The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
235
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sequence length |
598
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structure length |
594
|
Chain Sequence |
DPDQFRAIIESPEGAGHVGYQYRRNTGSTMRMVSDVLDERVSLWDFHCDPSGNVIQPGPNVDSRQYLQAAIDYVSSNGGGTITIPAGYTWYLGSYGVGGIAGHSGIIQLRSNVNLNIEGRIHLSPFFDLKPFQVFVGFDNGDPASSGNLENCHIYGHGVVDFGGYEFGASSQLRNGVAFGRSYNCSVTGITFQNGDVTWAITLGWNGYGSNCYVRKCRFINLVNSSVNADHSTVYVNCPYSGVESCYFSMSSSFARNIACSVQLHQHDTFYRGSTVNGYCRGAYVVMHAAEAAGAGSYAYNMQVENNIAVIYGQFVILGSDVTATVSGHLNDVIVSGNIVSIGERAAFSAPFGAFIDIGPNVQDIQRVLVTGNSFYAPANITDSAAITLRANLNGCTFIANNFDCRYMVYNAPGTTSPVVQNLVWDKSNVIGGTHANQRAGQNLFDMQFASVVNSTIEVQLSCEDLSMFSCILFPASCQLSYSKITVDSAWTKSMSNTAVFEGNQQAGANVYVSYPATVNLTSYNTQGAVPFFSTDTNYAWVTSAYSLSINENLDFSPPATYTNKANGQLVGVGYNEIGGVRSVSVRLMLQRQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Enthalpic cost of water removal from a hydrophobic glucose binding cavity on HK620 tailspike protein.
rcsb |
molecule tags |
Viral protein
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source organism |
Enterobacteria phage hk620
|
molecule keywords |
Tail spike protein
|
total genus |
235
|
structure length |
594
|
sequence length |
598
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2015-01-19 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF18781 | Phage_spike_2 | Phage spike trimer |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OJ6 A; 1DBG A; 4XOP A; 2Z8G A; 3LMW A; 2VJI A; 2UVF A; 1JRG A; 4URR A; 2BSP A; 3EQO A; 1O8I A; 2NTB A; 4HWV A; 4XLF A; 4XLC A; 2NT6 A; 4OZY A; 1VBL A; 2IQ7 A; 2X3H A; 1OFL A; 4XLE A; 3VSV A; 4YZX A; 4YEL A; 4EW9 A; 2PYG A; 1CZF A; 4W8T A; 2O17 A; 1PLU A; 1KCC A; 3SUC A; 2QX3 A; 4XKV A; 1WMR A; 4W8Q A; 1DBO A; 4YZA A; 4OJO A; 3ZSC A; 4XR6 A; 4XOT A; 1KTW A; 4YEJ A; 2VBM A; 2VBE A; 4U49 A; 4XL9 A; 1IB4 A; 2O0W A; 2ODL A; 4PMH A; 4MXN A; 2VBK A; 4Z05 A; 3FY3 