4XX6A

Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/gh10) enzyme from gloeophyllum trabeum
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
PFETLRAAAAPRYFGAALGVPHLLNFTHDPLFDVTAVLQFNGATPENEMKWAYIEPERNQFNFTGGDIVAAFSAANDYVLRGHNLVWYQELAPWVETLTGEDLWNATVNHITTVMTHYKESFNIYAWDVVNEAFNDNGTYRENVWYTQLGPDYIPNAYAVARSVNTPSKLYINDYNTEGINNKSDALLAVVQSMKAHNLVDGVGFQCHFFVGELPPDLEQNFARFVAAGVEIAVTELDIRMNLPPSQADIEQQARDYATVVNACKAQGAACVGITTWGITDLYSWIPSTYPGEGYALLFDDNYVPHPAFNATIQALLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/GH10) enzyme from Gloeophyllum trabeum.
rcsb
molecule keywords Beta-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Gloeophyllum trabeum
total genus 129
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2015-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4xx6A00
2B31A 4D6DA 4PMXA 1YQ2A 1E73M 4DM1A 2BVDA 3WD1A 5F7UA 3AFBA 2J8FA 2VZVA 4AZ6A 3OBAA 3VX0A 3CHCA 1HF6A 6A3HA 1B90A 3PZOA 1XHGA 4FLOA 3WH5A 5LYRA 4LGXA 1JAEA 4J3TA 3AHYA 1GUVA 3GBEA 4QFUA 4W89A 2CIPA 3SUTA 2VJXA 3RM4A 4CN1A 3VIFA 2W67A 3M6DA 2J7GA 4N42A 4UOZA 5ABGA 3F4VA 1H1NA 2E8YA 1ISVA 1CGVA 3LPFA 3WF0A 2NT1A 3N17A 1OSEA 5A1AA 1C8YA 1ISXA 4PTWA 4E4PA 2WKLA 3GXMA 1CTNA 2Z1KA 4MJ2A 1XV8A 1XCXA 5GNZA 1ZBWA 3DYMA 2WNWA 4UQCA 3SCWA 2WKGA 4U2ZA 4AZ5A 3LPPA 4W8AA 3AISA 1HJQA 2DIJA 1FA2A 1ZBCA 1QHOA 1EOKA 4PMUA 1MW1A 4BQ2A 2QPUA 3DYPA 5HNNA 1JL8A 3EDEA 4PUEA 1B9ZA 4MDPA 1NOWA 3VKKA 1KFWA 3QOMA 1R7AA 4PMZA 4PEEA 3GNOA 2X0YA 3MV11 3VU2A 1QHPA 1GOIA 1V0KA 2EO7A 5CLTA 4DWSC 1W9XA 4GZIA 4ZXLA 1B2YA 3CHDA 5FCZA 1JYWA 4ZFMA 4Z2KA 1WE5A 2EQDA 1NWTA 2JE8A 1V08A 4N0RA 4JIEA 2FHCA 3L4ZA 1ITCA 1QNQA 3CZJA 2MANA 4PMVA 1UR8A 1W3LA 4EANA 4MAZA 2YDSA 1E43A 3AJ7A 2F8QA 3VX1A 2XJ7A 1HL9A 2UY4A 2A3BA 2JFEX 3NJ3A 3MSGA 3CBWA 1JYXA 3ZT7A 1UR2A 3D5HA 3IAPA 3WH8A 1VB9A 5HOSA 2YL6A 1X1NA 1O6IA 4V27A 