4XMIA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
657
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 192
structure length 657
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmiA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmiA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmiA02
3A0NA 1ZM1A 5H9QA 2WSUA 1LTEA 1C1LA 4YM1A 3AJYA 4FPHA 5E89A 5T5OA 5HCBA 1GNZA 4Y1XA 3WUCA 4AVVA 4K1IA 3MW3A 2JE9A 1Z4XA 3INAA 3TAYA 4LBJA 3V64A 2W52A 4QN5A 1CPNA 4TZDA 1DZQA 1ULDA 3T1EA 1INYA 4YGDA 4Z8BA 4XBNA 1SLIA 4FJ6A 5H9PA 1INFA 3W09A 1N1TA 1XQNA 2EF6A 2GMEA 4QNPA 2E53A 3VKOA 1CR7A 3APBA 3NV2A 3WV6A 3IKWA 2QWEA 1AVBA 1G86A 1VLNA 5DUUA 3WCRA 4GKYA 5F5QA 1KDMA 5IK5A 3FLTA 4WA4A 1LOAA 4NC5A 1EUUA 1RITA 1Z78A 2V73A 4B7JA 3RMXA 4JF7A 2AGSA 4BMEA 4CPMA 1DYPA 2P37A 2E6VA 4C1WA 5DUXA 1DLLA 1NMBN 3WNXA 1WW7A 1V3DA 2EXKA 4Q8LA 4PF5A 5DZEA 3WG3A 2HU0A 1FAYA 3B9CA 4IQPA 4FPJA 1KJRA 4MZAA 1QDCA 2PHTA 1GYKA 4MWJA 1LECA 4FOYA 1LEDA 2XZJA 4HZVA 2RHPA 1IKPA 4FPFA 4DQAA 2A3YA 5CA6A 4NOTA 4U36A 1S0CA 3IMNA 3VKNA 1KQRA 4MYEA 1Z4YA 5GLZA 3POSA 1GZWB 1XOEA 1Q8PA 2VSMA 4YW1A 2QWCA 4K1KA 1WD4A 2YDPA 3V0BA 4Y1YA 3CKZA 2PHUA 3N35A 4KS2A 3OBTA 5GJ6A 2GNDA 2BERA 4XIOA 1GV9A 2F10A 3ILFA 3B69A 1QOOA 3W58A 2YA4A 5E88A 1GBGA 4M4NA 2GNMA 1S0GA 1G9BA 1JYIA 1AJKA 1SBFA 2CTVA 1W1XA 1DQ2A 4K1ZA 1LGBA 2ZKNA 4P14A 3SH3A 2BZDA 1HDKA 1BJIA 1KITA 1DQ0A 2I2SA 1B09A 5AVAA 2D3PA 1V0ZA 3DUIA 3O0XA 2ZMKA 1E8VA 2DURA 2VH9A 4PBPA 4X47A 2VK6A 1V6NA 4LBKA 5HUNA 2DUQA 2G4IA 3AYAA 4KS5A 4GALA 1SBDA 3SANA 1A8DA 3K36A 4GJTA 2HT8A 2EXHA 3RRDA 3O0WA 1UAIA 2E51A 4K21A 4RA0A 4XJRA 4C1XA 2PELA 4XOGA 2QWGA 1FNYA 2ARBA 1Z4WA 2NYYA 4ASMB 4AGVA 4Q27A 2ES3A 3HR9A 2OUJA 4YG0A 3ZVXA 2WLQA 3QLQA 4MWWA 4PCRA 3TI3A 2EAKA 2PHXA 1WLCA 1WBLA 3BOPA 3KM5A 1JUIA 4YZ1A 1AX2A 1W8OA 5T5LA 2P3IA 1AZDA 4LBQD 1DIMA 2UWBA 2CMLA 1G8WA 2JECA 4YM3A 1CVNA 