A; 1O8G A; 1X0C A; 2NST A; 3GQ7 A; 1NHC A; 2X6X A; 1QJV A; 3KRG A; 2QY1 A; 4OJ5 A; 4XMY A; 1O8M A; 1GQ8 A; 2O1D A; 2NZM A; 1O8D A; 4OJP A; 4OZZ A; 4W8S A; 4YZ0 A; 4U4B A; 3ZPP A; 2PEC A; 3JUR A; 1AIR A; 2INV A; 4NK8 A; 4XN0 A; 2O04 A; 3B90 A; 4XN3 A; 1BHE A; 3VMW A; 1O8L A; 2X6Y A; 1RMG A; 3B8Y A; 3VSU A; 1BN8 A; 1O8K A; 4XQF A; 1JTA A; 4W8R A; 2PYH A; 1OOC A; 4XLA A; 3VST A; 4XKW A; 1OGO X; 3EQN A; 2X85 A; 1H80 A; 1IDJ A; 1QCX A; 1O8F A; 1RU4 A; 3WWG A; 4Z06 A; 1PXZ A; 2UVE A; 3VMV A; 2EWE A; 2X6W A; 1K5C A; 1HG8 A; 3GQ9 A; 5C1E A; 3GQ8 A; 4XON A; 1EE6 A; 4OJL A; 1KCD A; 3GRH A; 4AVZ A; 1O8E A; 4YZQ A; 1XG2 A; 4XM3 A; 2NTQ A; 2O0V A; 2INU A; 4XOR A; 3GQA A; 1OGM X; 1IDK A; 4I84 A; 4Z03 A; 1O8J A; 4XNF A; 2NSP A; 1OFM A; 1IA5 A; 3T9G A; 4NK6 A; 4MR0 A; 5AMV A; 1PE9 A; 2VJJ A; 1O88 A; 2QXZ A; 2NTP A; 5C1C A; 4XLH A; 4C2L A; 2NT9 A; 3UW0 A; 3B4N A; 1RWR A; 1O8H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DBG A; 3VSL A; 1HKT A; 2M45 A; 2CG4 A; 1JRG A; 1I8D A; 2EFP A; 4WZT A; 1WCM J; 1XCB A; 3RDI A; 2LF8 A; 3SZT A; 1Z6T A; 4XSZ F; 3F8B A; 1IZ1 A; 2J5P A; 2B0L A; 3SDB A; 3VSV A; 4YII A; 3CCS B; 4PZJ A; 2DET A; 2HR3 A; 2CW0 F; 2QEX I; 2CMP A; 1BLI A; 3E5U A; 3MCA A; 2ZXW H; 2Y9Y A; 4BXF A; 1AWC A; 2ZNZ A; 2VAS A; 4HV5 A; 2EZL A; 2Z33 A; 3ZSC A; 5EZG A; 1AIP A; 3SEZ A; 3NAW A; 4UV9 A; 1K8A D; 2NS0 A; 4U87 A; 2W1O A; 2X0K A; 2KIM A; 3H5N A; 1R7J A; 1X3W B; 3LA7 A; 1U0J A; 4IHS A; 1WGX A; 2W48 A; 3V8J A; 3S2H J; 5M3F J; 2HDC A; 4XL9 A; 2ELJ A; 3RKW A; 4UB6 C; 1VI0 A; 5DDG A; 2R6H A; 1X2M A; 1I27 A; 2HVS A; 2UV1 A; 1MBG A; 2PJR A; 3G71 I; 2GK7 A; 2EA4 A; 1FDR A; 2R4G A; 1HLV A; 2ICW G; 4FE4 A; 2L9V A; 3CUQ B; 2YU3 A; 3PUB A; 3S93 A; 3VDX A; 3TH0 A; 2KRC A; 4CYC B; 3RI4 A; 2H1L A; 2STT A; 4X7D A; 3IKT A; 3I53 A; 5FKO A; 1QZY A; 1GLN A; 2XKO A; 3R0J A; 1O8D A; 3TBI A; 1LKX A; 2K9N A; 3H9N A; 4U4B A; 3FX3 A; 3OYB A; 1VQO B; 5BOX A; 3CD6 B; 5L3B A; 1VQ5 B; 3HC7 A; 4E7L