3VIJA 1MWOA 2GK1B 5D8WA 5A95A 2WZIA 3N15A 5EMYA 1VFFA 3VMPA 1J11A 2OYLA 2WVUA 2J7DA 2XGBA 4ZXOA 4PTVA 1KWKA 3B9AA 1E1EA 1DWFM 1KCLA 2WMJA 1W2PA 3WNKA 2BY2A 3ARYA 1D2KA 5HBFA 3QR3A 4AD5A 5DT7A 1HL8A 3EDFA 1R87A 4EAMA 2EXOA 3EBVA 4BQ3A 4V2XA 2JIEA 4HU8A 3L4UA 2X2YA 4EK7A 1V6UA 4D6HA 3ALFA 4NZCA 3CHEA 4GQRA 1KCKA 1HN1A 3DHPA 2PC8A 3UR8A 4ACZB 1Q6DA 1PJ9A 1QW8A 2DH3A 2JF7A 1TVNA 3L4TA 4H8VA 4KWUA 1UA7A 1K9TA 3QGVA 3BMVA 2CKSA 1QI0A 4JHZA 3A3HA 1F4HA 3U5UA 4X0NA 2QF8A 5IFPA 1CXIA 2A3AA 5ABFB 4M24A 4PYSA 4UOQA 1J10A 4HOZA 1V6WA 3GXFA 3MO4A 3PZGA 3WF3A 2ZX9A 4L4PA 5BCAA 3AZTA 1GOOA 5IHRA 1UD8A 1XH0A 2PWHA 3ARUA 2XFFA 1UKQA 2EPMX 3SUWA 1WKYA 3ZJ6A 4LYQA 2WW5A 3IJ9A 5DMYA 1GQJA 3SCUA 3PHAA 2O92A 1XSJA 1HJSA 3WELA 3N13A 1AQMA 1G5AA 1CXLA 3ALGA 1FHLA 4Z2IA 4HA4A 3VIKA 1LG1A 2E9LA 2ZIDA 2UY3A 2VURA 5D4YA 1J0KA 1TVPA 2VX7A 4WK9A 2AOSA 4OBRA 1HX0A 1G0CA 3OZPA 1KXVA 5D9OA 3WF1A 3J7HA 4CU8A 5EFFA 2UY2A 4PBGA 1GONA 3AS2A 3PZUA 2OYMA 1ISZA 3BC9A 4FLSA 3KL5A 1C7TA 1M04A 1UWIA 2J75A 2EEXA 3W29A 3NUKA 2F61A 4LX4A 3IK2A 1VJZA 3FHAA 4U5IA 2ESCA 1E9LA 1UKOA 3G6LA 3SUVA 5DO8A 1CGUA 1ODZA 1EDTA 9CGTA 4HPGA 3AMGA 1VBUA 1WZLA 3VGDA 3WQ5A 2EPLX 3OGSA 1CGTA 1HVQA 2IXUA 3AMLA 4GO8A 1V0LA 5DEZA 3WBAA 1QI2A 1V6XA 4OUEA 1V3IA 1WB0A 1E4IA 2CHOA 1MVYA 4DWSA 3W24A 4FLRA 1CECA 3AI0A 1VJSA 2CHNA 4HOXA 3FY1A 4JFWA 2A3EA 1ISYA 1C3FA 2WANA 1NWUA 1US2A 4JZ5A 4GI9A 3AMCA 3SCOA 1UOKA 3A4XA 4C7FA 1UUQA 3WD0A 5KZ6A 3VD7A 3UR7A 3KEHA 1KXQA 4HMCA 4QLLA 5HPOA 2WLYA 2YLLA 3K8LA 1U30A 4KRUA 2WVSA 2CCRA 2ZUMA 3ARRA 1A3HA 1QBBA 3ZIZA 4D1JA 4HTYA 3AHXA 4D1IA 1W9BM 4GI8A 4U31A 4LYRA 2FGZA 2WSPA 3ZSSA 4WSKA 2ZE0A 4L4OA 1GHSA 2NSXA 3ZT5A 3QHOA 5AY7A 1PBGA 3T2PA 3JUGA 1JD7A 3GYCA 1FFQA 5CPSA 4AZCB 2CBVA 3BMWA 3VM7A 3MMDA 5M3WA 3WD3A 2A3CA 1YHTA 3FAXA 2PB1A 3W6MA 4AEEA 4H41A 3VNZA 2WMIB 1QBAA 4TTGA 2W5FA 1WZKA 2XVPA 