1S1AA 3A4UA 1LOGA 4MWUA 3OJBA 4YFZA 1AXKA 2ZGKA 3C2UA 2HTRA 1G7YA 1FYUA 3DGTA 1JHNA 4B7MA 1LOFA 1SLLA 1ULCA 4XDQA 3ZSLA 1G9CA 2R0FA 3AFKA 4MWQA 1A14N 1UMZA 2P3JA 5CB7A 2NM1A 4M3CB 4YGEA 3CL0A 3M3CA 1IVBA 4YG6A 1SBEA 2A3XA 2JDZA 4XJZA 1JOJA 3RG0A 3O9JA 1ZA4A 5KXEA 1DQ4A 1PZ9A 3NV3A 4J9TA 1VAVA 2C4AA 3T1LA 1FNZA 2JE7A 4FPKA 1W8NA 2Q5TA 4CRQA 4GZWA 3IPVB 2HT7A 3RQ0A 4RL7A 2GMPA 4XIKA 3GVKA 2ZMLA 3WDTA 4R9AA 1W6QA 1V3CA 3WOGA 2D6LX 1USRA 1CN1A 3R05A 3OY8A 4GWMA 5NN9A 3K38A 3PVNA 3AZWA 2DU0A 3T1MA 2P3KA 1AXZA 1X50A 1ULGA 1QNWA 1W6NA 5DZFA 3ZSJA 5DZGA 3H0OA 1WW6A 1FATA 4XYXA 5SV8A 4YW5A 2CWMA 5CAZA 2YA7A 4ZXKA 1IS3A 5BYNA 1Z50A 1EUTA 3WG1A 1IVGA 2VK5A 5T50A 4XJAA 1F31A 1NCBN 4XZPA 1WUVA 3USUB 3ILNA 4HZYA 4XMIA 1DFQA 5IK8A 3AYEA 4GZPA 1LHUA 2ZGPA 2VUAA 3ZYPA 1LHWA 4PQ9A 2QWAA 4YZ4A 4I00A 4ISQA 1V6JA 4LBOA 1OKQA 5JOWA 2F26A 3AZVA 3NN9A 2AENA 1V6KA 1INWA 3VKFC 1GSLA 1V6MA 5T54A 4Y22B 4FZHA 5HCFA 3NV1A 1VIWB 2HTUA 4YW4A 2HTYA 4M01A 1ENQA 2ZGMA 4M00A 2D3RA 3BEQA 2W5OA 1GICA 3H73A 3WVJA 2D6OX 1VAMA 2ERFA 4Y24A 2DWRA 3PVEA 1V0EA 4Q2FA 2KM2A 3ILRA 1S0IA 4XILA 1A4QA 1NNBA 4XJ8A 3SILA 1EUSA 3V0AA 4GZTA 3TICA 1LU1A 5T52A 3OPZA 1MZ6A 3FBYA 2EXJA 4CPYA 2CNAA 2DUPA 1INVA 3JU4A 2YZ4A 1NCDN 4XXPA 5GLVA 1A78A 1XOGA 2SBAA 1Q56A 1IVCA 4D69A 5JLVA 1WW5A 1URXA 3M3QA 2VSKA 2OUHA 3D4KA 3OYWB 3AP5A 3SH5A 3POYA 1LOCA 3ZSKA 1W6OA 2XG3A 2ZHKA 5JOZA 2B8HA 2HT5A 1YIFA 4UW6A 4YZ3A 4KBBA 4Q1PA 4KS4A 4BBWA 2ZB5A 3HMYA 1DGLA 2QWKA 4MJUA 1F8BA 2QWJA 1WD3A 1NN2A 3TI5A 2ENRA 4FP2A 4B7NA 2P2KA 1INHA 3N3HA 3FLRA 3SNMA 1YI7A 1S0JA 3AZYA 1FV3A 4W65A 1N1SA 3NSSA 4KS3A 4Q6KA 3WZ1A 1MS5A 4MJVA 1DBNA 1N3QA 1GZWA 2PHFA 4YFWA 1C57A 4ATEA 1S0EA 4HANA 3ZXFA 4HIZA 4SLIA 1BXHA 3ZYRA 1V00A 1UKGA 2ZHLA 2UWAA 1JXNA 3U4XA 3GVJA 4Y1UA 4BM8A 4HZXA 1AXYA 4GKXA 2WNEA 1V3BA 1NNAA 1H30A 1QOTA 2ZHNA 1IOAA 1S0DA 4FPGA 2OW4A 4Y20A 4L8QA 1S0BA 2VW1A 