A; 1MBK A; 2MLG A; 5E8I A; 3ISX A; 1ETX A; 5K5Q A; 3TP0 A; 5FA6 A; 2P5L C; 1YO5 C; 2K4B A; 1BN8 A; 5GTI C; 2DK8 A; 4LJZ F; 2AHO A; 2JDI A; 4Z4W A; 1K6O A; 3PJR A; 4DNR B; 3FHZ A; 4A3C J; 1QCX A; 1SAN A; 4A3B J; 3WWG A; 2OK7 A; 2Y0M A; 1YX5 A; 2UVE A; 1IHM A; 2R93 J; 3H36 A; 1UD2 A; 2LRE A; 1ZH5 A; 1N07 A; 5E1X A; 4B3A A; 3BZ6 A; 1V54 H; 1ERD A; 1FOX A; 1I1G A; 3CC7 I; 3WOD F; 4BJ5 C; 1T2K A; 1TVC A; 4XOR A; 3BR5 A; 2ZFW A; 3K1M A; 2QMU A; 4G1B A; 5IYQ A; 1IDK A; 2XGX A; 2YS9 A; 2XB0 X; 1HC8 A; 2R9V A; 4DGW B; 1BC7 C; 4BXX J; 2K86 A; 4M9S A; 2IW5 A; 2RNJ A; 4LD5 A; 3RKX A; 3ISP A; 3HOS A; 3Q0U A; 3T53 B; 4OPO A; 5FJ8 J; 1IGN A; 2QCO A; 3IWF A; 4BJ6 C; 3P5J A; 2IAI A; 3FKI J; 1K78 B; 4UNO A; 3B4N A; 2GQQ A; 1ZG3 A; 4C3J J; 5F0H A; 3CLO A; 2Z5U A; 4D7N A; 5CYV A; 2DI3 A; 3DBR B; 1QPM A; 5FGM A; 5EEA A; 1YRN B; 1LB2 A; 5IYD J; 1EP1 B; 4XLP F; 2VKV A; 1V0E A; 3VYU B; 3JRE A; 3EQO A; 3SJM A; 2GJR A; 2JA7 J; 4BQQ A; 3T1B A; 4V2F A; 2DYR H; 3R6K A; 2RVC A; 2W7N A; 1I5Z A; 2QZ8 A; 4IZZ A; 4H0E A; 4AIJ A; 3I4N J; 4MQ9 F; 2W6I A; 1DGR M; 5BS6 A; 2PYG A; 1DAR A; 2ESH A; 2VFN A; 3J7A O; 5IT9 K; 3OIP A; 1VHO A; 1KU3 A; 2CW5 A; 2B7B A; 5F4J A; 4P25 A; 4M74 A; 4WZE A; 1WI9 A; 4IRH A; 2W24 A; 4GO1 A; 4XR6 A; 2GQF A; 3ABM H; 2NVQ J; 1W4M A; 3VWB A; 3NE5 B; 1UHW A; 3PET A; 3WTZ A; 3H9Q A; 4WWV A; 3GTJ J; 3AVY A; 4U49 A; 3GYH X; 2PI0 A; 3Q9S A; 1TLH B; 4XRS G; 5HZA A; 2OAZ A; 1JT6 A; 3QQA A; 1U3E M; 1TBX A; 2JIZ A; 4XLN F; 2EJR A; 1FMW A; 5DYM A; 1ZRC A; 4BEH A; 2FML A; 3AG4 H; 2JTV A; 3VO1 A; 4BNC A; 3KZI C; 2NST A; 3G05 A; 3HRT A; 1NK2 P; 4L0Y B; 2XF7 A; 2KP6 A; 4ZYG A; 1HF0 A; 2PMU A; 4E7K A; 3ERM A; 3ASO H; 3FM5 A; 1S29 A; 2CUJ A; 2COB A; 2O5R A; 4IHX A; 4TT3 A; 2Y48 A; 2QY1 A; 2YSR A; 2LY2 A; 2PE3 A; 4Z4U A; 1GQ8 A; 5LRS A; 3HDD A; 2P5K A; 1Y0Y A; 2KDO A; 2QTL A; 1WFX A; 2NVT J; 3QSY A; 2CJJ A; 5FIU A; 1Z0X A; 2XAU A; 3MZY A; 3GFI A; 1Y8Q B; 1U5T B; 2EIJ H; 3FK6 A; 2ME6 A; 1IJF A; 