3PBGA 3BSHA 1OGSA 3ZJ8A 3AHTA 3DECA 1M7XA 3GNPA 1KGXA 2J78A 2VRKA 5DT5A 5TD4A 2V3FA 3WNNA 2WBGA 4CKQA 2YKKA 1DHKA 2F2HA 1B3YA 5AYBA 2ZUVA 1JDDA 1W2VA 3VGFA 4OBSA 3FNDA 4AC1X 2VX6A 5CG0A 1H11A 1OT2A 2C0HA 1HKJA 3WNMA 2BV9A 1E40A 3WN6A 1ZBVA 1PEZA 3AIEA 3SCTA 3WDJA 3WH9A 1UYQA 2VO5A 1B3VA 4PCTA 5BWFA 1V6YA 2QMJA 1ECEA 4H8HA 1HJUA 3N11A 2WC3A 1PAMA 3OLGA 1PX8A 1UWRA 5A6BA 1AVAA 4CUCA 4JFTA 1V02A 4UQAA 3GH5A 1XYFA 3VPLA 3LPGA 1UQZA 1E4LA 4GIAA 1BQCA 1EQCA 3FN9A 4H8UA 1BYBA 2ZUSA 3A4AA 3OLIA 2IXVA 3EDKA 4CCDA 5M17A 2J8GA 1J0ZA 2ZOXA 1MW2A 1JZ3A 4AEFA 3L2LA 5BYWA 1JDCA 4J3VA 1XSKA 5DFAA 2PBOA 2GJPA 1EQPA 2ZX8A 2D20A 3RJYA 1W3HA 1OWQA 1BGAA 2OWWA 5I6SA 3WBEA 3ARWA 2BHUA 4F66A 3MU7A 1HP4A 3CPUA 4A4AA 3WNPA 4KRTA 1CXFA 4EE9A 1NOUA 5LA1A 1HKIA 4AISA 4ATLA 4ZEPA 1GHRA 2J25A 2CERA 4JFSA 1JZ2A 4XZBA 3VIOA 5I78A 1FH7A 1E4NA 4AZGA 1H09A 1SFSA 3CUHA 2WVVB 1MYRA 3BAKA 3VOCA 2WCAA 2PWFA 3CIVA 4RL3A 1E3ZA 3MMWA 3WUEA 1KGUA 2DGAA 5A6MA 3K8KA 5HXMA 3MUAA 3CZLA 4MJ4A 2FH8A 3THDA 1UH4A 1UH3A 2A3HA 1NWSA 1WNOA 5A6AA 2D3LA 2XVKA 1J18A 1WAWA 1JG9A 2XPKA 2FH6A 4F8XA 3AS3A 2VUYA 4P8VA 1HNYA 1LL4A 4MPKA 4P8WA 3ZO9A 3MUZ1 1PPIA 2OSYA 1GOMA 3VTRA 3GM8A 3MS8A 4UQDA 1CNVA 4AZ7A 4GXPA 1SMDA 4PN2A 5BRQA 5D9NA 1M03A 3B9EA 3DC0A 1KQZA 1JGIA 1E6RA 3GH4A 2XVLA 1UD2A 1MQQA 2BFGA 1OT1A 4U2YA 3RDKA 1UR4A 3VDCA 2GJXA 1R7OA 4W7VA 1E72M 2OSXA 2WLZA 3CUFA 3BAWA 4WKFA 3LPOA 4GQQA 2DSUA 3U5YA 4Q7NA 2PF0A 2V3DA 4M82A 3TTOA 3ARQA 1KXHA 1OIFA 4J3UA 3VO0A 4ZE5A 1HJWA 4AY1A 3PZTA 4PMNA 2VQTA 4A3YA 1QW9A 1UD3A 4MB4A 4ZENA 2YIHA 3LMYA 2VX5A 1IZJA 4H2CA 4E8DA 2ZUWA 4BF7A 1JAKA 1UD4A 4MB5A 5BROA 4Z2LA 2WM0A 1UKPA 4JCMA 4KH2A 2WAGA 1E3XA 1E70M 2ZUTA 3AZRA 2XGIA 3HJEA 4RE3A 5I3DA 3VD9A 4GINA 2NT0A 2JIWA 2V5CA 4AZHA 4WKAA 2VOTA 2JF6A 3VD5A 5E9AA 2VRJA 5EFDA 1W9UA 1EA9C 4UNIA 1DEDA 3T0BA 1M01A 4LYPA 3NIYA 4WSJA 4TVCA 