2CYFA 4B7RA 3M3EA 1MVEA 3LSDA 2W38A 1YO8A 4ISRA 3FUQA 1BJQA 4LBNA 4JCKA 4BLJA 4MWYA 4WVWA 2UWCA 2XZIA 1ENSA 1UZYA 3CL2A 4BQ1A 2JJ6A 1FV2A 2A6ZA 1B9VA 4XHXA 3WG2A 2A71A 4YW3A 3ZPYA 2BF6A 1A3KA 3V0BB 3AZXA 1AF9A 1Z0HA 1JYCA 3B01A 1F9KA 1ULEA 3AP9A 3OBRA 2XZKA 2TEPA 4BPZA 2AH2A 1CJPA 1SLBA 1QKQA 3I4IA 5H9SA 1SCRA 3D6EA 4FOVA 4WZFA 2VU9A 4QN6A 4M4UA 3ASIA 2ZZJA 4AYUA 4B7QA 4GA9A 3UJQA 4X6KA 5EYYA 3FUOA 1W6PA 1DQ6A 1GZ9A 4NCSA 4F83A 1U0AA 3WDVA 2DTYA 2WT0A 3AP7A 2WSVA 1UL9A 5GLWA 2ZGSA 1NLSA 4QN4A 2LALA 2AR6A 5KXDA 1MS9A 5JDBA 2WJSA 2A70A 4Q26A 2YA6A 4HZWA 4WEFA 2AUYA 2D6PA 1MS3A 1N3PA 2WT2A 1N1VA 3NWKA 2YDTA 2GNBA 1BQPA 1N3OA 5JMCA 3AYDA 3SISA 1CESA 2Z42A 3M3OA 3SALA 3I8TA 1GNHA 4FPEA 4NO4A 1F8CA 2X9MA 2ZGOA 3WHUA 1UPSA 5JOXA 2HYKA 1WW4A 3WUDA 5DG1A 4FPYA 1NSDA 3JU9A 5T5JA 1EURA 1LENA 4LBLA 1LHNA 2C9AA 1LOEA 3ZXEA 1QF3A 4M4VA 2ZGRA 2PHWA 1QGLA 3QCWA 2F29A 2QWFA 2V5YA 1G9DA 5T5PA 2ZAAA 4ITCA 5EWSA 1EPWA 4HZZA 1GKBA 1WBFA 2GDFA 4CPNA 4CZSA 4XJUA 2F24A 4FOQA 1UZZA 3TIAA 2R49A 1LOBA 2RKCA 1UN1A 5KXCA 2NMNA 2VXRA 3H6JA 3M1HA 4K1JA 1ENRA 3L2YA 3D11A 5HCAA 1BZWA 2DYCA 4LBQB 1Q8OA 2NN8A 1INGA 2QWBA 3N7MA 3IM0A 3RS6A 3T2TA 1G9AA 4M3CE 2CL2A 4K20A 4K1YA 2ZGTA 1B9SA 4R9DA 6NN9A 1W6MA 4DRVA 2QWIA 5GLUA 3AZZA 4UW4A 1W6QB 5HUGA 4FPLA 5FREA 5GALA 1USXA 4GZOA 4CPZA 4M3MA 3MEPA 3OY8B 2P34A 2DVGA 4OZXA 1NMAN 4MWVA 5DXDA 4FPOB 3A72A 5T55A 2VK7A 1W6NB 3W59A 4MWXA 1H9WA 2YV8A 5CNAA 4GXLA 1F8DA 2R16A 1QU0A 1V0FA 2VW2A 1D2SA 1UX6A 5F9TA 1MR5A 3AJZA 1WLWA 2GN7A 3R4UA 2QWDA 1MS1A 1DHKB 2AREA 1LCLA 2DVFA 3H72A 5B2DA 2DV9A 3VKLA 3PJQA 4H55A 2VVZA 5LK5A 3WHTA 3A71A 1PZ7A 2ZGNA 4FOWA 1KJLA 1INXA 4DGRA 3ALXA 4Y1VA 1Z4ZA 5KXBA 2ZABA 3OYWA 1JN2P 1DIWA 1NMCA 4CTEA 3ZSMA 2F0ZA 1V6IA 2DVDA 2C4LA 2EXIA 1IVFA 3SH4A 1Q8QA 2ZMNA 1BKZA 2F25A 3N36A 2D6NA 1RIRA 5B2CA 1IS5A 4DPNA 4CPOA 1IVDA 1D0HA 4HL0A 4CPLA 3V0AB 3AXDA 4DFSA 