2F1L A; 2I8D A; 3D5L A; 1PUE E; 3HKZ A; 1E1Q A; 3SQN A; 5ILU A; 1CQX A; 3DTK A; 3JRD A; 1O8L A; 2X6Y A; 1R1T A; 5B1A H; 2I1L A; 3W2W A; 2HKO A; 2QLZ A; 1R23 A; 1O3R A; 1VQO I; 3CD6 I; 2CF4 A; 2WJV A; 2CFO A; 5KAF C; 1W5C C; 1VQ5 I; 2DIE A; 4QUZ A; 1OOC A; 2KT0 A; 4IPA A; 1AOY A; 4DBR A; 1IDJ A; 2X53 S; 4LIT A; 2OZ6 A; 3QPL A; 1BX0 A; 1P4W A; 4MYU A; 4LB6 B; 4GXO A; 1TYV A; 5K1Y A; 4G7X A; 4YHB A; 4KIG A; 3O6B B; 1K7A A; 4RCZ A; 5H5J A; 4MFD A; 3BOQ A; 4A3L J; 3OYG A; 3QYE A; 3CCV B; 3CDI A; 3S8P A; 1ON1 A; 3RYR A; 1JT0 A; 1TYU A; 2ESN A; 1UG2 A; 1FP2 A; 1HDP A; 3LSM A; 5DCM B; 9ANT A; 4LIV A; 3GTO J; 1IDZ A; 4LBZ A; 4I0B A; 3H3U A; 4WCG A; 3BQZ A; 3GCM A; 2WTE A; 4QLC U; 2IS4 A; 3QYB A; 1ITY A; 1B6A A; 4ZTF A; 1MDM B; 1A5J A; 1ZK8 A; 3MKL A; 1JHF A; 2CUZ A; 4U0W A; 2HLD A; 2QGG A; 4B43 A; 1K4T A; 2UXN A; 1LE8 A; 4HOB A; 2C2W A; 3C2B A; 4A0X A; 1K4S A; 1I7P A; 2DJN A; 1MMS A; 3RPU A; 5JLW A; 2E1M C; 1W0J A; 2E7W A; 1YI2 B; 5HOD A; 1E3P A; 3H09 A; 2R7Q A; 2CRG A; 1MMD A; 4P9F A; 4KYW A; 3F6O A; 3QPS A; 1N8R D; 3UNG C; 1OR7 A; 3BR0 A; 3BPX A; 2ISY A; 2BE5 F; 3CP2 A; 4B1R A; 4FIS A; 5F27 A; 1V3F A; 2EB7 A; 3V8K A; 1KMH A; 5IP6 A; 1P92 A; 1MW7 A; 5LGN A; 2D45 A; 2H6C A; 1YJ9 B; 1X3Z B; 2ZSH B; 4DOZ A; 3JR9 A; 1LPQ A; 1X3U A; 3L00 A; 3SZE A; 4GRI A; 3CPX A; 1DU6 A; 3CCE B; 2Z9O A; 1QZZ A; 2A3S A; 3CO6 C; 2G0E A; 3I71 A; 2DLL A; 2DFF A; 1HST A; 3AG3 H; 1V55 H; 2XPV A; 3QWL A; 3NWT A; 1IAW A; 4C3I J; 1NTC A; 4W8T A; 1LFB A; 3IV5 A; 1BBY A; 2GJK A; 3WY9 A; 2FE3 A; 3ZRG A; 4Z6Y A; 3EUH A; 2DAO A; 1O3S A; 1EFC A; 1HDD C; 3PUF A; 4RAZ A; 3WNC A; 1S72 I; 3DCF A; 3SYJ A; 4PC7 A; 5THX A; 1OLT A; 3UR3 C; 2ZL7 A; 1KTW A; 3A35 A; 3PQJ A; 4A6E A; 1UFM A; 4A3G J; 3LSP A; 2F5E A; 2XRN A; 4OMY A; 1JHH A; 4ZZD A; 4AIK A; 1HW2 A; 4CDG A; 3ABT A; 1G6N A; 1ELO A; 2Y0S N; 1FNN A; 2UUZ A; 1J9Z A; 3CW2 A; 3SY2 A; 1TP4 A; 4RDK A; 4Q47 A; 4H4K C; 1F20 A; 3HGY A; 1RUN A; 1YLF A; 1QX4 A; 2FD5 A; 