2G3MA 2GDVA 1G9HA 1CGYA 2G3JA 3L4YA 3AIRA 4Z2HA 1ZBKA 4PSPA 1R85A 1SMAA 2OYKA 5IFTA 2CBUA 3VD3A 3WMSA 1HKMA 5A94A 1J01A 4UZSA 2E9MA 2O9PA 2QV4A 4HMDA 4PSRA 5BXTA 1CLVA 5I0DA 2YDQA 3WQ4A 4AZIA 1GNXA 4PMRA 1UR9A 1W1TA 3MUIA 3BH4A 1H0IA 1OB0A 4MNMA 2VX4A 4D6GA 3WSUA 1BHGA 3CUIA 2WMKA 4TX8A 1MW3A 1Q6GA 1WDRA 2OLHA 4TX6A 4Z2JA 3WQVA 5ABHA 1JZ7A 3WH6A 1I75A 1AMYA 1H41A 3CZKA 3FAWA 4W86A 4CVWA 1NM9A 4ZE4A 4OOUA 3SCSA 5AC5A 5LA0A 4AD2A 1CXKA 1U33A 4PMYA 2FHFA 2O9RA 1K6AA 5A8NA 1UKTA 4UQ9A 2BXYA 4QLKA 1W3JA 2WHLA 2YLAA 2GJRA 4P8XA 4AD1A 1FOBA 2O9OA 1J0YA 2D0FA 4KGJA 1OD0A 4QCFA 4RE2A 4XV0A 4M1RA 4MAVA 4Q22A 2D2OA 5FD0A 1J9YA 2VCAA 4NSBA 3AS0A 3DHUA 4MDOA 3SCPA 1B1YA 1V6VA 4P7QA 3PZMA 4IUGA 5BXRA 1UR0A 1KR1A 3OIHA 4J28A 4JKMA 4JAWA 3CZ8A 1NH6A 2EJ1A 1CIUA 1JFXA 4B15A 4P7LA 1W1YA 2TAAA 3RMEA 3W81A 1CYGA 3W27A 5E6YA 2E8ZA 1UZ4A 2DQXA 1LJYA 1W91A 1QVBA 1JNEA 3ZJ7A 1BSIA 5IXEA 3W37A 2WB5A 2D22A 3BGAA 1E0XA 3FHQA 1E55A 4ACYA 1BG9A 2EBNA 4KGLA 3IJ7A 2J7EA 3O9NA 4W93A 1GJUA 3POCA 2VZTA 4HPHA 4DUXA 3WNLA 4WF7A 1B3ZA 1MXDA 2E9BA 3RJXA 4JKLA 1GVIA 4W5ZA 3W38A 1EH9A 3T0AA 1PZ2A 3I3BA 3W4RA 2V5DA 1XD1A 3KE0A 3AMKA 1AQ0A 5AC4A 3RILA 1KGWA 2BY1A 5CXPA 2E4TA 3RO8A 2BHZA 2UWFA 3ZMRA 1FFRA 3F5LA 4W7WA 2GDUA 3A47A 3W82A 5BRPA 4F79A 2BXZA 2JEQA 4EKJA 2XIBA 4J27A 1LWJA 3CTTA 1CXHA 4JFUA 2X0HA 2EPOA 1GQIA 1M53A 2WZHA 3N9KA 3PZ9A 3L4WA 1C93A 2J7CA 4W5UA 3OG2A 2HVMA 3TTSA 4J3SA 4PTXA 3PTQA 3ARVA 3AYSA 3VVGA 1FH9A 2W62A 4PTMA 1ZU8A 1XGZA 2J7BA 2XSAA 1GPFA 1BF2A 1E6QM 2VI0A 5GQBA 2G3NA 1QNSA 2XM1A 2GUYA 2V38A 1UWTA 4URIA 2XWEA 1TE1A 3AIQA 2DH2A 2CNCA 2GK1A 4AIEA 1CENA 4C7DA 4XUYA 5D8ZA 3POHA 5CSYA 3WMCA 4M80A 4BQ5A 1W1PA 2BVYA 4TTUA 3F5JA 4P7NA 2ZXQA 4W85A 1E56A 2YBUA 4P7OA 1XH2A 5HPCA 1HJVA 1E6NA 2ZXAA 1EO7A 4JL2A 3VIMA 1WZMA 1GOQA 3SCRA 5E09A 3AMDA 3VDHA 1C8XA 1OCQA 1N82A 3B9DA 3AZSA 1JI1A 