1GZCA 2EALA 4YG3A 1LGNA 3GNEA 3MPPG 1Q8VA 4Q1RA 2DUOA 1S0FA 1YRZA 3V65A 3R4SA 1YYNA 4BMBA 1V6OA 3JUUA 2D6MA 1F8EA 1GLHA 3AX4A 2F12A 3K3AA 1A4GA 1LEMA 3WDUA 2ZGQA 3AYCA 3VKMA 2F13A 3K39A 3LSEA 2QWHA 1J1TA 4YZ2A 1OQ1A 4I30A 4GDJA 4FVKA 1W6OB 1SACA 1NNCA 2JD4A 4XTPA 1Z4VA 1W0PA 1I1EA 1CIWA 2ZBJA 4XHBA 5DUWA 1VCUA 2A75A 2E7TA 5DUVA 4BLIA 4P9XA 4GB1A 5GZDA 1LGCA 4U2AA 2XCYA 4GZXA 2DTWA 3NV4A 5JOYA 4M3CF 1QOSA 1CQ9A 2NZ9A 2D7FA 4MWRA 1LESA 1LU2A 1SLTA 3H71A 2DU1A 5FRAA 4YM0A 2A6VA 2YY1A 4YW2A 1I3HA 2AEQA 2WQZC 5L73A 4YZ5A 1LHVA 3O0VA 4ATFA 2B7YA 5H9RA 3ENRA 3VUOA 5IT6A 1CONA 4WEGA 2UU8A 1JBCA 3TI4A 1QNYA 1L7GA 4YLZA 1N47A 2F11A 4Y1ZA 1SO7A 2AYHA 1N1YA 1LULA 1VALA 4AWDA 3RSJA 1O4YA 3HN1A 3TI6A 4K3YA 3N7JA 5IK7A 1WCSA 4MWLA 4DS0A 3IN9A 4Y20B 5EYXA 4KS1A 1V3EA 4GZQA 2H0BA 3B3QE 1R1ZA 2YA8A 4FPCA 5GLTA 1AX0A 2A6YA 1HQWA 5DG2A 4P9YA 2VY0A 5CBLA 1LODA 1V2IA 1OFSA 2DVAA 2ZA9A 1WCQA 5E8AA 4X49A 4WV8A 2VWDA 3O5SA 4K1HA 4XBLA 3WDWA 4AVSA 2GN3A 1DYKA 4XJ9A 3D5OA 5GZCA 1W20A 1YXWA 4YGCA 2LTNA 3TIBA 1AX1A 3O9KA 4GZSA 2ZACA 1JW6A 1E8TA 5HUKA 4GEZA 1C1FA 3WCSA 3WDYA 1LOFC 4AVTA 2ZGUA 3CYEA 2F27A 3FFZA 2XB6C 2NMOA 1G9FA 3POWA 1HKDA 5GM0A 2D44A 1LJ7A 2NP0A 1IKQA 2C5DA 2DVBA 4TYSA 5IUQA 2ARXA 4PBOA 2W68A 3AP4A 4R9CA 2A7AA 1SLCA 2GALA 4XXAA 2ZB6A 1PZ8A 4FQ4A 3PVOA 3WDXA 4XMAA 3GALA 3INBA 1MS8A 5GZFA 1NSBA 3SITA 3K37A 1NSCA 3A0KA 1W21A 3TB0A 5JYYA 4M3CA 1W6PB 4MX0A 1H9PA 4LBMA 3MW2A 4YM2A 2R0HA 5M1ZA 3ALWA 4XJWA 2YMZA 1SFYA 1KDKA 2HU4A 2ZGLA 4FP3A 1HLCA 1LHOA 3UJOA 3KQRA 1WLDA 4YGBA 1V6LA 2HTQA 1MACA 2YA5A 3BTAA 3IPVA 4Y26A 3ZXLA 4X4AA 1DQ5A 2W39A 1C4RA 1APNA 2D6KA 1DILA 1L7FA 3AK0A 2HTWA 4JRAA 4GDIA 5GZGA 4WA5A 1GANA 1CPMA 1F5FA 3ATGA 3BODA 1NCAN 2VW0A 1B9TA 2WKKA 2SILA 5EXOA 1BYHA 4WVVA 4R9BA 4QN3A 1Y7BA 4LBQA 2GNTA 4GWNA 2PHRA 4AGRA 2YROA 4MZEA 2FHRA 3B00A 2WT1A 2D43A 3WLUA 2BATA 3ZXKA 1RINA 4DRRA 4XBQA 