3RPQ A; 1VQP I; 1YHQ B; 3HG9 A; 2RKH A; 3G2B A; 4JQF A; 1ACI A; 3AL0 C; 5HNF A; 1KON A; 4AD9 A; 1KU2 A; 4W8S A; 2DA3 A; 1YW8 A; 2JWT A; 4Q4Z F; 2QVO A; 1GVH A; 2Y2Z A; 2Q8K A; 2XIG A; 1Z77 A; 1QRY A; 1S8N A; 1XC5 A; 3GFM A; 4LG0 A; 2DFE A; 4UUV A; 3I4P A; 1SM4 A; 1BHE A; 1ZG1 A; 2FU4 A; 2AXT C; 4LC0 A; 4FX0 A; 4HX4 A; 3WTS C; 3SZP A; 3AGP A; 3VYR B; 2JPC A; 4RD3 A; 3Q6Q A; 2VPR A; 3FZV A; 3OW2 B; 4B8X A; 4ESF A; 3PSI A; 5J6X A; 2DW4 A; 5IYP A; 3W2H A; 2ZNY A; 1CLW A; 1Z9C A; 3DKY A; 1LEB A; 2YWH A; 2KIQ A; 1M1E B; 2QKM B; 3K4B A; 4OOS A; 4U7B A; 5ICC A; 2NNY A; 3HOY J; 2BM5 A; 1N75 A; 4NCN A; 4Y15 A; 4Z4S A; 2JMW A; 1UZC A; 4Y9U A; 1LDJ A; 2EIK H; 2ZBU A; 3O8G A; 2YX7 A; 4A69 C; 2XOK A; 3K2A A; 2COM A; 4X7C A; 1XQB A; 4KKS A; 4RCY A; 3TMO A; 4CCM A; 1NG7 A; 2HOE A; 2VBW A; 3CCV I; 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3N4M A; 1Y56 A; 4Q48 A; 3HSF A; 3R61 A; 5LGT A; 3GZN B; 4LK1 F; 3AST A; 1QRC A; 2K02 A; 2B0R A; 3PIP F; 2XGE A; 3JQP A; 3ONY A; 1WPC A; 5HOO A; 3R6J A; 3FXK A; 2QA4 B; 1VQ8 B; 1O8M A; 2EQR A; 4I01 A; 3L2R A; 5FKM A; 3ESW B; 5FKL A; 3L9F A; 2RV8 A; 1WSV A; 4JMQ A; 1W87 A; 1Q82 D; 3FF5 A; 2M5W A; 1X1A A; 3ZPP A; 2ZL5 A; 2XHK A; 2F48 A; 2HYG D; 2XRO A; 3JRC A; 4NUB A; 1JA0 A; 4GQN A; 5HLT A; 1ZRD A; 1FYL A; 1RRJ A; 2ECB A; 2BZT A; 1GT0 C; 3AFH A; 5EF6 A; 1WU8 A; 3JW4 A; 1EKE A; 2E36 A; 2M8G X; 3BCB A; 2HNH A; 3F3X A; 5HS8 A; 2HPM A; 3S1Q J; 3VSU A; 5IYB J; 1J59 A; 2F4N A; 3F8M A; 1P7I A; 3H35 A; 2I5U A; 2XZO A; 1OB2 A; 1KK2 A; 2DOA A; 4I98 B; 4I0A A; 4L9J A; 4Z1M A; 3ZZU A; 1SKY B; 2KL4 A; 2L2O A; 2OCE A; 4BDZ A; 2CUF A; 2NVU B; 3BNW A; 4OOI A; 5J1U A; 5DS0 A; 3GXO A; 4YG2 F; 3GTK J; 1W0K A; 2LG4 A; 3OZU A; 2KDZ A; 5B5E C; 1HG8 A; 1TWA J; 1B72 A; 4KKT A; 3CCQ I; 2XTW A; 2DCU A; 5BSX A; 2VI6 A; 1IXR C; 1IDY A; 2DTZ A; 3HYI A; 3L2W A; 2BF4 A; 3SLD A; 4UUS B; 2IPQ X; 4E4H A; 4B3F X; 2KZV A; 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