5GNXA 4E8CA 4QLJA 1UD5A 3PZIA 1KXTA 3ZM8A 4ACZA 1V0NA 2G4FA 4PMOA 4XB3A 2WPGA 3I3DA 2VZSA 3S6TA 1DWIM 4R5EA 4MNKA 1B0IA 5CPQA 4IPNB 2VR5A 1DWHM 2XYLA 3UERA 2J7HA 4YHGA 1F4AA 5ABFA 3VMNA 2YA1A 3W0KA 1C8QA 1CWYA 2YL8A 2BVTA 3W28A 4HMEA 4GI6A 2VMFA 4BCEA 1QNPA 2WMFA 4M29A 4U3CA 3CUJA 3BAJA 5FIPA 1KQYA 2HISA 4B16A 1WPCA 2CETA 1NOFA 1HXJA 3EDDA 2WMGA 1BVZA 1FH8A 3TTYA 1EOMA 1PIGA 3VGEA 2BNJA 2D0GA 2DEPA 5I5RA 4UFLA 2G41A 2X8RA 3N12A 4PCSA 1JF6A 2ZICA 1LG2A 2CBJA 1E6XM 2J47A 4UFHA 2CYGA 4CD5A 4GKLA 2WWCA 5CLWA 5CGTA 3A4WA 1ITXA 4PRWA 4F9JA 1VIWA 4H7VA 1FHDA 3CZGA 4UFKA 1H49A 3WNOA 2CITA 3AHZA 4FLQA 3AIVA 4HZ7A 2ZUNA 5CSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B31 A;  4D6D A;  4PMX A;  1YQ2 A;  1E73 M;  4DM1 A;  2BVD A;  3WD1 A;  5F7U A;  3AFB A;  2J8F A;  2VZV A;  4AZ6 A;  3OBA A;  3VX0 A;  3CHC A;  1HF6 A;  6A3H A;  1B90 A;  3PZO A;  1XHG A;  4FLO A;  3WH5 A;  5LYR A;  4LGX A;  1JAE A;  4J3T A;  3AHY A;  1GUV A;  3GBE A;  4QFU A;  4W89 A;  2CIP A;  3SUT A;  2VJX A;  3RM4 A;  4CN1 A;  3VIF A;  2W67 A;  3M6D A;  2J7G A;  4N42 A;  4UOZ A;  5ABG A;  3F4V A;  1H1N A;  2E8Y A;  1ISV A;  1CGV A;  3LPF A;  3WF0 A;  2NT1 A;  3N17 A;  1OSE A;  5A1A A;  1C8Y A;  1ISX A;  4PTW A;  4E4P A;  2WKL A;  3GXM A;  1CTN A;  2Z1K A;  4MJ2 A;  1XV8 A;  1XCX A;  5GNZ A;  1ZBW A;  3DYM A;  2WNW A;  4UQC A;  3SCW A;  2WKG A;  4U2Z A;  4AZ5 A;  3LPP A;  4W8A A;  3AIS A;  1HJQ A;  2DIJ A;  1FA2 A;  1ZBC A;  1QHO A;  1EOK A;  4PMU A;  1MW1 A;  4BQ2 A;  2QPU A;  3DYP A;  5HNN A;  1JL8 A;  3EDE A;  4PUE A;  1B9Z A;  4MDP A;  1NOW A;  3VKK A;  1KFW A;  3QOM A;  1R7A A;  4PMZ A;  4PEE A;  3GNO A;  2X0Y A;  3MV1 1;  3VU2 A;  1QHP A;  1GOI A;  1V0K A;  2EO7 A;  5CLT A;  4DWS C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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