3CNAA 3ZXJA 1AJOA 3AXEA 3O12A 2F28A 3B7EA 1MZ5A 1O4ZA 5IK4A 3D12A 1SCSA 2FMDA 3LCPA 3USUA 3AP6A 4UW3A 3GVLA 1IS4A 4XTMA 5HUMA 1SLAA 4D8SA 4AGGA 2OVUA 1ONAA 3FLPA 3BIWE 2CWSA 4XJQA 1MS0A 3M2MA 2W08A 1MWEA 2JKBA 4FQZA 2R1DA 2A3WA 2E7QA 3SLIA 2A6WA 3PMEA 1QDOA 4QN7A 3OGGA 4NN9A 2SIMA 3Q9OA 4XE9A 5HX0A 3RMYA 1HQLA 4Y22A 3UL2A 2AEPA 2W5NA 4P9WA 4Q8KA 1VCJA 1FX5A 2SLIA 1ULFA 4MC7A 2CY6A 4WA3A 3N7LA 5GZEA 1SNTA 1Q8SA 4UF7A 2EIGA 1NCCN 3UK9A 2A5ZA 2W20A 1KRIA 1W6MB 1QMJA 3MW4A 1MVQA 3TI8A 4UW5A 2YXSA 3N7KA 4H53A 3VV1A 4H52A 2D3SA 7NN9A 4FVVA 1TEIA 4JC1A 5JVVA 1IVEA 1NXD1 2A6XA 1DQ1A 2R1BA 2BQPA 4ZKTB 2HTVA 2ZHMA 2UURA 1IS6A 2GMMA 4BOWA 1E8UA 1MS4A 3WG4A 1L7HA 1W0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A45A 2ZEXA 4NAOA 2G19A 2VZSA 3A0NA 3MYXA 1ZM1A 5H9QA 1O3QA 2V4VA 4HKLA 1VJ2A 3TBDA 5C8CA 2WSUA 3CL1A 5C4WB 3ZMOA 1LTEA 5JXIA 2VNRA 1C1LA 3DPRA 3AJYA 4UXAA 4YM1A 4D6QA 4FPHA 2K0GA 5E89A 4CP9A 4LITA 3HNYM 5T5OA 4LHSA 5HCBA 3FHQA 1NKGA 3AMHA 5D8AA 2Y0IA 1OH4A 3EQEA 5FYSA 1GNZA 1RJ7A 2JDUA 1WCKA 2E31A 2IXHA 2J1TA 1TMF2 2EICA 2QUOA 4NVPA 4ZGCA 2VZ3A 3ITQA 5FP8A 2XHNA 4Y1XA 3WUCA 3NJYA 4AVVA 4K1IA 3MW3A 1AR81 2JE9A 4XFGA 1PVC2 3U75A 3RJRA 3OOXA 4UFHA 2GH8A 3BTXA 2Y64A 1Z4XA 3P5BL 3INAA 2RJKA 3CF6E 1NLRA 3TAYA 2JEMA 4AHYA 3I59B 4LBJA 3V64A 4Q4X1 5FZOB 2W52A 5KHIA 2FPBA 3GF6A 3MUY1 5KC5A 4QN5A 1V9U3 4LXLA 4ZPIA 4LMFA 1CPNA 2J1UA 2JG8B 2HWC2 4N9HA 4TZDA 4A44A 1DZQA 1ULDA 2Y34A 5EQUA 4UFKA 1JODA 3MFCA 3UYJA 3T1EA 1INYA 1AR62 4E8DA 4YGDA 3VBSC 1ND3A 4Z8BA 4XBNA 2OYZA 1SLIA 4D52B 1GQPA 1PMHX 3G4EA 4FJ6A 2XJQA 4LUKA 5H9PA 4BQWA 2ORZA 1J3PA 1INFA 3HPNA 3VB9A 3OD0A 5A3LA 5EX7A 3W09A 1N1TA 2XHKA 5KHHA 5DAVA 3VBOC 2UYAA 3VBRC 1YFYA 5JZGC 2WQ4A 1XQNA 4QX7A 2IXKA 1XU2A 3VDBA 4QDQA 3BTYA 3WNKA 2EF6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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