9GA 1META 5P5DA 3AUPA 5P6FA 5B18A 2OHUA 1NPWA 1MPPA 5P0BA 2QI6A 5P57A 1XS7D 1GVUA 3QRSA 2IKOA 3OU4A 3OU3A 3N4LA 3UDYA 2BPZA 4ER4E 3DOXA 4J17A 1LYWB 5P5NA 3TKWA 4DJQA 3UQUA 3QS1A 4GYEA 4B0QA 1BBSA 2QMGA 5P23A 5SY2A 3S7MA 3BGBA 1NPAA 4R95A 3U71A 3DK1A 5KR1A 1ZLFA 2JE4A 2ZJLA 2HPEA 3NDUA 1E81E 4R93A 3L5DA 4YOAA 3OU1B 5DPZA 4Y4UA 1FQ8A 5P68A 2WF2A 3I7EA 4QJ6A 5P1YA 4YD6A 5P5PA 4L7GA 3F9QA 1KJGA 4FLGA 1W5YA 2VS2A 5P5SA 4PZXA 2PYNA 3OUBA 2P3BA 4YCKA 5OZ0A 3OGQA 4LXAA 2NTRA 4B70A 1W6HA 4Y5KA 3VV6A 4K4QA 5P58A 2PH6A 2EWYA 3O9IA 2HS2A 5P20A 5P2MA 3ST5A 5DR3A 1LEEA 2G1OA 5P4AA 5C9DA 5DQ4A 5OZIA 5P2CA 4TVGA 4QJ8A 4CPUA 5P8HA 5P6YA 2UY0A 3U7SA 4J1CA 1K1TA 2FXDA 2HAHA 2H6TA 4F75A 2QHCA 3IGBA 1F34A 5P7HA 3VYEA 4A4QA 4D83A 3SPKA 5P2NA 3GI6A 5P4TA 4Y5AA 1YTHA 3KFPA 4KE0A 2AVVA 5HCTA 5C9FA 5P5JA 2P3AA 5OZVA 5P0NA 1XN2A 4FRIA 3LPIA 4MC1A 4BELA 3O9HA 4YOBA 5P1CA 5P8LA 4DQFA 3TPJA 1PPLE 2APRA 3BHEA 1EPLE 4R5NA 2AOFA 1APTE 2A1EA 1AVFA 2BJUA 5KR2A 1SIPA 4APRE 1PPKE 1BXQA 4I10A 5P2JA 2QMDA 5OZJA 5ER2E 1HSHA 3QAAA 5P7AA 1HVJA 3CIDA 4HE9A 5HD0A 1PROA 5P6PA 4FM6A 4YD7A 5OZ4A 3UFNA 5I3WA 4DQGA 1ZAPA 4FM8A 5P6QA 3TPLA 4JPCA 1C6YA 5P0IA 3U6AA 3TOHA 3QIHA 5P6EA 3D1YA 1TCXA 1HPVA 3K5CA 5P0GA 4OBJA 5P3GA 3SA8A 3IXOA 5F01A 2R3TA 4HDPA 4H3GA 2R5QA 1IVQA 1IDBA 3PMYA 1ZP8A 1LYAB 3ER3E 5P1TA 5P10A 2AZ9A 4NJVA 5P40A 2NR6A 1YX9A 3EKPA 4EP3A 5P2YA 3OQ7A 3UQWA 1T7JA 1XDHA 3FNTA 2FLEA 4Y56A 4Y39A 3KFRA 3EKWA 4ZSRA 2OHKA 4Y48A 2F8GA 3TPRA 2AOHA 3OADB 2WEZA 5P53A 3UFLA 5OYWA 2XYEA 2Q55A 5P5VA 4RGHA 4RVJA 2AOCA 3NU6A 3H5BA 3UQPA 3ZKQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVR A;  4Y3W A;  5P5C A;  1SME A;  5DR0 A;  5P8K A;  3RTM A;  1B5F B;  1FIV A;  4ACU A;  3BGC A;  5AH9 A;  2I4W A;  4I8W A;  2ER0 E;  2HB4 A;  3VG1 A;  3BUF A;  2VIZ A;  2BPW A;  1KJ4 A;  4B1D A;  2QMP A;  2JXR A;  3S54 A;  5P51 A;  3IND A;  3RVI A;  1FB7 A;  1YM4 A;  3DCK A;  5P6L A;  4Y3Y A;  5KQZ A;  1BDR A;  5KQF A;  2WHH A;  5P08 A;  5P8T A;  4IVS A;  1HSG A;  3LIX A;  1HVR A;  1SH9 A;  4Y36 A;  4EYR A;  5P0W A;  2IEO A;  4OBF A;  3ZKM A;  1XE6 A;  7HVP A;  5P1I A;  5KOQ A;  3INF A;  3OAG A;  2VA5 A;  3LZS A;  3UDH A;  4I0D A;  3KMX A;  5P1O A;  4Z4X A;  2QMF A;  4BEK A;  4Y4D A;  3WSJ A;  5P19 A;  5P00 A;  3UCB A;  5P06 A;  2I4Q A;  5HDZ A;  5P3K A;  5OYY A;  4Y4B A;  4PZW A;  1W6I A;  1FKN A;  3VF7 A;  1AM5 A;  3S45 A;  3OQK A;  1T3R A;  3KT5 A;  4QJ7 A;  2PC0 A;  2QZK A;  4I0G A;  2OHS A;  2WKZ A;  2AID A;  2OHR A;  3EKX A;  5P5R A;  2FMB A;  1DPJ A;  3EKY A;  3PB5 A;  4J1H A;  4EXG A;  5P61 A;  2WF0 A;  1B6K A;  4EPJ A;  1HIH A;  3PRS A;  4GJD A;  1EBW A;  5P59 A;  3KF0 A;  4B78 A; 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 1ENT E;  5OZM A;  1ZSF A;  4CPW A;  5P2L A;  4FSE A;  3BXR A;  3O9E A;  5P3D A;  1LS5 A;  4Y4A A;  3CKR A;  4U7V A;  5AH8 A;  4Y5G A;  3TPP A;  5P47 A;  1B5F A;  4BFD A;  3KN0 A;  1ODW A;  5P8S A;  3UDK A;  3URI A;  5P6H A;  2Q15 A;  6UPJ A;  2CEM A;  2J9J B;  1M4H A;  4B77 A;  3EL0 A;  4U8W A;  4GMI A;  3PVK A;  4LAP A;  5P43 A;  3UTL A;  3R4B A;  3IVH A;  5P25 A;  4I0Z A;  2PSV A;  3CYW A;  5ENM A;  5P3O A;  4Y53 A;  4RYC A;  1HWR A;  1QBU A;  4D88 A;  1MT8 A;  4I0F A;  2VNN A;  5OZ3 A;  1KZK A;  4ZPE A;  2NXL A;  3GGU A;  2BBB A;  3TOF A;  4RCF A;  2AOD A;  4OBZ A;  3GI0 A;  3O9L A;  1U8G A;  4XXS A;  2QU3 A;  1UH8 A;  3OU4 B;  2Q11 A;  1DW6 C;  1FG6 C;  1XL2 A;  5P63 A;  4B1C A;  5OZS A;  4DPF A;  5HE4 A;  4Q1X A;  4GID A;  3BUG A;  1UH7 A;  3NUO A;  3VV7 A;  2OF0 A;  5P4D A;  3MXE A;  1FQX A;  5P8M A;  5P8A A;  2VA6 A;  2I1A A;  1HSI A;  3BC4 A;  3LIV A;  5P0E A;  1G0V A;  2HC0 A;  5P3I A;  4BFB A;  3OQF A;  4PYV A;  3KDC A;  3SA5 A;  5P5I A;  1N49 A;  2ZJJ A;  5BS4 A;  2P3C A;  4J1F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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